3M9Y | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	254
structure length	252
Chain Sequence	SMRTPIIAGNWKMNKTVQEAKDFVNALPTLPDSKEVESVICAPAIQLDALTTAVKEGKAQGLEIGAQNTYFEDNGAFTGETSPVALADLGVKYVVIGHSERRELFHETDEEINKKAHAIFKHGMTPIICVGETDEERESGKANDVVGEQVKKAVAGLSEDQLKSVVIAYEPIWAIGKSSTSEDANEMCAFVRQTIADLSSKEVSEATRIQYGGSVKPNNIKEYMAQTDIDGALVGGASLKVEDFVQLLEGAK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Crystal structures of triosephosphate isomerase from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provide structural insights into novel modes of ligand binding and unique conformations of catalytic loop pubmed doi rcsb
source organism	Staphylococcus aureus
total genus	86
structure length	252
sequence length	254
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m9yA00

2Q8ZA 2XN2A 5HJLA 1Q6OA 3UYCA 2OCZA 4NXSA 1W5PA 2H90A 1UASA 3L2IA 5KTLA 4CCDA 5D2YA 3S8HA 1TB3A 4XBSA 3CEUA 1JQXA 4ZQRA 3TQ0A 1QAPA 2CLHA 5FEZA 1CI1A 1ICQA 2EF9A 2ZDRA 4A3UA 3I7SA 1EPXA 2ZZ4A 3W7DA 2EKCA 5FEWA 3G24A 3VFLA 1O4UA 4YWIA 1ZFJA 1JCXA 1ME7A 2C15A 1SO5A 2ABAA 3Q58A 1EP2A 5K3VA 3KHJA 2V30A 1C8VA 5EMUA 5C54A 3A5FA 1JUBA 3EEGA 4BF9A 4CQAA 4MFDA 1GT8A 5AHFA 1LBLA 3LHTA 3P5YA 1F05A 4TMCA 1SW3A 2VFIA 3GDLA 3SY5A 1EP1A 3UWWA 3LERA 1FY6A 3HG2A 2V8ZA 1XKYA 5CPLA 3STEA 3TMQA 3L65A 3ANYA 2X30A 3DENA 3OVRA 3IGUA 4E38A 3G8RA 3T4CA 1LLZA 3R8RA 3W1RA 3PSVA 4N6EA 5DBTA 1BWLA 4A21A 3HIJA 3C6CA 3TFCA 3AJXA 3TXVA 4Z0JA 1ALDA 2E6FA 1DVJA 4NNCA 5LHEA 4FX7A 3P7YA 3QMRA 3W7EA 2VENA 1KFEA 4S2CA 3SFKA 3KFTA 5ABTA 1GZGA 1Y0EA 3VCRA 4TR9A 1TV7A 3I7RA 4Z0SA 4P61A 2BTMA 2QCGA 1TPUA 5FEXA 4JYFA 3NO5A 3G1FA 4AMAA 1AL8A 1B4EA 2RDWA 4J9JA 3STGA 4Q33A 4CNOA 4RV8A 1R2SA 1GYNA 2QUUA 5HINA 3W88A 1I4NA 4XUGA 3QW4B 3UXAA 4K38A 3HGRA 4JR5A 2ZYFA 4JDYA 2BXVA 4UNLA 2WSRA 1TJPA 2RKXA 4XWUA 2F7FA 1QOPA 1KFBA 3WJSA 1SR9A 2DZWA 3QFEA 1RPXA 3UWYA 4BI5A 4FNSA 5F2GA 5BNKA 1GPWA 1UJPA 4H6KA 4K7VA 1S3HA 4PTNA 3EWBX 1OJXA 2DP3A 3P84A 2J9XA 1G6CA 2NX9A 4DBDA 4L4LA 1SZEA 3NM3A 1RQHA 3ATZA 1YDNA 1GG0A 4UTJA 2ALDA 5EYWA 2DZSA 5LNRA 2DORA 3EKLA 4O4VA 4IPIA 4H4IA 3UZJA 1DQWA 4LWWA 4CNPA 4H3DA 1QMLA 2GVGA 1QPOA 5F1UA 4QISA 4IXXA 4R33A 1F5ZA 4RZ4A 4NJKA 2C14A 4RLIA 4GUJA 5FF0A 5C6MA 1YTKA 5L9FA 1XC4A 1YDOA 2YDAA 4FHAA 4D2JA 1G4TA 2YCEA 3W1XA 5FF7A 4FXRA 4O4WA 3MI3A 3WJYA 5G1YA 1TV8A 4YLWA 2CZFA 3W7HA 3E49A 3T40A 1W1ZA 3QMTA 1MEWA 3T44A 3W7MA 2O7QA 1QO2A 2WNNA 6ALDA 5G5IA 2PRHA 1ML1A 1FBAA 1FUYA 2R14A 3H55A 4O1CA 4NT0A 3L67A 3DFPA 1MO0A 2VXNA 2X16A 4UTKA 3WJXA 1TTQA 1VRDA 2Y88A 3F03K 1WYIA 3C2FA 5AFDA 3TW7A 3G1AA 1AG1O 3GX9A 1NAL1 1Q6RA 2C13A 3WJZA 2AGKA 3WK3A 3HF3A 4DF0A 4IOTA 3TXZA 4BI6A 2ZA3A 1ZY9A 4U28A 4ZMGA 5DLCA 4UFLA 4DBEA 3PG8A 2H8ZA 4LC6A 4EF9A 1DL3A 5KZMA 3B06A 4ZZ9A 4FXSA 1Q6LA 3PG9A 4HHPA 5AYZA 1ZALA 2GJNA 1OFPA 1XBXA 4I9AA 4CQ8A 3DKLA 3W84A 2BSLA 5IM51 1TCDA 3BO9A 3THQA 5C2XA 2GOUA 4GE8A 1FDYA 2EGZA 4LUIA 2RH9A 3W7JA 4CCCA 1KM3A 1SO6A 3TFXA 3RFAA 1G4EA 1IGSA 4JYEA 3S5OA 4WOZA 4ADTA 1LOLA 1OX4A 1ZHAA 4FNUA 4DO4A 3L0NA 1U83A 4DO6A 3M9YA 3NQFA 4MY8A 4YCOA 3PAJA 4I7UA 1OYCA 3EX4A 1EP3A 1YYAA 5DXXA 4EVZA 1VCGA 4AAJA 1VS1A 5KINA 4K8HA 1GVSA 1OFEA 3LBMA 1TO3A 1NEYA 3EB2A 5CSSA 4O0ZA 4UXDA 3W7CA 3LLFA 4UTMA 2NV1A 3I6RA 1WOBA 4QM1A 5D37A 1GTHA 3AO0A 3B0PA 4GJ1A 4JICA 4JN6A 3IRDA 1O95A 4BK9A 3FYPA 5BMWA 3O07A 1LRNA 1W0MA 1TPB1 4UFJA 3W75A 1HTIA 5HWMA 1ICPA 3PWAA 4DF1A 1TTPA 3CWNA 3LHVA 3N73A 1B4KA 4HT3A 1ZCOA 2W6RA 3I65A 1HFBA 1DOSA 3S6DA 3HBLA 4IMEA 4UTLA 4MOZA 1XBVA 3DFQA 2ZRWA 3V1PA 1NF7A 3UD6A 3W7NA 3LCWA 1ICSA 3NR0A 1R30A 3W2LA 3DHDA 5A8GA 4AHQA 5E93A 1JCJA 4Z08A 1L6WA 3FKKA 4NJHA 4JGDA 4WX2A 4ZVJA 4QAIA 2A6LA 3LI0A 3E12A 3RK8A 2DZTA 4AWSA 4WOQA 1TMHA 3UWVA 2GUUA 3E02A 1TPVA 4O1DA 3N34A 1T0OA 3NQEA 1YDVA 2QCCA 2E09A 1HG3A 4LTSA 2Z1BA 1OFRA 1W37A 2P10A 3UPWA 1H7WA 4O28A 3OIXA 3EWZA 3T78A 2NV2A 1OYBA 3P81A 4CNNA 1EB3A 3P62A 5BMXA 1E51A 3DAQA 1KA9F 3GNDA 4IX2A 4NU7A 1VLIA 2NZLA 3OVQA 3TROA 4PFMA 1RV8A 2TPSA 3EX6A 3MI2A 1PV8A 3C3NA 4OBTA 2V81A 2HTMA 3QSTA 2BZNA 3NL6A 1TPEA 2QKFA 3U6WA 1L6SA 4ORIA 3O6DA 1W5OA 3NXFA 2CLFA 2DZUA 3W1QA 5D02A 4JIPA 1VCVA 5CPOA 2E5DA 3IVTA 1OK4A 4O54A 1SUXA 3TAOA 3DHFA 2FB2A 3QYQA 3ZWTA 1M7PA 3NPUA 4NZFA 1EWEA 3LDVA 3GB6A 3L0KA 4IMCA 2X1RA 3TSDA 5BW6A 2ZRXA 1F6KA 2PE4A 2ZBTA 4UTTA 3A21A 3EX2A 3TDFA 3P8JA 5AN7A 4NNBA 3MJYA 1OFBA 1F7BA 4PA8A 2B7OA 4PL2A 5HQEA 4RZ5A 1IF2A 5AYXA 4MVAA 2TYSA 2QUTA 2ZTJA 3M7WA 4PODA 3LCFA 4GXMA 4GWEA 4WQ6A 5AHNA 3U2OA 4NJJA 3TJXA 3WFAA 3O6CA 2GQ9A 2QF7A 2NXHA 1FWTA 2E6DA 3GLCA 3M47A 3NNTA 1OVDA 4GRSA 3S0CA 1GVQA 3D0CA 2CLKA 1OFAA 1TPH1 3P80A 1LRTA 3ZFHA 1QR7A 2QR6A 3C8FA 1I2OA 1IIGA 3CEPA 3LV5A 3QQ0A 4XQ6A 1I2PA 3M41A 2VC6A 2VFFA 3A5VA 1AW5A 3ZS4A 3FJLA 5KMYA 1M6JA 1LTDA 1QOQA 1TRIA 4LVGA 5FI8A 4O11A 5KZDA 4KFNA 1I2QA 4Z1DA 4JY9A 1A53A 1FWRA 1ADOA 4N9DA 2CLOA 2DU2A 1JCNA 1VH7A 4BR1A 3V75A 3ABSA 1YTEA 2ZRVA 4HPXA 3WJWA 1P1XA 3PSWA 2G96A 5FF2A 1S5VA 3LCIA 4N9CA 4O53A 1FWWA 2YW4A 3EXRA 4K7YA 4A2SA 2HS6A 3P61A 1K03A 1H60A 4GUFA 3IIZA 4O13A 4EF8A 2WNQA 3L5MA 1FQ0A 2NX3A 1VPXA 1LBFA 1G67A 3BPWA 5EY5A 3QSRA 2HSAA 3QC3A 3MYOA 4IMFA 3WK2A 3W73A 1TTIA 3NM1A 4N6FA 3CT7A 1MZHA 4DO5A 3LBCA 5TQLA 4LW7A 1GEQA 1WDWA 3KVLA 2H3BA 5D2VA 1ZAHA 2WKJA 4WY0B 3W7IA 4YXGA 1OX6A 3G22A 4IUOA 5BOOA 1I45A 1SZNA 2FDSA 2YGYA 4TMBA 4RXGA 1TREA 2X2GA 5KZEA 5CPNA 1H51A 4JTEA 3VI2A 3GIYA 3CTLA 2Y61A 1FCQA 4LVFA 2YXGA 4YCPA 3P5ZA 3KVMA 3W86A 3EX1A 3H54A 3R5EA 1S5TA 2C3ZA 2I14A 2WOQA 4K8EA 3QQ1A 4K39A 5GVJA 4WD0A 3G1VA 5DN1A 3CIWA 4JTJA 3C2EA 1VYSX 4LS2A 4LT9A 2V2DA 4UR8A 4JTTA 5KITA 2WPBA 4AXKA 1L9WA 3QEZA 1SFJA 4AF0B 4NX5A 3LTPA 3IIXA 4JYDA 4QNEA 4FNRA 3LTYA 4CQ9A 3OVPA 2HMCA 2OX1A 1QNVA 1B3OA 3HG3A 4MYAA 4MZYA 4UTWA 3C2VA 1I2RA 1G7UA 4LS1A 4N4QA 4LVBA 4WXZA 5AHEA 3LM7A 5F1VA 2X1SA 3BLIA 4HIBA 5CZTA 3W1LA 3MUXA 2E5BA 3B4UA 3NQDA 4LY8A 4C1LA 2YPIA 4UTUA 3BV4A 2CFFA 3CQ0A 5HUPA 4I7WA 5CSRA 3LHWA 2Y62A 5I3IA 3MMTA 3DFTA 2TSYA 3NA8A 4OWGA 3W83A 2Y6ZA 2QDGA 3HJZA 3LCHA 4FIQA 3S1WA 3EWWA 3E96A 3W7KA 4JIQA 1GVFA 1HL2A 4RK8A 3W07A 1O5KA 3STCA 2RDUA 5D2WA 2VOMA 3KXQA 2Y70A 5J5RA 2A5HA 2YR1A 4K36A 5CZSA 3OG3A 4I7VA 3O05A 2E5CA 3UXDA 1MEIA 1KBJA 3NZ1A 3N14A 4Y6GA 3EWXA 1TRDA 3I7QA 2A85A 4HKPA 3BW3A 2ZZ1A 2I1OA 3W71A 4UFMA 3QMSA 3ABQA 3NL3A 4IGHA 3LCLA 3LRLA 4WUIA 4YL2A 3TV8A 2B4GA 2NXGA 1R46A 4Y96A 4UR7A 3TC7A 4Q4KA 2QJGA 5HR6A 4E0CA 4TO8A 4S2BA 3JRKA 2VFDA 2A0NA 1SQ7A 3ZWSA 5U4NA 1JCLA 1AW2A 3GAKA 3P67A 2VFHA 3W1AA 2YFOA 1JUKA 2DJLA 1K8ZA 2FPTA 1W8SA 4Y8FA 1QO5A 3PR2A 1Z41A 4MPQA 5D2XA 1JCMP 3EX3A 4O0KA 4JTUA 4NX0A 3PUOA 1GQNA 3O8AA 2QCLA 4BWLA 3LCGA 2WNZA 3QF0A 5F2MA 1JR1A 1L6YA 3O63A 4A22A 2EAWA 3OBKA 3W7QA 5K9DA 1Z42A 2B7NA 3A24A 1MSSA 3IIVA 4EIVA 1H7PA 3S1XA 3G0XA 5CGQA 1VLWA 4UIOA 3A9IA 3LHZA 1H5YA 3KRUA 2OT1A 1HO1A 1DJNA 1Z44A 3HGSA 3O16A 2V0TA 1X1OA 3M5XA 1KM4A 4DPQA 1VC4A 1B57A 4AHPA 3C2OA 4Z1CA 1WX0A 4E2BA 3IIPA 4M7SA 1H61A 1UCWA 4O14A 3L66A 2PCQA 4JD4A 4O1AA 3FS2A 4UTWC 2ZZ6A 1Q6QA 1C29A 5AYYA 4RX0A 5EPDA 1XBZA 1PS9A 1R2TA 4P2VA 5EA9A 3THAA 3S5YA 1QFEA 1FDZA 4GUGA 3M44A 4OHQA 4IQLA 3W1PA 3F1QA 1KM0A 1R47A 3GVGA 3LXAA 3PBWA 3W6YA 4HPJA 3O15A 3L5AA 4GBUA 1XCFA 4AWUA 2CU0A 3UY7A 2ZCGA 1IXQA 3PULA 5AHLA 1DJQA 3E9AA 2R91A 3NQ8A 5DBUA 3TUUA 2NX1A 2HS8A 1G69A 5D05A 1H7NA 3FKRA 3MHUA 4XKYA 4JXCA 4LRTA 4KWVA 2Q3RA 3LXCA 1AW1A 4LVAA 3NPWA 5D03A 1ME9A 1B9BA 1SO3A 4GUHA 3P74A 4WXYA 1WA3A 4NUWA 3T55A 1Z48A 2QCMA 3KRSA 5EL1A 3TC6A 2VEIA 4R34A 3M5VA 3STFA 3M16A 1K8XA 2WSYA 1LP6A 4C1KA 3ELFA 1HO4A 4LV4A 3W23A 2OJPA 1SPQA 1YXCA 3KAOA 5D33A 3Q94A 2J6XA 1VHCA 3HOJA 4AB4A 2ZZ2A 4GFSA 1YADA 1U5JA 1FWNA 1G7VA 5EKYA 1H62A 2O7SA 2ZRZA 3PC0A 3R2GA 1M5WA 3CLMA 1FCBA 3W70A 1LCOA 3W1TA 1WXJA 3G1YA 5F2IA 5BRBA 1XUUA 1KFLA 5DY2A 2VEKA 1W54A 2QAPA 3UWQA 4QQ3A 1KW1A 3TAKA 1SSDA 5F4WA 2V2HA 3QPZA 1KM1A 3S42A 4DELA 3FEMA 5I3FA 3CM4A 5TIMA 3KVJA 4BWLC 3EKZA 2FPVA 3Q37A 1K7EA 2NUXA 1KV5A 1KV8A 3RU6A 2GJLA 5FF3A 3BGJA 2A7PA 1K7FA 1JJKA 3MBDA 1Q3NA 1J2WA 4AEOA 3BG3A 2PRMA 4ZQMA 5G1TA 4ADUA 8TIMA 2QAFA 3S5NA 3VE7A 1A5SA 1N55A 1SZGA 3CPRA 5I3HA 2FJKA 3UZ5A 1H7OA 1F6PA 4QNWA 1HUVA 4GUIA 4ML9A 4NQ1A 5LNSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3M9YA

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