The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
73
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structure length |
70
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Chain Sequence |
QPVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| total genus |
7
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| structure length |
70
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
Z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| W | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OP0 A; 4M7A E; 4M77 F; 3V8K A; 4C92 C; 2YLC A; 5GAO p; 1MGQ A; 1WNL A; 5LJ3 d; 1M8V A; 4C92 D; 2DZC A; 2ZGW A; 2E41 A; 2DTO A; 4EMG A; 3JCM b; 2DEQ A; 3JB9 F; 5GAN j; 1I5L A; 4QVC A; 4PJO D; 3L2Z A; 3JCM J; 4QVD A; 3JCM c; 4XU2 A; 4RCC A; 5GAO r; 4M7D B; 3JCM d; 5LJ3 f; 2DXU A; 2EJF A; 4M78 F; 4RCB A; 3VU3 C; 3FB9 A; 1I81 A; 1HK9 A; 4WF2 A; 4J6X A; 3SB2 A; 1LJO A; 5GAM j; 2HNI A; 4M75 D; 2EJ9 A; 4JRK A; 4XTY A; 3V8J A; 2FB7 A; 4Y91 A; 3QO3 A; 4F7U B; 4PJO A; 2VXE A; 3RKY A; 1U1S A; 3RKW A; 4C8Q G; 4XU0 A; 2E1H A; 4M77 B; 4XTV A; 4PJO G; 1B34 A; 2FYK A; 4M7A D; 4PJO C; 4XQ3 A; 1KQ2 A; 4C92 F; 4HT8 A; 1D3B B; 3RUX A; 4XTZ A; 3JCM g; 5LJ3 h; 4NL2 A; 4J5Y A; 2DTI A; 4F7U E; 5GAM g; 3HSB A; 2RD1 A; 5LJ5 g; 3JB9 H; 5GAN 5; 2RM4 A; 5GAN 4; 4M77 E; 3PGG A; 5GAN 2; 3BW1 A; 3JCM e; 4M78 B; 3HFN A; 5LJ5 e; 3BFM A; 1BIA A; 4M75 A; 3SWN B; 1JRI A; 3JCM h; 4M7D A; 4A53 A; 1LOJ A; 1I4K 1; 3V7C A; 3JCM Q; 3V7R A; 5GMK e; 5GAO l; 2DXT A; 5GAM d; 3BY7 A; 3JCM W; 4M75 G; 4M7D G; 4A54 A; 5LJ5 d; 1Y96 A; 3V8L A; 4HT9 A; 4M7D C; 4M75 C; 1I8F A; 4HA8 A; 4M78 E; 5GMK h; 3JCM V; 5GMK l; 4M7A A; 2DJZ A; 3INZ A; 4M7D D; 1X01 A; 5GAN g; 1LNX A; 4C8Q F; 1M5Q 1; 1H64 1; 4M7A G; 2E10 A; 3JCM f; 4PJO F; 4DQ2 A; 4M7A C; 5GAM f; 1WPY A; 3QUI A; 2E64 A; 5LJ5 f; 2DVE A; 4JLI A; 5GAN e; 2RA2 A; 2QTX A; 4X9C A; 1WQW A; 2VXF A; 4MML A; 1N9S A; 4M77 D; 4C92 E; 5LJ3 j; 3QHS A; 3AHU A; 3RIR A; 5GMK i; 5GAN d; 1KQ1 A; 5GAO q; 3JCM P; 4J6Y A; 2E65 A; 3QSU A; 3JB9 D; 4NOY A; 4EMH A; 5GAM e; 2DTH A; 2EWN A; 5CAI A; 5GAM h; 4XTW A; 4JRI A; 5LJ5 h; 4M75 F; 4M78 D; 4EMK B; 5GAN f; 5GAN 7; 2VC8 A; 3EFS A; 4J6W A; 4C8Q B; 4XTX A; 4PJO B; 4F7U A; 1JBM A; 4V2S A; 4C92 B; 5GAO m; 4M7A F; 4M77 A; 2K57 A; 4M7D F; 5GAN 8; 4F7U G; 3HFO A; 3JB9 J; 4C8Q E; 5GMK m; 1D3B A; 4M77 G; 4PJO E; 2DZ9 A; 1BIB A; 4XU3 A; 2Y90 A; 1WQ7 A; 4M77 C; 4MMK A; 3GIB A; 5GAN h; 3RES A; 1HXD A; 2EAY A; 2YHT A; 4XTU A; 1N9R A; 4JUV A; 3JB9 G; 4M78 A; 3FJP A; 3RER A; 3L1A A; 4X9D A; 4XU1 A; 4M75 B; 5GAN 6; 3RKX A; 2I2L A; 3SWN A; 4N0A A; 4NL3 A; 4M78 G; 3JCM X; 1U1T A; 3JB9 I; 3FIF A; 4EMK A; 4M78 C; 1Y96 B; 2YLB A; 3BDU A; 4C8Q A; 5LJ3 g; 4M7A B; 5LJ5 j; 2CGH A; 3SWN C; 5GAN 3; 4N0A C; 4M7D E; 4M75 E; 2JN0 A; 5GMK j; 4EMK C; 2DKG A; 3V7S A; 4C92 A; 4C8Q C; 3M4G A; 5DY9 A; 3EFR A; 5LJ3 e; 1TH7 A; 2EJG A; 4C8Q D; 4PNO A; 1B34 B; 2RB6 A; 4F7U F; 5GAO n; 1YCY A; 5I21 A; 4C92 G; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KYY B; 4ZN3 A; 2D0Q B; 4LDV A; 5KYX B; 1NYF A; 4HCZ A; 1FYN A; 4XU2 A; 4RCC A; 2PUK B; 5CKE A; 1R8O B; 3CMA Q; 2FPE A; 2AKL A; 2YRV A; 1MMG A; 3M5A A; 4WTO B; 1WA7 A; 1NJI U; 1VQ8 Q; 1VQ6 T; 1YWP A; 2DJQ A; 4HVU A; 2JTE A; 4RTV A; 3A5Z B; 2HMA A; 4AMC A; 1JU5 C; 2DTI A; 2PVD B; 5L23 A; 3E19 A; 2XDB A; 1W70 A; 1NPP A; 4BE2 A; 4TVR A; 3M55 A; 3MEA A; 3DB4 A; 4M78 B; 2DYB A; 2JTF A; 3BFM A; 2AK5 A; 3JV3 A; 5GAO l; 3KFV A; 4A54 A; 2Z0W A; 2M16 A; 2F2V A; 3QUI A; 3LGL A; 2F2X A; 4LE9 A; 4OB0 B; 2JT4 A; 2RQR A; 3OA6 A; 3DLM A; 2L3Q A; 1SRM A; 1M2O A; 1HJD A; 4EMK B; 1UGV A; 3H9N A; 4JPB W; 2HSE B; 5CKF A; 4XTX A; 4F17 A; 2MK5 A; 2KT8 A; 2K3B A; 3KXT A; 4RTX A; 2AZV A; 2YUN A; 1C6V X; 3JB9 J; 4CRI A; 4EDU A; 2LQW A; 1MHN A; 3EFO B; 4MZP A; 4PLL A; 2C0T A; 3MEW A; 1MMN A; 2SEM A; 1QMC A; 2SRC A; 3MO8 A; 2CSQ A; 1TSF A; 1AOJ A; 2MWO A; 4PLI A; 2ZCF B; 3P8B B; 2EYQ A; 1XNI A; 2F5T X; 5A0L A; 3CPW A; 2ATC B; 3HHT B; 3M4G A; 3CCV Q; 3CC2 T; 4PFP A; 4CC3 A; 2JOY A; 3JCM b; 5GJV B; 3JB9 F; 4BI3 A; 4QVC A; 1J3T A; 3AT1 B; 2DET A; 3GNF B; 2CT4 A; 1NEG A; 3OYL A; 1G3Y A; 5GAM j; 1K0X A; 2GF7 A; 2EVR A; 3RKY A; 1W2B P; 1GXI E; 3HL8 A; 1QQJ A; 3VS0 A; 2DO3 A; 2ROT A; 3JCM g; 2ENM A; 5CR2 A; 2NUT B; 3CCM T; 2PVO B; 1LCK A; 2VVK A; 1I4K 1; 3G71 A; 1Q81 U; 1WJQ A; 2PUO B; 5GMK h; 1FMK A; 1YP5 A; 3QJY A; 2DJZ A; 1AD5 A; 3G71 Q; 2CP5 A; 4KBM B; 1RAG B; 1U06 A; 2JMA A; 2KRM A; 2VYT A; 1RI0 A; 3MHX A; 3QSU A; 3REB B; 3ZBD A; 1M4Z A; 3JRZ A; 1X6G A; 3OYN A; 5KCH A; 1SEM A; 4XTW A; 5FU7 B; 5FRO A; 3OYI A; 5FU6 C; 4OMN A; 1BB9 A; 5CVI A; 3VS6 A; 4JDS A; 4Q5W A; 3OYF A; 2CZ7 B; 3M56 A; 3PE0 A; 1PRL C; 1WGS A; 1WIE A; 1QVG A; 1VQN Q; 1VQM A; 2OTL A; 2JM9 A; 2EAY A; 2KGT A; 4DOW A; 1GFC A; 1EFN A; 1SSF A; 3CCE T; 2MYS A; 4AT1 B; 1QVG S; 3UAT A; 2QA4 T; 4E6R A; 2OTL Q; 7AT1 B; 1K1Z A; 1Q82 R; 1M9S A; 4N0A C; 3NFC A; 1N8R C; 2X4W A; 4C8Q C; 3KUF A; 3L2V A; 3CD6 A; 1N27 A; 1T3S A; 4B6M A; 2F2W A; 1MGQ A; 1O75 A; 4DBQ A; 5CKH A; 1QWF A; 1M3A A; 2CRE A; 4OMO A; 3CD6 Q; 1M3B A; 3OB9 A; 2DXU A; 2V1R A; 1S72 Q; 2JNG A; 1VOM A; 1HD3 A; 1OX8 A; 4BY6 B; 1KC8 C; 5HK3 A; 2M0O A; 2ZPF B; 5ECA A; 2E1H A; 2HEQ A; 2JS0 A; 3VS7 A; 2DL5 A; 4CI0 C; 4LDY A; 3CCL A; 4DBR A; 2LJ3 A; 2PZ1 A; 1YHQ T; 1ACM B; 1IHV A; 1UHF A; 2MIO A; 3WVD B; 9ATC B; 5LJ5 e; 4M7D A; 3I35 A; 2WSF E; 2L3R A; 1D1A A; 2EFI A; 5FLX E; 1D1C A; 4HT9 A; 2M1H A; 3J7A F; 5GMK l; 3N5B B; 1K9M U; 1I0C A; 5A0G A; 2M9U A; 4DBF A; 5GAM f; 2E64 A; 2DIQ A; 1WHJ A; 5GAN e; 3MET A; 1KQS A; 4X9C A; 1GCP A; 2LCC A; 2H3J A; 1G83 A; 3FLG A; 2IG0 A; 4CC4 B; 2G6F X; 1KQS S; 2K5L A; 1Q7Y R; 1SF9 A; 4GY5 A; 2LQK A; 2COY A; 1OPL A; 4FYX B; 4CC2 A; 2NLU A; 2X51 A; 2QDY B; 3JAM E; 2EYX A; 1RAE B; 3M58 A; 3DKM A; 1RAC B; 3OYA A; 2ED1 A; 2LNV A; 1PHT A; 2HKN A; 3EGX A; 5EC7 A; 2FHD A; 2DLP A; 2CYZ B; 3L1A A; 1VQ4 A; 2V1Q A; 3OMG A; 2KK4 A; 2J05 A; 2PTK A; 1KHI A; 5C6S A; 3EG9 B; 1OOT A; 1YI2 A; 4EMK C; 3V7S A; 2YRD A; 3PMT A; 3EFR A; 4C8Q D; 1VQ7 A; 4KT0 E; 3URG A; 2FVU A; 2EYY A; 3JCM J; 4PJO D; 4OP0 A; 1YJN A; 1K73 C; 4LUE A; 1RAH B; 1VQ6 Q; 3I56 A; 4DBH A; 1VQ7 Q; 1LVK A; 1ZUK A; 1X2Q A; 1M1K R; 4J9D A; 5CKD A; 1CKA A; 1O9S A; 1T3L A; 1VYT A; 5FWC A; 3I56 Q; 1TWB A; 4KGX B; 4Y91 A; 2KSS A; 2RHZ A; 1N6A A; 1LPL A; 2KAF A; 4JRQ A; 1Y7X A; 4HVW A; 3HSB A; 2K5I A; 4M77 E; 3EGX B; 5GAN 2; 4LDW A; 2DK3 A; 3HFN A; 4A4F A; 3LLR A; 3HKS A; 1X2K A; 2RJC A; 1PCX A; 5KCO A; 2DFU A; 1Y96 A; 1NLP C; 1M5Q 1; 1KD1 R; 3PFS A; 4UC4 A; 1IB8 A; 2IIM A; 3M4Y A; 1N9S A; 2NWM A; 3CXC A; 4E7I A; 2ROL A; 3SD4 A; 2L3S A; 3CME A; 1ZA1 B; 2EKO A; 4M78 D; 2I0N A; 3CME Q; 4ELY C; 8AT1 B; 3CPF A; 4C92 B; 1ZSZ C; 3HFO A; 1Q7Y U; 3EH1 A; 3GPL A; 1U3O A; 1UGR B; 2RF0 A; 4KUL A; 4JS5 A; 2GGR A; 4C5H A; 4DA4 A; 2QTV A; 3H0F A; 3CC2 Q; 1B7T A; 2L0A A; 3G71 T; 2VUB A; 4ELZ C; 1Y96 B; 2A0F B; 3CBO A; 4M75 E; 5FU7 C; 1UTI A; 2CH4 W; 5GMK j; 2DKG A; 1QCN A; 2KVQ G; 5LJ3 e; 1GFD A; 3CCU A; 4C92 G; 4M7A E; 4M77 F; 1QVG P; 4BDY A; 2DAQ A; 2DZC A; 4KGV B; 3X25 B; 2KY9 A; 3GLX A; 1UUE A; 1WZO A; 4BI4 A; 3M54 A; 2DEU A; 3CCM Q; 4OMQ A; 4J6X A; 3SB2 A; 2YT6 A; 4XTY A; 1Z9Z A; 2MMP A; 5DM7 R; 1JXO A; 4HT8 A; 3A8L B; 5DLO A; 4LNP A; 1VQM T; 2D8J A; 2OTL T; 1GRI A; 2BTT A; 2R5A A; 3CCJ Q; 4K11 A; 1V76 A; 1BIA A; 4M4Z A; 3REA B; 3S3O A; 3GBQ A; 1ABO A; 2L3P A; 4E7K A; 1FWZ A; 2QG9 B; 3JCM f; 2DD5 A; 2X4X A; 3CD6 T; 2CP2 A; 1RL2 A; 2BUD A; 1FMV A; 3CC4 A; 3I5S A; 2GBQ A; 4LXC A; 1UB4 A; 4KH0 B; 1IXD A; 3CQT A; 2K4Y A; 1K8A U; 1Q86 U; 1MMA A; 3CC4 Q; 4M75 F; 4PFO A; 3C94 A; 3CCE Q; 4RUG A; 1IHW A; 4M7A F; 5GAO m; 3RDV A; 4F7U G; 5J39 A; 1M1F A; 1ZA2 B; 2CP7 A; 2YUP A; 4FSS A; 2EGC A; 5CKB A; 3OS0 A; 1KQS P; 3QZ9 B; 3CCL T; 5J26 A; 2L2P A; 2VGM A; 2YHT A; 1PSE A; 2K2V A; 2K6D A; 2WAC A; 4XU1 A; 4KRT A; 2CH4 A; 3RKX A; 3S3N A; 4ZNX A; 2OTJ A; 3CBP A; 1WLP B; 2HD0 A; 4Y28 E; 4ZN1 A; 2OTJ Q; 1G3W A; 4IIM A; 5GAO n; 4HCB A; 3VUB A; 1AT1 B; 1PM3 A; 4RTY A; 2P0P A; 3ZL7 C; 4EMG A; 2DTO A; 4J9B A; 3ER0 A; 2DX1 A; 3NHN A; 1SSH A; 5CIU A; 2C0I A; 3A98 A; 3MP6 A; 1ZQ1 A; 5GAO r; 2BZ8 A; 4J7F A; 2VKN A; 1NG2 A; 4OB3 B; 5D6X A; 1XJW B; 4JRK A; 4IUT A; 4C8Q G; 1KSW A; 2DXC A; 4PJO G; 1BYM A; 2M02 A; 3A1P A; 5GAN 4; 2QK0 A; 2GTO A; 3VKI A; 3BW1 A; 3VRY A; 2CZ1 B; 3MKD A; 1WJS A; 1VQ4 T; 3RMS A; 2DXT A; 2B8A A; 3DLL A; 4OB2 B; 5I2M A; 1KFZ A; 4Z02 A; 2XK0 A; 3OYK A; 1FMW A; 2FZC B; 1VQ7 T; 1I5O B; 2EQU A; 2DVE A; 2ZPE B; 1YJN T; 2MAM A; 5KH6 A; 1WQW A; 3L2W A; 4MML A; 1T0H A; 1Q81 R; 1JQQ A; 3FEO A; 3I56 T; 5GAO q; 2KMT A; 1GCQ A; 5FRM A; 1GBQ A; 2YSQ A; 2JXB A; 4KH1 B; 2ZPH B; 2DMO A; 4DEX A; 2WSC E; 4BI8 B; 3OS5 A; 2DVJ A; 4C0D C; 1D3B A; 2DRM A; 3OS2 A; 1M3C A; 4HKE A; 4MMK A; 6AT1 B; 3GIB A; 3I55 A; 3CXC P; 1UHC A; 2KEA A; 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4O6J A; 3QKJ A; 2HL5 C; 4HCK A; 1VQL A; 4JJD A; 2JUF A; 5LJ5 j; 1CKB A; 5GAN 3; 3OSV A; 1OYX A; 3LWI A; 4FM4 B; 2QXF A; 1ZUU A; 4BB7 A; 2K9G A; 2FPF A; 4C92 D; 2QAZ A; 1VA7 A; 2HL3 A; 4BDZ A; 3CC4 T; 3G7Z A; 2EQI A; 5GAN j; 1KG1 A; 1YIT A; 2DRK A; 1BKB A; 3A8H B; 2G3R A; 4LDU A; 3QDF A; 2HBP A; 3OYM A; 4QKU A; 4RCB A; 1VQM Q; 4WF2 A; 2R5M A; 3CCQ A; 1LJO A; 2KXC A; 3E2U A; 4M77 B; 4ZGJ B; 1WHH A; 4PJO C; 1QKW A; 1UGQ B; 2FG0 A; 1MNE A; 2NUP A; 1WDX A; 2E70 A; 4M75 A; 4C0F A; 2OTJ T; 3V7R A; 4DOV A; 3BY7 A; 2RH2 A; 4M7A A; 4AFS C; 2CT3 A; 5D6Y A; 1YN8 A; 3P8D A; 2RQT A; 3C4S A; 4BE0 A; 1XQH A; 3C12 A; 4PJN A; 5A2Q E; 1MV0 B; 2EIF A; 2F5K A; 3NGP A; 3EH2 A; 1MND A; 1YJW A; 1FX7 A; 3JB9 D; 3NTK A; 4MDW A; 2LDM A; 4ORZ A; 2D1X A; 3M53 A; 4PJJ A; 1QP2 A; 1M1K C; 3CCL Q; 4JRI A; 5FRN A; 4J9G A; 2JMC A; 2F69 A; 1NZ9 A; 2GFA A; 4JJN K; 4V2S A; 4JJC A; 2HZY A; 3D7S B; 4EPC A; 5CCA A; 4HCC A; 2ZPB B; 1BCO A; 3CBM A; 3OYB A; 1WX6 A; 2NUP B; 4X9D A; 2B86 A; 1Y57 A; 4M75 B; 5KYU A; 1UE9 A; 4J9H A; 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