3I3LA

Crystal structure of cmls, a flavin-dependent halogenase
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
567
structure length
550
Chain Sequence
HMTRSKVAIIGGGPAGSVAGLTLHKLGHDVTIYERSAFPRYRVGESLLPGTMSILNRLGLQEKIDAQNYVKKPSATFLWGQDQAPWTFSFAAPAPWVFDHAVQVKREEFDKLLLDEARSRGITVHEETPVTDVDLSDPDRVVLTVRRGGESVTVESDFVIDAGGSGGPISRKLGVRQYDEFYRNFAVWSYFKLKDPFEGDLKGTTYSITFEDGWVWMIPIKDDLYSVGLVVDRSKSAEVREQGADAFYSSTLAKCAKAMDILGGAEQVDEVRIVQDWSYDTEVFSADRFFLCGDAACFTDPLFSQGVHLASQSAVSAAAAIDRITRHGDEKDAVHAWYNRTYREAYEQYHQFLASFYTFASFTEPDSEFWRKRRITESDDDRLTRKKWFESFRDRASTMIAIGRHQRPELSDDFSEAELNPARVRWISDLTKRLNSITRFKWTGGKAVLKQHYRVEPIGFRLEQREVLANGEGLDMAQYPMDDEARQIFQDLAEEEFGYKTLVKRLGAVGRQELSTQIVVRLMEAGLLTGYDAQGEKVFVQGRLHFGGVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Alkylhalidase CmlS
publication title Chloramphenicol Biosynthesis: The Structure of CmlS, a Flavin-Dependent Halogenase Showing a Covalent Flavin-Aspartate Bond
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces venezuelae
total genus 186
structure length 550
sequence length 567
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1370 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3i3lA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3i3lA01
2JKCA 3AWIA 3DA1A 4XWRA 4J57A 4H4QA 2I0ZA 3AXBA 2BC0A 1NG4A 2JAEA 3BHFA 5BULA 1RYIA 3EANA 3GMCA 1MOKA 1E1LA 1JOAA 1E7PA 4GF7A 3NLCA 1D7YA 3C4NA 3RP6A 3UOVA 1YQ4A 1KNPA 2DKHA 2GR2A 3LZWA 4CNJA 2B76A 2BS2A 2QA2A 1TDNA 1XHCA 4WCTA 3UTEA 4YSHA 3RP8A 5C3JA 1PJ5A 2YWLA 4P9SA 4CNKA 2OLNA 2X3NA 2BA9A 2RGHA 4J36A 4IV9A 4Z2RA 4YWOA 3SM8A 4TM3A 5FS9A 2V3BA 3GD3A 3DK8A 3LJPA 3UTFA 1GETA 3ALMA 3K7QX 3AYJA 2R46A 4U8LA 1P2EA 1S2QA 3ISHA 3QFBA 1B8SA 1Y56B 1ZMCA 2ZBWA 1VQWA 3NT6A 5LV9A 5DBJA 3AYIA 2R0PA 3UCLA 1JEHA 4BK3A 3QSEA 3CN8A 2C66A 4C3YA 1S3BA 1H82A 3NG7X 4XWZA 2Q0KA 4X4JA 1GRAA 3G5SA 3LOVA 2Q0LA 1XANA 2UZZA 3KPFA 4JQ9A 2A87A 4JN9A 3KD9A 3ALJA 4H50A 1KSSA 4A99A 3ZYXA 3CGEA 1O5WA 1GERA 2BCGG 3ATQA 4Y4MA 3UOYA 3CNJA 2YM2A 1Q9IA 2GEWA 3UP5A 2WDVA 2B7SA 2WESA 1LPFA 2Y6QA 5EOWA 2OA1A 4BURA 2XVFA 4C5OA 2EQ7A 3AE2A 4H7UA 2YVFA 1BGNA 4B67A 4USRA 4WX1A 3V76A 4E0VA 3VQRA 2BXSA 3NTDA 4D04A 2WHDA 1AOGA 5BRTA 4NTDA 2X8GA 4K5RA 1H6VA 4H4PA 1O94A 4OPIA 1ZOVA 4OPLA 1GESA 1KDGA 1N4UA 2OAMA 2QAEA 2WDQA 2RGOA 3M12A 3QVRA 4J56A 3BNUA 4EIPA 4EM4A 5KXJA 4UDRA 1KF6A 1FL2A 5HHFA 1E1MA 4B64A 2Q7VA 3AE3A 4H4WA 1JU2A 2CDUA 2W0HA 5U25A 5GRTA 3UP4A 3QVPA 1F8WA 3E1TA 1DOCA 2XLPA 4EQRA 2GRTA 1PJ6A 3NK2X 3AB1A 2J3NA 4K5SA 3CPJG 1DOEA 1E1NA 1ZMDA 4CBQA 5KOWA 3KVEA 2VQ7A 1D4CA 4H2NA 2Z5YA 2VVMA 3DMEA 2VOUA 2BK4A 1VDCA 1TDOA 3UOZA 1N4VA 3OZ2A 3AE1A 4Y4LA 1KSUA 4AT0A 3Q6JA 2WDRA 2GMHA 2RGJA 1E1KA 4YTNA 4U8OA 2WOIA 3H8IA 1FECA 1PBBA 2E4GA 2YG4A 5CQFA 5JCIA 2V61A 1ZOYA 3VRDB 1E39A 3PVCA 2B9YA 3NN6X 2X99A 3CPIG 2VZ2A 3G5QA 4CY8A 1VG0A 3NYEA 2EQ9A 3VRBA 1DJQA 2VQBA 2XYOA 2YLTA 4Z24A 3II4A 1V59A 2CULA 2XVIA 4O5UA 1VG9A 2XDOA 4AOXA 1GNDA 4FK1C 1HYUA 4FX9A 1K0IA 2C76A 2WU5A 1NHSA 4YSZA 4H4ZA 2BXRA 1Z6LA 4YKGA 2C65A 4YXDA 3CNPA 3P4QA 1F8SA 2IVEA 5IQ1A 2ZZCA 4GR1A 1LVLA 3AEEA 3L8KA 4J34A 3GDNA 4J33A 3QSSA 4JNQA 4K7ZA 4U8NA 3VRAA 3SFEA 3AEBA 1NG3A 3GYJA 4JY2A 1CJ3A 1PBFA 4TM0A 4TLZA 3I3LA 4I58A 3UOXA 1CJ2A 3GWFA 1NHPA 2YLWA 3ATRA 1NEKA 4A65A 2QA1A 2R9ZA 3DK4A 4KPRA 2X8HA 4LA1A 4ZCCA 3LXDA 2YG5A 1GRBA 1CC4A 1L9EA 2GH5A 2WU2A 2BCPA 1CJ4A 2XVEA 2C67A 1GOSA 4EMJA 3UTHA 1DNCA 3PO7A 3EF6A 3AD7B 2XFQA 4IA6A 4C74A 4H2RA 2BC1A 3AD9B 2YVJA 1GPEA 2JBVA 1GRTA 5M10A 3ALLA 1RSGA 5IQ4A 3PS9A 2BYBA 1OJCA 2ZZBA 1D4DA 3GMBA 3ADAB 4RG3A 5KVIA 3AEAA 2GQFA 5IPYA 1CJCA 3S61A 4J2WA 5J7XA 5J60A 3OC4A 2H88A 1B4VA 4H2QA 3ZDNA 3G5RA 5JCLA 5KVHA 4UP3A 1ELIA 5FS7A 3QSMA 1QO8A 3IHGA 4ZCDA 4C3XA 3NRNA 3KU9A 5U1OA 1F6MA 4FK1A 3DJJA 2Q6UA 3DGHA 1Q1RA 1ZY8A 2B9WA 2JB2A 2XFUA 2OLOA 3GSIA 4EIQA 2BACA 1IUTA 1TDKA 5EB4A 1H81A 3UKQA 4OPUA 1W4XA 1ZDLA 3P4SA 4B63A 1DODA 3DGZA 3NNEA 1OJTA 2F5ZA 3K7MX 5FMHA 3UKKA 2VVLG 4YTMA 3K30A 3BNMA 1PBEA 2Z5XA 1H83A 1BGJA 2NVKX 1H84A 2NPXA 4HA6A 5CKUA 3O0HA 4U8IA 1TYPA 3I6DA 3UKLA 2WETA 4ECHA 2JK6A 3AEGA 3ICSA 1FOHA 3REDA 1TYTA 5BVAA 1GREA 4B68A 5GSNA 4ICYA 2X8CA 1NENA 3P4RA 3AD8B 1L9DA 4OCGA 1NHQA 2AQJA 4J31A 2GR3A 2GR0A 2YLRA 2R4JA 1E6EA 2A8XA 2CFYA 2TPRA 3ICRA 3R9UA 2C3CA 3DJEA 4U8MA 1Q1WA 4JNAA 3F8RA 1IUSA 2C73A 4PAAA 2X50A 4HB9A 3AEFA 2YR6A 1L0VA 2DKIA 1K0LA 2GF3A 5BUKA 1M6IA 3P9UA 4H2PA 4RG4A 2IVDA 2GVCA 2APGA 3BI2A 1D7LA 4U2LA 3UKHA 4U8KA 4UDPA 5KRQA 2B7RA 3NIXA 3T37A 2YLXA 4LIIA 4A6NA 2R4EA 4DSHA 1YQZA 4EMIA 5L46A 1PXCA 2E5VA 3D8XA 2GMJA 2GQWA 1REOA 1D4EA 3LZXA 3M13A 4BJZA 1P2HA 2IIDA 4H4YA 3RNMA 3VR9A 1L9CA 3AE8A 1TDEA 3NYCA 4EM3A 1B5QA 3EPTA 4A7AA 2JB1A 3BI4A 4ADWA 4BK1A 1BZLA 2V6OA 3GRTA 4OPTA 2TMDA 3GD4A 4A9WA 3AE6A 4DNAA 4MJWA 1UKVG 1PS9A 2V5ZA 2XFPA 1IUWA 4H4RA 1F3PA 4PABA 1EL7A 2AAQA 2XFOA 1PN0A 1GSNA 3HZLA 2XLSA 2ARDA 2CVJA 2WBAA 1FCDA 1JNZA 3CNSA 4Z43A 1IUUA 1BWCA 3F8PA 4B65A 1H7WA 4FDCB 4NEWA 2WOWA 3L1RA 4USQA 4IVMB 2WP6A 2QCUA 4H4TA 2GAHB 5TR3A 5FS8A 1JRXA 3IF9A 4A5LA 1QLBA 4GUVA 3CTYA 2AR8A 1IJHA 4BK2A 3F8DA 3SQPA 1DJNA 3CIRA 4U2SA 3NN0X 4ZN0A 1LQUA 3FG2P 3H4KA 3NYFA 4JDRA 4N9XA 3VR8A 1LJ1A 1GRFA 1EL8A 1XDIA 5ER0A 1GTHA 3URHA 3CGDA 2XVHA 1IUXA 2WPCA 4GDPA 3COXA 2ZZ0A 2FJAA 2C7GA 3GRSA 1LTXR 2A89A 1N1PA 3CNTA 1S3EA 2C75A 3KKJA 4I59A 4OPDA 4A6NB 5JCMA 1NDAA 2FBWA 4U8JA 4XXGA 1CF3A 4YT0A 1PBDA 4YKFA 1YY5A 5HXIA 2EQ6A 3AE5A 1GTEA 1LQTA 3NH3X 4CCQA 3UKAA 4A79A 1NPXA 4DGKA 4Z25A 4OVIA 5EBKA 1ZKQA 4B69A 4CY6A 3FPZA 4OPCA 1NHRA 2R0GA 1X31B 1YQ3A 3IWAA 2FJDA 3AE4A 1OJ9A 4REKA 1PHHA 2YAUA 2VRMA 3V3NA 3NK1X 5EB5A 5JCKA 2YLZA 1EL9A 2YR4A 3NGCX 2EQ8A 2V3AA 4H4UA 3AE7A 4YSYA 1DXLA 5JCNA 2BK5A 4H4XA 4JY3A 1MO9A 4OPGA 4EQWA 1CL0A 1PDHA 1SEZA 3NTAA 2BK3A 1RP0A 4IA5A 3DJGX 2E1MA 4D03A 1OJAA 4NEVA 3UTGA 1PXAA 1YKJA 1FEBA 1EL5A 1GEUA 2YG6A 3H8LA 4O5QA 1GT8A 4Y4NA 3LADA 4NTCA 4NTEA 1TRBA 3QFAA 1Y0PA 2GB0A 2VVLA 3JSKA 1ZX9A 4TM4A 1H86A 1GRHA 1KNRA 1VRQB 3SFDA 3WE0A 2C72A 1LV0A 3ITJA 3NK0X 1BF3A 3BHKA 4BJYA 2H89A 3CNDA 4U2TA 4DSGA 2YG7A 3FIMB 2RABA 4EQXA 2PHHA 3IC9A 3KA7A 3KLJA 1OJDA 2WPFA 1B37A 2BABA 2R0CA 4K22A 4AOSA 2BS3A 4AP3A 2ACZA 5M0ZA 1GALA 3GDPA 4NZHA 4EMWA 1H7XA 2BS4A 2GR1A 4RSLA 2FJEA 2XLRA 4GCMA 1K4QA 4M52A 5FS6A 4LU6A 2YLSA 3DJDA 3AE9A 2WP5A 1CBOA 3Q9TA 4U8PA 2O9ZA 3D1CA 2XLTA 4Z44A 4TM1A 4EQSA 5C2TA 4Z26A 4K2XA 4TLXA 4Z2TA 2R45A 1O95A 4APNA 4GRTA 3AEDA 3UKFA 4YTPA 4K8DA 2WP9A 3C4AA 2XFNA 2C64A 2PYXA 1ONFA 4B1BA 3CPHG 2XVJA 2VRLA 1MXTA 2GAGB 1N4WA 3SGLA 2YM1A 1DOBA 5HY5A 2XLUA 1CHUA 3QJ4A 4AT2A 2WOVA 3C96A 1F8RA 3FMWA 1CC6A 2C3DA 3ICTA 3P4PA 4YSXA 4C77A 1K0JA 3RHAA 4X9NA 3S5WA 1XPQA 1JNRA 1CC2A 4KX6A 2OALA 3B6DA 2FJBA 2B9XA 1FEAA 3P1WA 1GV4A 1GXFA 1PBCA 3NKSA 4AP1A 1ZK7A 1IUVA 3GWDA 3DH9A 3FBSA 3AYLA 1PXBA 2WQYA 1BKWA 3M0OA 2V60A 2C70A 2XCGA 3GYIA 1QJDA 1Y56A 1ZP0A 1EBDA 2YR5A 1TDFA 3AECA 4UDQA 2YVGA 3B3RA 3V3OA 5KWFA 2WEUA 1M64A 1S2YA 3CGCA 1NAAA 5HYMA 5KOXA 3RP7A 3K7TA 2WS3A 2YG3A 4GDEA 2YQUA 3NHOX 1D5TA 3DK9A 1GRGA 4CCRA 2GV8A 2HQMA 4IVOB 4X9MA 5U63A 4BV6A 3IHMA 3LB8A 4H4SA 1KFYA 3UKPA 4CRTA 3ABVA 3CGBA 4Z2UA 1COYA 2Y6RA 1JRYA 1PJ7A 3BI5A 1JRZA 3EAOA 2WPEA 4H4VA 4B66A 2JB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XGNA 1XCVA 3AWIA 2OV7A 4Y15A 1TQMA 4UUSB 3JTGA 3DA1A 4J57A 2DAOA 5CYVA 3AXBA 4RS8A 4A3DJ 3TKYA 3EANA 5DCMB 3GMCA 1IGNA 2LBFA 3KE2A 3RP6A 4BQQA 3T31A 1YQ4A 2IW5A 1VNDA 4ITVA 2IS1A 4MTEA 2VQHA 4LK1F 1G3SA 1MMGA 1TDNA 1U5TB 1XHCA 2O7OA 2YWLA 4CNKA 4II3A 2OLNA 1UFMA 2HZDA 2K5CA 2V9PA 2BA9A 2LY1A 3KEYA 4J36A 4Z2RA 5FS9A 2O61A 2ELKA 3RPUA 1Y1WJ 1GETA 2M8GX 2TRTA 3K7QX 3CDIA 5D6FA 2UXNA 3K1MA 5DCFA 2VXZA 5EJCA 2BOLA 3CF5F 5BPIA 3ISHA 1ETVA 1BN5A 2CJJA 1B8SA 1Y56B 3PM1A 4M6YA 1OYIA 3G4SI 5IY5H 1Z05A 1QQIA 4S0HB 2Y30A 3E5UA 3JR9A 3MAJA 4E7IA 3KPKA 5HS9A 1Z7LA 1CF7B 3CN8A 3A0BC 1S3BA 3QAHA 4M6XA 4IHTA 2EB7A 3DKYA 3HHGA 5E1XA 3QPTA 2HYGD 5K5RA 3LOVA 2XB5A 2UZZA 3PJRA 4YRVA 3TDZC 3TL4X 3KD9A 3A03A 1A6IA 5D4RA 1PJRA 5DS9A 3ALJA 3CC2I 1YW9A 3G71I 1GUUA 2BCGG 1GXPA 3WTXC 5J8FA 5DTDA 1WWXA 2EIMH 3RKQA 2YM2A 4HF1A 1Q9IA 2EBIA 2R3SA 5DDGA 1YJWI 1XD7A 1ETOA 2X6OA 4QLCU 4HX4A 2DQRA 2WESA 3AG2H 2JTVA 2OA1A 4QTRA 3AE2A 2IGKA 1OCCH 2DXIA 2E71A 4WX1A 3V76A 1ULYA 3K4JA 4E0VA 3VQRA 2NAZA 2ZBKA 3NTDA 1W7PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XGN A;  1XCV A;  3AWI A;  2OV7 A;  4Y15 A;  1TQM A;  4UUS B;  3JTG A;  3DA1 A;  4J57 A;  2DAO A;  5CYV A;  3AXB A;  4RS8 A;  4A3D J;  3TKY A;  3EAN A;  5DCM B;  3GMC A;  1IGN A;  2LBF A;  3KE2 A;  3RP6 A;  4BQQ A;  3T31 A;  1YQ4 A;  2IW5 A;  1VND A;  4ITV A;  2IS1 A;  4MTE A;  2VQH A;  4LK1 F;  1G3S A;  1MMG A;  1TDN A;  1U5T B;  1XHC A;  2O7O A;  2YWL A;  4CNK A;  4II3 A;  2OLN A;  1UFM A;  2HZD A;  2K5C A;  2V9P A;  2BA9 A;  2LY1 A;  3KEY A;  4J36 A;  4Z2R A;  5FS9 A;  2O61 A;  2ELK A;  3RPU A;  1Y1W J;  1GET A;  2M8G X;  2TRT A;  3K7Q X;  3CDI A;  5D6F A;  2UXN A;  3K1M A;  5DCF A;  2VXZ A;  5EJC A;  2BOL A;  3CF5 F;  5BPI A;  3ISH A;  1ETV A;  1BN5 A;  2CJJ A;  1B8S A;  1Y56 B;  3PM1 A;  4M6Y A;  1OYI A;  3G4S I;  5IY5 H;  1Z05 A;  1QQI A;  4S0H B;  2Y30 A;  3E5U A;  3JR9 A;  3MAJ A;  4E7I A;  3KPK A;  5HS9 A;  1Z7L A;  1CF7 B;  3CN8 A;  3A0B C;  1S3B A;  3QAH A;  4M6X A;  4IHT A;  2EB7 A;  3DKY A;  3HHG A;  5E1X A;  3QPT A;  2HYG D;  5K5R A;  3LOV A;  2XB5 A;  2UZZ A;  3PJR A;  4YRV A; 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