3LA4A

Crystal structure of the first plant urease from jack bean (canavalia ensiformis)
Total Genus 285
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
285
sequence length
840
structure length
833
Chain Sequence
MKLSPREVEKLGLHNAGYLAQKRLARGVRLNYTEAVALIASQIMEYARDGEKTVAQLMLGQHLLGRRQVLPAVPHLLNAVQVEATFPDGTKLVTVHDPISRENGELQEALFGSLLPVPSLDKFAEDNRIPGEILCEDECLTLNIGRKAVILKVTSKGDRPIQVGSHYHFIEVNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGTAVRFEPGDKSVTLVSIEGNKVIRGGNAIADGPVNETNLEAAMHAVRSKGFGHEEEKDASEGFTKEDPNCPFNTFIHRKEYANKYGPTTGDKIRLGDTNLLAEIEKDYALYGDECVFGGGKVIRDGMGQSCGHPPAISLDTVITNAVIIDYTGIIKADIGIKDGLIASIGKAGNPDIMNGVFSNMIIGANTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAISSGITTLVGGGTGPAAGTRATTCTPSPTQMRLMLQSTDDLPLNFGFTGKGSSSKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGSTPAAIDNCLTIAEHHDIQINIHTDTLNEAGFVEHSIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGIKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHLDMLMVHHLDREIPEDLAFAHSRIRKKTIAAEDVLNDIGAISIISSDSQAMGRVGEVISRTWQTADKMKAQTGPLKCDSSDNDNFRIRRYIAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGTKPEMVIKGGMVAWADIGDPNASIPTPEPVKMRPMYGTLGKAGGALSIAFVSKAALDQRVNVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPEITVDPESYTVKADGKLLCVSEATTVPLSRNYFLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Urease
publication title Crystal structure of the first plant urease from jack bean: 83 years of journey from its first crystal to molecular structure
pubmed doi rcsb
total genus 285
structure length 833
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2010-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
A PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
A PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
A PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
A PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 3la4A03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3la4A02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3la4A04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 3la4A01
3GU9A 4NI8A 3EWCA 1XRTA 1KRBA 4RDYA 5HMEA 3A3WA 4FURA 3OJGA 3F2CA 4D8LA 1K70A 3T81A 2E25A 4RDVA 4WHBA 1NDWA 3URNA 5FSEB 1FWAB 4EPDA 1RAKA 4H01A 4JOMA 2Z4GA 4EPBA 1M7JA 4CEUC 3MVIA 3PNZA 5G4HC 4CEXB 1FWHC 2GOKA 1EJXA 4HK6A 3ICJA 3O7UA 3RHGA 1EJSA 1O5RA 4IFRA 4C6EA 2GWGA 1ITQA 4C6QA 2QPXA 4ERIA 3S2LA 4B3ZA 2OOFA 1FWIC 1A5KB 4IFOA 1E9YB 3AU2A 1UBPB 4QSFA 2HBXA 4G7EA 4KEUA 1KRAA 4UBPA 3QGAA 2HNHA 1RK6A 2I5GA 4LCQA 1A5OA 1FKXA 4C6PA 1POJA 3MJMA 4XD4A 1ADDA 4DIAA 4R7WA 2VUNA 4AQLA 2YB4A 3UBPA 4KEZA 4J35A 4LAMA 1PB0A 4IF2A 1XGEA 1KCXA 3CAKA 4KIRA 4PBFA 2UBPB 4TQTA 3QGAC 4C6KA 2PGRA 1A5OC 3LY0A 1K6WA 3LNPA 1KRCC 1RJQA 1QXLA 3T1GA 3IV8A 4LAOA 3OU8A 4LH8A 1RJRA 4L9XA 1M65A 3LGDA 1FWFC 5CH9A 3E74A 1ONXA 4C5YA 3OVGA 2Q09A 1XRFA 1A5LA 4EP8A 3T8LA 3IJ6A 2PAJA 4XAGA 1FWAA 4GX8A 3MKVA 4GC3A 1EF2A 3URBA 5G4HB 2FVHA 4KESA 1FWHB 4ERGA 4V1XA 2OGJA 2VC7A 4AC7A 4CEXA 3RN6A 3UR2A 3QGKC 5FSDA 1EJVB 2WJDA 4IH3A 4Z42A 3DCPA 1EJUC 4UB9A 3GTFA 4XD6A 2EG8A 1BF6A 3PANA 2R1LA 1EF2C 1FWIB 1S3TA 1FKWA 1YIXA 3A3XA 1FWBC 1UBPA 1VFLA 2VM8A 2UZ9A 4PCNA 2Z00A 4EPEB 2AMXA 1GKQA 3GU2A 3GU1A 2Z24A 4QTGA 4CQDA 3NQBA 4H9MA 1A5NB 3GIPA 3IRSA 4QROA 1A5MA 3K5XA 4KEVA 1RK5A 4LANA 3LA4A 1J79A 1FWEA 3LU2A 2XIOA 3GUWA 1EJRA 5A6TB 1K1DA 2AQVA 2Z2AA 1J5SA 3OOQA 1UMLA 4PCPA 3S2NA 3AU6A 3MVTA 3E0FA 1A5MC 1J6PA 2P50A 4G2DA 1ITUA 1FWGB 1EJSC 4IGNA 4HJWA 1E9ZA 2DVXA 4IFKB 3SFWA 4NP7A 3IACA 4DO7A 3FEQA 4LCRA 5E5CA 1POKA 1KRBC 2D2GA 3G77A 1RJPA 2OB3A 4I6KA 2Z2BA 2OODA 4I6VA 4F0SA 3UPMA 3F2BA 4NG3A 1WXYA 4MUPA 1IE7A 4EPDC 3QY7A 3HTWA 2RAGA 1EJUB 4EPBC 4CQCA 2IMRA 1EJTA 2FTYA 3O0FA 3B40A 4DI9A 2ICSA 3A4JA 3HM7A 1EJXC 1NDVA 2OQLA 4J2MA 3TN6A 1FWBB 3URQA 4GOAA 4HK7A 1IE7C 4XAYA 3CS2A 4HK5A 3TN4A 1W1IE 1FWCA 2FVMA 3F2DA 4XD5A 2EG6A 2KAUA 4PE8A 3RCMA 4EPEA 1EJTC 4GXWA 1FWDA 1R9ZA 1EJWA 2QT3A 1P6BA 1V4YA 1KRAC 4UBPC 1A5NA 4GY0A 1FWJB 4HA0A 4ZSTA 2E1WA 3OODA 3AUOA 1FWCC 3S4TA 3UBPC 4C60A 1YBQB 3TN3A 4RDZA 2QS8A 3FDGA 1FWDC 4C6JA 4C6LA 4DZIA 4LEFA 5A6TA 4CNUA 1R9YA 1O12A 4H00A 2AQOA 1EJSB 2WJEA 3E38A 3TN5A 4PBEA 5HMFA 4DLFA 3RYSA 1KRBB 1RA5A 5FSEA 4GX9A 4CEUB 2PUZA 2YZ5A 3K4WA 4R85A 2A3LA 2Y1HA 3LSCA 1HZYA 2HQAA 2FFIA 1A5LC 4EP8C 3PAOA 1YMYA 4E3TA 4DLMA 1KRMA 2BGNE 2G3FA 4GBDA 1PTAA 3LGGA 4OFCA 2P9BA 5FSEC 1FWAC 3R0DA 4EPBB 4DZHA 1A4LA 3GTIA 4H9TA 1XWYA 4ICMA 2I9UA 3EGJA 1P6CA 2WJFA 3K2GA 1EJXB 1A5KA 1E9YA 4AC7C 4CEXC 2ANUA 5FSDC 4M51A 4Z42C 1V51A 2D2HA 4BJHA 4C5ZA 2P53A 4C6BA 2YB1A 2GZXA 4LFYA 4DI8A 1S3TC 4CNTA 4QS6A 4G7EB 4KQNA 1KRAB 1A5KC 4UBPB 3KM8A 4KETA 1UBPC 3EWDA 2UBPA 1A5OB 3GTHA 3DC8A 1PSCA 3LSBA 3ITCA 2D2JA 2VC5A 3GIQA 3IPWA 3F4CA 4BY3A 3UBPB 1FWJA 4KF1A 1KRCB 4IG2B 4LALA 1RA0A 1EZ2A 4DNMA 2VHLA 1QW7A 1FWFB 1UIPA 4WVXA 2GSEA 2CZVA 2UBPC 1FWEC 4YIWA 4ZSUA 2R1NA 1P1MA 1EJRC 1A4MA 2O4QA 2WM1A 4QS5A 2R1MA 3NURA 2BB0A 4CQBA 4BKNA 4RDWA 3BE7A 2FVKA 2Q01A 3E2VA 3IARA 3MDWA 3S2MA 4CEUA 1JGMA 5G4HA 1FWHA 1I0DA 1V79A 3WMLA 3SO7A 4GY7A 1A5LB 4EP8B 3MSRA 4C6OA 1EJVA 2HPMA 4IQJA 4XAFA 3GTXA 2ADAA 4IGMA 4H9VA 1PO9A 4C65A 3IGHX 4P5UA 1EF2B 3F4DA 3WYZA 4C6MA 1FWIA 3V7PA 4AC7B 5FSDB 4C6CA 4GK8A 4CNSA 4INFA 4Z42B 1EJVC 4L6DA 4RE0A 4ERAA 4RZBA 1GKPA 1S3TB 4C6IA 2YXOA 3S2JA 3D6NA 1J6OA 3GG7A 4EPKA 3HPAA 4XAZA 1V77A 1NDZA 2F6KA 3OQEA 3NEHA 3UR5A 4H9YA 2KAUC 4B92A 4C6NA 4EPEC 2Z28A 1UIOA 3UF9A 1KRCA 1EJWC 4IG2A 3QY8A 1A5MB 4GZ7A 4LAKA 1A5NC 1M68A 1I0BA 4KERA 2QVNA 1FWEB 1NFGA 1FWFA 3E3HA 3ISIX 3ID7A 1FWGA 1EJRB 1YRRA 3N2CA 1GKRA 4GYFA 4GY1A 5AKQA 4IFKA 4H9XA 4LCSA 5A6TC 4B90A 2ZC1A 2O4MA 2VR2A 2W9MA 2R1KA 3C86A 1FWGC 1E9ZB 1ZZMA 4EPDB 4R88A 4V1YA 3QGKA 3PBMA 3ORWA 4J5NA 1V7AA 2DVTA 4C6FA 4DYKA 1NDYA 3QY6A 1EJUA 3MTWA 2R1PA 4C6DA 2HPIA 3MDUA 3FDKA 2Z7GA 1ONWA 4QRNA 1IE7B 3GGMA 1FWBA 4B91A 4F0LA 2Z29A 1WXZA 4WGXA 2HBVA 3TNBA 4F0RA 2Z25A 1EJTB 2EG7A 3LS9A 3MPGA 1YNYA 3DUGA 5LXXA 1R9XA 3WZ0E 4XD3A 1FWCB 3B0YA 3PNUA 3B0XA 2KAUB 3CJPA 3GRIA 2FTWA 1FWDB 1YBQA 4H9ZA 4H9UA 2PLMA 3URAA 1EJWB 2Z27A 5HMDA 3JZEA 3E0LA 2DVUA 2PGFA 1FWJC 1DPMA 1EYWA 2GWNA 2Z26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E12A 1R3RA 1FWWA 1LL4A 4G9PA 1IT8A 3GHUA 3CLWA 3L4ZA 1SJDA 3R7MA 1D7KA 1OY0A 4XK2A 1UROA 3CZ8A 4WHBA 1OZQA 4EPDA 5KG3A 2QUNA 4B2DA 2HRWA 2QYGA 1VYSX 1NWSA 4NZ1A 1X96A 3BJSA 4DRSA 4C6EA 1BPLB 2JQXA 1SFJA 4P7NA 4MNKA 1L6WA 4E38A 4J1OA 1JCNA 3K8LA 4NHVA 3VNJA 3OA5A 1DWHM 3W72A 4IP5A 9CGTA 5D38A 4C6KA 3VNIA 1F9CA 2J47A 4ECWA 5CGMA 2XFFA 3VKDA 4IRKA 1ODUA 2XCAA 5KSWA 3VGEA 1SU5A 1PKYA 3LMZA 3TOYA 2VX7A 4W7WA 5DY3A 3L4TA 3GQYA 3HGRA 3AS0A 2V9DA 2V5BA 1AJZA 1H7WA 3NPVA 1EEPA 5C2CA 4V1XA 1MNZA 3L21A 2C3ZA 3HV9A 1EPVA 3VD5A 3AHVA 4L4OA 5AYZA 1DIEA 4UZSA 3UVIA 2HCVA 4PFHA 3TYCA 4PUJA 1ZALA 4KRZA 3W1XA 3W6YA 2VM8A 3TWBA 1O66A 1VCVA 2ZX6A 1GYNA 2IPJA 5I3HA 1KM3A 4CQDA 4GYKA 1DTNA 1DHKA 1GVOA 4FX6M 3KL3A 2HTMA 3N3MA 3LA4A 1GQKA 3APYA 4B5VA 2YYTA 4BR1A 3S2NA 5HAOA 3BAXA 5CZJA 2V3EA 4FS9A 4O18A 3KOZA 3LTPA 1OF6A 3N1AA 5LNSA 3OGSA 1J0IA 1WBHA 3KCOA 2Z2BA 3W7QA 3ZSSA 1TE6A 4XZHA 5KEZA 1YLVA 4HHMA 3NQFA 2WZHA 4U5KA 1FVPA 3REQA 5AYYA 4U6PA 2Y5JA 1EJUB 5TIMA 5KG2A 5EFFA 2GYIA 1B5TA 4IIEA 3URQA 3CS2A 1W1IE 1W32A 4R8UB 3RCMA 1W8GA 1LDCA 4PMVA 2ZUVA 4JFWA 4Q8VA 2OWXA 3EMZA 2AGQA 2E1DA 2HVOA 8XIMA 1YPIA 4O50A 2G4FA 1IWAA 3Q8QB 1O4UA 3S5OA 5FSEA 4PTNA 5KFUA 3DN5A 5DFAA 1C91A 4UQAA 4E5TA 1UKOA 4B5NA 3FSUA 3PR5B 2QV4A 4RNHA 4YVVA 4JN6A 2FLLA 3H7RA 3E2RA 1F73A 4H19A 2DFAA 2GOUA 4YR0A 1E0XA 3QEZA 4N6FA 3WQOA 1TMHA 4D1JA 4JAWA 1E9YA 1EA9C 1W3LA 3PG8A 2V68A 5KTLA 3M7SA 4L6OA 1L6YA 4CNTA 3NPXA 1BYDA 4IP7A 1OCJA 4KETA 3CUIA 3UXLA 3DC8A 3UCDA 4AIBA 3PW7A 5CXPA 3T2QA 1D8WA 3W00A 1BVNP 3GNPA 4WXYA 2AGTA 4PODA 5F2MA 3NQ7A 1EZ2A 2QEZA 2DV0A 2GVEA 5J5RA 1P1MA 2JFEX 3EPGA 4QS5A 2QJHA 5A8NA 3E02A 1LRTA 4ILSA 4J9KA 2E68A 4O1EA 4GNKB 2PBOA 1MSSA 1YTEA 1X6LA 1K02A 1PJ9A 3W2UA 1XLMA 1QWGA 2NSXA 2Q8XA 2REQB 1WXJA 1OD8A 3F4DA 3QZ8A 4I90A 3SCOA 5CJ5A 3W2JA 4C6CA 2HS8A 1OT1A 1JYWA 4LJ3A 4PMRA 5FJRA 5I3FA 3LZ3A 4O3NA 4G3IA 2H3BA 3CHDA 2EKCA 1LT7A 3MSYA 1GW1A 3NQDA 1Q6CA 2Y63A 4FB7A 1GUVA 4OGZA 1J11A 2DH2A 3F1QA 4UTKA 1V77A 3NEHA 2C0HA 4REQA 2X1UA 2KAUC 4WR3A 3IVSA 3T9PA 3KP1A 2XH2A 4QWDA 3S47A 1TV3A 4JDYA 1W5QA 4E8CA 4U3CA 5EA9A 1A5NC 3E3HA 2O9TA 3DFYA 3N2XA 4BQ2A 1OJXA 3FEMA 2V4QA 1RHCA 4LS1A 3ABOA 1QJWA 2YCEA 5C54A 1A49A 1UWUA 3F7JA 2DIEA 3S1GA 4R88A 2DPIA 4HU8A 4LUSA 1V6TA 3WO8A 2G3NA 3VGDA 3E2SA 4C6DA 4EOUA 3EX2A 3MDUA 5G4EA 3G0UA 1TRDA 3VDGA 5K4ZA 4ZFCA 4L65A 1TE1A 3IS4A 2Z29A 2HBVA 4FR1A 4QR6A 3T5HA 3HFYA 4XO6A 3SGGA 2BR0A 3NO1A 4YN5A 2V82A 3NNTA 4CD7A 3HG4A 3SCPA 1GHRA 4JTLA 2H90A 5KG4A 2NLYA 2PLMA 3WKZA 3SQSA 2Z0IA 3JZEA 3PUOA 1B3WA 2DY3A 3F5KA 1FWJC 3ARYA 3OGRA 3PJTA 2A3CA 2Y5EA 1NOFA 3QJAA 3HGSA 5D2YA 3AIVA 5KFTA 3F2CA 4JTFA 4IX0A 1JD9A 3EDJA 2WB5A 5LHEA 1L9WA 3VX1A 1Q6FA 1L8PA 3KUMA 4H01A 4PSPA 1AH0A 3QH2A 1EGVA 4KFNA 3VZYA 3WIJA 3EOSA 1E4LA 3LB0A 3WLJA 4MOZA 3VM7A 3VYLA 3GIKA 2VR5A 3GG8A 4NQ1A 1CTNA 3NDZA 1VLWA 2YLLA 5CPMA 3FJNA 4WKAA 3UGVA 5AC6A 3WLLA 2HNHA 2I5GA 3V0UA 2XVKA 4AEOA 3GV8B 4DIAA 4OWGA 2F2HA 3I3DA 5LNVA 3OO2A 1EHAA 2UBPB 1FOBA 4GVGA 4X63A 2C15A 1B54A 4F0KA 2ACQA 4ZO6A 2NX1A 1N8FA 2ZZ2A 2PD9A 2W92A 5IFTA 2OZ3A 3ENLA 4MYXA 1TPDA 1E6PA 4ADTA 3WJZA 4E3VA 2Q09A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TTS A;  1CGT A;  3PTD A;  2B4G A;  2ZUM A;  2Q01 A;  3AMK A;  2VD9 A;  2TSY A;  3SO7 A;  3C2O A;  2UVU A;  3MSR A;  3CL7 A;  4WY0 A;  1G7U A;  1QNO A;  3GTX A;  4JY8 A;  1ZP3 A;  3SFK A;  1QOP A;  5L1I A;  5EMY A;  5F1U A;  2FZB A;  4D6D A;  4MF4 A;  4GIR A;  2ALD A;  4JIC A;  3TQK A;  4UOZ A;  4Q4R A;  1H60 A;  4HD5 A;  4OU1 A;  4NVT A;  2G37 A;  3WDI A;  1XS2 A;  4PTD A;  2QUV A;  2JGY A;  4H9Y A;  5XIN A;  4NXS A;  3GR4 A;  4IID A;  2JEG A;  2PWE A;  1AJ2 A;  4DL3 A;  3CU2 A;  4JTK A;  1E70 M;  3ID7 A;  3WJX A;  1FWG A;  3N2C A;  4GYF A;  2WAG A;  3II1 A;  3PPG A;  4OHQ A;  2PDY A;  5A8Q A;  3AS2 A;  2V5J A;  4Q4P A;  4M6U A;  4ZZ9 A;  1Q2S A;  4C1L A;  3FN9 A;  4JHM A;  4EPD B;  2Z6J A;  3A4X A;  1TJ2 A;  3MBD A;  5LIU X;  1C3F A;  3VFL A;  1HTI A;  4QX4 A;  2YIH A;  5DAN A;  2XPK A;  4HTY A;  7XIM A;  3LHZ A;  1LZO A;  4GI6 A;  3T09 A;  1MRA A;  1R2R A;  4YWS A;  2YPI A;  2BAS A;  3FND A;  3W86 A;  3GZ3 A;  1V6X A;  1YE4 A;  1W6T A;  3VX0 A;  2KAU B;  4ACZ B;  3TX9 A;  4PMD A;  4IHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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