The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
MIPPINFIFKLLQQHTPVSIWLFEQTDIRLQGQIRGFDEFMNIVLDDAVQVDAKNNKRELGRILLKGDNITLIQAI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
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| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
|
| structure length |
76
|
| sequence length |
76
|
| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C8Q B; 4WF2 A; 5LJ5 f; 5GAM g; 5GAN 7; 4XU3 A; 2DJZ A; 5GAM j; 5GAM h; 2ZGW A; 4X9C A; 3JCM b; 4J5Y A; 4M78 E; 2E10 A; 1H64 1; 2VXF A; 5GAN 2; 2E1H A; 4J6W A; 4HT8 A; 2DXU A; 2DKG A; 4C92 F; 5LJ5 h; 5LJ5 j; 4JUV A; 4M7D F; 2EJ9 A; 3L2Z A; 3BY7 A; 4M78 A; 4M7A F; 3SWN A; 5GAN g; 2RD1 A; 4EMK B; 5GAN 6; 5LJ3 g; 4XTW A; 2E64 A; 3QUI A; 3VU3 C; 5GMK l; 5LJ3 j; 4M75 B; 4XU2 A; 4RCB A; 1M8V A; 2DZ9 A; 4NOY A; 3FJP A; 1HK9 A; 2DTO A; 1I4K 1; 2EWN A; 4F7U B; 5GAN d; 1LNX A; 4M77 B; 4N0A C; 3V7C A; 5CAI A; 2FB7 A; 5LJ3 d; 3BFM A; 2DTH A; 1I81 A; 1N9R A; 3BW1 A; 4PJO G; 4C8Q D; 4C8Q C; 4MMK A; 3JCM W; 3JCM J; 4A54 A; 2Y90 A; 3JCM V; 3SWN B; 4J6Y A; 3JCM P; 4M78 F; 5I21 A; 1BIB A; 4C92 B; 4XU1 A; 3V8L A; 5LJ5 g; 4M7D B; 4M7A B; 2EAY A; 4A53 A; 3JCM f; 2DTI A; 2YHT A; 4C8Q G; 3RES A; 3JCM c; 3JCM e; 1M5Q 1; 3BDU A; 3GIB A; 5GMK e; 5GAM d; 5GAN 3; 2QTX A; 1KQ2 A; 4PJO D; 4HA8 A; 1D3B A; 4PJO C; 3JCM h; 5GMK i; 5GMK m; 2JN0 A; 3V7R A; 5GMK h; 1YCY A; 3RUX A; 2RB6 A; 1WNL A; 5GMK j; 4QVC A; 5LJ5 d; 3QHS A; 4M77 D; 4PJO E; 4NL2 A; 4V2S A; 4M77 C; 3PGG A; 1I8F A; 4XTY A; 3HFO A; 3QO3 A; 3M4G A; 1LJO A; 4PJO A; 3V8J A; 4JLI A; 4OP0 A; 4XU0 A; 5GAN 5; 1Y96 A; 4MML A; 2VC8 A; 1BIA A; 4M75 G; 3FIF A; 3EFR A; 3RKY A; 4QVD A; 4JRI A; 1HXD A; 2E41 A; 4C8Q E; 4M78 B; 4XQ3 A; 5GAO r; 4PNO A; 4N0A A; 4F7U G; 4M77 G; 2CGH A; 2HNI A; 3RIR A; 5GAN e; 4XTU A; 2I2L A; 2DEQ A; 4Y91 A; 4C8Q A; 1D3B B; 1X01 A; 3RKX A; 3JB9 D; 4J6X A; 4XTX A; 4EMK C; 2FYK A; 3INZ A; 1WQW A; 2EJF A; 4C92 G; 3JCM g; 4M75 D; 4RCC A; 3V7S A; 3JB9 I; 4M7A G; 4M75 C; 4PJO F; 4M7D G; 1Y96 B; 3JCM X; 2DZC A; 4M75 E; 2DVE A; 3FB9 A; 1I5L A; 3JB9 H; 1MGQ A; 1JBM A; 3JB9 J; 4HT9 A; 1KQ1 A; 3JB9 G; 2RM4 A; 4M77 F; 3QSU A; 5GAO l; 4XTZ A; 4F7U E; 4M77 E; 1TH7 A; 5GAM e; 5GAO q; 3V8K A; 1B34 A; 3JCM d; 4M78 D; 1LOJ A; 4M78 C; 4F7U A; 5LJ5 e; 4M77 A; 3SWN C; 4C8Q F; 2K57 A; 4DQ2 A; 3SB2 A; 3EFS A; 3HSB A; 5GAN f; 4C92 D; 4X9D A; 1N9S A; 4C92 C; 4EMH A; 4JRK A; 4M7D D; 4M7A D; 4M7D C; 5LJ3 f; 4M7A C; 5DY9 A; 4C92 E; 4M7D E; 5LJ3 e; 4M7A E; 1WQ7 A; 5GAN 4; 2EJG A; 5GAN j; 4M78 G; 5GAN h; 3JB9 F; 1U1T A; 2VXE A; 2E65 A; 4C92 A; 5LJ3 h; 3RER A; 4M7D A; 4M7A A; 4PJO B; 1JRI A; 1B34 B; 1WPY A; 2YLC A; 2YLB A; 1U1S A; 2DXT A; 4M75 F; 4EMG A; 5GAN 8; 5GAO p; 4NL3 A; 3AHU A; 4EMK A; 3L1A A; 5GAO n; 3HFN A; 4F7U F; 5GAM f; 5GAO m; 2RA2 A; 3JCM Q; 4M75 A; 3RKW A; 4XTV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OMM A; 4XU3 A; 2CSQ A; 2CP2 A; 4CC7 A; 4ZN1 A; 2HBW A; 4AFU C; 3L2R A; 1K9M R; 1RAC B; 3OYB A; 4E7H A; 3C94 A; 1Q82 R; 2VKN A; 4WTO B; 4OML A; 1K0X A; 4JS4 A; 1AT1 B; 5FLX E; 4D8D A; 2AIR B; 3UA7 A; 5FRO A; 2DTO A; 3V7C A; 3J81 E; 2FB7 A; 1Q82 U; 2E70 A; 3CC2 A; 4A54 A; 1VQM A; 1JQQ A; 1QP3 A; 1D0Z A; 1VQ4 A; 1M4Z A; 3EH2 A; 3V8L A; 1KC8 R; 3X28 B; 1Q86 R; 3CCE Q; 3JCM f; 1RAF B; 3EFO B; 5CKF A; 1PC0 A; 1AEY A; 2QTX A; 3GNG A; 1Y71 A; 2EVR A; 2OTJ Q; 1D3B A; 8ATC B; 4PJO C; 5CO7 A; 1MNE A; 1YCY A; 5GMK h; 3CCE T; 2AZV A; 1ARK A; 3M4G A; 1T0H A; 2A0F B; 3MPU B; 4JLI A; 2R58 A; 1M1F A; 3ME9 A; 4PFP A; 5IN1 A; 2RO0 A; 3TSW A; 2E41 A; 2IVW A; 1MV3 A; 2KYB A; 2KRN A; 3ASK A; 3EGD B; 4J6X A; 4DEX A; 3HP9 A; 4C92 G; 3L2V A; 2RMO A; 3X26 B; 3CCM A; 2O88 A; 3JB9 J; 1NYG A; 1I0C A; 3MCA B; 1MV0 B; 3FRN A; 4JPB W; 1GFD A; 4DBH A; 3URG A; 1VQ8 A; 3SB2 A; 4M7D D; 1R8O B; 5DY9 A; 4C92 E; 2XHC A; 1WQ7 A; 2C0T A; 2K2M A; 3MET A; 5GAN h; 3VRY A; 2L5Q A; 4OMO A; 1M90 R; 2X51 A; 1ZUY A; 2JTM A; 3H9N A; 1B34 B; 1U1S A; 2W0Z A; 2BKD N; 2CSI A; 4EMK A; 1ZUU A; 3OBY A; 5HY6 A; 5IHN A; 3GLX A; 2FVU A; 5GAN 7; 4X9C A; 2EGA A; 4QQG A; 4K11 A; 2SEM A; 1DJ7 B; 1NZ9 A; 5J26 A; 1VQ6 A; 5IXB A; 4IUU A; 1QWE A; 1UTI A; 1WGS A; 3ULR B; 3CD6 Q; 2DXC A; 1OOT A; 2MK5 A; 1M27 C; 3OMC A; 2COY A; 2HL3 A; 2F69 A; 4XU2 A; 1LNX A; 1PCX A; 3Q1J A; 3CD6 T; 4J9C A; 4JRQ A; 4AG2 C; 1QVF A; 4F16 A; 1BIB A; 1PRM C; 5KYX A; 2COW A; 5LJ5 g; 4BI4 A; 1NPR A; 2LJ3 A; 3CCV T; 2K79 A; 2JM9 A; 2PTK A; 1RAE B; 2DBK A; 5GMK j; 2FEI A; 1QVG P; 4V2S A; 1QLY A; 2DIQ A; 4NL2 A; 4ESR A; 5A2Q E; 2NLU A; 2O9V A; 3M0Q A; 4AFQ C; 4M75 G; 5KCO A; 4C5G A; 2QG9 B; 4RG2 A; 4RTU A; 1K73 U; 3RBB B; 1NEB A; 1NLO C; 1QCF A; 4DOV A; 2FPF A; 1WQW A; 4RCC A; 2CS7 A; 5FWB A; 4M75 E; 2DVE A; 1VQP Q; 4E7K A; 8AT1 B; 4JJC A; 3M59 A; 1M2O A; 3A5Z B; 5IXF A; 3V8K A; 1M30 A; 4JZ4 A; 4C0D B; 3SWN C; 1W1F A; 4LNP A; 1GCP A; 1W4S A; 1VQP T; 1V76 A; 2DMO A; 1X43 A; 4BB7 A; 3CCE A; 4M7D C; 3RDV A; 5KYY A; 4MZP A; 4ORZ A; 5GAN j; 4ZN3 A; 1WHG A; 3WVE B; 2VYT A; 3OYH A; 4EMG A; 4R55 A; 2FZK B; 4E47 A; 3AHU A; 3MP6 A; 3NGP A; 3J7A F; 2COZ A; 1IXD A; 3CC4 Q; 5CCA A; 2EQM A; 3CCS T; 1OPK A; 3OYK A; 2E10 A; 2DIG A; 2X35 A; 2X4J A; 4J6W A; 4HT8 A; 4C92 F; 3CC4 T; 4M78 A; 1AZG B; 4ZTJ A; 2D0Q B; 5EC7 A; 2ZPI B; 2K5L A; 2FZC B; 1M8V A; 3ZFJ A; 1NJI C; 1WDX A; 4N4I A; 3A8M B; 2LC4 A; 4F7U B; 1TUC A; 2V1Q A; 1FMK A; 2QDL A; 2AKK A; 1Q81 C; 4BE2 A; 3MP1 A; 2KRM A; 1ZBX A; 1AWJ A; 3N5B B; 2RQR A; 4LXC A; 4HA8 A; 3RUX A; 3QHS A; 3HFO A; 3VS7 A; 5GJV B; 4QT7 A; 1K9M C; 4XU0 A; 1UGV A; 3QWX X; 1KQS A; 2EYZ A; 4FT4 A; 5GAN e; 4OB3 B; 4JLG A; 4ZGD B; 2XI9 A; 1QVF S; 4IUR A; 3CD6 A; 4B9W A; 1SF9 A; 1EIF A; 1WXB A; 1W2B P; 1T0J A; 5FRM A; 5GAO l; 3CCV A; 2JTF A; 1OUL A; 1KC8 C; 2O2O A; 2XID A; 2K57 A; 3A8H B; 3JRZ A; 4FW2 A; 3PVQ A; 4M7A D; 3TCJ A; 3I55 Q; 2RQU A; 4P5N A; 1MMG A; 3MKD A; 1ZHI A; 1YWO A; 4BAC A; 4E7S A; 1CKB A; 3EFO A; 3UWN A; 1XJW B; 4M75 F; 5GAN 8; 5GAO p; 3I55 T; 1VQL Q; 3OYL A; 3OS0 A; 3PFS A; 3C0C A; 3H6Z A; 1WHK A; 1XOV A; 3SEM A; 2PVO B; 1E7O A; 1VQ7 Q; 1VQL T; 4A4H A; 1S1N A; 3KUF A; 2EGC A; 3PIP A; 2A28 A; 3QDR B; 4L5G A; 4R56 A; 4E7J A; 2P0K A; 3OYG A; 2QGG A; 1UHF A; 4XTW A; 2LX9 A; 2E64 A; 1F1B B; 3EGD A; 1VQP A; 4RCB A; 1VQ7 T; 2R5A A; 3FJP A; 2EWN A; 2KI7 A; 5GAN d; 2QXF A; 2DER A; 1I81 A; 2ROT A; 1WFW A; 5CIU A; 4J9F A; 3QII A; 3JCM P; 1BI2 A; 2KNB B; 2EYQ A; 5FU7 C; 3OYC A; 1M90 C; 1RAD B; 4A53 A; 3CCS A; 2JMA A; 3SFM A; 2KSS A; 2OX7 A; 1JB0 E; 3V7R A; 4A4F A; 3PGG A; 2VB6 A; 3CXC P; 2EYW A; 3CC4 A; 1LJO A; 4F14 A; 1PSE A; 1VIF A; 2L8D A; 2XU8 A; 4PNO A; 4JJB A; 3EG3 A; 4CRI A; 4XTU A; 3KBG A; 3OW2 P; 2HSE B; 5D6X A; 2HCK A; 4C5H A; 4EMK C; 2SRC A; 3KXT A; 2GCX A; 1VQ5 Q; 1WXT A; 2YSQ A; 4BI3 A; 1MGQ A; 1JBM A; 2R5M A; 3QSU A; 5DLQ E; 3QZ9 B; 1TH7 A; 1VYU A; 4D6W A; 4M78 D; 1VQ5 T; 2H8H A; 5C6S A; 4DBF A; 2M02 A; 3IQL A; 2M1H A; 3VS1 A; 4M7A C; 2GQV A; 2PVD B; 4M78 G; 2MF2 A; 4FYW B; 4F04 B; 1GCQ A; 4O5V A; 5CK9 A; 3MEV A; 1BYM A; 4LE9 A; 2NYS A; 1V1C A; 5GAO m; 2JM8 A; 4E6R A; 1BCM A; 4FM4 B; 3OQ5 A; 4XTV A; 2RK2 A; 5LJ5 f; 2KXC A; 3CC2 Q; 1JJ2 P; 2FPD A; 2YRD A; 3FDR A; 4M78 E; 5FWC A; 1QKX A; 1SSH A; 3UAT A; 2DKG A; 1WHJ A; 2FRW A; 3P8D A; 1VQK Q; 3TEE A; 2RD1 A; 1H3H A; 3NTH A; 5GAN 6; 3CQT A; 2YRC A; 4KH1 B; 4LUD A; 2QI2 A; 3HRU A; 1VIE A; 2BZ8 A; 1HK9 A; 2LQK A; 1VQK T; 4Z02 A; 1HYO A; 1QKW A; 3T9N A; 1PKS A; 3UA6 A; 3ZBD A; 3MO8 A; 2V8K A; 1JEG A; 3A8O B; 3NTI A; 3FLG A; 3CCU Q; 2J6K A; 1G83 A; 2PUO B; 1PD1 A; 1RL2 A; 3I55 A; 1OX9 A; 4N4G A; 5CQX A; 1IB8 A; 4ELZ C; 2VV5 A; 1BB9 A; 2KE9 A; 2D1X A; 2M51 A; 3CCU T; 3M57 A; 1VQL A; 3CCM Q; 1B07 A; 3V8J A; 2M16 A; 1BIA A; 5IHK A; 2XIC A; 2ZPG B; 3NPF A; 1NE8 A; 1VQ7 A; 1VQ8 Q; 2PQW A; 4PFO A; 3BDL A; 1AD5 A; 3X20 B; 2HSP A; 3E19 A; 4GLK A; 1G5V A; 2DLP A; 1Y96 B; 2R57 A; 4HT9 A; 4RTV A; 2YUQ A; 2RHU A; 1PRL C; 4M78 C; 3M55 A; 4F7U A; 1UFF A; 1WYX A; 1TUD A; 1N8R C; 1QW1 A; 1T3L A; 1YN8 A; 5GAN 4; 2EQI A; 1YWP A; 1ABO A; 3QZ5 B; 1VQ6 Q; 1FWZ A; 3OSS C; 5C0M A; 5LJ3 h; 2CP0 A; 1WPY A; 4KGV B; 2K5I A; 5GAM f; 3REA B; 1PWT A; 4M75 A; 1YHQ Q; 3X25 B; 2A7Y A; 4OB2 B; 4JZ3 A; 2HQH A; 1FXX A; 2E3H A; 3H0F A; 1WXU A; 1Q81 R; 2KY9 A; 1YHQ T; 2CH4 A; 1VQ5 A; 2LQW A; 2BTT A; 3M9Q A; 6AT1 B; 1NJI U; 2GFA A; 3M4Y A; 3CC7 T; 2EQK A; 3VYG A; 1LCK A; 3CCJ T; 1GXI E; 4OB0 B; 1Q81 U; 2M0O A; 2QTV A; 3JCM J; 1KIK A; 1KSW A; 2HD0 A; 1W6X A; 4IUV A; 3JCM V; 4M78 F; 1Y57 A; 2P0P A; 3OYM A; 1A0N B; 2EAY A; 1UGR B; 2YHT A; 1VA7 A; 5CR2 A; 3GIB A; 1AWX A; 5CQY A; 1U06 A; 1WZO A; 2CZ6 B; 3JCM h; 3CCR Q; 5HKC A; 5AYF A; 3OS5 A; 1K9M U; 1RLQ C; 1M3B A; 3GOX A; 2LT1 A; 2B8A A; 4ELY C; 2L3R A; 1ZA2 B; 3CCR T; 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2HDA A; 1QWF A; 3FB9 A; 1KQ1 A; 4M77 F; 3A8L B; 3E9F A; 4F7U E; 1VQ9 T; 2LNH B; 1ZSZ B; 1YJW Q; 4J9I A; 3RMS A; 4C92 C; 4AMC A; 2LTO A; 3EG9 B; 4F17 A; 3L42 A; 1YJW T; 3JB9 F; 3REB B; 2H3J A; 2MPX C; 2V26 A; 3EGX A; 1AWO A; 3CCR A; 2DXT A; 4DA4 A; 2YLC A; 2YLB A; 4A4G A; 2KGT A; 2G3R A; 2HBP A; 2E12 A; 3M0S A; 4QVZ A; 4C0D C; 3G71 A; 2VXF A; 1PHT A; 1KHI A; 2J6O A; 1BI1 A; 4OMN A; 2EJ9 A; 1QVF P; 2QQA A; 3TVT A; 5KYW B; 1WJR A; 2IPO B; 3MEW A; 2O4X B; 3VU3 C; 1QP2 A; 3CMA Q; 3CCS Q; 3OBW A; 3QG1 A; 2EFI A; 1B3Q A; 2KT8 A; 5CAI A; 2RNA A; 5LJ3 d; 4PJM A; 4ME7 A; 2CP3 A; 1PD0 A; 3CMA T; 2CZ7 B; 3SWN B; 5I21 A; 4PKC C; 1KFZ A; 2FRY A; 4FL6 A; 4M7D B; 3OYD A; 1J3T A; 4BY6 C; 4LDU A; 3BDU A; 5GMK e; 4FU6 A; 2CT4 A; 2JN0 A; 1Y07 A; 2DA9 A; 3OS2 A; 2RPN A; 5D6Y A; 5L8R E; 3G6E A; 4PL6 A; 1XNI A; 5GAN 5; 4MML A; 4EPC A; 2DEU A; 4N0A A; 2KEA A; 3VS3 A; 2ATC B; 4FYV B; 1SKU B; 4MZT A; 4KUD K; 1N8R R; 2YT6 A; 4PK4 A; 3R6O A; 4M75 C; 4AFZ C; 1Y0M A; 3PVL A; 4MDX A; 2D0N A; 2QA4 A; 1WHM A; 1OZ2 A; 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