The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVRFLMKLTNETVSIELKNGTIVHGTITSVDMQMNTHLKAVKMTVKGREPVPVETLSIRGNNIRYYILPDSLPLDTLLID
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
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| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
10
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
f
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJO A; 1N9R A; 4EMK C; 4XU2 A; 3JB9 H; 3BY7 A; 4C8Q F; 1U1S A; 2E65 A; 3PGG A; 4C8Q B; 4N0A C; 3SB2 A; 5GAO r; 3L2Z A; 3QUI A; 4MMK A; 4PJO D; 1B34 B; 4DQ2 A; 4M78 A; 1TH7 A; 5LJ3 d; 1H64 1; 5LJ3 f; 4M77 G; 3JCM W; 4OP0 A; 4C8Q A; 4M78 D; 1LNX A; 3VU3 C; 1WQW A; 3V7S A; 4NL2 A; 3RIR A; 5LJ5 g; 4HT8 A; 4JRK A; 5GAM j; 4PJO F; 5LJ5 h; 4PJO B; 2DZ9 A; 4M75 G; 4RCB A; 4JLI A; 4EMH A; 4F7U G; 2DZC A; 4XTZ A; 1YCY A; 3V7R A; 5GMK i; 2E64 A; 1I81 A; 3FIF A; 4WF2 A; 4EMG A; 3HFO A; 1N9S A; 3BDU A; 4J6X A; 4M7D F; 2EJF A; 1KQ1 A; 4M7A G; 4C92 F; 4J6Y A; 4M78 E; 4M78 B; 1U1T A; 5GAM d; 4C92 G; 1X01 A; 5GAM f; 1Y96 A; 2DTO A; 4XU0 A; 3FJP A; 3QO3 A; 3JCM X; 2DTH A; 4C8Q E; 4XU3 A; 3JB9 G; 3JCM g; 5GMK j; 4M75 D; 2DTI A; 4M7D A; 3BW1 A; 2RM4 A; 1D3B B; 3JCM h; 4M78 C; 4C92 A; 5GAO l; 3QHS A; 4M77 F; 2DJZ A; 3RER A; 5GAO q; 4M77 B; 3BFM A; 4PNO A; 3SWN B; 4M7D D; 4M7A D; 2E10 A; 2QTX A; 3FB9 A; 4C8Q C; 5LJ3 e; 2VC8 A; 4C92 D; 5GAO m; 5GAO n; 3JCM f; 1D3B A; 5LJ5 j; 4A54 A; 1WNL A; 3RKW A; 3JCM c; 2CGH A; 5GAN g; 1I8F A; 4M75 F; 4X9C A; 4F7U F; 4M77 A; 3SWN A; 5GMK e; 5GAN 5; 1LJO A; 4M75 B; 4F7U B; 4PJO E; 5DY9 A; 5GAN h; 1Y96 B; 2YLB A; 5GAN 3; 2Y90 A; 3RKY A; 2EJG A; 2RA2 A; 1JRI A; 1KQ2 A; 3RES A; 2JN0 A; 4M7A F; 2DXT A; 4M77 D; 2RD1 A; 4QVD A; 4M7A B; 3QSU A; 4M7D B; 4M7D E; 1M8V A; 5LJ5 d; 5LJ5 f; 4M75 A; 4C92 B; 4C92 E; 4F7U A; 5GAN f; 1BIA A; 2YLC A; 3JCM J; 4PJO C; 3JB9 F; 5GAN 2; 5GMK l; 5GAN 7; 5GAM e; 3JB9 J; 4NL3 A; 1M5Q 1; 3L1A A; 3HSB A; 4M7A A; 3M4G A; 4M7D C; 2ZGW A; 4V2S A; 5I21 A; 1HXD A; 4C92 C; 5GMK m; 1HK9 A; 2DEQ A; 2HNI A; 4M77 E; 1I4K 1; 4XU1 A; 3RUX A; 3JCM P; 2FB7 A; 4A53 A; 3EFR A; 3JCM d; 1BIB A; 4HA8 A; 5GAN 6; 3RKX A; 1JBM A; 5CAI A; 2VXE A; 3JB9 I; 5GAN j; 3JB9 D; 3V8L A; 3JCM e; 4X9D A; 4HT9 A; 4XTV A; 3JCM V; 4M77 C; 3SWN C; 4M75 E; 4JUV A; 4F7U E; 3GIB A; 5LJ3 g; 2I2L A; 2E1H A; 1WPY A; 4M78 G; 4EMK A; 4RCC A; 1MGQ A; 5LJ3 h; 3JCM Q; 5GAO p; 4M7A E; 3AHU A; 4N0A A; 1WQ7 A; 4C8Q G; 1LOJ A; 2DXU A; 2EAY A; 4J6W A; 3V7C A; 5GAN d; 4NOY A; 4M75 C; 5LJ5 e; 4XTX A; 5GMK h; 2RB6 A; 5GAN e; 4J5Y A; 5GAN 8; 2EJ9 A; 2FYK A; 4XTU A; 4QVC A; 1I5L A; 4M7A C; 3HFN A; 2K57 A; 3INZ A; 2E41 A; 4XQ3 A; 3JCM b; 1B34 A; 2VXF A; 5GAN 4; 2EWN A; 4C8Q D; 5GAM g; 4XTW A; 2DVE A; 2YHT A; 4PJO G; 3EFS A; 4Y91 A; 4EMK B; 4MML A; 4XTY A; 3V8K A; 5GAM h; 3V8J A; 4JRI A; 4M78 F; 4M7D G; 5LJ3 j; 2DKG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OPK A; 2EBP A; 1VQ9 A; 1EFN A; 1B34 B; 3CC7 A; 1UDL A; 4M78 A; 1VQ5 A; 4UC4 A; 3MO8 A; 2QTV A; 4C5I A; 3LLR A; 2EQI A; 2YRD A; 1Y71 A; 1X69 A; 4FU6 A; 1X6B A; 2COW A; 2EVR A; 2J05 A; 3HTR A; 4M78 E; 1R0B G; 4OMM A; 2P0K A; 2YUP A; 2R5A A; 1WYX A; 3CMA Q; 3E9G A; 2EKO A; 4JJD A; 3JCM h; 1AOJ A; 2W0Z A; 1BI2 A; 2E10 A; 2GBQ A; 4Z88 A; 5GAO m; 4J7F A; 1D3B A; 2VGN A; 1YIJ T; 2QYZ A; 3SWN A; 1LJO A; 2CSQ A; 2DFU A; 1Y96 B; 2D8J A; 4M77 D; 2DD5 A; 2EQK A; 1VOM A; 4L6V 5; 4M7D B; 1PM3 A; 1M1K U; 3BDL A; 4JZ4 A; 4E7L A; 4IUU A; 3CC4 T; 1WDX A; 1PRM C; 5M9O A; 4C5E A; 5D6W A; 2PZ1 A; 3MEV A; 3PNW C; 1B7T A; 3RUX A; 4DOV A; 1GBQ A; 4KH1 B; 1VIE A; 1PSF A; 4QQ6 A; 5CAI A; 3PIO A; 3QJ6 A; 4OMP A; 3FC3 A; 1SRM A; 1FXX A; 4PKC C; 1AT1 B; 4EMK A; 4J9C A; 3EH1 A; 2DJQ A; 5CKD A; 5I11 A; 3UPU A; 2C06 A; 4J5Y A; 4XTU A; 3X28 B; 2JS2 A; 2X3X D; 3CCU T; 2BZ8 A; 2D0Q B; 5GAM g; 1BCO A; 2DL7 A; 2O01 E; 2VYT A; 1VQO Q; 1YP5 A; 2DXC A; 2FVU A; 1D1C A; 2FO0 A; 1QCF A; 2QGF B; 2JMC A; 2JS0 A; 4BI4 A; 3QUI A; 1OU9 A; 2DYI A; 1WFW A; 2C0T A; 4M77 G; 5FW9 A; 3CC2 Q; 5LJ5 g; 5A0G A; 2DYB A; 5EC7 A; 5CKH A; 1NJI R; 4AFS C; 4M7D F; 2JXB A; 3L2V A; 1KQ1 A; 2H8H A; 3VRY A; 4J6Y A; 1WHJ A; 1I1J A; 2V8K A; 5GAM f; 2MWP A; 1TUG B; 2E6N A; 3TQ7 P; 4PJM A; 1X2K A; 1Y7X A; 2O9S A; 3M58 A; 4M7A D; 2ABL A; 1AVZ C; 3E9F A; 9ATC B; 1VQ8 T; 2OTL T; 1QWE A; 1UEC A; 3OSS C; 1I8F A; 2A08 A; 3CME Q; 3OYI A; 4L59 A; 4F7U B; 1KQ2 A; 3RES A; 2JN0 A; 3VV0 A; 3HRT A; 3A8M B; 1N8R U; 2YRC A; 5LJ5 f; 1YIT T; 4OF1 A; 1NPP A; 4AFQ C; 4QVZ A; 1KC8 C; 2AHJ B; 3OSV A; 4C0D B; 5KYW B; 3I55 Q; 1PD1 A; 1QP2 A; 3AT1 B; 3U23 A; 2OAW A; 2E4H A; 1HSQ A; 3FJ5 A; 3JB9 I; 5GAN j; 3JSC A; 2H3J A; 4JJC A; 4JUV A; 1XOV A; 3I55 A; 1EIF A; 3CCR Q; 2I2L A; 2DA9 A; 4HXJ A; 1NEG A; 3C94 A; 2M9U A; 4C0Z A; 2O31 A; 5GMK h; 3LWH A; 3UAT A; 2G6F X; 4IIO A; 1BK2 A; 1B34 A; 2YT6 A; 1M3A A; 1G3W A; 3OY9 A; 4XTW A; 3EFS A; 2G3R A; 1RLQ C; 3M57 A; 2M0O A; 4ORZ A; 2CZ1 B; 3GPL A; 1AZG B; 3P8B B; 3X20 B; 4C8Q B; 1M2O A; 5FWC A; 3I5S A; 4B6M A; 3PIP A; 3IQL A; 1OX9 A; 5LJ3 d; 1LNX A; 3VU3 C; 4N4G A; 4NL2 A; 1VQL Q; 3FRN A; 3PFS A; 3QG1 A; 4PJO F; 2L8D A; 1IHV A; 5KYU B; 2JM9 A; 5I22 A; 4E7K A; 2AK5 A; 2E64 A; 2CP3 A; 4CC4 B; 3LGL A; 2C0I A; 5IN1 A; 3CCJ T; 4PFO A; 1Y96 A; 1VQL A; 2QQA A; 4M7D A; 5D6Y A; 2FL7 A; 3BW1 A; 2RM4 A; 3A8H B; 5GAO l; 2K2M A; 2P0P A; 1MHN A; 3MP6 A; 3G4S T; 1FMK A; 5CIU A; 3CXC A; 4ZGE B; 2NUT B; 4QW2 A; 4HCC A; 2Y90 A; 2RA2 A; 1NLO C; 2MI6 A; 1M8V A; 4KRT A; 4M7D E; 4GY5 A; 1TSF A; 2PVD B; 4AMC A; 3LWI A; 2K2V A; 2E70 A; 1OPL A; 3A98 A; 4AG2 C; 4XU1 A; 2XDP A; 1WJS A; 4E7H A; 3JB9 D; 4RTX A; 2HBW A; 1K1Z A; 5C6S A; 2F5K A; 3AHU A; 2LJ3 A; 2CT3 A; 1EZZ B; 3M0Q A; 4LDW A; 2JUF A; 2EW3 A; 7AT1 B; 4FL6 A; 2E5K A; 3REB B; 1Q86 U; 2CP2 A; 4JPB W; 4IKF A; 1MMD A; 1A0N B; 1AWJ A; 4Y91 A; 2CP6 A; 4MML A; 3V8K A; 5GAM h; 1Q82 C; 4RUG A; 5FRO A; 5FWB A; 4OMN A; 2VKN A; 1GCQ C; 4C0G A; 3VYH B; 2W10 A; 1SKU B; 3OBW A; 3JCM W; 4EIK A; 1C6V X; 4JLG A; 4PJJ A; 2GCX A; 3EGX B; 3OS5 A; 4OVA A; 1TOV A; 3M53 A; 5LJ5 h; 3CD6 Q; 2LJ1 A; 4Y92 A; 2RQW A; 3NTK A; 2CP0 A; 4A4E A; 2CDT A; 4JS5 A; 3THK A; 4PJL A; 1ZX6 A; 2QA4 Q; 3A8L B; 4XU3 A; 2L2P A; 3JB9 G; 1D0Z A; 2QG9 B; 2ROT A; 3H0I A; 5GMK j; 3CD6 A; 1VQ4 Q; 2FPF A; 3A8G B; 5ECA A; 1D0X A; 4C8Q C; 2VC8 A; 5KYW A; 1IRX A; 2CZ0 B; 3I35 A; 5GAN g; 1OV3 A; 1Q95 G; 3X25 B; 1VQ4 A; 4PJO E; 4RG8 A; 5DY9 A; 2YLB A; 3CXC P; 5FU7 B; 1G83 A; 3CCQ A; 1PNJ A; 1Q82 U; 5HCK A; 2KAF A; 1QWF A; 1YJW T; 1X43 A; 2M16 A; 1TXQ A; 2RJD A; 2JM8 A; 4C5H A; 4K11 A; 5IH2 A; 1DJ7 B; 1UE9 A; 2BUD A; 4BD3 A; 3DLM A; 3LYI A; 1YBY A; 1H8K A; 2WSC E; 2QK0 A; 5GMK m; 2IVW A; 2F1L A; 4Y28 E; 2DXB A; 1QKW A; 4IUP A; 3CXC S; 2DIG A; 3ASK A; 1R0C B; 4FYX B; 2YUQ A; 4KUD K; 4HCK A; 4J9E A; 2RB6 A; 5GAN e; 1FWZ A; 1VQM Q; 2EYZ A; 4CC7 A; 1E6G A; 3I56 T; 3JCM b; 1RI9 A; 2D0N A; 2HQE A; 2EIF A; 1WI7 A; 2D9T A; 2DVE A; 1VQM A; 2MWO A; 2GQV A; 5KYU A; 4MMK A; 1HJD A; 1WXB A; 4BB7 A; 1RL2 A; 1H64 1; 1JJ2 A; 2RPN A; 3EG2 A; 2D8H A; 1AZE A; 2HMA A; 1YJ9 Q; 5CKE A; 4F7U G; 3CCV Q; 1UGS B; 2DZC A; 3RMS A; 1YI2 T; 1VA7 A; 1YJN T; 1IHW A; 2NUT A; 2FZK B; 5LL6 S; 1VQK T; 4OGC A; 3FJP A; 4FYV B; 2HL3 A; 3CCS Q; 5J26 A; 3URG A; 4OML A; 5I2M A; 2E12 A; 1YJ9 A; 4M75 D; 4VUB A; 3CCV A; 3CBM A; 4LUE A; 1UGR B; 1W2B A; 3BE3 A; 2O4X A; 4M77 F; 4AT1 B; 3BFM A; 2EYW A; 1K73 R; 1ZSG A; 4IIM A; 1M1F A; 3QBY A; 2DAQ A; 5GAO n; 5CO7 A; 2NUP A; 2RQT A; 4KGV B; 2ZPG B; 5GAN 3; 1K9A A; 3S3M A; 2VVK A; 4QVD A; 4M7A B; 1UEB A; 1UG1 A; 3SFM A; 4OB0 B; 1BIA A; 5HK0 A; 3CCM T; 4NL3 A; 2XIC A; 1UFF A; 3CBO A; 8ATC B; 2LT1 A; 2X51 A; 4CC3 A; 3CCL T; 1VQN Q; 1CKB A; 2L5Q A; 3ZEH A; 1BIB A; 4LNP A; 1QVF P; 3PT9 A; 1SHG A; 4X9D A; 2KR3 A; 2J6F A; 2OTJ Q; 3OA6 A; 2VUB A; 3NGP A; 2DEU A; 4RMO A; 1K9M R; 2JOY A; 4C8Q G; 2A0F B; 2K9G A; 2DLP A; 1Z9Q A; 3PTA A; 2CSI A; 1NJI U; 2ENM A; 2XG8 D; 1D1A A; 2RHZ A; 1BBZ A; 5KCO A; 2OTJ A; 1VQ6 Q; 2LCC A; 2EQJ A; 3E1S A; 1YJW A; 1D0Y A; 3MEA A; 2KRO A; 2MMP A; 1ZBJ A; 2COY A; 2PTK A; 2RF0 A; 4OB3 B; 2COZ A; 4XTY A; 2LQW A; 1VQ6 A; 2O9V A; 3EGX A; 3H0F A; 1GCP A; 4E7Z A; 4IUT A; 1QKX A; 1I5O B; 2EQM A; 2KEA A; 4JRQ A; 3CCE Q; 1LCK A; 1JJ2 P; 2HL5 C; 2V1R A; 1W6X A; 3QXE B; 2NUZ A; 1VQ9 Q; 3QDF A; 1VQO T; 2KE9 A; 2X35 A; 1VQ7 A; 3CC7 Q; 1VQ5 Q; 3CCE A; 3BDU A; 1U8R A; 1QCO A; 1BI3 A; 4P5N A; 3KBG A; 1M1K C; 1UHC A; 1VIF A; 2P84 A; 2QAZ A; 2KQW A; 1KIK A; 2V26 A; 3FLG A; 1JJ2 S; 1W2B P; 3F70 A; 1IGQ A; 3CC2 T; 3SD4 A; 1JO8 A; 4J9F A; 4DEX A; 1UGP B; 2XDB A; 1UGQ B; 5GMK e; 4M77 A; 3L2R A; 4WCI A; 5GAN h; 3KXT A; 1QCN A; 3JRZ A; 3SHW A; 2PUO B; 1WJR A; 1X2Q A; 2R5M A; 5GMK l; 1K8A R; 4ZN3 A; 2LRQ A; 1U06 A; 1W2B S; 4M77 E; 1M2V A; 3UDC A; 3G71 T; 3CME T; 1TTH B; 2CS7 A; 2JTM A; 1XTD A; 1AWO A; 2K5L A; 4FT4 A; 4RCC A; 3MHX A; 1SEM A; 2DXU A; 4NOY A; 2LMJ A; 4XTX A; 3LX7 A; 4QT7 A; 3VS3 A; 2EJ9 A; 3TSZ A; 4M7A C; 4LDV A; 4L5G A; 1AD5 A; 1TG0 A; 2EFI A; 1QLY A; 2D1X A; 2VXF A; 3TEE A; 4DA4 A; 3OW2 A; 1NM7 A; 4DBQ A; 1IRE B; 3C4S A; 4BY6 B; 1ARK A; 3CCR T; 3M56 A; 2X4Y A; 5KE3 A; 1GRI A; 1WIE A; 4N0A C; 2LTO A; 3EGU A; 1M8M A; 3D7S B; 1SG5 A; 2KYM A; 1W1F A; 3DB4 A; 3ME9 A; 3NHN A; 4HT8 A; 4GLK A; 4CRI A; 2ROL A; 3C12 A; 2RHY A; 1M90 C; 2K5F A; 2E5Q A; 5GMK i; 3MPU B; 1N8R C; 3HFO A; 3M54 A; 2K79 A; 1R8O B; 1NYG A; 1T3S A; 2QTX A; 4CI0 C; 3EFO A; 2OX7 A; 1H3Z A; 2KXC A; 2DRM A; 4B9W A; 1H3H A; 2BKD N; 2E6Z A; 1RAH B; 1Q81 C; 2JTE A; 3H0H A; 1RI0 A; 3JB9 F; 1KQS A; 5GAM e; 2BIV A; 3L1A A; 4B9X A; 1ZSZ B; 3H41 A; 1BKB A; 5FRN A; 5I21 A; 4AG1 C; 4C92 C; 2HNI A; 1C1A A; 2MYS A; 4JDS A; 1LPL A; 3EFR A; 1MMN A; 3ZBD A; 3V8L A; 4A4K A; 3TSW A; 4PL6 A; 1JEG A; 1M90 U; 2CZ6 B; 1Y0M A; 4A63 B; 4J6W A; 1G3T A; 4D6W A; 5LJ5 e; 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