The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
257
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structure length |
257
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Chain Sequence |
GMIDFTKSKQYTLSIRLSTDGFSFSIYNPINDNSQSLFEKEVDTSLSLTANLKNVFHESDFLSYSYKRVNIMIASKRFTMIPLELFEEEQAELLFYHNHQKRENEIVMYNILKKNNVVIIFGIDKSTYTFLNEQYPEARFYSQSTPLIEYFSIKSRLGNSKKMYASVRKDAIDIYCFERGQLLLANSFECMQTEDRIYYLLYVWKQLEFNQERDELHLTGTLSDKETLMNELKKFILQVFIMNPANNIDMQALLTCE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| molecule keywords |
uncharacterized protein BT_3980 with actin-like ATPase fold
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| publication title |
Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron BT_3980, protein with actin-like ATPase fold and unknown function (NP_812891.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.85 A resolution
rcsb |
| source organism |
Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
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| total genus |
76
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| structure length |
257
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| sequence length |
257
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12864 | DUF3822 | Protein of unknown function (DUF3822) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HRG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HLF A; 2E2O A; 2IIR A; 2P9I A; 1W9H A; 1R59 O; 1KAY A; 4L3Q A; 1LOT B; 3ID8 A; 1C0M A; 4FJM A; 1QE1 A; 4YOU A; 1X3N A; 1KVC A; 2YHY A; 4OGE A; 4IEI A; 4CZE A; 1J53 A; 2YKM A; 3P1G A; 5I3U A; 3OYA A; 3KK3 A; 2FBY A; 1XC9 A; 3ZEU B; 4F2S A; 4FLT A; 1VQO N; 1K8A O; 4YDU C; 2HBM A; 4IDK A; 4DQI A; 1Q9Y A; 3AA4 A; 4M41 A; 4JI2 K; 1UOC A; 4LF8 K; 4KHQ A; 3M8Q A; 3SV4 A; 5LY3 A; 1HYS A; 3I0S A; 1H1V A; 4N76 A; 5AQX A; 3FGU A; 4DKW A; 4AM7 A; 3VOV A; 1M1K O; 4JKB A; 4N56 A; 5HRS A; 3PO5 A; 3QIP A; 5LL6 Z; 3H6E A; 4LFB K; 4FWK A; 3MEC A; 3PIO L; 1K6Y A; 5GIO A; 4IOC L; 2Y1J A; 2FF3 B; 4AM6 A; 2FLO A; 4BRF A; 3THW A; 3CC2 N; 1DEJ A; 3A5O C; 4NLB A; 1M90 O; 1NOY A; 4G1Q A; 2QWP A; 1XMO K; 4CJP A; 3LP0 A; 2A40 A; 3P39 A; 1ZBS A; 3NH1 A; 1RIL A; 2CH5 A; 3DJC A; 2KHO A; 1RT3 A; 3TWH A; 4DTO A; 4DSE A; 2EX3 A; 3HPO A; 4CGJ A; 3UKU B; 1SL1 A; 4KTQ A; 1YVN A; 1FW6 A; 1SL2 A; 1UWB A; 4OJR A; 1RT1 A; 3U9Z A; 4M3W A; 2CH6 A; 2D0O A; 3QES A; 2GUP A; 4DFK A; 4CF9 A; 3AVJ A; 3ISN C; 4AHU A; 4O0J A; 4B1Y B; 3K59 A; 3VEY A; 2I7P A; 3SQ1 A; 5BR8 K; 4ILJ A; 4CEF A; 3EE9 A; 3I0R A; 1IBK K; 4BDY A; 3VEX A; 1HPZ A; 4V19 S; 3C6H A; 5C2F A; 3SBG A; 3K5L A; 1HUX A; 1RTD A; 2CGL A; 3QFU A; 4O5B A; 4BRI A; 3CC7 N; 4CZI A; 4I6M A; 3THY B; 3HST B; 3H3N O; 3QEP A; 1XC3 A; 4JNE A; 1KAX A; 1WN7 A; 4CIF A; 3NDK A; 1TL3 A; 3V1O A; 4RW7 A; 2WTU A; 2CGK A; 3QDK A; 4BG9 A; 3NBP A; 1MU2 A; 1JLA A; 1NKB A; 3HI0 A; 5AQZ A; 4YY3 K; 2YJE A; 4H5T A; 3W3D A; 4KKO A; 4CJ5 A; 4RW6 A; 1RBU A; 1Y64 A; 3QEV A; 4FXD A; 3GDQ A; 3UE5 A; 4FOE A; 4WQ4 A; 1VQN N; 3B8A X; 1BGX T; 3CET A; 2IGI A; 3VA0 A; 3VGM A; 1EP4 A; 3KD5 E; 1S9G A; 2A6A A; 4FWQ A; 4KRE A; 4FJG A; 4FWR A; 4KI4 A; 5DK5 A; 1BDG A; 4M42 A; 4H0X B; 4FW1 A; 4KHP K; 4IFY A; 1Q18 A; 2WBN A; 1WBB A; 2BTF A; 2IVP A; 4AHV A; 2KTQ A; 2P5G A; 5E41 A; 3OS2 A; 2QWL A; 3NF9 A; 3O9T A; 4H0V B; 3LZI A; 2E2Q A; 2E1Y A; 2E4L A; 2FBT A; 1YHQ N; 4LY7 A; 2HBJ A; 1NWK A; 3RWU A; 4JKA A; 3J7Z O; 2O8D B; 3ITH A; 1BWF O; 2GEM A; 4FM0 A; 4OPA A; 2Q2R A; 1NGA A; 3VTI A; 3HOT A; 4PUO A; 1QQC A; 1IG9 A; 4PL7 A; 3HBT A; 4Q0B A; 1IKY A; 4X66 K; 4WQ4 C; 1DTT A; 4E89 A; 3MED A; 4LF4 K; 3OYF A; 5EVZ A; 3AVA A; 4CVN E; 3VET A; 3CCR N; 3LP1 A; 3KK1 A; 2VQF K; 4E7J A; 1N8R O; 2XRI A; 2RF2 A; 5HRO A; 3V1R A; 2NRZ A; 1NOZ A; 2VG6 A; 1N32 K; 3OBW A; 4GVE A; 3ZT1 A; 4DTS A; 3OTO K; 4ILG B; 3C6A A; 5AZJ B; 4ISF A; 5KGX A; 1BL3 A; 4FLU A; 2DFF A; 4OLB A; 5FPD A; 4WF9 L; 2QK9 A; 4JRQ A; 3QEI A; 3LPT A; 5EOY A; 3T7Z A; 4CJE A; 3MWT A; 2HND A; 3V9Z A; 1IV0 A; 3NGI A; 1Q9X A; 2KFZ A; 3VQ4 A; 1J5E K; 3AO5 A; 1GLB G; 3TAF A; 3SK3 A; 4B8A B; 3VQD A; 3EEQ A; 3IAY A; 4IWV A; 4NCB A; 1KTQ A; 3K9K A; 3TSP A; 4DU3 A; 3TAE A; 4O55 A; 3VGL A; 1JXE A; 3VPZ A; 1J5O A; 1LWC A; 3OYN A; 2RKI A; 4BDZ A; 1BI4 A; 1D4X A; 3AAR A; 5KI6 A; 1RNH A; 4BGA A; 1L3S A; 1U47 A; 1BA1 A; 4FK2 A; 1HJO A; 3U9D A; 2P9I B; 1VRU A; 4DQ8 A; 4DU1 A; 1NGI A; 3VGK A; 2KFN A; 2Q0R A; 4BAC A; 2EHG A; 5I42 A; 4ISG A; 2D0A A; 3FZF A; 5BN8 A; 1LWF A; 4E1J A; 1VQ7 N; 3I56 N; 1VQ6 N; 1E4G T; 1GLE G; 3CER A; 3PY8 A; 1Z05 A; 1YUW A; 2E2N A; 2G8U A; 3CCU N; 5HRP A; 3OYK A; 4HCB A; 1VAZ A; 3TAG A; 4H4O A; 3F2K A; 3AVK A; 5C25 A; 2P9U B; 3U3G A; 4CER A; 1KFD A; 3DLE A; 2HOE A; 3HO1 A; 4HVJ A; 4CJ4 A; 1S72 N; 4H5W A; 1HMV A; 4B3S K; 4IXC A; 3DI6 A; 1ZBL A; 1Y97 A; 2UYT A; 1GLC G; 2EWS A; 3NF6 A; 3R3L A; 1EXQ A; 1NK5 A; 4CEC A; 4WFN L; 3K2P A; 2F8S A; 3S3O A; 2XO7 A; 5JVH L; 1SZ2 A; 4JI8 K; 3ASM A; 1XMQ K; 4W5R A; 3EYZ A; 3THV A; 2BUP A; 2JLE A; 2KQ2 A; 3AO1 A; 3AO3 A; 4OKE A; 3THW B; 3WXJ A; 4BR0 A; 2VQE K; 2UUC K; 4DV1 K; 3SYZ A; 1B92 A; 2W41 A; 3QBW A; 3DAW A; 2PYJ A; 4KI6 A; 3MCA B; 4CJ3 A; 3C0B A; 1YTA A; 1NLV A; 1NK8 A; 4E7K A; 3UB5 A; 3M1F A; 5J1E A; 3TAR A; 2P51 A; 1QTM A; 4CJL A; 3LDO A; 3VF2 A; 4JK7 A; 3QIO A; 4DSI A; 3AO2 A; 4FPB A; 2YCH A; 2NZT A; 4QCL A; 1U2V A; 3O8M A; 1NGE A; 2WC9 A; 3AO4 A; 1VRT A; 5JIC A; 1VQK N; 3UIQ A; 3VQC A; 3QEX A; 1T8E A; 3NAE A; 3PX0 A; 1L3U A; 3AVM A; 4ELV A; 4EP4 A; 1GOC A; 4KH4 A; 4PKH A; 4F3O A; 1RT7 A; 1RT5 A; 1N36 K; 1OH8 A; 2KZZ A; 2GV9 A; 4CHP A; 3W0L A; 1L5U A; 4FK4 A; 4I6M B; 1UA1 A; 1KAZ A; 1VSD A; 1K8K A; 4C8M A; 3SUN A; 1JLG A; 1SQK A; 2PBD A; 1RDW X; 5FRM A; 3VQ6 A; 5M1F A; 2ZQB A; 4FOI A; 5J2Q A; 3CCQ N; 3MX2 A; 3MXI A; 1XI1 A; 2D1K A; 4WQ5 C; 3CJ9 A; 5AQN A; 1ZBU A; 3EZ5 A; 3VES A; 3ZSW A; 1SUQ A; 1VSI A; 3M8S A; 2YHA A; 4HHT A; 2RPI A; 1U04 A; 4DF8 A; 3VEW A; 3WXM B; 4CEB A; 3ZSO A; 2VWJ A; 2HNZ A; 1HQU A; 3CME N; 1EET A; 5C2D A; 3RTV A; 2OYQ A; 5F1X A; 4TSX A; 3CMA N; 4BY9 C; 3ZT4 A; 3LDP A; 3P38 A; 4U67 L; 2F7T A; 1RBS A; 1JL2 A; 3CM5 A; 5HBM A; 3AAQ A; 2AA4 A; 1RT2 A; 4ILH A; 2RHK A; 3LDL A; 3PSI A; 1BQM A; 4BWM A; 1WSF A; 3HK2 A; 2HBK A; 1U6Z A; 3A8Y A; 1NK7 A; 2HHT A; 4C8O A; 3H3O B; 3U8X A; 1FKO A; 2VYP A; 4IBN A; 1K73 O; 4DLG A; 4BRC A; 1IKW A; 1RGI A; 3KLI A; 3CG7 A; 1ITG A; 2XY5 A; 1VQL N; 1LCU A; 4FM2 A; 3CC4 N; 2FC0 A; 3D2F A; 5AQL A; 2YX6 A; 3RVC A; 3SLC A; 1ZBF A; 3O5B A; 4QS9 A; 3SMS A; 4H4M A; 5AQY A; 1WOQ A; 3J7Y P; 3AY9 A; 3J8A A; 3SNN A; 3DLG A; 3KKR A; 3Q7C A; 4KHW A; 3LAN A; 1CXQ A; 1HX1 A; 3I33 A; 3CHW A; 2QWO A; 4CEO A; 3DLK A; 2PYL A; 4QS7 A; 1BIZ A; 1WB9 A; 3KWG A; 1LV5 A; 1ASU A; 4Y1D A; 4DS5 A; 1EQY A; 4AHT A; 1CZB A; 1KLM A; 3HXM A; 3ATV A; 3CCE N; 3V9S A; 5EX5 A; 5IWA K; 4RW8 A; 5CYQ A; 3N4Q A; 1S1U A; 3CQ8 A; 4DU4 A; 4DR4 K; 1WSI A; 2JWK A; 3AVN A; 1TUU A; 5CZ2 A; 4RW4 A; 1IH7 A; 4E3S A; 4DSJ A; 4PL8 A; 4JAX A; 1R0A A; 4UY8 O; 1ATR A; 4CEQ A; 3PUF A; 3NHG A; 4LH5 A; 5AQU A; 4B9S A; 4I2P A; 5FDL A; 3KLE A; 2P5O A; 4OGC A; 3VQQ A; 3OYJ A; 1RT4 A; 1HYV A; 3VQB A; 5KPR A; 2D4W A; 1Q82 O; 3QET A; 1Q86 O; 2VGN A; 2JWL A; 4YNQ A; 2YNF A; 4J8F A; 3KHY A; 5KQD A; 1KXP A; 2NRW A; 2XY6 A; 5AQK A; 3DXM A; 4BE2 A; 3NF8 A; 4IKF A; 1NMD A; 5M1P A; 2HMI A; 4FJK A; 3NGZ A; 2I5J A; 4OKK A; 3HSC A; 4F3T A; 3LWL A; 4B9L A; 1MA9 B; 5E84 A; 3S3M A; 3IS9 A; 3WNG A; 5HL7 L; 4LSL A; 3BF3 A; 4I7F A; 4CJF A; 1KQS M; 4E0D A; 2IS3 A; 3OYC A; 1JLC A; 3EO3 A; 3OS1 A; 4H0P A; 2ZD1 A; 4CJU A; 2W6K A; 1T6C A; 4BC2 A; 4CD1 A; 4DR1 K; 1UAX A; 2P1J A; 5C12 A; 2DFH A; 5A2Q O; 4PA1 A; 1DTQ A; 2ASP A; 4E7I A; 3OYB A; 1QQO A; 5TKY A; 2QM1 A; 2BH1 A; 3T1Y K; 4CEE A; 4BRE A; 3HL8 A; 4DV0 K; 5M1N A; 4JV5 K; 3H46 O; 1S6Q A; 4BR7 A; 2HHX A; 2QXL A; 3O80 A; 3O3F A; 1TKZ A; 1U49 A; 4FWN A; 3VQE A; 1B9F A; 3TAQ A; 4BRL A; 4JYA K; 1ZC6 A; 4FYD A; 1SKS A; 1YIT N; 2P9U A; 4BQZ A; 5B8H A; 4DQR A; 1O1W A; 4E7H A; 3G6E N; 2O4G A; 3ZCM A; 2P9N A; 1VSK A; 1RCH A; 4XH5 A; 3BEX A; 2E1Z A; 4O8U A; 4CI6 A; 3ZLJ A; 3LWM A; 1Z25 A; 4I2Q A; 3ID6 A; 4K42 A; 3DYA A; 4JI5 K; 3ZSQ A; 4DF4 A; 1C0T A; 1VK0 A; 4DR7 K; 2HW3 A; 3RSE A; 3SQ0 A; 4CHZ A; 1S6P A; 3PSF A; 3FZK A; 3ENO A; 3VEZ A; 4DQS A; 5KRS A; 1QSS A; 3HPH A; 3CJ1 A; 4F2R A; 2GUI A; 2G8F A; 2J4R A; 1U2V B; 1TAU A; 1P90 A; 4B3T K; 1RT6 A; 4DR2 K; 5J2N A; 3O9R A; 4EZ6 A; 1EWR A; 1VQ8 N; 1VQM N; 4CFC A; 4LF6 K; 4KAZ A; 1BCO A; 2V7Z A; 4I9Q A; 1IBM K; 4JI0 K; 2YHX A; 5FRN A; 1VQ4 N; 4DQQ A; 4MO4 A; 4A57 A; 5C42 A; 4AHR A; 4FVU A; 3P4I A; 3M3Z A; 5AJ3 K; 4MFB A; 4K43 A; 1K8K B; 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4DMN A; 1T05 A; 1WBD A; 4FLY A; 3NVM A; 4YOV A; 2ZM6 K; 3AVH A; 2QWM A; 1EWQ A; 3L2V A; 4F4K A; 4B3M K; 3KJV A; 4FCY A; 1VQP N; 4ISE A; 4NB4 A; 1S1T A; 4O4G A; 2HVI A; 2D0B A; 3DLL L; 1BG3 A; 5GAG P; 1NK9 A; 3CFR A; 4GW6 A; 4H0O A; 4U7B A; 4X65 K; 2Q3S A; 1L3V A; 5BPN A; 4CHQ A; 4H0Y B; 5MLC Q; 4L8R B; 3LP2 A; 1SKR A; 2A5X A; 4JKD A; 4FWS A; 1Q8I A; 3MN7 A; 3ZX3 A; 3HYF A; 5AQM A; 4FZZ A; 1C0U A; 3TSU A; 2Z1H A; 4GY2 B; 3K58 A; 4YOX A; 1X9S A; 5HRR A; 2Q36 A; 1NU0 A; 4YOY A; 1BHL A; 3QER A; 3TI0 A; 3SCX A; 3WEE A; 3DXM B; 4J2A A; 3G25 A; 3E66 A; 3R8E A; 4CBX A; 1QS4 A; 1S1W A; 2OZS A; 3RMD A; 4KB1 A; 4FK0 A; 2P9S A; 3AVF A; 4H5V A; 1EO1 A; 2PFU A; 5KPT A; 2UUB K; 1V4T A; 1VSL A; 3LAL A; 4C23 A; 4DV6 K; 2QI2 A; 3ATU A; 3RRH A; 1ZXO A; 1HNX K; 3ULD A; 3AV9 A; 3V9X A; 3VER A; 5CE3 A; 2NNW A; 3ZSX A; 4CF0 A; 3DLH A; 4FSV A; 3TTD A; 1LAW A; 4W5O A; 2ATQ A; 2A3Z A; 3H08 A; 3J80 O; 3E9P A; 1W7A A; 3U3Y A; 2ZF5 O; 4LD0 A; 3T3F A; 2P9K B; 2QKB A; 4JI1 K; 1RDC A; 2HBL A; 4DFP A; 3M5R A; 3K5O A; 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