3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
3AVIA 1EX4A 3NF9A 3WNEA 4EP5A 2PYJA 5HRNA 1I39A 4HTUA 3RMCA 4BDPA 3VA0A 1D8YA 1RILA 2KFZA 1NK9A 4B9VA 4CHQA 1NJZA 1BIUA 2D5RA 1CZ9A 3HO1A 4CHZA 4DU1A 1TK8A 4FJ5A 1WSEA 1KFDA 1RDCA 3MEDA 2WOMA 1HYZA 5KTQA 3AVLA 4CIEA 5I3UA 4CJUA 4E1MA 3LZJA 3LWLA 3EY1A 2D0AA 4DQRA 4E7KA 3MEEA 3HXMA 1NJXA 1NK0A 1C1CA 1TAQA 2YHBA 1U4BA 4FLYA 1N5YA 4FVMA 4BACA 1J5OA 4M3YA 3ZSYA 4KFBA 2G8HA 1HNVA 4CEAA 3KD1E 4FLXA 4OKJA 4FZYA 1RBTA 3QINA 1RBRA 3PO4A 4CJQA 3OYAA 4DS5A 1D5AA 4O44A 2G8VA 4C8MA 5J2NA 3PX4A 4GVMA 3LALA 4CGDA 4FM1A 2Q3SA 4FW2A 3NH2A 1L3VA 1GOAA 3TAPA 2YNHA 3O3FA 4FK2A 5HRRA 1JKHA 3SUPA 3ZT0A 4LSLA 3OVNA 1BQMA 4LH5A 3VQEA 4CEDA 3JYTA 3V1OA 3VQ9A 2D0CA 4BDYA 1L3UA 4FYDA 4B9MA 4Z4CA 1WSFA 4AHUA 3AVGA 1WNSA 4FJKA 3TABA 5KRSA 1YVUA 3M8RA 2BDPA 4HHTA 1BCMA 1RT7A 3ZSVA 1HMVA 1KVBA 4AHRA 5SZTA 3QEVA 3PY8A 3DLEA 4CGJA 4CF9A 5J2QA 2DTUA 1VSKA 2XY6A 3G10A 3CYMA 1C0UA 3KKSA 4I7FA 1VSJA 4Z0UA 4YFUA 4CEZA 3L2VA 1LWEA 3L2QA 3NBPA 3OYCA 4W5NA 4TSXA 1QSYA 2X6SA 2PZSA 3AVHA 4F3OA 3O4NA 3AVKA 3LZIA 4FJIA 5HRSA 2BE2A 4OPJA 4MFBA 3OYIA 1NOZA 4CFCA 1ZBLA 1LWCA 4FJJA 1IO2A 2E6LA 4BWJA 3OJUA 4M3XA 4H8KA 3KTQA 1RNHA 3M8PA 4CHPA 2IC3A 4E7IA 1WSJA 2RF2A 1TVRA 4CK1A 4HUFA 4K8XA 3C94A 1KRPA 2F96A 3KKRA 2P5GA 4DSIA 2E6MA 2OPRA 1FKPA 1FKOA 4FXDA 3QIPA 1TKTA 3OYMA 3VQCA 3SUOA 3P5JA 3DRRA 3TWHA 2HHQA 4JRPA 1RDBA 3AVNA 3O3HA 5HP1A 3CFRA 4DLEA 4OJRA 1S1XA 3D0PA 4Z4EA 1ITGA 4DTSA 4CF0A 3ZSXA 1U45A 2FBYA 1IKYA 1T8EA 3KLIA 3M8SA 4PA1A 5J2MA 3OY9A 1BHLA 3VQ6A 4FZZA 1X9SA 4F3TA 4FM2A 4ELVA 1HQEA 4CHYA 1XHZA 4M3ZA 1TK0A 5EU7A 4CECA 4DQSA 3QNOA 2HNZA 1JLFA 4KI4A 4PUOA 1S6QA 3LPUA 3NF7A 1KVCA 2XHBA 1C1AA 3K59A 3CM5A 4CESA 1J53A 3HPGA 4DTMA 4KKOA 2Y1JA 3SJJA 2I5JA 1JL2A 2EX3A 3FFIA 3KD5E 2B4JA 1ZYQA 2HHVA 3MECA 4FZXC 1TL1A 4DTRA 3VQAA 2YKMA 4OLBA 1T7PA 4DF8A 4RW9A 4IFVA 3OYEA 3K5NA 3JSMA 3AO4A 3S3OA 2IOCA 3DOKA 2WONA 3TARA 4QOZB 4GW6A 4E0DA 3NH0A 2X74A 4ZTFA 2ITGA 3V6DA 4CGFA 3AVBA 3TAQA 3B6OA 3P1GA 3RMDA 2KZMA 1VK0A 1HNIA 3I0SA 2P1JA 1KVAA 1RT2A 1NOYA 1IKWA 1VRUA 4DSFA 4QAGA 4CJPA 5C42A 1RDDA 1JLBA 3AO3A 1JXBA 3K57A 1UAXA 4O0JA 1HJRA 1JLAA 4ELTA 3UIQA 3TI0A 4KTQA 3V9ZA 1VSMA 4B3OA 4OPKA 4JS4A 4H4MA 3NF6A 2P51A 2VG7A 3CM6A 4JRQA 1BISA 3VN5A 3SQ4A 2YNIA 3VA3A 1YT3A 2HHTA 1S1UA 3T19A 3T3FA 1WAJA 3KK3A 2AJQA 1YTUA 3AVFA 2YNGA 3DM2A 3OYFA 4WE1A 4IG0A 3CFPA 4FCYA 4B08A 4DSEA 4I9LA 1RT1A 3VQBA 1Y97A 3NF8A 5KGXA 2GUIA 3IRXA 3IS9A 3L2UA 1JLGA 4DS4A 1D9DA 5D3GA 1BCOA 4FLVA 4KB1A 3G0ZA 4AHVA 1B9DA 1L5UA 2XO7A 4E3SA 4J2AA 4N76A 3SPZA 4CJ3A 2IAJA 3HSTB 2PYLA 4HCBA 3LP0A 3AA2A 2W42A 3TANA 4K8ZA 1B92A 1IKVA 4FJNA 3F9KA 4E7HA 4M3UA 3ZSOA 1X9WA 1U47A 4ZTJA 3DOLA 2HW3A 1RT6A 1WN7A 2Z1JA 4NYFA 4DFKA 3ULDA 1JLQA 2FC0A 3I8DA 3RTVA 1ZBIA 4CGGA 3NGIA 1ZBHA 2BANA 3AA3A 3AO5A 1LW2A 2HVIA 1HYVA 3QO9A 4J2EA 3S3MA 3U3YA 4I2PA 3F73A 5KRTA 1U04A 2XY7A 3OS0A 3QERA 3RR7A 4CERA 3EYZA 2OZSA 2JGUA 1T03A 3DLBA 4HUEA 1QS4A 4KPYA 2HHWA 3H08A 3KLEA 5HBMA 3NDKA 5DK5A 5J1EA 4DF4A 1UA0A 1W9HA 4DSLA 4IBNA 3ITHA 3PO5A 1LWFA 4Y1CA 4LD0A 1RTIA 2XY8A 4M3TA 3ZT3A 2Z1IA 4M45A 4OGCA 1JLEA 1RTHA 3TR8A 5CYMA 4B9LA 4FK4A 4NCAA 2IDOA 1I3AA 2FBXA 4F2RA 2HHSA 3ZT1A 1NKCA 4DFMA 2ATQA 3EZ5A 1FK9A 2B6AA 2DFFA 3M8QA 1KTQA 4CEOA 4CJFA 3KK1A 3V9WA 3QEIA 4C8KA 1C6VA 1F21A 1NK6A 4DQIA 3SQ0A 3TAFA 4AHTA 4Z4HA 3TAEA 1SKSA 1BL3A 4DTUA 1BQNA 5SWMA 3ZCMA 1KLMA 4E7LA 1ASWA 1J54A 3WNGA 3K5OA 4I2QA 4CEFA 1SL2A 2F8SA 2BGGA 3OS2A 4KTZA 1CXQA 3V4IA 4AHCA 1C1BA 4DWIA 1X9MA 3OS1A 2VWKA 4G1QA 4FLWA 3I0RA 4CF8A 1EETA 3SCXA 4KHSA 3LAKA 3HM9A 1CZBA 4CK3A 2D0BA 4R5PA 1Q9YA 2OYQA 3HPHA 4NYNA 2HHUA 4BDZA 3QESA 4W5OA 2IGIA 3NFAA 4J2DA 4EP4A 4CFDA 1U48A 2RKIA 1RBVA 1DLOA 4BWMA 1W0HA 1Q8IA 2KZZA 3MAQA 4BE2A 3KIOA 3O4QA 3THVA 1IH7A 1EP4A 3ZSZA 3NGYA 1NK5A 1HQUA 3OYLA 4L8RB 4JLHA 2YNFA 4EZ9A 3LP2A 3MXMA 4Z4IA 3OYBA 3VQQA 3V9XA 1QSSA 1VSLA 3DLHA 3SNNA 1S6PA 4CHNA 4LSNA 2A1RA 1TGOA 4ID5A 1NK7A 5C25A 3LAMA 4HCCA 4KHWA 1TL3A 3L3UA 1B9FA 1WLJA 3QEPA 1RDAA 4ZHRA 2IS3A 3MXIA 4DTXA 1S1VA 2ZE2A 4CJLA 3BDPA 1VRTA 4DTOA 2B5JA 3OYHA 4DTJA 3QNNA 3HP9A 2F8TA 2X6NA 1WAFA 4W5TA 4FM0A 3DLRA 1JLCA 4NCGA 2YHAA 3KLFA 2OPPA 3DLGA 1A5XA 3ISNC 4KTWA 5HLFA 1UA1A 1BIZA 5CZ2A 4CEBA 3HP6A 3CG7A 4DU4A 1LAWA 4AILC 1BI4A 3AO1A 5HRPA 3MEGA 2RN2A 3DRPA 3ZT2A 4Z4FA 4IDKA 4Q5VA 4N5SA 2EHGA 2HNDA 2QK9A 4XIUA 1XI1A 1GOBA 1NJYA 4M41A 3MXJA 1WSHA 3QETA 1HRHA 1ZBFA 4RW7A 5CY4A 3AA4A 4CE9A 3ZSWA 1SL1A 2VWJA 4B8CA 4I9QA 2HHXA 1VSDA 2G8FA 4W5RA 4Z4GA 4HUGA 2G8WA 2P5OA 1LAVA 4FK0A 1RTDA 1KSPA 4CCHA 3ZT4A 3PX0A 3VQ7A 4M3RA 2KTQA 3O3GA 1LV5A 3LWMA 1R0AA 4ICLA 4LH4A 1REVA 1S5JA 3HK2A 2O4IA 1IG9A 4DSJA 3IAYA 5C24A 1QTMA 4N41A 2YV0X 3C6TA 4O0IA 1QE1A 4CEQA 3L2RA 3SQ1A 1U49A 3LPTA 3HJFA 4FLTA 5K14A 3RRHA 4AHSA 4FJ9A 4IG3A 1HPZA 4EZ6A 4O55A 5JS1A 1SKWA 3VQ4A 3ZSQA 3HT3A 5CZ1A 3AVCA 1JL1A 5FDLA 3KJVA 3SUQA 4DQPA 4PQUA 4RG8A 3VQDA 4B9SA 3ALYA 2R7YA 2G8UA 1BI4B 1RTJA 3OYNA 2XY5A 3RR8A 5HROA 4E1NA 4IKFA 4Q0BA 4KREA 4DLGA 4BE0A 3SYZA 4H4OA 3LANA 3QIOA 3SI6A 4JS5A 2NUBA 3LP1A 1DTQA 1Z25A 3K5LA 5FROA 2HB5A 4KV8A 3T1AA 2KQ2A 2O4GA 4M3WA 1NKBA 4OKKA 4RW6A 3NGZA 3V9UA 2PY5A 1N6QA 4HVJA 4FLUA 3V9SA 4DFPA 1CLQA 1X1PA 3CQ8A 3V1QA 4B8AB 3ZSRA 3K2PA 4DSKA 4CJSA 4W5QA 3OYJA 2FBTA 4N56A 2ZQBA 1YTAA 4ID1A 1TV6A 3C95A 4CJTA 5DMRA 4Y1DA 2XRIA 2RPIA 3V1RA 1S1WA 3U3GA 3PV8A 1TKDA 3NCIA 1TKZA 2GBZA 3TAGA 4B9TA 2OPQA 4FJHA 4M42A 1L3TA 2QKBA 2YKNA 3A2FA 3L8BA 3V81A 1NK4A 3DI6A 1C0MA 1VSHA 3K5MA 1JXEA 3L3VA 4C8OA 2VG5A 1J9AA 1A5WA 3QLHA 2DY4A 5JS2A 2JLEA 3P83D 4QCLA 3C6UA 1S9GA 1SL0A 2Y1IA 1SV5A 4F4KA 3HYFA 1LW0A 3HVRA 2FBVA 4FJXA 1RBUA 3DMJA 3NH1A 4C8LA 3E01A 3AVAA 4CJ4A 1L3SA 4FJGA 1VSIA 1CXUA 2A1SA 4N47A 2G8KA 1ASUA 3SV4A 3DRSA 1NK8A 3HVTA 4KRFA 2OA8A 3VQ5A 1ASVA 1VSEA 3NAEA 1NKEA 3AVMA 1D9FA 4OLAA 4CJWA 4DTNA 4OGEA 3HPOA 2QKKA 1SUQA 1RT5A 1XHXA 4C8NA 1KLNA 1XC9A 4PY5A 1VSFA 1XWLA 4CJEA 4FW1A 5FRMA 4KHYA 3LP3A 1DTTA 1BGXT 2Z1HA 2ETJA 4CJRA 4ELUA 3AV9A 3OYDA 1QQCA 3HL8A 1UOCA 4IFYA 2OZMA 5FRNA 2QXFA 4FJMA 2HVHA 1TAUA 4E89A 1RT4A 3AVJA 4CHOA 3KLHA 1Q9XA 5J2PA 4CGHA 1MU2A 3SUNA 3SZ2A 4J2BA 4FJ7A 4FJLA 4E19A 4KI6A 4GMJB 4BE1A 1QHTA 4CIFA 1WSGA 5T7BA 3RMBA 1HYSA 4CIGA 5I42A 1G15A 1IKXA 1GOCA 3ASMA 3CFOA 4FJ8A 4OVLA 3SV3A 1Z26A 4PWDA 2HMIA 4RW8A 1RT3A 2X78A 4B9UA 1EXQA 4AH9A 1SKRA 3NE6A 3LDSA 4DU3A 4KHNA 2KFNA 4CJ5A 2DFEA 3VQPA 2OPSA 4DQQA 2HNYA 2KW4A 4CFAA 3TAMA 4CJKA 4DFJA 4CJVA 3DYAA 3SPYA 4YNQA 4F8RA 3B6PA 2G8IA 1K6YA 3WNFA 4CFBA 3U6FA 3PUFA 1WSIA 4DMNA 3L2WA 3K58A 3SQ2A 1FXXA 2Z1GA 5E41A 4KB0A 1C0TA 3WNHA 4KO0A 3KK2A 1T05A 4F2SA 3AO2A 4OKEA 4CEEA 1O1WA 1S1TA 3NHGA 1QSLA 1TK5A 3RRGA 4CF2A 3S9HA 3S3NA 3D45A 4FLZA 1NJWA 4KHUA 4NCBA 2LSNA 1TKXA 1KFSA 4RW4A 2E4LA 1RCHA 2ZD1A 1RBSA 3VQ8A 4CGIA 2VG6A 3IG1A 3PX6A 3QEWA 3AA5X 5KGWA 4CF1A 3OJSA 1A5VA 5KI6A 4B9NA 3RMAA 3DLKA 4CK2A 2GV9A 4E7JA 3KLGA 4MQ3A 4DTPA 4KHQA 1UWBA 3OYGA 1S9EA 1ZBUA 3QEXA 5CYQA 1KCFA 4UQGA 4O5BA 4DG1A 4O4GA 3BGRA 3OYKA 3RWUA 2DFHA 1EKEA 4LY7A 4KAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EX4A 2FLOA 3KK7A 1NGDA 4GVEA 3CCQN 1WBDA 2NRWA 4BDPA 1D8YA 1Z6RA 4C23A 4JI7K 4FVUA 1NJZA 1K9MO 4IOCL 3VMFB 3P39A 5CR4A 1TK8A 1WSEA 5KPZA 3M1FA 3MEDA 2WOMA 5JLHA 1DT9A 1HNZK 4IJNA 5I3UA 4CJUA 4DQRA 3EY1A 2D0AA 3HXMA 1NJXA 1J5OA 1C1CA 1U4BA 2KFNA 1NGEA 4JKEA 4GV6A 4FOEA 3Q7CA 1QVFM 2ZJPL 3OYAA 4C8MA 2E2NA 4FK2A 3GG4A 1JKHA 3A5LC 3OVNA 1BQMA 4LH5A 3JYTA 3V1OA 4BR4A 1BA0A 3U4LA 2PAVA 4YORA 4YOUA 1BCMA 1RT7A 2QWQA 3ZSVA 1KVBA 3QEVA 3PY8A 3LDLA 5J2QA 4CF9A 1NMDA 1V4SA 2XY6A 3G10A 3KKSA 1VSJA 4OPHA 3L2QA 2WFBA 3CCUN 2JWLA 5HRSA 2BE2A 3OYIA 1ZBLA 1N34K 1NOZA 4H0TB 3OJUA 3TPQA 4ISFA 3B8AX 1IBLK 2ZJQL 4E7IA 2RF2A 1TVRA 3H1VX 4Y0WA 5ADXH 1T44A 4H5VA 2HF4A 3CERA 5JMVA 3O1BA 3C6AA 4HWIA 3VQCA 3HM8A 3SUOA 3L4IA 4DLEA 4OJRA 3K0SA 2FBYA 3VGLA 4PA1A 4UY8O 4YOWA 3ATVA 1TK0A 5EU7A 2P9KB 3CJ9A 2HNZA 4KI4A 2YHYA 3NF7A 1KVCA 1J53A 5TKWA 4DTMA 2YI1A 3FFIA 4JHDA 1WB9A 3KD5E 4ISEA 2B4JA 1S72N 3MWPA 3VQAA 4DTRA 1T7PA 3OYEA 3CJBA 3F9MA 3JSMA 2QWNA 4E0DA 3TAQA 3P1GA 5AFUH 5AQIA 1VK0A 2UXCK 4FSVA 2P1JA 1KVAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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