3IIOA

Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: kemp eliminases of the ke07 series
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
AKRIDAALIVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGEKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKMEHFLEAFLAGADAAKADSVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords KE07
publication title Evolutionary Optimization of Computationally Designed Enzymes: Kemp Eliminases of the KE07 Series.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 90
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3iioA00
4QAIA 4R53A 1MZHA 1OFEA 4BI5A 3PSVA 1G4PA 4Y9AA 4Z0JA 3PUEA 3N9SA 4LWWA 4ZZ9A 3C6CA 4HNVA 2YZRA 4JEQA 3IIOA 4YMZA 3GB6A 2WNQA 3B0PA 2G96A 1OVDA 2NUXA 3LHUA 1KM2A 2QUUA 4CQAA 3W7RA 4GJ1A 1UUOA 2PURA 1VGAA 3BVJA 3TROA 3E9AA 3DFPA 5C55A 1FUYA 4LU0A 4LT9A 1NFBA 3SGZA 1EP1A 4AWTA 4I7UA 3N19B 4G1KA 2V2HA 1AW1A 3W22A 1AW2A 1YLVA 2OCZA 3BARA 3RLUA 4JYEA 5AB3A 3BW3A 2ZZ2A 4RV8A 4DEFA 2H8XA 3OBKA 2A4AA 3NQ8A 3RK8A 1EA0A 3I6RA 4RKAA 1W3IA 1XBVA 2ISWA 2NX3A 3DBPA 2H8ZA 3UQNA 3M44A 1TPC1 3B8DA 3PWAA 4W9TA 3MI3A 4KKXA 3GXNA 1LM1A 3MBDA 1AW5A 3MHUA 1QPNA 4OV9A 2HSAA 5HWJA 4K36A 1QDSA 3W1TA 4AVFA 1H63A 2AAMA 4MFEA 2ZYFA 2A1YA 3UWQA 5HR6A 3NNTA 1Q6RA 3CWOX 2A7PA 2ZRYA 3IV3A 3NQAA 4EOUA 4IMGA 1IIHA 4ADSA 5D30A 1LOQA 2Z6IA 1P1XA 1SZNA 3JRKA 1B9BA 5LNVA 4BI7A 1IF2A 1XXXA 3HG4A 3IGSA 2QDHA 4RZ6A 5G1YA 3NR0A 3RFAA 5BOOA 1H7RA 1WOAA 3CIWA 3QPZA 4LRTA 5D09A 3BG3A 5D2TA 4MYAA 4A29A 3ABRA 2YW3A 2E5BA 1C9DA 3HPSA 1P4CA 2FJKA 3S5ZA 2CZEA 3P81A 4IMDA 4AB4A 4OV4A 3NZ1A 3WJWA 3VKJA 3DGRA 1OF8A 3EWXA 3TDFA 2WNZA 3LXBA 3QRHA 3HPXA 3MHGA 1B57A 3KVMA 1DQWA 4QM1A 5CKSA 2E5DA 2VFIA 1CI1A 3W1LA 1WBJA 4JTFA 3W3OA 5A5WA 3F03K 4MLJA 1WBHA 3QMRA 2ISVA 1R2TA 4DBEA 2GQ9A 1I2OA 3C2VA 3ATYA 3A21A 1OFOA 2CW6A 2B7PA 3M5ZA 3OIXA 5D02A 3KOFA 4LUJA 3S5YA 1OYAA 1DKWA 1LCOA 4KWVA 1G7UA 3M41A 3S0CA 3RU6A 4JNMA 3K30A 2QCNA 1L2UA 4LC6A 3CTLA 1MEIA 3EX2A 1U83A 3EWZA 3UWVA 3LBCA 3QSTA 2P0OA 2WSRA 3A22A 3MWAA 4E38A 4MJMA 1R47A 4ADTA 3GX9A 1I2PA 1RR2A 3NZRA 5L6UA 1FWWA 1OABA 4Z1AA 3L66A 3TKFA 3TMQA 4IXHA 3HG3A 3W88A 4H4IA 3M5XA 3PBVA 4S2CA 5D2YA 2V81A 2PRHA 4IQLA 3H53A 3CLMA 3LTPA 4FB7A 1YTKA 3L9CA 3S1VA 4IJBA 2Z6JA 2QR6A 3B4UA 1SPQA 1TPH1 1TQXA 2PRLA 1YTEA 2V2DA 1XBZA 4MVAA 1R46A 1TTIA 3G1YA 4UMBA 4PL2A 2H90A 4HT3A 4GUHA 1Q6OA 4IPJA 2TSYA 2BLEA 3L0GA 4MY8A 3W86A 4DO4A 3GR7A 3HG5A 4FX8A 2Q8ZA 2R91A 4JIPA 1JCMP 3DFNA 4QJ1A 1JCJA 1SQ7A 4LVGA 4JIQA 3GXTA 2Y89A 3QSRA 5F4SA 1PE1A 1VLIA 3W2JA 4ZL1A 2B7QA 3FKRA 2VOMA 1J2WA 2VXNA 3RLVA 3RNDA 1TPUA 3KXQA 2NXHA 1L6YA 1GOXA 3LLFA 3TFXA 5CPNA 3LERA 4JY8A 5C2XA 2J9ZA 1JR1A 3DI1A 3I68A 4UCGA 5LNUA 1W56A 1J4EA 2HS8A 3F1QA 3L0NA 5E93A 2Y85A 3V1PA 3KRSA 4FNQA 4O16A 3LCIA 3S1UA 3W2MA 3HGOA 5DCDA 4FO4A 3W83A 3H54A 1VC4A 2R14A 1J5TA 3W1XA 3PR2A 4JTKA 1AL8A 4N6FA 2C14A 4RK8A 3PF3A 4BWLC 4DQWA 5DXXA 4LUIA 1FWTA 5CZ0A 1FDYA 1GTHA 1TPB1 2W6RA 1TJRA 5K2ZA 4JY9A 4FXRA 4JXCA 3N2XA 4ML9A 1JQXA 7TIMA 5HR7A 1I2RA 3OEXA 4LV4A 1MXSA 3RF9A 4O53A 2BXVA 5G2HA 1S5TA 1LZOA 2Y7EA 2F7FA 2V5BA 3QPYA 4NNBA 3W9ZA 2GUUA 2ZDRA 2W79A 3TCEA 4UTHA 4JDYA 3M5YA 3WJZA 3S9YA 3MUXA 3HBLA 2ZBTA 4LRSA 4Y6GA 3ZR4A 1X8FA 3HOJA 3P82A 1G67A 3BGJA 3O16A 1JQVA 1VHCA 3A24A 3MHFA 5G1TA 3FFSA 3CPRA 1W37A 4BWLA 1I8JA 3NDOA 1OF6A 2A85A 4LS1A 3ABQA 2ZRUA 3CB8A 3P84A 1KV8A 3O06A 3QW4B 1EIXA 1JCXA 2DORA 4KFOA 3STFA 3B0UX 2GQAA 4JTGA 3LBMA 3BG5A 3GNDA 2J6XA 4MYXA 3QEZA 1FQ0A 3TIMA 4XQ6A 1H7WA 4I9AA 1SZFA 3BV4A 3NQEA 4Q32A 4UR8A 3TQVA 3T4CA 1PHQA 3KVJA 5EL1A 4CNPA 3NOEA 5AFDA 2YGYA 1TTPA 2Z2UA 2XN0A 1DJQA 3SR7A 4UTWC 4RLIA 4TIMA 4WY0F 1NEYA 2WKJA 4Z1CA 2E6YA 4K8HA 4A22A 2YW4A 1LBMA 5DCBA 3KAOA 3E12A 4FIRA 3UWYA 2R8WA 1QO5A 1D9EA 3W7MA 5T26A 1W3TA 1KW1A 1QPRA 4AMAA 4S2BA 4P61A 2E6DA 4DO6A 2NWRA 1NVMA 4HPXA 3IGUA 1W54A 3UWWA 3HG2A 3EX3A 5I3FA 2FQIA 1EEPA 5TBOA 1WOBA 1DJNA 3EWYA 5J5RA 3KFTA 3R2GA 2YDAA 3UZJA 4M6QA 1HL2A 2GQ8A 1WYIA 2OJPA 4O1AA 1OYBA 1OG0A 5K3VA 3FEMA 4NUWA 4UTTC 2DZVA 2JBMA 4PCFA 1MEWA 3M1ZA 1K7EA 4XKYB 3PB2A 2VFHA 1GQNA 3O07A 2ATSA 2YX0A 3QZEA 5EKYA 3GAKA 3ABOA 4Z1BA 3NM1A 4A3UA 3W7OA 1SO6A 3N14A 1FXQA 4UXDA 3INPA 1MSSA 3ANYA 4YWIA 5D32A 3M47A 5EY5A 3W7QA 3CC1A 1T96A 1LRQA 2YFNA 3TJXA 3E96A 1EB3A 4WD0A 2Y6ZA 5AHEA 1CX9A 2OX1A 1QMLA 4HNUA 6ALDA 3DKLA 3R89A 4AHQA 3QMTA 1OX5A 3W7NA 3NPVA 4IUOA 1NSJA 3DHFA 5HWNA 2I9EA 1BWKA 5AHIA 1DV7A 3BK0A 4RCXA 4UTTA 3PAJA 1O4UA 4N9DA 1GJPA 4OHQA 1A5BA 4D2JA 1F73A 4EF9A 2GPTA 1VZWA 3LCXA 4O17A 1ALDA 4TO8A 3TX9A 1XDLA 1GG1A 4XWUA 2J27A 4AWSA 2YSWA 3L5LA 2QAFA 3TQKA 2CLOA 4BK9A 1S5VA 2NXGA 2Y7GA 4U4MA 1QPOA 2RDUA 1L6SA 2H3BA 1FXPA 3O6DA 4RX0A 3WJYA 4GC4A 1C8VA 2B0MA 1RQBA 1ZHAA 4EWND 3DXIA 5I3HA 3LDVA 3UYCA 4XTDA 3W7KA 1OFPA 1WXJA 5FF2A 1P0NA 4KFNA 3RMJA 4DELA 4IX0A 2Q3RA 1H50A 3SZ8A 3NPXA 2Z1BA 4CQ9A 2QCEA 2E77A 5BNKA 1SO5A 4CNNA 3QYQA 2X1UA 2RDWA 1XM3A 2CZ5A 3LCWA 3NQ6A 3CIXA 3PBWA 1F74A 5U4NA 1M7PA 3LI0A 3N34A 1F2JA 1HO4A 3JS3A 2QAPA 1QFEA 3IVTA 4JX5A 2GVGA 5D2XA 1GVSA 4NJIA 1DQXA 1TTJA 1M7OA 1SW7A 5DELA 1KFBA 1RV8A 3A9IA 4FF7A 2GVJA 2HTMA 4ZQMA 1TREA 5F1VA 1KBJA 3CM4A 5KZEA 3G1SA 1M5WA 1W5OA 4PH6A 4EVZA 2A2IA 1WX0A 3BLFA 3LCFA 4XBSA 4O19A 1WA3A 1ICQA 5KTLA 3EXTA 2DJLA 4ZQNA 2C6QA 4O11A 2B7OA 2EKCA 4WUIA 3WK2A 4HHPA 1AL7A 5A8GA 4JN6A 3SFKA 5G4EA 5K4XA 1GVFA 1C29A 3OVQA 2NZLA 2Y61A 4ZMGA 3TR2A 1O5KA 3NVTA 1LRNA 3L0KA 3N9RA 3UWZA 1SO3A 2JGYA 4LOCA 1EPXA 5TIMA 3PVFA 2NX9A 3GR8A 4FIQA 3FJ6A 4PC8A 4MY1A 4OWGA 2CZFA 1TQJA 1VH7A 4WXZA 3F4NA 3HGJA 1RQHA 4IPIA 4O10A 5HQEA 4NJHA 5DY2A 4K8EA 5FEWA 3NPWA 1IXPA 2ZTKA 3SECA 1LP6A 4YXGA 3G1HA 4NXSA 3EX4A 1IGSA 1ZJIA 5E1QA 5LKYA 4POCA 3HF3A 3NG3A 3O6CA 1HFBA 2P10A 4Z1DA 3G1DA 3W6YA 3L5MA 5DBUA 2E5CA 3OVPA 3WK0A 4ZQOA 1YYAA 1JULA 1RZMA 2QJHA 1VYSX 3PBYA 4CLMA 3P8IA 3UXAA 3NL5A 4NJGA 2GOUA 5I3JA 1F5ZA 4LVAA 4OBTA 2Y70A 4O15A 3ZWSA 1QAPA 3MYOA 2JKPA 2O7SA 1EWEA 1H60A 4GBUA 1IXNA 2V9DA 2H3DA 3KVLA 4UFLA 1VQTA 2ISSA 3L65A 1K3UA 3G1VA 3N2MA 1UJPA 3Q37A 4NT0A 1LDCA 5EYWA 3W07A 1SUXA 2FIQA 2FPTA 2WOQA 3GLCA 5LNWA 3M16A 5HINA 1N8FA 3NQFA 1JCNA 2A7NA 2G95A 3W7LA 3W7GA 5K9DA 4O4VA 1EX5A 2Q8LA 3SGUA 5KZDA 3LB0A 3P8JA 3DENA 1KM0A 2Y7FA 1MEHA 3DKJA 3GDKA 1PL9A 2EPHA 1OFRA 3HB9A 2C3ZA 4QIUA 1GZGA 1TO3A 3THAA 1P0KA 4A21A 2J9XA 2ZA1A 3W7IA 1A5CA 2C19A 4WXYA 1SFLA 4M5PA 2NX1A 5FF4A 4NZFA 1JRBA 2ZQ0A 3HMJG 1BKSA 1BEUA 1HTIA 3P61A 2PCQA 5FF3A 4X3ZA 3VE9A 4CNOA 5LNSA 4AF0B 1AMKA 4UTMA 1B4EA 3THQA 1H5YA 3DI0A 5D2WA 1O95A 1EUAA 2C16A 5BMXA 4DPPA 2KZHA 4XKYA 3LCLA 1X7FA 1DVJA 1W1ZA 2BZNA 3D0CA 4GWEA 2A6NA 1N55A 5EPDA 1X1OA 2VEPA 1TPVA 1KBIA 4UFHA 4O28A 2R94A 2Q3OA 1G6CA 4O54A 5FF7A 3HGSA 3W1MA 2O7QA 2TPSA 3UNDA 2VKZG 1JUEA 3TFCA 4N9EA 4R7JA 3I65A 4DBDA 5HWMA 4MJZA 1QPQA 2E6FA 3FKKA 1DOSA 5LSMA 1A5SA 3TUUA 3DFQA 5BW6A 4KWWA 1KM4A 4WOZA 4UMCA 1VLWA 3CEPA 3FLUA 2IQTA 3EKLA 1EP3A 1FCQA 3TQ0A 8TIMA 1VPXA 4FXSA 5D05A 1T99A 3DH7A 5HNRA 1L6WA 1YXCA 1Z41A 2NWSA 4ORMA 3G22A 4BI6A 4IMFA 1GWJA 1JRCA 4AXKA 1JCLA 4O1DA 2G97A 3MP3A 4FX6M 4MUZA 2E09A 1FWNA 4WY0B 3F4WA 2BX7A 1GVOA 2Z0IA 4JYDA 1XDMA 3M9YA 1OFDA 4IWWA 1LLWA 1V7YA 2PRMA 4BF9A 4LTSA 1G4SA 5I3IA 1QR7A 2C1HA 5BMWA 3GXPA 2OT1A 3CEUA 2CU0A 5LHFA 1PS9A 3W87A 1K8YA 4HSNA 3LTYA 5L9FA 3JR2A 3W71A 3HIJA 3LHVA 3IVSA 5AOUA 3R8RA 2QF7A 3S5OA 3IIPA 3FYOA 4OE7A 4UIOA 1HUVA 2CLMA 1OK6A 1H61A 4AEOA 1H1YA 4LNYA 3CQ0A 3W7CA 1KA9F 1UCWA 1GT8A 5DBTA 3T55A 3TAKA 2FFCA 2XN1A 5AC8A 1DL3A 1G7VA 4XZ9A 3TC6A 3GDRA 1F05A 3NL2A 1KFJA 4YL2A 3W2UA 3L21A 1ME9A 3W73A 1QO2A 2FB2A 4JR5A 2WSQA 3U8GA 3G1AA 4LS0A 1EUNA 1XUUA 3EXSA 2QJGA 1TPWA 3M7WA 4PA8A 3S1WA 4E2BA 4BR1A 3GIYA 3FS2A 4ICNA 2DJXA 3LRMA 2B7NA 1H7XA 5DLCA 3M0ZA 1HG3A 3R5EA 1SO4A 4H3DA 4K39A 1ZAIA 5F1UA 1XKYA 1TYGA 5DN1A 3V75A 3HPZA 5AN7A 3LCGA 1TRIA 4GUGA 1ZENA 4FEZA 5C5YA 2XFWA 3NM3A 4HPJA 1E51A 1XI3A 3TW7A 4CQ8A 1GTEA 4JX4A 4AHOA 4FNPA 3KRUA 3P80A 3DU0A 3IGXA 3C3NA 3IIVA 3M5VA 1TTQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QAI A;  4R53 A;  4US5 D;  1A0E A;  1MZH A;  3AS0 A;  1J93 A;  2NVD A;  3W25 A;  3GNP A;  3WBW A;  1JFH A;  1KBL A;  3PUE A;  4XD5 A;  4LWW A;  4ZZ9 A;  2I5Q A;  3C6C A;  4E3T A;  1K4H A;  1QU4 A;  3GB6 A;  2WNQ A;  3B0P A;  2G96 A;  1OVD A;  3D47 A;  4YVV A;  3W7R A;  4GJ1 A;  1XV8 A;  4W8L A;  1FUY A;  3ES8 A;  6ENL A;  4D6E A;  3SGZ A;  2HRW A;  5ABG A;  4LSB A;  3O2L A;  2V2H A;  4K68 A;  3LMZ A;  3RLU A;  4JYE A;  3B9O A;  3OLG A;  2EPN A;  3GXD A;  5FJR A;  3TYU A;  1S39 A;  2H8X A;  2A4A A;  3NQ8 A;  1ZBC A;  4HTB A;  1EA0 A;  3I6R A;  4RKA A;  2NX3 A;  2QYG A;  3M44 A;  4JL1 A;  6REQ B;  1XS2 A;  3EWC A;  1TPC 1;  3H7R A;  3PWA A;  2BGS A;  3MI3 A;  4NAF A;  5EMJ A;  4A3R A;  4O8A A;  1FH8 A;  4F9D A;  1MRA A;  1AW5 A;  1L8N A;  1IEW A;  2V3E A;  5AKQ A;  2HSA A;  3W1T A;  4A3H A;  2AAM A;  2ZYF A;  1OAD A;  1JXJ A;  4G56 A;  5B7Z A;  4A6G A;  3CWO X;  4QX4 A;  1JI1 A;  3IV3 A;  1W9V A;  4ADS A;  1UP2 A;  3VDG A;  3JRK A;  3HQP A;  1MXG A;  2IW0 A;  4RDZ A;  3PAN A;  5LNV A;  4BI7 A; 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 3EXT A;  3IWP A;  3EZ4 A;  1V6U A;  5FCZ A;  1GCY A;  5A6M A;  4B5X A;  2EKC A;  3WK2 A;  3GTX A;  4HHP A;  3KBW A;  4UQA A;  1C29 A;  2GL5 A;  2Y61 A;  2OEJ A;  3L0K A;  4PUK A;  1R9Y A;  3SCU A;  4M51 A;  3WBE A;  2J77 A;  1GW9 A;  1TVL A;  3PVF A;  5CC5 A;  3VDA A;  1F9C A;  4FIQ A;  4XG1 A;  3FJ6 A;  4PC8 A;  4MY1 A;  3ARR A;  4WXZ A;  4YWS A;  3V5F A;  3K1D A;  5H8P A;  4IPI A;  4Z42 C;  5C71 A;  2YZ5 A;  1XG4 A;  3ME3 A;  4EXA A;  5DEZ A;  3LM3 A;  2JF6 A;  1XGD A;  3TJ4 A;  3TN3 A;  1NP0 A;  4NXS A;  3EX4 A;  3JU2 A;  4LCR A;  1HL9 A;  1HJX A;  4AW7 A;  3HF3 A;  1Q6D A;  5AVN A;  3T81 A;  3W6Y A;  3GTI A;  4HN8 A;  1HT6 A;  2E5C A;  3OVP A;  4CQD A;  3WK0 A;  4ZQO A;  1YYA A;  1Q4N X;  1X8C A;  4GI8 A;  3CLW A;  1UD8 A;  5LA0 A;  2HVM A;  3GIQ A;  2VYO A;  2PGR A;  3WLH A;  3KOW A;  3ERP A;  2P8B A;  1UR1 A;  4B2D A;  1QAP A;  1K6A A;  2F2K A;  4AZB A;  1EWE A;  3S2N A;  1T6M A;  2O4Q A;  3WLK X;  2V9D A;  1A0D A;  2H3D A;  4RDV A;  1K3U A;  1A5M C;  1UJP A;  2WVT A;  3GUW A;  2DH2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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