The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
158
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structure length |
158
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Chain Sequence |
TVAYIAIGSNLASPLEQVNAALKALGDIPESHILTVSSFYRTPPLGPQDQPDALNAAVALETSLAPEELLNHTQRIELQQGRVRKAERWGPRTLDLDIMLFGNEVINTERLTVPHYDMKNRGFMLWPLFEIAPELVFPDGEMLRQILHTRAFDKLNKW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
HPPK
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| publication title |
Pterin-binding site mutation Y53A, N55A or F123A and activity of E. coli HPPK
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
46
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| structure length |
158
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| sequence length |
158
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| ec nomenclature |
ec
2.7.6.3: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase. |
| pdb deposition date | 2009-06-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01288 | HPPK | 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TMM A; 3ILJ A; 3HSD A; 4CYU A; 3KUG A; 4M5K A; 3HT0 A; 1EQ0 A; 3MCM A; 4M5N A; 5ETN A; 5ETR A; 1G4C A; 4AD6 A; 3HCX A; 5ETT A; 3ILL A; 2BMB A; 1RB0 A; 2QX0 A; 3ILI A; 3HSJ A; 3HSZ A; 3KUH A; 4M5H A; 4M5I A; 5ETV A; 4F7V A; 3KUE A; 1CBK A; 3UDV A; 1RU2 A; 1IM6 A; 5ETS A; 5ETP A; 2CG8 A; 3HD1 A; 3IP0 A; 3ILO A; 1RU1 A; 3MCO A; 3QBC A; 1KBR A; 5ETL A; 1RTZ A; 4CWB A; 1HKA A; 1HQ2 A; 3UDE A; 3HD2 A; 1EQM A; 3MCN A; 4CYU B; 1EX8 A; 1Q0N A; 1TMJ A; 5ETO A; 5ETM A; 2F65 A; 1RAO A; 4M5M A; 5ETK A; 3UD5 A; 4PZV A; 5ETQ A; 4CRJ A; 4M5J A; 2F63 A; 4M5L A; 3HSG A; 4M5G A; 1F9H A; 1DY3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M52 A; 1SKS A; 1LW0 A; 1WOR A; 4M8L A; 3BEG B; 2R7X A; 4OHY A; 3P4U B; 3ZZO A; 1KQS R; 4WXO A; 5L1L A; 3IG1 B; 4EZ9 A; 3DFE A; 1T9V A; 3MCN A; 1Q0N A; 2XYP B; 5HRO A; 3DCA A; 3MM7 B; 4DV1 F; 3V4I A; 4RKU C; 2GNK A; 3H59 A; 2J8A A; 5EN1 A; 4C48 A; 2J9D E; 4RBT A; 1P27 B; 1U6F A; 1VI7 A; 2YX4 A; 4ECV A; 3K17 A; 1OO0 B; 1T11 A; 3T1Y F; 3DOK B; 2CNL B; 3FBE A; 3IG1 A; 3TA1 A; 4J9L A; 3OVB A; 1WC3 A; 3HHL D; 4OL8 A; 4ZN1 A; 3MM7 A; 1C4A A; 4KV8 B; 4C0B A; 2WBM A; 1OY6 A; 3HVR A; 1DTT A; 1D09 B; 2H65 B; 1RYR A; 5C2C A; 4A8F A; 1FJG F; 4J9U E; 4RW6 A; 5CCL A; 3KJV B; 3MPU B; 2X3D A; 1KD1 T; 3NGD A; 1CEZ A; 3A3N B; 1SQF A; 5KFT A; 2OGU A; 3DOK A; 2HRY A; 2C3M A; 3M30 A; 5DLG A; 4IRK A; 2HHH F; 1D9A A; 5D0R A; 5D0E A; 1QAX A; 2E7X A; 4KV8 A; 5SUH A; 2QRR A; 1W2I A; 2DNZ A; 3KHG A; 6AT1 B; 2LVW A; 5GAE I; 5A6W A; 3JSM B; 2CIM A; 2GIR A; 3KJV A; 3MF5 A; 4EYH B; 3FCV A; 4OX6 A; 3HK2 A; 2VKZ G; 1TP7 A; 2YH1 A; 3PM9 A; 3I55 S; 3CWJ A; 4RNO A; 1NSK L; 1SL2 A; 2IMO A; 1KN6 A; 3ISN D; 1Y3J A; 2IRU A; 4LFA F; 4IR1 A; 4RNM A; 4PQA A; 3BDP A; 2MZS A; 2QN6 B; 2VPW B; 3PX0 A; 4KFB A; 3LAN A; 3MMC B; 4PG7 A; 2MZQ A; 2ZWO A; 1TL5 A; 1Y9O A; 3MEC A; 3C19 A; 3R5A A; 4UW2 A; 4L73 A; 2WOM A; 3BR9 A; 1HFE L; 2BYC A; 4UZB A; 4DR7 F; 3GYN A; 2C2N A; 1RI7 A; 2EXU A; 1U6Z A; 3TEG A; 2HBQ B; 1FNX H; 5HAO A; 4IFY B; 3MAA A; 4Y00 A; 1C1B B; 1UZH A; 3HT0 A; 2KTQ A; 1X5P A; 1PIE A; 5DQH A; 5KFG A; 2AZ1 A; 4O44 A; 3EUN A; 2MLX A; 1BXN A; 1RTH A; 3DLG B; 4OJ3 A; 1M5K C; 2UVU A; 3BF4 A; 1YIJ S; 2DRB A; 3CJ0 A; 3B82 A; 4K0K J; 2DJW A; 2WSF C; 1TV6 B; 1HHS A; 4IFY A; 2FVQ A; 3EGN A; 3LGH A; 4YY3 F; 3QGH A; 5RUB A; 3BS9 A; 2DK2 A; 2QLF B; 1S0O A; 3M1V B; 2BKN A; 2BDP A; 5KFO A; 4ZIT A; 3L09 A; 2AYB A; 5DGB A; 5KFX A; 2UXD F; 1HWU A; 2HEK A; 4EU0 A; 4XO0 A; 1VQN S; 3D5M A; 4KSE B; 1NPP A; 4DEZ A; 4OI0 A; 3M05 A; 3OTD A; 3MPW A; 1BQN B; 4HT7 A; 3D67 A; 4NI2 A; 5KFM A; 1IKY B; 3LGM A; 4C97 A; 1HR0 F; 4DV4 F; 3NGK A; 3CNQ P; 1U0H B; 3UN3 A; 2XS7 A; 5AXN A; 3JSR A; 1BGX T; 5FDL B; 2M8H A; 3Q2T C; 1FE0 A; 1JLF B; 3L7U A; 2HQD A; 4X4T A; 2KT5 A; 3UD3 P; 4ZVT B; 4IOA Q; 2VPZ B; 4ZJL A; 2MDA A; 3DRS B; 1U0H A; 3Q8Q B; 3FSI A; 1X4A A; 1N88 A; 4ZMM A; 5FDL A; 3TA2 A; 1RAB B; 4I6W A; 2CZV C; 4WKY A; 3MMA A; 3KK2 A; 1RAC B; 2JWN A; 1K0T A; 4ID5 B; 2ZEJ A; 1RBO B; 2D1C A; 1LQ9 A; 2B9E A; 4QIV A; 4QIW D; 2XLK A; 1RTI B; 1Q8K A; 2AKW B; 1RJJ A; 3D66 A; 1UVK A; 2JX2 A; 5B0G A; 4XPC A; 2WRM A; 2CVE A; 2FGC A; 3K2Y A; 1NCL A; 1VQ4 S; 3AY0 A; 2R8J A; 4HTJ A; 1UW4 A; 5KT2 A; 4RW8 A; 1A0O B; 2QYG A; 2DRA A; 3GYX B; 2I0X A; 4CNZ A; 3M6V A; 2DNP A; 2X3G A; 8ATC B; 3TVZ A; 1PO6 A; 3DDI A; 1BD6 A; 2E7W A; 3M7V A; 2LCW A; 2DGO A; 3HKW A; 3KLG B; 1IBL F; 1GEH A; 2XSF A; 2M5Y A; 5A0Y A; 4EBC A; 1ICE B; 3CCU S; 2ZKU A; 2LEC A; 4DBQ A; 4J9K A; 2F4V F; 4DR3 F; 4ILR A; 4O0I A; 2H48 B; 2KH9 A; 2HHP A; 3B8H A; 3CJT A; 2D7S A; 2MQO A; 5IWA F; 2RUG A; 1DUR A; 3SIP B; 4HI2 A; 1N0V C; 1RT2 B; 4QYR A; 3O2I A; 3W66 A; 2MST A; 1HPZ B; 3EVM A; 5G0R B; 1BQM B; 2YKQ A; 5LM7 E; 4IQM A; 3UCU P; 2R3V A; 2R7R A; 3FUY A; 2KM8 B; 1MW7 A; 3C15 B; 5GAD I; 2KXN B; 4NA2 A; 4LUB A; 5BXI A; 1DTQ A; 1RWU A; 3MPV A; 1RT2 A; 4LF5 J; 4ZLN A; 3KUE A; 5C42 B; 5KT3 A; 1BQM A; 4P2S A; 4JI2 J; 1FJ7 A; 3FK4 A; 2HWI A; 3P8B B; 3QT7 A; 4A8X A; 4KGZ B; 1TUG B; 5ETT A; 2JEG A; 4P7V A; 1N8R T; 2ZH1 A; 2FJV A; 1CC7 A; 2QA2 A; 1NRK A; 3N01 A; 1C0T B; 5C42 A; 2V63 A; 3HVA A; 2BEF A; 3T1H J; 3MM5 B; 2HBR B; 2DRD A; 2CNN B; 4LQ3 A; 4Q2L A; 1NDL A; 2DNH A; 3U1L A; 3EIC A; 4DN9 A; 3TOQ A; 2XWY A; 5EWE A; 3A4T A; 5LMU F; 1SJF A; 4KGK A; 4DV2 J; 1S1U B; 2QSW A; 2CJB A; 2LFV A; 1RHQ B; 3H4B A; 3QRR A; 1CUL B; 1N5Y B; 1O8B A; 2B6A A; 3LP2 B; 3CCW A; 2XZT B; 4YB7 A; 5JVG Q; 3J81 U; 3GZ7 A; 3IRX B; 4KTQ A; 4WYL A; 2GJF A; 4LVO P; 2YNI B; 1S9G A; 3D4J A; 1CUL A; 2V4R A; 1N5Y A; 3MM8 B; 1Q81 T; 1U09 A; 1IKV B; 3QLH B; 3R27 A; 5CD4 H; 4XPE A; 3W7B A; 1AFJ A; 3IRX A; 3AXK A; 1R3N A; 2DY9 A; 1O6X A; 5B7W A; 2YNI A; 5HMW A; 4P2F A; 3V2U C; 1ITP A; 4PXE A; 4JV5 J; 4OHX A; 4ICL B; 4ILL A; 2BM0 A; 2J7K A; 3MM8 A; 2MY7 A; 1GAO A; 1IKV A; 1WDT A; 5MAO A; 3AOC A; 2W4C A; 4IRC A; 1OSD A; 3RAX A; 5L39 A; 4JI0 J; 1FKA F; 4OZ2 A; 3CD7 A; 1NLK L; 1B0T A; 2A1B A; 1EET B; 2MZ1 A; 2C2Z B; 4M5K A; 1U26 A; 2IFX A; 5FJ4 A; 2CAD A; 1D1U A; 4MKY A; 4B3O B; 5JVH Q; 4QZV B; 3B78 A; 4HDH A; 2RE1 A; 3C8Y A; 3SZ2 A; 1L3S A; 3JTN A; 4DUZ J; 1X4H A; 5T7L B; 2MKS A; 1Y11 A; 3N6N A; 4LF7 J; 2W25 A; 1OSC A; 5IM0 B; 3O1L A; 2L48 A; 4UUX A; 2DEJ A; 2HGN A; 1NHK L; 4NYP A; 4F4K A; 2IM1 A; 2RQC A; 4NLG A; 3CW2 C; 1VBK A; 5ETQ A; 4KIA A; 4ZKA A; 2GVZ B; 1I1G A; 2Y0B B; 5LOQ A; 2C3O A; 4I7F A; 4EO8 A; 3RBD A; 4B3M F; 5T7L A; 2X1B A; 3MUT P; 4TU9 A; 2MZJ A; 4ETZ A; 1CJU B; 2VC1 A; 2F8M A; 3CDU A; 4B3T F; 1XC9 A; 2WVD A; 4NZ6 A; 2RDI A; 2H51 B; 4DL4 A; 3CJ3 A; 3HD1 A; 1HNW J; 3VAG A; 1KTQ A; 2UVW A; 1NB7 A; 1NJY A; 1N33 F; 3QJP A; 4M5M A; 3IBC B; 4IG3 A; 2V4J A; 5L1K A; 4RU2 A; 3D0H E; 1FO1 A; 3KUG A; 3W8G A; 3R5J B; 2I2Y A; 1CJU A; 4QPT A; 4CT9 A; 2XYH B; 2ZIT A; 1LK7 A; 2Q66 A; 1E6V B; 5LJ5 Y; 2PN6 A; 3UW1 A; 3PFO A; 2QLB B; 2A3J A; 1H7X A; 1WI6 A; 4Y2K A; 1YJN S; 1S9E A; 1YG0 A; 1KVJ A; 4YHH J; 1SUQ B; 1S0M A; 3L7P A; 1MMD A; 1JLQ B; 4U6P A; 5D0H A; 1D0E A; 3L95 X; 2HMI B; 3CC4 S; 1RT4 A; 1Z4U A; 2HHT A; 2MQN A; 4Y2I A; 1E6V A; 3PY8 A; 2H5E A; 4ANE A; 4CYU A; 3C16 A; 2NYH A; 1ZA1 B; 3GFZ A; 1S10 A; 5EDW A; 5IXU A; 3VHQ A; 1ZBT A; 4DR2 F; 1SC4 B; 2HMI A; 5GVQ A; 3IMQ J; 2N82 B; 2Y8Y A; 1N6Q B; 3QT6 A; 3FCW A; 7AT1 B; 2ZZM A; 3PYE A; 1RQ0 A; 4LF4 J; 2OTJ S; 3ADA C; 1QY7 A; 3QID A; 2OFG X; 1WAC A; 4ECX A; 2CPH A; 4B9L A; 3VAM A; 4N41 A; 3OL8 A; 4OX9 F; 5K8N A; 2ZVI A; 3GIJ A; 3OW2 R; 1NSQ A; 3EGZ A; 4V19 X; 1FRK A; 5JUM A; 2AEF A; 5D8H B; 2LXI A; 1REG X; 4B9V A; 3M8S A; 2EVZ A; 1VRT B; 2PFD A; 4QJV A; 1R0A A; 3QRP A; 5CCM A; 3CVK A; 2K2P A; 5H9E K; 4KQZ A; 2OPR B; 2PMW A; 3M6X A; 1KNZ A; 1NM2 A; 4J9P A; 1RT6 B; 3MEK A; 1YX2 A; 5F8N A; 3UE2 A; 2Z30 B; 1T9X A; 1RWP B; 4KBI A; 3QNW B; 1VRT A; 5KT7 A; 1YVF A; 2XG8 A; 4KJI A; 2RDJ A; 5HP1 A; 2RDD A; 1S97 A; 3JAM U; 1GMU A; 1B7F A; 2ZJQ Q; 5IT4 A; 1RT6 A; 4WE1 A; 3UDV A; 3GIL A; 2XNR A; 3HHE A; 4J9R A; 2HK3 A; 2CZ4 A; 4NL5 A; 2LQJ A; 2JEI A; 3OTO F; 5LJ3 Y; 2QL7 B; 3KK1 A; 3RAM A; 2FQQ B; 3W2W B; 2HVE A; 2QMX A; 3PKM A; 3V6D B; 2V8G A; 3FDS A; 4LSL B; 3QFW A; 3EDR B; 3MM9 B; 4ECS A; 1SIW B; 2Z2Y B; 4OX8 A; 5KFJ A; 4Q44 A; 1YJV A; 2B4P A; 3L9Z A; 4JI7 F; 2BAC A; 3HHL B; 3I0R A; 1M1H A; 4N76 A; 1WEL A; 2V8P A; 4ZPB A; 4FVM A; 3OVS A; 3MM9 A; 2LU2 A; 3GIR A; 5F8J A; 2BOP A; 5DGA A; 2PO4 A; 4DV3 J; 5EHH A; 3ZZR A; 1FKO B; 3E51 A; 1VRU B; 2Z8Q A; 5B09 A; 3HHN B; 1N5S A; 3MPY A; 4LRB A; 3NRB A; 2QL5 B; 3HHL A; 2HFV A; 3DU5 A; 1GXT A; 5J2P A; 2J7W A; 5JXS A; 2XMK A; 1I3O B; 4JI1 F; 2KI2 A; 4DCO B; 6FDR A; 3OFF A; 1MNE A; 2ZH8 A; 2M70 A; 4DLE A; 3HSG A; 1P1L A; 2MGZ A; 2CPI A; 1WG4 A; 5AJ3 F; 1B70 B; 4ED0 A; 5KG4 A; 4QR0 A; 1D9D A; 2EC2 A; 5I3U B; 1WC1 A; 3MEG B; 3CB4 A; 4RBU A; 5J2Q B; 1Y10 A; 2B3T B; 1HWL A; 1ZAV A; 5A8K B; 4MIB A; 3R2C J; 5HAN A; 4OZL A; 3MUM P; 3MOZ A; 4JI4 J; 4B9M A; 2FB0 A; 5F8I A; 2V4Q A; 5F8G A; 3J7A N; 4K59 A; 4C3L A; 1IWG A; 1SPB P; 5I3U A; 3OXG A; 1A7G E; 3MEG A; 2YWF A; 3N4W A; 3RB3 A; 2EFQ A; 4LRA A; 5J2Q A; 2P9C A; 3QO9 A; 3QPI A; 3J7Y U; 2WB1 D; 4P71 A; 2GCF A; 3SSQ A; 3EM1 A; 2KM8 C; 2J0X A; 1Q5V A; 3PAC A; 1XMQ F; 4A8O A; 3VZH A; 1FEH A; 2BW2 A; 3W2V A; 2RUS A; 4RW4 B; 1HNZ J; 1HNI B; 1RWX B; 1QSS A; 3MTJ A; 2M7S A; 1RWV B; 2ZE2 B; 1WKJ A; 2B9X A; 2D41 A; 2C2R A; 2ZNY A; 3GPA A; 1WSV A; 3HFV A; 4KB7 A; 4YB1 P; 1M0S A; 2LEP A; 3HI9 A; 2YWW A; 3BPD A; 2ZM6 J; 3V5R A; 3G6E S; 4ZHR A; 4KHM A; 4LFC F; 3QQC D; 2DTJ A; 1YGY A; 4JI6 F; 1CS4 B; 2H4W B; 4ZCI A; 2XHW A; 1LFP A; 5KT5 A; 4X64 F; 1ZM2 A; 2YWK A; 3AD9 C; 5A8W B; 4M5N A; 2M4M A; 3VGV A; 2BJD A; 2VKR A; 4M5I A; 1HBM A; 1O51 A; 1VBX A; 4ZP6 A; 2ZH9 A; 4LF9 J; 4DHV A; 5DQI A; 1JLB B; 3EWG A; 3EGV A; 3VV2 B; 4ZCL A; 1S59 A; 1CS4 A; 5CD4 A; 5C7P A; 1S1V B; 4U8Y A; 3RGI A; 3CGI A; 3D6H B; 5H9F J; 5A8W A; 4DV7 J; 1EAY C; 2VDH A; 2J7U A; 4NYO A; 3OXL A; 1TK0 A; 4UQT A; 4MK8 A; 2ATC B; 2UXC J; 2HZV A; 1XNQ J; 1TL7 B; 3H5Y A; 5C2G A; 1X0P A; 1VQO S; 2XMM A; 2ROG A; 3OR2 B; 1HBO B; 5KFF A; 4YP3 A; 2ILZ A; 2OD6 A; 4KH1 B; 3Q24 A; 1OS5 A; 2HNY B; 1HHT P; 2HHX A; 1YQH A; 1HQE B; 3DLE B; 2UXB F; 2VHG A; 3M2R A; 2J9E A; 3T5J A; 1X5O A; 4DR5 F; 4LSN B; 4X4V A; 2WB4 A; 4CLS A; 4LR8 A; 3OR2 A; 1ZYQ A; 1HBO A; 2COL A; 2V50 A; 3HVT A; 3THT A; 1UZD A; 1S72 S; 3IR5 B; 1HQE A; 3CSK A; 3NCQ A; 4NMX A; 5K8M A; 2DGX A; 1IBK J; 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