3LCW | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lcwA00

3GXPA 4C1KA 4L4LA 3L0NA 4LVFA 5HWJA 3TXVA 3EWUA 1WX0A 5F4WA 4TIMA 4MYAA 3S42A 1EB3A 1DV7A 2Y63A 3KRZA 3LBCA 1QOQA 3NQVA 2R91A 2GVLA 2E1DA 3IVUA 3TK7A 3S5ZA 1TIMA 2QUUA 4GRSA 2JKAA 6TIMA 1NFBA 4XUGA 5DXYA 3STEA 4XBSA 1AMKA 1ME7A 3JS3A 3TX9A 1LLZA 3HPSA 1Z48A 3ATYA 3W7EA 3B03A 4A2RA 2ZRUA 1QNVA 1R47A 4RZ4A 5CZTA 4AWUA 4JICA 3W71A 2Z0IA 3ZR4A 1FCUA 1TQXA 4XKYA 5GVJA 3QQ0A 2QCFA 1RVGA 1SZNA 4P2VA 1X6UA 4ZQCA 5LGXA 2WNZA 1I45A 3L0GA 4LNYA 1ME8A 1OFOA 1ICQA 2RDWA 4UCGA 5HUOA 3WFAA 5AHNA 3I6RA 1T99A 4DXVA 3M16A 3W87A 4HNNA 4NU7A 3TJXA 1M7PA 3BO9A 1UBSA 4UTJA 1PHWA 5LSMA 4YLWA 3W7KA 1F5ZA 3LX9A 2V2DA 3C2EA 2VFFA 3P67A 1SFJA 5DXXA 3W83A 1X7FA 1FBAA 4Z1AA 4S2CA 1LRTA 3L2IA 3LCGA 1VLIA 1LBMA 4X2RA 5FESA 4AVFA 1AW5A 3TC6A 1GTHA 1KM0A 1NF7A 2AAMA 1AW2A 3ZS4A 3BLIA 1OYCA 3SGUA 3M5YA 1SZEA 3W7RA 2OX1A 4LVGA 2NWSA 4UMCA 1M5WA 3BV4A 1JCMP 3S5OA 1B57A 4AHOA 3LXAA 5DCEA 3STGA 1G4EA 3NZ1A 4KFPA 4BI7A 3HG2A 3TSDA 1JR1A 3TH6A 4JX5A 3T55A 2ZA1A 4IMGA 5IBXA 3C2OA 3W9ZA 1ZNNA 4DF0A 3MHFA 5HWNA 2ZZ3A 3W7LA 3LTPA 3CT7A 5E93A 3W7IA 4QNEA 1VJIA 4DO4A 3HPZA 3DFSA 5FEXA 2Y6ZA 7TIMA 1VR6A 5K4XA 2V30A 5D32A 1H60A 2YGYA 3W1NA 1O4UA 3UZ5A 4IQLA 2GJNA 2E77A 2XN1A 3V75A 3W70A 2C19A 1PS9A 3TV8A 4JGDA 1K7FA 1A53A 1JUKA 4HPXA 3UYCA 3M47A 3GKAA 4N2YA 3DHDA 3EX6A 1ICSA 4OT7A 4LC8A 1MEIA 3NZRA 2P10A 4M6VA 1G7UA 1VCFA 2GQAA 1I8JA 2O7SA 5DCDA 5K9DA 3UPBA 4ORIA 1W3IA 4LS1A 3NPUA 5D2WA 1FUYA 4K8HA 1QPQA 1NF0A 2P1FA 1P0NA 2ZBTA 1V7YA 3E0IA 4MY8A 3F1QA 5HQEA 3BG3A 1OJXA 3S0CA 2FB2A 5I3KA 3GXNA 4J9JA 4YWIA 3MI2A 3IRDA 4K36A 4UXDA 3P5YA 2C18A 3HGOA 3I65A 4JX6A 5TIMA 4R34A 1GG1A 3QZEA 1E51A 5G2IA 4O53A 2FPTA 1OFRA 1QDSA 4A29A 4LTSA 1XBXA 4XWUA 3PB2A 3OVPA 3G1AA 5BRBA 3MP5A 4XQ6A 1JCYA 4BFAA 1KFEA 2FIQA 2QCLA 3PBVA 3W86A 3G24A 3A5FA 2FLIA 4ZL1A 5L9FA 1TTPA 3N19B 5CZSA 2OT1A 5G1YA 1JUBA 1UUOA 4GFSA 2NWRA 3HIJA 3HJZA 2NZLA 2DORA 3STCA 1GVQA 2J27A 2EKCA 1SO5A 3WJSA 1XBZA 4BWLC 1MSSA 4FNTA 1SZFA 4LV4A 4GUFA 3JR2A 3E02A 1GT8A 3QMRA 4KWWA 1ZAJA 2DU2A 3A5VA 4EF9A 4UUIA 1ME9A 2EAWA 3HG5A 3KHJA 4HNUA 3MYOA 4DF1A 3HB9A 3DENA 1KV5A 3KRSA 3SFKA 4CNPA 1NVMA 3N14A 3NQAA 2H90A 4ZQPA 3BK0A 4GBUA 3LI1A 1D9EA 1PVNA 4MFDA 3SSJA 2NXIA 2C16A 1LROA 2QCNA 4DPQA 1HG3A 2ZA3A 4O11A 3R2GA 3P7YA 3TNOA 2Z1BA 1ZCOA 4YMZA 5HWMA 2XFWA 4O1AA 3EXRA 4AHQA 3SIZA 3W7CA 2YYTA 1YTKA 1WXJA 5AHMA 4NNBA 4Q32A 1EUNA 2B7QA 3I68A 4FXRA 3O05A 1F6PA 2Y61A 2ZZ5A 2RKXA 2QCGA 4FF7A 4LU0A 3G3DA 4LV9A 1VYRA 3UNDA 3UWUA 4CLMA 4UR8A 1L9WA 2TMDA 4FX8A 2ZRXA 1YDVA 1YPFA 1JRCA 3PULA 3LV6A 2R94A 3EX4A 1KBIA 5T26A 4MZ8A 5D2YA 3IGSA 3W23A 3NL2A 3WJWA 1LOLA 4O1BA 3A21A 4DQWA 5AHEA 4E2BA 3LRKA 4AAJA 5D03A 1OX4B 3GX9A 1J5TA 2V5LA 3FEMA 3TQVA 1F7BA 1LZOA 1T96A 2X1RA 2Q3OA 1R2RA 3U2OA 4NJJA 3IIPA 1F6KA 4A21A 4JTTA 3A9IA 4PCFA 1VHCA 2WPBA 5BMXA 3W7DA 4A22A 4BWLA 1KFKA 5K4ZA 1FCBA 4M7TA 2QAPA 2JGYA 2W6RA 5C5YA 4AWSA 2A6NA 3PY2A 3RMJA 3PBYA 1H1YA 3EWWA 1I2PA 4OU1A 2PC4A 4MLRA 2TPSA 3GDKA 3GYEA 4O15A 4RJEA 2QUTA 1XFBA 3P84A 3YPIA 5CPLA 3G1HA 1CX9A 3OVQA 3GK0A 3NPXA 1Q6RA 5HINA 3VE7A 2GVGA 5I3JA 2P0OA 2VEKA 5F4XA 4MVAA 3SZ8A 1DJQA 4MY1A 1A5BA 3PG9A 3ZFHA 3TC7A 1BEUA 4O8RA 1T0OA 3L66A 2QCHA 2PCQA 1G4TA 2X1UA 1KW1A 1X1OA 3KAOA 3W7QA 3O1NA 2C1HA 4QIUA 1RQHA 3HGSA 1XDMA 4LRTA 4ZQNA 4Y90A 3M9YA 1FCQA 4UTWA 4JTEA 4UTLA 3DFPA 2DZXA 5CPOA 4JTLA 3TAOA 5LZLA 3OEXA 2ZTKA 4CQ8A 1ML1A 3UQNA 4RR4A 1SZGA 3THAA 2CLIA 2UV8G 2FB3A 3GNNA 4JYEA 1A5SA 3P81A 1DBTA 1W0MA 1TJRA 3TROA 1YTEA 3TAKA 5EPDA 5KTLA 3TFXA 4UNLA 3W1AA 4LW7A 1OABA 2NUXA 3HBLA 4FIRA 1EX5A 4AH7A 1WOBA 4DELA 4OV4A 3S1UA 1ZAHA 3B0PA 4JTJA 2NUWA 3NOEA 1DQWA 3W74A 4R7JA 5DBUA 1A5CA 3P80A 3MP3A 3VNDA 1OYBA 5LNSA 3WK1A 3IGXA 1TJPA 2XN0A 1CI1A 1NEYA 2GOUA 2QDGA 3FOKA 4DEFA 2YDAA 4O4WA 1KTNA 1KLYA 1QPOA 2ZFAA 1QO2A 3UZJA 1THFD 3KVMA 3LBMA 5FEPA 3B06A 4DO6A 3S9YA 1F73A 2QKFA 1SU5A 2VKZG 3LRLA 1I2NA 3W7MA 2WSRA 3G18A 3DFQA 2B4GA 4NXSA 2PRHA 3W1MA 2GVJA 3BGGA 3PC0A 1R30A 1Q3NA 4N4PA 1BWLA 3EXSA 3G8RA 4JYFA 3INPA 1JUEA 4ZQMA 3EB2A 1SSDA 3LHZA 4DBDA 2CZ5A 3GVGA 3PS7A 1TMHA 3M5XA 2C0AA 1G67A 3CM4A 1LYXA 2Y7EA 1K8YA 5F2LA 3LHTA 1TRDA 3L5LA 1Q6QA 1OFPA 1EPXA 2AQWA 3N34A 3L65A 1L2UA 4LWWA 5FEWA 3F4WA 4FXSA 2ISWA 2NXGA 5C6MA 1DL3A 4NX5A 1IXOA 1K7EA 4H4IA 3CWOX 1DVJA 4RX0A 2HSAA 1OYAA 1RZMA 3W88A 1H62A 4MJZA 4JYDA 3LLFA 5D2TA 3SI9A 1XC4A 4IWWA 1KM1A 1G4PA 5KSWA 2HS6A 3OBKA 3NL5A 2ZRWA 3MI3A 1I2OA 3TW6A 3EX3A 3PUEA 3WJZA 4M7SA 1TYGA 2VFDA 3SW6A 1HL2A 4OV9A 2C3ZA 3QFEA 3KX6A 2E6DA 2R8WA 3SR7A 3NR0A 5BNKA 2ISVA 1ZHAA 4HSOA 3H54A 3VI2A 3TJLA 5L6UA 5CSSA 4JS3A 3C56A 4ONVA 2WNQA 4Y9AA 2PRLA 3G1XA 1YXDA 5K3VA 2Y88A 3KOFA 4JX4A 5AFDA 4TMCA 3MHGA 2O7QA 3LDVA 4KFOA 4Z08A 4PL2A 4Q33A 1WQ5A 4Z0JA 1H7RA 2ATMA 4PC8A 2E6FA 2ZTJA 3NQEA 4O4VA 1TTQA 4R53A 1MXSA 3ELFA 4IMEA 2A7PA 2Y89A 3G1DA 4JEQA 1J2WA 2JKEA 1HFBA 1IXNA 3P61A 1OX5A 3NAVA 2OT0A 5KITA 1NSJA 4ML9A 3OA3A 5DBTA 2B0MA 2G95A 2YR1A 1GTEA 1K8XA 3QMSA 1KLZA 3O63A 1TV8A 1YYAA 3NGJA 1K02A 4BI5A 4DF2A 1C9DA 1F05A 2VEIA 4A3UA 2CLKA 2GQ9A 4ZZ9A 1H7WA 1SQ7A 1W5NA 5EBUA 2QDHA 3O6DA 3W1LA 3PB0A 3W7OA 1S5TA 2YW3A 4YCOA 4NQ1A 1K3UA 4KKXA 5KZDA 1LTDA 3CPRA 2ZZ7A 4AEOA 3P5ZA 1O95A 5D38A 3LCHA 1ALDA 2ZA2A 1JCXA 2X1TA 4O14A 3MI6A 4MFEA 5K9CA 1MEWA 3C2RA 5FF2A 2QCEA 2VOMA 2GQ8A 3SJ3A 2H6RA 3LXBA 4JN6A 4LVAA 4MJMA 1Z41A 1C8VA 4IPJA 3OVRA 4CCEA 2PRMA 4K8EA 1N55A 4MKNA 3LHWA 5BMWA 1S5WA 5F2IA 1LP6A 4DO5A 3NM1A 3L21A 4OWGA 3KXQA 1A50A 2WKJA 2VFGA 3QM3A 4XTDA 3I7RA 3B4UA 1GPWA 4O12A 1B9BA 5D2XA 1IXQA 1L6WA 5A8GA 1LLWA 4U4MA 5I3GA 1KTBA 1W37A 3DZ1A 4XBKA 2I9EA 4CNNA 3T7VA 5AC8A 3MWAA 3G0UA 2Q8LA 1W5OA 2A7NA 4GWEA 3S1VA 1PV8A 3IEBA 3THQA 1VLWA 3G1YA 3DHFA 2V5BA 3IIXA 1EP1A 3T4CA 4LUJA 3FYPA 3Q37A 4ALDA 3ATZA 3CLMA 3EWXA 2XN2A 2BWGA 4WXZA 3HMJG 4NJIA 1EEPA 3M1ZA 4NX0A 2C15A 3TKFA 3GDTA 5K9XA 4YXGA 3IVTA 4WXYA 2TRSA 1KFBA 1KM3A 3L67A 4GE8A 1AG1O 1WDWA 3HQ1A 3W73A 2KZHA 3LTYA 5D30A 5LHFA 3W2KA 1GZGA 2R14A 1UJPA 2E68A 4HPJA 4WX2A 5TBOA 3TMQA 4ZQRA 4UTMA 2V2HA 3KVKA 4BK9A 1JCLA 3QSRA 3VE9A 1J4EA 4XTIA 1H50A 3K30A 3BLFA 3W2MA 2H3BA 1ICPA 4WUIA 1QO5A 5ABTA 5C2XA 3BG5A 4MUZA 4UMBA 1XXXA 3W1PA 3W7PA 1JQXA 3W7HA 3P8JA 5LNWA 5CSRA 1TQJA 3EKLA 3L0KA 4HT3A 4QAIA 1SW7A 3ABSA 3NM3A 3MMTA 2FDSA 2D73A 1IGSA 5DCBA 2ALDA 3C6CA 3NL3A 3TR2A 2ZCGA 3KRUA 4POCA 4GNJA 1RQEA 1BTMA 3W22A 4UTKA 3NNTA 3HOJA 3C8FA 3AO0A 2ZZ6A 3C0JA 4UTUA 4UC5A 4UTTC 5K7JA 2NX9A 1PE1A 1BKSA 4RK8A 4K37A 5AOUA 4I7UA 1TPFA 1N7KA 4IUOA 4Z1CA 1OHLA 3FJLA 2PURA 4H6KA 4C1LA 4FIQA 4NNAA 1I2QA 3R13A 1H1ZA 5C54A 3RK8A 1JULA 3B0UX 3PVFA 3R12A 5AC6A 5EKYA 3W7GA 4YCPA 2WSQA 3D0CA 1VYSX 3NQGA 1JJKA 3OHIA 1AK5A 5EY5A 1TSIA 4JTHA 4WJEA 4S1FA 1SO4A 3UWYA 1TV5A 1TREA 5AYYA 4IJBA 1ADOA 2ZZ2A 4N4QA 2E5DA 4N9CA 5AB3A 1VGAA 3SECA 1H7XA 1RD5A 1GYLA 4I7VA 2NUYA 2RH9A 1GWJA 3LB0A 5AHFA 1SO3A 3EWBX 1GYNA 2JK2A 1B4KA 1VS1A 1XDLA 5G4EA 1AW1A 1VCGA 1YDOA 3DI1A 1GQNA 1W3NA 2G96A 3O07A 1OK6A 2EF9A 3T44A 2CW6A 4FNSA 4ADTA 3RLUA 2YPIA 1W54A 3L9CA 4X3ZA 3W1XA 3M5VA 1OX4A 4MY9A 1KM4A 1W5MA 1HO4A 3G1FA 3W07A 1DKWA 1G7VA 4O13A 5LNRA 4FX6M 5G5IA 3G22A 1QPRA 1FY6A 2WO5A 2WNNA 2CLMA 1OFAA 3LRMA 3NDOA 4IX0A 2C14A 1F74A 4AXKA 1VCVA 1RR2A 3S1XA 3ABQA 2QCDB 3TW7A 3MW7A 1EWEA 1H7PA 1FCVA 3W2JA 4IMFA 3SGZA 1Q45A 5I3IA 4FX7A 3M6YA 3O8AA 1BWKA 1WAUA 2WOQA 1QWGA 1VRDA 2DZTA 4N02A 2VC6A 1TB3A 1H63A 2ABAA 3N3MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCWA

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