3I8DA

The pairing geometry of the hydrophobic thymine analog 2,4-difluorotoluene in duplex dna as analyzed by x-ray crystallography
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3i8dA00
4HUEA 4KTZA 2KFNA 4EP5A 3LDSA 1VRTA 1D9DA 2G8IA 2RN2A 3OYCA 1SKWA 4M3WA 1HYSA 1Z25A 1BI4B 3DLBA 4FK2A 4NYNA 1LAWA 1WSJA 3AVIA 4DTRA 2XY8A 4FLUA 4Z4GA 3V4IA 1XHZA 4F4KA 4M45A 4KHQA 4B9UA 3RRHA 1KLMA 3M8QA 1SL0A 4CEQA 3QESA 1HQUA 1QTMA 3VA0A 4HCBA 3D45A 4AHUA 3VQ6A 4NYFA 1C0MA 3NDKA 4C8KA 4E7LA 2BGGA 4CJLA 3L2VA 2OPRA 3DOLA 4CJTA 4DSFA 3QLHA 4LD0A 3VQCA 4B9NA 4ZHRA 3T19A 1ZBFA 3AA5X 2P5OA 3V9WA 3ZT0A 3QNOA 1IKYA 3ZSOA 2LSNA 3ZSWA 4CIGA 4B9LA 1UWBA 2DFHA 4E7JA 2ZD1A 4DS5A 3VQPA 4TSXA 3TAMA 4E19A 1TV6A 1XI1A 3ASMA 3MXMA 4FJ9A 4CHZA 1JLQA 3C94A 4M42A 1L3SA 2NUBA 4DLEA 1ZBUA 3VN5A 2FC0A 3QERA 4FJMA 4FJXA 4KPYA 4JS4A 1FKPA 4DFMA 1RBVA 4G1QA 2XO7A 4CF0A 3SQ0A 3QO9A 1BI4A 1ITGA 4BE2A 3NF8A 3CQ8A 2X6NA 1RTJA 2KZMA 4RW8A 1KFDA 3D0PA 3TAQA 1NK7A 4FJ7A 1WSFA 5JS2A 4QAGA 2O4GA 3ZSQA 4DWIA 4RW6A 1IH7A 1HNIA 4F3TA 3HP9A 4DLGA 4C8LA 4FZXC 3L3UA 1DTQA 3V9UA 3TAPA 3TAGA 4CJPA 1QS4A 1QSSA 2XY6A 4AHRA 1CZ9A 4W5RA 4FK0A 2D0BA 5HP1A 4HUFA 3QIOA 2XY5A 2OZMA 1WNSA 1TVRA 1RBSA 2Q3SA 1Y97A 4CEOA 4FJIA 4OLAA 1A5VA 3MAQA 3TR8A 4N56A 1ASWA 3AVNA 2HHUA 4RG8A 5CZ2A 3ZCMA 1KLNA 5J2QA 4JLHA 3H08A 4QCLA 3ZT2A 3OYFA 4F3OA 1WLJA 3PY8A 4KRFA 4CERA 1Z26A 4KAZA 4BE1A 5CYMA 2IC3A 1HMVA 4DTUA 3DLHA 2R7YA 2ATQA 1HPZA 4OGCA 3ZSRA 1QSYA 3AVHA 2XHBA 2IDOA 4KFBA 1EP4A 1L3VA 2O4IA 1REVA 1VSLA 3KD5E 3ULDA 4KTQA 5HRSA 1TKZA 4I9LA 2IAJA 4W5QA 4B9VA 3EYZA 4OPKA 3P5JA 4CK2A 1U47A 1NJXA 1VSHA 2KQ2A 4KHNA 1YTUA 4FJ5A 1EETA 3CFOA 1RCHA 1KVAA 1U49A 1A5XA 4DSEA 2DTUA 4KTWA 3K5MA 1S1UA 3C95A 4DQIA 3VQ7A 4Z4IA 3HK2A 4FJLA 3U6FA 4CK3A 3WNEA 3OYGA 4IG3A 3SQ4A 1MU2A 2QKKA 4M41A 3KTQA 1BGXT 3NGIA 4FM2A 4RW4A 1S9GA 1ZBLA 4DFKA 4ICLA 2JLEA 2QXFA 1LWCA 4HUGA 4KREA 1TKXA 4CJKA 3DRSA 3HSTB 2BANA 2X6SA 3AV9A 1RT1A 3LP0A 1T05A 3L2UA 1T8EA 2G8VA 3WNHA 3T3FA 2P5GA 4C8NA 4W5NA 3MECA 1XWLA 5HRRA 3KLHA 3IRXA 1CLQA 4FLYA 4HVJA 3L2WA 5FRNA 3V9XA 4E7HA 2D0CA 3AVLA 3AO3A 3AVAA 2EX3A 3OYNA 1RT4A 4FJHA 4FJKA 3O3HA 5CZ1A 3AVFA 2QK9A 2B5JA 1NK5A 1JLCA 3DLEA 3IG1A 4EP4A 4FLTA 1JLEA 3AO1A 1D8YA 3LAMA 3KK3A 3SJJA 1C1CA 1BQNA 4W5TA 4FJNA 4RW7A 2G8FA 5DK5A 3DLKA 3HYFA 1D9FA 1RDCA 2RF2A 3WNFA 4CEFA 4CIEA 3U3GA 4JS5A 3TARA 4B9TA 2OA8A 1TL1A 4CJ3A 4FJGA 4KHWA 1GOAA 1RILA 2Z1HA 2HNDA 4BACA 5HLFA 4ZTFA 4E1NA 1ASVA 3C6UA 4E89A 4JRQA 1D5AA 5K14A 4CFAA 3QNNA 3SCXA 2EHGA 1KFSA 4DSLA 4Y1CA 3EZ5A 3HVTA 3AVGA 1JXEA 4K8ZA 4OLBA 3OS1A 2YKMA 3TWHA 2BDPA 5J2MA 3B6OA 3OYLA 1HRHA 3HPGA 1CZBA 5SZTA 3K5OA 4FK4A 1JLBA 3NH2A 1GOCA 3PX0A 3LZIA 4ELVA 4CHQA 3S3NA 5HRNA 2OYQA 1TK0A 4KHUA 3QEXA 1I3AA 4CFCA 4CCHA 3SUOA 3AO5A 3SPYA 1IKXA 3NGYA 2Y1JA 1NJYA 4AHSA 4CEAA 3M8RA 2XY7A 3KJVA 4OKJA 1T03A 1BQMA 4AHTA 3TABA 4CHYA 1SUQA 4CIFA 4CGHA 4DU3A 1L3UA 4DTSA 3OYDA 2PYLA 3AVBA 4WE1A 2OPPA 3CM5A 1NK0A 3L2QA 1UOCA 3ZSVA 3MEGA 4KHSA 1X1PA 1WSGA 3V1RA 4CGIA 3K58A 3P83D 4CEEA 3NGZA 3VQ4A 2KFZA 1NKEA 1T7PA 4CGDA 3DRRA 1C0UA 2DFEA 3RWUA 3KLFA 4IBNA 4ELTA 4IFYA 3QIPA 1TGOA 3EY1A 4K8XA 2F8TA 3KLIA 3LPTA 3NF6A 3K5NA 1QSLA 3LP3A 4Q5VA 1UA0A 3OYIA 3AVKA 3KKRA 3ZT3A 4CJ4A 2HB5A 4DTMA 4DMNA 4DTNA 3PV8A 1K6YA 1S1VA 4C8MA 2GUIA 3VQ5A 2QKBA 4N76A 3TANA 1VSEA 4R5PA 1U04A 3QEIA 3NBPA 2A1RA 4ID1A 3CFRA 2IGIA 3SI6A 3I8DA 4HHTA 4M3ZA 3TAFA 4KHYA 1J53A 4CHPA 4FJJA 2DFFA 3F9KA 2WOMA 4CJVA 2FBYA 3AVJA 3AA2A 4CJRA 3F73A 1LAVA 3CFPA 4GVMA 4DTOA 1C1AA 1C0TA 1VK0A 3TI0A 4DFJA 2GBZA 4E3SA 3SUNA 1RDDA 4DQRA 4B8AB 1BISA 4LSNA 4DTJA 3KKSA 1S1XA 4AILC 2HW3A 3V6DA 4CEZA 1EX4A 3QEPA 5J2NA 4H4MA 3SPZA 4F2SA 4BDYA 3HXMA 4FLXA 3DOKA 1TK5A 4DU4A 1JL2A 4Z0UA 1VRUA 2VG5A 1RNHA 3NF7A 5C42A 1ZYQA 3RRGA 1R0AA 4JRPA 4LSLA 5FROA 3BGRA 4IG0A 3V1QA 3OY9A 4CEBA 3O3FA 2G8UA 1LV5A 1JL1A 3T1AA 4M3YA 1VSIA 3DRPA 3O3GA 4OKKA 3HP6A 2HNZA 4FLZA 1WN7A 2Y1IA 2YNIA 3KIOA 3PO5A 1KCFA 2KZZA 3V9SA 3OS2A 4CECA 4KI6A 1Q8IA 2I5JA 3OYHA 1NKCA 2Z1IA 4DSIA 1A5WA 3JYTA 4L8RB 3KLGA 4YNQA 3WNGA 4CGGA 4OPJA 4FVMA 1HNVA 3HVRA 2VWKA 1XC9A 1U45A 4BWMA 3PX6A 3RMDA 3HJFA 3OS0A 3CG7A 1BIZA 4YFUA 1NKBA 1J9AA 3FFIA 1UAXA 1CXQA 2YHAA 4NCGA 1ZBIA 3L8BA 3DMJA 1F21A 5HBMA 1FK9A 2HHSA 1QQCA 1NK8A 3DI6A 3PO4A 2HMIA 3CYMA 4I2QA 1JLAA 3SUQA 3G10A 5J1EA 1UA1A 3SV3A 3RR7A 1TAUA 1WAFA 3OYJA 1VSFA 3V1OA 1N6QA 3HT3A 5I3UA 4CF9A 5HRPA 1JLFA 4J2AA 4M3XA 4OVLA 1I39A 3S3OA 2G8WA 3LP2A 5KGWA 3AA3A 4Z4EA 3NFAA 3VA3A 5E41A 2IS3A 1S5JA 2FBTA 3B6PA 3C6TA 3MEEA 3OVNA 1JKHA 4O0JA 3NAEA 4DQQA 3NF9A 4ID5A 2VG6A 3OJSA 3SQ2A 2ZE2A 3QETA 1BIUA 4DF4A 5C25A 5EU7A 1NK4A 1Q9XA 4PWDA 4O44A 4DG1A 3LANA 3ITHA 3ZSZA 4CF8A 3L2RA 3KK2A 5KI6A 1O1WA 4EZ6A 1L3TA 3AA4A 1NOZA 5KRSA 1BCOA 1Q9YA 4CJQA 3HM9A 1B92A 3LAKA 3AO2A 2YKNA 4OJRA 1VSJA 4M3RA 4B08A 4CESA 4FLVA 4NCBA 3CM6A 4PUOA 4AH9A 5KTQA 2WONA 3IAYA 1RTIA 1TAQA 3K2PA 3O4QA 3G0ZA 4PA1A 4CGJA 4O5BA 4CJWA 5SWMA 3KK1A 3K57A 4HTUA 1NOYA 2X74A 4O0IA 1U48A 4GMJB 4N47A 2BE2A 3MXIA 3OYEA 2E6LA 3I0RA 4KO0A 3ALYA 4UQGA 4BWJA 4CJSA 4DFPA 2B6AA 1S6QA 4KV8A 4FYDA 3JSMA 4FM0A 4CJUA 3SQ1A 1TK8A 2HVIA 1HQEA 1LW0A 1YVUA 1VSDA 4CEDA 3O4NA 3SNNA 4J2BA 3AO4A 3ZSXA 5HROA 4CK1A 3SZ2A 4CFDA 1KVBA 3RMCA 4KB1A 3SYZA 2FBVA 3VQEA 4CJFA 3DM2A 1HYVA 3AVMA 3U3YA 3QINA 3NH1A 4XIUA 3K59A 3HO1A 1RDBA 4CJEA 4I2PA 4M3UA 4FZZA 1RBUA 3VQDA 1TKTA 2E4LA 3V81A 4E7IA 1DTTA 4OKEA 4CGFA 1U4BA 3DYAA 1QE1A 1S6PA 1X9SA 3NCIA 1VSKA 4CE9A 1TKDA 1N5YA 1C6VA 3NH0A 4MQ3A 1ZBHA 4O55A 2OZSA 4FJ8A 2HHTA 1WSHA 5CY4A 3K5LA 4DTPA 2F8SA 4FM1A 4EZ9A 4KI4A 3M8PA 2F96A 1HYZA 3LP1A 4BE0A 3KLEA 4E0DA 1IKVA 1VSMA 5DMRA 3LALA 4FXDA 4B8CA 4C8OA 2KTQA 4KKOA 4I7FA 1JLGA 1B9FA 4GW6A 4IFVA 3S3MA 1X9MA 1J54A 4F2RA 3HL8A 2HVHA 5CYQA 4FLWA 4J2DA 2DY4A 2YNGA 1YT3A 4CFBA 4E1MA 2W42A 4ELUA 4N41A 2HHQA 2D0AA 1J5OA 2YHBA 3NE6A 1SKSA 2G8KA 1KVCA 1KSPA 5JS1A 2PYJA 3VQ8A 3SUPA 4B9MA 1IKWA 3RMAA 3LWLA 2KW4A 3SV4A 4IKFA 3BDPA 1NJWA 3E01A 2RPIA 1BL3A 3MEDA 4Z4CA 4B9SA 2IOCA 3OJUA 1JXBA 3ZT1A 3A2FA 1LWFA 2HNYA 1RT2A 3QEWA 1FXXA 2JGUA 1L5UA 2PY5A 4BDZA 1RTHA 4DU1A 1QHTA 4Z4HA 3PX4A 1SV5A 5D3GA 1B9DA 4RW9A 2D5RA 3DLRA 1GOBA 4DS4A 4LH5A 1G15A 2E6MA 2ZQBA 3VQBA 4CHNA 1SL2A 3RMBA 1NK9A 1FKOA 3HPOA 4NCAA 1TL3A 2B4JA 3ZT4A 2GV9A 4J2EA 3MXJA 2VG7A 5T7BA 3QEVA 1HJRA 1RT7A 3VQAA 4CHOA 3THVA 2YV0X 4KB0A 1IO2A 5KRTA 4PY5A 3RR8A 4AHCA 1SL1A 1WSIA 4H4OA 1WSEA 5FRMA 1RBTA 4HCCA 1BHLA 5C24A 4DTXA 4DSKA 3HPHA 3VQ9A 4LY7A 3V9ZA 2ETJA 3DLGA 2HHXA 4IDKA 2OPSA 2RKIA 4QOZB 4CJ5A 2Z1JA 4DQPA 3M8SA 3LWMA 4F8RA 5J2PA 4MFBA 1XHXA 4ZTJA 2G8HA 4FW2A 4O4GA 4M3TA 3OYBA 3OYAA 3KD1E 3S9HA 5KGXA 1KRPA 3NHGA 4LH4A 1RT5A 4DF8A 4Y1DA 1YTAA 4OGEA 3ZSYA 1EXQA 3AVCA 4I9QA 4DQSA 1BCMA 3I0SA 3L3VA 1RT6A 5I42A 1WAJA 1C1BA 1S9EA 1NJZA 4FCYA 1NK6A 4E7KA 1X9WA 5FDLA 2HHVA 3OYMA 4FZYA 2P51A 4FW1A 1EKEA 1LW2A 4B3OA 1RBRA 4AHVA 1S1TA 2XRIA 2YNHA 1W9HA 3LPUA 2YNFA 4CF2A 3LZJA 3UIQA 4Z4FA 4Q0BA 3RTVA 1RTDA 2AJQA 2PZSA 4CF1A 2A1SA 1CXUA 1DLOA 4PQUA 2Z1GA 2VWJA 2FBXA 2ITGA 2OPQA 1ASUA 2P1JA 3OYKA 3P1GA 1S1WA 4BDPA 4DSJA 2HHWA 3PUFA 1SKRA 1KTQA 4H8KA 2X78A 1LWEA 3IS9A 3VQQA 1RT3A 1W0HA 4N5SA 3ISNC 4W5OA 1RDAA 3TAEA 1IG9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q0UA 5CE3A 3LDSA 1VRTA 3NMUA 4FK2A 3C6HA 2IVNA 4FLUA 3VTIA 3QFPA 3QBWA 4B9UA 4JI4K 5M1FA 3M8QA 1QTMA 3VA0A 3TTCA 4BR2A 2BGGA 1Q81O 3DOLA 1I94K 3QLHA 4LD0A 4FSVA 4B9NA 4ZHRA 3V9WA 4DR7K 1IKYA 4B9LA 4LF8K 1UWBA 3DAWA 3VQPA 3QMLA 1XI1A 4OX9K 3AGKA 3L4IA 2NUBA 4DLEA 4A61A 1BWFO 4JHDA 1NBWA 3W0LA 4BVOA 4B3TK 1VQ6N 3CIPA 4DV3K 3QICA 4FWOA 1RTJA 4DV2K 3D0PA 3TAQA 4PKIA 2O4GA 4RW6A 3HP9A 2GWJA 3EEQA 4B1VA 1DTQA 3V9UA 3TAPA 4YDUA 4FK0A 4AHRA 4HUFA 1EWQA 3SK3A 1TVRA 1H1VA 1W7AA 3MK6A 1J5EK 3MAQA 5C0YA 3AVNA 3JXUA 3ZCMA 4JLHA 4YOVA 3H45C 1WB9A 2FLOA 4CERA 1Q82O 5CYMA 3UKUA 3DLHA 1HNWK 3HTVA 3ENHA 3AVHA 3CJ9A 4KTQA 3CQXA 4W5QA 3EYZA 1E3MA 3P5JA 2PAVA 4H0OA 1NJXA 1VSHA 2KQ2A 3UB5A 1BO5O 4O8UA 4KHNA 3CD6N 1EETA 1RCHA 1U49A 3I33A 4DSEA 1S1UA 4X64K 3VQ7A 3HK2A 2O8BB 3U6FA 4GKKK 2ZGYA 3OYGA 4IG3A 1IG8A 1MU2A 2QKKA 3KTQA 4FM2A 1ZBLA 2JLEA 1LWCA 3R9PA 4HUGA 1TKXA 2QWPA 4CJKA 3LP0A 2E5LK 2RHKA 1T8EA 4FWRA 1VQNN 3WNHA 2P5GA 2NRTA 4FO0A 3ZX0A 3MECA 1BG3A 5HRRA 1Q86O 1CLQA 2UXCK 4KH6A 3L2WA 1XMOK 4DR6K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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