3IIPA

Evolutionary optimization of computationally designed enzymes: kemp eliminases of the ke07 series
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
250
structure length
249
Chain Sequence
ALAKRIDAALIVKDGRVVEGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITAVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGTKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHRGAGKMEHFLEAFLAGADAAKADSVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords KE7 R6 3/7F
publication title Evolutionary Optimization of Computationally Designed Enzymes: Kemp Eliminases of the KE07 Series.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 92
structure length 249
sequence length 250
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3iipA00
4TIMA 1RQHA 3QYQA 2QDHA 3DHFA 5CG7A 1ZNNA 4HT3A 4QJ1A 2I9EA 1TPB1 5AHLA 3MI2A 3LCWA 2VFFA 3RLVA 5HWJA 2ZZ1A 3DH7A 4NU7A 3W1QA 2ZQ0A 1U83A 1RQBA 4IXHA 1WYIA 2Y7FA 1JCYA 1TB3A 3EKZA 1I2NA 1KFLA 5I3KA 4O54A 4LVGA 1JCNA 2BLEA 4WOZA 1L6YA 1D3GA 4ADSA 3HGRA 5I3FA 3SY5A 2WOQA 1SO5A 1VYRA 1IIGA 4XBKA 5AC7A 3L67A 2VXNA 1TQJA 1C29A 4GUFA 4O28A 1GYNA 3HGOA 4IQLA 3FA5A 2V2CA 4QIUA 3BG3A 3JR2A 4K39A 5FEZA 5LHEA 1KFKA 3GAKA 3W1UA 3G18A 3BGGA 4FNQA 4RK8A 2V8ZA 1KW1A 4ZMGA 5G5IA 4DF1A 3PG9A 1WQ5A 1GVSA 2VEMA 3UZ5A 3W1MA 3UPWA 2A21A 3FOKA 4OHQA 1AW2A 2LLEA 2DZUA 1W37A 4K8EA 3M5YA 3FKKA 3LERA 3N2MA 3TW6A 3P67A 1X8FA 5G4EA 3R89A 4FIQA 4E2BA 3LV6A 2DJLA 3FYPA 1XL9A 1SZNA 3LHTA 4HSNA 3IV3A 1JCXA 1CI1A 5U7SA 4FNUA 5E0KA 1WAUA 6TIMA 5KTLA 5BMXA 4JY9A 4IMFA 2QDGA 3TUUA 4NZJA 1N8FA 1MEIA 3VNDA 1R30A 1ME8A 3GNDA 3QRHA 3BW2A 2Z6JA 3ABRA 3W2MA 4AHOA 5LNWA 1KBJA 4NJHA 1Z42A 3S6DA 1ZAHA 2RDWA 1UBSA 3NL2A 4AXKA 4XQ6A 1QWGA 1TPEA 4QITA 2JGYA 3CIWA 4YL2A 1VR6A 3NQDA 3M5ZA 1TTQA 5D33A 1H63A 3QQ1A 3M5VA 2NXHA 3N19B 3NPWA 3NA8A 3UWQA 1S5TA 1I2RA 3PVFA 3LHUA 2RDUA 4IX2A 3FJ6A 4JX4A 5F1UA 1GG0A 1F73A 2WO5A 1MEHA 1GVFA 3NQVA 3A21A 3EX3A 2QJGA 3PY2A 4M6VA 4ICNA 4ZQPA 4Y8FA 3DFNA 2CW6A 2DZPA 1BWLA 3QH2A 3TH6A 4H6KA 4X3ZA 1DVJA 1OYCA 1T99A 3MHFA 1AL7A 2ZZ2A 1EUAA 1JQVA 1B9BA 1LLWA 4GRSA 2C18A 1TPDA 3UWVA 2V30A 1H7OA 1KM6A 1GTHA 4ORIA 2FPVA 3TR2A 1K03A 5K7JA 4RJEA 4Z1DA 1W31A 1W5QA 3W85A 3LI0A 3N9RA 4UTLA 5FEWA 2W0UA 1A5SA 3TQ0A 3B0PA 3TC6A 2WJZA 4BI5A 2BTMA 2X2GA 1SR9A 3R8RA 1D9EA 5CSSA 4FF7A 2ZZ5A 3TV8A 5DBUA 2GPTA 2IQTA 2ZA3A 3ELFA 4UFMA 1KBIA 3LHWA 1ADOA 1GEQA 1O4UA 2PRLA 2Z1BA 4JTKA 2ZRYA 1XUZA 3NQ7A 4OE7A 5A5WA 5EA9A 4KWWA 3D0CA 1YTKA 1R47A 7TIMA 3MI6A 3HF3A 3BG5A 5HULA 3C3NA 3B8DA 5I3IA 5HNRA 2PURA 1G6CA 3G1AA 2A7RA 4IWWA 4GXMA 1FCVA 3UWYA 4JTLA 3NG3A 4JYDA 5TQLA 3W1XA 1MZHA 2EGZA 3M0ZA 1GZGA 3PBYA 4CCEA 4ONVA 3MP5A 4ZQRA 4LRSA 3E12A 3E96A 3ZFHA 1YXCA 3NQEA 1D3HA 1F5ZA 1C8VA 1VQTA 3QEZA 3W87A 1OFPA 4HSOA 3BVJA 3PM6A 4O4VA 2Q3RA 3PUDA 3P80A 2EKCA 3M44A 2X1TA 4KFPA 1J2WA 1SZFA 4MFEA 1TTJA 4FNPA 2GQ8A 4JYFA 3HPSA 1YLVA 4IMCA 1P5BA 3VE7A 3W7RA 2ISVA 3PSVA 1G69A 3O15A 3KVMA 4LS1A 5C54A 4O50A 4ORMA 3R12A 1W3NA 4OBTA 4AWSA 3NR0A 2X30A 1TPC1 2YX0A 1LCOA 4FNRA 3L5AA 3GDMA 3LCIA 1XCFA 1FQ0A 4TMCA 1LBLA 2E09A 2ZTKA 4UMCA 1H7RA 5K3VA 1PHWA 3GVGA 3OG3A 3PBWA 5DXXA 1PIIA 4HN4A 3A22A 2E5DA 4GE8A 3EWYA 2KZHA 1BWKA 4FX7A 1PVNA 3F4NA 1KFBA 3G1FA 4NX5A 1H7NA 2CZEA 1JQXA 1GWJA 4UFKA 4AHQA 3HOJA 5LNVA 1VHCA 2DZSA 3MMTA 1W56A 2QCDB 5K4ZA 2C3ZA 5D38A 3KOFA 2FPYA 4ML9A 1H60A 1P0KA 1N55A 2V2HA 3MJYA 5EPDA 3L0GA 3DBPA 1HG3A 1X1ZA 4O15A 4OV4A 3L65A 3DI0A 2VFGA 2J27A 1FWNA 2E68A 1U5JA 4ZQCA 3FYOA 1H1YA 4MKNA 3BPWA 2A1YA 3NQCA 1L6SA 4BFAA 5AFDA 4PA8A 2YR1A 1QOPA 2YYTA 4YWIA 5DN1A 3MW7A 1H62A 3EXSA 1TMHA 1I45A 1YDOA 2NLIA 1H51A 2OJPA 2WV8A 2EPHA 2FQIA 3EX1A 1QPQA 1LTDA 2CU0A 2PC4A 1B4EA 1VJIA 3SECA 1H5YA 4MYAA 5AHIA 2OX1A 1I8JA 1HL2A 2C6QA 3UXDA 1W5NA 3LTYA 3S0CA 3L21A 3S1WA 2RHGA 2A7PA 3W7QA 1GOXA 4GBUA 4WY0B 1K3UA 1GT8A 4KKXA 3USBA 2Y88A 3KX6A 4S1FA 2WKJA 4HNVA 4YLWA 3LCHA 1OABA 4AEOA 4R7JA 1SZEA 3W73A 4DXVA 3C6CA 2NX1A 5TIMA 4POCA 3WFAA 4RLIA 4NX0A 2NV1A 3IEBA 1MEWA 3OVQA 3T40A 5MHBA 5I3HA 4JR5A 3N3MA 5HMSA 2C1HA 1DKWA 3LGEA 3LCFA 3O8AA 1UASA 1RVGA 4NJJA 5F2IA 2YZRA 2ZRUA 3P81A 4PTNA 3TQKA 2A5HA 5LGXA 5FF7A 1WDWA 3BV4A 4Q33A 3HO8A 1OFOA 3T55A 4Z1AA 3P60A 1HTIA 3CM4A 2QAPA 2FFCA 3PB2A 3W7KA 3W7NA 3C2OA 3W70A 3W1NA 1F6KA 4JDBA 4RZ6A 3WK3A 3GNNA 4UTHA 3C2EA 4KFNA 5BRBA 4NZFA 3NPXA 2CLIA 4JIQA 4IX0A 1SW3A 1QO5A 1KLZA 2JGQA 3TQVA 4O14A 1ZFJA 1PV8A 1WOAA 4EF9A 3LI1A 3Q94A 3BARA 4OGZA 1G67A 1ZAIA 4LVFA 3V75A 3WJWA 1S3HA 3S1XA 3A5FA 3L5MA 1OYAA 2TSYA 4QM1A 4UMBA 1UUMA 4UIOA 5DELA 4O13A 2QUTA 3E49A 1FBAA 4O57A 4MOZA 1Q3NA 4BWLC 2I1OA 1R46A 2WQPA 3P62A 3EWWA 3G1HA 4MLRA 3DAQA 3AJXA 5F2GA 1DBTA 4C1LA 1IIHA 4AMAA 1HO4A 1DHPA 1GYLA 3R5EA 4KWVA 2CFFA 3LHZA 3W7EA 1ICQA 3S42A 2AAMA 3UYCA 3IIZA 1TREA 3SSJA 3FJLA 1FY6A 1H61A 1QR7A 1VYSX 5G1YA 5KITA 1LLZA 2FIQA 1FWWA 3THQA 4JTFA 1KM0A 2TPSA 3KHJA 3I7QA 1GVOA 5CKSA 2P1FA 3HB9A 4ZQNA 4EOUA 4Y90A 2X16A 3TE9A 2Y61A 5DY3A 3I7RA 3W1AA 4IPJA 5DLCA 4RR4A 3GDTA 3CT7A 3GLCA 1CX9A 1FWRA 2QCDA 3QMRA 3UWWA 4MZYA 1IXPA 5I3JA 1RQEA 5AOUA 3KRSA 1UCWA 4UR7A 1O95A 3LLFA 3H55A 2W79A 1NEYA 3C2RA 3HG2A 3G0XA 3C2VA 2CLFA 2FPTA 1DV7A 3S8HA 4XTDA 1FCQA 3NQ8A 2CZDA 3C56A 1K7FA 3S5NA 3FS2A 4LTSA 1OF6A 1QNVA 2FTPA 4DF2A 2QUUA 1O60A 1KM5A 4IUOA 4LNYA 2ZRXA 1TRDA 3LCLA 3TA6A 3O16A 3OIXA 5K9DA 3W2NA 3QC3A 4O12A 1BKSA 4N02A 4YCPA 2Y85A 2A7NA 5FEPA 4O4WA 2VFIA 3IVUA 4LY8A 4K7YA 1G4EA 1ICSA 2VFHA 3BGJA 1FDYA 1P1XA 5CZ0A 1UUOA 2C19A 1TIMA 3WK0A 4WY0A 1YDVA 2HS6A 1NVMA 4M6QA 5F2LA 3TAKA 2G96A 1SZGA 1TO3A 1PE1A 1TPH1 5G2IA 3W1LA 2CLOA 2A6LA 3SGUA 3I7SA 5BOOA 1ME9A 4MLJA 4O53A 5T26A 3RU6A 1LROA 3DFPA 1JVNA 3GYEA 5EYWA 2ZCGA 3FIGA 3VKJA 4UXDA 1NF7A 4P61A 4JX6A 2O7SA 3ABOA 1JCJA 2ZRVA 4ADTA 3S1VA 1THFD 5D32A 1PL9A 3MBFA 5A8GA 2ZYFA 3HIJA 1BTMA 3CLMA 3DGRA 2QJIA 4QNEA 5G2WA 1J5TA 3G8RA 5D2WA 2FB3A 4TMBA 2G5WA 1LOQA 5D04C 3TAOA 4O11A 1QMLA 4AHPA 2P0OA 3DFTA 4MJZA 4AH7A 1F7BA 1X1OA 4XKYB 3QF0A 4M7SA 4LU0A 3DXIA 1FWTA 3NAVA 3UY7A 5SWUA 2BSLA 1WX0A 3QMSA 5HUOA 2AQWA 2BX7A 3IRDA 1O94A 4O17A 4BI6A 3L66A 3QFEA 2WNZA 1G7VA 2G97A 2DP3A 4JTHA 4L4LA 4LS2A 5D37A 3UWZA 4DQWA 4UMAA 1LRTA 3TIMA 4N9DA 3G8EA 2ATMA 3G1YA 3TMLA 4UTTA 1K7XA 1TV5A 4HPXA 3C8FA 4NJIA 2YPIA 3GDLA 4Z0JA 2F7FA 4E0CA 2QCFA 3G1XA 3WJYA 3G1DA 4IXXA 3BLEA 4N9CA 4CLMA 4O10A 4CQ8A 1DQWA 3NPVA 5D2YA 3C61A 4W9TA 1TV7A 2Y89A 3Q37A 5D05A 2QKFA 2B7QA 3NEVA 5DY2A 2B4GA 3RK8A 5LSMA 4HNNA 3M1ZA 4GUIA 4XZ9A 2W6RA 3DKJA 2BZNA 4R34A 3K30A 4GC4A 4R53A 4Z0SA 5HR7A 1LBFA 5LHFA 2HSAA 3PB0A 1EPXA 3L0NA 3NPUA 3W76A 3RNDA 4DBEA 1TPUA 2R14A 1TPFA 3FEMA 2WNQA 5L6UA 3TFCA 3LM7A 3IVSA 1WV2A 3LLDA 2Z2UA 3IVTA 1CW2A 4IMDA 2HS8A 3CWOX 5E93A 5CPNA 2CWNA 4NVTA 3DFSA 3C4UA 3M7WA 5KZEA 4XBSA 4S2CA 5D03A 3O1NA 1O5XA 5FEXA 3S9YA 2ALDA 3M43A 5G2HA 4ZVJA 5BMWA 5CPOA 3TNOA 5HWMA 4HNTA 5KMYA 3W23A 3OEXA 1R2RA 3F4WA 1G7UA 3C0JA 3O06A 2NWSA 3DI1A 3CQ0A 3ZS4A 4PCFA 1LRNA 2Y63A 5EY5A 2FDSA 3QQ0A 1QPRA 1RD5A 1EX5A 1SW0A 1XM3A 2EAWA 1VZWA 2CZFA 4O18A 3W2UA 3NOEA 1VHNA 3MP4A 1FX6A 2ABAA 5AC8A 2NXGA 1AMKA 3JRKA 1VH7A 2VFEA 1OK4A 1YDNA 4AB4A 3AO0A 4MFDA 5IBXC 3TSDA 4JN6A 5AHMA 4MZ1A 2YYUA 3T44A 3IIVA 3TXZA 3P74A 3RLUA 3LHVA 2NUYA 4I9AA 2TYSA 5EBUA 3W6YA 2OT0A 2J88A 4PH6A 2B0MA 1OYBA 1JUEA 4DF0A 4UR8A 3L0KA 5C2XA 3SZ8A 4I7UA 1WOBA 2JK2A 2ZZ3A 1W1ZA 1I4NA 1TQXA 4K36A 4WQ6A 4O1AA 5D09A 4UTMA 4JY8A 3KAOA 1TRIA 3RMJA 4NNAA 1EP2A 5G4WA 3TDFA 3NYZA 4HHPA 3M16A 2YW4A 3SJ3A 3LRKA 1OX4A 4JICA 3V1PA 5F4WA 3GZ3A 4EWND 3DKLA 2VFDA 4Q32A 4IMEA 3HGSA 1LYXA 2WNNA 3BLIA 2RFGA 1EIXA 3W1RA 5LZLA 3QSRA 2HMCA 3BW3A 4UFHA 3W72A 4NNCA 4WXZA 1YADA 3TW7A 4EVZA 5HJLA 3G1SA 4LVDA 2VKZG 3PWAA 2A6NA 4LV9A 3ANYA 2ZZ7A 2C0AA 2G95A 1VRDA 3GKAA 4TX9A 4XKYA 3KRZA 1T8XA 3LXAA 4CNPA 1QPOA 4PC8A 3O6YX 1SO6A 1PCWA 1O5KA 1SUXA 1W5PA 2WSYA 3B05A 1RPXA 5CZSA 2NXIA 2QUVA 4Z1BA 1GVRA 2YXGA 1Q6RA 1YPIA 4N6FA 2QJHA 4JTTA 1NAL1 3QPYA 3MHUA 3UQNA 1P0NA 2QCCA 5IM51 5K9XA 1PCKA 3NQFA 2A4AA 3W75A 4CCDA 2JKEA 1G4PA 2QCHA 1W3IA 3L5LA 3LBCA 2UV8G 3MYPA 4O1BA 2E5CA 5HQEA 4UTUA 4GNJA 3O63A 2JKAA 3W22A 3W7DA 3BK0A 4RV8A 4RZ5A 4BF9A 1WBHA 3GDRA 4JX5A 4OWGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TIM A;  2QDH A;  1Z9A A;  1E3X A;  4HT3 A;  4QJ1 A;  3K8M A;  1QXL A;  3KOZ A;  2X05 A;  1QRQ A;  1I0B A;  3R6I A;  1A5N C;  1VRX A;  4NU7 A;  2ZQ0 A;  3T08 A;  5E09 A;  2ZC8 A;  3VOG A;  1JCY A;  1NWS A;  3K46 A;  2OSY A;  3ZLH A;  5CGT A;  3T0T A;  1L6Y A;  5D8W A;  1D3G A;  1YHT A;  3HGR A;  4LUS B;  2VD9 A;  1OBA A;  4GY0 A;  2G4F A;  3A13 A;  5AC7 A;  3BXW A;  3L67 A;  2VXN A;  3VKA A;  4A3H A;  3LEP A;  4ZR8 A;  4GUF A;  1E40 A;  1GYN A;  1M1B A;  4IQL A;  3SCO A;  1VAH A;  3BG3 A;  3NSX A;  3V5F A;  3VIM A;  1JYV A;  4DI9 A;  4EKJ A;  3OG2 A;  4FNQ A;  3VX1 A;  3VNL A;  1KW1 A;  2YXX A;  5G5I A;  1WQ5 A;  1GVS A;  3W1M A;  4ZTY A;  2HBV A;  3UPW A;  1QI5 A;  2A21 A;  3MWC A;  3FKK A;  3N2M A;  3P67 A;  4J5N A;  4PBF A;  2C7F A;  2PU0 A;  4FIQ A;  4DWS A;  3GW3 A;  2DJL A;  2NVC A;  3WNM A;  3E1F 1;  4KMQ A;  4F66 A;  1CI1 A;  5U7S A;  3UPM A;  1SJA A;  6TIM A;  1BKH A;  4Q8T A;  3IUI A;  5BMX A;  4NZJ A;  2Y5J A;  2PWD A;  1R30 A;  2XZ9 A;  3G6M A;  4W5Z A;  3QRH A;  3W38 A;  1E4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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