3MP1A

Complex structure of sgf29 and trimethylated h3k4
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
517
structure length
509
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALAAAQTNAAAEFGSSYWTSEYNPNAPILVGSEVAYKPRRGEWIQCEVLKVVADGTRFEVRDPEPDELGNSGKVYKCNRKELLLIPPGFPTKNYPPGTKVLARYPETTTFYPAIVIGTKRDGTCRLRFDGEKETEVTRRLVLPSPTALA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Histone binding protein
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,SAGA-associated f
publication title Sgf29 binds histone H3K4me2/3 and is required for SAGA complex recruitment and histone H3 acetylation
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k-12
total genus 136
structure length 509
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF07039 DUF1325 SGF29 tudor-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3mp1A05
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mp1A01
4JSDA 3DM0A 3UT1A 1LB9A 5IAIA 3F11A 3PPNA 4ZECA 4NF5A 2RC7A 5AA1A 4WEDA 3T93B 2MWOA 2LDMA 4THIA 1D3KA 4U23A 1FTOA 2RF1A 4NWDA 2AYSA 3SEYA 4QFNA 1OVTA 1LAFE 1OZ3A 1NNFA 4RJZA 4QFLA 2CKKA 2RJDA 3JV9A 4IY6A 5H8QB 2EKOA 3OY9A 4OXVA 2RHXA 2E6NA 3LX7A 3O2AA 2X7QA 2F7BA 4POWA 2L8DA 2ONRA 3FXUA 1DOTA 2XX7A 3META 3CR9A 4AB5A 3MVZA 2PMSA 4UACA 2BKDN 2BIVA 3H7MA 3PFSA 4ZE8A 4DXCA 3C36A 4AQ4A 2QRYA 1MRPA 5CBRA 2WACA 5CBSA 4OFJA 1XT8A 3MUQA 3VXBA 3T22A 3GOXA 3MAMA 2RC8A 2NVUB 4ELQA 3VLVA 1B51A 3OEKA 2K3XA 3C33A 4KHZE 5H8QA 3CEYA 3L2RA 3UORA 2ZMBA 2R58A 1ZIUA 4QFOA 3H6VA 1QUJA 3GXAA 1AL3A 3FV1A 1UIVA 4YB6A 3U8QA 1P1UA 1FQBA 1M5CA 3QAXA 4FJPA 2VD3A 4G77A 2R5MA 2B65A 5KCJB 3TODA 2JTFA 1JEVA 3BDLA 3H6ZA 5EHMA 1JW1A 3PUYE 3KJTA 2HZLA 4TLLB 1MM6A 3MZBA 4F3SA 3M3LA 4BDZA 1FW0A 1MY4A 1MS7A 3H3GA 4RA1A 1VFEA 4PQJA 1WDNA 4ESWA 4OENA 4R6KA 3TKDA 1Y9UA 2GRVA 2LCCA 1B32A 3OS2A 2E5QA 2V3UA 4I62A 4ZEBA 2DSFA 1I6BA 4U22A 3RNNA 2X35A 2HAVA 4BDLA 1PC3A 2GHAA 3C4MA 1GVCA 1T0KA 5FHOA 2MWPA 2XX8A 3L42A 5M9OA 3HV1A 2LAOA 3LBSA 2I48A 1PBQA 3FGSA 3CSGA 1AIVA 4ECFA 4IUVA 1TFAA 3LYIA 2RHIA 3UGWA 4A4HA 3MVXA 3OSQA 1MXWA 2I3VA 3NTHA 2OJTA 1J1NA 1YTVA 3NTIA 4KQPA 2DOJA 3LH0A 3PUXE 4YMAA 3PMWA 2CZLA 3OO7A 4B9XA 2Z22A 4ZEDA 3TFLA 5ICQA 2Q8JA 1XC1A 2DVCA 3PPPA 3HPIA 1ELJA 3O29A 5K2YA 1B3GA 3PMVA 4H1XA 1EZ9A 1LCFA 3SESA 3EAEA 1MH4A 2A5TA 2UYFA 3OO8A 1OLCA 1Z7ME 2UVIA 3P8HA 1H45A 1Y20A 2NUVA 4GL8A 4C0RA 3S6WA 4IB2A 2LTOA 5CMKA 2RI2A 1R1NA 1SSFA 2EQUA 3SEVA 2YPNA 4MH5A 4F3GA 3O28A 4RY1A 4N13A 2ALUA 3K1PA 5KH6A 3OYAA 3G7WA 4DZ1A 4A4EA 4A4GA 4IUQA 4L17A 2HQ0A 1GTKA 1OMPA 4PLLA 5TPAB 5I57A 2H25A 4X9TA 1O7TA 1Y3NA 3EHSA 1US4A 4MF3A 1M5EA 4JDFA 3RGYA 4IUTA 4C1UA 4HCYA 4HCZA 2F6GA 3CG1A 2B3FA 3TTKA 1Z7NE 4X48A 2ZYKA 3PD8A 2D3IA 3VE1B 4IO6A 1SW2A 3OO9A 5AA2B 2Z8FA 1IUDA 3A09A 2I58A 4LVQA 3NTKA 1URSA 1QVSA 3U92A 2RJCA 4PLIA 4AB6A 4R74A 2X26A 4O3BA 1YCJA 5CC2A 5DEXB 1ZJLA 2P1SA 2G29A 4QF9A 3L2UA 1WJRA 2H4IA 1M5BA 4OESA 1URGA 4X34A 3E9GA 1QKAA 4NWCA 4OERA 3IX1A 3MPLA 5L9SA 3C32A 3CFZA 5KCHA 1H76A 5KE2A 2H98A 2GFEA 4ND9A 2F5KA 1FTLA 2RHYA 1RKMA 1A8FA 1B5IA 3FEOA 4YMBA 5HPQA 4QW2A 4B9WA 1A40A 2VHAA 3L2VA 3N6UA 3S4UA 3RTWB 3IL1B 2GF7A 3LSXA 1WJQA 4QQGA 2RC9A 2Z8DA 1ATGA 4KCCA 4OZ9A 3FZVA 1N84A 2H5YA 3H6UA 5DEXA 5DYHA 2PYYA 3OYJA 3H4ZA 1HSEA 4YB5A 3EHTA 1ZBMA 4YAHX 3LGLA 4QFPA 1DMBA 4Q8RA 3T9VA 5AA4A 2RHUA 1R9QA 4DDDA 3Q26A 3PUVE 4F18A 2IEEA 4FAJA 5IN1A 3IB0A 1MQGA 3E4RA 1DTZA 2PT1A 3O9PA 4LONB 3BFUA 4NE4A 1FQDA 2HXWA 4WEPA 4H8JA 3VVDA 3L2WA 4NF6B 4RPOA 3FASA 1NFTA 5EYFA 1P1QA 2L89A 2REJA 4U4SA 1AOVA 4YB7A 1MQJA 1F9BA 4FEBA 5F7VA 1O64A 2X4XA 1LFGA 3L2QA 4NF8A 3TTLA 3C35A 3OSRA 1SW4A 3FDRA 3FVNA 1RYXA 3KOSA 3Q1JA 2RINA 3PV0E 4OETA 4C5HA 1SYHA 5DVJA 2V3TA 1OIBA 1DPPA 3KFMA 2F8DA 1B4ZA 3O97A 3GZGA 4JWYA 5KZTA 4H5FA 2Y7RA 2QSXA 4DLDA 5BUUA 3DP8A 4NF6A 2ONSA 3O6GA 4M4GA 3K01A 5ICTA 3LSLA 4ZTFA 2OLBA 4GWOA 3U94A 1A54A 4EQ9A 3OS0A 3IORA 4YKPA 1MY2A 2VYTA 1II5A 4H67A 1ZTYA 3EPEA 4OFLA 4EF1A 3V89B 1R6ZA 1USYE 1OQGA 1SI0A 4LZ7A 3EF7A 5I2NA 4P11A 1PBPA 1BIYA 1JQFA 1P1WA 3QKJA 3PU5A 4R9FA 1LAGE 4GFRA 1FQAA 3TELA 4QFKA 5H8SA 3JYRA 5JK4A 2GH9A 5F1QA 4ZS9A 3LUYA 3HN0A 4MLQA 3LLRA 3FJ7A 3TYHA 3JZJA 5K2XA 5I2KB 3R26A 3TZAA 1UTBB 4DXUA 5KE3A 1IXCA 5LOMA 3VDFA 1ZU0A 2EQJA 4GIZA 4H65A 1MXZA 1VE4A 1EZPA 4YKIA 3V5AA 2Y84A 2V93A 3LR1A 1JVYA 3UWNA 2D9TA 4LUBA 4IUPA 1IIWA 3OELA 1PDAA 3SEWA 2YJPA 3SKPA 4OVAA 4BE2A 1EH3A 1UQWA 4RK2A 3PPRA 1LBCA 3ONMA 3UK4A 1B3LA 2O7IA 3O6HA 4I1DA 1FQEA 1NKXA 2QQRA 4BACA 3FVGA 2V3QA 3K0VA 1NNPA 1AMFA 4IY5A 2HZKA 5DVIA 2ZNSA 5BWJA 4G8MA 3B7DA 5HBCA 2I4BA 5HM4B 4RXLA 3DB4A 2XXTA 3PPOA 4GD5A 3TUSA 1HSJA 3OOAA 3E13X 4DCYA 5ITPA 4GRKA 3SEUA 3T66A 3K4UA 2D21A 3ME9A 2UVJA 3S3NA 5CMBA 2XXWA 3K2DA 4EXLA 4PL6A 1MDQA 3OYFA 3OYHA 1PB7A 1B52A 3VVFA 3H6TA 2W7YA 4MFIA 2ZYMA 2XDPA 1VR5A 2XXPA 1NNTA 5B7DA 3IJXB 2DWAA 2O68A 2ZNTA 1YAEA 2GHBA 4G8HA 2F5XA 4UA8A 4G8NA 2F7AA 3PMXA 3MEWA 3O6IA 1LFHA 3GLBA 4IGTA 3CIJA 1B5JA 4OEUA 2QS2A 5D6YA 3IOUA 1B6HA 3KN7A 2L3RA 5FTIA 1LFIA 5I59B 4GL0A 1FTJA 2ANJA 4G68B 3DP4A 3K1NA 3MWBA 3Q25A 2R5AA 4R2FA 2THIA 2Q88A 4N4IA 2I4CA 3MP6A 4KR5A 2QPQA 3FLGA 4IUUA 4F1YA 4XIGQ 4LATA 5H8FB 3CFXA 3ILUB 4RYAA 4A4FA 4QQDA 3QXMA 3S9NC 4ZZEA 3K6VA 3OYMA 5CM6A 5KCJA 1B2HA 1FQCA 1OI1A 3H06B 1B3EA 4H5GA 1N7XA 1PB9A 2P0SA 2HEUA 4LD6A 1NL5A 1DPEA 4KI0E 4TOZA 4OFOA 4X1BA 3RN8A 4U2RA 3WAEA 2PVUA 3OS1A 2OK2A 3MEVA 1S50A 3OYIA 3RY3A 2UVHA 2CMOA 2HFBA 3IR1A 1N0TA 5I84A 1LAHE 2ZYOA 3QJ6A 2RCBA 1Q35A 3BFTA 1MM7A 2IA4A 1N76A 5H8FA 3MJNA 3S9MC 4FU6A 3H8ZA 5B70A 1WJSA 2YLNA 4FORA 1Q1KA 1XS5A 1L5TA 1SDXA 4FIMA 1MQHA 4JWOA 2JZ2A 4C5EA 3M3KA 2OBGA 5TP9B 4G4PA 4GY5A 2X7PA 1CB6A 3TEPA 5CIUA 3FVKA 1Y1ZA 4U21A 3VLWA 3CI8A 3N94A 2NLUA 3R6UA 1TXFA 2P2AA 4QSDA 1ANFA 3OYKA 1H3ZA 5I56B 4NMYA 2ZYNA 4ELOA 3IO6A 4U1ZA 4ZEFA 4F1VA 3P8DA 3FVOA 2RHZA 2QMWA 4ISUA 3ZEHA 1RYOA 4EDUA 5AE4A 1BKAA 1UTHB 4N4HA 1AH5A 2DS9A 5TU0A 1Y3PA 1NNKA 4OYVA 4I8CA 1TFDA 1FQFA 3T96B 1ZKBA 1KWHA 2F36A 4JBZA 5KDTB 3Q27A 4KYSA 1MH3A 3KG2A 5I56A 2FA7A 3QYTA 4BDQA 5D6WA 4FE8A 4H0WA 1ZLQA 1LB8A 3FJMA 1B7UA 3K1MA 4IO4A 2O4XB 3EQ1A 3KEIA 2RI5A 2G93A 1MY3A 1POTA 1A55A 5TPAA 4NS5A 3PPQA 3FJGA 4MLVA 1BLFA 2H99A 1PB8A 2Q2CA 5I58B 4TLMB 3VFJA 1QJMA 2QS4A 3LSWA 2Y7WA 3RT8A 1QKBA 3ZSFA 4IO7A 3OA6A 1B58A 4QVZA 3S9LC 2X4WA 4NEDA 4IURA 3G3KA 4LP2B 3N5LA 5KDTA 2BUDA 4Q5TA 5JTYB 2AL4A 1TT1A 5AA2A 3PMTA 5FROA 1MY0A 4F1UA 2O4XA 2PBWA 1JNFA 2R57A 5EHSA 3TMGA 1NMUA 4BDNA 4II1A 4N4GA 3OMGA 1I6QA 4MBPA 4FEDA 5I58A 1A99A 2QS1A 2XK0A 3U72A 4E0XA 2OCUA 3UIFA 1JEUA 3T9UA 3U93A 3KN8A 1CE2A 3MC2A 1SQYA 5CMMA 2FNCA 1NH8A 3B6TA 2XX9A 1B3FA 1G5VA 4KCDA 3K00A 1JVXA 2F6PA 1FTMA 3S9EA 5JTYA 4ZE9A 4ZDMA 2XXHA 3V83A 2XD2A 4FL6A 1FCKA 4XKRA 2Y7KA 3OYEA 3OENA 4O3CA 2Y7IA 3MP1A 4P0IA 1IXIA 4PFWA 3SEXA 1O63A 4LQ2A 5ELVA 3TCFA 5A5XB 2EQMA 1UIUA 3S3OA 1B05A 3TQLA 1B0LA 2E1SA 3QK6A 2Z8EA 4G2ZA 3K6WA 4QSCA 2IG0A 4OHNA 1MXYA 1IZ1A 3TDJA 2B8AA 4N6PA 2YRVA 1P1NA 1GV8A 3KGCA 3KSJA 3VLUA 1LGBC 3ECRA 4EDPA 3QIIA 4GXSB 2PT2A 3S3MA 1MY1A 4XXUA 1XNIA 4DIGA 1N3XA 5CMCA 5CI5A 3QBYA 4JXIA 4OQOA 4HW8A 3RLFE 4C5IA 4Q0CA 1XOCA 4RG2A 4IKFA 2I6EA 3IB2A 1LAXA 3MVWA 4PETA 4YKKA 3K6XA 3EN3A 3M9QA 4ELPA 4F2QA 4EXKA 1MQIA 3KBRA 2R9JA 2DE2A 4KD5A 1MPBA 3MPKA 2M8CA 1MDP1 3KJ7A 4KPTA 4ZEKA 5C6SA 3N26A 4BE1A 4R6YA 4Q30B 1BP5A 2D5WA 4X1DA 5KCOA 4R6HA 3F70A 3TTNA 3MZ1A 3G3IA 4KYDA 1EZOA 3FV2A 1EU8A 3PD9A 4H8IA 4P0GA 2GFAA 3U1OA 4OMBA 4GQOA 3FXRA 3CVGA 4NF5B 1LLSA 2ONKE 4YICA 1ZMGA 5ITOA 4ZEIA 2H9BA 2RKMA 1SD3A 2ESNA 4NTLA 4QHQA 4EQBA 3VV5A 1Y1MA 2RCAA 1S9TA 1S7YA 2DWJA 1IEJA 4WXJA 2UXAA 4PFUA 4LZ5A 1XVXA 4XKPA 4POXA 3SDFA 2OWSA 2AL5A 3G3JA 1D4NA 2OWTA 1GR2A 1NH7A 4IO3A 1B46A 5FTHA 3DELB 1B9JA 2NXOA 3KZGA 3FIRA 1MG1A 2VP1A 1WVJA 1D9YA 3DLMA 4K3FA 1IQ7A 5I2KA 1UTBA 3ZKLA 3OYCA 1I6AA 2O69A 4QQ6A 3HHFA 5DVFA 3TCHA 1XVYA 2F7CA 1I69A 2UVGA 2V84A 3AXFA 2F35A 3OD7A 4F29A 1A7LA 3D4GA 3OXNA 3PMIA 3QIMA 4OEVA 3QUFA 2REGA 3E3KA 2VOZA 4GXAA 2A5SA 2DE4A 4U4XA 3IOWA 3TTMA 3FXQA 3I5OA 3E9FA 1XHYA 3USDA 2DVZA 2QS3A 5L9OA 2RI3A 4UC4A 4FECA 2EQKA 3G3HA 3MEUA 3O66A 2V25A 3UN6A 3A3CA 2O1LA 4JB7A 1Y3QA 2FHDA 2Z23A 3N6TA 2LRQA 4H6DA 3PUWE 4BDOA 2DE3A 3G3FA 5J1DA 1N04A 3IOTA 5FRNA 4JWXA 1B7ZA 2NOOA 3RUMA 3THIA 3OYLA 1B1HA 4C1TA 1QW0A 3RPWA 4M1VA 3HSTA 3C4SA 4BE0A 4OWDA 2G3RA 3VVEA 3OYNA 3KN3A 4I9DA 2NWJA 3SERA 2I0CA 2DWIA 3W15C 3MZ9A 3PGFA 1P99A 1QUIA 2DAQA 4F3BA 4ESXA 3DLNA 1H43A 3TQWA 5I59A 4G68A 1LCTA 2QJEA 4N07A 3OO6A 1WGSA 3P7IA 2O1MA 3Q29A 2A5TB 3EHUA 2F97A 4BDYA 2I3WA 2DYXA 1B7HA 3IK6B 2RJEA 1OLAA 5FHMA 3C34A 5J26A 3UA8A 1MXVA 3HHGA 2X4YA 3IB1A 5D6XA 4RNSA 4C5GA 4RPNA 1SYIA 1GGGA 4IGRA 4DE8A 4ONYA 3MBPA 3PNWC 3CFLA 3B6QA 5DTBA 1SVXB 2DXRA 3MO8A 3M3FA 4R75A 2R71A 4EUOA 4R2BA 3IJOB 3PUZE 5DT6A 3TAJA 2RJFA 5IAYA 4Z7EA 3BKIB 5I57B 1JW4A 5CRYA 1LSTA 1MHNA 3QUJA 3OMBA 3VXCA 2XXXA 4ZZAA 4E7KA 3WAFA 2PX1A 3ILTB 3ZKKA 4ELRA 4PE5B 4TQUQ 5ISUA 4E7HA 1SW5A 4Z0IA 3V8XB 4E7LA 3FUZA 4GVOA 1KHCA 2LVMA 1B3HA 3TCGA 1US5A 3MQ9A 3Q28A 3OEMA 2XXQA 2QQSA 3TPAA 1N27A 5TP9A 5AA2D 3OMCA 2E0SA 3ODBA 3LGFA 2EFIA 1VFDA 4CRIA 3R7XA 2PQWA 4R9GA 3UP9A 2M0OA 1H44A 2O84X 1QULA 4G68C 2GFUA 1POY1 3MP8A 4RK9A 4F39A 2M1HA 2HCAA 1B5HA 2O6AA 2VGQA 3DP6A 3L6HA 1OVBA 3K02A 4QSEA 2HAUA 3M8UA 5M2VA 4Z02A 4DXBA 1BTJA 1UTHA 3RQTA 4KYEA 4FATA 4BDRA 4L59A 3A3UA 4DCXA 1M5DA 2XXIA 2XHDA 4YKJA 4PP0A 2I0BA 1QUKA 4OTEA 5H8HB 2DQVA 5AA3A 1DSNA 1SW1A 5FHNA 2XXUA 5JEIA 3OYBA 2DP8A 3LSFB 4GF8A 3HO7A 3OYGA 3FD3A 2WKYA 1P1OA 1FTKA 4XTCQ 2BJJX 4GOTA 5H8NB 3OQ5A 2K3YA 4PFYA 2DIGA 5AA4B 2Q89A 3C9HA 3FC3A 4R73A 5J39A 3SD4A 2QMXA 1USYH 4NF4B 3RT6B 3C31A 2F34A 3QSLA 5H8HA 3MVYA 1Y4TA 4YU0A 3W9WA 4HTGA 2XXVA 4XKQA 1OYXA 3T9XB 3H6WA 3IO4A 3ZS6A 1M5FA 3OB9A 4HCWA 1OZ2A 5IKBA 3G3GA 4LA9A 3OYDA 4Q5WA 5H8NA 1B4HA 4NF8B 4QRZA 1JETA 3KUFA 1RI0A 3B6WA 4LQ5A 4BD3A 4F22A 2Q2AA 4GLIA 1IITA 3E9XA 3ASKA 1SI1A 4NF4A 2HQEA 3FATA 4E7JA 4R72A 2DWHA 2FYIA 2VD2A 4JSOA 2B3BA 3RTFB 1YPNA 5L9MA 4XKNA 4BDMA 2ZXTA 3W9VA 1Y4CA 4EF2A 4WKMA 4OVJA 1TWYA 1A8EA 4F31B 2OZZA 1B40A 4EQ7A 2O7UA 5FRMA 5A5XA 2P0KA 1IXHA 4BLAA 1MPCA 4F2OA 3I6VA 4ZTJA 1VSOA 1MQDA 1R9LA 5I2NB 4IO2A 3H03A 1MPDA 3L6GA 1WODA 2QL3A 1DTGA 2I49A 1LBBA 1N7WA 2ABHA 3K6UA 3HCQA 3CSBA 4F3PA 3MEAA 2Q9TA 4YZZA 3IAZA 5C0MA 3IOVA 1B1XA 4E0WA 1D9VA 3MW0A 3SETA 2F78A 4U1OA 2O51A 1IXGA 3T9HB 2R6GE 2XXRA 2ZNUA 3LC8A 1PEBA 4E7IA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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