3LI1A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 83
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3li1A00
3PR2A 1G4TA 1VQTA 4UNLA 3S1UA 4LOCA 5K9DA 4XKYA 2EKCA 1Q6QA 4XTIA 3NR0A 1H50A 2GOUA 3S5NA 1PE1A 4W9TA 5EA9A 2O7QA 1GVOA 3G1XA 4O19A 3W3OA 3ZWSA 3L5AA 1I8JA 1H7PA 4HSNA 4LNYA 1ZAHA 3ABQA 3LLFA 3W71A 2FDSA 1FWWA 3TC7A 4UTWC 4Z08A 1LOLA 1MEHA 2GQAA 2DZSA 3TIMA 3DENA 3KXQA 2QJIA 3IVTA 4ADSA 4O1BA 1SZEA 4TU1A 1O60A 4ZQMA 3C2RA 2WNNA 3S5YA 4LW7A 2EPHA 2QCMA 1LLWA 5CZTA 5KSWA 3CWOX 3B0UX 5K3VA 4ADUA 2QCDA 3USBA 3PS7A 1QWGA 3GVGA 1R2SA 4JIQA 1DOSA 2DZTA 4R33A 4TMCA 3F1QA 1I2NA 2CZFA 2A1YA 2AGKA 3W1MA 4A3UA 3FLUA 4ONVA 1DJNA 3CWNA 3E49A 3O63A 2YCEA 2EHHA 2QUVA 3PUDA 1L6YA 2QJGA 1X7FA 4IUOA 3SY5A 2W79A 4S2CA 4X3ZA 5I3FA 2AAMA 4O13A 4LVFA 1EIXA 4UMAA 5F2IA 2Z1BA 4CNPA 4O8RA 3I7SA 1FCVA 1WOAA 5BMXA 4A22A 4XBSA 5IBXC 1AL8A 3TUUA 1Q45A 3WJSA 4AF0B 5E1QA 3LCFA 1W3NA 3P82A 1LRQA 1TV5A 3B0VC 4CNOA 2WNZA 2NUXA 1JRBA 1SO6A 2RDTA 4RLIA 1XUZA 1N7KA 1NEYA 3SR7A 1OF8A 1A50A 4LVGA 4O1CA 5D32A 3PB2A 3M9YA 3BK0A 2DJXA 3Q94A 3MW7A 3M1ZA 4Y9AA 3IGXA 1ALDA 2YFNA 3AO0A 3UY8A 1HO1A 4NZJA 1UUOA 5I3GA 3W74A 3OIXA 4JTLA 1K3UA 5EPDA 1OYCA 3W7MA 1ZNNA 3VI2A 5D05A 5G2IA 4JYEA 1WV2A 1XBVA 1L2UA 2YYTA 3QFEA 3MYOA 3SFKA 1RV8A 3FEMA 4KFNA 2Y61A 3W7CA 3MBDA 3SZ8A 5F2GA 5LNVA 1OX5A 2CZDA 4BF9A 3W87A 2A7RA 3I68A 4MLRA 2C19A 1QNVA 3OHIA 1DQXA 4U4MA 1VCFA 4RKAA 4HHPA 3M43A 1K02A 4O4WA 3KHJA 4GUGA 4HNTA 1FWNA 1Z41A 4MY8A 1R2TA 1NSJA 4PODA 1KLYA 2NX1A 1W3IA 2WO5A 1G67A 1YPIA 5H91A 4E2DA 1O5KA 3I7QA 1W0MA 2Z2UA 3THAA 1WDWA 2PE4A 3DHDA 3UPBA 4UTMA 3HPXA 2R91A 1JCMP 4IMEA 1ONRA 3N3MA 1A5SA 1DJQA 1P0KA 1ICPA 3GR8A 4LTSA 1JRCA 4Z1BA 2C13A 3H55A 5I3JA 1WOBA 4DBDA 4LS0A 4N02A 2CLFA 1M5WA 1TJPA 5DBUA 3SGUA 2NZLA 4DPQA 4CCCA 1SUXA 1O5XA 2DJLA 3B05A 5J5DA 4UIOA 5LNWA 5HUPA 3KX6A 2KZHA 1DORA 4FIRA 2DZVA 5KMYA 4FNTA 5G1TA 1AK5A 4HPXA 2XN0A 3UPWA 4MZ8A 4K6AA 2WV8A 3EWUA 3HPZA 3P7YA 3P81A 3W88A 3MYPA 5L6UA 4FIQA 4R53A 1LBMA 1S3HA 3Q58A 4QAIA 4S1FA 5A8GA 5HMSA 5LNUA 1YPFA 5FF3A 3QH2A 1H63A 3M44A 2OCZA 4UTTA 3BLIA 3O06A 1MEWA 3UQNA 2QDHA 3LTPA 1WX0A 3F4NA 3HIJA 5D03A 1TTJA 3KAOA 4K7YA 3NQAA 3JR2A 4WXYA 3N73A 4GUHA 5BNKA 4MUZA 3D0CA 4EVZA 2QUTA 3G0XA 3QEZA 2CLKA 5K7JA 1V7YA 4Y6GA 1M6JA 5D37A 4Y8FA 4WY0B 2ISWA 3LHZA 2XFWA 1SW7A 1QOPA 3L2IA 3MI2A 1S5VA 3TQVA 2A2IA 2ZQ0A 5FEZA 1LROA 1H1ZA 4QQ3A 1KM6A 1RQBA 4K7VA 4Y96A 2QCFA 4UR8A 1HUVA 3HOJA 3PUEA 4IMGA 4MOZA 4QITA 4HIBA 4PEKA 1NF0A 1R47A 2CLEA 3O6CA 3PSVA 3PUOA 1OX4A 2GJLA 3W2JA 4K39A 3W7PA 2YZRA 5AHMA 3QF0A 3W86A 2YSWA 3QRHA 5F4WA 2C6QA 3C56A 4ML9A 4JTEA 2ZRVA 3NG3A 3PG8A 3NDOA 3NPVA 3TW7A 3LGEA 3B4UA 2WSRA 4UFMA 2R8WA 3CPRA 1PCWA 4I9AA 3IRDA 1RQEA 1T96A 1RPXA 4PFMA 3SECA 3QSRA 5LNSA 4NJJA 4NNBA 4K38A 1TSIA 5F2MA 1TO3A 5DCDA 2WQPA 3A9IA 4PL2A 3WJYA 4AEOA 2ZDRA 5H2ZA 4Q33A 1IXQA 3DFNA 1VS1A 1E51A 4UTUA 2Q3RA 5TIMA 1F73A 1AG1O 3UYCA 3A21A 1AW1A 2J9XA 4OWGA 2FJKA 4FX7A 3PBUA 2PC4A 4Z1AA 2DP3A 4HNNA 5DN1A 2Y89A 3M41A 3P5YA 2W0UA 4FXRA 3H54A 2TRSA 4XWUA 1W5NA 3F03K 3LCHA 5AHIA 1W8SA 4DBEA 3PSWA 3UXAA 2TPSA 3I65A 2ZRZA 1FWRA 5J5RA 1TPB1 3W1LA 4JICA 3EXSA 3L0GA 4Z0SA 2YDAA 4X2RA 4DPPA 2V81A 1LRTA 1D9EA 3TSBA 1B57A 1JCXA 4IX2A 3NNTA 4MPQA 1UJPA 1QOQA 1WBHA 1TCDA 1B4KA 3W9ZA 3STEA 4M7SA 1A5BA 4X22A 3NQ8A 3QZEA 1YXYA 1TMHA 5IM51 3CM4A 2NX3A 4UTTC 1IF2A 3EWZA 4AB4A 3NPXA 3W70A 1QO5A 2X2GA 5TQLA 3FA5A 1LRNA 1MSSA 1JULA 1DVJA 4DXVA 2LLEA 3BV4A 5AOUA 4HSOA 1W31A 3DU0A 4O15A 1JCNA 3DFPA 4YCPA 1F6PA 5BRBA 1KBIA 4HPJA 5K2ZA 3PAJA 3LCGA 1X1OA 1EWDA 3V1PA 5D2YA 3A5VA 4WOQA 5AHEA 1HTIA 3P60A 3DZ1A 1FX6A 1FBAA 2QCGA 3TK7A 2ZYFA 1TB3A 2H6RA 1TPEA 2BSLA 1SSDA 2XN2A 5KZMA 4ZZ9A 3DFSA 4UFKA 1XDMA 4IMFA 1T99A 4XUGA 1XUUA 3FS2A 2CZ5A 4O0ZA 1Y0EA 3TH6A 2A21A 2ABAA 2PRMA 4QNEA 1ADOA 4N2YA 4D2JA 5D04C 3I7RA 3M6YA 3MHGA 3OVPA 3LXBA 4O54A 4E2BA 4DF2A 4JTUA 1OFEA 3QC3A 5HUOA 3W22A 1LOQA 1R2RA 2VFFA 4CCDA 2ZA1A 3T55A 1HL2A 3CTLA 3G1AA 2VKZG 3IVUA 4RZ4A 5DCEA 1DQWA 3W85A 3GZ3A 3P61A 1WAUA 3QMSA 2ISVA 3HGJA 1A53A 1BKSA 2G95A 2P1FA 4OV9A 4Q32A 1SO3A 4IOTA 1F6KA 1ZENA 3W07A 1JUBA 3LM7A 3Q2DA 1SZFA 1RR2A 4PCFA 1BWLA 1YYAA 1GG0A 4MY9A 5KZDA 1JVNA 1XBYA 5D09A 3L0NA 3UXDA 3PBVA 3G1FA 4FNRA 1K8XA 3M5YA 3ZS4A 4QISA 3PY2A 4O1DA 3SGZA 4AWSA 3Q37A 3GIYA 1OF6A 1SFLA 2YR1A 2QF7A 3LCIA 1VPXA 4JD4A 1SFJA 5G2WA 3TDFA 2Y88A 3UWUA 3PULA 3GR7A 2YXGA 4JTGA 1YLVA 2A7PA 1H51A 3KVMA 2A5HA 5I3HA 1GG1A 2QDGA 4MFDA 3W76A 1G6CA 5LSMA 4MVAA 2E09A 1OYBA 5CG7A 2BX7A 4O14A 3W75A 1AL7A 5I3KA 2Z0IA 4O0KA 2V8ZA 2Z6IA 1TTIA 5I3IA 3PF3A 1OFOA 4RCXA 1D3GA 1VCVA 4JTIA 4UFJA 3LI1A 1LCOA 1K7XA 3FJ6A 3A5FA 3KVKA 5CZJA 5FEXA 4FX8A 1TPDA 4E0CA 1EP1A 3LERA 1N55A 4O12A 3OEXA 2RFGA 3IIOA 1TPVA 3S5OA 4ICNA 2RHGA 1I45A 3LV5A 1M7PA 1WA3A 5EY5A 3GXTA 2E6AA 2C3ZA 3TR2A 3HGRA 1YTEA 2F7FA 1TQJA 4JNMA 4LC6A 5ABTA 3G1YA 3WJXA 5E93A 4AWUA 5G1YA 4ZMGA 3MUXA 1KV8A 1F05A 1IIHA 3TA6A 3R5EA 1IXOA 3L5LA 3IVSA 4O57A 1K7EA 2ZRWA 3O8AA 1LM1A 4ZQCA 1N8FA 1H7NA 3HF3A 1QPNA 3BLEA 2X16A 2CWNA 1OFBA 3TAOA 1Z42A 3QW3A 3CQ0A 3QM3A 2Y63A 5HR6A 2Y70A 4IXHA 3W1NA 5CZSA 1CW2A 3NA8A 4TIMA 1SZNA 3TX9A 2QCEA 5F4SA 1TV7A 3L65A 5T26A 2FIQA 5AC7A 2ZTKA 5LHFA 3ZR4A 4LRTA 3PM6A 3VE9A 5G2HA 3BGJA 3FIGA 1TJRA 3FKRA 1X1ZA 2X1RA 2CLHA 1ICQA 1QO2A 4BI5A 1YDVA 1Q6LA 3NGJA 1F2JA 3W1PA 4CNNA 3VCRA 3EX1A 1KM5A 3TJLA 1UCWA 5LGZA 2V2HA 3OBKA 4AH7A 3QPYA 4LVAA 2FPYA 3QMRA 3M0ZA 1UB3A 3LV6A 4UFHA 2OT0A 1KTBA 3L67A 2J9YA 2YGYA 4M19A 3OG3A 2W6RA 2QCLA 3L5MA 1OG0A 1VYRA 5DXYA 1VHCA 4FEZA 3HG3A 1GEQA 3W2KA 4A29A 1WBJA 1B9BA 3QMTA 3M47A 4ZQRA 3G3DA 4L4MA 2HMCA 1S5TA 3EXRA 3S5ZA 2JGYA 6ALDA 5AHFA 4FF7A 4CCEA 3U2OA 5KTLA 3O16A 2Q8LA 1O4UA 3GDLA 2J88A 1FCUA 4TO8A 4JEQA 1VC4A 2QUUA 2ZZ6A 3ABOA 4UFLA 4AF0A 3TQ0A 1XCFA 1G4PA 4JYFA 4LY8A 5EMUA 1EUNA 3W73A 4YXGA 1NFBA 3W7IA 1BTMA 1F5ZA 3LHVA 5CSRA 3BVJA 3R2GA 4LRSA 1EP2A 4N4PA 1ZCOA 2NLIA 4MZYA 3DAQA 4Q4KA 3GAYA 2NXIA 1ME8A 2X1SA 3CIWA 3W83A 3DI1A 1ZAJA 3MWAA 3QQ0A 3TXVA 3G3MA 2DZWA 2ZZ5A 1RQHA 3KOFA 3SIZA 2EGZA 4LS1A 5HWNA 4YLWA 3UWYA 3KRZA 4FNSA 2H8ZA 4FNPA 3RLVA 4LU0A 5F1VA 4O17A 4AAJA 2TSYA 5K9XA 1ZHAA 5L9FA 4ALDA 3LHWA 1J4EA 1VHNA 5AC6A 4WD0A 1JCLA 3FJLA 4OE7A 4NU7A 2VOMA 3N34A 2RDWA 2JKEA 5AHLA 4YCOA 2FLIA 3EWYA 3HG4A 5LHEA 4RK8A 5D2WA 2Y7EA 4IPJA 3W6YA 1ZY9A 1VRDA 2X1UA 4BR1A 1KM4A 4H4IA 4M6PA 4RR4A 5CPNA 3W2UA 5KINA 1L6WA 2E6YA 2ALDA 5LZLA 1JCYA 3BW2A 1MXSA 5G4EA 4FX6M 3B0PA 3DGRA 1KFCA 2HS8A 1F76A 2H90A 1R46A 3C3NA 5CGQA 3NVTA 1HG3A 1K03A 2FB3A 2H3BA 2RDUA 2WNQA 4RXFA 4UTLA 5D2TA 4I7UA 1IXNA 3IIVA 3RF9A 5LKYA 4U28A 1I2RA 4POCA 1K7FA 2E68A 3S1XA 4OHQA 3HBLA 1SSGA 3G1SA 3QYQA 1RZMA 4N9DA 3ELFA 4MKNA 3G0SA 3NQ7A 3I6RA 3UNDA 2GQ9A 2ZFAA 2GJNA 2RKXA 1H61A 1KFBA 2VC6A 3LXAA 3P62A 2QCHA 4Z1DA 1PCKA 3T44A 3STGA 4JYDA 5HWMA 4LV9A 1AW5A 1A5AA 1H7RA 2VEPA 3NEVA 1I4NA 2JK2A 4IQLA 1GYNA 4FNQA 3EX2A 4K8EA 4GRSA 3NPWA 3M5VA 4GBUA 2WSQA 4JTTA 4GUFA 3V75A 2F84A 4YWIA 4BWLA 3NZRA 4AVFA 4HN4A 1WYIA 5D38A 2C15A 3HGSA 1QAPA 3EEGA 4UNKA 1W5PA 4PC8A 5DCBA 5U4NA 3GX9A 3LOTA 3JS3A 4LS2A 3TAKA 1WXJA 3EB2A 3NQMA 4NJKA 4WY0A 4WZHA 3NQDA 4DO4A 3GXPA 1DHPA 4DQWA 2BLEA 4IJBA 1SQ7A 4GJ1A 3LCWA 4KFOA 2OMAA 3NO5A 2HTMA 1IXPA 2IQTA 3GAKA 4P61A 2ATSA 4WOZA 1I2OA 1R30A 3BLFA 1OABA 3LBMA 1MZHA 5FF4A 4JS3A 1KM1A 3EKZA 3BW4A 3O1NA 1EX5A 2V2DA 4LWWA 3NL5A 1GZGA 1K8ZA 2GVJA 2ZZ1A 3UWZA 4RZ6A 2EAWA 4TR9A 3HG2A 3STCA 3W7HA 3L66A 4E38A 2A4AA 3W84A 3CU2A 4UTIA 1H7XA 1ICSA 2WOQA 3K30A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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