3LPTA

Hiv integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Rational design of small-molecule inhibitors of the LEDGF/p75-integrase interaction and HIV replication.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lptA00
4GW6A 1X9MA 1BQMA 1CXQA 5FRNA 2XY6A 4AHVA 3SZ2A 4KHYA 3F73A 3KLIA 1HMVA 1QSYA 4ELVA 3HYFA 4NYFA 1FK9A 1TK0A 2BDPA 3NF8A 4CHOA 3ZSVA 2W42A 3TAGA 4Z4IA 1D9DA 2KZZA 3RRGA 4UQGA 4RW6A 3OJSA 1A5XA 4CFAA 3MXJA 4FJJA 2BGGA 4DTRA 3QLHA 1RT2A 3AO3A 5J2QA 4M3TA 1ZBLA 1ZBFA 4DG1A 4DFJA 4KB0A 3LP0A 4H4MA 4DU4A 4HCBA 1DLOA 1HYVA 4AH9A 3ZT2A 1NJYA 1JLAA 1LAWA 4CJKA 3PUFA 4M41A 4FJNA 4CIFA 3T19A 3QEIA 5K14A 2WOMA 1TKTA 4B3OA 1NK9A 2YNIA 3M8QA 4CK2A 1I39A 3AV9A 1S1XA 1HNIA 3HVRA 1BGXT 1KVAA 4ICLA 1T03A 4CFBA 1T7PA 4M3YA 2QK9A 1WSGA 1KLNA 1ASVA 3K2PA 1Q8IA 1O1WA 1UWBA 2JLEA 3RRHA 3S9HA 3QO9A 4CJRA 4CF8A 4E1NA 3OYEA 3AO1A 4RW4A 5FDLA 3VQBA 1VSEA 1RDCA 4RW7A 3O4NA 4HUFA 4CGFA 4PWDA 3NGYA 2FBVA 4CEZA 1VSFA 4FZZA 4KFBA 2ZQBA 3HPGA 4O44A 3OYMA 3AVIA 3SI6A 1GOBA 5E41A 5I3UA 1XWLA 3ULDA 4KRFA 3CFPA 4BDZA 1KTQA 2IDOA 3NH1A 3NBPA 5FRMA 3PV8A 2E6LA 1NKEA 4E1MA 3LZJA 4CJVA 1JLQA 2OPQA 3VQEA 3OYKA 3V9XA 2JGUA 3C95A 3CG7A 1NKBA 3MEDA 3NF7A 3TR8A 4MFBA 2LSNA 4M3UA 4BACA 3VQDA 1L3VA 1B9FA 2X6NA 4DU1A 1ZYQA 3SQ2A 1VRUA 4N56A 2P51A 1S9GA 3NFAA 3LWLA 4CCHA 4J2AA 3DYAA 5EU7A 1RDDA 1RDAA 2XY7A 3V1RA 2Q3SA 4ZHRA 1ITGA 4OKKA 3K5MA 3S3MA 3P5JA 3HVTA 4E7KA 3O4QA 3SJJA 3OYDA 2HNDA 1XC9A 4G1QA 4ELUA 2WONA 4DLGA 3NF9A 3K59A 1VSIA 1TL1A 2PY5A 1KLMA 3M8PA 1QSLA 1LWEA 4KTWA 4Q0BA 4JRQA 4CJWA 3QEVA 1RCHA 5JS1A 5HP1A 4CHYA 3VN5A 1CLQA 3PY8A 2E4LA 3SQ1A 4Z4HA 3ZSOA 5HBMA 3E01A 3TAFA 1W9HA 4CJQA 1I3AA 4XIUA 3AVCA 2GUIA 3ZCMA 3OS2A 4CGHA 3ZT0A 3WNFA 4FJXA 2ETJA 3ZT1A 4H8KA 1JLCA 3B6PA 1B9DA 1IG9A 1JL1A 3DRPA 3HP9A 2O4GA 3QINA 3ISNC 4LSLA 1BCMA 3AVKA 4CJ4A 5T7BA 3ZSXA 4FK0A 4PUOA 4O0JA 3T3FA 1KCFA 1VK0A 4NCAA 3WNHA 3NAEA 1Z26A 4BE1A 4KAZA 1WAJA 4FW1A 3DLRA 2G8VA 3RR8A 3MXIA 2PZSA 1BHLA 4DTJA 1BI4B 1ZBHA 1Z25A 2HVHA 3OYFA 2HB5A 1FKOA 2GV9A 3I0SA 1W0HA 3QETA 2DTUA 3SUPA 1KFSA 3SPZA 3MXMA 1L3UA 1HYZA 3VQ8A 4HVJA 3LAKA 1HJRA 4DSFA 3LZIA 4HHTA 1FKPA 4CJEA 1KVCA 1X1PA 2HHUA 4C8KA 1QQCA 3QNOA 3U6FA 2EHGA 4FLWA 4FJHA 5HRNA 3K5OA 1RT7A 2A1SA 4FLTA 1Q9XA 4F4KA 3PX0A 4HCCA 4KB1A 4Z4FA 1VSHA 1IKXA 1LV5A 4FLUA 2G8IA 3QNNA 2OZSA 3KLFA 3RTVA 3L8BA 2D0CA 4O5BA 1WSFA 1WAFA 2G8UA 3RWUA 2FBTA 4JS4A 4OLAA 1TVRA 4ID5A 4CF9A 3AVMA 4FJ8A 2EX3A 4PY5A 3QERA 3LP1A 1JLEA 1SKWA 3OS1A 1YT3A 4RG8A 4CJSA 1C1BA 3TARA 2YNFA 3ZSWA 4CEAA 2XY8A 1X9WA 1T8EA 2G8KA 2F8TA 2IGIA 4E19A 3KD1E 4B9VA 4FJ7A 3MEGA 2RKIA 2OPRA 1JLBA 2F8SA 4M3ZA 4DFKA 4DQRA 1SKSA 1WSEA 4E7LA 4DTPA 3IRXA 4FZXC 3KK3A 4JRPA 4OGEA 4RW8A 3SNNA 1U4BA 4GMJB 3IAYA 5DK5A 1T05A 4O0IA 1NK4A 3TAMA 4DTMA 4BWMA 4LD0A 3DLBA 4ID1A 1RT5A 2XHBA 1HNVA 3AA3A 1JXBA 4CESA 1DTTA 3UIQA 3SV4A 2ATQA 4AHRA 4DQQA 3ZSZA 3O3HA 2PYLA 4DSIA 3VQ5A 3OYBA 3OJUA 4FK4A 3TI0A 1RTIA 4C8LA 1ZBIA 4KHSA 1XHZA 1RDBA 4B9NA 3AA2A 2KFZA 3WNGA 3ITHA 1TK8A 1KRPA 2YHBA 3MEEA 4AILC 1L5UA 3QIOA 3SUQA 3D0PA 2OYQA 4DMNA 1TV6A 3QEXA 1RT6A 4J2EA 1KFDA 2O4IA 2HNZA 1EKEA 1S1UA 4J2DA 4E89A 3AO5A 3HO1A 5CYQA 2QXFA 3KTQA 3L2QA 4CF1A 4FLYA 1NOZA 4LY7A 1CZBA 3SQ4A 3KLGA 1S1TA 2A1RA 2QKKA 3G0ZA 1NOYA 2X6SA 1VSDA 1RTDA 3V9WA 4B9TA 5C25A 4HTUA 2G8FA 4OJRA 4Z0UA 1F21A 3KLHA 3LP2A 1U45A 4K8ZA 4FYDA 4CJLA 3OYLA 4FJIA 3HT3A 1BL3A 3TAQA 1SV5A 4CEBA 4AHTA 4I9QA 1MU2A 4IBNA 3CFRA 4B8AB 5KGXA 1NJXA 1JXEA 3DRSA 3HL8A 4F2RA 4OKEA 3KKRA 4OPKA 1B92A 3MAQA 4FLZA 3VQPA 4E0DA 4F3OA 1DTQA 3KD5E 3AVNA 1NK0A 3C6TA 4DQIA 4OLBA 4CEQA 3RMAA 4DSLA 1SUQA 2P5GA 4CERA 4IFVA 3VQ6A 4W5OA 3OYCA 4FCYA 3OVNA 4BE0A 4CEOA 1BIZA 1EXQA 5KGWA 4CE9A 4YFUA 5J2NA 4QCLA 5KRTA 4L8RB 4C8MA 5CY4A 1ASUA 2YNGA 3O3GA 1C0UA 1LWFA 1VSKA 1U48A 4FLXA 3L3UA 1BI4A 4O4GA 1NKCA 3VA3A 1QSSA 4CJ5A 4LSNA 3OYJA 1SL1A 4M3XA 3CYMA 1GOCA 2VG5A 3KIOA 2IC3A 1HRHA 3QEWA 3LWMA 4N41A 1U04A 4KTZA 2KTQA 3V1QA 4BWJA 3DM2A 1VSJA 3VA0A 1KSPA 3CM5A 2IS3A 1RTHA 2DFHA 4CFDA 5J1EA 4DFPA 2FBYA 4Z4EA 3QESA 3OS0A 1VSLA 1HYSA 3DLKA 1J5OA 4AHCA 4CGDA 3I8DA 1SL2A 1R0AA 3L2UA 3K5NA 3PO4A 3TAEA 4KI6A 1RTJA 1K6YA 4CEEA 3I0RA 3NH2A 4B08A 3A2FA 3B6OA 3HK2A 3OYIA 3HP6A 3NE6A 1HQUA 3O3FA 4B9MA 1UA0A 4FXDA 2RN2A 4KHWA 3KKSA 5CZ1A 1HPZA 2D0BA 5SWMA 2HHQA 2OZMA 1QS4A 3TANA 1YVUA 4Y1DA 2Z1IA 2VG6A 3M8SA 4IDKA 1S5JA 4FVMA 3EZ5A 4CJTA 2BANA 3L2RA 2VWJA 2DFFA 3K5LA 3PX4A 4B9SA 2YV0X 4CF0A 2YNHA 2B5JA 3DI6A 3NCIA 4PQUA 3NHGA 2VWKA 2IOCA 3M8RA 1C1CA 1GOAA 5C24A 3CQ8A 2E6MA 3AVAA 1RT4A 3AA5X 1N5YA 2HHXA 3SUNA 2FC0A 4CIGA 1X9SA 4C8NA 3ZT4A 1SKRA 4FJGA 3LPUA 3KLEA 3SPYA 3VQ7A 2IAJA 3WNEA 1J54A 3AVBA 4IG3A 1RILA 1S6PA 1LW0A 3H08A 4QAGA 5CYMA 5KI6A 5SZTA 4OVLA 5HRPA 4F3TA 4DSEA 2RPIA 1UOCA 5DMRA 4M45A 4KTQA 1JKHA 3AVGA 3V4IA 4J2BA 4KPYA 4CHNA 1QTMA 3SYZA 3DLHA 1RBSA 2OA8A 4F2SA 4LH5A 1TAUA 1L3TA 4FM0A 1NJZA 4N5SA 3LP3A 3FFIA 1C6VA 4I2QA 2Z1JA 4N47A 3PX6A 4FJ5A 4KI4A 3HJFA 3V6DA 2KW4A 1JL2A 3DMJA 1UA1A 1WLJA 4WE1A 4N76A 1RBVA 4KO0A 2X74A 1D5AA 2HW3A 4DS4A 5J2MA 4GVMA 3NGIA 1D9FA 1TGOA 4AHUA 3QIPA 2RF2A 4DF4A 3TAPA 4DWIA 2HHVA 2R7YA 4E7IA 3F9KA 2P1JA 3JSMA 4C8OA 4LH4A 4CK1A 4KV8A 4DTUA 3D45A 1RNHA 4TSXA 4ZTJA 4HUEA 2OPPA 2XY5A 1TKZA 3AVLA 4FM1A 2HHTA 4B8CA 3HM9A 1CZ9A 1EX4A 2ITGA 2KQ2A 3K57A 5I42A 3AO2A 1NK7A 1BIUA 1QHTA 2I5JA 5JS2A 1RT1A 5FROA 1XI1A 4DQPA 4W5TA 4CFCA 3PO5A 1TKDA 1Y97A 4IFYA 1TKXA 3ZSYA 3EY1A 2OPSA 2XO7A 3KK1A 3OYAA 3DLEA 1JLFA 1IKVA 4I9LA 4DF8A 3NDKA 2BE2A 5KTQA 4M3RA 2Y1IA 3ZT3A 1EP4A 4HUGA 3IG1A 4W5QA 3OYGA 3K58A 1NK6A 3EYZA 3SUOA 4KHUA 4O55A 3DOLA 4EZ9A 2KZMA 4E7JA 4W5NA 4NYNA 4KKOA 4EP5A 3OYHA 4M3WA 4Y1CA 3L2WA 3VQ9A 1U49A 1TL3A 3THVA 4EZ6A 4W5RA 3MECA 2B6AA 4DU3A 2G8WA 1LW2A 2DFEA 3P1GA 3HSTB 4PA1A 3ZSQA 3CFOA 4DTSA 3U3YA 4CJPA 1S6QA 4FLVA 2ZD1A 2G8HA 3LAMA 3BGRA 3OY9A 2XRIA 4CJ3A 4B9LA 2AJQA 2GBZA 3VQCA 3V9SA 2B4JA 3TWHA 3IS9A 3HXMA 2NUBA 2P5OA 1BQNA 2YKMA 1S1VA 4CEDA 4FZYA 2HHWA 5CZ2A 3AVHA 4CGJA 4Q5VA 4FJLA 3VQAA 1WNSA 4DTOA 3NF6A 5J2PA 1RBUA 1HQEA 3JYTA 1FXXA 1NK8A 4CIEA 1LAVA 4OKJA 3S3OA 3T1AA 4CGGA 1NJWA 3HPOA 4FJ9A 2YHAA 2DY4A 3NH0A 3C6UA 3RMCA 3P83D 3RMDA 1C0TA 1QE1A 4FJKA 4DSJA 2HHSA 3AO4A 1BISA 1VRTA 3DLGA 4KHQA 1S9EA 4CHQA 1KVBA 3AA4A 3KK2A 3V1OA 1EETA 4DQSA 3ZSRA 3VQQA 4DTNA 4IG0A 1TAQA 4KREA 1WSJA 4R5PA 1IKYA 4E3SA 3SCXA 3DOKA 1G15A 4BDYA 2D5RA 1IO2A 4Z4GA 3V9ZA 1WN7A 3AVJA 4ZTFA 1NK5A 3HPHA 1REVA 1N6QA 1XHXA 3LPTA 2D0AA 1WSHA 4BE2A 3L3VA 5C42A 4CGIA 1U47A 2X78A 4BDPA 4EP4A 5HLFA 5D3GA 1UAXA 2HVIA 4DTXA 4QOZB 4DS5A 5HROA 1S1WA 1RT3A 1LWCA 3LALA 3V9UA 4ELTA 2F96A 4FK2A 4M42A 1IKWA 1IH7A 2PYJA 4K8XA 3ALYA 3CM6A 1A5VA 4H4OA 4CHPA 3LANA 2HNYA 5KRSA 2HMIA 1YTAA 1Q9YA 4DSKA 1A5WA 2Z1GA 1RBRA 3C94A 4CF2A 3KJVA 1SL0A 3SQ0A 4AHSA 1J53A 3U3GA 3L2VA 4DLEA 1J9AA 3QEPA 1C0MA 2FBXA 1VSMA 1ASWA 3ASMA 4MQ3A 2QKBA 3TABA 3S3NA 2YKNA 1BCOA 4CECA 4RW9A 4FM2A 4Z4CA 1L3SA 4FJMA 1WSIA 3OYNA 4CK3A 2Z1HA 4DFMA 3NGZA 3BDPA 3RMBA 2ZE2A 3VQ4A 4FW2A 2KFNA 1CXUA 5HRSA 3RR7A 3SV3A 4IKFA 1C1AA 4CEFA 4JLHA 1JLGA 4NCGA 3LDSA 4CHZA 3AVFA 4YNQA 4E7HA 2VG7A 4CJUA 3V81A 4JS5A 4B9UA 4I2PA 2Y1JA 3G10A 1TK5A 4KHNA 1YTUA 4I7FA 4OPJA 4CJFA 5HRRA 4F8RA 1D8YA 1RBTA 4NCBA 4OGCA 3DRRA 1ZBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X9MA 4AM6A 4IOXA 2XY6A 2GWJA 2HF4A 3SZ2A 3KLIA 4ELVA 3THWB 4NYFA 1NGHA 3HOSA 1TK0A 2IVNA 2Q1NA 4JKHA 3TAGA 4Z4IA 3SAFA 3RRGA 2BGGA 1JCGA 3AO3A 5J2QA 1ZBLA 4DG1A 4DFJA 4KB0A 4JYAK 3LP0A 4OPHA 3CETA 1DLOA 3VEWA 1HYVA 3ZT2A 2GWKA 3THYB 2O8EA 2NRWA 1XC3A 3AGKA 1TKTA 4B3OA 1NK9A 1NLVA 1I39A 4JI2K 1HNIA 1P8ZA 4LFCK 3UKRB 1Q8IA 2JLEA 3GDQA 3S9HA 1VQ4N 3HM8A 3FFKB 3I56N 3OYEA 5FDLA 4JKDA 4CGFA 4CEZA 4FZZA 2ZQBA 1YVNA 1RDUA 1GOBA 4BRMA 5E41A 1XWLA 3ULDA 2IDOA 3NBPA 4FPBA 5FRMA 2E6LA 4IEEA 5AFUH 2ZF5O 3J80O 3TR8A 4BACA 1S22A 4DU1A 2X6NA 1VRUA 4N56A 2P51A 1S9GA 3SBGA 3DYAA 1RDDA 2Q3SA 4K41A 5ADXH 2HF3A 5GAGP 5LMNK 2FXUA 4OKKA 3KVGA 1Q86O 3O4QA 3SJJA 1I94K 3BF1A 3NF9A 3VMFB 1TL1A 2PY5A 1KLMA 4KTWA 4JRQA 4CJWA 3QEVA 2EWSA 5JS1A 5HP1A 4DV7K 4H0VB 4L3QA 1OH6A 3TU5A 4BG8A 3ATUA 1ATNA 3FLCO 1RFQA 2HHHK 1BA1A 3OS2A 1U2VB 4FWKA 5KPTA 3ZT0A 3WEEB 3F5TA 3MWTA 2P9PB 2VQFK 3HP9A 4PUOA 4CJ4A 4O0JA 3T3FA 1NWKA 1VK0A 1Z26A 4DV5K 1Q18A 3CHWA 1WAJA 3MN7A 1VQPN 3MXIA 2PZSA 3THWA 1BI4B 5GADP 5TKYA 3OYFA 2HB5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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