3JS6A

Crystal structure of apo psk41 parm protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
321
Chain Sequence
SNVYVMALDFGNGFVKGKINDEKFVIPSRIGRKTNENNQLKGFVDNKLDVSEFIINGNNDEVLLFGNDLDKTTNTGKDTASTNDRYDIKSFKDLVECSIGLLAREVPEEVVNVVIATGMPSNEIGTDKQAKFEKLLNKSRLIEIDGIAKTINVKGVKIVAQPMGTLLDLNMENGKVFKAFTEGKYSVLDFGSGTTIIDTYQNMKRVEEESFVINKGTIDFYKRIASHVSTPRMIEKGLEFKDEFYKEQDSLIEEVMSNFEITVGNINSIDRIIVTGGGANIHFDSLSHYYSDVFEKADDSQFSNVRGYEKLGELLKNKVEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Unknown function
molecule keywords Uncharacterized ParM protein
publication title Structure and filament dynamics of the pSK41 actin-like ParM protein: implications for plasmid DNA segregation.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus
total genus 98
structure length 321
sequence length 342
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17989 ALP_N Actin like proteins N terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A01
2QXLA 1HKBA 3EKSA 2E20A 3UKUB 2F9TA 1SZ2A 5AQHA 2YCHA 2ZGYA 3H3NO 5FPEA 3I8BA 1ZC6A 4H03B 2OANA 3D2EA 3EN9A 4IZ9A 3QDKA 3MDQA 5KQDA 3EL2A 1NGAA 5AQUA 5CE3A 3H1QA 4FWMA 3U8XA 1MDUB 2DPNA 5ADXH 3ID8A 3GE1A 2Q0UA 5EVZA 2Q2RA 4H0XB 3LL3A 1R59O 4BRDA 3CQXA 4FWNA 3C0BA 5F0XA 3SMSA 4BVOA 1Z05A 4CBUA 3EKUA 1JCGA 1ESVA 1NGDA 4BR5A 4RCHA 4H0PA 4FPAA 4M63C 4H5WA 4JD2A 3EO3A 3JXUA 2GELA 4CBWA 4MO5A 4BROA 3D7EO 3ULEA 3O08A 4YDUC 5AQFA 3U9ZA 1HKCA 1NGBA 3VGLA 3TPQA 3HZ6A 5LJWA 4BGAA 1X3MA 2P9LB 3J8AA 2A3ZA 3UKRA 4AM7A 2E2OA 3VEWA 3VERA 4MLEA 2CGLA 4CZMA 1KAZA 2A40A 4CJ7A 1NGHA 1NGEA 3I33A 4FWQA 4BVPA 5AFUA 2IVNA 5AR0A 2P9IB 3ZX3A 3ZETB 4A2BA 1OKJA 3H3OB 4L3QA 1GLDG 4BC2A 4CZEA 1GLJO 3O80A 2D1KA 4QS7A 1DKGD 2Q31A 3MMVA 4CZIA 4RWTA 3FE1A 2QW9A 5JLHA 3O5BA 4O5FA 1Q18A 3VEZA 4JN4A 2GEMA 2ASPA 3GL1A 1DGKN 3ZX0A 3A5LC 2QWQA 2V51B 2YJFA 4FWLA 3L0QA 1C0FA 3VESA 3CJ9A 4H0YB 4FPBA 1XQSC 3D2FB 4BRNA 4BC5A 3AARA 1TYQB 1U6ZA 1H1VA 3L6QA 3WQTA 4BC3A 3BF1A 5EX5A 4MLHA 4ISFA 5BPNA 3QFUA 4K41A 1QZ6A 5BN8A 1QQMA 3AAQA 4CZFA 3H46O 3CIPA 2FF3B 4DQ8A 3RSEB 4CZJA 4XH4A 5FPMA 5KPTA 4B1ZA 1NGFA 3ENHA 1BU6O 1CZAN 1BOTO 5AQLA 2I7NA 4PKHA 4JHDB 4JNEA 3DXMB 1ATSA 2NRHA 3WXJA 4FL9A 4O8KA 2P9KB 5AQKA 4BC4A 5KQ8A 1ATNA 1WUAA 3HTVA 3CJ1A 3FR0A 2CGKA 5AQJA 2HF3A 5AZIA 2E2NA 1K8KB 4BG9A 1QQNA 2GWKA 3CHWA 2BTFA 4BR2A 1Y64A 3FGUA 1C0GA 3VPZA 4H0TB 2P9SB 2D4WA 3LM9A 4IWVA 4EAHD 1BUPA 3VETA 4CZGA 3A0IX 4M7YA 4BQLA 1S3XA 5BREA 3FZFA 2BUPA 4MO4A 1KXPA 1GLCG 4NO7A 1NLVA 4WQ5C 3O6WA 4B1VA 4PL7A 3IDHA 2AP1A 4IJAA 4M7XA 4YDUA 3MN6A 3MCPA 3KHYA 5AQNA 4H5NA 2Q36A 4BGBA 1HKGA 3R8EA 2E2PA 5AQXA 5KPZA 3ENOA 3LDQA 2P9PB 2VCPA 1LCUA 3LDOA 3WEEB 3VOVA 3VF2A 4H5TA 4Z94A 5AFUH 1NGIA 1SQKA 5AQPA 2GWJA 3WXLA 4LC9B 3ZEUB 1NGCA 3LDNA 4KBOA 3LM2A 4A61A 3CJBA 4E1JA 4BRCA 5BRFA 1E4FT 5KPRA 2FF6A 3W0LA 4WYBA 3FZHA 3DXKB 3QBXA 4GY2B 3D2EB 2WUSA 4J8FA 1BWFO 4IXCA 2D0OA 3W3DA 2Q0RA 2ASMA 3R6MA 3P4IA 4CI6A 1U2VA 1ZBSA 2HF4A 1ZXOA 4BR7A 3BUZB 4BG8A 3H45C 4PL8A 4F9OA 5BRHA 1NM1A 1QZ5A 5ADXA 1YVNA 5LY3A 3GBTA 3CJAA 4ISEA 1IG8A 1RFQA 2W41A 2P9UA 3KVGA 1KAYA 1RDWX 1TYQA 2F9WA 4H5VA 4JD2B 1GLAG 1XC3A 3VEYA 3FFKB 5AQRA 4DCHA 5B8HA 2YHWA 2YI1A 2P9NA 2YJEA 3ULEB 1BDGA 2CGJA 4ISGA 5EOYA 4BRIA 1MWKA 4FWRA 1QHAA 3CETA 4IJNA 3DJCA 3TU5A 5JLFA 3VGKA 2CH5A 2FXUA 3C7NA 3IMXA 4FSVA 3VEOA 3KZBA 4BRGA 5AZJA 2QM1A 3UKRB 4B1XB 3B8AX 1Z6RA 5AQVA 1P8ZA 3MN7A 4EIAA 5AQGA 2A41A 3ATUA 4RTFD 1X9JA 1WOQA 5BN9A 2HOEA 3MN5A 3SMPA 3M3ZA 3VF6A 4FWKA 3WXIA 2QWNA 4WQ4C 1GLLO 5AQTA 3UE5A 2ASOA 2E2QA 4K42A 5AQZA 4I6MA 3VENA 5FPDA 4BRHA 3CJCA 4BR4A 5EY4A 2J4RA 5AQSA 3VGMA 3FZKA 3BF3A 5E84A 3UKUA 3QBWA 4XH5A 4BRMA 4EHUA 4XEIA 3HSCA 2NLXA 3WXKA 4WQ5A 4CD1A 2QWLA 1YXQA 1HUXA 5AQMA 3G25A 3VEXA 3DAWA 2KHOA 4BRKA 4CD3A 5F2RA 4BRLA 1XUPO 2YHXA 2UYTA 2IIRA 4B1YB 4K25A 3IUCA 4B9QA 2A5XA 2A42A 4CZHA 3DWLA 5AQOA 4CZLA 2NZTA 2VYPA 3WUHA 3M1FA 4FWPA 2P9PA 2PAVA 2AA4A 1G99A 2YHYA 1GLFO 5AQIA 3FLCO 3GDQA 5BPLA 2ITMA 2QWRA 3EZWA 3A5NC 1IJJA 3O1BA 3SK3A 3ATVA 1EQYA 5JMVA 4IO8A 3FZMA 3DXKA 2GUPA 2HMPA 5AZIB 4QS8A 1BA1A 3OHRA 4JAXA 5AQQA 2P9LA 2QWOA 4HWIA 2PBDA 1SAZA 3U4LA 3A5OC 4FWOA 1S22A 1MWMA 1NGGA 1HJOA 1V4SA 1LOTB 5BPMA 4EFHA 3VF4A 3JS6A 3O4WA 2P9IA 3VEVA 2D0PA 3ZETA 1T44A 1E4GT 2FLOA 4EHTA 5F1XA 5I9EB 2Q1NA 2W40A 4BQZA 1JCFA 2QWMA 5EXWA 4BRQA 2FSNA 1QQOA 3LDPA 1BO5O 4PKGA 4QS9A 3H1VX 1ATRA 2V52B 3CJ7A 2E1YA 1NBWA 1T6CA 1NMDA 4BRPA 4HTLA 1GLBG 1HPMA 2ZF5O 2V7ZA 1NWKA 2FSKA 2VWBA 1JCEA 2Q97A 1MA9B 4FO0A 3IFRA 2CH6A 3O1WA 3QICA 3D2FA 3LDLA 2E1ZA 1NGJA 1YUWA 4BR9A 3S41A 4DB3A 4Y0WA 4WQ4A 3MK6A 5AQYA 1RGIA 1HX1A 3U9DA 4C23A 5LJVA 4FOIA 3WT0A 3RSEA 2H3GX 3QB0A 4DHYA 3CERA 5JICA 5BR9A 1HLUA 3SJHA 3WQUA 2QWPA 4JHDA 1GLEG 4FOEA 1U2VB 3DXMA 1D4XA 4A2AA 5AQWA 3A8YA 1BG3A 2ZWHA 2GTDA 2IVPA 4AM6A 3AY9A 4B1WB 2P9KA 4BR0A 3GOIA 3CI5A 3HI0A 1X3NA 4BRFA 1K8KA 4B1UB 3SLCA 2FSJA 2I7PA 2V7YA 4BREA 4CZKA 4H0VB 5FPNA 3QMLA 1J6ZA 2P9UB 4BRAA 2P9SA 2EWSA 4GNIA 1V4TA 3GG4A 4FWSA 1DEJA 5E26A 3CQYA 2P9NB 1KAXA 3L4IA 2E88A 4CBXA 3HM8A 1BA0A 4PKIA 5TKYA 3C7NB 5AZJB 5BRDA 3F9MA 3H6EA 4K43A 1TUUA 3FZLA 3UB5A 4H5RA 4H0OA 3MN9A 1TUYA 3R9PA 2ZGZA 3A5MC 3ZX2A 4A62A 4NB4A 4XH1A 3AAPA 3O8MA 1YAGA 3M6GA 2IVOA 3WEEA 5ELZA 2A6AA 3HBTA 2E8AA 4I6MB 1T6DA 3ZEUA 3QFPA 3BEXA 3BP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DRRA 3ZSXA 1SZ2A 2NRVA 2YCHA 4W5TA 5DM6L 3LANA 4ILGB 4H03B 3EN9A 4IZ9A 5KQDA 5CE3A 1NGAA 5AQUA 2Z1JA 2QKBA 3H1QA 2FBXA 3ID8A 4CEEA 1U4BA 1KC8O 3HVTA 4W5RA 2Q2RA 4H0XB 1S1XA 3F73A 3CQXA 4CEBA 4FWNA 4JKHA 3TI0A 1X9WA 3AA4A 3NGZA 3THYA 1IKXA 1UOCA 3CCMN 4CBUA 3EKUA 1JCGA 1NGDA 1UWBA 5GAHP 1RDAA 2YNHA 3KKRA 4CEZA 4JD2A 3PLAA 1IKVA 3JXUA 4I9LA 3BZKA 4BROA 4YDUC 1ASVA 5AQFA 1TGOA 1VSKA 4O0IA 3N4QA 1TL1A 4IFVA 3N4PA 1X3MA 3MWPA 4CFCA 2P9LB 4FJ7A 5C2FA 4FYDA 3ZSQA 4AM7A 5J2NA 4JI0K 4CEQA 1J54A 4DKWA 2VGMA 4K0KK 4FM0A 2CGLA 1VSLA 1YT3A 1KAZA 3AO3A 4DR4K 3I33A 3NFAA 5AFUA 3RRHA 4CEOA 5CYMA 3TAEA 2E4LA 3PX6A 4FXDA 3ZETB 2O8EA 1D9FA 1BCOA 3HOSA 2EHGA 1P90A 1GLJO 4YOYA 3CF5L 4B9VA 2OPPA 3OYFA 4G9ZA 2Q31A 3MMVA 2YKNA 3TAMA 3VQ5A 3AO4A 1RDUA 2HHVA 3GL1A 1DGKN 4N56A 4DV6K 4CF0A 4F2RA 2YJFA 4ZHRA 4FWLA 4CF8A 3BGRA 4LF6K 2O8FB 1C0FA 4IKFA 4ELTA 3KLIA 3EE9A 4BC3A 2WTUA 3NVKA 5GAGP 3T1HK 4MLHA 4ISFA 1KRPA 1YI2N 2DY4A 4WFAL 3THXB 1D5AA 4DMNA 3S3NA 4CZFA 3KWGA 2GV9A 5M1FA 3L2RA 1BI4B 4XH4A 1WSEA 2VQEK 3TWHA 4JKAA 4DF4A 1BU6O 5AQLA 4JNEA 3CD6N 1JXEA 2P9KB 3T7ZA 3FR0A 2CGKA 2HF3A 1TKZA 4BG9A 4A59A 4OPJA 1IBLK 2GWKA 2BTFA 4CE9A 4FLYA 1GOBA 3WNHA 3U3YA 4IWVA 2D4WA 4FJXA 1NK9A 4DV0K 3HL8A 4YNQA 4E1MA 4CGHA 3VMFB 1ZBFA 2PYLA 1YJWN 4M7YA 3C6HA 4JKGB 1S3XA 5BREA 4ILJA 3OYHA 4J2BA 1BQNA 1KXPA 3VQ8A 4PL7A 4IJAA 4YDUA 5JS1A 4Q5VA 4H5NA 3LP0A 3R8EA 3OVNA 3LDOA 2Q3SA 3VF2A 5AFUH 5AQPA 2GWJA 2ZE2A 3HP9A 4DU3A 3CJBA 4Z0UA 3O9RA 3VQ9A 1E4FT 1Q9YA 3O9UA 4IG0A 3D2EB 1VQ9N 1KFSA 2NRXA 2D0OA 4IXCA 3E01A 3JYTA 1VQ4N 1SV5A 4CGDA 3R6MA 2G8WA 4CI6A 4FJGA 1ZBSA 2F8SA 4RW4A 1M1KO 5FLXO 1RDDA 2OPRA 3SUPA 5LL6Z 1KVAA 4PL8A 1SS6A 4F9OA 1RT3A 1EETA 1QZ5A 2A1SA 2GX9A 1T03A 2W6LA 5ADXA 3AVAA 1NKCA 2IC3A 4ISEA 4CJEA 1KLMA 1RFQA 2P9UA 3KVGA 5M1PA 4E7IA 2F9WA 3K5MA 1Q9XA 1U47A 4DCHA 3ULEB 1BDGA 2WBNA 4ISGA 3M8SA 5EOYA 3LP2A 4BE1A 1RTIA 1HPZA 1HR0K 3CETA 4IJNA 3KK2A 4QOZB 4RW7A 1VQ6N 2CH5A 3IMXA 5AZJA 2HHSA 3K59A 1Z6RA 2PY5A 3SNNA 3ITHA 1VSFA 3ATUA 4DFJA 1X9JA 1WOQA 5BN9A 3V4IA 1N8RO 1VSMA 3M3ZA 2ITGA 4FWKA 3WXIA 1GLLO 3UE5A 2ASOA 1U04A 3L2UA 4K42A 5AQZA 5FPDA 3K2PA 4JRPA 3CJCA 1ITGA 4FLZA 5EY4A 3T1AA 4B8AB 4DV2K 1JL1A 3BF3A 2HHUA 5E84A 1QTMA 3ID6A 3TTDA 4CHPA 1UA1A 2VG5A 3HXMA 2QWLA 2ZJQL 3PY8A 2UUCK 3OW2M 4FK4A 3HJFA 3G25A 2KHOA 1J5OA 4BRLA 4YOTA 1XC9A 5T7BA 3ZT2A 1VQPN 2DFFA 2UYTA 1FK9A 4B9QA 2A42A 2YHBA 4KRFA 3PUFA 4FJIA 1KLNA 2NZTA 2QA4N 1EO1A 5TKWA 5KRSA 1TAQA 3AO5A 1G99A 4RW8A 1GLFO 5AQIA 3FLCO 5KI6A 4FM1A 1FKPA 3M8RA 4WFNL 1VSIA 3A5NC 3O1BA 2E5LK 3AVBA 1EQYA 1S72N 4CW7B 1JLCA 3CM6A 3MAQA 3H08A 5FDLA 3DXKA 3SAFA 4E89A 4QS8A 3ENBA 3OHRA 4A57A 2P9LA 4HWIA 2O8CB 4B3OA 2XY6A 4IOXA 4U67L 5HLFA 3SCXA 4JS5A 3AO2A 3OBYA 3ZETA 4AHSA 1T44A 4CHZA 4EHTA 1TVRA 3DYAA 4KV8A 4NLBA 1ILYA 2ZD1A 4GV9A 1JCFA 3V9WA 2G8UA 2QWMA 2GUIA 4BRQA 5M1NA 2G8KA 5FROA 2UXCK 1BO5O 3OA9A 3H1VX 4YOWA 4BE2A 2V52B 3ZSZA 4I9QA 1NMDA 4BRPA 4HTLA 1VHXA 2JGUA 4HCBA 1GLBG 3SUNA 5HROA 2V7ZA 2O8FA 1NWKA 1JCEA 4ILHA 5DMRA 1BIZA 3QICA 2E1ZA 1NGJA 1YUWA 4FLTA 3S41A 4Y0WA 4GV6A 5H1SQ 3L8BA 1HX1A 3A2FA 3THXA 4AH9A 1I39A 5BR8K 4FOIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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