3LCX | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lcxA00

2E68A 1TPB1 1HUVA 4OE7A 4WJEA 4YL2A 4UTTC 3W7KA 3W1UA 4LTSA 1AL7A 1BTMA 2TSYA 2VEKA 1AK5A 1B57A 1WBJA 1EUNA 3S5YA 3GDRA 4OQVA 2X16A 2QUTA 4YCOA 3PBUA 3F4WA 1X1ZA 1ML1A 4O1BA 1M6JA 4I7VA 4LRSA 1TTIA 4NX0A 3GDLA 1OYCA 3HQ1A 4UIOA 5AHNA 2FPYA 4M7TA 3PR2A 1Q6QA 2ZFAA 1WDWA 3NR0A 3UXDA 4Y9AA 4JYDA 1D3HA 3W1TA 2QR6A 3BLEA 1TV8A 1GEQA 5TIMA 5K4XA 2JKAA 5F1UA 3C0JA 5J5RA 3NL5A 3G1DA 3ZWSA 2EKCA 1XUUA 3BW4A 4HNVA 1OFEA 3O15A 2R91A 3NNTA 4LVBA 1HO1A 5K3VA 4N9BA 1YXYA 5TBOA 5I3JA 1OX5A 1DQWA 4NZFA 4IMFA 1ADOA 2QF7A 4GRSA 4NJKA 3ELFA 3L0NA 1C8VA 4RK8A 3BG9A 3NPVA 3LXAA 1ME7A 3EWUA 4NJIA 1VJIA 3G1FA 3RLVA 5D2TA 2ZRZA 4LNYA 5H2ZA 3W88A 1W37A 4IUOA 4O1CA 3MI6A 1KV5A 4O16A 4RV8A 3STGA 1D9EA 1A5SA 3CIWA 4O10A 5DELA 3DU0A 3GDMA 1LOQA 2ZZ6A 3GAYA 5BW6A 3W7LA 2VOMA 1FDYA 2QCHA 3NQCA 4CNOA 1K8YA 4RX0A 1TPFA 3LDVA 4QIUA 1TYGA 4TO8A 4QNEA 5ABTA 5FESA 4ALDA 3LHUA 2W6RA 2D73A 3PG9A 3UWWA 1GOXA 3NL6A 2V2HA 5LNSA 2YDAA 5AYYA 3CT7A 1S5TA 5HNRA 5AHMA 1UUOA 1NAL1 3W87A 1EB3A 2JKEA 3GR8A 2F84A 1QFEA 3CC1A 5G2HA 3UWVA 1IIHA 3NXFA 3LTPA 2ZA2A 1J5TA 4J9JA 3E12A 4ZQMA 2RDUA 1EEPA 4IPIA 3LCLA 1SZFA 3N3MA 3L5MA 3DGRA 3RLUA 5FEZA 4XBKA 1I8JA 3DFQA 1KFLA 4Z08A 2C3ZA 3A23A 5HUOA 4IPJA 3KFTA 2J9YA 1W54A 4IX0A 3DH7A 5E0KA 2GOUA 1WQ5A 5DY3A 3TA6A 1H5YA 3LCGA 2YFOA 2X1UA 3HGSA 5HUPA 4NJHA 5EL1A 2NX3A 1GZGA 4DXVA 1VYSX 3TKFA 3B03A 4E2BA 2YPIA 2H6RA 1ZFJA 2VC6A 2ZTJA 3P62A 1FWTA 3FYOA 3NL3A 4ICNA 4FB7A 1PCKA 2ZRXA 1NF7A 5LGZA 1FWNA 2HSAA 4GC4A 2ZZ3A 1Z41A 1B4KA 1WX0A 4OHQA 4Z1BA 1IGSA 1ZAHA 3PBVA 2QCNA 3T7VA 3UD6A 1XC4A 5G4EA 3HGRA 5AC6A 5D03A 1EP2A 1EPXA 1UCWA 1FBAA 4O0ZA 3TH6A 3SW6A 2VFIA 3C2VA 5KTLA 1W56A 5EPDA 1TPDA 2E5CA 1KTNA 3LCHA 4YWIA 1KM2A 2CW6A 4MUZA 3W74A 2FPVA 4LUIA 3ABOA 1RPXA 4GFSA 4UMAA 5D05A 3IVUA 1KW1A 1IXPA 4FNUA 4WX2A 3W7HA 4ZQOA 4IMEA 3S0CA 4GUJA 4O0KA 4E2DA 5AC7A 3PB2A 4K36A 4QM1A 1WXJA 1Q3NA 4NUWA 4NNCA 2V30A 2VFGA 3O6DA 4GUFA 2VEPA 3R13A 1RR2A 4EF8A 1EWEA 3R5EA 4GJ1A 4FXSA 4XBSA 4N4PA 3PY2A 2YZRA 2IQTA 2DZXA 3FYPA 4M6VA 3CLMA 3PG8A 4EIVA 4O14A 1OYAA 4LS2A 1UBSA 1QNVA 1GVSA 3TK7A 4MYXA 4BK9A 4QSHA 3W07A 1DKWA 2NV2A 3C2EA 4QISA 1M7PA 2NLIA 3N2XA 4PCFA 3PUEA 3IIPA 1DQXA 4Y6GA 3G24A 2H3DA 3S8HA 1A50A 2Y6ZA 1XM3A 3NPWA 4XWUA 4IXXA 2VFFA 3GDTA 3QQ0A 5BMWA 5U7SA 3MJYA 2CU0A 1DJNA 4WY0A 4UTKA 4N6FA 3GLCA 5LNUA 1R30A 4FXRA 4RKAA 2DZUA 1PV8A 1I2NA 4JNMA 1OABA 3EWWA 3W7NA 1G69A 2FQIA 1QAPA 5K9XA 3C4UA 4GE8A 3IIXA 4M7SA 3TIMA 4YXGA 1W3TA 2H8ZA 3MYOA 3NQEA 2ALDA 3N19B 3LV6A 3HB9A 4RR4A 1SZEA 3M1ZA 3LX9A 2Z6JA 3E96A 3UZ5A 1LBFA 3VFLA 3DKJA 3G8RA 4JTHA 4AAJA 5DBUA 3G18A 3DI1A 1O5XA 2HS8A 5I3GA 5C6MA 1HO4A 3B05A 4POCA 5AFDA 1RV8A 5LZLA 4AWTA 1ICPA 1T0OA 4O12A 4UTWA 5G5IA 1DL3A 3LCXA 3TSBA 3L5AA 1XUZA 4O18A 2JKPA 1WOBA 3NG3A 1L9WA 4JTFA 1LORA 4PTNA 4QITA 4QQ3A 1ME9A 2ZRVA 2Z0IA 1GVFA 5KSWA 3NM3A 4K8EA 3BGGA 3LRMA 2Z6IA 3DAQA 2PRMA 3IEBA 4JXCA 4Z1DA 4MKNA 3Q58A 1OVDA 4IJBA 4A3UA 2GVJA 3C2OA 2CZDA 5F2IA 3LCIA 4BI5A 4PH6A 3I6RA 3W2NA 2YXGA 3HG3A 3FLUA 1FDJA 3GZ3A 3LERA 3QMRA 4ONVA 4BR1A 3R12A 2E1DA 2I1OA 1KBIA 3P80A 4JX5A 3KVLA 1QMLA 2YYTA 3WJYA 1XL9A 1ONRA 4JYEA 4MFEA 5D2XA 5LNVA 2BWGA 2C14A 5DBTA 3W1MA 3SR7A 3O8AA 2WO5A 4MLRA 3W7CA 1Z42A 3L2IA 3L65A 3MHFA 4JTEA 1WOAA 1I2RA 5EKYA 5E1QA 4ZQPA 4Z1AA 3KRSA 2ISWA 4AB4A 1SR9A 1H51A 4JEQA 1OX4A 1ZY9A 3RK8A 2B7OA 3CM4A 3P84A 4CLMA 1FDZA 2A85A 5D2WA 1VPXA 2JBMA 3G8EA 2G5WA 1A5AA 1HTIA 4YCPA 4K7VA 4M6QA 2Q8LA 4JTGA 1SW3A 2DU2A 1EWDA 2E09A 2E6DA 2B7PA 1TSIA 5F2MA 1ICQA 3I7QA 4NNBA 1JVNA 2ZZ7A 2Z1BA 4HPJA 2OMAA 1VQTA 2CLKA 4R33A 4X22A 2EPHA 3NO5A 2C0AA 4MLJA 2BTMA 2FFCA 4FIRA 2Z2UA 3GK0A 2HTMA 3WK0A 4DPQA 1N7KA 1PCWA 1F73A 4OV9A 1QPNA 1IXQA 2ATMA 1X8FA 4UFLA 1TIMA 1I4NA 4MY8A 2WOQA 1K8XA 3MHGA 4M19A 1FCBA 1GG0A 4LVAA 5HR7A 5F2GA 4FNQA 4IQLA 1ZALA 2OZ0A 5G2WA 1F05A 1I2QA 2CZFA 3CU2A 1G67A 3C3NA 4P61A 3QZEA 3CWOX 2NX1A 2FB3A 3TXZA 4DBDA 7TIMA 4Q32A 4RLIA 4JICA 4AHOA 3S42A 1PIIA 3IIZA 5D32A 3NQ8A 2A2IA 3W2JA 2C16A 1SW0A 1PHQA 4FNPA 3HO8A 2OT0A 3HJZA 3WK2A 1RD5A 4DQWA 3L67A 2XN0A 4DO6A 2TRSA 3P60A 2B4GA 3I65A 3DXIA 3W75A 1H7WA 3OG3A 1G4TA 2JK2A 4RXFA 2EAWA 3SSJA 3GNNA 3EXSA 3TSDA 3FFSA 1N8FA 2Y70A 4OWGA 3QM3A 2C18A 3W73A 3DZ1A 4LWWA 5SWUA 4ADTA 4LU0A 3F1QA 1C29A 3L21A 4MIMA 1TTQA 3EXTA 4R7JA 1F2JA 1GWJA 4E38A 1QO2A 3W7RA 3MHUA 3OBKA 3O06A 2C13A 1W3NA 3LTSA 2NUYA 2YR1A 3N2MA 1TPC1 2Y62A 3AO0A 1QPRA 4UTJA 3NPXA 4IX2A 3A5FA 1KV8A 1ZHAA 4LY8A 2E5BA 2QJGA 1CX9A 3B4UA 1NF0A 2VXNA 2Y89A 3P5YA 4AWUA 3WFAA 5DCBA 4WOQA 3O1NA 4O57A 1IXOA 3BO9A 3LHZA 2ABAA 3TW6A 1W5PA 3V1PA 3TMQA 4RCXA 5IBXA 1L6WA 1Z44A 3QF0A 4WZHA 5AHLA 1EP3A 3EX1A 5H91A 2YW4A 3THQA 4HPXA 1DBTA 1OG0A 1V7YA 3MWAA 1OF8A 3DFOA 1YXDA 4ZQNA 3P74A 4N02A 1K7EA 1SQ7A 2QCLA 3JRKA 3NGJA 2NWRA 2A5HA 1FX6A 5CSRA 2DP3A 1K03A 1OJXA 4O15A 1NFBA 3VNDA 2WSRA 3IGSA 1QOPA 3Q37A 5AHIA 3WJSA 2Y7EA 1F74A 2I9EA 5CKSA 4HN4A 4N9EA 5I3FA 3TQ0A 2CWNA 1FQ0A 1ZJIA 2P10A 4UR7A 4CCDA 3GVGA 3GDKA 4MJZA 1BEUA 3PUDA 1M7OA 2WNNA 3G1XA 2A7RA 3N14A 5LSMA 3O16A 1ALDA 1DOSA 4JYFA 4S2CA 3R89A 3LM7A 2ATSA 4CCCA 3BG5A 3TDFA 1YDOA 4RZ5A 3WJWA 3UYCA 1T96A 3HGJA 4RZ6A 3D0CA 5KZDA 3A24A 2ISVA 2ZTKA 1R2RA 3UPBA 4MJMA 1FY6A 1S5VA 2PCQA 3TX9A 3BK0A 1YTDA 2DZVA 3NOEA 1JCLA 2VFEA 3UY8A 3W1RA 5K2ZA 3USBA 3W22A 1LLZA 4FEZA 1H7OA 1YYAA 2RDTA 3UNDA 1X6UA 1I2PA 3S5NA 1KM6A 4O50A 1UB3A 3IIOA 4AEOA 2JGQA 1H50A 3MUXA 5K7JA 1PS9A 1FXPA 2BLEA 1QWGA 3W6YA 4JR5A 3ABRA 1P4CA 3W7EA 3DBPA 4AXKA 4O8RA 1AW2A 3PVFA 3HGOA 1PHWA 3LHVA 4GWEA 1QDSA 3MW7A 3PC0A 3A5VA 5D09A 1MXSA 2EHHA 1JCJA 1A5BA 1GYNA 1XFBA 1KM1A 3LBMA 4LW7A 1KM3A 3ANYA 3C61A 5TQLA 2RH9A 3EKLA 3KVMA 1I45A 2WQPA 4ADSA 4OBTA 3VKJA 1LYXA 1RQHA 1OFDA 2GPTA 4R53A 1H61A 1H63A 4XTIA 1O94A 3O6YX 2PE4A 4BWLA 1QCWA 1WV2A 2Q3OA 3M9YA 4NJGA 4NNAA 3FOKA 4X2RA 3M0ZA 1VGAA 5HMSA 3GAKA 4H6KA 3EXRA 4Z1CA 3GIYA 4LV4A 2QJHA 3OEXA 4MY1A 1HFBA 3HIJA 2QJIA 3QJAA 3N73A 1EIXA 4MFDA 4LV9A 4H3DA 4LOCA 4MYAA 4LVDA 1Z48A 1VRDA 3IRDA 3F03K 1AG1O 1OX6A 5FEWA 3WJZA 2E6AA 3CIXA 2OJPA 4A22A 4DF2A 1ZAJA 4L4LA 2QUVA 3TV8A 3L0GA 2QAPA 2QCDA 1KLZA 3W72A 3LCFA 3QPYA 1JUKA 1H1YA 3LLDA 1LOSA 3ATZA 2Y7DA 4O19A 2B7QA 1U5JA 3SY5A 3G0UA 3LB0A 3DHDA 4BI6A 4I9AA 4PA8A 4K39A 2CFFA 2DJLA 3W1AA 1K3UA 3NQ6A 1PE1A 1UUMA 1KM4A 4TIMA 1JRCA 2C6QA 1G7UA 3KRUA 2J27A 3W7DA 3M5ZA 1GVRA 4IMCA 3MI2A 1ZCOA 3DKLA 3FJLA 3PBYA 1JUBA 4PEKA 1Q6OA 5IBXC 1G4SA 4CQ8A 4IXHA 3THAA 4O1DA 3VE9A 3G3DA 4KFPA 1D3GA 3S1XA 2J24A 1JQXA 3G22A 1DORA 1IF2A 3W1PA 2R94A 3NDOA 4LVFA 2FTPA 3GX9A 2Y7GA 5C55A 4JX4A 2RKXA 3DFPA 4DF1A 4LS0A 1NEYA 3QEZA 1AMKA 3SI9A 1MSSA 1SO6A 1GVQA 4TR9A 1GJPA 3FS2A 4KWVA 4U4MA 1SSGA 4UNLA 5I3KA 3RF9A 4JY8A 3DFTA 4UTMA 3L0KA 4X3ZA 2KZHA 5LNWA 1Q6RA 3LV5A 4DBEA 4AWSA 2FB2A 4JY9A 4FX7A 4FF7A 4AH7A 4AVFA 2NUXA 3R2GA 4S2BA 4ZMGA 3HG4A 4CQ9A 3TQVA 1EA0A 4TU1A 2YW3A 3O05A 1GTEA 1KTBA 5A8GA 3TAKA 5L9FA 2NV1A 4RJEA 2BX7A 2A6LA 3B06A 4LRTA 2ZZ2A 1JR1A 3N9RA 1K02A 1OFRA 3U6WA 3W70A 1BWKA 4O17A 3AJXA 1MO0A 2AAMA 3O63A 1GPWA 5D33A 1LDCA 2GJLA 3M5YA 1VZWA 3H54A 2E6FA 2ZQ0A 2XFWA 5CSSA 5EY5A 4WD0A 3PSVA 3DI0A 3QSTA 4I7WA 4UTTA 1W0MA 3LGEA 2F7FA 1W3IA 3TC6A 3BPWA 2GUUA 2QDGA 1LCOA 2H3BA 1MEHA 3UZJA 2X1SA 2ABBA 3M41A 3PUOA 3STCA 2RDWA 4N4QA 3S6DA 2ZRYA 3QMTA 3T78A 2X1TA 3HG5A 4RZ4A 1YXCA 1FCVA 1VS1A 1GG1A 3TXVA 4PL1A 4EOUA 1H1ZA 3OA3A 5AOUA 2V5BA 3C2RA 3UWQA 2E6YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCXA

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Chord Diagram

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