3JVJA

Crystal structure of the bromodomain 1 in mouse brd4
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
MGSTNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Structures of the Dual Bromodomains of the P-TEFb-activating Protein Brd4 at Atomic Resolution
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 39
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3jvjA01
4TQNA 5TCMA 5A5OA 4J3IA 5E7DA 5ENBA 4A9EA 5FE7A 5ETDA 4BW3A 3U5LA 4LDFA 4ZQLA 4CL9A 5HCLA 2OUOA 4TU6A 5EPRA 4LYWA 3QZVA 3IU5A 4LRGA 4CUSA 5LJ0A 2N9GA 4QYDA 4ZC9A 4ALHA 3GG3A 4YYNA 3AQAA 5EISA 4QEUA 4IR6A 4O75A 4QSPA 4QEVA 2E7NA 5LJ2A 5CQ4A 4O74A 5FE9A 1JSPB 4NQMA 4QSVA 5FFYA 4A9FA 5EICA 3HMHA 5F61A 4HBVA 4YYKA 5I80A 5E73A 4J0SA 4YC9A 5C8GA 4WHWA 5D3LA 4NR6A 5CQ6A 4UIZA 2YQDA 4CLBA 4HXNA 5FG4A 5H1TA 4Z1QA 4OGJA 4QSTA 5E74A 2RNWA 5EWCA 4MEPA 4MEQA 4A9IA 1EQFA 4OGIA 2GRCA 4X2IA 5HELA 5D25A 5HEMA 4KV1A 5KTWA 2D82A 5D3HA 5HJCA 3P1DA 5TB6A 3U5NA 2R10A 5FE5A 2LSPB 4LYSA 5CQ7A 4A9LA 3U5PA 5F3AA 5E9IA 5EWVA 4YH3A 5FE8A 5C87A 1X0JA 4LZ2A 5I83A 2RNXA 4NR7A 3JVJA 5EVAA 5F1LA 4YK0A 4Z93A 2YEMA 5DY7A 5IGLA 3LQIA 4O7FA 2YDWA 3O34A 5HENA 4NUDA 4MR5A 5DYXA 4XY9A 3P5OA 4QYLA 3O37A 5CP5A 4Q0NA 5IIDA 4QC3A 2I8NA 2DKWA 3TLPA 5BT4A 1JM4B 4UYHA 5DW1A 4YBTA 5FBXA 4A9OA 5L98A 5F25A 4IOQA 4NYWA 4UIUA 4OUFA 4O78A 4UIXA 2RNYA 3U5MA 5AD2A 5L96A 4NYVA 4TT6A 2DATA 3LQHA 3UV4A 3SVHA 5D3TA 5HRXA 4NRCA 5E9VA 5IGKA 4NUCA 5EGUA 5ENCA 4BW2A 4XYAA 3G0LA 4KV4A 5AMFA 5K29A 5DYCA 4QB3A 4NUEA 5ENHA 4HBYA 3JVMA 4O7AA 5FE4A 5CGPA 5E3GA 4A9JA 4YBSA 5C85A 3HMEA 4NS5A 4PTBA 4Z1SA 5FG5A 5KTUA 3LJWA 5D0CA 4YATA 3SVGA 3O36A 3U5KA 4QUUA 4YYHA 4HXRA 5F36A 5EP7A 4A9MA 5FE1A 4LZSA 5CUBA 4TU4A 4O72A 5F1HA 5H1UA 5CQTA 3HMFA 4NRAA 3MUKA 5KTXA 3JVLA 3MULA 5LKZA 3Q2FA 2DVRA 5A5SA 2RO1A 5A5PA 5CQAA 5A5RA 5COIA 5HRWA 4UYFB 4CURA 4LR6A 5F60A 3RCWA 5CRZA 4IR5A 4A9KA 4CFLA 4QZSA 5LJ1A 5DYUA 2I7KA 4Y03A 5ENEA 4RVRA 5CQ8A 5ENJA 2F6JA 4BJXA 4MR6A 4YYIA 2YYNA 5CPEA 5D3NA 5EWWA 4XUBA 3D7CA 3FKMX 5A81A 5E0RA 5CUDA 3P1FA 5F62A 5FFWA 4NQNA 2WP1A 3DAIA 5KU3A 5EPSA 5A5NA 4HBWA 5FE6A 5HFRA 4Z6IA 3UVWA 4QSSA 4YY6A 5EWDA 2OO1A 5I89A 5JI8A 4YADA 4LZRA 4YBMA 4YH4A 4O76A 4TS8A 5EI4A 3UW9A 5D3PA 5FB1A 4YAXA 5DBMA 5G4RA 3S92A 5FG6A 4TTEA 4TYLA 5DFBA 5EV9A 4AKNA 4N4GA 4QUTA 4CUQA 3I3JA 5F5ZA 2F6NA 5CUCA 5A7CA 5EWHA 2RFJA 5LVQA 3MB4A 3P1CA 4TZ8A 4YYJA 5I29A 5CQ5A 3MXFA 3G0JA 2DVQA 5CTLA 4PKLA 2D9EA 4TT4A 3QZSA 5HQ5A 4IR4A 5DX4A 5FH6A 4MEOA 4UIYA 4QSUA 5KHMA 2L5EA 4NR8A 5AMEA 5A5QA 5II1A 4QY4A 4ALGA 5CUEA 4UYFA 4WIVA 4TT2A 4Z6HA 5A85A 4IORA 4CUPA 4NR9A 5FE3A 5DFDA 4XY8A 2DWWA 4MR3A 5D24A 2H60A 4N4HA 3JVKA 5L99A 5DKCA 5FE0A 5IGMA 5CZGA 5HQ7A 2L85A 4UIWA 5LVRA 4O7EA 3AADA 4BHWA 1F68A 3MQMA 4QNSA 5J0DA 3U5JA 3U5OA 1ZS5A 4A9HA 3IU6A 1E6IA 4PS5A 2R0VA 5DLXA 5E9MA 5A83A 5AD3A 3Q2EA 5HQ6A 3MB3A 5LKTA 5FE2A 4QR4A 5DKHA 3QZTA 5EPBA 5IG6A 5IBNA 5I1QA 5C89A 4PCEA 5CU8A 4YY4A 4QSXA 4IOOA 3UV5A 4A9NA 4UYEA 4HXKA 2FSAA 5DKDA 5I7XA 5EA1A 4NXJA 5EM3A 5D3RA 4UITA 5KO4A 5LKXA 5JWMA 2R0YA 2RI7A 5EK9A 1WUGA 4NRBA 1WUMA 2NXBA 5ACYA 4O77A 5D3JA 5ENIA 2DVVA 4QR5A 4YYGA 5HLSA 5DFCA 5IGNA 5LKUA 2KTBB 3DWYA 2OSSA 3P1EA 3ONIA 3UVDA 3LXJA 3LQJA 4HBXA 5I86A 4QSQA 4CUTA 5CY9A 4QR3A 2YW5A 4MR4A 5F2PA 4J1PA 4NYXA 4O71A 3UVXA 5HFQA 4TZ2A 5D7XA 2E3KA 4HXPA 5FB0A 4J0RA 5ETBA 5D26A 3S91A 3ZYUA 4CFKA 4NR4A 3SVFA 3UV2A 5I88A 5II2A 4O70A 5CRMA 5DLZA 4GPJA 4N4FA 4ZW1A 4Q0OA 4UYGA 4O7BA 2RS9B 3O33A 4FLPA 4PY6A 4QSRA 4E96A 4LC2A 5CS8A 4C66A 4BW4A 4QEWA 5FDZA 5E3DA 4O7CA 4HXMA 3O35A 5HM0A 5D3SA 5EU1A 5DYAA 1N72A 2R0SA 5L8TA 4WHUA 4YYDA 2DVSA 5L8UA 4UYDA 2L84A 5BT5A 5I40A 4F3IA 5EQ1A 5E9KA 2MJVB 2YEKA 5G4SA 5E9LA 4YABA 4CUUA 5ENFA 4LYIA 5H85A 4QSWA 5CUAA 5LUUA 4HXSA 5ENGA 2WP2A 3NXBA 4KCXA 4PCIA 5A82A 5BT3A 4DONA 5CUGA 4QBMA 4YYMA 3UVYA 4C67A 3K2JA 5CFWA 5HRVA 4NR5A 4MENA 4N4IA 4UIVA 5FH8A 4QC1A 5C7NA 4IR3A 5CQ3A 2E7OA 4BW1A 4HXLA 5I7YA 2YELA 5L97A 5H1VA 4N3WA 5E9YA 5DW2A 5FH7A 2G4AA 5F63A 5C4QA 4XUAA 4HXOA 5FFVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TQNA 5TCMA 5A5OA 4J3IA 5E7DA 5ENBA 2EJNA 4A9EA 5FE7A 5ETDA 4BW3A 3U5LA 4LDFA 4ZQLA 4CL9A 5HCLA 2OUOA 4TU6A 5EPRA 4LYWA 3QZVA 3IU5A 4LRGA 4CUSA 5LJ0A 2N9GA 4QYDA 4ZC9A 4ALHA 3GG3A 4YYNA 3AQAA 5EISA 4QEUA 4IR6A 4O75A 4QSPA 4QEVA 2E7NA 5LJ2A 5CQ4A 4O74A 5FE9A 1JSPB 4NQMA 4QSVA 5FFYA 4A9FA 5EICA 3HMHA 5F61A 4HBVA 4YYKA 5I80A 5E73A 4J0SA 4YC9A 5C8GA 4WHWA 5D3LA 4NR6A 5CQ6A 4UIZA 2YQDA 4CLBA 4HXNA 5FG4A 5H1TA 4Z1QA 4OGJA 4QSTA 5E74A 2RNWA 5EWCA 4MEPA 4MEQA 4A9IA 1EQFA 4OGIA 2GRCA 4X2IA 5HELA 5D25A 5HEMA 4KV1A 5KTWA 2D82A 5D3HA 5HJCA 3P1DA 5TB6A 3U5NA 2R10A 5FE5A 2LSPB 4LYSA 5CQ7A 4A9LA 3U5PA 5F3AA 5E9IA 5EWVA 4YH3A 5FE8A 5C87A 1X0JA 4LZ2A 3VKGA 5I83A 2RNXA 4NR7A 3JVJA 5EVAA 5F1LA 4YK0A 4Z93A 2YEMA 5DY7A 5IGLA 3LQIA 4O7FA 2YDWA 4AKHA 3O34A 5HENA 4NUDA 4MR5A 5DYXA 4XY9A 3P5OA 4QYLA 3O37A 5CP5A 4Q0NA 5IIDA 4QC3A 2I8NA 2DKWA 3TLPA 5BT4A 1JM4B 4UYHA 5DW1A 4YBTA 5FBXA 4A9OA 5L98A 5F25A 4IOQA 4NYWA 4UIUA 4OUFA 4O78A 4UIXA 2RNYA 3U5MA 5AD2A 5L96A 4NYVA 4TT6A 2DATA 3LQHA 3UV4A 3SVHA 5D3TA 5HRXA 4NRCA 5E9VA 5IGKA 4NUCA 5EGUA 5ENCA 4BW2A 4XYAA 3G0LA 4KV4A 5AMFA 5K29A 5DYCA 4QB3A 4NUEA 5ENHA 4HBYA 3JVMA 4O7AA 5FE4A 5CGPA 5E3GA 4A9JA 4YBSA 5C85A 3HMEA 4NS5A 4PTBA 4Z1SA 5FG5A 5KTUA 3LJWA 5D0CA 4YATA 3SVGA 3O36A 3U5KA 4QUUA 4YYHA 4HXRA 5F36A 5EP7A 4A9MA 5FE1A 4LZSA 5CUBA 4TU4A 4O72A 5F1HA 5H1UA 5CQTA 3HMFA 4NRAA 3MUKA 5KTXA 3JVLA 3MULA 5LKZA 3Q2FA 2DVRA 5A5SA 2RO1A 5A5PA 5CQAA 5A5RA 5COIA 5HRWA 4UYFB 4CURA 4LR6A 5F60A 3RCWA 5CRZA 4IR5A 4A9KA 4CFLA 4QZSA 5LJ1A 5DYUA 2I7KA 4Y03A 5ENEA 4RVRA 5CQ8A 5ENJA 2F6JA 3D1BA 4BJXA 4MR6A 4YYIA 2YYNA 5CPEA 5D3NA 5EWWA 4XUBA 3D7CA 3FKMX 5A81A 5E0RA 5CUDA 3P1FA 5F62A 5FFWA 4NQNA 2WP1A 3DAIA 5KU3A 5EPSA 5A5NA 4HBWA 5FE6A 5HFRA 4Z6IA 3UVWA 4QSSA 4YY6A 5EWDA 2OO1A 5I89A 5JI8A 4YADA 4LZRA 4YBMA 4YH4A 4O76A 4TS8A 5EI4A 3UW9A 5D3PA 5FB1A 4YAXA 5DBMA 5G4RA 3ERRA 3S92A 5FG6A 4TTEA 4TYLA 5DFBA 5EV9A 4AKNA 4N4GA 4QUTA 4CUQA 3I3JA 5F5ZA 2F6NA 5CUCA 5A7CA 5EWHA 2RFJA 5LVQA 3MB4A 3P1CA 4TZ8A 4YYJA 5I29A 5CQ5A 3MXFA 3G0JA 2DVQA 5CTLA 4PKLA 2D9EA 4TT4A 3QZSA 5HQ5A 4IR4A 5DX4A 5FH6A 4MEOA 4UIYA 4QSUA 5KHMA 2L5EA 4NR8A 5AMEA 5A5QA 5II1A 4QY4A 4ALGA 5CUEA 4UYFA 4WIVA 4TT2A 4Z6HA 5A85A 4IORA 4CUPA 4NR9A 5FE3A 5DFDA 4XY8A 2DWWA 4MR3A 5D24A 2H60A 4N4HA 3JVKA 1PUOA 5L99A 5DKCA 5FE0A 5IGMA 5CZGA 5HQ7A 4AKIA 2L85A 4UIWA 5LVRA 4O7EA 3AADA 4BHWA 1F68A 3MQMA 4QNSA 5J0DA 3U5JA 3U5OA 1ZS5A 4A9HA 3IU6A 1E6IA 4PS5A 2R0VA 5DLXA 5E9MA 5A83A 5AD3A 3Q2EA 5HQ6A 3MB3A 5LKTA 4AI6A 5FE2A 4QR4A 5DKHA 3QZTA 5EPBA 5IG6A 5IBNA 5I1QA 5C89A 4PCEA 5CU8A 4YY4A 4QSXA 4IOOA 3UV5A 4A9NA 4UYEA 4HXKA 2FSAA 5DKDA 5I7XA 5EA1A 4NXJA 5EM3A 5D3RA 4UITA 5KO4A 5LKXA 5JWMA 2R0YA 2RI7A 5EK9A 1WUGA 4NRBA 1WUMA 2NXBA 5ACYA 4O77A 5D3JA 5ENIA 2DVVA 4QR5A 4YYGA 5HLSA 5DFCA 5IGNA 5LKUA 2KTBB 3DWYA 2OSSA 3P1EA 3ONIA 3UVDA 3LXJA 3LQJA 4HBXA 5I86A 4QSQA 4CUTA 5CY9A 4QR3A 2YW5A 4MR4A 5F2PA 4J1PA 4NYXA 4O71A 3UVXA 5HFQA 4TZ2A 5D7XA 2E3KA 4HXPA 5FB0A 4J0RA 5ETBA 5D26A 3S91A 3ZYUA 4CFKA 4NR4A 3SVFA 3UV2A 5I88A 5II2A 4O70A 5CRMA 5DLZA 4GPJA 4N4FA 4ZW1A 4Q0OA 4UYGA 4O7BA 2RS9B 3O33A 4FLPA 4PY6A 4QSRA 4E96A 4LC2A 5CS8A 4C66A 4BW4A 4QEWA 5FDZA 5E3DA 4O7CA 4HXMA 3O35A 5HM0A 5D3SA 5EU1A 5DYAA 1N72A 2R0SA 5L8TA 4WHUA 4YYDA 2DVSA 5L8UA 4UYDA 2L84A 5BT5A 5I40A 4F3IA 5EQ1A 3D1DA 5E9KA 2MJVB 2YEKA 4AKGA 5G4SA 5E9LA 4YABA 4CUUA 5ENFA 4LYIA 5H85A 4QSWA 5CUAA 5LUUA 4HXSA 5ENGA 2WP2A 3NXBA 4KCXA 4PCIA 5A82A 5BT3A 4DONA 5CUGA 4QBMA 3VKHA 4YYMA 3UVYA 4C67A 3K2JA 5CFWA 5HRVA 4NR5A 4MENA 4N4IA 4UIVA 5FH8A 4QC1A 1ZKRA 5C7NA 4IR3A 5CQ3A 2E7OA 4BW1A 4HXLA 5I7YA 2YELA 5L97A 5H1VA 4N3WA 5E9YA 5DW2A 5FH7A 2G4AA 5F63A 5C4QA 4XUAA 4HXOA 5FFVA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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