3K1MA

Crystal structure of full-length benm, r156h mutant
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
source organism Acinetobacter sp.
total genus 96
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1mA03
3KN8A 1HSEA 5HM4B 1LB8A 4G8HA 3JW4A 3I3VA 2DT5A 5DEXB 2FBIA 2Q0OA 2ONRA 4ELRA 3V8JA 2QUFA 3ODBA 5E1XA 4CYDA 1NNKA 1GR2A 4LP2B 3H6UA 2E1SA 3KGCA 4R2FA 2DU9A 4KR5A 4Q5TA 2V25A 3NQOA 4LLGF 1D3KA 3RYRA 4M9ZA 3E6BA 2PI0A 4LK0F 4YFNF 3I71A 1U5TC 1WI9A 1R1TA 3JSOA 1H76A 4IO7A 4F19A 4UVAA 4THIA 3CRBA 1B0HA 5FFZA 4TOZA 3FWEA 1JXSA 5L9SA 2O1LA 2V1XA 1YO5C 5A2QZ 2DPUA 4LLLA 5H8SA 1ONVA 3U72A 1RI7A 4ELOA 4NF4A 1TQMA 2Q89A 3TZAA 3VLVA 1OYIA 3TDJA 1MJAA 1ULYA 2IRFG 1LAHE 2B3FA 2WKYA 2HZKA 5CI5A 3VE1B 2ONKE 2STTA 4KDPA 1GV8A 2NNYA 5J6XA 1TNSA 5FGMA 4OIQF 2P1SA 4NHJA 3DP6A 3ZMUA 3QXMA 2MH2A 4FEDA 3SERA 1JNFA 2RVCA 4A6DA 1QUIA 5H8NA 4XSZF 5AONA 3GFMA 3J81Z 2FSWA 5D6FA 3KOSA 4LGWA 5FTIA 2I3VA 2DE4A 4NWDA 5FHMA 1DTZA 5I58A 3G3IA 4L18B 4UXNA 2LDUA 5TP9B 2AL5A 5DUIA 4KPTA 3T9UA 2CSOA 4R6YA 5D5XB 2ZNTA 2VBXA 1I6XA 3ZS6A 2NUVA 2RC7A 3WGHA 3WTYC 3BFTA 3K1MA 1K6OA 1H0MA 4M6YA 1XS5A 2R7DA 1QZZA 2EWNA 3LAJA 1M5CA 3HTSB 3C9HA 2QWWA 5LEKA 3PUXE 2PQ8A 5CVVA 5CRYA 4ECFA 3C7JA 3OEMA 4H65A 4JK1X 2G9WA 3F8FA 4WK8F 3O3KA 3DEUA 5BQTA 1ZGJA 4HYEA 1SYHA 5J1DA 3V7SA 2MBFA 5HBCA 2RCBA 3M1EA 4A0XA 4CGZA 3T66A 3FVKA 3FX3A 3L7WA 3WG9A 3OV8A 2E1CA 2H99A 2GRVA 1FBQA 3OOAA 2VD3A 1BKAA 5EYFA 3SESA 3K2ZA 1P6RA 1KQ8A 4IHSA 1UHWA 1FQEA 2VD2A 4LA9A 3A3CA 3SEWA 2A07F 3IL2A 3RYPA 1P1QA 1YS6A 1P1OA 1JEVA 3K01A 3KSXA 3ZN1A 2UXNA 4QF9A 2G93A 2QBYB 4I8CA 2W7YA 1EZOA 2XXRA 3TUSA 1D4NA 5KCJB 1QKBA 4OHNA 1U5TB 1B0LA 3D0SA 1I1SA 2I58A 3IR1A 3OO8A 1ZREA 4HOBA 1D5VA 3I53A 3MQ0A 1P1UA 1B59A 4ZZDA 2XAFA 4GQOA 4H8JA 1US4A 3KEIA 3F22A 1IN6A 3PD9A 2H5YA 3ZKLA 4LATA 3SEYA 3I59B 4BXUA 4WXDA 1RUOA 4R1HA 3UIFA 2X0LA 1J2XA 3CO6C 4I7HA 5LBQA 3KZZA 3Q26A 4YIIA 3S4UA 4ZEDA 4CICA 2F35A 3P9IA 2LAOA 4GOTA 4POXA 1HSJA 2M30A 3VB2A 3H6TA 2P7VB 4FHTA 4R8HA 4EQQA 5JHUA 2JZYA 1MJBA 4XBFA 4AB6A 2VC0A 1BI1A 5IT9K 1VFEA 4PZJA 1J0RA 4MQVA 1MZBA 5L3CA 1NNTA 4YB7A 4F18A 1B1XA 3SHFA 1CGPA 1MJ9A 5HS7A 2J5PA 1MXUA 3FV2A 1TFDA 3PPPA 3PPQA 4O3BA 4OETA 1MQHA 4IRHA 1FLIA 2ESHA 2NYXA 2Y84A 5J8CA 2O51A 4MEYF 3CJNA 1S7YA 3TDZC 1NL5A 3Q9SA 4G8NA 5ICGA 2Y0MA 3RKWA 1MXWA 2DPDA 3U1DA 2H6BA 4OMYA 4QSEA 5A2QK 1JW1A 3S9EA 1BOAA 4HF0A 4IO4A 3DM0A 4P9FA 4QFPA 4AVPA 1BIBA 2Z3YA 4IO6A 1LCFA 2UVJA 5IAIA 1FPQA 2UZKA 2FU4A 4XKQA 2DAOA 1PP7U 4YKKA 4IF4A 3RY3A 1XOCA 4H8IA 1MM7A 1I6QA 3OENA 3WAEA 4GXOA 1ZAOA 1MQGA 5CMBA 2P7CB 3R0JA 1B3FA 3ZSFA 1TTYA 4YFKF 3H06B 4B8XA 2GQQA 3J81K 2MH9A 2HKOA 2XXIA 1B4HA 1URGA 4MFIA 4C0RA 3G7WA 4L9VA 3V8KA 5D8LB 5AIPA 2LF7A 1B1BA 2XIGA 4PCQA 5DDGA 3SZTA 4R74A 2QQ9A 1MXVA 1F4KA 4ZS9A 3WTWC 2Q9TA 1GGGA 2R3SA 2I3WA 4IJAA 1NKXA 4OINF 4OQOA 1DUXC 1U3EM 1B7ZA 3TCHA 2QBYA 1O3QA 1LBBA 5I84A 2NAZA 2AYSA 4HF2A 3MPKA 2EFQA 2OAZA 4ESBA 5ED4A 1B5JA 2XROA 5KCJA 4FEBA 2UVGA 3VVDA 5KK1A 2PX1A 2DWJA 4ZE8A 4ZZLA 3O2PE 3M7GA 2EA2A 2VE9A 4BAYA 1XSXA 2ZNZA 2YJPA 3MZ9A 2LF8A 3ZMDA 4AWXB 3PPOA 5TU0A 1SD7A 5ICFA 1FQCA 3I59A 4H0WA 1QO0D 2BGCA 1IW7F 3DPLC 1XMAA 3FVOA 3C18A 2VC1A 4GGGA 4EUOA 4EJTA 3N6UA 4HF1A 5ICQA 4MHGA 3U94A 1ZGAA 2EFOA 2HOEA 3KP3A 2BYVE 4S05A 2P5KA 3E3VA 1ZARA 1MXXA 4MQ9F 1MXZA 1I1GA 1MY2A 2DWHA 2H98A 5LRSA 3H4ZA 4ISUA 4NF5B 1SFUA 4N13A 1LB2A 4HCYA 4IHTA 3LSFB 2K4BA 1USSA 3VXBA 4ZZEA 4U1ZA 1LNWA 4NWCA 1QKAA 4JWOA 2VOOA 1XC1A 1IN7A 1LFIA 5B70A 1IAWA 2CQKA 3KCCA 4KIGA 2M1BA 2F5EA 1B4ZA 2F97A 5FO5A 4KFCA 1BI3A 2VHAA 4OFOA 4KMFA 1QUJA 5CVJA 2M87A 2IP2A 3HIFA 2FE3A 3O29A 4G8XA 1W5SA 2V9VA 1EH7A 3IWZA 5D8KB 2FNAA 2G7UA 1ON1A 2ISYA 3EDPA 1G3YA 1K79A 3MZYA 4L9NA 5KVRA 4DQ2A 4IGTA 3T5XA 2KIFA 3HRUA 2TDXA 5L3FA 2R6GE 4IY6A 3SEXA 2DWAA 1PDNC 1T6SA 1GXPA 1TQIA 2ZYKA 2XXWA 2PFBA 1FP1D 1JVXA 3DP8A 5E1WA 2ELHA 3ZKKA 3NRVA 3DF8A 1N3XA 1ZYRF 4P0GA 4KD5A 4KYWA 2HQ0A 1YTVA 1W7PB 4DXBA 2ZKZA 3F8CA 3O28A 2ADUA 1U78A 4UA8A 5IKBA 1WQ2A 1SVXB 1LJ9A 4I0BA 1KU9A 4UV9A 1A8FA 3HOSA 4AIKA 3H3UA 4AD9A 1EZ9A 5LGNA 3SFZA 4K2EA 1BI2A 3BDDA 3KP7A 5JR3A 1G3TA 1S50A 2BBYA 1A54A 4F3PA 1F1ZA 3BPVA 4ENJA 1A8EA 2GFEA 4TV7A 2QQAA 3IJOB 1YW9A 3ECHA 3IL1B 4HX7A 4YAHX 1DTGA 2HCAA 4F3BA 3O6IA 1FYMA 1LAFE 2QENA 1SD4A 4GFRA 4N9HA 3ML6A 4IVNA 4BHPA 4FORA 3F8NA 4EJVA 2ETHA 2GHBA 2PBWA 1XMKA 4G8MA 2PG4A 5H8QB 1LEBA 2OA4A 4Z2YA 3CUQC 2AIXA 4O3CA 3EN3A 3GO5A 1EH6A 5E8IA 4EMSA 1T2KA 1MKMA 2L54A 1XDSA 4M71A 5AIQA 1NH7A 1ZTYA 2REJA 1W4MA 4MNUA 1MH4A 3RKXA 1WKMA 3V89B 4U88A 4RS8A 4U0VA 1HBXG 1IQ7A 2DYXA 3I5OA 1RYOA 3REOA 4HA8A 4IXAA 3L9FA 2QL3A 3BROA 2DQLA 1A04A 3T22A 2EJRA 1B9MA 1MY0A 4HV5A 4CHUA 2HZLA 2BJJX 2DWIA 3CTAA 1PC3A 1RIOH 4MLQA 1FWZA 2W24A 4EXLA 3HRSA 5EEGA 3V7CA 5HDKA 1B9NA 4RNSA 3VFJA 3B73A 5DEQA 3RPUA 3ERED 5ERIA 3MP6A 1P4WA 3OELA 5ISUA 2H25A 1EZPA 3DP4A 3RNNA 4QFKA 1CB6A 1PB8A 4GL0A 1NHAA 1XD7A 1W7PA 4DZ1A 4NF6B 4O5VA 1BM9A 3RN8A 5F6FA 3RIRA 2EA4A 5AA4B 3WU0A 1OLAA 1L0OC 2G7HA 4DXUA 1T0FA 3VDFA 1AWCA 2HQNA 3E6CC 1TFAA 5F1QA 4ONYA 2QJEA 5TJJA 1BLFA 4FX0A 2HZTA 2RKHA 4HAMA 3F21A 3SZPA 2Y7RA 2OBGA 4M1VA 3U9GA 4I1DA 3QSLA 2HFHA 3PQKA 3QAHA 3TYHA 3KN7A 2DFIA 1R6ZA 3PQJA 2CW0F 2RQPA 1UIUA 3SEUA 4R9FA 4PP0A 2OJTA 5FHNA 4BHBA 3L6GA 1J7KA 4M4GA 2XAJA 2UYFA 1IXCA 1Y1ZA 1N76A 4FE8A 2O6AA 1B32A 1O3SA 1HXDA 5BS6A 3M3KA 3QUFA 3RTRA 3ZPLA 2ZMEB 2EFWA 2X26A 3CUQB 4G7HF 2ONSA 5H8QA 2P6SA 4R6KA 3K4UA 5DD8A 3MVWA 3H3GA 3ROUA 1L3LA 3BWGA 1SDXA 1SMYF 4GXSB 3MVZA 4U4SA 4XRFA 1USYH 3E9XA 2NRAC 4ETSA 2ZMBA 5ELVA 3W15C 3FM3A 3KP6A 3AXFA 3AAFA 2IA1A 2W84A 3E5QA 2XXUA 1SW1A 1KQ9A 1OVBA 3T8RA 1N3WA 4M6XA 1N84A 2O03A 4JWYA 5HVQC 2XAGA 4TLMB 1EH8A 4P9UA 1OKRA 1F5TA 2R71A 3P9KA 1POTA 2E7XA 1IEJA 2XXXA 1TLHB 4RYAA 1SW5A 1ZJLA 4WX9A 3C31A 3LBSA 3UGWA 4D0PA 5LHGA 1KQ0A 1JHHA 3CDHA 1XGMA 1I6BA 4G2ZA 3RDIA 3IK6B 4YFXF 3J7AO 3KN3A 3DP7A 3WTZA 3RPQA 2Z5UA 1B9JA 4YIFA 4OIPF 1A99A 3IB0A 4NF6A 1IIWA 4YKIA 1Z1DA 1QVSA 2REGA 1ON2A 1FX7A 5AA4A 1FT9A 1MM6A 2F78A 3CG3A 2EFPA 3DLNA 3R26A 1LB9A 5D4RA 3B7DA 2RCAA 5I2KB 2QMWA 1IITA 1M5EA 1H44A 2GIVA 3MVXA 3R7XA 3EETA 1ZRCA 3H92A 3V8LA 5BOXA 1Y3PA 2V1UA 4WEPA 4YMBA 1JHFA 3U1OA 2W85A 3V5AA 3GYHX 3TKYA 3MCZA 5JEIA 4HBLA 2Q88A 2GWRA 4POWA 3SDFA 5FD5A 3GZ6A 3K6UA 1KWHA 2M8CA 3K9TA 1XVYA 2CWEA 3W6KB 2H6CA 3LC8A 2FMLA 1B2HA 3C1DA 3ZP5A 3O9PA 2V3QA 2ZNYA 1UTHB 1NFTA 1U8RA 2GA1A 3E97A 3F8MA 4YMAA 2ZBKA 2XGXA 3WGGA 3COAC 1LSTA 1HW5A 5DV5A 1USTA 1FNNA 2ZMEA 3LQQA 3M3FA 3RLFE 1EU8A 2YPNA 3CUQA 3KLOA 3DPTA 1YTYA 3MJNA 4FECA 3C35A 1J9IA 2QPQA 5ILVA 5CJ9A 4LQ2A 3MAJA 3IB2A 4F22A 1O7FA 5E8GA 3I0TA 2HYFA 2OU2A 3WE2A 1G4DA 4F3GA 4WEDA 1QULA 1ZRFA 1ZG1A 4R2BA 3T93B 3KEOA 2XXVA 3FXUA 4ENNA 5CLSA 3T8TA 4B09A 5LHHA 4OWDA 4RA1A 4QFNA 2VODA 2XKPA 5HLIA 5DUKA 3KETA 4I2OA 4F3SA 4PFYA 2YU3A 3PU5A 4EQ9A 1P99A 3N5LA 2V1DA 4KT5C 3HHHA 4F1VA 2GAUA 1FC3A 4Y17A 3TQWA 2OZUA 1P4AA 1AH5A 5DYHA 1IRGA 3HTUA 3TQLA 1QW0A 1LAXA 2H94A 1KYWA 1T39A 5B7DA 1B58A 1Q35A 5DD4A 2YLNA 1STZA 3TDUC 3LQRA 3C36A 3GWZA 1ATGA 3K02A 3O6HA 5L9MA 3OO7A 1FP2A 2Z33A 2XASA 2NVUB 3PMXA 4JSDA 3QIMA 4QFLA 4O6JA 1GVJA 5HPQA 4R73A 2FQ3A 2MD5A 4L17A 2DLLA 2RN7A 4FIMA 1FY7A 2ZYMA 4F39A 4X1BA 3O2AA 3GW2A 5TRDA 1OVTA 5I2KA 2PVUA 1B5IA 4R9GA 4U21A 4YB5A 5DVFA 5AA2A 5DVJA 3GLBA 2Y75A 4AIHA 1PB9A 4GRKA 2V6CA 2O3FA 3P9CA 1H43A 1NNFA 5JFRA 2QVOA 3RQTA 3F11A 3MPLA 4G7ZF 4GWOA 1I5ZA 2ZCWA 3CVGA 2KIMA 2WWYA 5LGTA 1S3JA 4ZDMA 1O3RA 2HAUA 3H6VA 2AXLA 5EHMA 4M9SA 3HSEA 2DVZA 2O7IA 4A0YA 3JAMZ 1BC8C 4LD5A 3DKWA 4TLLB 3ABUA 3FXQA 4O3AA 2W25A 5F64A 1IN5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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