3LMYA

The crystal structure of beta-hexosaminidase b in complex with pyrimethamine
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
499
structure length
479
Chain Sequence
PALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-hexosaminidase subunit beta
publication title The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine
rcsb
total genus 180
structure length 479
sequence length 499
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2010-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF14845 Glycohydro_20b2 beta-acetyl hexosaminidase like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3lmyA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3lmyA01
3WFLA 3EDJA 2XVLA 4HZ7A 4PSPA 1JD7A 1GQKA 1LF1A 1JNDA 4FLRA 3GH7A 3AZRA 1V0KA 4TVCA 1DWFM 3AHYA 4H41A 3U5YA 1GOOA 3VNYA 1HJUA 2W5FA 1E1EA 1Q6FA 1WKYA 1JF5A 1LG1A 1M04A 2G3JA 2GVYA 4H04A 4M29A 3AHTA 3WD2A 1CXFA 4OZOA 3VGBA 3ZJ6A 1FOBA 1XC6A 2X0HA 3VX0A 2ZWZA 1NWRA 1XV8A 2CKRA 3VGGA 5ECUA 4DUVA 1KGWA 1V0NA 5DT5A 4ATLA 5HXMA 3UR8A 1AQHA 1WE5A 4CD5A 3RJXA 5EFDA 1ODUA 1LL4A 1JZ4A 2WCSA 2WVVA 1E15A 2XYLA 1WDQA 3BLPX 4DWSB 3GNOA 1I1WA 1H49A 2XVGA 1K9DA 5M03A 5A2BA 2WBGA 3FHQA 4N0RA 1CGVA 1VENA 5M17A 1H09A 2J4GA 5I24A 2JFEX 1OIMA 4URIA 5A6BA 1JZ8A 4UOQA 4HU0A 3SCWA 2ZX5A 1UQZA 4JZ5A 4ATDA 3U57A 1FH8A 1UA7A 4PTVA 2J77A 1KBKA 4D1IA 1V02E 4JL2A 3L4ZA 1CXKA 4GQQA 2BY1A 5ABGA 5BCAA 1E71M 5IXEA 5BWFA 1W1TA 1ZJBA 4M56A 3GTNA 1AQ0A 4D6IA 4DWSC 4JFSA 2A3BA 1ZJAA 2WVUA 4P7QA 5FKYA 1VFMA 1TVNA 4AZBA 1NQ6A 3OGSA 4FF5A 2EO7A 3WEOA 2FHCA 1E40A 3QHOA 5I79A 4JFWA 4N42A 2EPNA 2WKLA 3WNKA 1ITXA 1GJWA 1EQCA 4CVUA 3OG2A 5GPRA 5M5DA 2DPEA 2XSAA 2OWWA 3VMPA 1KXHA 3BCFA 1J10A 1UUQA 3MSGA 3UEQA 3EDFA 1UR1A 2WMIB 2ZX9A 2W67A 2J62A 2J79A 2VOTA 2GDVA 2BVYA 4KRUA 1G5AA 1LLOA 3ZJKA 4P8XA 1J0IA 1US3A 3KL5A 3DECA 4JCMA 3WY1A 4U2ZA 1JZ2A 3ARQA 1G9HA 1X1NA 1W9BM 1CGTA 1UKOA 4CN1A 4PEEA 1OCQA 1Q6EA 2GJPA 2VX5A 1U2YA 3OGVA 4H8HA 4ZE5A 3VINA 1JYVA 3WQ4A 3BMWA 1WDSA 1ISZA 3L4VA 1BG4A 4M81A 1JYWA 2WC4A 2ZUMA 3N13A 1Q6GA 4CGTA 3W28A 1B31A 4BCEA 3WQ5A 1WAWA 2OSWA 1J01A 1UD4A 2JE8A 4PTWA 1JF6A 3WH8A 4B16A 2G3IA 2VRQA 3IAPA 4LX4A 4MAZA 5DF0A 1AVAA 1TE1A 3ZIZA 1EH9A 1UKTA 2AOSA 3VX1A 2WZIA 4V28A 4UNIA 1LWHA 4MDPA 2ZUTA 3WELA 4AZGA 3TA9A 3ZQ9A 3NDZA 4PMNA 2V5DA 1J11A 2J8GA 3GDBA 5JIWA 1GVYA 3WDRA 3I3EA 3W37A 4AD1A 4Y7EA 3AFBA 2XGBA 2D22A 3HMCA 4D6HA 4BQ2A 3PZVA 4GZEA 3T09A 2Q8XA 1V6VA 2WHMA 2C8NA 3AIWA 1TG7A 1F4AA 2WMJA 4AZCA 2ZX8A 2E0PA 3ALFA 1OM0A 2YDSA 1EO5A 2DSKA 2FGZA 1XHGA 1KB3A 4AISA 4C7GA 2J75A 3MMUA 3B8SA 1ODZA 3VM7A 4X0VA 2Y8KA 1MXGA 5GNXA 3PZMA 3W0KA 2VZVA 1JI1A 5EB8A 1HJWA 1CENA 3UCQA 3A47A 2GJXB 3MUAA 4PTMA 3RILA 5D9PA 4ACZB 2QMJA 4W5ZA 4JL1A 1XH0A 2WVVB 2D20A 1E72M 2EJ1A 4MDOA 3UG4A 4FK9A 3IK2A 4UOJA 3CHEA 5E6ZA 2QPUA 2QF8A 1V0MA 2EPKX 3AIBA 4UQBA 3WENA 4DUWA 4P7LA 1EDGA 3II1A 3EMCA 5A6JA 1E0VA 3D5HA 1BHGA 1W3HA 1NWUA 4FLSA 3IJ8A 3KL0A 2UY5A 3GZAA 1VF8A 1H2JA 4EE9A 1GOIA 4A4AA 2X0YA 2XUCA 3VGHA 4MJ4A 4GKLA 5BRPA 4CN4A 2VJXA 3CIVA 3N1AA 4WIWA 7A3HA 1L0PA 3W82A 2PWGA 1V3IA 1MW0A 3W81A 3VPLA 1VFOA 1H4PA 4HMEA 2X2YA 1CNVA 1UR0A 2XSBA 3SUTA 1LJYA 2Y2WA 2W62A 1JDDA 2G3MA 1UYQA 4MJ2A 4H7VA 4NF7A 2F8QA 1MW3A 1ESWA 1CXEA 3NIYA 1GOQA 3ALGA 3BC9A 3AMGA 1KQZA 2PBGA 4EKJA 4ACYA 3WF0A 3CHDA 1QBAA 1ISWA 4AEEA 1UWIA 3FAXA 2VCCA 2VR4A 2WAGA 4JFTA 5CG0A 4E8CA 1U33A 3IANA 4P7NA 2FHBA 5CGTA 3VIPA 2CKSA 2ZX7A 2XGIA 2E8YA 1TR1A 4WK9A 1MW2A 2JF7A 2WLYA 1HIZA 1UR8A 1C91A 3WMCA 1I1XA 1OSEA 3SEPA 2Y5EA 4QLJA 4EK7A 2OSYA 1OT2A 1CLVA 2UWFA 1WZKA 2VX4A 4YPJA 2BNJA 4GPNA 2V3GA 1IT0A 5E09A 3FXYA 1WCGA 1HJQA 2XFRA 4J28A 3W6MA 2PC8A 1GZJA 3QHMA 4D72A 4OBSA 3CMJA 1C8YA 4U5KA 5BRQA 1FHLA 3ARRA 4UQ9A 4EAMA 3ARTA 3EDDA 1ITCA 3POHA 3MO4A 4LYPA 1OGGA 4PYSA 2BY3A 1PEZA 4GI9A 4HMCA 4GO8A 1J0YA 2J7GA 2AAAA 5C70A 3W38A 1PZ2A 1V0LA 3MUIA 5EMYA 2XVPA 8CGTA 1PIFA 4XB3A 4KMQA 4XUYA 1E6XM 2E4TA 3QGVA 1DEDA 1E5NA 4CD7A 2Y8VA 3RM4A 5I77A 3N17A 3UERA 4UQEA 1E6ZA 1UD6A 2X8RA 2JIWA 4MAVA 3T2OA 3BLKA 3AI0A 1MQPA 2WC7A 4E8DA 1E1FA 1XYZA 1S46A 1W32A 4V27A 1HP4A 1YQ2A 4ZEPA 1HN1A 1BGGA 3UETA 2NT1A 3AXIA 4KGLA 3VIKA 3O6AA 3AIRA 4UR9A 3AYRA 2WANA 4MPKA 5DFAA 1JG9A 1SFSA 5LA0A 4UFKA 2VUYA 3ECQA 4QCEA 1KWGA 4HOZA 1FFRA 2O9RA 2F2HA 3ARWA 2VX7A 2CEQA 3ZR5A 2CBUA 1NOWA 1OB0A 2WC3A 4GZJA 1B1YA 1M53A 3WNNA 1V02A 1EA9C 3A4WA 1PX4A 5CLTA 3M6DA 4IM4A 1E0WA 1MW1A 4QFUA 4U5IA 2W92A 1EHNA 2Y4SA 2WHKA 4AIUA 1L8NA 2XJ7A 3WH7A 1KBBA 4P8UA 1QW8A 1QNSA 1I75A 1E70M 2O9TA 1J0HA 2BHZA 1B0IA 3WD4A 1KWKA 3U7VA 4XX6A 3WBAA 3GNPA 3WIJA 2XVKA 2V38A 4RL3A 3OLIA 3ARVA 1FHDA 4AD0A 1W9UA 2PF0A 4TXEA 3SCPA 3N04A 1UR9A 2ZUNA 5D9OA 4W8LA 1JZ6A 1MYRA 1DTUA 7TAAA 3PZ9A 1H41A 5A3HA 5IDIA 2FDMA 1X6LA 4RE2A 2Z1KA 3NCOA 4ATWA 4M82A 4V2XA 4CUCA 4LYRA 1TA3A 1GOKA 1SR0A 3TTQA 2J47A 4GO9A 4BQ4A 3PHAA 4HZ8A 2VI0A 1JAKA 1JZ3A 4LGXA 2CIPA 3CUIA 4MTVA 5HPCA 1V3MA 1FA2A 1JAEA 3N12A 4MB3A 3FY1A 4K68A 2WLZA 1HKMA 4Z2KA 2NT0A 1E6NA 5E0FA 1ISVA 1W9XA 2ZE0A 1HKKA 3SCVA 3OB8A 4TUFA 1UOKA 3K4AA 2WM0A 1B3WA 1UWRA 4AZ7A 3EDKA 3AHVA 3SCRA 1HJVA 4WF7A 1UKQA 5CLWA 2EPMX 1R8LA 3QOMA 4OKDA 5BXPA 4X0NA 3TP4A 3F5JA 3F5LA 1JZ5A 3AHZA 2D23A 2WMFA 1IZKA 1CGUA 1GORA 4QCFA 2CHOA 4JKMA 3PTKA 3ZJ7A 3IAQA 1JGIA 2CYGA 3ARUA 4YN5A 1Q6DA 2VO5A 1CEOA 2YA0A 4HU8A 1R7OA 1C8XA 1VFFA 4MNKA 4AW7A 2D1ZA 4W8AA 2WNWA 3ZJ8A 3VDCA 3ZT7A 2F61A 4QLLA 4PUEA 1OGSA 2JALA 3CZEA 3ARYA 4CD4A 2YA1A 3CZKA 4PN2A 4BA0A 3EBVA 1C8QA 4AD4A 1E0XA 2RGMA 3AXHA 2V5CA 4DWSD 2ZUWA 5IFPA 5C71A 5ABEA 3VUPA 1MWOA 2DT1A 1E3ZA 1KGXA 1KXTA 3WQ8A 4AZ6A 1KXVA 3TTSA 2WWCA 4P7OA 3T2PA 3AHXA 3OLEA 1KFWA 1E3XA 5ABHA 3MV11 4AIOA 1E43A 4J3VA 1OWQA 2X09A 3CZ8A 5CQ1A 2QHAA 4A3YA 3SCNA 1DWAM 3PTQA 5A2CA 1NWTA 2BVDA 4M80A 3GXMA 4PBGA 4Z2LA 1B2YA 3GXDA 3ZT5A 4NZCA 1D3CA 1JIBA 4M1RA 7CGTA 4YHEA 5FD0A 3WUBA 3GXFA 2A3EA 3AS2A 3SURA 2CITA 2YL5A 2DT2A 1J9YA 1RP8A 2VVSA 4AZHA 4MB4A 3RJYA 1EHAA 4GI8A 3SCOA 2YA2A 3WMBA 4D71A 4RE3A 1GPFA 1XRVA 3KWXA 2WB5A 1VRXA 3ZSSA 4B3LA 5BROA 4C7FA 3MMWA 2UY4A 2VZOA 1BG9A 3AS0A 2PWDA 1PX3A 1MQRA 3PTMA 2YLLA 1V3LA 1HVXA 2WZHA 2W91A 2EBNA 3WEZA 1OINA 5BXTA 2VTFA 1TUXA 1VJSA 2VZSA 4M8UA 2XHYA 2GJRA 4JFUA 2FGLA 3PBGA 1HX0A 4PCSA 1EXPA 3AICA 2VCAA 2RGLA 3WDQA 4CKQA 1KR0A 5IHSA 1VB9A 2WHJA 3CLWA 4E2OA 4UFIA 3M07A 3ZMRA 2YJQA 4U3AA 2XIBA 5ABFA 4L4OA 1NP2A 4E4PA 2WKGA 3AQUA 2XG9A 6CGTA 1GUVA 2YDQA 2DGAA 2YDRA 1WO2A 1W9DM 2DSWA 3GM8A 3S2CA 2G3NA 4MNJA 4U33A 1TA3B 5FIPA 3O2LA 4UFHA 4UZSA 1BQCA 2J7HA 2VZTA 4JHOA 5JBFA 1H1NA 4ML4A 1GHSA 1E4NA 3DYPA 4ZXOA 3D3AA 1SMAA 1AQMA 1AMYA 1EQPA 5GNYA 4AC1X 1GJUA 4QP0A 5E0CA 1XYFA 2CESA 3TONA 2YIHA 3RPMA 1QVBA 2BY0A 3DYOA 1LG2A 2WWDA 5KEZA 2WCGA 2J74A 2MANA 3WL0A 4ZENA 4BZYA 3BSHA 1VJZA 3WQVA 3VIIA 4JFVA 4HPHA 2ZXBA 1UQYA 5CXPA 4GXPA 1EDQA 3W53A 2DQXA 2J7CA 3VD4A 4W84A 4OBRA 1W2PA 3AS3A 2W63A 2DSZA 1R85A 1O6IA 3W4RA 5A6SA 2DDXA 4AXNA 1BYBA 1UR2A 4AIEA 1UG6A 1XSJA 2Y24A 1BF2A 1NWSA 1UD3A 2WMHA 2WZEA 1JFXA 3G6MA 4PUDA 3RM9A 3K46A 2D2OA 1BVNP 1BVZA 4Z2GA 3SCQA 1EO7A 4FLOA 4HZ6A 1KGUA 3AZTA 3PZQA 2J7EA 2WXDM 3GH4A 2GUYA 2GK1A 3T2QA 1UH2A 1V6XA 1PJ9A 5A69A 2VT0A 5HBFA 3WSUA 3FW6A 1VFUA 5I78A 3UESA 3PZOA 3VNZA 3MUY1 3VGDA 4CD8A 1PBGA 1GHRA 1VBUA 5A6AA 3VIFA 4OUEA 3VM5A 3BAKA 3GH5A 2GSJA 4AZIA 5CSYA 2DIJA 1HL9A 3F5KA 3VKKA 5D8WA 2PWFA 2V3EA 4B15A 4CU6A 2OYLA 1B9ZA 1CIUA 4D6GA 4HPGA 1ISYA 4W88A 3FHAA 1WPCA 1GOMA 2UY3A 4W93A 5IHRA 1JD9A 4UQCA 5KZ6A 5DMYA 1QI5A 2PBOA 2CETA 5A8NA 1PZ3A 1N82A 1OGBA 3HU7A 1ZBVA 4PMXA 4UFLA 1B3XA 3SCUA 3I3DA 1D2KA 3W27A 1FP8A 3PZIA 2ZUSA 4Q22A 3WUFA 4J3TA 5FOOA 3N11A 4AMCA 2QLYA 3T0BA 1G1YA 2J8FA 1UZ1A 4XZBA 1EIBA 3WDJA 3SIMA 4AD2A 1ECEA 4WKAA 3AMDA 1B90A 1DHKA 4C91A 1H0IA 1O7AA 4IISA 2A3CA 3MANA 3NSNA 2UY2A 5CZKA 1NOFA 4JKLA 2DH3A 3L2LA 2J7DA 3UG5A 5HPOA 4CN6A 1CLXA 2XPKA 4J3SA 3WF2A 1C7TA 4LPCA 3U7BA 2VRJA 5BYWA 4Z2HA 1KCLA 1V3HA 3K1DA 5E70A 6A3HA 1UWQA 1C92A 4DM2A 4HP5A 3CHCA 4W7VA 5D8ZA 4ZXLA 3ZO9A 3UG3A 1BYAA 3B9EA 4MB5A 2VR5A 2C0HA 1XD1A 1UR4A 3SCTA 3WL1A 4D6FA 1XH1A 1GQLA 4RE4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WFL A;  3EDJ A;  2XVL A;  4HZ7 A;  4PSP A;  1JD7 A;  1GQK A;  1LF1 A;  1JND A;  4FLR A;  3GH7 A;  3AZR A;  1V0K A;  4TVC A;  1DWF M;  3AHY A;  4H41 A;  3U5Y A;  1GOO A;  3VNY A;  1HJU A;  2W5F A;  1E1E A;  1Q6F A;  1WKY A;  1JF5 A;  1LG1 A;  1M04 A;  2G3J A;  2GVY A;  4H04 A;  4M29 A;  3AHT A;  3WD2 A;  1CXF A;  4OZO A;  3VGB A;  3ZJ6 A;  1FOB A;  1XC6 A;  2X0H A;  3VX0 A;  2ZWZ A;  1NWR A;  1XV8 A;  2CKR A;  3VGG A;  5ECU A;  4DUV A;  1KGW A;  1V0N A;  5DT5 A;  4ATL A;  5HXM A;  3UR8 A;  1AQH A;  1WE5 A;  4CD5 A;  3RJX A;  5EFD A;  1ODU A;  1LL4 A;  1JZ4 A;  2WCS A;  2WVV A;  1E15 A;  2XYL A;  1WDQ A;  3BLP X;  4DWS B;  3GNO A;  1I1W A;  1H49 A;  2XVG A;  1K9D A;  5M03 A;  5A2B A;  2WBG A;  3FHQ A;  4N0R A;  1CGV A;  1VEN A;  5M17 A;  1H09 A;  2J4G A;  5I24 A;  2JFE X;  1OIM A;  4URI A;  5A6B A;  1JZ8 A;  4UOQ A;  4HU0 A;  3SCW A;  2ZX5 A;  1UQZ A;  4JZ5 A;  4ATD A;  3U57 A;  1FH8 A;  1UA7 A;  4PTV A;  2J77 A;  1KBK A;  4D1I A;  1V02 E;  4JL2 A;  3L4Z A;  1CXK A;  4GQQ A;  2BY1 A;  5ABG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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