3J7ZO

Structure of the e. coli 50s subunit with ermcl nascent chain
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
DKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S ribosomal protein L32
publication title Drug Sensing by the Ribosome Induces Translational Arrest via Active Site Perturbation.
pubmed doi rcsb
total genus 33
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j7zO00
5DM7L 1KC8O 5JVGL 1VQ9N 5GADP 4IOAL 1VQ6N 3CC2N 3CCQN 1K8AO 1KD1O 3CCRN 1JJ2M 3CCVN 5JVHL 3G71N 3CCSN 4IO9L 3OW2M 1YIJN 1Q81O 5HL7L 4WFNL 1YJNN 1YJ9N 2QA4N 3CXCM 4WFBL 1VQ4N 3CCLN 1K73O 5GAEP 1NJIO 1VQMN 5GAGP 3J7ZO 5DM6L 1YI2N 3DLLL 3CCJN 4IOCL 5H1SQ 3G6EN 3CC7N 3I55N 3PIOL 3I56N 1YHQN 4U67L 2ZJPL 4WF9L 3CF5L 2QEXN 3CPWM 1Q7YO 1M1KO 2OTLN 2ZJRL 1Q86O 1M90O 1QVGM 5GAHP 4UY8O 3CMEN 1N8RO 3CCEN 1S72N 2OTJN 3CMAN 2ZJQL 1ILYA 1K9MO 5MLCQ 4WFAL 1VQON 3G4SN 1VQ7N 1Q82O 1OVYA 1KQSM 3CCMN 1YITN 3CC4N 1VQLN 4WCEL 1W2BM 3PIPL 1VQKN 1YJWN 1VQPN 1QVFM 3CCUN 3CD6N 1VQ5N 1VQNN 1VQ8N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWOA 4JD2A 3T69A 2UYTA 3KIOA 4W5RA 1RBSA 2NUBA 1SKWA 2RF2A 4K43A 4CF2A 1K8AO 4QS8A 1RBRA 4JI2K 1D5AA 1HNWK 4ILHA 4DQIA 1RBVA 4F3TA 3VQBA 2VQFK 4I6MB 5AQIA 3ZT1A 4IO9L 1SS6A 4YOTA 3SI6A 4WQ4C 4H4OA 1S5JA 3CERA 2HHUA 1FK9A 3WNGA 4JD2B 3VQPA 4DHYA 3OS0A 1WSGA 3THXA 2H3GX 4JS4A 5EOYA 4KRFA 3BZCA 5J2MA 4EFHA 3NE6A 2HNDA 4CIEA 3B6PA 2JGUA 1HNZK 4OLBA 1YVUA 3CJCA 4LF9K 3NF6A 4F2RA 4DTJA 5AQZA 2YNHA 3KLFA 4LH4A 1MWKA 3VPZA 4B1YB 2QWMA 2GBZA 4JS5A 3H45C 4JI8K 4ISFA 3TARA 3DLBA 3THXB 1TAQA 4ELVA 3CPWM 5I42A 4B9SA 4HCCA 3VA3A 3ZSOA 4DU4A 5JS1A 4GKKK 1M90O 2I5JA 3EEQA 4PKGA 4CF9A 3PX0A 2F8SA 4BR7A 1ZC6A 1Z6RA 2YI1A 4FJ7A 4CJUA 3NGZA 3K59A 4BRAA 1JLQA 3WXIA 1HKBA 3DAWA 1BCMA 3AVJA 1Z26A 3V1RA 3NDKA 4CF8A 2OYQA 2B6AA 4KREA 3T1HK 2UUBK 3OYMA 2HF3A 5A2QO 4JV5K 1S1VA 3RWUA 1VHXA 3TPQA 4J2BA 4W5TA 3AVHA 1C0FA 4JKHA 4B9UA 3I33A 3TU5A 3SV4A 3SV3A 4X65K 3DXMA 3F9MA 3CFOA 3DYAA 1NLVA 3M1FA 2BGGA 3VGLA 2IVNA 4CFBA 3VTHA 4BG9A 1RT6A 1SL0A 4FXDA 4UQGA 1KFSA 3OBYA 1ZBUA 5JVGL 3AA3A 3R8EA 4O8UA 3LWLA 2GUIA 4CHPA 2UXCK 4V19S 2D0BA 4H03B 3CCRN 3ZT0A 3U3YA 4M3UA 3DXMB 1WSHA 2BUPA 2E1YA 3G71N 3LL3A 1IO2A 1VSMA 5SZTA 3N4PA 3OVNA 3HRGA 1KVAA 3O3GA 1SL2A 5J2PA 4CD1A 5M1QA 5B8HA 1VAZA 3H1QA 3BUZB 4C23A 3OYJA 1J5EK 3CIPA 1N36K 2IGIA 4B9TA 3OYIA 4BREA 4E1NA 2Q1NA 4HWIA 1TV6A 4JNEA 2PYJA 4KHPK 3A5LC 1H1VA 3K5LA 1YI2N 1QHAA 5AQPA 3WNFA 2YJFA 1JCGA 3VESA 1NJWA 5M1PA 4K25A 5CYMA 4FJXA 1TGOA 3CF5L 3H3NO 1IKVA 3KZBA 3SUNA 4KFBA 1GLBG 4X62K 3VENA 3DRRA 4E7KA 2A41A 1D9DA 3K57A 1RDAA 2YHYA 5FDLA 3M8SA 3ZETA 4DQ8A 1X9MA 1NNEA 4RW7A 3KD5E 5HRSA 4DFPA 3A2FA 1QQNA 3CQYA 1U2VA 3LAMA 1TUYA 2ZGZA 3MN9A 5CR4A 3M8RA 1RBTA 1IBKK 4M3TA 3KKRA 4I7FA 4B3OA 1HYVA 4B3MK 5C25A 1ZBIA 3C95A 3ZETB 3OYLA 3B8AX 3MEGA 4BWJA 3WT0A 4AH9A 4E7HA 4E7JA 1RT5A 4O8KA 1TK0A 2WONA 1VQ8N 1S1XA 4CGHA 2QXLA 4DV7K 2ASOA 1U2VB 4DF8A 5TKYA 2DY4A 2HHSA 1X1PA 3ZX0A 4JKCA 1DTQA 3CCQN 2YV0X 3K5MA 3VF6A 4QCLA 2DFFA 4A2BA 4DV1K 2KZMA 4GVMA 1NJXA 2BH1A 4B9QA 1DGKN 3RSEA 4KO0A 2P9PA 3SK3A 3CQ8A 3SAFA 3NFAA 3VGMA 4PL8A 1XC3A 4JLHA 5AQMA 3AGRA 2X78A 1ATNA 4FJJA 4FWQA 2KHOA 3W3DA 4IDHA 2O4IA 2HVHA 3LDQA 1D4XA 4GNIA 1EWRA 3PO5A 3T1AA 2OCEA 4DSKA 1HKGA 3VOVA 4DV0K 3RSEB 4AHTA 2P9PB 4CFDA 1YHQN 1NMDA 1KFDA 1XI1A 3P1GA 3M8QA 4JK9A 5F0XA 4FPAA 2GELA 1WAJA 4H0VB 3QEIA 4DSIA 4KH6A 3LAKA 4B9MA 5HRPA 1SL1A 1X3NA 2KQ2A 1S22A 4M3ZA 4FM1A 4FO0A 1IV0A 5CY4A 4FLZA 3ENBA 1NWKA 4CK2A 2PZSA 3O3FA 1JXBA 1RT7A 2AP1A 3FZFA 3HPGA 2WOMA 5E84A 1NJZA 4MLEA 3QETA 4F4KA 3LM2A 3O4QA 2AJQA 2HMPA 4H8KA 3VEOA 5AQUA 3LDPA 4CJEA 4E89A 3IFRA 4Z4GA 2W6LA 4JEPA 4IFVA 3H08A 1OKJA 4K8XA 3O8MA 1TVRA 1JLEA 1DT9A 3O9RA 3GL1A 4F8RA 2RKIA 4ISGA 4BR0A 1XHZA 3RMBA 1EETA 2E2OA 1YJ9N 2E88A 5C42A 3GE1A 5C0YA 4MLHA 3RRGA 1V4TA 1RDCA 3CHWA 3SMSA 2XHBA 2NRRA 3Q7CA 5F1XA 1VSJA 1LW0A 4FWSA 3HP9A 3R9PA 2Q36A 3HO1A 4XH1A 3IS9A 5H1SQ 2HSTA 3CC7N 1GOAA 4JYAK 3VQ8A 1O1WA 4Z0UA 4CZIA 4IOXA 5EU7A 5T7BA 4RCHA 2FF6A 4E3SA 5LJWA 3TWHA 1BG3A 1KXPA 2QWLA 3L8BA 4WQ5C 1QTMA 1REVA 3WXMB 3ZT4A 3J8AA 1VSDA 5BPMA 3U9ZA 3BF3A 1K9MO 1VQON 3HBTA 3DLRA 3OYAA 4FW1A 4OKKA 3UB5A 3JYTA 2A42A 3ITHA 3TANA 3VTIA 3ZSVA 1X9WA 4CGJA 4FJ9A 5I9EB 4BDYA 2O8DA 4NXNK 3ENOA 1GLDG 3CC4N 4I2PA 2HHTA 4JRPA 1WBDA 4OGCA 2D0AA 4DLGA 5HLFA 5JICA 4DU1A 3L2VA 1XMQK 1VQNN 4ELUA 3IDHA 1N6QA 1LWEA 2FC0A 4CIGA 2O8EA 1WSFA 1GLJO 2P9SA 3NVKA 2ZF5O 2O8DB 4DSFA 3WNEA 3J7YP 5HBMA 1MU2A 3H1VX 3H46O 2YHAA 4OPKA 2O4GA 3CCSN 1YIJN 2ZQBA 2G8VA 2QWRA 2PBDA 4FJ5A 2A40A 2UU9K 4BE2A 3U6FA 2O8EB 3FFIA 5AFUA 4FLTA 2Z1JA 2P9SB 2GTDA 4Y0WA 4DQRA 5CE3A 4FLYA 3OYBA 4LH5A 1NG9A 1HJOA 4OPHA 3SBGA 3LANA 1WSIA 1NJIO 2QK9A 1QQCA 2A1RA 1CZ9A 3ASMA 3DLGA 3J80O 1Y97A 3K5NA 4JKGA 1XNQK 3A5NC 4YDUA 1QSSA 3RRHA 4KV8A 4DR6K 2RN2A 2IOCA 4BACA 1SUQA 3UKUA 4JI4K 1M1KO 1S1TA 4ILGB 4BC2A 4L3QA 4IXCA 3IG1A 2ZJRL 2GX9A 3O4WA 1QVGM 4CHYA 1F21A 3OYDA 2NRVA 3MN5A 4JKGB 3V9UA 4OGEA 4PQUA 2CH5A 3EYZA 2Q31A 3ZX3A 3E01A 3J7AP 2WC9A 3MWPA 1ASVA 3UKUB 3EKSA 3EKUA 3WQTA 3LP2A 3ZCMA 3KLEA 4FZXC 3B6OA 3ULDA 2FBVA 4FM2A 1NGIA 4JI1K 3T7ZA 1EXQA 3U9DA 4DV5K 4WQ5A 5EXWA 4BWMA 3HXMA 4MO5A 4YOUA 1S6QA 3O5BA 4OPAA 4FWMA 2ASPA 4H5NA 3L4QA 2GWJA 4DSLA 2ATQA 4CBWA 4IFEA 3BZKA 4EAHD 2FBXA 4YOYA 1BISA 4PHTX 4PUOA 4KKOA 5C15A 3EZWA 1LAVA 5DMRA 4G1QA 1IG9A 3HM8A 2P9IA 4CGDA 1RDWX 2IVOA 4OKEA 1JL1A 5J1EA 4CEEA 4DSEA 2KTQA 4QS7A 4YOVA 4KHSA 4BRFA 3CCVN 1V4SA 3D6RA 3IAYA 4LF4K 4IZ9A 3AV9A 5M1FA 1TKTA 3WEEA 4RG8A 2HHXA 4DV4K 3VQ5A 2P9IB 3KVGA 4LSLA 3DWLA 2QA4N 2OPQA 3IUCA 3DXKA 4JK7A 4YORA 3QLHA 5AQXA 4EP5A 3CI5A 4BE1A 3QEWA 3NBPA 4ID5A 3HJFA 1EQYA 1NBWA 2HW3A 3WEEB 4LF7K 4CEFA 4ZTFA 1RGIA 3CPEA 1DLOA 4ISEA 4GVEA 3PV8A 3I56N 3WQUA 2ZJPL 3C6TA 3LZJA 4WF9L 4CK1A 2QEXN 3DXKB 3KK7A 3DLKA 4FVUA 5HOOA 4CFAA 4RTFD 3WXLA 5AR0A 3KTQA 3ZSWA 1BOTO 3HOSA 3K9JA 2G8WA 4TSXA 1QHTA 3QINA 1JLFA 5GIPA 2VQEK 1OH7A 2CH6A 2FLOA 4JN4A 4E19A 1A5VA 4N76A 4BRDA 5HRNA 5KGWA 2F96A 3NH2A 3HP6A 4M41A 1ASWA 4O0IA 2NZTA 4GMJB 1RTIA 2R7YA 5ADXA 4CI6A 2G8HA 1HR0K 5GIOA 1RT1A 1LWCA 3C94A 5AQYA 1KSPA 2GEMA 1RDBA 4Q5VA 4IG3A 1RBUA 2KKZA 5BR9A 4FJIA 1KLMA 2Z1GA 3V9XA 1BIUA 3HPOA 4EP4A 4DTUA 1KAXA 4BR5A 2HHHK 4OO1J 4OVLA 4EHTA 3NGIA 4H4MA 1VSIA 4DCHA 1GLFO 4OKJA 3WUHA 3U8XA 4A2AA 2YNFA 4BROA 1NU0A 4FWNA 3LP1A 5C2FA 2NNWA 1T03A 1Y64A 4C1NK 1T3VA 1GLCG 1WLJA 4AILC 4MDAA 3IKMA 2XY8A 4AHCA 1J53A 1S9GA 4CEAA 1TAUA 1UWBA 4NB4A 3AVKA 4JRQA 2D4WA 4FJHA 4OJRA 3P83D 4IOCL 1SV5A 3QFUA 2FF3B 3SPZA 5AQHA 3SUOA 1HLUA 3JSMA 1T6DA 4H0PA 4CJWA 3GBTA 4CW7B 1DTTA 4RWTA 2ZM6K 4BC4A 2BDPA 2OA8A 2G8FA 4FZZA 4CZLA 3AO2A 4M42A 1LWFA 1Z25A 3RR7A 4CZHA 4FJMA 3CCEN 1FJGK 4WQ4A 2OTJN 4IO8A 3EL2A 3AO3A 4RW9A 3SMPA 3CMAN 2Y1JA 1NGCA 4Z4CA 2ZE2A 3PSIA 3R1XA 4KPYA 3HPHA 4DG1A 3DJCA 3QNNA 2KFZA 4KI6A 1NK7A 1U6ZA 4DS5A 2GUPA 5LMUK 3IRXA 2Y1IA 2IDOA 1JLBA 4K0KK 1G99A 2XY5A 1XWLA 1VQLN 4MDBA 4A5AA 1MA9B 4LC9B 5BPLA 4O5BA 4KTWA 2Q2RA 3M5RA 4B3RK 3FGUA 2HVIA 1RDUA 1VQ9N 4KI4A 4LY7A 4H5TA 3CYMA 1QS4A 1LCUA 4LFCK 2F7TA 3GG4A 2ETJA 4CJRA 1ITGA 3NGYA 4Y1DA 3AGKA 4DV6K 4RW6A 3ZT2A 3V9SA 2ZWHA 4CK3A 4H0YB 1B9FA 3OW2M 4YY3K 1Q81O 3ZLJA 1P90A 1CLQA 1KCFA 3I8BA 4BY9C 2IAJA 1D9FA 3HOTA 2W40A 2RE2A 3KLHA 4CJKA 4CCHA 2KLAA 3OBWA 5JMVA 4DU3A 5DM6L 4BR9A 3CCJN 2IS3A 2P9NA 3MCAB 1VK0A 1K6YA 3I55N 4CESA 4JKAA 4JI5K 3L0QA 4AF1A 5ELZA 1I3AA 4QAGA 2RHKA 2YNGA 4CJ7A 1YAGA 3AAPA 1BU6O 1HQEA 2P9KA 2VGMA 2WBNA 1OH6A 2D5RA 3BY5A 3LDNA 4J2DA 1BI4A 3NF8A 2P9NB 1E4FT 2P51A 3CQXA 3JAMO 4DR2K 1NK0A 4CEQA 4FJGA 1NKCA 2G8IA 1SKSA 1ILYA 1TKXA 1C0TA 2O8BA 5J2NA 3TSUA 1WOQA 3LP0A 4KB0A 4NXMK 2YKNA 1JL2A 4BQZA 1NGEA 1GOCA 1C1AA 4Z4HA 2P9KB 3LWMA 1ASUA 4DR1K 4JKBA 1OH8A 3ZSZA 1BI4B 4YHHK 2ZGYA 5FPEA 1Q8IA 1YF5L 3VERA 4EZ9A 3EY1A 1XQSC 2O8BB 2OPRA 1HNXK 2HBMA 5I3UA 4HUEA 1VQ5N 2PY5A 1XUPO 3TTFA 4Y1CA 4W5QA 1NK4A 3CM5A 3J81O 3TI0A 5AQSA 3ID8A 1U04A 4JI6K 4FPBA 3LPTA 2EHGA 4H0TB 1KD1O 2E6MA 1S1UA 4IDKA 3BDPA 4BC3A 2QXFA 3HM9A 2F8TA 4M7XA 4DR4K 4BRGA 4GY2B 3NH0A 3VQ6A 5HL7L 4CZEA 3PY8A 2OANA 4ELTA 1KLNA 3CXCM 2O8CA 3CM6A 1XNRK 4B1ZA 5GAEP 1NJYA 4BRPA 2PFUA 3KK1A 3MN6A 4CEDA 1VSEA 2HF4A 1J5OA 2OZSA 4FLUA 1RT4A 1DKGD 4FYDA 3L6QA 4IJNA 1W0HA 4CGGA 4XH5A 4IKFA 4H5WA 1T8EA 2O8CB 4LF5K 4IEEA 1X9JA 5KI6A 4BRHA 1HYSA 4HTUA 3G25A 1HPZA 3KJVA 3AVAA 3TSQA 1HPMA 4NLCA 1JCEA 3TSPA 3P5JA 3EZ5A 4CF0A 2DPNA 2CGLA 3PX4A 4NYFA 4FLVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DM7 L;  1KC8 O;  5JVG L;  1VQ9 N;  5GAD P;  4IOA L;  1VQ6 N;  3CC2 N;  3CCQ N;  1K8A O;  1KD1 O;  3CCR N;  1JJ2 M;  3CCV N;  5JVH L;  3G71 N;  3CCS N;  4IO9 L;  3OW2 M;  1YIJ N;  1Q81 O;  5HL7 L;  4WFN L;  1YJN N;  1YJ9 N;  2QA4 N;  3CXC M;  4WFB L;  1VQ4 N;  3CCL N;  1K73 O;  5GAE P;  1NJI O;  1VQM N;  5GAG P;  3J7Z O;  5DM6 L;  1YI2 N;  3DLL L;  3CCJ N;  4IOC L;  5H1S Q;  3G6E N;  3CC7 N;  3I55 N;  3PIO L;  3I56 N;  1YHQ N;  4U67 L;  2ZJP L;  4WF9 L;  3CF5 L;  2QEX N;  3CPW M;  1Q7Y O;  1M1K O;  2OTL N;  2ZJR L;  1Q86 O;  1M90 O;  1QVG M;  5GAH P;  4UY8 O;  3CME N;  1N8R O;  3CCE N;  1S72 N;  2OTJ N;  3CMA N;  2ZJQ L;  1ILY A;  1K9M O;  5MLC Q;  4WFA L;  1VQO N;  3G4S N;  1VQ7 N;  1Q82 O;  1OVY A;  1KQS M;  3CCM N;  1YIT N;  3CC4 N;  1VQL N;  4WCE L;  1W2B M;  3PIP L;  1VQK N;  1YJW N;  1VQP N;  1QVF M;  3CCU N;  3CD6 N;  1VQ5 N;  1VQN N;  1VQ8 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QWO A;  4JD2 A;  3T69 A;  2UYT A;  3KIO A;  4W5R A;  1RBS A;  2NUB A;  1SKW A;  2RF2 A;  4K43 A;  4CF2 A;  1K8A O;  4QS8 A;  1RBR A;  4JI2 K;  1D5A A;  1HNW K;  4ILH A;  4DQI A;  1RBV A;  4F3T A;  3VQB A;  2VQF K;  4I6M B;  5AQI A;  3ZT1 A;  4IO9 L;  1SS6 A;  4YOT A;  3SI6 A;  4WQ4 C;  4H4O A;  1S5J A;  3CER A;  2HHU A;  1FK9 A;  3WNG A;  4JD2 B;  3VQP A;  4DHY A;  3OS0 A;  1WSG A;  3THX A;  2H3G X;  4JS4 A;  5EOY A;  4KRF A;  3BZC A;  5J2M A;  4EFH A;  3NE6 A;  2HND A;  4CIE A;  3B6P A;  2JGU A;  1HNZ K;  4OLB A;  1YVU A;  3CJC A;  4LF9 K;  3NF6 A;  4F2R A;  4DTJ A;  5AQZ A;  2YNH A;  3KLF A;  4LH4 A;  1MWK A;  3VPZ A;  4B1Y B;  2QWM A;  2GBZ A;  4JS5 A;  3H45 C;  4JI8 K;  4ISF A;  3TAR A;  3DLB A;  3THX B;  1TAQ A;  4ELV A;  3CPW M;  5I42 A;  4B9S A;  4HCC A;  3VA3 A;  3ZSO A;  4DU4 A;  5JS1 A;  4GKK K;  1M90 O;  2I5J A;  3EEQ A;  4PKG A;  4CF9 A;  3PX0 A;  2F8S A;  4BR7 A;  1ZC6 A;  1Z6R A;  2YI1 A;  4FJ7 A;  4CJU A;  3NGZ A;  3K59 A;  4BRA A;  1JLQ A;  3WXI A;  1HKB A;  3DAW A;  1BCM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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