3L3VA

Structure of hiv-1 integrase core domain in complex with sucrose
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords POL polyprotein
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3vA00
2OYQA 1TK0A 3ZT2A 1C1CA 3ZT3A 3LWLA 3OJSA 4AHUA 4FJ9A 4ICLA 4CHOA 4KFBA 3SQ4A 1LAVA 1RCHA 1ASVA 2VG6A 1LW0A 4KV8A 4RG8A 1VSMA 5J2QA 3TAPA 4FJXA 3KLIA 4B8CA 1K6YA 4KHWA 3SUPA 4CJLA 3I0SA 1KSPA 1TAUA 2O4GA 1DLOA 2ATQA 2F96A 1U04A 2VWJA 1TAQA 4PY5A 1C1BA 1JLEA 4CHPA 1ZBUA 3AV9A 3AO5A 4NCBA 3KTQA 4DF4A 4CJ3A 1R0AA 1NOZA 1WLJA 5HRNA 2KQ2A 1LWFA 4XIUA 1NJYA 4FK4A 1Z25A 1W0HA 3ISNC 1UOCA 3HL8A 1S9GA 3L3VA 1S9EA 4KKOA 4QAGA 5KI6A 1IO2A 1NKBA 4NCAA 3LZJA 4AH9A 3AVCA 4CGJA 3K58A 3KD5E 2KW4A 3IRXA 1RT7A 1NJZA 2G8FA 3VQ8A 4Z4GA 3H08A 1S5JA 1VK0A 1WSGA 1YVUA 4ID5A 4CFBA 4CJWA 4R5PA 3OYLA 1EETA 4F8RA 4FW2A 2Y1IA 3ZT4A 1SKSA 1RBTA 1X1PA 3QESA 3TAEA 4FVMA 3TWHA 5J2MA 1XHXA 4RW6A 3AA5X 1RTDA 2OPSA 3MXJA 2HHSA 3ZSZA 3KD1E 4M3UA 2A1SA 2GBZA 2EHGA 2VG5A 4O4GA 4KHNA 2DY4A 1L3UA 3OYNA 4ELUA 5KGWA 4CFAA 2HHVA 4EZ9A 4IFYA 4CGGA 4KHUA 2ZE2A 3L3UA 3S9HA 3KK1A 3TANA 4CJQA 2F8TA 3MXIA 5DMRA 4CF0A 2X6NA 2XY8A 1NOYA 1BL3A 3DYAA 3NE6A 4DQIA 4DQPA 3IAYA 4DSKA 1S1XA 3RWUA 4KTWA 1VSJA 3DM2A 4CECA 2HMIA 3RMBA 4HCCA 1HYSA 1SKWA 1LW2A 3HVTA 4KB0A 3O3FA 3EY1A 2KTQA 4CJTA 1ZBHA 3QEXA 5CY4A 1HRHA 2XY7A 4CEFA 1RTIA 1KFSA 1JLCA 4AHTA 3PX0A 3RMCA 1FXXA 1HQUA 4F2SA 3M8RA 1TL1A 3MXMA 1XI1A 1IKYA 3G0ZA 4CK2A 1MU2A 1TKTA 4DFKA 3CM5A 5FRNA 3OS2A 1BIZA 4H4MA 4PQUA 3L8BA 3CM6A 3VQ7A 5FRMA 1EX4A 3RMDA 2EX3A 4LY7A 3ZSRA 3LP1A 1J5OA 4H8KA 2YNFA 3AO4A 3QINA 4CHZA 2HHTA 3LPTA 4HCBA 4C8NA 2NUBA 3MECA 3QNOA 2Y1JA 3NH1A 1NJWA 5C42A 1IKXA 3K5MA 3AVAA 1QTMA 3U6FA 3TAQA 2OA8A 1JXBA 3AVGA 4W5RA 2HHQA 2B6AA 4DQRA 2WOMA 1WSHA 3CFPA 5HP1A 2KZZA 3RR7A 1YTUA 1JLBA 3SQ2A 1QSLA 4CJEA 1WSJA 4O0IA 1QQCA 3LP0A 3OYIA 2IAJA 4E7LA 1JKHA 2PYJA 4FJLA 3VA0A 4DSIA 4PA1A 3ZSYA 2E6LA 1VSIA 3V9UA 4FZYA 4J2BA 2YHBA 1RT3A 5CZ1A 3QEPA 1NKEA 1C1AA 3C6UA 4BWJA 1C6VA 3KLGA 4DU1A 5K14A 4DTRA 1D5AA 2GUIA 5DK5A 3JYTA 2HHWA 1TKDA 4B8AB 3OYHA 4FK2A 4Z4CA 3L2VA 5CYMA 5KRTA 1TK5A 1N5YA 1UA1A 3HPHA 4FM1A 4IKFA 3K5OA 4FJ5A 3WNHA 3P5JA 4DMNA 4OPJA 3AVBA 1D8YA 4M3TA 2G8IA 2WONA 4CGFA 4BWMA 2YNGA 3O4NA 1SV5A 3OVNA 3S3NA 4Y1CA 4FZZA 1X9WA 1VSLA 4DSLA 3NCIA 1IKWA 4Q5VA 1HYZA 3HVRA 1UA0A 3AVLA 1ZBLA 4FJIA 3QO9A 4CEBA 1ZBIA 3L2WA 3DLRA 1NK9A 4OKEA 1A5WA 1Y97A 4J2EA 3E01A 3AO1A 3L2QA 3DLBA 4F4KA 4M45A 3KLEA 3AVMA 2A1RA 4KI6A 3JSMA 4C8MA 1WSIA 1EXQA 3DLEA 4FJ8A 4RW8A 4CHYA 3OYBA 2PY5A 2IS3A 3VQEA 3OS0A 1VSDA 1IH7A 4UQGA 1FKPA 3SYZA 1WSFA 3DLKA 3HSTB 3ZT1A 1NK6A 4FLXA 4DTJA 2E6MA 3AVJA 4EZ6A 2DFFA 4CJ5A 1QHTA 3OY9A 4KO0A 3PO5A 1C0UA 4QOZB 4FXDA 4FLZA 3TI0A 1FK9A 4CEAA 2XRIA 4ELVA 1S1TA 3AVFA 1N6QA 4OJRA 3AA3A 3VQPA 3HM9A 4DU3A 4DF8A 2OZSA 4JLHA 3QETA 3QEIA 2G8VA 2HVIA 1WNSA 4O0JA 3SNNA 3VA3A 4FJJA 3SPZA 2P51A 1J9AA 4OGCA 3HP6A 3V1OA 3B6OA 3HT3A 3SV3A 1QSYA 3RRGA 4M3XA 4CJPA 3OYCA 3NF8A 1C0MA 3OYJA 4OGEA 5JS1A 1JLFA 2P1JA 4CF2A 4CEOA 3G10A 2DFHA 4FCYA 3SZ2A 3S3MA 3NGIA 1CZBA 3DOLA 2R7YA 4AILC 4J2DA 1S6PA 2I5JA 3ULDA 3AA2A 2XO7A 4YFUA 4ID1A 4YNQA 1BISA 4DU4A 3K57A 3HJFA 4CJFA 3OYAA 2X74A 1JL2A 3IS9A 4G1QA 4CEEA 3AVHA 4AHCA 2VG7A 1NK5A 4DFPA 3I0RA 3TAFA 2Z1JA 1KTQA 1WSEA 2G8WA 1L5UA 4CK3A 3HPGA 1C0TA 5E41A 1F21A 1GOBA 4TSXA 3ZSXA 4C8LA 2D0AA 4K8XA 1JLGA 2OPPA 1S1VA 4WE1A 3OJUA 4M3ZA 1RDCA 4I2PA 1JL1A 3NAEA 1L3VA 1W9HA 3AVNA 3FFIA 4DFMA 3ZSWA 4DS5A 4JRPA 4CCHA 1SKRA 3VQ4A 2YV0X 2FC0A 2E4LA 3NH0A 2O4IA 1BQMA 1RNHA 1B9DA 5CYQA 3AO2A 1REVA 2BGGA 2RPIA 4NYFA 3MEDA 4Z4EA 2LSNA 3D45A 3VQ6A 1D9FA 3SUOA 4ZTFA 3K5LA 3ZSOA 1HJRA 4HVJA 4OPKA 4DQSA 3T1AA 2FBXA 1HPZA 5J2NA 1KLNA 1CZ9A 1NK8A 2BDPA 3LALA 2D0BA 2HHUA 4E1MA 3SUNA 2OZMA 4CIEA 1UWBA 4FLTA 4N47A 3MAQA 2YNHA 1BHLA 3QEWA 1SL1A 3M8QA 4FK0A 1CXUA 5T7BA 1KCFA 3NGZA 1RT6A 1RBSA 4KREA 3AVIA 1RTJA 4CFCA 4I7FA 4IFVA 3NH2A 1RT2A 2G8KA 2X78A 1S1UA 1RBVA 4HTUA 4DSFA 3L2UA 2BANA 3EYZA 3LPUA 3PO4A 4FJGA 4ZHRA 4CIGA 1RBRA 1ZYQA 2HHXA 3VQCA 1Q8IA 4EP4A 2FBTA 3ASMA 3CFOA 4Z0UA 2Z1GA 4O5BA 4CF9A 1X9SA 4N41A 5J1EA 4E7KA 3LAKA 1ITGA 1KLMA 5SWMA 3LANA 5I42A 1TKXA 1VSEA 3OYMA 4KTQA 1KVCA 4J2AA 2GV9A 3PUFA 4DLEA 3HO1A 4E89A 3LDSA 4CF8A 3LP2A 4DSEA 4CE9A 4MFBA 3TAGA 1VSFA 2ITGA 3DI6A 4CF1A 4CEQA 2YKNA 5HRRA 3NDKA 1D9DA 4M3YA 1VRUA 3OYFA 3NFAA 3LWMA 3DRSA 4IBNA 4M42A 3NBPA 4Z4IA 1Q9XA 1J54A 3ZT0A 2BE2A 3BGRA 3TABA 4EP5A 3AA4A 4H4OA 1U45A 2QKKA 4OLAA 4LH4A 4DLGA 4CJKA 2RN2A 3PY8A 3KKSA 4IG3A 1RILA 3V9ZA 2AJQA 3V81A 1B92A 2Q3SA 1KVAA 3SV4A 3VQ9A 3O4QA 4B08A 4DTOA 3VQAA 1CXQA 2Z1HA 4LSNA 4M3RA 1UAXA 3ZCMA 3SI6A 1QS4A 3NGYA 1CLQA 4LH5A 5JS2A 4JS5A 1EKEA 1TGOA 2B5JA 2ZQBA 3KIOA 3PV8A 1NK7A 4W5OA 4JRQA 2W42A 1X9MA 4L8RB 4BDYA 3NF9A 3SPYA 1HMVA 1T7PA 3MEEA 4M41A 2DFEA 1VRTA 5EU7A 4K8ZA 4FJNA 2JGUA 3HXMA 3LP3A 3CFRA 4HUEA 3KJVA 4HUGA 3PX4A 1IG9A 1JLQA 4B9VA 3EZ5A 1RTHA 3NF7A 1RT1A 3SQ0A 1Q9YA 1RT4A 2HNZA 4CESA 3THVA 4M3WA 3VQBA 3V1QA 3RTVA 3NF6A 2IGIA 4GVMA 4KAZA 4CGHA 1WAFA 3I8DA 4FLYA 3PX6A 1XC9A 3ZSQA 1SL0A 3QERA 3WNEA 2HNYA 4B9UA 3CG7A 2D0CA 2Z1IA 5C24A 1DTQA 1TL3A 4FJHA 1O1WA 4BACA 4O55A 3QNNA 4Y1DA 3UIQA 2YKMA 3VQQA 1RDAA 4CIFA 4O44A 3SUQA 3QIPA 4I9LA 3OYKA 5J2PA 3C95A 3V1RA 4E7JA 1SL2A 4DTSA 1L3TA 3KK2A 3A2FA 1WN7A 2IOCA 5SZTA 2QXFA 3K5NA 4BE1A 1RT5A 3CYMA 1HQEA 3OYEA 2G8UA 4BDPA 4I9QA 1FKOA 3KLFA 1QE1A 3OYDA 3OS1A 4KB1A 3QEVA 3DLHA 4B3OA 4BDZA 1GOCA 5C25A 3KLHA 4KRFA 4W5QA 4KPYA 1NK0A 4FYDA 5HRPA 4DS4A 2VWKA 5KTQA 4AHSA 3RRHA 2P5OA 2RF2A 2PYLA 3V9XA 4KHYA 4CJVA 4GMJB 3QLHA 4HHTA 1U48A 4KI4A 2OPRA 4W5NA 4DFJA 2HNDA 3P83D 2QKBA 4BE0A 4FJKA 1I39A 3SCXA 1BI4B 4DSJA 1NJXA 1HYVA 3V6DA 4CEDA 3BDPA 4CJRA 4DQQA 1BCOA 1TKZA 4NYNA 5HLFA 1RDDA 4IG0A 4B9TA 2FBVA 3RMAA 4FLWA 4FLVA 1I3AA 1DTTA 3SQ1A 3O3HA 4JS4A 4LD0A 1T8EA 4B9SA 4B9MA 4FJMA 4DTXA 1RBUA 3TAMA 1XHZA 1J53A 1WAJA 2X6SA 3HPOA 1VSKA 3VQDA 4KTZA 4F3TA 5FROA 5KRSA 4Q0BA 4C8OA 3C94A 1U4BA 3HK2A 1BIUA 3ZSVA 4ELTA 1IKVA 4N76A 4CJUA 3M8PA 1Z26A 4E19A 4FM2A 2OPQA 3IG1A 3OYGA 1KFDA 2B4JA 4E1NA 4PUOA 2YHAA 4MQ3A 1A5XA 4OKJA 1TVRA 4CHQA 5HROA 1S1WA 3C6TA 3DRRA 4FJ7A 3AVKA 1ZBFA 2HW3A 1GOAA 4CERA 4C8KA 5HRSA 5D3GA 5CZ2A 4F3OA 3MEGA 1T05A 3LZIA 4DTPA 1YTAA 4OLBA 3CQ8A 4CGIA 4W5TA 4N5SA 3VN5A 2IDOA 2JLEA 3F9KA 4PWDA 1TK8A 3T3FA 1NKCA 3ALYA 3WNGA 4Z4FA 4NCGA 1ASWA 4AHRA 1NK4A 2KFNA 1BI4A 4B9NA 1U49A 1S6QA 1SUQA 4OVLA 4KHSA 2DTUA 1U47A 2HVHA 2YNIA 2PZSA 1EP4A 3HP9A 4E7HA 3T19A 3S3OA 3KKRA 3AO3A 4IDKA 5HBMA 4OKKA 2G8HA 3LAMA 2IC3A 3QIOA 4CGDA 1A5VA 3DOKA 2XHBA 3K59A 4ZTJA 4B9LA 4DG1A 4DTUA 3V4IA 2XY6A 3KK3A 1KVBA 2QK9A 4F2RA 5I3UA 3V9WA 3U3GA 1G15A 3B6PA 3F73A 5FDLA 4FW1A 1HNIA 1BGXT 1BQNA 1YT3A 2ETJA 3ITHA 3VQ5A 4DTNA 3RR8A 5KGXA 3M8SA 3P1GA 1QSSA 1BCMA 1LWCA 4GW6A 4HUFA 4DWIA 3NHGA 3D0PA 3HYFA 2KZMA 1TV6A 3DLGA 1LAWA 1JXEA 3U3YA 2KFZA 4AHVA 2HB5A 1B9FA 4RW9A 4LSLA 4N56A 1T03A 4BE2A 1KRPA 2F8SA 3TR8A 4FZXC 4E3SA 3TARA 3DMJA 4RW7A 3L2RA 1RDBA 1XWLA 2XY5A 2ZD1A 4KHQA 4RW4A 4FLUA 1VSHA 2RKIA 3WNFA 4E7IA 4Z4HA 3DRPA 3SJJA 4QCLA 2D5RA 1HNVA 1LWEA 4CK1A 4FM0A 1JLAA 4I2QA 4CEZA 4CFDA 4CHNA 3O3GA 4DTMA 2P5GA 1L3SA 3K2PA 2FBYA 4E0DA 3V9SA 1ASUA 4CJSA 1LV5A 4CJ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT3A 4ICLA 5GINA 4FK4A 4KFBA 4K8XA 1LAVA 5J2QA 2VG6A 4KHWA 4FJXA 1HLUA 3BEXA 1V4TA 3SUPA 3MDQA 1N8RO 1DLOA 4DCHA 1TAQA 1ZBUA 2WUSA 3AO5A 3AV9A 3F2KA 1HPMA 2Q97A 3L3VA 4QAGA 4NCAA 2QI2A 4KKOA 1JCFA 1ZBSA 4CGJA 3KD5E 2G8FA 3VQ8A 4Z4GA 3H08A 1QHAA 3VF4A 4AM7A 2ZJRL 1X1PA 3QESA 5J2MA 3OW2M 4RW6A 1HKGA 3N4QA 3U4LA 3VEOA 2UU9K 4KHNA 1NGGA 3OYNA 1YIJN 1WB9A 4CFAA 4CGGA 2ZE2A 1MWKA 3J7AP 4IOCL 1NGJA 3TANA 1BDGA 3CQXA 2XY8A 1VQ5N 2E5LK 1ATNA 1YF5L 2PFUA 5GIOA 4DSKA 4JKGB 2FSKA 1OH8A 1VSJA 3RMBA 1LW2A 3HVTA 4NLCA 5AQQA 3PX0A 1RDWX 3RMCA 4WFNL 3T1YK 4X62K 1IKYA 2ZF5O 3EEQA 4EFHA 5FRNA 3DXKB 4H4MA 5FRMA 2NRZA 4H8KA 3AO4A 4CHZA 2HHTA 3LPTA 4JKEA 3MECA 5C42A 3O8MA 3U6FA 3AVGA 2WOMA 5HP1A 3CFPA 2KZZA 3CCSN 3D2FA 1YTUA 1JLBA 4CJEA 3DXMB 1QQCA 3OYIA 4DR5K 2IAJA 1XMOK 2PYJA 4B1WB 2O8FA 4FZYA 2YHBA 4DR6K 1NKEA 3C6UA 4QS7A 3ENHA 3KLGA 5K14A 4MO4A 4DTRA 5FLXO 3VENA 3RSEA 5CYMA 4OO1J 2V52B 3R3LA 2GTDA 1VHXA 1YUWA 3IUCA 3P5JA 4IJNA 4OPJA 5JVGL 4M3TA 4BWMA 2YNGA 1IG8A 3H3NO 1X9WA 5E26A 3KZBA 3NCIA 2ZGYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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