3L21A

The crystal structure of a dimeric mutant of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis - dhdps-a204r
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
297
structure length
295
Chain Sequence
VGFDVAARLGTLLTAMVTPFSGDGSLDTATAARLANHLVDQGCDGLVVSGTTGESPTTTDGEKIELLRAVLEAVGDRARVIAGAGTYDTAHSIRLAKACAAEGAHGLLVVTPYYSKPPQRGLQAHFTAVADATELPMLLYDIPGRSAVPIEPDTIRALASHPNIVGVDAKADLHSGAQIMADTGLAYYSGDDALNLPWLRMGATGFISVIAHLAAGQLRELLSAFGSGDIATARKINIAVAPLNAMSRLGGVTLSKAGLRLQGIDVGDPRLPQVAATPEQIDALAADMRAASVLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title A dimeric mutant of DHDPS from Mycobacterium tuberculosis
rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 112
structure length 295
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2009-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3l21A00
4K39A 5KMYA 1W3NA 5LNUA 2ZCGA 3A5VA 5G4WA 4IPIA 3TJXA 4OU1A 4LY8A 2XFWA 2FLIA 2R8WA 3S8HA 1AG1O 2QUUA 2E6FA 2HMCA 5MHBA 1H7WA 5LHFA 1H7OA 5BMWA 1SPQA 3LXBA 3NNTA 5DY2A 3W2JA 1J4EA 1B4EA 1DHPA 3KVMA 6ALDA 2TMDA 4WZHA 2GVLA 1Q6OA 1TTPA 1QO5A 3QSRA 5DCBA 2UV8G 3W23A 3S0CA 4Q33A 1MXSA 4CQ9A 4HHPA 3E49A 3NO5A 4R7JA 4AVFA 2P0OA 4J9JA 5F2MA 1N55A 4MPQA 4XBKA 1XKYA 3W72A 3A22A 1BTMA 5FEWA 3RNDA 1WYIA 2YR1A 3U8GA 4E2BA 5K4XA 3M0ZA 3LLFA 3G24A 1OFAA 1JULA 1KM6A 1Z42A 3G1XA 1YPFA 3HOJA 2QUTA 3GDTA 3THQA 4UFLA 4RV8A 4UTIA 2Y7GA 2EGZA 3G1AA 3NPUA 1WV2A 2H3DA 3RFAA 4NX0A 1LOQA 4WXYA 4O0ZA 1K02A 3Q58A 1FCVA 1KV5A 3FJ6A 2GUUA 3W88A 2HS8A 4JTJA 1PVNA 1H62A 2CFFA 4WXZA 1YDNA 4BK9A 4AH7A 1LM1A 4ZQPA 2FIQA 4JY9A 2A6NA 3W73A 4LOCA 4M6VA 4AMAA 3BW2A 2TYSA 3BK0A 3NQCA 3P74A 3OHIA 4YL2A 3HF3A 3GXNA 2PRHA 4QAIA 1OFQA 4LRSA 3GNDA 2DU2A 1X1OA 1JCLA 4NUWA 3F03K 3TFCA 5F1UA 1I2RA 2WQPA 1VJIA 4MVAA 4IUOA 2FB3A 1O5KA 3OVRA 4UTJA 3PC0A 3OEXA 3GNNA 3EKLA 4JTUA 5D02A 3C2OA 3GKAA 3PBVA 2NX9A 2V30A 1S5VA 4FXSA 5KZEA 1OYAA 1G67A 3PUOA 3M1ZA 3MJYA 3W84A 5AHNA 5KINA 2J27A 3ZS4A 4UC5A 1V7YA 4CQAA 2ZYFA 3NL3A 3OG3A 2E5DA 3NZ1A 3NPVA 3BO9A 4O1BA 4PL2A 4UFMA 3I68A 3IV3A 2J6XA 2FB2A 4FNSA 3EWUA 1ALDA 1OJXA 3MHFA 1W3IA 3MYOA 5AHEA 4LS2A 3KAOA 4UFJA 3G0UA 1FDYA 1QWGA 3P8JA 2ZRUA 1TV8A 4BFAA 2ZZ2A 1UUMA 1RQHA 4L4MA 5AOUA 3S5OA 1A5CA 1A5AA 1W5QA 1W31A 3DFTA 2FFCA 3BLFA 2GVJA 3W7QA 3W7OA 3LOTA 1YTEA 1IGSA 4UMAA 4HIBA 2ISWA 4P61A 4ZL1A 2NXGA 2ZFAA 4X2RA 3CQ0A 4GBUA 5D32A 2FPTA 3RF9A 1XDMA 2RFGA 3SGUA 4GNJA 3H54A 3T4CA 2X1RA 3Q2DA 3W1XA 3ZWTA 3T55A 1A5BA 3GDRA 3H53A 4FX7A 1VS1A 2OMAA 3MHUA 3MI2A 3MO7A 1FDJA 3A5FA 3NEVA 1YPIA 4ZZ9A 3LTYA 3QMSA 5F2LA 3CPRA 3P82A 3L65A 1W5OA 1VQTA 5TBOA 1SFLA 5DXYA 4S2CA 1R46A 4ORIA 5DLCA 4CNOA 3FA5A 4M6QA 4EVZA 4O1DA 5IBXA 4UMCA 2RH9A 4Z0JA 3EX2A 3NQ6A 3QRHA 3CU2A 4LRTA 4O18A 1EP3A 3W7PA 3WK2A 5CZ0A 4DO6A 5BNKA 2TRSA 4NQ1A 2QDHA 3UWWA 1B4KA 3GIYA 3PBYA 1ZAIA 3G1FA 4UIOA 2XN1A 1DQWA 1YTDA 4KFPA 1GT8A 1DKWA 3IEBA 2CLKA 5LNVA 3O63A 1EPXA 3G22A 5AN7A 4MIMA 4ADTA 1B3OA 4WOZA 3UD6A 3TK7A 1TO3A 3P61A 1A5SA 1NVMA 2ZTJA 2DZPA 4ZMGA 2CLFA 1DJNA 3TE9A 3B0VC 3W71A 1SZGA 3LCGA 3C4UA 3DGRA 1UB3A 4CNPA 3IVUA 3IGSA 2B7OA 2R91A 1H61A 3KRZA 2ZRYA 1G7UA 2CZ5A 1QOPA 3WK3A 3W83A 1SO6A 3W2NA 2AQWA 1QMLA 2X1TA 4JXCA 3ZFHA 3N34A 4IPJA 3L0GA 1VGAA 5AB3A 4G1KA 1ZY9A 4Q4KA 4JX4A 3G0XA 3M5ZA 4IMGA 3GXPA 2QDGA 4ORMA 2PE4A 1TPWA 3IIPA 1MZHA 4BF9A 5FEXA 1V5XA 5TIMA 2V82A 4UNLA 3KRUA 4JICA 1NSJA 3BLEA 4O15A 3TROA 1W5MA 4N4QA 4DXVA 2VFFA 2E09A 5EA9A 4LVAA 1SSDA 2DP3A 4FEZA 1LCOA 1OX6A 1GVSA 1ICQA 3LHTA 3TNOA 5AC7A 2P10A 1QCWA 4KFOA 4UTHA 1JCNA 1PV8A 2V2DA 3LERA 3PB2A 2C13A 1I2OA 5IM51 1JVNA 1IXOA 4JTFA 4O50A 3W85A 1OYCA 3NGJA 1Q6LA 1KFEA 2BXVA 3W1TA 1CX9A 1TV7A 4RLIA 3L5AA 3UPWA 2VENA 1AMKA 3IRDA 4K37A 4D2JA 4UR7A 1Q6RA 2I14A 4PEKA 3W7GA 5SWUA 1K7FA 4Z1DA 1G4PA 3A23A 3RLVA 1EX5A 3TAKA 5CPMA 3M7WA 4UTWC 1OVDA 2E5CA 3G3DA 3O15A 1QAPA 1WQ5A 2NZLA 4A3UA 1TV5A 4IXXA 2VFIA 4O28A 3NL6A 1ZNNA 4O17A 3NQDA 3GX9A 4O1CA 3TA6A 3LHYA 1VCGA 2WSRA 3VKJA 1QR7A 4MJZA 1G69A 1Q6QA 1L6YA 1KFKA 3DENA 2C3ZA 4HPJA 3DFNA 3LCXA 1H50A 3TSDA 5AC8A 4RKAA 1LOLA 4JS3A 4JTEA 4LC6A 3M47A 3GK0A 4MZYA 5G1YA 5C55A 1JUKA 3M5VA 5KTLA 3MI3A 4JR5A 4IX2A 3FFSA 5FF4A 3W9ZA 5HNRA 1K8XA 4AAJA 5D2TA 1NF7A 1JCYA 1X1ZA 2FQIA 1W54A 4IMCA 2ZTKA 1K8ZA 1B9BA 4A29A 3JR2A 3QYQA 1KM3A 2KZHA 1TTJA 3JRKA 1EEPA 4NZJA 1UUOA 4EOUA 4HT3A 4UFIA 1M7OA 3C52A 5H2ZA 5C54A 1SW0A 4OWGA 5I3GA 1LDCA 4LVBA 1TREA 2CWNA 3EXRA 1HG3A 1FQ0A 4O4VA 4C1LA 2RDUA 1W8SA 4KWVA 2J9YA 5CPNA 3PS7A 4ZQNA 2X30A 3UXAA 2DJXA 2Y89A 3QC3A 4NXSA 3BV4A 4LTSA 3P80A 2OT0A 1U5JA 4UTTC 2Z6IA 3R89A 4M19A 1KM4A 4A2RA 5AC6A 2ALDA 2Q3RA 3QMRA 1KLYA 1EUAA 1PCWA 3QZEA 1ZAHA 1JQXA 4M6PA 1S3HA 1G7VA 2A21A 1RV8A 1Z44A 2WSYA 1GVOA 4UXDA 2QF7A 3NAVA 2NV1A 2CU0A 4JX5A 3W86A 2X2GA 1KM1A 4PTNA 5AYZA 2H8ZA 4C1KA 1TTIA 1GEQA 1LBMA 3KX6A 3LCHA 5D33A 1GVRA 5CKSA 1MEIA 2ZZ6A 1GZGA 3PY2A 2EKCA 3EWZA 2QEZA 5LHEA 3TMQA 2RKXA 1AW1A 1XUZA 3MBFA 3NL5A 3DHFA 5HWNA 3S9YA 5HWJA 3KRSA 4PFMA 3UWVA 1N8FA 1JUBA 3UXDA 2C19A 3GDLA 1SW7A 2GOUA 3OIXA 3MI6A 1M6JA 4N2YA 4AB4A 2WPBA 4QIUA 3EKZA 4XUGA 4XTIA 2RDTA 5C6MA 2QKFA 4NJHA 1MSSA 5DY3A 3S5NA 3O8AA 4MYXA 4LC8A 1I2PA 2CZEA 1WX0A 4QM1A 5I3FA 1THFD 5G5IA 3W87A 2EHHA 1TB3A 3DHDA 1VYSX 4MKNA 3TH6A 3B8DA 3O05A 3TV8A 2DZWA 2G95A 3TAOA 3WJZA 4E38A 2YCEA 1KTBA 7TIMA 4DEFA 1LROA 1SZEA 5EBUA 4ZQOA 3N14A 5F4SA 4JTIA 2ZRZA 5TQLA 2V5LA 2C1HA 1L2UA 4S1FA 3BVJA 3L21A 4W9TA 4DO5A 3DZ1A 1WXJA 5BRBA 2PRMA 3PF3A 4NX5A 3LCWA 3PM6A 4WX2A 1FUYA 4DQWA 2ZRVA 3LHUA 2ZDRA 3L68A 4AHPA 1H7PA 1O60A 2GVGA 5BOOA 4O53A 4O12A 1VLIA 2YGYA 3LTPA 1BKSA 1GYLA 3QQ0A 1T99A 1SO5A 3I6RA 4BWLA 4DELA 5LGZA 2CZFA 3GB6A 2QAFA 3NQVA 2GPTA 4JNMA 3KVKA 1KFBA 2BLEA 4K38A 1G4SA 2Z0IA 1U83A 3ABRA 3HG2A 3NQMA 2ZRWA 1FX6A 1KM5A 4LV9A 3NOEA 1H60A 3ZWSA 3S1VA 3PUDA 3CEPA 3DXIA 1C8VA 1DQXA 1YXDA 3M5XA 1ICSA 4IMEA 2HSAA 4HNVA 2A2IA 3QEZA 5KITA 4K7YA 3VCRA 3UZJA 1FCUA 5HULA 3B06A 4O4WA 2P1FA 3N2MA 3O06A 1TPFA 3S5ZA 3MUXA 4K36A 4TX9A 1L9WA 1H7RA 2DZXA 5U4NA 4JTTA 5AFDA 4FX8A 5D2WA 5FF7A 2C0AA 4PC8A 5DELA 1NEYA 2DZSA 1NAL1 2VFDA 3W7DA 3W7EA 3S1UA 1IXNA 1W3TA 1K8YA 5I3IA 4NZFA 3IIOA 4N9EA 2WV8A 4MY9A 2BX7A 5G2HA 1FWSA 3W7RA 1F5ZA 4BI6A 2Y7EA 4TU1A 1RVGA 4HNUA 1R2RA 3FS2A 3KOFA 5F2IA 3VNDA 2NX3A 2B0MA 1LZOA 4NJKA 3L0NA 4IJBA 5G2IA 4JTLA 2ZA3A 1ICPA 4OGZA 4A21A 3G3MA 1ZENA 4JTGA 3EWWA 3W2UA 1H63A 4RR4A 3M9YA 3ANYA 5J5DA 1X6UA 1GQNA 1FY6A 1XXXA 1ZJIA 3TW7A 4UFKA 1RD5A 2PCQA 4JTKA 3TIMA 3SW6A 4WUIA 3QPYA 2QCDB 2FDSA 4R53A 3P5YA 1LYXA 2JGYA 3HB9A 3QQ1A 4K8HA 3SIZA 1H5YA 3P84A 3TCEA 8TIMA 4X3ZA 2WNQA 5LZLA 5G2WA 2QCDA 1EWDA 1SUXA 2V9DA 2V0TA 3V1PA 4AF0B 4X22A 2VFGA 1JQVA 4XWUA 3R8RA 4POCA 1F05A 1SW3A 4FHAA 4GUGA 2WOQA 4WD0A 5K2ZA 4AF0A 1EP1A 3LX9A 2ZZ7A 1XBVA 2QJGA 5EMUA 3M43A 3K30A 1EB3A 3PSWA 2BTMA 5BW6A 1LBFA 1SSGA 3TQVA 1W1ZA 5LNRA 5AYXA 1PHWA 2CLEA 4NU7A 2QUVA 3P62A 3LI1A 5LGXA 1ZHAA 3O1NA 1BWLA 4FNQA 3U6WA 3C0JA 1EWEA 5CSRA 1DJQA 3TU9A 1AL7A 5D2YA 1R30A 5HWMA 3HJZA 4I9AA 4I7WA 3I7SA 4UR8A 4LUJA 1S5TA 4FO4A 1ML1A 1OYBA 1YXYA 3IIXA 2HS6A 3C56A 1TSIA 3M41A 4B5NA 3SSJA 4FNUA 3BG5A 1TQXA 1GG1A 3UNDA 1RQEA 3GXTA 3QW3A 4K6AA 1K03A 2ZRXA 1FBAA 5LNWA 2CLHA 3W7NA 1PS9A 4DPPA 2PC4A 3L5MA 3P60A 3OVPA 3L9CA 3CWOX 4UMBA 3DFPA 3EWYA 4HKPA 3DFQA 5EKYA 3WJSA 5L9FA 3LI0A 2Z1BA 3CEUA 5DCEA 3EXTA 1R2SA 4JX6A 5CZJA 1I2NA 4IWWA 3LCFA 5CGQA 5DCDA 3GKFA 4IMFA 5K9DA 2QJHA 1M7PA 4ZQCA 1DORA 2VFHA 2VC6A 2YFNA 2YW4A 4LVDA 1H7NA 1NFBA 3W2LA 3E96A 3QSTA 1EA0A 5FF3A 2YFOA 3SI9A 4UFHA 4BI5A 1MEHA 1LTDA 4M7TA 3B4UA 3P8IA 1H1ZA 1TIMA 4CNNA 2YW3A 3LTSA 1LRTA 2NXHA 1UCWA 3TFXA 2BZNA 3LCLA 1JCXA 1SZNA 3EWXA 3THAA 4O14A 3NZRA 4JYFA 4MY1A 1KLZA 2Y7FA 3SJ3A 3MYPA 4OT7A 4Z1AA 2V2HA 3TQ0A 2J9XA 1W56A 3SR7A 3O6CA 1F76A 4N9DA 4H6KA 4DO4A 1CW2A 4ZQMA 1KA9F 4NJJA 1EIXA 1CI1A 2YZRA 3CTLA 2I1OA 3W7MA 4UTUA 1J2WA 1ZFJA 3OVQA 1ME9A 3UYCA 3FLUA 3LHWA 2FJKA 3FYOA 2VEPA 1HL2A 3C2RA 5L6UA 3MW7A 3LHZA 2NUXA 3HQ1A 3NQFA 2NV2A 3NPWA 1RPXA 3BG9A 3DI0A 3C2VA 1WDWA 4FNTA 1OFDA 3C2EA 1FCBA 1TPH1 2YDAA 1Y0EA 3E0IA 3BG3A 3WJWA 3ELFA 4U28A 4XQ6A 4O8RA 4CCEA 1O4UA 3IVTA 3A24A 3G1SA 5D09A 3LCIA 5FEPA 3L5LA 3W70A 4DF0A 3S6DA 1LORA 4NVTA 3BARA 3HG3A 3SZ8A 3BLIA 3FIGA 1WAUA 3GYEA 1DVJA 3C8FA 3CB8A 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 2GJL A;  1ZAL A;  2V81 A;  3LB0 A;  2QJI A;  4FIQ A;  2NXI A;  4R34 A;  4EWN D;  4Z1C A;  4WY0 A;  1BWK A;  3GR8 A;  5EYW A;  2W0U A;  1JRB A;  3ATZ A;  1KM2 A;  1PCK A;  5CPO A;  4HN4 A;  3DH7 A;  3NG3 A;  3DKJ A;  3F4N A;  3NXF A;  1QPN A;  3PVF A;  4GUI A;  3NPX A;  3KXQ A;  3W1U A;  3W1A A;  1OX4 B;  1YLV A;  3NDO A;  2FTP A;  2VEI A;  3W1N A;  3WJX A;  1OX4 A;  4GFS A;  2VEM A;  2ZA1 A;  2YYU A;  3HO8 A;  1FXQ A;  1AL8 A;  3LXA A;  3G18 A;  5FF0 A;  2JKE A;  4QNE A;  3N19 B;  3UWQ A;  3B0P A;  3QPZ A;  4A2S A;  1XUU A;  3KFT A;  3FYP A;  4N9B A;  1KBI A;  5A8G A;  1WA3 A;  3TSM A;  1K3U A;  5E1Q A;  3C3N A;  3QW4 B;  2YXG A;  2Q3O A;  3G0S A;  3HBL A;  4LUI A;  5D03 A;  4ADU A;  4EF8 A;  3N2X A;  4Y90 A;  2H3B A;  3O6D A;  4WQ6 A;  4E0C A;  4MUZ A;  1L6S A;  4ML9 A;  5KZD A;  4AWU A;  1TTQ A;  1X7F A;  3C6C A;  2E5B A;  1RR2 A;  2ISV A;  3T78 A;  3CC1 A;  4LS1 A;  2YPI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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