The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
ATLKDYLNKRVVIIKVDGECLIASLNGFDKNTNLFITNVFNRISKEFICKAQLLRGSEIALVGLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| total genus |
11
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| b | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1U1T A; 1U1S A; 3V8J A; 4X9D A; 4M7D D; 5GAO p; 5LJ3 d; 2E65 A; 2E10 A; 4F7U G; 4M7A C; 5DY9 A; 4C92 E; 2VC8 A; 3QSU A; 4M7A F; 4XU1 A; 5GAO m; 3BY7 A; 5GAM e; 4F7U B; 1BIB A; 3V7R A; 3JCM b; 3FIF A; 4JLI A; 1D3B A; 2K57 A; 5GAM h; 3JCM c; 1KQ2 A; 4MMK A; 4MML A; 3HFO A; 2VXE A; 3QUI A; 4XU0 A; 2YLB A; 4XU3 A; 4HT9 A; 1B34 B; 2DTH A; 4EMK A; 5LJ5 j; 5GAN d; 3JB9 G; 3JB9 J; 5GAN 8; 3JB9 H; 3SWN B; 3JCM f; 1YCY A; 1KQ1 A; 4XTV A; 4F7U F; 4V2S A; 1TH7 A; 4M78 G; 1I4K 1; 4N0A A; 1WPY A; 1N9S A; 2DJZ A; 1H64 1; 2RB6 A; 4XTW A; 4M78 B; 4C92 D; 4EMK B; 3M4G A; 4C8Q G; 2RD1 A; 1M5Q 1; 4C92 A; 4J5Y A; 4HT8 A; 4JUV A; 3JCM V; 5LJ5 e; 1M8V A; 3SWN C; 2Y90 A; 2E1H A; 3EFR A; 1MGQ A; 4M75 G; 4M77 G; 3V8K A; 4C8Q B; 3L1A A; 5GAM f; 3BDU A; 4NOY A; 5LJ5 h; 3JB9 F; 4PJO E; 4M75 B; 4M77 B; 3FB9 A; 5GAO n; 3PGG A; 4M78 C; 4M7D G; 4M78 F; 3FJP A; 4A54 A; 5GAN g; 3RER A; 3JCM d; 4M7D A; 4M7A E; 4J6Y A; 4M7D B; 4QVC A; 2DZ9 A; 1JRI A; 4XTU A; 4C8Q C; 3L2Z A; 3HFN A; 2EJG A; 4C8Q F; 5GMK e; 3RKX A; 5GMK l; 2EWN A; 1I81 A; 4M75 C; 4M77 C; 4M75 F; 3RIR A; 4M77 F; 3JB9 I; 3AHU A; 2DXT A; 1D3B B; 1Y96 A; 2DTO A; 2E41 A; 3QHS A; 4X9C A; 3JCM h; 3JCM J; 1WQ7 A; 1JBM A; 5CAI A; 5GAM d; 4M7D C; 5LJ5 f; 1LOJ A; 5LJ3 g; 4M7D F; 4OP0 A; 5GAO l; 1LNX A; 4PJO D; 4F7U E; 1I8F A; 2RA2 A; 2YLC A; 1BIA A; 4RCC A; 5GMK j; 4NL2 A; 3SB2 A; 4C92 G; 4M7A D; 3JCM g; 3EFS A; 3BW1 A; 4DQ2 A; 4M7A A; 4C92 B; 4EMK C; 1X01 A; 5LJ3 e; 2DVE A; 4J6W A; 2E64 A; 5GAO r; 5GAN j; 2RM4 A; 4PJO C; 3RES A; 4J6X A; 4N0A C; 4XTZ A; 4M78 E; 2HNI A; 2EJF A; 5LJ5 d; 2EAY A; 3RKW A; 5GAM g; 2JN0 A; 5GMK h; 5GAN 5; 4C92 C; 3JCM W; 4F7U A; 5GMK i; 2QTX A; 2DZC A; 4C92 F; 4HA8 A; 4C8Q E; 5GAN 4; 5GAN e; 4WF2 A; 3V7C A; 5GAN 2; 5GAN 3; 1HK9 A; 3HSB A; 4M75 E; 2DKG A; 4M77 E; 5LJ3 j; 4XU2 A; 4JRK A; 5GAN h; 3V8L A; 5GAO q; 4PJO A; 2I2L A; 1Y96 B; 1B34 A; 3JCM P; 1I5L A; 2DEQ A; 1N9R A; 4M7D E; 4PNO A; 3SWN A; 1WQW A; 2EJ9 A; 3JB9 D; 4XQ3 A; 5LJ3 f; 4PJO G; 4XTX A; 5GAN 7; 4EMH A; 5GAN 6; 4XTY A; 3RKY A; 2FYK A; 4NL3 A; 4Y91 A; 1LJO A; 3V7S A; 4M78 D; 2DXU A; 4PJO B; 1HXD A; 5LJ5 g; 2VXF A; 3BFM A; 4JRI A; 4M78 A; 3JCM X; 2FB7 A; 2YHT A; 2CGH A; 4M7A G; 5LJ3 h; 4QVD A; 4C8Q D; 3INZ A; 4RCB A; 4C8Q A; 4M7A B; 3JCM Q; 2ZGW A; 4A53 A; 3GIB A; 3RUX A; 4M75 D; 3JCM e; 4M77 D; 5GAM j; 5GAN f; 5GMK m; 4M75 A; 4M77 A; 3QO3 A; 3VU3 C; 5I21 A; 4EMG A; 4PJO F; 1WNL A; 2DTI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VYH B; 1EX4 A; 3RMQ A; 2LQ8 A; 2XHC A; 4OB3 B; 2E10 A; 2AHJ B; 1RUW A; 3FJ5 A; 2RH2 A; 4ZN1 A; 2FPF A; 1W2B A; 4GLK A; 2R57 A; 2J7I A; 2CUD A; 2XID A; 2OTL A; 4LDV A; 3EG9 A; 2XI9 A; 2F5K A; 2ZPG B; 3I5R A; 3IQL A; 3JCM V; 4N4I A; 1JJ2 S; 2AIR B; 4PL6 A; 3OYA A; 3EAE A; 1UGS B; 1QWF A; 5A0D A; 4PJL A; 1V1C A; 5GMK e; 1G3Y A; 2DXB A; 2RF0 A; 2QGG A; 1BU1 A; 4M77 C; 1OX8 A; 1M4Z A; 2OAU A; 3MHX A; 3MEV A; 1LOJ A; 1VQP Q; 1YWP A; 1BCM A; 3EH1 A; 2EYY A; 3SDZ A; 2CKK A; 3UF4 A; 3T9N A; 1KIK A; 3M56 A; 2JS0 A; 3EG9 B; 3EFS A; 3L2Q A; 1UHF A; 2ENM A; 1RAD B; 2HSE B; 3OYI A; 1TXQ A; 3GNF B; 1AWO A; 1YIT Q; 4E7I A; 2DD5 A; 2VYT A; 1VQP A; 1M1K R; 2P0K A; 1WJQ A; 4II1 A; 3LW5 E; 4LNP A; 3TEE A; 1P92 A; 4AFQ C; 2LQK A; 2E6Z A; 1M2V B; 1LPL A; 2WSF E; 2YWW A; 2LZ6 B; 2DRM A; 5LJ5 g; 3H0H A; 1YIT A; 2F69 A; 1WDX A; 2E12 A; 1KFZ A; 2ZZD A; 2DL4 A; 5D6X A; 3QDF A; 1U1T A; 2YUP A; 3ZBD A; 4NS5 A; 2RPN A; 2GBQ A; 4LUE A; 3A8H B; 1YHQ T; 1BIB A; 1WHM A; 2QQA A; 2RQT A; 1KQ2 A; 3ZEH A; 3OYE A; 3QJ6 A; 4FSX A; 1E6H A; 2YUO A; 4RTY A; 2BZY A; 3OSV A; 2RNA A; 2FRW A; 3QXE B; 3CBP A; 2GF7 A; 4N0A A; 5FU6 B; 2D1X A; 1AOJ A; 4C92 D; 1GRI A; 4C92 A; 3LWH A; 2DL7 A; 5LJ5 e; 3EHQ A; 5CKB A; 4JRQ A; 2QGF B; 1WFW A; 3M54 A; 1BB9 A; 3RER A; 3JV3 A; 1UJY A; 4CC7 A; 2DZ9 A; 1QVP A; 2YXY A; 3EGX A; 3I5S A; 2JTM A; 5CVI A; 1QVG P; 2DTO A; 2DIL A; 1NJI R; 2AKL A; 4AG1 C; 4AT1 B; 4BUG A; 4FT4 A; 2PVO B; 1I8F A; 4ZGJ B; 4LDY A; 1ZQ1 A; 4AMC A; 2V8J A; 2X51 A; 1K73 C; 2M16 A; 4C92 B; 4L6V 5; 4ZTJ A; 1Q81 R; 1AVZ C; 1YJW T; 3RES A; 4MDX A; 2E5K A; 3AT1 B; 3M0T A; 2KEA A; 2PQW A; 1M1G A; 3FRN A; 2DLP A; 2PVD B; 3R6O A; 2B8A A; 3EGX B; 2QQB A; 2M02 A; 2IG0 A; 2VAS A; 3MPU B; 2QDL A; 2P4R A; 4B6M A; 4HVV A; 2M1H A; 2AK5 A; 2YDL A; 4OGC A; 2DNU A; 2C0I A; 1JXM A; 2BIV A; 4MDW A; 1PWT A; 1X6B A; 4PFO A; 1WNL A; 2RK2 A; 2NUZ A; 2KY9 A; 1VQ5 Q; 4RKU E; 1KG1 A; 5GAO m; 2RJD A; 1SHG A; 1H3H A; 1I07 A; 5IXB A; 4J7F A; 1VQ6 T; 4Z02 A; 1UEC A; 2KI7 A; 3BE3 A; 3OW2 P; 1R8O B; 1Q7Y C; 3CD6 T; 5LJ5 j; 1M3A A; 2X4J A; 4JJB A; 4BE2 A; 1YHQ Q; 2JM9 A; 3M59 A; 2J05 A; 2CDT A; 3OYB A; 2O2O A; 3C0C A; 1VQ5 A; 1TOV A; 2IIM A; 1KQS P; 4HCC A; 4M77 G; 3JAM E; 2D8H A; 5LJ5 h; 1D0Y A; 2CT4 A; 4C0Z A; 1NM7 A; 3HFN A; 4D8D A; 1YHQ A; 4M75 C; 2BKD N; 2OI3 A; 4M77 F; 2DXT A; 1IHV A; 1Q82 R; 2P0Q A; 2DL8 A; 4OMO A; 4PJO D; 5CKD A; 2QDY B; 2ROL A; 4A4E A; 3QJY A; 1MV3 A; 1LVK A; 4NL2 A; 1A0N B; 2JVV A; 1FMK A; 2E3I A; 2PUO B; 4RUG A; 1IB8 A; 2RJC A; 3M4Y A; 1NE8 A; 5LJ3 e; 1AWW A; 1UGP B; 2LDM A; 2CT3 A; 1X2Q A; 5IN1 A; 2E3H A; 1QQJ A; 4F14 A; 5GAM g; 2AZV A; 1JO8 A; 1T3S A; 1IGQ A; 2H8H A; 1Q86 C; 1AWJ A; 1YJW Q; 4M77 E; 5HCK A; 4FU6 A; 4JRK A; 1QVG A; 2I2L A; 2KQW A; 2MIO A; 4DBH A; 4PJO B; 1H3Z A; 5IHI A; 5KYU A; 2DK3 A; 1YJW A; 2WSC E; 3QO3 A; 3CCS T; 3CMA T; 1VQ9 T; 1XNI A; 5CCA A; 2VC8 A; 2ZPE B; 1ZBX A; 3QSU A; 2L5Q A; 2JZ2 A; 5GAM e; 4F7U B; 2CZ0 B; 1J3T A; 2LX7 A; 2Y4X A; 1MMN A; 2ZPH B; 1NLP C; 3QYG B; 1VQM Q; 3NFC A; 5CQX A; 4EMK A; 1D0X A; 3JB9 G; 3FC3 A; 2CZ1 B; 2D0Q B; 2RI5 A; 1RAF B; 1YCY A; 4XTV A; 2W10 A; 1VQK T; 1I4K 1; 2LMJ A; 1VQ6 Q; 3J7A F; 3LH5 A; 5KYU B; 4HT8 A; 2DX1 A; 1ZUK A; 1M30 A; 4AFU C; 3JB9 F; 4OGE A; 1NPR A; 2RHX A; 4IIM A; 1ZSZ A; 2HEQ A; 1VQM A; 3OYY A; 4J6Y A; 1M90 R; 5M9O A; 5KYW A; 1M9S A; 3N5B B; 1E7O A; 4JJN K; 3HL8 A; 2VV5 A; 1VQ6 A; 3CCQ T; 3QHS A; 4CC3 A; 3JCM J; 2E70 A; 4ELY C; 1QLY A; 1M2O A; 4BE1 A; 2RA2 A; 3CPW S; 3CCL T; 2E6N A; 2P4T A; 2NUP A; 2QA4 T; 1WXB A; 4A4K A; 1G8X A; 5IHK A; 1WHJ A; 1QW1 A; 2DVE A; 4KH0 B; 4OB0 B; 5GAO r; 1KQS A; 4LDU A; 4R55 A; 3LH0 A; 2CUB A; 1PCX A; 1X43 A; 1ZSZ B; 4J9D A; 1KSW A; 1TUD A; 1JEG A; 2BUD A; 3L2W A; 4MZT A; 4DBF A; 1R77 A; 1FXX A; 4OMM A; 5KYW B; 5GAN 2; 4C0D B; 4DBR A; 2COW A; 5I11 A; 4ATO A; 3MO8 A; 4PK4 A; 3VS1 A; 1V76 A; 5I2M A; 5C6S A; 4BY6 C; 3RR6 A; 1WZO A; 2EKH A; 2FRY A; 3PIO A; 1GBR A; 4M78 D; 2GFA A; 4M78 A; 2F2W A; 2NUP B; 3HPW A; 9ATC B; 3OYG A; 5GAM j; 2CSQ A; 3CCU T; 4X9D A; 2QQR A; 4LN2 A; 2YSQ A; 4J9H A; 3C4S A; 2EGC A; 5GAM h; 1B7T A; 3CCS Q; 2AKK A; 1T0H A; 3CMA Q; 3H0I A; 3OSS C; 4HVU A; 3HTR A; 3FLG A; 1WJR A; 2VGN A; 1EIF A; 2KXD A; 4DOW A; 2L3P A; 1UGQ B; 4BAC A; 1PHT A; 4M78 B; 2YRV A; 2RD1 A; 1AZG B; 2F5T X; 3VYG A; 4M75 G; 1MGQ A; 2KYB A; 1VQK Q; 2GFU A; 3CCS A; 5IHN A; 2CP6 A; 4Z8A A; 5DLO A; 1KD1 R; 3X25 B; 2EQI A; 4M75 F; 5KCO A; 4X9C A; 1X6G A; 2RJF A; 3P8B B; 2ABL A; 2VB6 A; 4PFZ A; 1UUE A; 3EFO A; 1PSF A; 1N8R C; 4QQD A; 2M9U A; 1VQK A; 4XAX B; 1K8A C; 1MUZ A; 3PE0 A; 1WHG A; 3MP6 A; 5KYN A; 2PNI A; 1W4S A; 1YN8 A; 2CH4 A; 4J7I A; 1X27 A; 2H3J A; 1ZA1 B; 4N4G A; 2E64 A; 1BI3 A; 1VOM A; 3CCL Q; 2QA4 Q; 4O6J A; 2RI3 A; 4M75 E; 2FVU A; 2O88 A; 3OYM A; 4XK8 E; 3JCM P; 1I5L A; 4J9E A; 2HKN A; 2HD0 A; 3EFO B; 3HRU A; 4DBQ A; 2MPX C; 2K9G A; 3CCL A; 1G3W A; 2IPO B; 3BFM A; 3MEU A; 3G6E T; 2MCN A; 2YHT A; 4K11 A; 2QA4 A; 2HBW A; 2I0N A; 4QVZ A; 2P0P A; 5GAN f; 2WAC A; 4RTT A; 1U1S A; 5J39 A; 2JW4 A; 3V8J A; 1OZ2 A; 1UG1 A; 3SFM A; 2PZ1 A; 1PNJ A; 2HZY A; 2D6F A; 4ZGE B; 3CCU Q; 1OPL A; 3QUI A; 3NPF A; 3CCM A; 5EC7 A; 5KE3 A; 3JB9 H; 2R5A A; 3JCM f; 2M0O A; 1WI7 A; 4IUV A; 1TH7 A; 4GLM A; 2RB6 A; 1Y71 A; 2VUB A; 1Y07 A; 1CKA A; 1VUB A; 1YCS B; 2EQK A; 3OMC A; 1XJW B; 5FLX E; 5FU6 C; 3VRY A; 2LJ0 A; 4JS4 A; 8ATC B; 3CCU A; 1KHC A; 5CK9 A; 1SSH A; 1SSF A; 1DJ7 B; 1VA7 A; 3OB9 A; 3ME9 A; 3PT9 A; 2QG9 B; 1BI0 A; 3A5Z B; 2J06 A; 5J26 A; 5HK3 A; 2E41 A; 1G2B A; 1VQO T; 3ER0 A; 1GFC A; 5DLQ E; 1UTI A; 3L2U A; 1WIE A; 2MK5 A; 1VYU A; 1SKU B; 3G71 Q; 2J6O A; 2KVQ G; 1D0Z A; 2HBP A; 3UT1 A; 3QBY A; 2O4X A; 2E5Q A; 4LXC A; 2YT6 A; 4E7H A; 4IUR A; 3WXM B; 3QPH A; 3CCJ T; 1AZE A; 4ME7 A; 4N0A C; 4B9W A; 1X2K A; 4RTU A; 1K73 U; 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2L0A A; 1EFN A; 4XU2 A; 3OQ5 A; 2K3Y A; 1ZX6 A; 1VQO A; 1Y96 B; 2EW3 A; 3OA6 A; 3OYN A; 2RMO A; 1VYT A; 3SWN A; 2LP5 A; 4GY5 A; 1YJ9 T; 5GAN 6; 2KT8 A; 1Q86 U; 3GBQ A; 3DB4 A; 2CP3 A; 4YTL A; 1JQQ A; 1D09 B; 5GJV B; 2EGE A; 2KBT A; 4A53 A; 3BDL A; 3CCJ A; 2LVM A; 3OYJ A; 4PJO C; 2RQV A; 2DL3 A; 3M0P A; 3TCJ A; 4M7D D; 3VRZ A; 2BZ8 A; 1N5Z A; 3HKS A; 1BYM A; 3BY7 A; 1OUL A; 3REB B; 2QAZ A; 3I9Q A; 1MHN A; 1VQN T; 2YRC A; 2JOY A; 4F04 B; 3THK A; 4JZ3 A; 1YIJ T; 1VYV A; 5GAN d; 2EBP A; 3EG3 A; 4JPB W; 1YJN Q; 2DET A; 3SWN B; 1RAH B; 3VS0 A; 1FMV A; 2LNV A; 1QVF P; 2GQI A; 1BI1 A; 1UB4 A; 2JTF A; 1GCQ A; 2EIF A; 5FWB A; 3ZL7 C; 1FYN A; 2GNC A; 3M55 A; 3BDU A; 1OYX A; 2ED0 A; 5D7U A; 3I35 A; 3QKJ A; 3FB9 A; 1VQ4 T; 5FRM A; 5HY6 A; 3JCM d; 2KAF A; 1YJN A; 4TVR A; 4M7D B; 3M53 A; 5A0G A; 2NYS A; 3OYD A; 5KCH A; 1M8M A; 5FRN A; 2QXF A; 3CXC S; 4OMF B; 1Q82 C; 5FU7 B; 2C0T A; 2CP5 A; 5LJ5 f; 5LJ3 g; 3RNJ A; 5C0M A; 2CSI A; 2JNG A; 4MZM A; 2EQJ A; 1X6O A; 4C92 G; 4M7A D; 2EYX A; 4J9I A; 5CKH A; 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