3LI0 | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	226
structure length	226
Chain Sequence	SRRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDLLNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	82
structure length	226
sequence length	226
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-01-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3li0A00

2ATMA 4EWND 5EA9A 2QKFA 4N9BA 2J88A 1BWKA 2Z1BA 2YXGA 3C6CA 5FEPA 1IF2A 4YCOA 4O1CA 1P1XA 1V5XA 2C3ZA 3PSWA 3UWWA 4DF2A 5TBOA 3HG5A 1EA0A 4OT7A 5FEWA 5EKYA 3LERA 4C1LA 3DKLA 2ZA1A 1JCJA 1XXXA 3G0SA 1KM2A 1GVSA 2YFOA 4JYEA 4TMCA 3IGSA 3W7RA 1QFEA 4QM1A 3FKRA 3M47A 1TRIA 4RCXA 1OF6A 2CZEA 3GB6A 4LT9A 1GYNA 3ATZA 3IGXA 5AB3A 4ZQNA 3NQVA 3WJSA 3K30A 4U4MA 2VFHA 4O12A 4YMZA 1KFLA 3GZ3A 2CZFA 4FX8A 3TJXA 1SW0A 2OT1A 5G2HA 1ZHAA 1LRNA 3W7MA 3TDFA 4KKXA 1I2NA 1ZCOA 3W2JA 4EVZA 1ZALA 4N6EA 3A5VA 2A21A 4LUIA 1T0OA 1AW2A 4LVFA 2CW6A 3W1PA 1LOLA 4LC6A 4O53A 5AYYA 1F76A 1LOQA 3IIPA 3I68A 3BVJA 4HSNA 3W75A 4WXZA 1L2UA 3S8HA 3N14A 3PM6A 3W73A 1LLWA 2E6YA 3LLDA 4ADTA 3RK8A 2O7SA 1O95A 2A6LA 3MJYA 3UZJA 3B05A 2CLFA 1AMKA 4S2BA 1TPC1 2OX1A 1XUUA 3N34A 2H3BA 3TFXA 5E1QA 2YDAA 1Q6QA 3NYZA 4R34A 1E51A 5IM51 3A24A 3UWUA 4QJ1A 4QQ3A 5F1VA 2B7OA 4FX6M 5AHLA 1AW5A 5D30A 1SR9A 1KFJA 2XN0A 4NXKA 1L6YA 4MZ8A 1QPRA 1AL8A 4FIQA 1ICSA 4UTKA 3TC7A 3FYOA 3BARA 1GYLA 1GVRA 3NQCA 4XUGA 1KTBA 3R12A 2O7QA 3KAOA 4DPPA 4ALDA 5G4WA 3PG9A 5I3KA 4ML9A 4GC4A 4A21A 3TK7A 3WK3A 4TX9A 4UIOA 1PS9A 1LCOA 1JULA 2W6RA 3QJAA 4HN4A 4PL2A 5G1YA 5U7SA 1WV2A 4Q4KA 5HWNA 4QAIA 3LGEA 3W72A 1XC4A 2RFGA 3P8IA 4HPXA 1GG1A 4M6VA 3TQ0A 4Q33A 3USBA 1WDWA 1DORA 3TSDA 2CZ5A 1TO3A 2QAFA 1A5CA 1RZMA 1LLZA 4XKYB 4O50A 1UUMA 3NQ6A 1TRDA 4XTIA 1YTKA 1MEWA 3L66A 4PH6A 1WAUA 5LGXA 1VC4A 2WV8A 1ME7A 1UASA 4GXMA 4UFIA 2GQ8A 3M43A 1MXSA 2OMAA 4O16A 1J2WA 2V8ZA 3TJLA 4O4WA 3S0CA 4NJGA 3LRLA 3TC6A 1IXPA 4LWWA 1P4CA 4Z0JA 2RDUA 1OJXA 1A53A 2R94A 3CIWA 4GUJA 3HIJA 3S5YA 4A2RA 4TU1A 4GJ1A 2E5BA 1BEUA 4ORIA 3F4NA 1Z44A 2OJPA 3ATYA 1KV5A 3O16A 1N8FA 4JTTA 3LCHA 3SIZA 1C8VA 1D9EA 1P5BA 3L2IA 3TNOA 1K7XA 5HR7A 1DOSA 3U6WA 1QPNA 4IUOA 3QSTA 2WSRA 3DENA 1VYPX 3G3DA 3TW7A 5DN1A 1SQ7A 4LOCA 3LCGA 4S1FA 3GYEA 1OX5A 3KHJA 3O05A 3QRHA 1DV7A 1Z42A 3NEVA 2QUVA 4DPQA 4NNCA 4NX5A 3KOFA 5BRBA 4MLJA 5BNKA 3GDKA 3M41A 6ALDA 4CQAA 2QUTA 3M44A 2J24A 2VOMA 1QPQA 4RK8A 3BLIA 4O19A 2ZZ6A 1TV5A 3ABRA 4UTTC 2QJHA 4LC8A 4CQ9A 4R53A 1FCQA 5LKYA 1EP3A 5G1TA 3TU9A 1OFBA 2H3DA 1CI1A 4MYXA 1GT8A 5DCEA 2G96A 5DBTA 3WJXA 4ZL1A 1R47A 1SO5A 4JX5A 2ATSA 4NU7A 2ZZ1A 4IQLA 4UC5A 1PV8A 4N4PA 3TR2A 3TH6A 3PF3A 1WA3A 1FDYA 5D33A 1QAPA 2QCFA 4IOTA 3I65A 3B0VC 1W3NA 3KVMA 3LCIA 4WJEA 4UTJA 5AHMA 5LNWA 2CLLA 1IIGA 2YYTA 1F73A 2XFWA 3BGJA 4BWLA 2PRMA 1JQXA 4NJJA 2ZA3A 5K4XA 3O6CA 1W5PA 1LM1A 2E5CA 3NNTA 5CPOA 3LTYA 3PS7A 1XUZA 1KV8A 1B57A 3JS3A 4IX0A 1HO4A 3PBUA 1M7OA 4LVDA 1O5XA 2ZDRA 1LBLA 2XN1A 4MFEA 1G6CA 4FHAA 1QDSA 2Q8ZA 1RD5A 4Y8FA 1H7RA 5DXXA 4CLMA 1T8XA 1W54A 4NQ1A 5D38A 2Y61A 2QCNA 3W7CA 3R5EA 1JCYA 2HSAA 3SFKA 3R89A 1YXCA 4O1DA 1OX4B 1H62A 3FFSA 2CLIA 3NPVA 4ZZ9A 1G69A 1NSJA 3BV4A 4FXRA 3QMRA 3N9RA 1YDVA 1PHWA 3P8JA 1YXDA 1R2TA 4RZ4A 1G67A 3LCLA 1HTIA 5LZLA 1D3GA 1DKWA 1O5KA 2NLIA 4KWVA 2X30A 2Z6JA 2QCLA 2Y89A 3Q94A 4UFKA 1MEHA 3UNDA 3LHYA 2NV1A 3FA5A 4ICNA 3NPWA 2V5BA 3T78A 5I3IA 1FXQA 1W8SA 3R8RA 3LHTA 1F7BA 5ABTA 3VKJA 5E93A 2ZFAA 5LHEA 4PFMA 3W84A 1DL3A 1H63A 4FNUA 2PCQA 3NR0A 2ZRVA 3ZS4A 3EX1A 1XDMA 2Y6ZA 1TPUA 2ZYFA 5D2TA 1GVQA 2ZA2A 4WY0A 4UNLA 1NF7A 1Z48A 3HOJA 3W9ZA 1JCLA 1K3UA 4OV9A 5EY5A 4DBDA 4JY8A 1EIXA 5AC8A 2NV2A 2YW4A 2NWSA 3PSVA 1W31A 3LXAA 3W85A 1IIHA 3OEXA 3NQAA 3TUUA 1QOQA 5AC7A 3O07A 1FQ0A 4KFPA 3G18A 1FDZA 4Y6GA 5A5WA 3EB2A 3UZ5A 5FF2A 4O15A 1BWLA 3OIXA 2VELA 1PCKA 5D2WA 3G0XA 5EMUA 3OA3A 2FPYA 2QDHA 4NUWA 5AYXA 3TE9A 2V30A 3DHDA 1G4TA 1VR6A 5D02A 2I1OA 2Q8LA 4K7VA 5FF7A 2RKXA 4ZQPA 3DZ1A 1I2QA 4BI5A 3UY7A 3W7HA 2AAMA 2JGYA 1SO3A 3NGJA 3E49A 3F03K 1S5VA 4GE8A 2YW3A 5U4NA 2BTMA 1VRDA 3I7SA 1RQBA 3W7LA 2BWGA 2BXVA 1TQXA 2DP3A 1U83A 3R2GA 4HIBA 4UMCA 1I45A 3LBMA 1W37A 2DZTA 1K8ZA 2GJNA 4AHOA 3NQDA 1DQXA 1TYGA 2V9DA 4ZQMA 1TV7A 4HPJA 3GR8A 3T4CA 4W9TA 3NL2A 3UYCA 3W86A 2GOUA 1VS1A 1JR1A 3LDVA 3IGUA 3F4WA 5EPDA 1W5MA 4CCCA 2X1TA 4OQVA 4TMBA 1JUEA 4CCDA 1TJPA 2IQTA 3CEPA 2AGKA 4LVGA 1K03A 4O10A 3TSMA 1DQWA 4FF7A 3G1HA 3LCFA 1RQHA 2GVLA 3LHVA 1TPVA 1FX6A 1RPXA 3HGOA 3V1PA 1JRBA 4OHQA 4DF1A 2EPHA 3B06A 3CB8A 1R30A 1P0NA 1W5NA 2F7FA 1R2SA 3L65A 4R7JA 5G5IA 5I3FA 1RVGA 1OVDA 5F2LA 5AC6A 1NVMA 1XBXA 4O1BA 5L9FA 2A7NA 2QDGA 3QQ0A 4H4IA 4G1KA 2A5HA 2V2DA 1S5WA 1GPWA 1F5ZA 2ZRWA 5BW6A 3W1LA 4QNEA 3TXZA 4LS2A 5LNVA 1ZAJA 8TIMA 3A9IA 3G1YA 3LHWA 3N2XA 1B4KA 1VCGA 3SGUA 5FF0A 5HUPA 3W2KA 3M5VA 1G4SA 1GG0A 1O94A 4A22A 4MKNA 4WOZA 3BG3A 5BMWA 3HO8A 3GLCA 2WKJA 2Z0IA 5CSRA 1KBIA 1T96A 4ZQCA 3TCEA 3S1UA 3O6YX 3P7YA 1GOXA 4UTWA 3TQKA 3LV5A 4MJZA 1FXPA 3SECA 3UWQA 2FB2A 2NXIA 4M6PA 3P62A 3OBKA 4JY9A 3W7QA 4MY8A 4UFHA 5HJLA 5I3JA 2VEPA 2YSWA 1FDJA 3NVTA 3TMLA 1A5SA 1LORA 2EKCA 4UMBA 1RV8A 2NX9A 1LOSA 2H8ZA 2PE4A 3JR2A 3R13A 4O28A 3TXVA 4PCFA 2FTPA 3VFLA 2W0UA 5F4SA 3MI3A 2ABAA 4IPIA 4NNBA 3HMJG 1XBVA 4FXSA 2RHGA 4JTKA 3L5AA 2DZXA 5A8GA 3W22A 5AFDA 4Y96A 2WOQA 5J5RA 4AH7A 5HUOA 5DY2A 3GVGA 4GUHA 4EIVA 4UTMA 2WPBA 3G8RA 3E96A 1WXJA 4JIPA 1TCDA 3EEGA 3EX6A 3WK0A 3HJZA 1TMHA 2XN2A 2RDTA 1JVNA 3WJYA 2ZRXA 1GTHA 4K6AA 3T44A 5CPMA 3RFAA 3DFNA 1SO6A 2Y88A 3C2RA 4DO6A 2NUXA 4JR5A 4CCEA 1Q3NA 1IXOA 1JJKA 2EAWA 1SZFA 3QEZA 1QWGA 3DGRA 3TIMA 2CLHA 2WJZA 1PVNA 4MUZA 3CM4A 3S9YA 3IIZA 3EX4A 1YPIA 1JCMP 4MLRA 4WZHA 1DVJA 3QW3A 4HSOA 3W2NA 2JKEA 3GXNA 3VNDA 2J27A 4OWGA 2YGYA 4LUJA 4P2VA 3NM1A 1KW1A 3NL6A 2ZTKA 2YZRA 4A29A 3A5FA 4ADUA 2W79A 1B3OA 4LU0A 1CX9A 5AOUA 1YADA 3UD6A 3MI6A 3P80A 3W1MA 1OYAA 3QYQA 4M7TA 4IMDA 4X3ZA 1XDLA 1VCVA 2P10A 4J9JA 2FPVA 1F6KA 3RNDA 3THAA 5C2XA 2DZVA 4AAJA 4WX2A 6TIMA 2A4AA 1LRQA 2ZRUA 3NZ1A 3NAVA 3ZWSA 4BWLC 3S42A 1HUVA 1TPH1 2ZRYA 1I4NA 1MEIA 2HTMA 5K2ZA 1LBFA 5KZEA 1R46A 3M1ZA 4N9EA 4X9SA 5CZSA 2V2CA 3KVKA 2YCEA 1EB3A 5KITA 2G95A 3S1WA 1NAL1 4DQWA 4QISA 1X1ZA 4O18A 3GR7A 1LBMA 1YYAA 3SR7A 3NPUA 5DBUA 4GUGA 1F05A 1SSGA 3W1NA 4Z1AA 3YPIA 3NO5A 1ZY9A 2H8XA 4Q32A 3PR2A 4LNYA 3NQMA 3STFA 2GQ9A 1XBZA 4DF0A 1OFOA 4O13A 3RLVA 1XL9A 3E9AA 3L21A 4IMFA 4YLWA 1H7WA 4M19A 3VE7A 2ZZ5A 2DZPA 4Y90A 2X1SA 4BF9A 4PC8A 2RH9A 2FLIA 3KX6A 4QITA 3TX9A 2R14A 4WXYA 3RLUA 1SW3A 3FJ6A 3GDTA 3P84A 3G24A 5GVJA 1WOAA 3WFAA 2ZCGA 3EXTA 2FQIA 4A2SA 4O57A 4JTJA 5G2IA 1YTEA 3P81A 3UWYA 2NXGA 4UCGA 4UNKA 5DY3A 1H60A 1O4UA 4RZ5A 1IXQA 3M5ZA 4K38A 4LVBA 3L5LA 3W6YA 2ISVA 2E5DA 1LRTA 3EWZA 2NUWA 1YDOA 5K7JA 5D05A 3W87A 4U28A 1W0MA 3G1FA 3V75A 3MBFA 4X2RA 3NQGA 5C6MA 1XBYA 1W3TA 5H91A 1KTNA 1KLYA 4YCPA 2Z6IA 5D2XA 2P1FA 4PTNA 1H7NA 4YWIA 4JTEA 3DKJA 5D2YA 3S1XA 2WNZA 3ANYA 3PAJA 3O1NA 4FB7A 2DU2A 4JTFA 1THFD 2JGQA 1KM4A 1TREA 3PUEA 5KTLA 2X1UA 4M5PA 3LV6A 1TTQA 3W1AA 1QO2A 4H6KA 3E0IA 4NVTA 3W7JA 2FJKA 1GVOA 3ABSA 1M6JA 3D0CA 1TTPA 4PL1A 2NWRA 1VYSX 1ALDA 1VZWA 4K37A 2EHHA 3O63A 1QCWA 4H3DA 1SFLA 3A22A 3PUOA 3GXTA 4YL2A 1RR2A 1WBJA 1OYBA 3A23A 1W5OA 2V2HA 3NZRA 4FNTA 1EWEA 2WNQA 2YPIA 3L0KA 3GNNA 1VCFA 2C15A 3W1TA 1SPQA 2CZDA 4AVFA 1Q45A 1VJIA 2TPSA 3PC0A 1WYIA 4AWTA 2B0MA 2ZZ4A 4RR4A 1J4EA 3MWAA 4X22A 1L6WA 2A0NA 4MIMA 1NEYA 4O52A 5L6UA 1OFEA 2GVJA 2V5LA 3M6YA 3LOTA 1ADOA 2V82A 4LRTA 1I2OA 4RXFA 5J5DA 5EBUA 3SJ3A 4CNOA 3G0UA 3MP4A 4BR1A 3CU2A 2Y62A 3T40A 5LNSA 4O14A 2YFNA 4RKAA 3Q2DA 2QR6A 3IVTA 4RZ6A 5CPLA 5MHBA 2EF9A 3IIXA 2EGZA 1GEQA 4K8HA 3PB0A 2CLMA 2YYUA 3RF9A 1JCXA 4WUIA 1M7PA 1K02A 5D03A 2ZBTA 1ZENA 3LRKA 3I7QA 3WJWA 1X1OA 4RV8A 3DFTA 1FCUA 3CQ0A 1PCWA 3QSRA 3MO7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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