3IRDA

Structure of dihydrodipicolinate synthase from clostridium botulinum
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
SIFKGSGVAIITPFTNTGVDFDKLSELIEWHIKSKTDAIIVCGTTGEATTMTETERKETIKFVIDKVNKRIPVIAGTGSNNTAASIAMSKWAESIGVDGLLVITPYYNKTTQKGLVKHFKAVSDAVSTPIIIYNVPGRTGLNITPGTLKELCEDKNIVAVKEASGNISQIAQIKALCGDKLDIYSGNDDQIIPILALGGIGVISVLANVIPEDVHNMCELYLNGKVNEALKIQLDSLALTNALFIETNPIPVKTAMNLMNMKVGDLRLPLCEMNENNLEILKKELKAYNLM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Structure of Cbot-DHDPS
rcsb
source organism Clostridium botulinum a str. hall
total genus 113
structure length 291
sequence length 291
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2009-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3irdA00
1NAL1 1TQXA 5CZTA 4MVAA 1C29A 1H51A 5A8GA 3W7EA 5LZLA 4CQ9A 1OYBA 2Z1BA 3TXZA 1WX0A 4UTHA 3TW7A 2ZZ4A 3TX9A 4WXYA 4ZQPA 4K39A 3UWVA 2CLOA 4XQ6A 3GXTA 1KTCA 2YW4A 4WD0A 4GUJA 2DZPA 1JRBA 4U28A 3MI3A 3N19B 3IVSA 4JIQA 3QH2A 4EWND 3DFSA 4Z0SA 4N9CA 5K4ZA 5AHIA 3WK0A 1YDNA 4LT9A 1MEIA 4QSHA 4MUZA 3UY8A 1ZJIA 3VI2A 4XKYB 5G2WA 5TBOA 3USBA 3W7MA 1TPC1 3ZFHA 1KBJA 3W7LA 2DP3A 2Y7DA 1ZAJA 1W3TA 2B4GA 5C5YA 2B7PA 5J5DA 4O54A 4K38A 4UTMA 4LVGA 3HJZA 2ZBTA 1FWNA 5EPDA 3MBDA 1IF2A 3W1QA 1W5PA 1WBJA 2WO5A 2E68A 3GR8A 2NXHA 3STGA 2DJXA 4UTJA 5LHEA 4A2RA 5LNSA 3TSBA 3EWUA 4UR7A 5F2GA 2Y61A 3LCIA 1TREA 3I65A 4X2RA 4U4MA 1NF7A 3BLFA 3TCEA 5HWJA 3TV8A 3W70A 1G4EA 3IIZA 1Q6OA 2C1HA 2C19A 4PFMA 2ZRZA 4P2VA 1YTDA 2DJLA 3TC7A 3BGGA 1Z41A 4Z0JA 1ZENA 3HBLA 3C2FA 3NQFA 4IOTA 3O07A 2O7SA 3TNOA 1W5QA 2CFFA 1DQXA 2Y62A 4DPPA 3PUEA 3A23A 3W7NA 4O0ZA 3E96A 4YWIA 5K9CA 2GVJA 4Z1DA 3EX4A 3P60A 2H90A 3O06A 2FFCA 1LTDA 2BTMA 4FXRA 5TIMA 5TQLA 5D30A 1HUVA 3PWAA 5D32A 4MFEA 2J27A 1SSDA 4O50A 2VFHA 4IPJA 3NM3A 3SW6A 4TIMA 3Q2DA 3EWZA 4AWSA 5KMYA 3UPBA 2H3DA 4UTWA 4E2DA 5AYYA 3F4WA 1C9DA 3GLCA 1ONRA 4WY0F 2XN1A 4GC4A 1VGAA 3O6YX 4O8RA 4UR8A 1LP6A 1I45A 3LBCA 2CZEA 1OX5A 4NJHA 3W7JA 1GEQA 1BWLA 5FF3A 4OHQA 3PY2A 1OFAA 4YCPA 4WZHA 3RK8A 3FLUA 4QNEA 3EWYA 2V2CA 4N9BA 4A2SA 4GJ1A 3P82A 3VE9A 3OVPA 4YL2A 5FF4A 1B4KA 3TAKA 1G7VA 2PRHA 2QJGA 1TYGA 4UC5A 4LUJA 4UMCA 2G97A 4JICA 1NEYA 3LXAA 3DI1A 3PBWA 1Z48A 1DBTA 1F2JA 3KOFA 4AF0A 1TTPA 3CPRA 2NWRA 4L4MA 4UTIA 4FX7A 4EVZA 5LNWA 2WNQA 4BF9A 3KRZA 5CSRA 4EF9A 4K8EA 2NZLA 1SW7A 5K7JA 1KA9F 5D38A 3DENA 1Q6RA 4GUFA 2A21A 4IX2A 4RCXA 4CNOA 3W86A 3OIXA 3QM3A 3BLEA 5U4NA 3EX6A 1JUEA 3F4NA 4TR9A 4O15A 3U6WA 2NV2A 4NNBA 3CTLA 3NZ1A 2BXVA 4BI7A 3NL3A 4KFOA 1SR9A 3NGJA 4FX8A 4LVBA 2JKEA 4POCA 5L9FA 4FNTA 2QJIA 4QITA 1BEUA 4K8HA 3DKJA 3I68A 2Y89A 3P80A 4OE7A 3G8EA 3NM1A 3IIOA 3TK7A 3EWXA 4ZQMA 2CLEA 3QEZA 2Q8LA 4ZQCA 1EEPA 4IJBA 5DXYA 3ANYA 1IIGA 1R30A 4ZMGA 3CWOX 4JTHA 4LUIA 3KRUA 4UTLA 4UTWC 4FIRA 3C0JA 5MHBA 1VCFA 3PSWA 3ABRA 3TR2A 3IV3A 3W88A 4QISA 4UTUA 1QR7A 2EF9A 5K4XA 1K3UA 4J9JA 3C2OA 1ZAIA 3PUOA 1F05A 2IQTA 1KM2A 2QCGA 3GKAA 1HO1A 3PB2A 2VENA 5DN1A 1SU5A 3L5AA 1YADA 1LOLA 1OF6A 1UBSA 2C3ZA 3ABOA 1FDJA 3V1PA 3GB6A 3W83A 2I9EA 2YR1A 3DXIA 3RFAA 4EIVA 4IXHA 4Z1BA 4LS2A 1W37A 1RQBA 2XFWA 5BNKA 4FF7A 5HINA 3SGUA 5HR7A 3PG8A 2BZNA 4MPQA 4B5NA 4O57A 5AHMA 1OFEA 2FPTA 2BX7A 3S1VA 3DFQA 2HMCA 5H91A 2PC4A 1XC4A 3QPYA 3DBPA 5HMSA 3L5MA 1MZHA 4O13A 1P1XA 1PVNA 1T96A 2WSQA 5F2MA 1TPDA 1OG0A 2C6QA 4GE8A 2GJLA 1SUXA 3H53A 2X30A 3EB2A 2FB3A 1IIHA 5D2XA 1QNVA 4JTUA 2JGQA 4XKYA 4JTFA 5D05A 4MY8A 1XXXA 2QKFA 3SR7A 3EXTA 1H7RA 1ME9A 4O53A 3IEBA 4MYAA 1XKYA 5BRBA 3ZR4A 3M9YA 4NUWA 1GVSA 3G1SA 3NL2A 5T26A 4MJZA 2CZ5A 4WX2A 2QUUA 4JTTA 4O0KA 3S1XA 1R2SA 5CSSA 2EPHA 4OGZA 5HQEA 3NO5A 2J9YA 3LRLA 4MOZA 1K8YA 1VHNA 5FEZA 4PODA 3U8GA 4O14A 3TXVA 2B7NA 4DO4A 1IXQA 2ATSA 1FXQA 1I2NA 4CQAA 1P0NA 2PRMA 1SZGA 4O52A 3UWYA 2VFFA 5I3HA 3UXAA 1VJIA 3W1TA 3RNDA 4HN4A 4MIMA 2PURA 1QPNA 1SZFA 4Q32A 4DF1A 3RU6A 3UWWA 1I4NA 1R46A 3C3NA 1F76A 1NF0A 1MXSA 3DI0A 4N02A 3W2NA 2F7FA 2W79A 4JX5A 2V81A 2YYUA 1V7YA 3T40A 1GVRA 3DZ1A 3TJLA 4JYEA 3FIGA 3R5EA 3HG3A 3OA3A 1EX5A 3FEMA 2NX3A 1G4TA 3W7HA 4LWWA 4FNUA 4N4QA 5EYWA 3M43A 1L6WA 3MUXA 1O4UA 2OCZA 2A7PA 1ICPA 5CKSA 2YYTA 5LNUA 5AOUA 3E0IA 2RDTA 1UCWA 3OHIA 4HNVA 4NU7A 3THAA 2R94A 1F6PA 1F73A 1MEHA 3WK2A 3BW3A 3W9ZA 3LX9A 3DAQA 1LBMA 4JYFA 2OT0A 5DXXA 1H7NA 1LLWA 3LBMA 2WPBA 3NPVA 3B0VC 3LCGA 3NXFA 4K6AA 3SZ8A 4S2CA 3LHTA 1VR6A 4M6QA 5AHLA 4NZJA 4CCEA 2JGYA 1FQ0A 3NYZA 5IBXA 1GVQA 4JS3A 3QSTA 2I14A 3KRSA 4BWLC 1OFRA 3O8AA 3W1MA 4CQ8A 1MSSA 1ICQA 1FWTA 3IIVA 1K03A 1H7PA 3INPA 3T44A 5CPOA 1PL9A 1TV5A 4KFNA 3NQGA 1LROA 1A5BA 1SO3A 2VEPA 3CC1A 2FDSA 4HSOA 1L2UA 5FEWA 5EL1A 3L5LA 3GX9A 1I2QA 2E6DA 1KLZA 3R13A 4Y96A 3W2JA 3FFSA 3PBYA 3LXCA 3KX6A 1U5JA 3IIPA 4P61A 5DBTA 5FI8A 1O95A 2RFGA 3DGRA 2UV8G 1VPXA 3NPXA 4LVAA 3W1UA 5F1VA 5U7SA 4CCCA 2Q3OA 3HF3A 3OVQA 2B7QA 3CT7A 3M47A 3SIZA 2WNNA 1QPQA 4JTIA 5AB3A 2YZRA 5K2ZA 3QC3A 3M0ZA 1VYRA 1W3IA 4RLIA 1UUMA 5E0KA 4IUOA 4MJMA 1A5SA 5DELA 2QR6A 1OJXA 1R2RA 4O17A 4LU0A 4DPQA 1AL8A 5E1QA 1XUZA 2QDGA 3GZ3A 1Y0EA 4R34A 3KVLA 1G4PA 4N9DA 3I7RA 1AW1A 3TC6A 4IMFA 3FA5A 3L0GA 1DL3A 3F1QA 4Y6GA 3JS3A 4KWWA 3W85A 1TMHA 4LV4A 1QDSA 2F84A 4UNKA 3FKRA 5DBUA 3S9YA 1S3HA 3G0XA 3CIXA 1ZHAA 3O6DA 2QEZA 1JUBA 3M44A 4UCGA 3B03A 3LCWA 3GDKA 3MO7A 1WXJA 3JR2A 2V5BA 3A22A 4O11A 3C6CA 1JCYA 3QMTA 3NQ2A 1TJPA 2ZZ2A 3C2VA 3P7YA 2NX9A 2Y6ZA 4JEQA 2BLEA 2A7RA 5FF2A 3A24A 1KM1A 2CZDA 4BI6A 4UMAA 1VCVA 3FS2A 4JDBA 3BARA 2Q8ZA 5ABTA 5D2VA 1KM0A 2G96A 2A4AA 2VEKA 4PEKA 4O16A 2CLHA 2VFEA 4UTKA 1H7XA 3LOTA 2XN2A 3O16A 1A5AA 2CLFA 1Q6QA 2QCCA 2ZA3A 2NXIA 1FWSA 3EX2A 4I7VA 1WAUA 4FHAA 4UMBA 1ME7A 1XFBA 3WFAA 1ZALA 4KWVA 1M6JA 2WKJA 3I7SA 2H3BA 3T4CA 1EB3A 1ZAHA 2DZUA 3IGUA 4AWTA 3NAVA 3KVMA 2R91A 2H6RA 4GXMA 1EP1A 4LVDA 5EY5A 3G18A 3S5OA 5KZDA 2A5HA 1HFBA 4TMCA 3NG3A 1XL9A 3Q94A 3I7QA 1J5TA 2RKXA 1VH7A 2RDUA 4IMCA 4LC6A 3UZJA 1SO6A 4PH6A 1KV8A 4UFIA 3GDMA 1LRTA 2CU0A 3TMLA 4AXKA 2HTMA 4JX4A 1F6KA 5HWMA 3L9CA 1KFCA 4NNAA 4H6KA 1EP2A 1TPH1 3PAJA 4JNMA 4JTSA 5AFDA 2JBMA 1GG1A 1OF8A 1EWDA 2C15A 4ZL1A 2TPSA 3KVKA 2DZSA 4UFJA 3NEVA 1AMKA 4HNTA 4O1CA 2DZWA 3BG5A 1GJPA 3LB0A 5D2YA 1YXYA 2WSRA 4MFDA 1ADOA 5HJLA 3UNDA 4LOCA 1YPFA 1TIMA 3TUUA 3W1AA 4H4IA 3DFNA 1KFJA 5EKYA 1JCNA 2OJPA 2ISSA 1X1OA 2V82A 1DJNA 3W1LA 1TPVA 4OU1A 3UD6A 3G3DA 2FJKA 5EMUA 1UASA 3LI0A 4HKPA 4YXGA 3LLFA 4A3UA 3T7VA 4S2BA 1NFBA 3O05A 4JDYA 3G0UA 4N6FA 3GR7A 1YPIA 4O1DA 5C55A 3EX1A 3W1RA 2ZYFA 3P5YA 1BWKA 1FCBA 4AHPA 4DBDA 3N14A 3P84A 1RV8A 1DJQA 3TMQA 4MKNA 3NPWA 1H7OA 3ZWSA 3NQMA 4OWGA 3NR0A 1ZNNA 4MLRA 3N2MA 1IXPA 3A21A 5BMWA 2P0OA 5F1UA 3LHUA 1O94A 3IRDA 2DZVA 3W87A 2Y85A 3M5XA 1W1ZA 3HO8A 5IM51 2OT1A 3HQ1A 5I3JA 4O4WA 4GUIA 3QPZA 2QCEA 3LLDA 4ADUA 4WY0B 3WJYA 2ZRUA 2QCMA 1MEWA 2GQ9A 4R53A 3W3OA 4GBUA 4WOZA 4JN6A 1KM5A 1OVDA 1QOQA 4UFMA 2ZZ3A 3DHDA 2CLMA 3LERA 4JTJA 1YTKA 4UFKA 5FEXA 1ALDA 5LKYA 3VE7A 1G6CA 3HMJG 1CW2A 3C4UA 4GRSA 3QJAA 2TSYA 3IVTA 4WXZA 3NQDA 1K8ZA 3S42A 3MWAA 2C14A 4MZ8A 3TQKA 3WJWA 1XBXA 5EBUA 4LS0A 2GOUA 1KM4A 4NJGA 2ZFAA 2J6XA 3W1NA 3BLIA 4IX0A 3STFA 2DU2A 4BFAA 2B0MA 3FKKA 2P10A 3DKLA 1TPEA 3STEA 2A7NA 1D3HA 3L21A 2DZTA 1WQ5A 4KKXA 4NNCA 1JCJA 1S5VA 5CZJA 5HR6A 4IMGA 4NJIA 2Z2UA 1EWEA 4XUGA 1QWGA 2ZZ5A 1VLWA 2V8ZA 1GPWA 3JRKA 4O18A 1PIIA 1TRDA 1JVNA 1QPRA 2HS6A 5D04C 3STCA 3H55A 3CEPA 2ABAA 4LVFA 1YYAA 3ZS4A 2GVGA 4CNPA 8TIMA 3BW4A 4M5PA 3THQA 1GTEA 4JIPA 2CW6A 3KVJA 1H1ZA 4IMDA 3PUDA 2C0AA 1PHWA 4JY9A 4DO6A 1FWRA 1B9BA 2VC6A 3G0SA 5A5WA 4JD4A 1L6YA 1X6UA 1RVGA 2QUTA 2VFDA 3AJXA 2ATMA 4K37A 3O1NA 1XBYA 3PF3A 3G3MA 1RPXA 4DF2A 1SW0A 3L68A 3O63A 5DY3A 1D9EA 2ALDA 2QCHA 2NUXA 2Y7EA 1OFBA 1TV7A 1S5TA 4G1KA 1EP3A 1W5OA 5KSWA 4R7JA 2V2DA 4NT0A 3N34A 2HS8A 1EIXA 2C16A 3C56A 4UIOA 2E5CA 4OV9A 1KBIA 1T99A 2NV1A 1W54A 3FJLA 5AHEA 3YPIA 1UJPA 4AHQA 1K7XA 2J9ZA 3E9AA 3LCFA 7TIMA 4JTKA 2YCEA 1JQXA 2Y88A 3QW4B 5G5IA 3GIYA 4O1AA 1GQNA 3GNDA 3QMRA 3VNDA 1VYPX 2ZRXA 4OQVA 3LTPA 3NQ7A 3S1WA 1VRDA 1LYXA 3LDVA 3QFEA 1P4CA 2QCFA 3QF0A 3KFTA 2NWSA 4K7YA 1JRCA 3TKFA 1QO5A 3BVJA 3L67A 3VCRA 2QF7A 3LCHA 1P5BA 1KW1A 2E77A 1OHLA 1TJRA 2ZZ1A 4O1BA 1KM3A 2Y7GA 4RX0A 3W23A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WLS A;  3O9N A;  3RU8 X;  1H51 A;  3OQE A;  8XIM A;  5LZL A;  4CQ9 A;  1WE5 A;  1WX0 A;  4QE1 A;  2ZZ4 A;  1P7T A;  2G41 A;  1QNR A;  2WYS A;  3P2V A;  3ZQ9 A;  3H12 A;  1WZA A;  4GCA A;  1EDT A;  4DUW A;  2V3D A;  3K1D A;  4HU8 A;  1DIK A;  4LNC A;  1PYF A;  3U4F A;  3SUV A;  1PO9 A;  1E6Z A;  3VGF A;  4UQ9 A;  3DFS A;  4Z0S A;  2V68 A;  2VCB A;  5K4Z A;  2WCG A;  2YL8 A;  1VBJ A;  4LJ3 A;  4LT9 A;  4KET A;  3LYE A;  3N6J A;  3GG8 A;  3MC5 A;  1PZ2 A;  1EGV A;  3GY1 A;  5FOO A;  5TBO A;  1DTU A;  2CXE A;  3VOF A;  2R9R A;  1ZAJ A;  5C5Y A;  6PTD A;  3WUF A;  1EJT C;  1M53 A;  4O54 A;  3VX1 A;  4K38 A;  1F4A A;  2HNE A;  1FWN A;  2GJX B;  1JPI A;  4TX8 A;  1PZ1 A;  3STG A;  2DJX A;  3AS0 A;  2XZ9 A;  1OGS A;  4UR7 A;  4PUL A;  1KCZ A;  3LCI A;  1ISY A;  4HOX A;  5CXP A;  3ZM8 A;  1F4H A;  3NZG A;  1Q6O A;  3GG7 A;  1UD2 A;  4LEF A;  4P2V A;  4EK7 A;  3AUJ A;  4Z0J A;  1ZEN A;  3FA3 A;  4UTF A;  1UPM B;  3V36 A;  3HN3 A;  4NI3 A;  1RY0 A;  1EPV A;  2CFF A;  2Y62 A;  3PUE A;  3W7N A;  1MUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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