3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
source organism Acinetobacter sp.
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
5HDGA 5ICFA 2P0SA 1QULA 4AQ4A 1XSVA 4ELQA 4R9FA 4Z0IA 4BYYA 3V7CA 4IO4A 4OIPF 2FNPA 2DPUA 4EV0A 4HLXA 4DDDA 4WXJA 2Z99A 5LGUA 3WODF 2F7AA 4PETA 3P7IA 1NH8A 3I3VA 4F1VA 5HBCA 1H45A 4KCDA 2F5FA 3TELA 4MBPA 5L3CA 3TDUC 1WRJA 1LGBC 5AA2B 3LAJA 3GBAA 3O6HA 2W85A 5L3FA 2XD2A 2D2WA 3I4PA 4IB2A 4CGZA 1TWYA 2NWJA 3E4RA 3BPVA 2OQRA 4U2RA 3Q26A 1J1NA 1PB9A 5BUUA 2HTJA 1QKAA 4ZECA 1ZG5A 3HN0A 2A3SA 1LDDA 2FNCA 1BI1A 5TPAA 4MEYF 4UVAA 2GHAA 3PUYE 4EDPA 2A61A 2MLKA 5HS9A 3HHGA 1QNTA 2BGCA 1XD7A 5DEQA 2DU9A 2PMSA 4DNCA 2HEOA 3C32A 2EJRA 2D21A 4JSOA 1BIBA 3ABTA 2QQ9A 1FCKA 4YIIA 3IRRA 2BV6A 2G9WA 2F7CA 4GOTA 2AIXA 4XSXF 4M4GA 2REGA 4CZZA 1Z9CA 2XIGA 1QVSA 3LFKA 2V79A 2QS1A 3WE3A 2DWJA 3M8UA 4EJTA 4F3BA 2DVZA 4ENKA 3KP2A 2I3WA 5CMMA 5CLSA 1ZHFA 1FY7A 2NNYA 1Z7NE 5LRSA 3IL2A 2PYYA 1D3YA 1QQIA 3E3VA 2IPQX 4EJOA 4P55A 5KCJB 1B3GA 2H09A 5ICQA 1H0MA 5H8FA 5LBQA 1LFHA 4BHBA 2AS5F 1MPDA 4WWCA 1Z6RA 1OIBA 3O2AA 1HKTA 5TP9B 2G7UA 4IY5A 1B2HA 1R9LA 1WI9A 1GXQA 2LF7A 2QRYA 4QFLA 4F31B 2P7VB 4BLAA 3Q9SA 1OLCA 1YS7A 5DUIA 3GF2A 3F21A 3A3CA 5CRYA 4JXIA 3E6CC 3HSTA 5DD8A 3MZ9A 2A5YB 1J0RA 3K00A 1KQ9A 2WKYA 2XAFA 4WXDA 2PFBA 1FBUA 1O63A 1ZRDA 1OLAA 3KZZA 1MQIA 2DT5A 3A09A 3OXNA 3RPUA 3ODBA 3QP6A 5DCMA 3QPTA 1HSTA 2P6TA 1W7PD 3H3ZA 2VOOA 4TLMB 3ABUA 3K6UA 2QYOA 4GCVA 1IN8A 2HZLA 2V25A 5HOOA 4MQVA 2CMOA 4PGHA 1LEBA 2CWEA 4OXVA 1DTZA 4HYEA 2Q8JA 4HZFA 4JK1X 4P9FA 3ZMVA 2OLBA 3PPRA 1OYWA 1XDUA 3ECHA 4DQ2A 1B5IA 3Q27A 4X1DA 5J8CA 3LA2A 1MRPA 4Z7EA 4F3PA 3K6WA 4OTEA 2GQQA 4WX9A 2E0SA 2EA4A 4HQMA 2PI0A 1FP2A 3WU0A 4U4SA 3HRMA 1SD7A 2FYIA 3OOAA 2MA3A 3R6SA 3VVEA 1FTLA 4RYAA 2P5LC 2XHKA 3RN8A 4MNUA 1N04A 3H03A 1P1UA 3IWFA 3VEPA 2OZ6A 3CLOA 3CUOA 5I56A 1V4RA 5L3GA 1ZU0A 4GL8A 2F7BA 4IGTA 1S7OA 5DDGA 5DTBA 3RKYA 4K2EA 5HLGA 3RLFE 1TLHB 3FMRA 1P1WA 3RT8A 3ELKA 3KFWX 4LONB 5A2QZ 2DOJA 2Z5UA 5FLXZ 3F23A 4BDNA 1PB7A 3C7JA 1H76A 2ZXTA 3TO6A 2NYXA 2CSOA 3SZPA 1B4ZA 1BOAA 1HKQA 3OMBA 3OSRA 2KIUA 3P9CA 2HKXA 4TV7A 3GFMA 1Y3QA 3IO4A 2JPBA 2I3VA 4M9SA 1YCJA 3V8LA 4OFJA 4XTCQ 3M3LA 3S2WA 3KCCA 3MAMA 3ZQ7A 2ZXJA 1OYIA 3LSLA 4OZ9A 3GW2A 3FV2A 4YKPA 4YFKF 4LP2B 2VOPA 4EVIA 4U0VA 1KGSA 1M5DA 4KN4X 1FQBA 4KYWA 2DVCA 4R72A 5ICCA 4A0XA 1H43A 4ZEIA 4YIFA 3AAFA 3N6TA 3IORA 3QXMA 1O7TA 2PBIA 4O5VA 4H1XA 1J59A 1IUDA 4PFYA 2K27A 2E1SA 4QSCA 3WTUC 4DCXA 3J81Z 4AVPA 1OYYA 4KIGA 5D4SA 1N3WA 4DXUA 2RKMA 2R7FA 3VVDA 5AONA 2DSFA 3FXQA 4TQUQ 1SD3A 3TCGA 1OR7A 1XGMA 2MH9A 2UWMA 1AMFA 3VB2A 1QO0D 1ZRCA 2XXUA 4HW8A 1XCVA 4S05A 1US4A 4H67A 4EUOA 5FO5A 2QBYA 2F8DA 1QUKA 1J75A 2DW4A 5H8HA 5A2QK 1MXVA 2GXGA 5FLXK 1USTA 4YMAA 1UFMA 5E18F 2QWWA 4RPNA 2IA2A 3IB0A 2VD2A 1V3FA 2E1NA 3V83A 1BLFA 2ZJ2A 2ISZA 2ZCWA 1J7KA 3D0SA 3KP3A 3HCQA 3FM3A 2VBXA 4F18A 4LVQA 4FAJA 1Z7ME 2VC0A 1SMTA 5LEJA 3FGSA 1NH7A 1RKMA 5J8FA 2FOKA 1AOVA 2AYSA 1B9MA 4NEDA 3G3GA 3DPTA 3TTNA 3T0YA 3CUQB 4G7HF 3REOA 3E6MA 4GRKA 3PMVA 2QQBA 2CO5A 3OO8A 1VFDA 2O6AA 2Z8DA 3CFXA 2UVJA 4KCCA 3LAPA 4LJZF 2PG4A 3MEXA 5JFRA 2OBGA 1BTJA 1MM6A 1I1GA 4PDKA 1Z6TA 1ELJA 4BXUA 1T38A 5DVIA 3J81K 4AB5A 1MJBA 1JQFA 2DWIA 2XXXA 2QS4A 1BKAA 3JTHA 3IKVA 1ONVA 4ENMA 5I58A 1XDSA 5H8NB 2QUFA 1TQMA 4ESJA 1QW0A 4WXHA 4BHCA 3N26A 4RGXA 4ZZDA 5L9SA 1ON2A 5HVQC 5FD5A 2YU3A 1MG1A 3TGNA 1SFEA 4UUVA 4WEDA 1MM7A 1XS5A 2QS2A 1EV7A 2PQ8A 5E1ZB 4ZYEA 4N9HA 2PBWA 5FD6A 4ENJA 1FYMA 4NWCA 1MD0A 1TNTA 1UB9A 5HPQA 4YKIA 4A5NA 3C18A 3F8MA 2DE4A 3LSFB 3K1MA 4B8XA 2IJLA 4YKJA 4UNOA 1UTBA 2VD3A 5I57A 3L2CA 3IX1A 2VHAA 4O3CA 2B65A 5KDTB 3I53A 2HGCA 3FD3A 3LUYA 1BI0A 5LLQA 1P1OA 3FJ7A 2Q2AA 4R2FA 2Q2EA 3W9WA 4N0BA 1O3QA 3F6OA 3IRQA 2J5PA 2CFXA 5CC2A 3T9HB 3H3GA 3KN7A 1PP7U 3TTMA 2XXYA 5IT9Z 1XT8A 2G7HA 2QMWA 4R1HA 1MH3A 3RY3A 1DPRA 3L6HA 2XVCA 1XMKA 1FZPB 2BJJX 2K7LA 1G3TA 4BNCA 1Y4TA 5H8QA 2LAOA 3TKYA 1YPNA 2NUVA 2FA5A 2UXXA 3GZGA 2KRFA 1URSA 5JI6A 4M9ZA 2NVUB 3ZSFA 3FIRA 4PFUA 4QHQA 5LOMA 4X9TA 3C36A 5CJ9A 4KYSA 2COMA 2CYYA 4OWDA 4BDLA 4MFIA 3IOVA 2I6EA 4O3AA 1VFEA 1ZMGA 2Z22A 2NRAC 2I49A 4FE8A 2F6PA 4LG0A 5CBRA 2CW0F 1LAHE 2KJCA 3GFLA 1FTJA 3FXUA 2EFWA 3ZMUA 3K9TA 1IXIA 3E5XA 3TDZC 3SKPA 1M5FA 3J7AO 2F34A 4UACA 3K4UA 4QFOA 2H27A 1OVTA 1ZG1A 2XXPA 4P11A 3JW4A 2W25A 4Z2YA 1MXZA 1IN7A 2PMHA 1IXHA 5TJJA 2Q9TA 4HCYA 4YU0A 3Q28A 2ZMEA 4LK0F 1A7LA 4G8NA 3E3KA 2RQPA 4I01A 4G68C 5ILVA 4BQAA 1B4AA 2LF8A 4HQEA 3U92A 4OYVA 4YFXF 1OMPA 1B32A 1IXSB 1B1XA 1VSOA 1XSDA 5FHMA 4H0WA 5A5XA 3EHUA 3RDIA 4NF5B 3ZMTA 1R7JA 3GEZA 1MY3A 2RGVA 4GQOA 5IT9K 4U4XA 2PN6A 1BI2A 3FWEA 3R26A 1B7HA 2QQAA 1SFUA 3TQWA 1LVAA 4CICA 1MH4A 3FASA 5DEXB 1J5YA 1PC3A 3C4MA 5H20A 2OWSA 2IW5A 3KJ7A 2K02A 1LDJA 3E5QA 3PPQA 4HOBA 3TFLA 1JW5A 3I5UA 4ECFA 1MDMB 4ZH4F 4A5MA 1HW1A 3SFZA 4ZEBA 1ZLJA 1FYLA 4NF8B 1DSNA 1HSLA 1P92A 3Q25A 3MQ0A 4F39A 1GGGA 3WTTC 1QKBA 3U8QA 3T8RA 3ILTB 2W57A 5EYFA 2YX4A 4MLQA 2VBWA 3O28A 1M5BA 1C0WA 5ISUA 1R5GA 1IF1A 3LA7A 3VFZA 1SDXA 3ZMDA 4GLIA 1BBYA 1XSXA 1BN5A 4OEUA 2YX7A 5D5UB 4EJWA 1T39A 3KP5A 2V84A 5JK4A 2OCUA 3IO6A 1K7AA 3ZN0A 3UK4A 4ESBA 2O3FA 3KE2A 3EPEA 4GO1A 3UORA 2IRFG 1MPBA 2X4HA 2H9BA 1L0OC 3PD8A 2HZKA 2F5CA 1B52A 3KOSA 4IXAA 4ZE8A 3TCFA 4P5OA 4QFPA 4JWOA 2PT2A 3EYYA 2DYXA 4MEXF 2DAOA 2UXNA 4WCGA 4TLLB 4ELOA 5AA4B 5K5OA 4PP0A 3OSQA 4X1BA 1HSJA 2QLZA 3BJAA 1M5EA 4K3FA 1T2KA 4R9GA 4R73A 1D5VA 3IHUA 1B4HA 3TTLA 2ISYA 5BWJA 2IA0A 4H0EA 3F8NA 1SMYF 2VXZA 3WGHA 3L9FA 3GXAA 2FMYA 1I5ZA 1P4AA 3ZKKA 2HEUA 3U9GA 4R2BA 4N07A 1FQDA 4U1OA 5AE4A 4OMZA 3RTFB 4Q5SF 5D5WB 2MD5A 2I0BA 1EZPA 3T9UA 5D8KB 4G8MA 4P0GA 4M1VA 4BDMA 5AA3A 1DOTA 2YJPA 2ZYOA 4OFOA 3W9VA 4HLYA 3DV8A 2VE9A 1PB8A 3UGWA 5B7DA 2A07F 3HRUA 5KCJA 3M8FA 2HZTA 3F3XA 2KIMA 4KIBA 4KNYA 2K4JA 4U0WA 1XVYA 5TP9A 1P4XA 3LQRA 1LAFE 4LZ5A 3PQKA 4EJVA 1IQ7A 1U2WA 1O3RA 3ROUA 3CI8A 4Y17A 3B02A 4ZE9A 5BPIA 5D4RA 1TQPA 4HTGA 5LRRA 4S04A 4Q4ZF 5HM4B 3O29A 1F4KA 1YTVA 3WAFA 3VVFA 3S9MC 2VT3A 4Q48A 5I59B 1B9JA 3FVOA 4RK9A 4RB2C 2IA4A 2UYEA 1DDNA 3TTKA 2A5SA 3VLWA 4ZEDA 4KFQA 2FU4A 3IWZA 3T9XB 3UN6A 1EH6A 4OERA 4ETSA 5FTIA 1WWXA 1U5TB 5EEGA 1VTNC 5LHHA 3H6WA 4G4PA 3EQ1A 3T9VA 5TU0A 1EH8A 4IF4A 3R0JA 4HF2A 2O7UA 2GA1A 3TQNA 1F5TA 3K1PA 3K01A 3BKIB 1ZARA 4ZZAA 3FATA 1U78A 4ESXA 3MZ1A 4QF9A 4OINF 1FTOA 2PT1A 2V6CA 3KN3A 5KK1A 1UIVA 2L54A 3RNNA 2L3DA 3MVWA 4FX0A 1XC1A 3C34A 4ENNA 1MY2A 2A5TA 3PPNA 3PFIA 3F22A 3AXFA 4HV6A 3MZYA 2ZNTA 2UYFA 3DELB 5FFZA 3LSXA 1T0KA 1W5SA 1R00A 1B6HA 1BM9A 2NOOA 2K86A 3HRTA 1JEUA 3BBRA 4Y15A 4Q0CA 1R6ZA 2VBYA 3S9EA 3N94A 5AA2D 3GWZA 4JWXA 1JEVA 3DP4A 3DPLC 3C35A 4XKPA 1B5JA 2DE3A 1FOKA 1AL3A 2F5DA 2L4AA 4OENA 2NS0A 1SYIA 4G8HA 1TBXA 4RB3C 4G8XA 5HLHA 4EQBA 2HOEA 4UA8A 2ANJA 2VN2A 4UVBA 1UTHA 1N3XA 2DI3A 3LSTA 4IRIA 4KQPA 1J9IA 5EEHA 2ESHA 3MJNA 1X3UA 3GYHX 3DFGA 1RI7A 1O3SA 3MW0A 3U93A 2GXBA 4LB5A 4LATA 3WTWC 4PE5B 1B59A 3I54A 3RYRA 1DPEA 4F29A 2YPNA 3JTGA 2P2AA 2RC9A 3R60A 3BROA 4HAMA 1FBQA 1ZIUA 1VE4A 2Y75A 1TQIA 4FECA 1IXRC 2IVMA 3PGFA 2STWA 1PEBA 4ZEFA 1B0LA 2KLFA 2UVGA 2LSOA 3CSBA 3PV0E 4L0ZB 4GF8A 2A68F 2VP1A 2XRNA 4RA1A 3D4CA 2ZYKA 1TW3A 4G6QA 1SBPA 2M1BA 1FTKA 1MZBA 1F9NA 4RAZA 1U5TC 4OVJA 2R9JA 4LK1F 2M45A 3KZYA 3G73A 4A12A 2VE8A 3TO7A 4YICA 4F19A 4A6EA 4GWOA 3UP9A 2EFNA 3FMSA 5ICTA 4LMYA 3HSEA 4XXUA 3U1DA 1UIUA 2QPQA 3S9LC 1ULYA 3R61A 5H8FB 2AL4A 3KEOA 2Y84A 1B58A 3GFIA 3RKWA 1EZ9A 3EHSA 1GVCA 4FT8A 5K5RA 2LKPA 2D3IA 1TFDA 3I64A 4H5GA 1F1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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