3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
5E84A 1KXPA 3H46O 4PL7A 2CGLA 3B8AX 3VGLA 4BG9A 5KPRA 4H0TB 1Z05A 5AQYA 4CBUA 5EX5A 3M6GA 4CZHA 5AQUA 4B1WB 4BC5A 3ENOA 2VWBA 5KQ8A 3SMSA 5BPNA 2W41A 2FF3B 1C0FA 4H03B 2QXLA 4ISGA 4B9QA 3D2EB 3LM2A 2HOEA 4NB4A 2E20A 3IFRA 3ULEA 3MMVA 2YJEA 2ZGZA 4FWQA 3P4IA 5BPMA 1HPMA 2YI1A 4MLEA 5ELZA 2Q36A 3RSEA 4BR9A 3D2FA 3AY9A 2Q31A 2VYPA 4BR4A 2QWPA 3F9MA 3U9ZA 4B1XB 4EFHA 3AARA 3W0LA 2YHXA 2FXUA 4M63C 2A41A 4BRMA 3CIPA 4BRHA 1BU6O 2A5XA 3EKSA 3WXKA 3VETA 3ULEB 4DB3A 5KPTA 3AAPA 1MWMA 3U4LA 5KQDA 3EO3A 2WUSA 1BUPA 2GWJA 1NGDA 4BG8A 5ADXA 1NBWA 1T6DA 3H3NO 3VERA 4MLHA 4BRAA 2VCPA 4WQ5A 2P9LA 3R6MA 1JCGA 3FR0A 4H0PA 3VGMA 2ZWHA 4BR0A 4FWMA 3VESA 3O1WA 4BC3A 2F9WA 1TUUA 3FZHA 1J6ZA 2CH5A 1C0GA 2FLOA 2P9NA 4H0OA 3FFKB 3WXJA 3BF1A 4WQ4C 1X3NA 3VGKA 5EY4A 3L6QA 5FPNA 3J8AA 4JD2A 4A2AA 3WQUA 1QZ5A 3CETA 3I33A 3UKUB 1JCFA 2BTFA 3H3OB 3H1QA 2CH6A 4JN4A 4DQ8A 4ISFA 2D1KA 2V51B 3ZX2A 4CZGA 2P9NB 4FWRA 1DEJA 2FF6A 3QMLA 5F0XA 3HZ6A 4FO0A 2GELA 1ATRA 2BUPA 1QHAA 5E26A 5AQPA 5F1XA 4FWKA 4JD2B 3TPQA 3AAQA 2W40A 3ATUA 3UB5A 3VF2A 4FWOA 4BQZA 4XH5A 4GY2B 1YUWA 2PAVA 5AQVA 5AQJA 4BRIA 1ZXOA 3CERA 4BRQA 3WEEA 4IXCA 2P9IB 5EVZA 2IVPA 3VPZA 2I7PA 1NGFA 1GLLO 2ZGYA 4BRPA 4H0YB 1NGBA 3O80A 3WXIA 4A62A 4B1VA 2D4WA 2DPNA 3CI5A 3H45C 3IDHA 4CBWA 1NWKA 3A5LC 4PKHA 1E4FT 3CJBA 1XUPO 3A5NC 4CD3A 3CJ1A 5ADXH 4EHUA 4K41A 5AQZA 3FLCO 3VEYA 1HJOA 3WEEB 3MDQA 1GLAG 3HBTA 4BGBA 1V4TA 3D2EA 4IO8A 1KAYA 1NGGA 1T44A 2YHYA 3BEXA 3JS6A 1GLBG 5AQSA 1NMDA 2I7NA 5I9EB 3QICA 3U8XA 2GEMA 3LDNA 4BR7A 1D4XA 2E2OA 1BDGA 2ASOA 4CBXA 5AQRA 3G25A 3KHYA 3MN5A 5LY3A 1GLJO 3GDQA 5BRDA 3MN6A 1NGJA 3LDOA 1TUYA 3DJCA 5F2RA 3JXUA 1YAGA 3CJ9A 3VEWA 5FPDA 1MA9B 3UE5A 5AQIA 1MWKA 1S3XA 2A6AA 1K8KB 4CZKA 2A40A 3DWLA 1U2VA 4IJAA 1HKCA 1NGCA 3IUCA 1WOQA 3LDQA 2KHOA 5AZJA 1QQNA 4BVPA 4I6MB 5FPMA 3CJ7A 3GOIA 4O5FA 3EZWA 2P9PB 2E1ZA 1ESVA 3ZEUA 1GLFO 4JNEA 2P9KA 3FGUA 1RFQA 5AQMA 4K42A 3HM8A 1Q18A 2E88A 5AQTA 1EQYA 2E2PA 2E1YA 2Q0RA 3D7EO 1HUXA 1ATNA 1U2VB 2PBDA 3CHWA 4CJ7A 2NLXA 1ZC6A 5AZJB 3BP8A 4QS7A 5LJWA 1P8ZA 5BN9A 1ZBSA 4B1ZA 3UKUA 3ZEUB 3S41A 3VEXA 1BA0A 1GLEG 3O6WA 4H5VA 2P9KB 3MN7A 5JMVA 3ZX0A 3R9PA 2QWLA 3CQYA 5B8HA 1NM1A 2V7YA 3HSCA 1BWFO 3GL1A 5AQGA 2P9UA 3VEVA 5BN8A 1BOTO 3ENHA 5TKYA 1BA1A 1WUAA 2AA4A 1NGIA 2F9TA 3CQXA 2Q0UA 1E4GT 1X9JA 3ZX3A 5EXWA 5AQXA 5AQFA 4FPAA 2QWRA 4H5WA 1SZ2A 3SK3A 1KAZA 3ID8A 4GNIA 3EL2A 2EWSA 3VENA 2QWQA 2FSKA 2P9IA 1H1VA 1LOTB 2ZF5O 3CJCA 4FSVA 4J8FA 4BRGA 2QM1A 4BC2A 3KVGA 3IMXA 2P9UB 2ASPA 5JICA 1OKJA 3VOVA 4FOEA 4H0VB 4FWPA 2HMPA 4BRNA 1DGKN 3BUZB 3QB0A 3UKRA 4BRLA 4BRDA 2QWMA 1QQMA 3QFUA 5BRHA 3SMPA 3LDLA 3O5BA 3FZMA 1BO5O 1NGAA 4B1YB 3QFPA 3EKUA 3OHRA 4AM7A 2Q2RA 4PKIA 4H0XB 2CGKA 4KBOA 4RCHA 3ATVA 2UYTA 3A5OC 4CD1A 4RWTA 3UKRB 4LC9B 2E2NA 5AQQA 5AR0A 1CZAN 4JHDA 4WYBA 4QS9A 5AQHA 4QS8A 5AFUH 1XC3A 1K8KA 2ASMA 1RGIA 2CGJA 4FOIA 2Q97A 4WQ5C 4BR5A 4MO5A 1SQKA 2GUPA 3EN9A 4NO7A 3VF6A 3SJHA 3QDKA 4A2BA 3W3DA 3L0QA 2YJFA 3DXMB 4I6MA 4XH4A 1IG8A 2P9PA 1GLDG 2Q1NA 4FPBA 3GBTA 5AQLA 2FSNA 1Z6RA 5AZIA 4BGAA 4H5RA 4JHDB 4WQ4A 1DKGD 2V7ZA 5BRFA 3A5MC 2D0OA 3O08A 2QWNA 4XH1A 1V4SA 4FWLA 4PKGA 4DCHA 3CJAA 5FPEA 3GE1A 4CZFA 5EOYA 1HKBA 2YCHA 5BR9A 2HF4A 3A8YA 5AZIB 5KPZA 4FWSA 4CZIA 3QBWA 4EAHD 3U9DA 1XQSC 1LCUA 1HX1A 1IJJA 4IWVA 3O4WA 1S22A 4BVOA 4BREA 4CZEA 2YHWA 4F9OA 3C0BA 3GG4A 2E2QA 3O8MA 1JCEA 4M7XA 4E1JA 3O1BA 4EIAA 1NLVA 2QWOA 2IVNA 5AFUA 4AM6A 1NGHA 4C23A 3WQTA 4CZLA 1X3MA 5LJVA 3TU5A 3LL3A 4CZMA 2A3ZA 3M1FA 2GWKA 3FZKA 4BC4A 1YXQA 3HI0A 3FZFA 4K25A 4BROA 1U6ZA 2AP1A 1T6CA 4IJNA 5AQOA 3HTVA 4MO4A 3MN9A 3QBXA 4YDUA 3RSEB 3D2FB 1NGEA 1QQOA 5AQKA 2FSJA 4EHTA 1TYQA 3BF3A 3MCPA 1Y64A 3C7NA 2IIRA 3KZBA 2E8AA 1HLUA 3LM9A 4BRCA 2D0PA 4DHYA 3H6EA 4O8KA 4H5NA 2GTDA 3VEZA 2QW9A 3SLCA 4B1UB 3FE1A 4IZ9A 2P9LB 3I8BA 2H3GX 4HTLA 2J4RA 4A61A 4BRFA 1TYQB 4BRKA 5JLHA 3C7NB 4Y0WA 2OANA 2NZTA 3ZETA 1MDUB 4BR2A 3H1VX 3LDPA 3WUHA 5JLFA 3A0IX 2A42A 4HWIA 3DXMA 5BPLA 5BREA 3DAWA 4K43A 4PL8A 3VEOA 2IVOA 4Z94A 2HF3A 3FZLA 1QZ6A 2P9SA 1BG3A 5CE3A 4CZJA 1GLCG 5AQWA 4XEIA 4FL9A 2ITMA 3ZETB 4BQLA 4CI6A 3DXKA 4H5TA 1KAXA 1RDWX 3MK6A 3VF4A 3R8EA 1SAZA 3M3ZA 4JAXA 2V52B 3WT0A 1G99A 4FWNA 2P9SB 1R59O 1YVNA 1ATSA 4M7YA 2NRHA 3L4IA 4ISEA 5AQNA 3WXLA 1HKGA 4L3QA 4RTFD 4YDUC 3DXKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E84A 4CF0A 3H46O 4BG9A 4LSNA 1Z05A 1RT6A 3HYFA 3OBYA 2NRWA 5AQUA 4B1WB 3SMSA 3HP6A 2W41A 4ISGA 4H03B 4FW2A 2NRTA 4CJUA 2N66A 3KK1A 1VQNN 1WN7A 3C6AA 4ELTA 4O8UA 4FJMA 2UXDK 4KH4A 4DTPA 3F9KA 5BPMA 4NXNK 3TSQA 2XRIA 3RMBA 5HLFA 4B9MA 2VYPA 4CHOA 1I2UA 2QWPA 3F9MA 5CHIA 2Y1IA 2YIPA 3LPTA 1BI4A 3AARA 2YHXA 4DR1K 2A41A 4BRMA 3CIPA 4BRHA 3R1XA 4CK2A 4QOZB 5KPTA 3ULEB 3LP0A 3AAPA 1M90O 1LQQA 4V1DC 3HOSA 5KQDA 3EO3A 4CGDA 1BUPA 4C8OA 1NGDA 1PX9A 1NKBA 1HNXK 1NBWA 3H3NO 4BRAA 1RBRA 3ZSXA 1C0TA 5C15A 3OS0A 2UXCK 1U47A 2ZWHA 4GVEA 3KOXA 1TUUA 2ITGA 1XHZA 1J6ZA 1C0GA 1IBLK 4O55A 2G8VA 4JI1K 1RDCA 1NJYA 1EETA 1VK0A 5MLCQ 3J8AA 3L6QA 5FPNA 3SNNA 4R5PA 1KQSM 4IG0A 1QZ5A 1JLGA 1JCFA 1Z26A 5GAEP 3AVCA 3H1QA 1TKTA 5GINA 3T3FA 1WT7A 1RNHA 2D1KA 3ZX2A 2OCEA 1VRUA 4ELUA 4FLYA 1Q9YA 3V9WA 1NK8A 1HYVA 2P9NB 1KC8O 1ATRA 4DUYK 1VSLA 4FVUA 1P90A 1VSEA 2XY5A 1C0MA 2W40A 3AA3A 1RTIA 3KJVA 4FWOA 4CFDA 4XH5A 2IGIA 4LH4A 5LMNK 4BY9C 4BRQA 2P9IB 4J2EA 4C1NI 3VPZA 3ASMA 1W9HA 4LFAK 1SUQA 2ZGYA 5FRMA 2YHBA 2XO7A 4B1VA 2D4WA 2DPNA 3CI5A 3OYBA 3AVKA 4Z4HA 4PKHA 1S1XA 1CHZA 1XUPO 3E01A 1B9FA 2RHKA 3O9UA 3O3HA 4B9TA 3FLCO 3KOWA 1X9SA 3EE9A 2X6NA 1J5EK 2KBHA 3HL8A 3ZSZA 3WEEB 2QK9A 3KC6A 1ZBLA 4CEAA 4EP5A 1KAYA 3JS6A 3MCAB 5AQSA 3MXJA 2I7NA 5DM7L 1U49A 2GEMA 1BMRA 4BR7A 2BGGA 2SN3A 2E2OA 1ZVEA 1B7DA 2NUBA 4WCEL 5BRDA 1JLEA 2BANA 5C25A 1TKDA 5FRNA 1WSIA 1WSFA 2HNZA 2VY6A 3IG1A 4W5NA 2G8FA 2A6AA 1K8KB 2KBKA 2A40A 2N2QA 2HHVA 4IJAA 1NGCA 5CZ1A 1WOQA 4GW6A 4DLGA 1S1WA 2X74A 2N2RA 4KTZA 5AZJA 4N5SA 5KK4A 4O5FA 4DV1K 3CCEN 2QXFA 3S5TA 3AGKA 4O0IA 2UU9K 2P9KA 5JVGL 1RFQA 5AQMA 3E66A 4K42A 4BACA 4DTRA 1BCGA 3HM8A 4FJ5A 3RR8A 4YOUA 2E88A 5AQTA 1EXQA 1HUXA 4E7LA 4DG1A 3TAFA 3VQPA 1ZC6A 1ZBFA 4DTUA 1X9WA 4B1ZA 1YITN 2LT8A 3ZEUB 3VQEA 4CF1A 3RMAA 1I3AA 3I56N 5B8HA 4C8MA 4BDYA 3QEWA 2FBXA 3Q7CA 3AA2A 3HSCA 3GL1A 5AQGA 1T7AA 3VEVA 2ZQBA 5M1FA 1TAUA 1OH8A 4DV6K 1K9MO 2Q0UA 1E4GT 1X1PA 3AVBA 4CK3A 2O8FA 5AQXA 4Z4IA 4F2SA 1S1VA 3CMAN 1JZBA 3TAMA 2YNIA 1LOTB 2QM1A 4FXDA 4PQUA 3SUQA 2E5LK 3HO1A 3SPYA 2P9UB 1I2VA 3JAMO 1HNVA 2ASPA 5JICA 3TABA 4FOEA 1YF5L 4UAFE 4DQQA 2KJAA 3WNHA 4DUZK 1ZVGA 1DGKN 3G4SN 3UKRA 3ZYYX 3RVCA 1BCOA 2HB5A 3QFUA 4AEIA 3SMPA 3TR8A 3LDLA 3O5BA 1BRZA 1NGAA 5J2NA 4HHFA 4CJRA 1VSDA 2VQEK 1WAFA 1XMQK 5C42A 2OZMA 4CD1A 3WNGA 3ZT3A 1O1WA 4MQ3A 4J2DA 5AQQA 4AQYK 1CZAN 1F21A 4QS9A 5AQHA 4QS8A 1DLOA 1RDUA 4CEZA 1KVBA 2D56A 2ASMA 1R0AA 1TV6A 3TTFA 4NO7A 1Q8IA 3KLFA 1A5VA 1NOZA 3G6EN 5SWMA 2YX6A 1IG8A 4YOWA 1NG9A 4LFCK 2HBKA 3B6PA 2Q1NA 1BHLA 3GBTA 5AQLA 3I0RA 3KK2A 2HHHK 3VQ8A 3SI6A 2ETJA 2QWNA 4XH1A 1EP4A 4M3TA 1NMNA 3HT3A 3O9SA 3GE1A 1XMOK 2IOCA 3VQ9A 1L3VA 1TK0A 3A2FA 3VQ4A 4JK7A 3AO4A 2HF4A 4IOXA 4CW7B 2OTLN 5AZIB 5KPZA 3TAEA 4FWSA 2D0CA 3BGRA 2FBTA 4FLVA 3KLEA 3KLIA 1HR0K 3V4IA 4BVOA 4Z0UA 1WB9A 3C0BA 1JCEA 1C6VA 3VMFB 2QWOA 3L2QA 2EHGA 2ATBA 3WQTA 2KBJA 4CVNE 1U04A 3M1FA 4BC4A 2GWKA 3M8PA 2Z1IA 4JS4A 4CIGA 4G9ZA 4K25A 4BROA 1U6ZA 1UA1A 1U48A 2VG5A 3M8QA 1KFSA 4HCCA 3AVLA 1CN2A 3RSEB 1RDAA 3EEQA 5AQKA 4CFCA 3VQDA 3K58A 2FSJA 1LW2A 3BF3A 1RDBA 4U67L 5GAHP 1CXQA 4CFBA 1WBDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5E84 A;  4CF0 A;  3H46 O;  4BG9 A;  4LSN A;  1Z05 A;  1RT6 A;  3HYF A;  3OBY A;  2NRW A;  5AQU A;  4B1W B;  3SMS A;  3HP6 A;  2W41 A;  4ISG A;  4H03 B;  4FW2 A;  2NRT A;  4CJU A;  2N66 A;  3KK1 A;  1VQN N;  1WN7 A;  3C6A A;  4ELT A;  4O8U A;  4FJM A;  2UXD K;  4KH4 A;  4DTP A;  3F9K A;  5BPM A;  4NXN K;  3TSQ A;  2XRI A;  3RMB A;  5HLF A;  4B9M A;  2VYP A;  4CHO A;  1I2U A;  2QWP A;  3F9M A;  5CHI A;  2Y1I A;  2YIP A;  3LPT A;  1BI4 A;  3AAR A;  2YHX A;  4DR1 K;  2A41 A;  4BRM A;  3CIP A;  4BRH A;  3R1X A;  4CK2 A;  4QOZ B;  5KPT A;  3ULE B;  3LP0 A;  3AAP A;  1M90 O;  1LQQ A;  4V1D C;  3HOS A;  5KQD A;  3EO3 A;  4CGD A;  1BUP A;  4C8O A;  1NGD A;  1PX9 A;  1NKB A;  1HNX K;  1NBW A;  3H3N O;  4BRA A;  1RBR A;  3ZSX A;  1C0T A;  5C15 A;  3OS0 A;  2UXC K;  1U47 A;  2ZWH A;  4GVE A;  3KOX A;  1TUU A;  2ITG A;  1XHZ A;  1J6Z A;  1C0G A;  1IBL K;  4O55 A;  2G8V A;  4JI1 K;  1RDC A;  1NJY A;  1EET A;  1VK0 A;  5MLC Q;  3J8A A;  3L6Q A;  5FPN A;  3SNN A;  4R5P A;  1KQS M;  4IG0 A;  1QZ5 A;  1JLG A; 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