3LBMA

D-sialic acid aldolase
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
295
structure length
295
Chain Sequence
ATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 121
structure length 295
sequence length 295
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lbmA00
1X7FA 3IV3A 4N4QA 1IIHA 2EAWA 2V2CA 4RXFA 3W7MA 2EKCA 1LORA 4L4MA 3WJYA 5I3FA 4GUHA 3ABRA 5EY5A 2BWGA 3WJWA 4A22A 3LRLA 1LBFA 3WFAA 4KKXA 4UMCA 3L0NA 4MZYA 1AL7A 3R2GA 4LVFA 5C2XA 4UTJA 3WK0A 2ZRWA 2QJGA 1MSSA 3BG9A 1VZWA 3EEGA 3M47A 1VH7A 3STGA 4DELA 5DBUA 4IGHA 3L5LA 3TAOA 4O12A 3ZFHA 5AOUA 5DN1A 3CHVA 4JIQA 3W7HA 4U28A 2WNQA 3QPYA 1J2WA 3LI1A 4X3ZA 2WSRA 1GG1A 5DELA 4UIOA 3N3MA 1FXQA 1OFPA 3NO5A 4HIBA 4BR1A 2A7NA 3NEVA 3OG3A 3GNNA 1LM1A 2TYSA 1SR9A 3RMJA 3JRKA 2ABAA 3F4NA 4I9AA 2QCEA 5DXYA 3W7DA 2B7QA 3TMLA 1U83A 2X30A 3DFTA 1UJPA 5CGQA 2PURA 2WJZA 5DLCA 3GYEA 3VFLA 1TMHA 4N02A 3L2IA 4GUFA 4ZQOA 4UMAA 4JTKA 4KFOA 2Z1BA 5CPLA 2A5HA 2V30A 3VI2A 2H8XA 1W5NA 4O15A 5LKYA 3P67A 4NXKA 1FWRA 2E1DA 3ELFA 2G5WA 2FIQA 3M5XA 1M7OA 4E38A 4YL2A 4S2BA 4DO4A 4UR8A 1L6YA 2R91A 3FEMA 3G8EA 4ADUA 2CWNA 1R2RA 1TPUA 4Y90A 5C55A 4H4IA 5AHMA 4NX0A 3LBCA 1OYBA 3HPZA 3LHTA 4CNNA 1I2PA 3IGXA 4AB4A 3H53A 5LGZA 3DI1A 5FF0A 1GVRA 4O57A 3IIPA 4HPJA 1RQEA 2V5LA 1XI3A 3GDKA 3LCXA 3DAQA 3DXIA 4N4PA 2VFIA 5G2HA 1ALDA 3QEZA 3W7IA 2Z0IA 3NAVA 1F5ZA 1EP1A 1Z41A 1Z42A 3DZ1A 3MBFA 1TPEA 1LOSA 4CCDA 4WX2A 4X9SA 3YPIA 1EUAA 1VQTA 4JTGA 2DZPA 3PULA 1VCVA 1NVMA 4O1AA 3W87A 1Q6OA 1X1OA 2JKAA 1LLZA 2VFDA 3W1XA 4H6KA 4QQ3A 5BMWA 4YXGA 4EF9A 1JUEA 4UTHA 3CEUA 5C54A 1FY6A 1P5BA 4K7YA 1M5WA 3L5MA 3B0VC 1U5JA 1UB3A 5KMYA 5F1UA 3EX6A 2FPYA 1OF8A 2NUXA 2VENA 3T4CA 1ME8A 5D38A 3A23A 4ZVJA 3S0CA 3QQ1A 1FQ0A 4M7TA 3W9ZA 1TJRA 2VOMA 3TC6A 4XWUA 3W70A 2DZUA 4AF0B 3TIMA 1H7NA 3VE9A 2ZA2A 3OVRA 4NJGA 2C16A 3TR2A 3SZ8A 1B4EA 1DORA 3HG4A 5HUPA 3BVJA 2WSYA 3WJSA 4B5NA 1IIGA 3DHFA 3OVPA 3MHGA 1ME9A 3FLUA 2IQTA 4NJHA 1NF7A 4WJEA 1T0OA 3G1SA 3U2OA 1YXYA 2GJLA 5HJLA 5I3HA 1SUXA 4JY9A 3GZ3A 4NT0A 3MO7A 2F7FA 3KOFA 3PUDA 1XC4A 3W1PA 1LRNA 1EUNA 4H3DA 3SGZA 4O17A 3UWQA 3TXVA 3PF3A 2QCCA 2WNNA 5A8GA 1N8FA 3S42A 2ZYFA 4R7JA 1QO2A 3ABQA 1M7PA 3O06A 4AAJA 1RZMA 1AL8A 4HPXA 3P5ZA 3IVTA 4GE8A 1KTCA 5D09A 3FA5A 1KFEA 3ABSA 3NQ2A 2HTMA 1HFBA 1W3NA 3LHZA 3GDRA 5HWJA 1KV8A 3S1VA 5D33A 5D03A 2NV2A 3HPXA 1HO4A 3PB2A 3WK1A 4HSNA 4IMFA 4WY0B 3STEA 3UWZA 1XBVA 4G1KA 4LTSA 3P8JA 1LRTA 3P80A 1AK5A 1JCLA 1DBTA 4NJIA 1JR1A 1QPOA 3QQ0A 4Z1DA 2YZRA 3PM6A 3RFAA 3C6CA 2DU2A 4S1FA 3S5OA 2FLIA 4OBTA 1YLVA 3TQVA 2E6AA 5DXXA 2J27A 1D3GA 3TMQA 3QSRA 2B7PA 4M19A 1KM6A 2NXHA 3MYPA 1ZENA 1B9BA 4IOTA 2DJXA 3LRMA 4PCFA 3NQFA 3TA6A 2HS8A 1FWNA 1R2TA 3VCRA 3IGSA 3TX9A 5D2XA 1Q6LA 3G1DA 4IPIA 1H61A 3C3NA 1YXDA 1OJXA 1PHQA 4I7VA 4IX2A 3GXPA 3OA3A 4WY0F 1EIXA 1W3IA 3NPVA 3EX3A 1P0NA 3TC7A 4AVFA 3W23A 1XUZA 5DCBA 2H3BA 1LOQA 2JKPA 2PC4A 4OU1A 1C29A 5CG7A 3HG5A 4HSOA 4RV8A 3HGJA 3DH7A 3MJYA 5EA9A 2HS6A 3SI9A 3B06A 4LC8A 1VYSX 3O1NA 2ZQ0A 1KTBA 1G4PA 1T96A 1KBJA 4E2BA 3INPA 1GG0A 4UTTA 4HT3A 3TW6A 4BWLC 5FEZA 4YCOA 3B0UX 4Z1BA 4RZ4A 3PS7A 4JD4A 4WOZA 1P0KA 3TJLA 3S9YA 2RDUA 3DKLA 5E0KA 3E0IA 4LUIA 5AYZA 1KW1A 1BWLA 3EWYA 4A2SA 3W73A 4DPQA 3UPBA 1BWKA 4K38A 1R2SA 5F2LA 4IXXA 5G4EA 1F6PA 2YFNA 4UR7A 2QUUA 3EX4A 3QMTA 3B8DA 3T40A 1TV5A 3ATZA 4QIUA 2X1SA 5KZMA 3MBDA 2YW3A 3CB8A 4FX8A 4IMDA 4UTKA 1BTMA 2EHHA 3VNDA 1OFBA 2OCZA 3SFKA 3L65A 3U8GA 4LOCA 3M43A 2X1RA 1FDJA 1KM5A 2ZTKA 4DQWA 3PC0A 2Z2UA 1KFKA 1LBLA 4NZJA 3O07A 1YDNA 2GQAA 2W79A 2RDWA 4K36A 1XKYA 2JGYA 4K6AA 3W7NA 1ZAIA 3NQ6A 3M5ZA 1YTEA 2OX1A 1DVJA 1JQXA 3KAOA 3DHDA 1K02A 3ATYA 4BF9A 4POCA 3SR7A 1BEUA 3M9YA 3SW6A 3NYZA 5LSMA 1W37A 5D05A 3W7LA 1TREA 2NXGA 4UTIA 3E9AA 2GQ9A 1SZEA 4DXVA 5LNWA 3E12A 1JQVA 3LTSA 3LV5A 4HN4A 1H7XA 4O0KA 4NJJA 4PH6A 1OK6A 2X1TA 1JRBA 4C1KA 2VC6A 5HULA 2E6YA 1ZAJA 5G1YA 3NM1A 4LNYA 5KSWA 1TYGA 3O63A 3LXBA 1ZJIA 4J9JA 2FB2A 4A3UA 1KFCA 2XFWA 3R13A 1F73A 1YYAA 3O6DA 3W1QA 4ZQNA 4ORMA 4S2CA 2A7RA 4JEQA 5F2GA 2FJKA 3CIXA 2BX7A 4MJZA 4UFJA 1SSGA 1PIIA 4ZL1A 4O19A 3S5ZA 2QDHA 2ZZ5A 1CW2A 1GYNA 4IMEA 3FYPA 1VC4A 2I1OA 3GVGA 3OEXA 4XKYA 1WYIA 5CPNA 4JYDA 1JJKA 1RPXA 2VEMA 2AGKA 3RNDA 3STCA 1TCDA 3W7GA 3UWVA 3PSWA 2VKZG 4BK9A 3BW3A 4R34A 3TSBA 3PBVA 5KZEA 3L67A 1KFBA 3HIJA 5AFDA 3DFSA 4O1DA 3S8HA 1DHPA 2HSAA 4IJBA 3S5NA 3CWNA 3C2OA 4GFSA 4O1CA 4QISA 3BV4A 2RH9A 3FFSA 5G2IA 4PA8A 3EX1A 5MHBA 3BLFA 1UUOA 3S5YA 3R12A 4RLIA 3C2EA 3TSDA 1F76A 3P84A 1H50A 3DFQA 4TMCA 1F7BA 1M6JA 3UWUA 1ICPA 3W7QA 3W2MA 4LVDA 3UQNA 1IXPA 4O1BA 4CCEA 1EWDA 1F6KA 3EXRA 5D2WA 4N6EA 2GVLA 2RDTA 2AAMA 3BG3A 2CZDA 2WV8A 4MOZA 1W5PA 2CZEA 1HO1A 3P8IA 2A7PA 1ZHAA 1TPWA 2DZSA 3N9SA 3HBLA 1P4CA 1OFAA 4KWVA 5FF2A 3TROA 3NQDA 4YCPA 3G8RA 4UFHA 2V2DA 1DJQA 5K4ZA 4ORIA 5I3IA 5BMXA 5AC6A 1FBAA 2NWSA 4MIMA 1ZCOA 1V7YA 2O7SA 4MY1A 1PVNA 3F03K 5K4XA 2YW4A 1KFJA 2Y7GA 2QCNA 1LRQA 1OFRA 3PR2A 5I3KA 3ZR4A 4JTIA 3TFXA 2HMCA 1S5VA 4UFIA 4AXKA 3SSJA 4LW7A 2PRHA 1EB3A 1FUYA 3G0XA 3CWOX 2V82A 4A21A 1KM3A 1WXJA 3Q94A 3N19B 3NQCA 1H7WA 2CU0A 3IVUA 4M6QA 1HTIA 1DKWA 3QJAA 3PG8A 2LLEA 1ZFJA 3C2FA 1PCKA 4DBDA 3BGJA 1O4UA 3GR8A 1TPFA 5IBXA 4UC5A 3W7RA 4Y6GA 4N2YA 5H91A 5DCEA 2WNZA 5AYYA 3IIXA 4K7VA 3M7WA 3EWWA 1AW1A 3PUOA 2CLMA 3LX9A 1KLZA 4N9EA 4UFLA 3HO8A 4LS0A 1B4KA 4QNEA 1TJPA 3R89A 2WOQA 1VCGA 4JICA 2A4AA 4NNBA 1Q6RA 2EF9A 1JUKA 2QCDB 2ATMA 2UV8G 5CZTA 1VJIA 1Q6QA 3IRDA 3KVLA 1IXQA 2H6RA 2Y7FA 4XTDA 3P60A 4X22A 4RCXA 3W1LA 1FXPA 1OFDA 1TQXA 3B05A 4YLWA 1LBMA 4JTTA 1ZAHA 1YADA 1JCXA 3LTPA 1H62A 3UPWA 3IIVA 1MXSA 4JDBA 3W3OA 3LGEA 2Y7DA 2P10A 1OG0A 1TTQA 2FQIA 2Y70A 5AC7A 4AEOA 4DF2A 4PODA 3MI6A 4FNTA 4O53A 2ZZ4A 3HGOA 3PUEA 5BNKA 5K9XA 1TTJA 2CLFA 5D2VA 3NPXA 3GX9A 2QDGA 1G7VA 3LCIA 1G69A 1OX6A 5LNRA 1TTPA 2X2GA 3W2UA 2ZZ6A 4D2JA 4MVAA 1H7OA 3AO0A 3BK0A 1Q45A 3C0JA 1RV8A 2Z6JA 3NZ1A 2QJIA 1J4EA 3P5YA 2E6FA 3LI0A 3G18A 4WD0A 3GAKA 3KHJA 4NXSA 5AHFA 4FNPA 1OYAA 3W7OA 4XBSA 3W74A 4ZQPA 3W07A 2ZZ7A 1K7EA 1LZOA 5G2WA 3W7KA 3NA8A 3NQAA 1NF0A 2YR1A 5AC8A 5EYWA 1R46A 1MEHA 3M5YA 1I2RA 4JTSA 1LTDA 2JKEA 5J5RA 2W0UA 3WK3A 3BLEA 1K03A 4QAIA 1LDCA 5K7JA 1TPC1 2C3ZA 4FXSA 1QNVA 3M41A 1LYXA 3HQ1A 2C6QA 3G0UA 3M6YA 1FWSA 1WBJA 1ONRA 1T8XA 2NXIA 4FNRA 5LHEA 3SJ3A 2C0AA 4QM1A 4O50A 1EA0A 4DPPA 4O14A 2A6LA 5H2ZA 3QPZA 3FJLA 4LRSA 4LRTA 3STFA 1H51A 3NQGA 4OT7A 4DBEA 3O15A 2YDAA 3Q2DA 2GVJA 4RZ5A 4LV4A 1YTDA 1HUVA 2JBMA 4JTJA 3ANYA 1H1YA 3DGRA 3W2JA 5BOOA 4KFNA 1OYCA 3FYOA 2WPBA 4GBUA 3N14A 3LBMA 1FCVA 4ZMGA 1WOAA 1PE1A 3EKZA 5ABTA 4TR9A 1LP6A 2VEPA 3R5EA 3PWAA 4TIMA 1OK4A 1I8JA 1GEQA 2QCFA 4BI6A 1W0MA 1WOBA 4AF0A 4DO6A 1OFEA 3DKJA 2NZLA 3TDFA 3N9RA 1RD5A 2YX0A 4MY9A 4GNJA 5K2ZA 4NUWA 3V1PA 1VGAA 2WO5A 1E51A 3W1TA 1TB3A 3OBKA 5EPDA 4QITA 3TNOA 1SZGA 2CLIA 4ADTA 5I3GA 1VCFA 1GPWA 2J9XA 3MMTA 4W9TA 4LVGA 4RK8A 5CZ0A 4JIPA 3NM3A 4AWSA 3M44A 4Z0SA 2OMAA 2BTMA 2C19A 3U6WA 1TTIA 7TIMA 3MWAA 4CQ9A 4Z0JA 2A6NA 1RVGA 2H3DA 1S5TA 5CZSA 3CLMA 1LOLA 3GXTA 3QF0A 5BW6A 1JULA 1I2OA 1NAL1 2QCLA 4FX7A 3BW4A 4Y9AA 4N9DA 1SFJA 1H5YA 2A85A 3EX2A 1QMLA 4A29A 2QKFA 3MP5A 3RLVA 2VELA 2YYUA 1DJNA 1TPH1 2E77A 4NQ1A 1QOPA 4O16A 2P1FA 2DZTA 3GLCA 4PC8A 2J6XA 5CSRA 4WY0A 4Q32A 3L21A 3G1AA 2I9EA 5DY3A 3UZJA 3THAA 4IWWA 3UWWA 4NJKA 3HF3A 2ZFAA 3KVKA 1ADOA 3HJZA 3S1WA 3EKLA 4HNVA 1KM2A 4Q33A 3LV6A 3PVFA 4UCGA 1F74A 4P61A 1A5AA 4UTWA 3ABOA 1SQ7A 3UY7A 4MZ8A 3LLFA 3H54A 5AHEA 3JR2A 1H7PA 3BLIA 4FHAA 1VR6A 4NX5A 3NQ8A 4GXMA 3UWYA 4OQVA 5HR6A 3FOKA 1K8YA 1OX4B 1WQ5A 4LS2A 4XZ9A 1K7FA 3CM4A 1S5WA 2D73A 5D30A 1WA3A 3O6YX 4Z1CA 1QDSA 4Z08A 1R47A 2CLHA 3RF9A 1O60A 5LZLA 4JTEA 3GDMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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