The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
258
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structure length |
258
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Chain Sequence |
VKIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
Pre mRNA splicing protein
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| publication title |
Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Sulfolobus solfataricus
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| total genus |
97
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| structure length |
258
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| sequence length |
258
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ID6 A; 5GIN A; 5GIO A; 4BY9 C; 3PLA A; 3NMU A; 3T7Z A; 5GIP A; 2NNW A; 3NVK A; 3NVM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BRQ A; 1DTT A; 1J53 A; 2WUS A; 2YJE A; 4L3Q A; 2P51 A; 2Y1I A; 3AVL A; 3QEX A; 4FWQ A; 3JYT A; 4QOZ B; 2ITG A; 4B1V A; 1RTH A; 4AH9 A; 4LSN A; 2IDO A; 3OS0 A; 3DRS A; 2O4I A; 5C15 A; 5C2F A; 4JI3 K; 4DSI A; 3LPU A; 1YXQ A; 4CHZ A; 3SNN A; 4JI2 K; 3C6U A; 2QWN A; 3CCJ N; 4CZL A; 3IG1 A; 2VG7 A; 3O4N A; 5C24 A; 3RRG A; 4DWI A; 1BOT O; 5F2R A; 3P31 A; 2VGN A; 5IT9 O; 3BP8 A; 5M1F A; 4FLZ A; 3TAR A; 4QS8 A; 4EHU A; 1NGE A; 4AF1 A; 1K8K B; 3LAM A; 5A2Q O; 4FLV A; 4PKG A; 4IJN A; 1XI1 A; 1KQS M; 2FLO A; 4IEI A; 3I0S A; 3KLE A; 3SQ1 A; 2E1Y A; 3ZLJ A; 2AA4 A; 4YDU C; 3RTV A; 3T1A A; 1D9D A; 2P9N A; 3V9W A; 3SPY A; 4OGE A; 3C65 A; 1C0G A; 3DLK A; 5KPR A; 4DHY A; 3AVJ A; 3DLR A; 3CFP A; 3V9U A; 2QWR A; 1WSF A; 4CJ4 A; 3MWP A; 3ZX0 A; 2OTL N; 5AQG A; 3V9S A; 1BIU A; 1J6Z A; 3WEE A; 4CGD A; 2P9K A; 1QVG M; 1J5E K; 4BRC A; 4BRN A; 1W9H A; 3VQC A; 3DM2 A; 4WFB L; 1YJ9 N; 2IS3 A; 4I7F A; 2Q1N A; 2VG6 A; 3LAL A; 4K41 A; 1YVU A; 3NGY A; 2YCH A; 2VQE K; 1R0A A; 4FPB A; 4A62 A; 1SUQ A; 1WOQ A; 1VSD A; 1Q86 O; 4DUY K; 2D0P A; 3TAP A; 3LWL A; 3E9L A; 3HOT A; 1C6V A; 1YVN A; 3H6E A; 4IG3 A; 1CZA N; 4M3T A; 4BG9 A; 4KTZ A; 3NGZ A; 4JRP A; 3I8D A; 1DTQ A; 4KI4 A; 1VQM N; 4JI0 K; 4CK3 A; 5E41 A; 5FPM A; 3V1O A; 2KLA A; 4BQZ A; 2ETJ A; 4JI1 K; 2JWL A; 3C95 A; 3DOK A; 4WQ4 A; 3AVK A; 5JS1 A; 3E66 A; 2Q36 A; 3QEV A; 3KD1 E; 5CZ2 A; 1BA1 A; 1MWM A; 4FJK A; 3PIP L; 4C8N A; 1OH5 A; 1U45 A; 4DV3 K; 4DFK A; 3SQ2 A; 1J9A A; 2Q2R A; 4LFB K; 3BEX A; 2IC3 A; 3OYB A; 4H5T A; 1Q9Y A; 1RDU A; 4H8K A; 1T6D A; 3MK6 A; 4IWV A; 3EZW A; 1WBB A; 1S6Q A; 2UXC K; 4CJR A; 2VGM A; 3VA0 A; 2D0O A; 5E26 A; 4CF0 A; 4OPK A; 4KHW A; 5BR9 A; 1NWK A; 3F5T A; 4EHT A; 2WFB A; 5AQV A; 3BF3 A; 1YTU A; 1XHZ A; 4AHV A; 2HHV A; 2ZJP L; 4AHT A; 4DTO A; 2UUA K; 4FK4 A; 1NJI O; 1VRT A; 4Y0W A; 2IVO A; 1QZ6 A; 3BZC A; 3CM5 A; 3S41 A; 4J2A A; 1Z05 A; 3VQ8 A; 4HHT A; 3CJ9 A; 3M8S A; 3O9T A; 1TUU A; 3DXM B; 4KRF A; 1S1W A; 4IFV A; 4WQ5 A; 4N47 A; 4BRA A; 4B9U A; 2E8A A; 4B9S A; 5AQK A; 2KQ2 A; 2QM1 A; 2VWJ A; 2VWK A; 2OTJ N; 4NYF A; 4OPH A; 4MFB A; 1O1W A; 1MU2 A; 2QW9 A; 4DB3 A; 1U6Z A; 1WSE A; 4RG8 A; 5LMN K; 1ZC6 A; 3VPZ A; 5BPM A; 3KD5 E; 3PUF A; 3CER A; 4CFD A; 4CJP A; 4B3R K; 3QDK A; 4IJA A; 4M7Y A; 3SAH A; 1L3S A; 1N32 K; 4JKG B; 3H45 C; 1EKE A; 4B9L A; 4CEQ A; 2YJF A; 2Q0R A; 3AA5 X; 4Z4G A; 4KB1 A; 1IJJ A; 2F9T A; 3SUP A; 2ZM6 K; 1BCM A; 2A5X A; 3HK2 A; 3IRX A; 2GV9 A; 1UA1 A; 3P5J A; 3VQ6 A; 1RBS A; 2CGL A; 1HNX K; 4OPA A; 4PY5 A; 3CET A; 5AQO A; 2YHA A; 3PX6 A; 4DS4 A; 4C8O A; 3OYK A; 1QS4 A; 2Z1I A; 3O9U A; 1NJZ A; 3V9Z A; 3CXC M; 3GL1 A; 3LDS A; 3O9S A; 2QXF A; 1WB9 A; 1ZBH A; 1UOC A; 4RW9 A; 3HM9 A; 4JKD A; 4HUF A; 3WNF A; 1XQS C; 4M3X A; 5EY4 A; 4A57 A; 4FK0 A; 1T7P A; 3U8X A; 4BR4 A; 3SUN A; 1EWR A; 2I7P A; 3O6W A; 1Z25 A; 1QSS A; 1JLG A; 2PAV A; 3KLI A; 2IGI A; 3HBT A; 3CCR N; 2PFU A; 5BRE A; 1BU6 O; 1WLJ A; 1ESV A; 1NGH A; 5AQJ A; 5KRS A; 3MED A; 3CJA A; 4KTQ A; 1N5Y A; 4DR6 K; 4CVN E; 1W7A A; 3NF6 A; 1YI2 N; 5ADX H; 3QNN A; 4CHQ A; 2Q0U A; 3S3O A; 4E7H A; 3MXJ A; 5C0Y A; 1WUA A; 2OA8 A; 3LM9 A; 2XY6 A; 2G8W A; 4PKI A; 3EL2 A; 3WT0 A; 3TI0 A; 4DQQ A; 4KHU A; 4FM1 A; 3KJV A; 5JMV A; 4FLX A; 3VEX A; 2G8U A; 4CEZ A; 4H0P A; 3O1W A; 1C0M A; 3I33 A; 4E1M A; 4DU4 A; 2DPN A; 3C7N A; 1VQP N; 3WXM B; 3QNO A; 5AQX A; 4BG8 A; 1EWQ A; 1QTM A; 3T7Z A; 3NBP A; 3ZSO A; 2HNZ A; 1RT3 A; 2YKN A; 4AIL C; 4GMJ B; 1NMD A; 2W40 A; 1BHL A; 3OYM A; 3THX B; 5DM6 L; 1Q82 O; 4J8F A; 3AGR A; 3ID6 A; 1S5J A; 3U3Y A; 1UAX A; 1NLV A; 4CF9 A; 4B3M K; 3MMV A; 1JCF A; 2HHH K; 3OTO K; 1RIL A; 2X74 A; 4BRP A; 1RT4 A; 4YOT A; 3AVH A; 2O8D B; 3L6Q A; 4Z4F A; 3LZJ A; 1W97 L; 2P9S B; 3EE9 A; 3L3U A; 2HF3 A; 5AJ3 K; 3CC2 N; 5AQN A; 2KKZ A; 4BRL A; 4LFC K; 3MAQ A; 5H1S Q; 2WON A; 4CEA A; 4CZG A; 5GIN A; 3HI0 A; 3H1V X; 3ZT2 A; 1L3U A; 3G6E N; 2BAN A; 5CY4 A; 4ELU A; 3EEQ A; 4FPA A; 3R6M A; 3FE1 A; 2UYT A; 5F0X A; 3VTI A; 1OVQ A; 3I56 N; 4CEB A; 4CJW A; 5M1N A; 3IMX A; 4DQP A; 4CZM A; 4JI7 K; 5BPN A; 3L2R A; 4WF9 L; 4CD1 A; 2YHW A; 3ZCM A; 3P4I A; 4X62 K; 1NOZ A; 3MXI A; 3DJC A; 3DWL A; 3DLE A; 1JL2 A; 1L5U A; 4ID1 A; 4G1Q A; 3UKR B; 1RBR A; 1NJW A; 3WQT A; 1B92 A; 2WBN A; 4EP4 A; 3J7Y P; 1QQO A; 1TK8 A; 4FJ9 A; 3HYF A; 2NNW A; 3AV9 A; 1HQU A; 3ATV A; 4BGB A; 3HP6 A; 3OVN A; 3O80 A; 1OVY A; 2FC0 A; 4I9Q A; 1IV0 A; 2OPR A; 3TU5 A; 2HHW A; 3R9P A; 4DU3 A; 3BY5 A; 5AQY A; 4AM6 A; 2X6N A; 3NDK A; 5KQ8 A; 4CEF A; 3CPW M; 4BRG A; 5AQT A; 1I39 A; 4CJK A; 3DYA A; 4H0Y B; 3DLB A; 1ASU A; 3CC4 N; 1ASV A; 4CJE A; 3HZ6 A; 4KV8 A; 1S9E A; 3EO3 A; 4CJ5 A; 4CK1 A; 4FLY A; 4C23 A; 4FWN A; 3VGK A; 3IAY A; 3D2E B; 3VQA A; 2RHK A; 1RT1 A; 2OYQ A; 4QS7 A; 3S3N A; 2E2Q A; 4GV3 A; 1ZBI A; 2KHO A; 1K8A O; 1HLU A; 4PUO A; 3L2Q A; 2ASM A; 2JWK A; 2JLE A; 2QWM A; 5EX5 A; 1M1K O; 3CD6 N; 4O4G A; 4MLH A; 4L8R B; 4OGC A; 1SL0 A; 2X78 A; 3M3Z A; 3GE1 A; 1RDB A; 3E9P A; 3TAE A; 5AQR A; 1S1U A; 2R7Y A; 1VSL A; 1TGO A; 4JV5 K; 4ILH A; 4DV5 K; 4FJJ A; 4CHY A; 2YNI A; 3OYN A; 4DTU A; 3ZET B; 1KLM A; 2GX9 A; 2O8C B; 1B9F A; 3MX2 A; 5KTQ A; 1X3M A; 4DQS A; 2XRI A; 1JJ2 M; 4IKF A; 4KRE A; 1KVB A; 2IOC A; 4CF2 A; 5KGW A; 3D6R A; 1QE1 A; 5LJW A; 4CHO A; 2FSN A; 1WSH A; 4IOA L; 3VEW A; 1JLE A; 5KQD A; 3CF5 L; 4JHD A; 2P9L B; 1WSG A; 4CHP A; 3LDP A; 4HWI A; 3F9M A; 3VTH A; 3OBY A; 3NAE A; 4A5B A; 4Y1D A; 2A6A A; 3AO5 A; 1TKX A; 1NU0 A; 2W41 A; 2BUP A; 3QER A; 1T8E A; 4H5N A; 1X1P A; 4MO4 A; 3U9Z A; 4JKF A; 4AHS A; 5C10 A; 3THW B; 3PO4 A; 1BI4 B; 2V52 B; 1EX4 A; 3UKU B; 2YI1 A; 5M1Q A; 2YV0 X; 3L2W A; 3N4Q A; 1QQC A; 3B8A X; 3VET A; 4JK8 A; 3DI6 A; 3JAM O; 2EWS A; 3TTD A; 4H0T B; 2WOM A; 5GIO A; 2QEX N; 2D1K A; 2Z1J A; 3ENH A; 2ZJR L; 4EP5 A; 3JS6 A; 3DXK B; 2OZM A; 4CGJ A; 1A5W A; 3KTQ A; 2NRW A; 2HMI A; 1BCO A; 3EN9 A; 5LY3 A; 4YHH K; 1NG9 A; 4I2Q A; 5FPD A; 4M3W A; 3QEP A; 4JEP A; 4JK9 A; 4JRQ A; 3TAF A; 5HRP A; 3CCS N; 4B9V A; 3OBW A; 4CJV A; 4NYN A; 3NGI A; 2HBM A; 3QIN A; 4UQG A; 1RT7 A; 3VQE A; 3WQU A; 4CF8 A; 2CGJ A; 4O0J A; 1FXX A; 2FF3 B; 1GOA A; 1BIZ A; 4FJ7 A; 5JVG L; 1ZBL A; 2GUI A; 2E2N A; 2HW3 A; 4CIF A; 5J2P A; 2F4V K; 4GKK K; 3FZF A; 4JI6 K; 3QIO A; 1N34 K; 4DU1 A; 4YOW A; 4MDA A; 3AAR A; 5CZ1 A; 4BRK A; 3SQ4 A; 1TL3 A; 2O8B B; 2Z1H A; 1Q8I A; 2HBK A; 5BN8 A; 1U04 A; 1NM1 A; 3IDH A; 1D8Y A; 3OYC A; 3HVR A; 4CES A; 4KFB A; 4DR4 K; 3M8P A; 3OYI A; 2O8E A; 1U2V A; 3CC7 N; 4NCG A; 2HHX A; 3AO1 A; 4KBO A; 1VQK N; 3CCL N; 1VSM A; 3FZL A; 4B1X B; 5AQM A; 3OYH A; 2ASP A; 4KHP K; 4O8U A; 1E4F T; 3DXM A; 3CCM N; 4IOX A; 5I3U A; 3M8Q A; 4DV6 K; 1LOT B; 1NOY A; 3VGM A; 4DSL A; 2RKI A; 2HHU A; 4DSK A; 1GOC A; 5AFU A; 2NLX A; 3L4Q A; 1GLC G; 3CQ8 A; 2PBD A; 1CXU A; 3FZH A; 3R1X A; 3CMA N; 1XMQ K; 1RBT A; 4PA1 A; 1KFD A; 3QIC A; 5AZJ B; 1TKD A; 2DTU A; 4ICL A; 1WSI A; 4C1N I; 2GWJ A; 3OS2 A; 3ASM A; 3BUZ B; 4CBX A; 3GDQ A; 2HNY A; 4KO0 A; 4JKB A; 4EZ9 A; 1HPM A; 2ITM A; 1V4S A; 3FZK A; 4CZJ A; 3DRR A; 3RR7 A; 5HRN A; 5JLH A; 3CME N; 4AHU A; 5D3G A; 4JI5 K; 2B6A A; 3KK3 A; 1GLA G; 5DK5 A; 3P39 A; 4M63 C; 4LF7 K; 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4LF4 K; 2W42 A; 1EP4 A; 1JCE A; 1REV A; 5TKW A; 4JD2 B; 1VHX A; 5I9E B; 4E19 A; 1QHA A; 4BR5 A; 2J4R A; 4E7K A; 4KKO A; 4B3T K; 2P1J A; 3RVC A; 3K5M A; 3NF7 A; 4JI4 K; 5DMR A; 1IG9 A; 4NXM K; 2YHB A; 3C94 A; 3V1R A; 5HBM A; 3EZ5 A; 2Y1J A; 3PLA A; 2QWL A; 3LDO A; 1CZ9 A; 1NGG A; 2YNF A; 4FJN A; 3ZEU A; 3G10 A; 3AVA A; 2QXL A; 4BR2 A; 4CGH A; 1ASW A; 1FK9 A; 3K59 A; 2UXD K; 4K0K K; 4CBU A; 3I55 N; 4FW2 A; 4JS5 A; 1J5O A; 3CIP A; 4FVM A; 3QFP A; 5AQZ A; 4HTU A; 4E7I A; 5C42 A; 5LMU K; 5GAD P; 4DV7 K; 4X64 K; 1LWF A; 3I8B A; 3G0Z A; 4F3O A; 1Q7Y O; 3NF9 A; 2VWB A; 5KGX A; 3VF6 A; 4YFU A; 4OKK A; 2QKB A; 3K0S A; 4RW6 A; 2G8F A; 1P8Z A; 2BDP A; 4CE9 A; 1MWK A; 1IKV A; 1VSF A; 3MCP A; 4FWK A; 3AVM A; 1Q81 O; 3WEE B; 3HSC A; 3K57 A; 1HX1 A; 2P9K B; 3F9K A; 1RBV A; 3JSM A; 3U6F A; 4DLE A; 2NRV A; 2W6K A; 5FRN A; 2HF4 A; 1NK5 A; 4FLW A; 1BGX T; 2GTD A; 1JXE A; 5M1O A; 2FBT A; 4KH4 A; 3T69 A; 1HR0 K; 4H5R A; 4CHN A; 2XY7 A; 3IUC A; 5KI6 A; 4J2B A; 4XH1 A; 4U67 L; 2ZWH A; 4PHT X; 5SWM A; 3QB0 A; 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