3M7WA

Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 in covalent complex with dehydroquinate
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 92
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2010-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m7wA00
3W7CA 1L6SA 2CZDA 3LHZA 1FWRA 3S0CA 3W7KA 1FCUA 5G5IA 5HWNA 4DPQA 4DF0A 3HMJG 5G4EA 2QDGA 3KFTA 2WOQA 1KM4A 3DFSA 4MKNA 3EXSA 5LGXA 4P2VA 3TH6A 1GJPA 4FF7A 4RR4A 3B06A 5HNRA 3TC6A 3G1FA 3PSVA 4GC4A 3ABRA 5FF7A 4ADUA 4JGDA 4EF8A 5HWJA 2JGQA 3NQFA 1TIMA 2EAWA 3KX6A 4HSOA 1TPB1 4PEKA 3S5ZA 2DORA 3W6YA 5LHFA 1K7EA 4CCDA 4L4LA 1P0KA 2ALDA 2R8WA 1GYLA 1I8JA 1FQ0A 5D37A 3CB8A 4O57A 1LLZA 5DLCA 5HINA 3DAQA 4LS0A 3MBFA 2C19A 2QCNA 2GQ8A 4OU1A 2VC6A 3FA5A 1WV2A 3UY8A 4IMGA 3MWAA 1QDSA 1J5TA 2VXNA 5C5YA 2VFGA 2G5WA 1B3OA 1FXPA 4GJ1A 1EUNA 3OG3A 3TX9A 5AHMA 4UFLA 2H8ZA 1R47A 1TV7A 2G95A 3DFTA 4KWWA 3GR8A 3MI6A 3NYZA 3P67A 1H7NA 3M41A 1ZY9A 4MJMA 4M5PA 1Q6QA 3QW3A 4Z0SA 3L66A 3M9YA 1X7FA 4NJKA 3TJXA 1TV5A 4FNRA 5LHEA 2G96A 2PCQA 5LNUA 4HIBA 4OV4A 1I2RA 3FOKA 1UBSA 3C2EA 1H7WA 1B57A 5F4WA 2GVGA 4WZHA 3CU2A 2VELA 4ZQMA 3WJWA 2V8ZA 2UV8G 5DELA 1Z48A 4AAJA 2QCFA 3OVRA 1VLWA 2QJGA 2OX1A 5LNVA 3YPIA 1DVJA 3B04A 3HB9A 5D04C 4WJEA 3W1PA 1XDLA 3ZS4A 3W84A 3ATYA 4MIMA 1DHPA 3L5MA 4UFMA 3N19B 1YXDA 2RDWA 1LTDA 3NM1A 5C54A 3W87A 1NAL1 4PTNA 2CU0A 3EWBX 2WNNA 1KM0A 2QUVA 3W1LA 2ZQ0A 3HG2A 3LLDA 4O4VA 4K7YA 4ZQCA 3Q58A 3G8RA 1W0MA 4UTTC 3P81A 1GVFA 2KZHA 2NV2A 3LRKA 1TQXA 1H1YA 3TCEA 1TRIA 3LB0A 1LRNA 3L21A 2WQPA 4FNTA 3IGUA 3M47A 3PB0A 4Y9AA 4K38A 5E0KA 1QPOA 3NQ2A 2P10A 4O54A 4K7VA 1RZMA 3C6CA 1O4UA 3TA6A 3EWYA 2DJLA 4IMFA 2E1DA 2E5BA 3TAKA 3KRUA 3M5XA 1G7UA 1K03A 2C1HA 1GG0A 1GQNA 1F73A 2A0NA 3LLFA 3W83A 1UJPA 4NX5A 1TTQA 3F4NA 3TQVA 4AH7A 4R34A 3Q2DA 1DL3A 1VYRA 4DBDA 2O7SA 4K37A 4KKXA 4O0ZA 3BPWA 1VCFA 5H91A 3DXIA 4LC8A 3N9RA 1PCWA 4PL1A 1K02A 1JCLA 2A7RA 2NUWA 3LV5A 4I7VA 3CPRA 4M6VA 5EA9A 5F4SA 4LT9A 2J6XA 1AW5A 1L9WA 3DHFA 3FS2A 4RZ5A 1MEHA 3T7VA 1CW2A 4M6QA 5KINA 3NO5A 1QAPA 2RHGA 4NNBA 4JYFA 4UMCA 1SZEA 4S1FA 3W07A 1WOAA 1W5PA 3W72A 2NUXA 4N9DA 4ZVJA 3B0PA 4LY8A 1KTCA 3GDMA 4ZQPA 3M16A 2YPIA 2A6NA 1RQEA 2ZA1A 3USBA 1H51A 3NPVA 3S6DA 3UXAA 1U5JA 2V2CA 1DORA 1MSSA 4IQLA 3G1XA 4IMCA 2XFWA 3GDKA 2HTMA 1HG3A 2ZZ2A 3AJXA 4JY9A 2BWGA 1HO1A 3E02A 4X3ZA 4IXXA 4KWVA 5DCEA 1YTDA 4NNCA 4PCFA 4YWIA 3W7RA 2J88A 4K8EA 3B0VC 3O15A 1EX5A 1VJIA 3S1WA 4JX4A 3PUDA 2QCDA 1SW7A 2WJZA 5D32A 3NL2A 4JTHA 2C3ZA 3MHFA 3KAOA 3QW4B 2YW4A 4A2SA 1S5VA 3NZ1A 1KFJA 1OX5A 3TSBA 5LKYA 1VPXA 3RK8A 4TO8A 4IX2A 2LLEA 2C15A 2HSAA 3BLEA 3NQMA 1TPDA 5CKSA 4NJGA 3W3OA 4JYEA 1TTJA 2WKJA 3LRMA 3TDFA 4RX0A 3QPYA 4LVGA 4QAIA 4D2JA 1R2RA 2A6LA 4CLMA 4CCEA 3R2GA 4QJ1A 4O16A 2VFHA 3S5YA 4LV9A 2FQIA 4UTWC 2AGKA 3DI1A 1XI3A 3NQ7A 1FY6A 4NZFA 4Y90A 1KM2A 4XBKA 3SJ3A 4YCPA 3C61A 1JR1A 5EBUA 5DCDA 1H1ZA 4P61A 1JCMP 2ZZ7A 4MFEA 1ZAIA 3R5EA 2AAMA 3O6CA 5DBTA 1DQXA 4IWWA 5CPLA 4RV8A 1Z42A 1OFOA 4GUHA 2E6YA 1KW1A 1W37A 4A29A 3C52A 3OIXA 4CNOA 3QEZA 1KV5A 3LBCA 3O16A 2D73A 2CWNA 1D9EA 1H7RA 4GNJA 3UPBA 1TPUA 3C2RA 2NWRA 3TIMA 1FDZA 1L6WA 2Y7GA 4MYAA 2Q3OA 5DBUA 3O05A 3TC7A 5H2ZA 2FDSA 1ZCOA 5CPOA 4DXVA 1TJRA 2Y70A 3IVSA 2BXVA 3G22A 3EB2A 2WNZA 4JNMA 5DXXA 2ZDRA 3TXVA 1K8ZA 1XBYA 1PV8A 5DXYA 5C6MA 1N7KA 1WA3A 4I9AA 1J2WA 4X9SA 2EHHA 2F7FA 2GJNA 3PUOA 2YR1A 4XBSA 2QUTA 1TPWA 3W2UA 3W23A 5IBXA 1W3NA 3SIZA 1PE1A 4GUFA 1EIXA 2GJLA 2ZCGA 3RF9A 4K6AA 3INPA 4QITA 4TMCA 1G6CA 1LBMA 4FO4A 4EIVA 2C6QA 1GZGA 2ZRYA 3MI3A 3GXNA 2EKCA 4MYXA 2QJHA 3W73A 3LHYA 3HO8A 1W3IA 3NL6A 3P80A 5G2HA 5BMXA 1F6KA 3GXPA 3JS3A 4JDBA 2QCMA 4O17A 1JQXA 1GTEA 1AW1A 3LCLA 2FPTA 4NUWA 3W7GA 1AK5A 4FB7A 5FF2A 1H63A 1GEQA 4MLJA 5K4XA 1QO2A 1AL8A 5D2WA 3C8FA 4AVFA 5D02A 4H6KA 2NX3A 4DEFA 1ZJIA 4GUJA 3M44A 4H4IA 3MYOA 1THFD 3TKFA 1W5QA 3HGOA 3EWWA 1TQJA 1X1ZA 1W8SA 3NEVA 1T96A 4MJZA 4O15A 4O13A 4U28A 4HKPA 1N55A 4XKYA 2RDTA 1LM1A 3LDVA 1JVNA 2OT1A 5FEZA 2OJPA 3PF3A 3RLVA 1K3UA 2QR6A 4NU7A 5K4ZA 3PBWA 1YDNA 1F7BA 5FF4A 3HIJA 3GB6A 4UTUA 4GXMA 3C56A 1WX0A 4UTMA 4N9EA 3A5VA 1PVNA 5DN1A 2CLLA 5K2ZA 2TPSA 5AYYA 1OK6A 2GUUA 5A5WA 4OE7A 1YPFA 1MXSA 3LM7A 5AN7A 3EWZA 4JTGA 1OK4A 4MZ1A 1ADOA 2J9ZA 4IPIA 1OABA 3KVMA 5SWUA 4LTSA 1HUVA 3O07A 4DPPA 5HR6A 1ZHAA 2JK2A 2RKXA 3HPZA 1TV8A 3W1MA 3NDOA 5LZLA 2TRSA 3A24A 1T8XA 1YXCA 4UCGA 4K36A 3VE9A 4QNWA 1VCGA 3G24A 1GTHA 3OA3A 4TIMA 1M7OA 5DCBA 4O12A 3G1YA 2OCZA 3NQ8A 2ZZ5A 3QC3A 1AMKA 5AFDA 1JCNA 3W1XA 1FDYA 1OYAA 4IX0A 4HNUA 4IOTA 3Q37A 3SGZA 3I7QA 3OBKA 4ZQRA 5EMUA 5IM51 4LWWA 2WSYA 4WD0A 2VFEA 1BWKA 4LS1A 3FEMA 3GAKA 3GR7A 3E0IA 4TMBA 3VCRA 3GYEA 3DHDA 3PUEA 3K30A 2B0MA 1W5OA 4XUGA 2NXHA 4UMAA 4Q4KA 3NPWA 5D38A 4IMEA 4I7WA 4TR9A 1OF8A 1SO3A 3M0ZA 3SI9A 5D2TA 4HN4A 4GUGA 1O60A 4DELA 1QMLA 2CZEA 1BEUA 5J5DA 2H3DA 2QJIA 4JTKA 4WX2A 4NJHA 5AHNA 2FIQA 4AF0B 3ABOA 4KFOA 1DJQA 4LUIA 1GPWA 1ME7A 4HNVA 3W85A 4LW7A 3S1VA 4UFKA 1YDVA 1IXQA 4RLIA 1B4KA 3F4WA 4LU0A 4WXYA 3PG9A 5CSSA 4JTEA 2R91A 3MYPA 4JS3A 4CNPA 1M7PA 3WK2A 3DZ1A 3T55A 3UWVA 3P60A 4Z1DA 5AHEA 1C29A 4Y8FA 2H90A 3UZJA 1SW0A 2IQTA 3MBDA 4FX7A 1SSGA 4BFAA 1KBJA 1LDCA 2BTMA 3B03A 5LSMA 1VHNA 3HBLA 4A3UA 4ONVA 1EP3A 4YMZA 5J5RA 1YXYA 1O5KA 2E5CA 3VKJA 3O1NA 4FNSA 4XZ9A 4AB4A 4EF9A 1SZFA 3MI2A 1TREA 1W31A 3G0UA 4O10A 2DZWA 4CQ9A 3LXAA 1UUMA 4IUOA 3L2IA 3TFCA 1UUOA 4PODA 5D30A 2OMAA 1R46A 2EF9A 5KZDA 4E2DA 4K39A 3JR2A 5E93A 2P1FA 4JD4A 2BSLA 1HTIA 5AC6A 4TU1A 4O28A 3T40A 4LRSA 2VKZG 1XBXA 1LCOA 1B9BA 1F5ZA 1IXNA 3FKKA 1ZAHA 2VENA 3FLUA 3O6DA 3IVUA 3LI0A 2ABBA 3GK0A 3LXCA 4O53A 3HGRA 3T4CA 2X1UA 4ORMA 2V5BA 1VYPX 3QPZA 1TCDA 2CZFA 2NX1A 3W2LA 1YPIA 3MHUA 4ORIA 2JKAA 4QM1A 3L0NA 4QSHA 5I3IA 2ZRUA 2GPTA 1VCVA 1UCWA 3UXDA 1RQHA 3EX6A 2ZZ6A 4PC8A 1RQBA 1WQ5A 4WY0A 4WQ6A 3QZEA 3NM3A 3GDRA 1O95A 1MEIA 3MJYA 3B4UA 2ATSA 4JICA 1Q6LA 3I7RA 2Z2UA 4FXRA 1VS1A 1NFBA 3M5ZA 5HWMA 1OFQA 5AHFA 5KZEA 1FWSA 1VGAA 1QFEA 1XBVA 1RVGA 3DENA 4YCOA 4HPXA 3T78A 1OYCA 3W1TA 3KRZA 1L6YA 1T0OA 1C8VA 1LOSA 4YLWA 2J9YA 1XKYA 4BK9A 1TJPA 4AHQA 5TQLA 2B4GA 3M7WA 4JTUA 1I2OA 4BI7A 3HF3A 3U2OA 4EVZA 4O4WA 1F2JA 4E2BA 5G2IA 1ALDA 1WAUA 2PE4A 1RR2A 3SECA 3N3MA 1JCJA 3P61A 1NEYA 1XC4A 2BX7A 2TYSA 3TQ0A 5K9CA 5AYZA 1TRDA 4N9BA 4HT3A 2C16A 5CZTA 4HNNA 4DO5A 1OX4A 5K7JA 1I4NA 2ISWA 3HGJA 5HQEA 3W1NA 4N6EA 4O1BA 1PHWA 3W70A 4ZL1A 3UWZA 3THAA 4UTIA 3HGSA 1JRBA 4NQ1A 1TTPA 4UXDA 2CLIA 2I9EA 3LTPA 3ZWSA 1R2SA 1MO0A 1PIIA 1XUUA 1LOLA 5IBXC 4FHAA 4U4MA 2PRLA 2ATMA 3P74A 2WV8A 5AHIA 3W7JA 3QH2A 3STEA 3EXTA 3EX2A 1MZHA 2DZPA 1H62A 3EKLA 6ALDA 1T99A 4NXSA 3G3MA 3WJZA 1JCXA 1SZNA 4MFDA 4JXCA 5D2VA 3TUUA 2NV1A 1OX6A 3CEPA 4JIQA 5FEPA 1Y0EA 1CX9A 4JTLA 3DFPA 4O0KA 4O18A 2DZSA 5BNKA 5DY2A 1N8FA 1OFDA 4Y6GA 5CPNA 2F84A 2FFCA 5MHBA 1FUYA 3WK0A 1NSJA 4LRTA 3LHVA 3CWOX 4WY0F 4JX5A 4LVDA 4X2RA 1KM1A 2FJKA 2RH9A 4HHPA 4UTHA 3PSWA 5G4WA 2ABAA 3W7MA 2DJXA 1AW2A 1G7VA 1P0NA 5D05A 1JCYA 1VLIA 1QPQA 1XCFA 3W75A 3TJLA 4PL2A 2Y7DA 3QMSA 4L4MA 2GOUA 3GX9A 1A5CA 2B7PA 1I2NA 2J24A 4NXKA 2QF7A 4N4PA 4Q33A 3N14A 4S2BA 3N73A 2ISVA 2X30A 3GIYA 1VHCA 2NX9A 4S2CA 1KM6A 2QKFA 4Z08A 4RXGA 5E1QA 1OG0A 2TMDA 4BR1A 2CLKA 4I7UA 1FCBA 4QNEA 4XKYB 3STCA 5U4NA 1D3GA 2VEIA 3G1HA 3BW4A 1KLYA 4IMDA 5AC8A 2C13A 3IIOA 4DQWA 3WK1A 4MLRA 3GVGA 4BI5A 3NQEA 1PHQA 3WJYA 1A5BA 4NJJA 1W3TA 1G4SA 1KM3A 5DY3A 5EPDA 1QWGA 3BLIA 1LLWA 4R53A 5HMSA 4RCXA 1TPEA 3C4UA 1YDOA 1ME9A 4BWLA 3W1AA 2ZRZA 4CQAA 4FNQA 4Z0JA 3LERA 3G18A 1VH7A 5FEXA 2GQAA 1DOSA 3E9AA 3NPXA 1M6JA 3L5LA 1GVSA 4IXHA 1BTMA 1DJNA 3C2VA 2QCHA 1X8FA 3GXTA 4O1CA 2FB2A 3IV3A 2NWSA 1G4EA 3RLUA 3GAYA 1VC4A 3NG3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LSC A;  4YHE A;  1L6S A;  1HJS A;  3IWP A;  3FAW A;  2CZD A;  1KC7 A;  2XGI A;  3S0C A;  1K70 A;  1FCU A;  4DPQ A;  3GIQ A;  4DF0 A;  3P0W A;  5A6A A;  3ITC A;  3ZSS A;  1UWT A;  3M0J A;  1TA3 B;  4KCV A;  1MWO A;  4Z42 C;  1GJP A;  2EPL X;  2RAG A;  3ABR A;  4EF8 A;  3PZN A;  3TWB A;  2D0F A;  1DXE A;  2OQY A;  3SCT A;  1AH4 A;  1TPB 1;  3W6Y A;  3S5Z A;  3BCD A;  4L4L A;  5DLC A;  5HIN A;  3M4H A;  1XS2 A;  3IV8 A;  2ZX7 A;  1QDS A;  1FP8 A;  2VCA A;  2WVS A;  4HHM A;  2VFG A;  3BSG A;  1DJH A;  2G5W A;  4DO7 A;  4GJ1 A;  1VEO A;  1UWA A;  3I6T A;  3SRF A;  3OLD A;  3WY1 A;  4UFL A;  1R47 A;  3GXF A;  1EC8 A;  4P8W A;  3LN3 A;  3GVV A;  3P67 A;  3AU2 A;  1H7N A;  3M41 A;  4MJM A;  3RUB L;  1VBJ A;  3L66 A;  1FWA C;  3M9Y A;  3AZS A;  2VGI A;  3DC0 A;  2FTW A;  4L56 A;  3T8Q A;  1M9H A;  1UZD A;  3KP1 A;  3TP4 A;  4NG3 A;  2G96 A;  1J0K A;  3QGV A;  4I9T A;  4DB7 A;  1O6I A;  1W91 A;  3PZ9 A;  1B57 A;  3PPF A;  5JQ9 A;  1ZLP A;  4WZH A;  3AIB A;  2DT1 A;  3CU2 A;  2G3J A;  1TWW A;  3WBA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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