3I7R | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	292
structure length	292
Chain Sequence	MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIREATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	How essential is the 'essential' active-site lysine in dihydrodipicolinate synthase? pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli k-12
total genus	108
structure length	292
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2009-07-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3i7rA00

4O11A 3W7CA 3SY5A 4KWVA 1SSGA 2Q3RA 4I7UA 3M41A 4GC4A 1XBZA 3NQAA 4ZVJA 2A5HA 2NX1A 1H7PA 4FF7A 5D2YA 4OHQA 3I65A 5H2ZA 4EF8A 5AHNA 1QPRA 2B7NA 2DJXA 3LB0A 2V0TA 3HQ1A 3SECA 1H7RA 2VFFA 4RZ4A 3W2JA 2ZTJA 1JULA 2J88A 4O50A 5K4ZA 2WQPA 2G95A 3OEXA 3SJ3A 5KZDA 2D73A 3EX3A 2ZZ1A 2X16A 3BG3A 2V82A 4IXHA 3GKAA 3QMSA 3HIJA 2YFNA 4Y8FA 5HMSA 5FEWA 1GG1A 4DQWA 1YTEA 3G1AA 1TRDA 1LZOA 1DQXA 1W3NA 4RLIA 4UTUA 3SR7A 4DO4A 1F2JA 1KM3A 1JVNA 5I3GA 2X2GA 1AW5A 4JTHA 3TSBA 1H51A 3P67A 3W7QA 1OYAA 4O52A 1GG0A 3W1NA 3TKFA 4ZL1A 3W1PA 3GKFA 3PSVA 4JTGA 1FCBA 3UWVA 4MYXA 1GVQA 2NXGA 4G1KA 1UCWA 3LBMA 3O16A 4O0KA 3QH2A 3HG4A 2UV8G 3HBLA 2I9EA 5BW6A 2C14A 1JUKA 4W9TA 2E6AA 3LTYA 4HNTA 3W74A 3QZEA 2J24A 4BF9A 5DBUA 3LHTA 1ZY9A 1WOBA 4DXVA 1J4EA 2ABBA 4LC8A 1F5ZA 4BK9A 2RH9A 3S5YA 4Z1DA 5CSRA 2YYTA 1F6PA 1YYAA 2FFCA 3LRMA 3OG3A 1MSSA 3GLCA 4PL2A 5H91A 3PBVA 1OX4A 3NL5A 2C16A 4WXZA 2V2DA 3NL6A 1GVOA 3NXFA 1TYGA 3MHGA 4HHPA 1EPXA 3U8GA 5D30A 5D32A 5CZTA 3LBCA 2TRSA 4LV4A 3LXBA 1BWLA 3EKLA 1L6SA 2GQ8A 2NUYA 1ML1A 3S6DA 2Y7EA 3GDKA 2WV8A 3CM4A 1B57A 4AWUA 1M5WA 1W54A 4A21A 3HG5A 2ZYFA 4FHAA 3C6CA 4AVFA 4M5PA 1WYIA 4BI6A 4OT7A 1OX6A 2P0OA 5CPNA 3TMQA 5FF0A 4UMBA 5LHFA 4QNEA 5EY5A 1BWKA 4MZ1A 3S8HA 1SO3A 2FJKA 4O1DA 4KFOA 3Q58A 3UZ5A 4E38A 3ZWSA 4YLWA 2AQWA 1H61A 4JGDA 3MBDA 1CI1A 3MP3A 4AEOA 3TJXA 5HINA 2Y85A 3A9IA 1N8FA 3PSWA 4TMCA 3G3MA 3LCLA 4QIUA 4UIOA 1G67A 3MUXA 4Q4KA 3W7RA 1FQ0A 3O6DA 3TC7A 2CW6A 3N2XA 4MFEA 1GVSA 3TX9A 1YADA 1ICSA 3MW7A 3BG5A 1R2TA 2RHGA 3W7NA 2OMAA 3DAQA 1HO1A 1A50A 5E0KA 2DP3A 4JYEA 3EKZA 3I7QA 3QMRA 4IUOA 4HPJA 2QEZA 2WO5A 3U2OA 3NDOA 5FF3A 2CU0A 3DI1A 4FIQA 4GE8A 3L0KA 1S5VA 2V2HA 3NGJA 3LRLA 2A1YA 1EUAA 3BW2A 2J27A 3VFLA 1IIHA 3GIYA 3HG3A 1XI3A 3DFSA 4JXCA 1B3OA 4NX5A 4NJGA 5DXXA 1I45A 1NAL1 1Z41A 4JY8A 4MUZA 2X1SA 4I7VA 4Y9AA 1S5TA 5FF7A 3UWZA 4K37A 3GK0A 2YDAA 4LWWA 4XBSA 4XKYB 1TTIA 3W2KA 3L67A 5AFDA 5CZ0A 3USBA 5IBXA 3DKLA 5KMYA 3CLMA 4NX0A 5EL1A 1C8VA 2A85A 2DZSA 2ZRUA 4QISA 3NG3A 4OE7A 5HR7A 3IGXA 4EVZA 4ZZ9A 3NOEA 2QKFA 2ZA2A 5LNRA 1FBAA 4S1FA 2YX0A 4A3UA 4AXKA 3DZ1A 1LOQA 1SW0A 4OBTA 2WNQA 4OV4A 3LHVA 3HPZA 2Z6IA 3HO8A 3PG9A 2TYSA 3BO9A 3LLFA 3S42A 5CZSA 2CLLA 3RNDA 3R12A 1C29A 1SPQA 5K9XA 3L5LA 1Z48A 2KZHA 4O1BA 3TA6A 2V2CA 3B0UX 1G4PA 3UWQA 5KTLA 3NQDA 3S5NA 4LVAA 3UYCA 2NX3A 3M5ZA 5HULA 1QDSA 1TPDA 2ZCGA 5LNWA 4N4QA 3PUOA 2E5BA 1PE1A 4LV9A 4ZQCA 2HS8A 3B06A 3N2MA 1EWEA 3P74A 3TC6A 2Z1BA 2VEKA 2Y89A 3HPSA 1FWSA 3S0CA 3QFEA 1UUOA 3RLUA 3CB8A 1VLIA 4TX9A 3PUEA 2ZBTA 4M7TA 1SSDA 2DZPA 3DFNA 1LOSA 1OFPA 1UASA 3M5VA 3DENA 3LDVA 3TE9A 2P10A 3DHDA 4JTKA 1RV8A 4FNSA 2VKZG 4N6EA 4FNPA 1L6YA 1F73A 5K3VA 3SW6A 1VHCA 3W7DA 2NZLA 3TIMA 1OK6A 4WZHA 4I9AA 4MY8A 2NX9A 3W6YA 4WXYA 3S5OA 5AC6A 1OABA 5LZLA 3UY8A 1Q6RA 2PURA 1KA9F 2QJHA 1YDOA 4N02A 4NNBA 4JTSA 5BNKA 3TK7A 4LRSA 3W07A 3QPZA 2Q8LA 2NUWA 1X7FA 1N7KA 3W1UA 5G1TA 3BW4A 3QF0A 2J9XA 4JTUA 3LHUA 2QCNA 1ZAIA 1IGSA 1SZFA 4JS3A 4PTNA 1O5KA 1JCNA 2RKXA 3NPWA 4HPXA 1VHNA 1OF6A 3P81A 2W6RA 2YFOA 3GR8A 4IWWA 1DJNA 3KRSA 4GWEA 4UUIA 3UNDA 1VYPX 3DU0A 2O7SA 1Q45A 2P1FA 3HG2A 2H3BA 3PM6A 2G5WA 5BOOA 2G96A 3W9ZA 1PVNA 1A5AA 3S1UA 3LI1A 3PB0A 3W23A 3A5FA 3MHFA 2X30A 3HMJG 2NWRA 4IMEA 5DCBA 3O1NA 1JCLA 1I2PA 4BR1A 3IIPA 5EMUA 3W1TA 3D0CA 3Q94A 5D03A 1W5PA 3NPUA 3LX9A 5HUPA 4TU1A 4DF0A 1I2RA 4RZ6A 1NVMA 4MY1A 1FXQA 2W0UA 4IJBA 1I8JA 4PEKA 3OVQA 7TIMA 1EA0A 3TCEA 1SQ7A 4O54A 3TFCA 4D2JA 3H53A 3M47A 4DO6A 1OYBA 3L68A 3PS7A 2GVLA 2ZZ5A 3GDTA 3W1QA 1GPWA 4GUHA 4BI7A 4YCOA 3GNNA 2FB3A 1OX4B 5DN1A 1EIXA 1GT8A 3LXAA 1H50A 1LRQA 1ME8A 1T0OA 2VXNA 5FF2A 2FDSA 3EWUA 4O53A 2EHHA 4MOZA 3G22A 4NUWA 5DBTA 3MP4A 3ANYA 1Z42A 1JCXA 4DEFA 1W1ZA 1LP6A 3PY2A 5F4WA 3B4UA 4TR9A 4O14A 1H1YA 4CCEA 1H7XA 3RMJA 4N9DA 2XFWA 2C3ZA 4JD4A 1V7YA 3ABOA 1RZMA 4QJ1A 3A5VA 2Y6ZA 4Q33A 3QW4B 1FDYA 3ZWTA 3I6RA 4MVAA 2WNZA 2QCCA 4IX2A 4M6PA 1UBSA 2JKPA 1S5WA 3BGJA 3A24A 1Q6OA 1KTNA 4L4MA 4Z0JA 2DZTA 4A2SA 3NQMA 4WY0F 2VEPA 3QYQA 3NPXA 3EWZA 4KWWA 4FO4A 1KFBA 3IIZA 4UTTC 3E0IA 1YDNA 3NQCA 1D3GA 1OYCA 2PRLA 1OVDA 1SW7A 4HKPA 3N73A 4CQ8A 3L21A 2E6FA 3FKRA 4Y96A 2E09A 1WQ5A 4DPPA 1VYSX 3W70A 3GZ3A 1QR7A 2YCEA 3G0XA 4CQAA 3LRKA 4GJ1A 3BLEA 3AO0A 1KFLA 3FLUA 1WBJA 5LNUA 1VLWA 3B03A 4EOUA 3LV6A 4MZ8A 5HJLA 1LLZA 1AG1O 3JRKA 2EPHA 5TIMA 4C1LA 4AAJA 3M44A 3FJ6A 2YPIA 3KVMA 1TQJA 1GEQA 2C6QA 4FIRA 3NYZA 3C3NA 1JCJA 4HSOA 3RF9A 1WAUA 3P84A 2ZA3A 5AHLA 4EF9A 1RPXA 2VFDA 2ZTKA 1OFBA 3C2FA 1VJIA 1I2NA 5AB3A 1KM4A 3TAKA 2TMDA 5HNRA 1EB3A 1IIGA 1P0KA 4N9CA 1R2SA 1WXJA 5F2LA 4CLMA 1P1XA 3M6YA 1IXQA 1W5OA 1O5XA 1MZHA 1GWJA 1JQXA 1LCOA 1X1ZA 3HGOA 5AYXA 2ZRWA 1QO2A 3B0VC 3THQA 4LTSA 4WD0A 3NA8A 5EA9A 3IVSA 2H8XA 4WX2A 5AHIA 1W5MA 3BVJA 4IXXA 4S2CA 2QR6A 6TIMA 2OCZA 3W72A 1BEUA 3A23A 4UFJA 3FIGA 2BXVA 4DF2A 3L0GA 4NZFA 2E5CA 1G69A 4O16A 1KM1A 1SO4A 4POCA 3W1AA 3LTPA 1FDZA 2ZZ2A 3AJXA 1JJKA 3O05A 4ICNA 1XUZA 3VE7A 1EWDA 3QC3A 5BMXA 4QQ3A 3B04A 1PCKA 3W2NA 3M43A 3NL2A 4EWND 3EX4A 1ZCOA 5IM51 4FX8A 1TPH1 3IGSA 3SGUA 4JN6A 3B0PA 4GRSA 3STFA 1AW1A 2WNNA 3QRHA 5D05A 3MMTA 3QQ1A 4GUFA 1W0MA 2ZRZA 1UJPA 3CIXA 1FWWA 2GVGA 3OVRA 4UTWC 4NZJA 4DBEA 2QUTA 4K36A 2C13A 1JCYA 2RDTA 2GUUA 3W7EA 4UNLA 2ZZ7A 3TV8A 5G2WA 3EWWA 2QCGA 5AC8A 1TRIA 4AHQA 5KSWA 1CW2A 5CPOA 1KFJA 4NQ1A 5G2IA 3VNDA 2JK2A 5HWNA 1YDVA 5LNSA 4XUGA 1MEIA 3MI2A 2A7RA 3DI0A 1O94A 1RVGA 1OFAA 5J5RA 2V5LA 4O1AA 5C55A 3IV3A 3B05A 1PS9A 4LOCA 4FX6M 4Z08A 1G7UA 3NR0A 4DPQA 3NQFA 1LLWA 3EXRA 3NQ8A 1KTBA 1PV8A 1VZWA 3OVPA 3W7LA 1I2OA 2VC6A 4O19A 1QO5A 2QCDA 3LCWA 4S2BA 3R89A 3WJYA 1OFOA 4ZQOA 3UPWA 2QJGA 3LCFA 3LI0A 2TSYA 3P8IA 1SU5A 2AGKA 2VFHA 4WOQA 2YSWA 4FXRA 4M7SA 4A29A 4ZQNA 4UTLA 4MZYA 2PC4A 1LBFA 3QW3A 3LHYA 1ICQA 4JTFA 3GXPA 4XWUA 3WK0A 1H7WA 1TJPA 5CGQA 3CT7A 2QAFA 3CQ0A 2WOQA 3R8RA 4QNWA 4GNJA 1TV8A 3W86A 5K7JA 3NAVA 1TPUA 3N14A 1YTKA 3KVJA 2QDGA 3KRUA 4HIBA 4LNYA 4R34A 5F1UA 1VGAA 3L5AA 5BMWA 3V1PA 3T4CA 3OA3A 3CU2A 3MYOA 1LM1A 2JKAA 2Y7FA 1LDCA 2WSYA 1DJQA 1H5YA 5A8GA 1QWGA 2ATMA 3STEA 1TTQA 4JYDA 4NU7A 1VS1A 1KBJA 2HSAA 3G3DA 4E2DA 3IGUA 4JTIA 3GDMA 1JUEA 1Z44A 3ABRA 3SGZA 5HWMA 2V30A 4X9SA 3KVKA 3NZRA 5U4NA 5LSMA 3E12A 3M9YA 3Q37A 1FX6A 1B4EA 3H54A 5FEZA 1T8XA 3NNTA 4BWLA 1WBHA 3QMTA 1OFQA 3JS3A 2YGYA 3DXIA 1DKWA 4BI5A 1PCWA 3PWAA 4YWIA 5C54A 3NPVA 4JICA 3P8JA 3VCRA 1GYNA 3KFTA 1QPQA 4IPIA 4JTEA 1R2RA 4HNNA 1THFD 3BG9A 2GQAA 3G0UA 5K4XA 1QMLA 4OQVA 1H62A 2X1UA 3L66A 1G7VA 3GAKA 3EEGA 3G1XA 3FA5A 1T99A 1AK5A 5F4SA 3ABQA 5SWUA 3T55A 1LTDA 4FNUA 1EP2A 1VYRA 3HPXA 4LVBA 2QAPA 3LOTA 2CZFA 2NLIA 2HMCA 5AHMA 3WJWA 3STGA 1K8ZA 1F05A 5EYWA 1TV7A 4X22A 4JX5A 1TB3A 1SR9A 3L65A 4IMGA 1W31A 3IIXA 1TPVA 5KZEA 2FB2A 3CIWA 4NJHA 5FF4A 2JBMA 1FY6A 4BFAA 3PB2A 1AW2A 3MBFA 1Q6QA 4O12A 1SZEA 3TFXA 3M16A 3WJSA 5L9FA 5FEPA 1ZAHA 1I4NA 3L9CA 3FKKA 5G2HA 3CWOX 4ZQMA 2IQTA 5F1VA 2Z2UA 1ZHAA 3PR2A 3I7SA 4C1KA 4AHOA 1X1OA 3PBUA 4ZMGA 2FPYA 1KV8A 3O15A 4NNAA 4ORIA 5KINA 2ZFAA 5LGXA 1QAPA 4UFLA 1EEPA 3C2EA 3C4UA 3HJZA 1KV5A 3E49A 2WPBA 3P62A 1FCVA 1W3IA 3NQVA 2PE4A 3THAA 3H55A 1FWNA 1VPXA 5AHEA 3STCA 4LU0A 2QUVA 3W71A 2Q3OA 1TMHA 1ME7A 3KHJA 2V81A 3N9RA 5DLCA 1A5CA 4BWLC 5AYZA 3TU9A 4GBUA 4J9JA 4M6VA 4YMZA 2Z0IA 2Y88A 4RV8A 3OBKA 2XN0A 3UWWA 3PAJA 5IBXC 3EWBX 3ZS4A 1XBXA 2B7QA 2CLKA 1KFEA 3C0JA 3R2GA 3UQNA 5KITA 1KLZA 3CTLA 3NM1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3I7RA

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