3HZ6A

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
500
structure length
497
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRSNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulokinase
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 162
structure length 497
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A01
1JCFA 1BUPA 3CQXA 4CBWA 4BC5A 4IJNA 4EAHD 5EOYA 1HUXA 2ASOA 3CQYA 4PKGA 5AQLA 3C7NB 2GUPA 4FWRA 5BPMA 4BREA 3AAQA 2P9LA 3GOIA 4MLEA 3O5BA 3VERA 1BU6O 3ULEA 4L3QA 5B8HA 3ZETB 4PKHA 3CJBA 1U2VA 2QXLA 3A5OC 1Y64A 4BG8A 2ZWHA 3HTVA 5E84A 3LDNA 5BN8A 4BGBA 3SMPA 3VGLA 4KBOA 1WUAA 4CD3A 5AQGA 2ZGZA 5EVZA 1R59O 4ISGA 1GLBG 5BR9A 5AQHA 1MDUB 4EHUA 1HLUA 2Q0RA 1NWKA 3GBTA 3U9ZA 1YAGA 2HF4A 3FZLA 3HBTA 2HMPA 2YHWA 5TKYA 3VEZA 1J6ZA 3DXMA 4BRPA 3IFRA 2Q97A 4QS8A 2ITMA 3UE5A 2QM1A 1QQOA 3ZX0A 2CH6A 3G25A 2V7ZA 1DGKN 4FOIA 1D4XA 1NGIA 4FSVA 5KQ8A 4H0YB 5BN9A 1BOTO 2GTDA 1QZ6A 4BR9A 5AQPA 3W0LA 2P9UA 4BRHA 4CZLA 1BO5O 4B1ZA 1TYQB 1KAZA 3BEXA 4H5TA 2IVOA 3CJCA 5AZIA 3VPZA 5AZJA 5AQFA 1NGDA 3U4LA 1ATRA 3QB0A 4O5FA 3WXKA 3MN9A 2H3GX 1NGEA 2P9IA 3LM2A 4FOEA 4K42A 3DAWA 4IWVA 4Y0WA 1K8KB 1T6CA 3I8BA 3GG4A 2E88A 3O08A 3ZEUA 3GL1A 4MLHA 4I6MB 1YXQA 2D0PA 4PL7A 3L4IA 1Z6RA 2QWLA 1JCEA 4BG9A 5KPZA 4BR7A 2YI1A 2E1ZA 3EO3A 5AR0A 2YJEA 2I7PA 3SLCA 3LDPA 3UKUA 2ZGYA 4H5VA 1NGJA 4XH4A 1E4GT 4RWTA 4BR4A 4LC9B 4DB3A 3H6EA 4CBUA 3VEVA 1ATSA 3DXKB 3QBWA 3GE1A 4BR0A 4H03B 3D7EO 1SQKA 3J8AA 4H0OA 4QS9A 4JAXA 4XH1A 2BTFA 3HSCA 4M63C 3EKSA 1T6DA 3WQTA 5AQYA 4JD2A 3TU5A 2OANA 1RGIA 3ATUA 4MO4A 3VEXA 2A40A 5FPMA 2A5XA 3UKRA 2IVPA 2A6AA 1C0FA 1ZC6A 2P9NA 5ADXA 1U2VB 2YHXA 1C0GA 3MK6A 4JN4A 2CGJA 5ADXH 3O80A 2E20A 3U8XA 2AP1A 5EY4A 3VETA 3WUHA 3AY9A 3VEOA 1DKGD 1NGAA 4BRCA 1QQNA 4BVPA 3ENOA 4B1XB 5BRHA 1XUPO 3FR0A 2P9KA 2Q31A 3M1FA 4CJ7A 1Q18A 1BDGA 4F9OA 3H3NO 5CE3A 4IZ9A 5JLFA 4FWPA 5KPTA 4XH5A 4EIAA 4GY2B 4IJAA 5BRDA 4E1JA 3VEYA 3O1BA 3MMVA 5AQNA 3CI5A 4AM7A 3DXMB 3D2FA 1Z05A 3VF2A 5AQQA 3CHWA 2HF3A 4BGAA 2NRHA 3W3DA 5AQXA 1BWFO 3BF1A 2P9SB 4B1WB 2Q36A 3WXLA 1MWKA 3ENHA 3CJ7A 2P9UB 5BREA 1SAZA 1G99A 3MDQA 5AFUA 2EWSA 3P4IA 2FSKA 3ZX2A 3FGUA 5AZJB 3M3ZA 1NGHA 1NBWA 1H1VA 1LOTB 3WEEA 5JMVA 3TPQA 4C23A 2P9PB 2VWBA 3KZBA 3UB5A 4JNEA 4A61A 3BF3A 4JHDB 4H0TB 3C7NA 1NMDA 2BUPA 5KPRA 3ZEUB 3JXUA 1GLCG 3ZX3A 4BVOA 3A5MC 4HWIA 3SK3A 4M7XA 3SMSA 4CZHA 1TUYA 3FE1A 3FZHA 4FO0A 3ID8A 3ZETA 2NLXA 3LDQA 4BRKA 3H1QA 4NB4A 3MN7A 5AQVA 5BPNA 2VCPA 3EZWA 1S3XA 1HJOA 1JCGA 3IUCA 3MN5A 5I9EB 1IJJA 2FF6A 1GLFO 5KQDA 3CETA 5AQOA 3D2EB 5BPLA 3R9PA 3HM8A 3L6QA 2DPNA 3R8EA 3M6GA 3FLCO 3A0IX 4QS7A 3VEWA 3AAPA 4JD2B 2J4RA 4H5WA 4BRIA 3U9DA 4B1VA 3FZMA 3UKRB 4GNIA 4J8FA 2E1YA 1XC3A 3RSEB 3QBXA 2ASMA 2E8AA 3OHRA 4EHTA 4BRDA 4FWOA 3LDLA 4K41A 1KAXA 1MWMA 4WQ4C 2F9WA 5AQUA 1QQMA 3SJHA 4DQ8A 1LCUA 4FWLA 2D4WA 5AQZA 3FZFA 2CGLA 4XEIA 1TYQA 3VGKA 1BA1A 1MA9B 3MN6A 4FWNA 2A41A 4IXCA 2UYTA 2V52B 3CJ1A 1RDWX 1X9JA 1WOQA 4FPBA 4BRQA 4BRFA 3EKUA 5AQIA 4WQ4A 4RTFD 3QICA 2P9LB 2A3ZA 4WQ5C 4B1YB 4RCHA 3ULEB 3O4WA 1ZBSA 2W40A 4BRNA 1QHAA 1CZAN 2Q1NA 1P8ZA 1XQSC 4H5NA 4PKIA 4BR5A 5F0XA 5F1XA 3QFPA 3LDOA 4K43A 3C0BA 1X3MA 3WQUA 4YDUC 4O8KA 3IDHA 3QFUA 1HKCA 1ZXOA 4FWSA 4DCHA 5FPNA 2HOEA 3MCPA 2QW9A 1NGCA 4CZGA 4WQ5A 2FSNA 1HKBA 2QWMA 1YVNA 3CERA 4A62A 4AM6A 2E2PA 4DHYA 1OKJA 2ASPA 3H1VX 3S41A 4YDUA 1BG3A 3BP8A 5EXWA 5AQSA 4BRLA 2F9TA 1GLAG 4WYBA 3DXKA 1NGFA 2FF3B 2IIRA 4NO7A 5AQMA 4BR2A 5F2RA 1E4FT 3JS6A 1DEJA 2FSJA 3I33A 3O6WA 2FXUA 2I7NA 1V4TA 1NM1A 2VYPA 3VENA 3HI0A 3WT0A 2Q2RA 4CZKA 2A42A 3QDKA 4HTLA 5AQTA 4A2BA 2W41A 4M7YA 1ESVA 3A5LC 4CZJA 5LJWA 3IMXA 5AZIB 5AFUH 1HKGA 4BC4A 3QMLA 2CGKA 1ATNA 2QWPA 3O1WA 2P9IB 4FWQA 2NZTA 2QWOA 2IVNA 2ZF5O 3WXIA 1RFQA 4H0PA 1U6ZA 3A5NC 3KVGA 3LL3A 1T44A 5FPEA 3FFKB 4BRMA 2GELA 3GDQA 1S22A 4K25A 4H0VB 1NGBA 5LJVA 2YCHA 4BQZA 1EQYA 3F9MA 5ELZA 1QZ5A 1SZ2A 3KHYA 3UKUB 1BA0A 3B8AX 4A2AA 1GLEG 2P9SA 5AQRA 2E2NA 3EL2A 1HX1A 3H3OB 4IO8A 2QWRA 2PBDA 2QWQA 2PAVA 4H5RA 2GEMA 3A8YA 4ISFA 4PL8A 2CH5A 1GLLO 4B1UB 4CI6A 4CZEA 2GWKA 1NGGA 2WUSA 5AQJA 5EX5A 1HPMA 3CJAA 4BROA 2D0OA 3CJ9A 5BRFA 2P9NB 2P9PA 3EN9A 3BUZB 1KXPA 4BQLA 5FPDA 4JHDA 5JLHA 4CZIA 1YUWA 4Z94A 2AA4A 5LY3A 2V7YA 3LM9A 3VGMA 2Q0UA 1V4SA 2FLOA 4H0XB 2GWJA 2V51B 3ATVA 3VESA 2YJFA 4CZMA 2E2QA 3O8MA 4BC3A 2P9KB 5E26A 4CZFA 2KHOA 1IG8A 4BRAA 3VOVA 3AARA 3DWLA 3L0QA 3FZKA 3VF6A 4B9QA 1NLVA 2QWNA 3D2FB 4FL9A 1GLDG 1K8KA 3D2EA 3VF4A 1TUUA 2D1KA 3R6MA 3WXJA 4BRGA 4CD1A 4I6MA 5JICA 4FWMA 4EFHA 2E2OA 3H45C 1X3NA 5AQKA 3CIPA 4FWKA 4ISEA 5AQWA 1GLJO 4FPAA 3H46O 4CBXA 4MO5A 3RSEA 1KAYA 3DJCA 4BC2A 3HZ6A 3WEEB 2YHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQXA 4QOZB 4BC5A 1BCMA 4N41A 4EAHD 4F2SA 1Q81O 3TTFA 1IKXA 3CQYA 5AQLA 1D9FA 3AGRA 3C7NB 2ETJA 3NGIA 2GUPA 1EP4A 4FWRA 4OO1J 4DG1A 3O5BA 3ZETB 1D9DA 2UXDK 1VSHA 3OS2A 2QXLA 3A5OC 3HTVA 4CEAA 5BN8A 4CFDA 1VRUA 3HVTA 5J2PA 3VQPA 1U48A 4CD3A 3SI6A 2ZGZA 3TAQA 1R59O 4FJMA 4ISGA 4AHVA 4EHUA 2XRIA 4N56A 4CJEA 3HBTA 3FZLA 3PO5A 3V6DA 3K9KA 5TKYA 1J6ZA 3KWGA 4BRPA 3RWUA 1LWFA 3OYIA 2D0BA 1RILA 5IT9O 4H0YB 5C10A 4JS5A 1RBSA 2E4LA 4DV6K 1VQNN 2FBVA 5C0YA 3N4PA 4FW2A 1BO5O 1TYQB 1KAZA 5LL6Z 1YJWN 4FK2A 4DV7K 3TTDA 3CJCA 5AZJA 1TL3A 3U4LA 3SUPA 3ZSQA 3MN9A 4DV0K 1NGEA 5KI6A 4FOEA 4CIFA 4CIGA 4K42A 4IWVA 4Y0WA 4C8LA 4CF1A 4DV2K 1YTAA 4O0JA 3T69A 3O08A 4M3ZA 3SQ1A 1K73O 4I6MB 2D0PA 1WSEA 2B4JA 4JI4K 5H1SQ 3DLKA 1Z6RA 3V4IA 3VQQA 4IBNA 5KPZA 2KQ2A 4YOYA 3N4QA 5AR0A 3LDPA 4H5VA 2RN2A 1NGJA 3SBTA 2HHXA 2QXFA 2HVHA 1EKEA 4Z4FA 4GKKK 3H6EA 2WONA 3WNHA 1SQKA 2F96A 4PA1A 1JLCA 4OLBA 3HSCA 4KHYA 1T6DA 1GOCA 2OANA 3V9SA 4MO4A 2XO7A 3VEXA 2ZJRL 1ZC6A 2P9NA 5ADXA 3CC7N 5C25A 5HROA 3HP9A 2CGJA 3TWHA 3O80A 3NF6A 2BE2A 2AP1A 3AA5X 2O8FA 3IS9A 3IRXA 1RT2A 3A2FA 4IFEA 3G6EN 3CYMA 1Q82O 3OYCA 4RW8A 4B1XB 2PFUA 3G4SN 5BRHA 1VQ9N 1XUPO 2P9KA 2Q31A 3M1FA 1Q18A 1BDGA 5CE3A 2ZQBA 4AQYK 3P38A 1BISA 2XY8A 3CCEN 3MXMA 4EIAA 4GY2B 5BRDA 4X65K 3VEYA 4MDAA 1Z05A 3ZSWA 5AQQA 3S9HA 1SKSA 2HF3A 4BGAA 2NRHA 3W3DA 2RF2A 2QKBA 4DV3K 3BF1A 2P9SB 4HUFA 4B1WB 5SWMA 4GKJK 3NH2A 3OW2M 1MWKA 3DI6A 3MECA 2W42A 1OH6A 2ITGA 2KKZA 3MDQA 2EWSA 1XHZA 2YX6A 1UOCA 4FM1A 1ZBFA 3ITHA 3FGUA 4GV6A 1NGHA 3WEEA 1H1VA 4ZTJA 2NUBA 3KD5E 2PYJA 4F8RA 4BWJA 1XNRK 3MWTA 2G8WA 2O8DA 1Z26A 1UAXA 2VWBA 4A61A 3C94A 4B3SK 5KPRA 3ZT4A 4HWIA 3SK3A 2NNWA 2A1SA 1VQPN 4KV8A 4KI6A 1YI2N 3UIQA 3CCJN 4F3TA 4CEZA 4YOUA 4OPHA 1OH7A 1X9MA 4KO0A 1L3SA 5AQVA 5BPNA 3THXB 3LALA 2VG7A 1RDCA 3IUCA 1VQ7N 4OLAA 4JI7K 1GLFO 4CERA 4ELUA 3R9PA 4DUYK 3QIPA 3L6QA 1IBKK 1NKCA 3M6GA 3MEEA 4LF8K 4I2PA 3PIPL 1QS4A 4JD2B 3O3GA 2OZSA 3FZMA 3F9KA 3TSQA 1JLEA 2ASMA 3PO4A 1VQKN 4EHTA 4FWOA 3M5RA 4K41A 3O9UA 3KLGA 1MWMA 2RPIA 2VQFK 5AQUA 4WFNL 4FWLA 2D4WA 2CGLA 1QVGM 1I3AA 4F3OA 3MN6A 3HPOA 2V52B 1X9JA 4DS4A 4CJ4A 2Z1IA 4B1YB 4BE1A 4UY8O 4PKIA 3OJSA 3QFPA 3CC4N 3WQUA 4OVLA 3WNGA 4CJSA 2HOEA 1NGCA 4GV3A 2FSNA 3KK3A 2QWMA 4FLZA 1UA0A 4F2RA 3CERA 4A62A 4AM6A 1CXQA 4M3TA 1OKJA 4MFBA 4M3XA 4NXMK 4FJJA 3VTIA 4BRLA 1NK8A 1GLAG 1NGFA 2FF3B 4CJFA 2IIRA 4NO7A 5EU7A 1WBBA 3MX2A 3JS6A 2QI2A 1B9FA 3I33A 4KTZA 3TAEA 4BDZA 4LF7K 3OJUA 4DSLA 3AGKA 3E9OA 2F7TA 4OKJA 2Q2RA 4RG8A 2A42A 4ELTA 4HHTA 3H08A 4CHPA 4JKEA 3A5LC 4CZJA 2QEXN 1HKGA 2HHWA 4OKEA 2CGKA 3O4NA 3OYGA 3O1WA 3C6AA 3V9XA 2NZTA 1RFQA 3TAPA 3A5NC 4NCAA 4Y1CA 3QEPA 3HT3A 4YOXA 1VSEA 3GDQA 4H0VB 1NGBA 1T03A 1VSMA 2YCHA 1EQYA 3F9MA 3KWIA 1SZ2A 4PUOA 2PY5A 3G0ZA 3VA0A 3DRRA 1GLEG 1DLOA 5C2FA 1FKOA 4Z4IA 2QKKA 1JXEA 2PAVA 3RVCA 4H5RA 5M1OA 2NRRA 4J2DA 2GEMA 3HM9A 2X6SA 1KSPA 1YT3A 2O4IA 3SAHA 4ISFA 4YHHK 3DRSA 1HNVA 4DR1K 4A59A 1HPMA 1BGXT 4BROA 4YOTA 2P9NB 3K0SA 5JLHA 4B9NA 1RNHA 2V7YA 2O8FB 1KFDA 2Q0UA 4KRFA 1V4SA 1VSJA 2FLOA 4JI2K 3ATVA 3O8MA 2P9KB 4F4KA 4CZFA 1J9AA 1IG8A 4NLBA 4O5BA 3VOVA 1VRTA 3OYDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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