3JRK | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	322
structure length	322
Chain Sequence	TENKRKSMEKLSVDGVISALAFDQRGALKRMMAQHQTKEPTVEQIEELKSLVSEELTPFASSILLDPEYGLPASRVRSEEAGLLLAYEKTGYDATTTSRLPDCLDVWSAKRIKEAGAEAVKFLLYYDIDGDQDVNEQKKAYIERIGSECRAEDIPFYLEILTYDEKIADNASPEFAKVKAHKVNEAMKVFSKERFGVDVLKVEVPVNMKFVEGFADGEVLFTKEEAAQAFRDQEASTDLPYIYLSAGVSAKLFQDTLVFAAESGAKFNGVLCGRATWAGSVKVYIEEGPQAAREWLRTEGFKNIDELNKVLDKTASPWTEKM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
publication title	The crystal structure of a putative tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Streptococcus pyogenes rcsb
source organism	Streptococcus pyogenes serotype m1
total genus	119
structure length	322
sequence length	322
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2009-09-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3jrkA00

1FCVA 1O4UA 3WK3A 1G7UA 4TMCA 2NXGA 1JCNA 1FWRA 4S1FA 3W7JA 2QAFA 3LXAA 3G8RA 1R46A 5LHFA 3D0CA 2E6AA 3LI1A 1DHPA 3NQDA 5AHNA 2VFHA 1AG1O 4JYEA 4R7JA 3MO7A 1AMKA 1IXPA 2ZRYA 4XTIA 1FDYA 1RQHA 4XKYB 1EP3A 3O6YX 3L0GA 3PY2A 3PUDA 3DAQA 4LT9A 1HFBA 3W7KA 5CKSA 4A3UA 2I9EA 3L2IA 3F03K 2JK2A 2H6RA 4Z0JA 3PSVA 4BWLA 1TMHA 1ADOA 5FF0A 3HOJA 5K9DA 2PE4A 3A5VA 3OHIA 3IEBA 3T44A 2V82A 1KTBA 3SY5A 4O18A 3EEGA 1OF8A 5IBXC 1C9DA 3P67A 4CQ9A 4E2BA 1WA3A 4IOTA 1YXYA 2FIQA 4A22A 4NZFA 2VKZG 1VPXA 3I65A 4IUOA 4JD4A 2GVJA 4K8HA 4N6EA 3C0JA 3NQMA 4AAJA 1WQ5A 3B03A 3W84A 1LRTA 2VELA 2BSLA 1HO1A 3NQ6A 2YCEA 2Z0IA 1I2RA 5AHFA 3SSJA 1UUMA 4E0CA 1M7PA 1XBZA 4M6QA 4O1AA 3NQVA 4K7VA 2FPYA 2PC4A 5DXYA 4JTHA 1G6CA 2CLOA 1SR9A 1ME9A 3ABSA 1T99A 4ML9A 5CZJA 5D33A 2X1UA 1K7FA 4D2JA 1VGAA 3G18A 1K8XA 2RDWA 1H61A 1KV8A 4FIQA 4UTKA 1DL3A 1VR6A 1A5CA 5DELA 4K8EA 2A7PA 3THQA 4RCXA 2ZRZA 3FKKA 3HG2A 1RPXA 4OWGA 3PG8A 4KKXA 4MFEA 3W75A 1LDCA 5D05A 4GC4A 2WNQA 2V2DA 2J9ZA 4WY0A 3W23A 2A4AA 5CZTA 1HG3A 3RFAA 3LCWA 3L67A 4FIRA 4K7YA 3G8EA 4NUWA 4HNUA 4NJHA 3DU0A 4JEQA 2E5CA 4K39A 4MLRA 1OFOA 3W1PA 1W5NA 3E0IA 3QEZA 3W2KA 1S5TA 3GAYA 3R5EA 5I3JA 1TJPA 2QDHA 4ZZ9A 1IGSA 1TRDA 3RK8A 3P82A 2QJHA 1JCMP 1WDWA 5F4SA 5AYZA 4JGDA 3PB2A 4IPJA 2A5HA 3I7QA 1FDZA 2H3DA 4M5PA 3F1QA 5BW6A 4GXMA 2WNNA 3LRLA 3KXQA 8TIMA 5C54A 5F2IA 3R13A 1HUVA 3LGEA 1ME8A 2X2GA 3QF0A 4UNLA 2C0AA 4MOZA 3MP4A 1Z41A 1GWJA 1VC4A 1X1OA 4AVFA 1W3NA 3C2RA 4ORMA 4RK8A 1D3HA 3O15A 3QC3A 4O1DA 3W7DA 1MXSA 3QPZA 4FXRA 1GVFA 4HNVA 4UFKA 4Q4KA 3OG3A 3KVMA 4DEFA 3HJZA 3ELFA 4ZMGA 4WX2A 1QAPA 3JS3A 5H2ZA 2ZA2A 1KM3A 5AFDA 4JTIA 2V8ZA 3I7RA 3GDKA 1EWEA 1Y0EA 3EWXA 4LUJA 1BTMA 1F2JA 4RZ5A 1IIGA 1NEYA 5E1QA 3H55A 1KFJA 2V2HA 1NF0A 2VEIA 5L6UA 1Q6RA 4WY0B 3KRZA 4N9EA 3DZ1A 4O54A 4LW7A 3MUXA 4OBTA 1ICSA 1SU5A 2ZRUA 1YXCA 1K02A 4AXKA 1W1ZA 1KM1A 3AJXA 3E02A 4FNPA 2ZZ4A 1R2RA 2V2CA 1TV8A 4QIUA 2GJNA 3BG3A 1L6WA 4JR5A 3TQVA 2HSAA 3L5MA 2Y70A 3Q2DA 4MPQA 2NWRA 3NQFA 4FNQA 2HS8A 4UTJA 5LNVA 2VFEA 3A5FA 3S5ZA 1DOSA 3JR2A 3FKRA 4S2CA 1L6YA 1W54A 1W3IA 4PC8A 3W22A 1Z48A 3LX9A 5DBUA 1I4NA 3FEMA 2Z6IA 2DU2A 1GZGA 4OV4A 3R89A 1B57A 3RLVA 2J9XA 4AMAA 3PUOA 3GKFA 1GYNA 1KFLA 1QFEA 3W1TA 3TXVA 2BX7A 3LTPA 3NO5A 1D9EA 1FX6A 3G24A 4FF7A 1FWNA 4UMBA 2EAWA 4N9DA 3TXZA 4WUIA 4LOCA 3UWZA 1X6UA 3IVTA 3W73A 1LORA 3NR0A 1KBIA 2VENA 5BRBA 3MI3A 1A53A 2DP3A 1PHQA 4PL1A 3JRKA 5D09A 2A0NA 1AW1A 4O8RA 1GVSA 1TPH1 3DFPA 2J24A 1CX9A 1G4SA 2F7FA 2E5DA 1GJPA 2EF9A 5CZ0A 4CNNA 1QPOA 3P60A 1U83A 2W0UA 3IRDA 2CZDA 4LS0A 4ZQRA 5FF7A 3M0ZA 1P0NA 1SFLA 2Y89A 3N3MA 3GKAA 2QEZA 1TREA 3O8AA 1THFD 5HR6A 4Y8FA 3IGSA 1FY6A 4JTTA 2FQIA 4FB7A 5U4NA 5HWJA 3NQ8A 3THAA 1KA9F 1XBYA 4MY1A 1G67A 1JRBA 4FX6M 3MYPA 4YWIA 3WJYA 1SSGA 3M1ZA 1OG0A 1F73A 3KVKA 2Q3RA 3IGUA 4RJEA 1VZWA 2G5WA 3MBFA 1WOBA 3VI2A 2QCGA 2YYTA 3EKZA 2QDGA 4AB4A 3RU6A 5CSSA 2ZZ2A 4Z1AA 1VCGA 2ZRXA 3O6CA 4K38A 2HMCA 5KTLA 4YXGA 4Y9AA 4ZQNA 4RKAA 1C29A 3DFSA 4OE7A 3W2NA 1GVOA 3A23A 2QUVA 4JXCA 3W2JA 3WK2A 1ICPA 3ATZA 5D2WA 3DHDA 4O1BA 1UUOA 1QNVA 1K8ZA 1F6PA 2CZFA 3FFSA 2C15A 2NZLA 1E51A 3BW2A 4KFPA 5LNWA 4JTJA 3W7EA 3Q37A 2XN0A 3MWAA 3NQGA 4IXXA 2B0MA 1OK4A 2EPHA 1JQXA 3TSDA 3NGJA 4AWTA 2CFFA 4LUIA 5D2XA 1S5VA 2OX1A 1UCWA 1LYXA 2J88A 3P8IA 1EX5A 1J4EA 1V5XA 3PWAA 3G1FA 4GBUA 4RV8A 4J9JA 3FJ6A 3B06A 3L9CA 1OX4A 3TW7A 5HINA 1XI3A 3CM4A 2QCMA 1KBJA 2DZUA 2JBMA 3H53A 4P2VA 3W1RA 1KLZA 2P0OA 1QO5A 3LBMA 1WBHA 1QOPA 1WV2A 2CZ5A 4TMBA 2YX0A 2JGQA 4MZYA 2ZTKA 3EX3A 4QNWA 3QZEA 3NDOA 1VYSX 3MBDA 3N2XA 4X22A 3W7HA 1F74A 1FXQA 1Z42A 3EWYA 4GUFA 4JX6A 2CLFA 1FCBA 4CCEA 3W2MA 1SZNA 4UXDA 4UFHA 3NAVA 2DZWA 4HNTA 3BGJA 4BI6A 3A22A 3M44A 1EP2A 5DN1A 3W3OA 4M19A 2ATMA 5DBTA 4TO8A 1OYBA 4M7SA 1W56A 4MZ8A 5LZLA 2A6LA 2E6FA 3T40A 2Y63A 1EEPA 3V1PA 1GVQA 1TCDA 1LRNA 1B9BA 3WJWA 2PRLA 1LLZA 3QW3A 4AHOA 3QJAA 3B0VC 2ABAA 2IQTA 4A21A 4NNBA 1YTDA 2PCQA 1UASA 2NX9A 4HHPA 4UTTA 3NYZA 3W88A 4Y90A 1FBAA 5G2IA 2C14A 4L4MA 5F4WA 2BXVA 4IQLA 4UIOA 4HNNA 2R91A 2A2IA 4N4QA 3SECA 3P5ZA 1XFBA 4GUJA 1QPQA 4CQ8A 5F1UA 3TCEA 3LCLA 1IXQA 4O4WA 1OX4B 4O57A 1MSSA 4NQ1A 1DJNA 2AAMA 3PULA 4JTEA 3O63A 2JGYA 4QISA 2X1TA 2HTMA 3STFA 1LRQA 1OX5A 3W7OA 1TPUA 5K4XA 3ZS4A 4ONVA 3FYPA 3GXTA 2FDSA 1ZAHA 3QSRA 1EUAA 4RZ4A 1G4TA 5A8GA 1DV7A 5K9XA 1EWDA 3NG3A 1YDVA 3NA8A 3IIPA 4WXYA 1TPWA 1ALDA 2DZPA 5AN7A 5LNUA 2Y7GA 5FESA 2QUTA 1BEUA 2TMDA 1W5PA 3NXFA 4XBSA 1B3OA 3TJXA 5BNKA 1K7EA 1HL2A 1SQ7A 4PTNA 2Y85A 2ZA1A 5CPLA 1SO5A 1OYAA 3U8GA 2YZRA 1U5JA 1VCVA 2E5BA 4MY9A 4MFDA 4WY0F 3G3MA 2YFNA 3CEUA 5LNRA 2KZHA 4WZHA 3U6WA 3NL2A 2JKAA 4EOUA 4TIMA 1WBJA 4O14A 3M47A 1GTHA 3NPXA 4MY8A 4NXSA 4AHQA 1JRCA 4FXSA 1JR1A 3LLDA 4EF9A 3EWBX 3PUEA 4FNRA 1JUKA 3WFAA 5KSWA 5D32A 2B4GA 2WSYA 3TJLA 3WJSA 1H7XA 4KWVA 1IXOA 3STEA 2G95A 3LRMA 3UWQA 3EX2A 6TIMA 2C18A 3QQ1A 3P84A 3MJYA 5AHEA 3C4UA 3Q58A 1RV8A 3IVUA 4JDYA 1EPXA 2NXIA 4LTSA 2RHGA 3C56A 1KM5A 4LC6A 4PFMA 3DXIA 4BI7A 5G5IA 3WJXA 3HGOA 1W37A 3TKFA 3M16A 3GX9A 1JCJA 3C2VA 1P1XA 3C2OA 4QITA 2QF7A 3W1AA 4ICNA 1KM6A 5FEXA 3PVFA 2VFIA 2CLKA 2OCZA 3HGJA 3W7NA 3NM1A 1XKYA 2ISVA 3EX4A 3EXTA 3TK7A 2YFOA 1JCYA 3LV5A 1KTCA 2B7OA 4LVBA 4OU1A 1GT8A 3HGRA 1LOLA 3TMLA 3P81A 3LTYA 2Y7DA 3NL5A 3LLFA 1W3TA 2NUXA 1SO3A 3GDRA 4IMCA 1LZOA 1ZAIA 3F4NA 1GEQA 1KM2A 2O7QA 1FCQA 3IIZA 1KFKA 3TAKA 3L0KA 3LM7A 3DGRA 3E96A 2W6RA 4QSHA 4O17A 1KM4A 1FWSA 3NOEA 1D3GA 5L9FA 4IMDA 3LB0A 4XUGA 4GUGA 3W7QA 1ZJIA 3CEPA 2H8ZA 4NNAA 1N8FA 1T96A 4GWEA 5D2TA 1WOAA 1QOQA 4O52A 1I2PA 1MEHA 3LHWA 1YXDA 3QH2A 4RX0A 2R8WA 2GUUA 2BWGA 5D2VA 3TU9A 1KFBA 1NF7A 1I8JA 2A21A 3S42A 5G1YA 1XBVA 2Z2UA 2GJLA 4A2SA 2ZYFA 2VXNA 1KW1A 1VRDA 3T55A 1ZENA 4O50A 3W1QA 2V9DA 1M6JA 4PEKA 1K03A 2TYSA 4YMZA 4LVGA 2X1SA 3BK0A 3R8RA 4CLMA 5FEZA 3PB0A 3UZJA 5AB3A 4LRSA 2FJKA 5FI8A 1EUNA 1OX6A 3LERA 5AHIA 3G1DA 1J2WA 2W79A 2ZA3A 1H7WA 3SFKA 4MZ1A 2O7SA 2UV8G 4FNUA 1NFBA 1OHLA 3DENA 3S1XA 4NX5A 1TO3A 4M7TA 3TC6A 1LM1A 2QJIA 3UPWA 4O16A 3HF3A 4ADUA 2ZZ3A 1ME7A 3V75A 4E38A 3S9YA 1XUZA 3W2UA 1JJKA 3QYQA 4IPIA 5EY5A 2QKFA 1VLIA 5FEWA 2EHHA 4O0KA 3P5YA 5C2XA 5G4EA 2E68A 4UFJA 1FQ0A 1MO0A 1OFBA 1X7FA 2P10A 3CQ0A 1R2TA 5A5WA 4DF0A 2AQWA 4UTHA 4KFNA 3ZFHA 3UWWA 1RQBA 1SW7A 1QMLA 3QMTA 1I2QA 1O5XA 3KRSA 2OT0A 4ORIA 1P5BA 4O10A 2ZRWA 5LHEA 5HWMA 4NJKA 3SJ3A 3EWWA 3M5VA 3U2OA 4JDBA 2J27A 4OV9A 3FYOA 3EXSA 4R33A 2NX1A 4MUZA 2DJXA 4UTWA 1FDJA 4MYXA 4AH7A 3W7GA 3RF9A 2ISSA 4EIVA 3DFNA 4RR4A 2CLHA 3PG9A 3TAOA 3NL3A 5EKYA 1ZALA 1QPRA 3IIVA 2FFCA 3CC1A 5KITA 3GIYA 3M5YA 4Z1BA 3BVJA 4JICA 4IMFA 1OFDA 5J5RA 3C2FA 2WSRA 4PL2A 1SPQA 4NT0A 4Y96A 3M41A 3S1UA 1SZFA 3T4CA 3WJZA 4LWWA 1TPC1 4JYFA 3VKJA 4E2DA 3PSWA 3G0SA 3BG5A 5KZMA 1EP1A 1F05A 3TA6A 2WO5A 2C3ZA 3FJLA 1SUXA 4HT3A 2WKJA 3PC0A 3NPWA 4IMEA 2XN1A 2P1FA 3QMSA 5H91A 2E6YA 2QUUA 1GTEA 1KLYA 3UD6A 2A6NA 1G7VA 4BWLC 1WYIA 3O6DA 3STGA 1SW3A 2ATSA 3LCIA 4Z1DA 1NAL1 4JY9A 4DBDA 2V30A 3LCHA 5I3GA 3GNNA 2VOMA 2R94A 2NWSA 2TSYA 2D73A 4Y6GA 3ATYA 4OQVA 2E09A 2QCHA 4PCFA 3CPRA 6ALDA 1K3UA 2OMAA 3VNDA 1B4KA 1TSIA 3TMQA 1GYLA 2VFGA 5BMWA 3L5LA 2B7NA 2QCDA 3UPBA 4O28A 3TNOA 4HN4A 1H63A 3USBA 1UB3A 3I6RA 4PA8A 1CI1A 2DJLA 2RDUA 4Z0SA 2V5BA 1O60A 1OFQA 3KHJA 5AYYA 4HSNA 3L65A 3EWZA 2ISWA 2TRSA 1WXJA 1BWKA 5EPDA 2WNZA 2NV2A 3HIJA 4IXHA 1TYGA 5IBXA 3W87A 3TC7A 3HPZA 2XFWA 2ABBA 3QFEA 4K37A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3JRKA

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Chord Diagram

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