3MY5A

Cdk2/cyclina in complex with drb
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
300
structure length
296
Chain Sequence
GSMENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLTEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/protein binding/inhibitor
molecule keywords Cell division protein kinase 2
publication title Halogen bonds form the basis for selective P-TEFb inhibition by DRB
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 296
sequence length 300
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2010-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3my5A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3my5A01
4OLIA 3F9NA 3QKLA 4R3RA 3N4VA 5CT0A 2C30A 3DGKA 2OXYA 4D2PA 2NPQA 4EH6A 4Y85A 3EFLA 3NEWA 3OBGA 1HCKA 5FEEA 4C62A 3PA5A 2WQBA 4X0MA 2VZ6A 3DBQA 2H6DA 4UYNA 4C4GA 5C8KA 3Q60A 3LIJA 1TKIA 2YITA 3NAXA 3ZEWA 1H1RA 3HX4A 4XG2A 3FZOA 5IQHA 2QOFA 2IG7A 5KBRA 2HXQA 2OIQA 5L2QA 3BKBA 1FBNA 1Q3DA 1WBTA 3EOCA 1ND4A 2BAQA 5EDQA 4IDVA 5AP0A 5AR4A 3E64A 5HGIA 3A7HA 3WF8A 3ANRA 2JDSA 4ACCA 4IWQA 3NUNA 4C59A 3RWQA 2WTCA 3E8DA 2XRUA 4M68A 3TKHA 4ALWA 1XBBA 3VBXA 1PXMA 3UQGA 3GU8A 3QBNA 3H3CA 2PL0A 4MAOA 3O71A 1PXLA 4RIYA 4EJ7A 1YHVA 2ITOA 4YTIA 3LFQA 4FVPA 4RJ7A 3IDBA 1FMOE 4KKEA 4ZLYA 3OXZA 2R3OA 3VS2A 3L8VA 2C5XA 1FVVA 4JX7A 4E5BA 4ZLZA 3QXPA 2B54A 4YJTA 2CN5A 5AMNA 1OPLA 3R7YA 4BCQA 4RT7A 5K0XA 3I4BA 4IAIA 4G6NA 2QO7A 4FMQA 4MF0A 5L3AA 2OSCA 3CTQA 5CI6A 3TKIA 4LFIA 3F61A 3KULA 3QKMA 2HCKA 2FUMA 5DEYA 2XNBA 4NIFA 5IH5A 3V3VA 3W2OA 2ZV7A 4Z3VA 2BTRA 3R7OA 3GC7A 4II5A 3FMNA 3ZRKA 2R3FA 3UOKA 5C9CA 1UNLA 2QO2A 4BIBA 4JIAA 2OLCA 3DQWA 3DZOA 2PVRA 4HCVA 4MHAA 1M2QA 1CTPE 2W1EA 4ANNA 5M08A 4I5HA 4FIHA 3QRUA 4M7IA 4BCOA 3WE8A 1OVEA 4HZRA 3JPVA 2W1CA 3QZHA 3MI9A 5HOAA 4M69B 5FP5A 2XEYA 2GHMA 3KK9A 2X0GA 2C47A 4TWPA 2HY0A 3EQRA 3V51A 2V62A 3OVVA 3K2LA 2X1NA 2O64A 4RPVA 3Q4UA 3E3PA 3EL7A 3RK5A 4IMYA 4BDJA 4IIRA 3AOXA 3PTGA 3K5UA 4AA4A 2YM7A 4EH4A 5JGBA 4O38A 5EW9A 4KB8A 4LGHA 2JIVA 4FSTA 3R04A 2IVVA 3ZUUA 3TG1A 4F6WA 4FEWA 5C8MA 4KS7A 4IE9A 2J0JA 3EKNA 4AN3A 2PVMA 3OC1A 2R64A 2PHKA 3MPAA 3G2FA 5EM7A 3C5UA 2C3JA 3QCXA 5M4UA 2XS0A 2XF0A 5CQWA 4RX9A 5JN2A 2C3LA 5EQPA 3RCDA 4ZSJA 5I0BA 5HNGA 5EI6A 3ZH8A 1IR3A 5FBNC 3OFMA 4FT5A 3OEFX 4JXFA 3TJCA 3LFCA 3AC5A 4CFNA 3DKCA 1R1WA 2SRCA 1RQQA 3JXWA 4WG4A 1RJBA 4FA2A 4OTIA 2CNQA 2P3GX 2OF4A 3R6XA 1MUOA 3CLYA 4ITIA 5DR6A 5HVJA 4AG8A 3ULZA 3LCDA 4C4IA 3KREA 4IB3A 5EYKA 2CDZA 2V0DA 4MCVA 4IX5A 4PP7A 4CV9A 4DGOA 1Y8GA 2BFXA 2Y8OA 5FUTA 4CFUA 4IBMA 2QD9A 3COMA 4O81A 2YIWA 4UALA 3QRJA 2GNJA 3OXIA 3PIYA 4JDIA 4AA0A 4EOMA 1NVQA 2WTKC 2R9SA 1SM2A 3KN5A 3OT3A 2KULA 3BV2A 1FVTA 4G5JA 2EXCX 4ANSA 2RFSA 2GHGA 4IACA 4BDFA 4KS8A 4G2FA 2BROA 1H1SA 2XZSA 5CQUA 5HI2A 2PU8A 4AUAA 4KIQA 3CSVA 3LHJA 2OBJA 3DZQA 3H9FA 1NXKA 4UV0A 3UP2A 2Y4IB 3ZLXA 2X7GA 5CXHA 1Y6BA 2OF2A 3L9NA 2UVXA 3V6RA 4JBPA 5JEBA 3ALNA 1JVPP 1Y6AA 4IVBA 1GIHA 4XRLA 5CASA 4FTAA 3NNWA 3TM0A 2VX0A 4QNYA 4F7SA 3CBLA 1IA8A 2ITXA 2J5EA 2R3NA 3QAME 4FTKA 4DN5A 3ANQA 5GINE 4D1XA 3MIYA 1PMVA 2QOHA 3VW8A 4AOJA 2IZRA 5JQ5A 5HO8A 3I7CA 3G6HA 1ZYLA 3QD4A 3QQUA 3JY9A 3Q9YA 3DKGA 2OH4A 3FDNA 4AFEA 4O7TA 3H4JA 5AR2A 3QRTA 4ZTRA 4EYMA 5M06A 3BPRA 3MJ2A 2W1GA 4X6RA 1PMNA 4GFMA 2OKRA 5KHWA 2ITPA 2WMRA 3SXRA 2I40A 3JVSA 2YJSA 4JI9A 4XMOA 4I20A 4BI1A 2BAJA 3NW5A 5JFSA 1FQ1B 4ERKA 4U97A 2DS1A 2E9VA 4USDA 2CGVA 3LZBA 4MNEB 4IZ7A 3DLZA 5IQDA 1SVGA 1PRYA 2H8HA 2RKUA 2VTRA 4RQKA 3TNQB 4AX8A 3PSCA 5A4CA 3C5IA 2X8EA 5EYDA 2WU7A 4UN0C 3O23A 2ITWA 2XRWA 5LMKA 4JDJA 3R83A 2OJ9A 3ZM4A 4B0GA 5GJFA 3KFAA 3RAIA 5K4IA 3THBA 3RWPA 1YKRA 1OL7A 1Q41A 3EN5A 4RIXB 2HWOA 3BHYA 3P5KA 4BTFA 3NYVA 2E9OA 4PPAA 5ANEA 3RNIA 4FKPA 3E63A 3TN8A 5IMEA 2GNGA 3DV3A 4PDPA 3S0OA 3BLHA 2PUIA 3VS3A 2R3MA 4EOPA 2VX3A 2HW7A 4NH1A 1M7QA 5BVFA 4FI1A 3ZBFA 2BKKA 5DWRA 2WMXA 4DFNA 5LMBA 3W2PA 2YCFA 5M57A 2WU6A 4MXYA 3LAUA 1W8CA 4RA5A 4A4XA 1SZMA 2W5AA 3Q4ZA 4WSYA 1OKYA 4QD6A 4JX3A 1H28A 4O7VA 4C3PA 2F2CB 5ANIA 3V5QA 3D5WA 4MWIA 4DYMA 3GGFA 4A9YA 3Q5IA 4EHGA 3PJ8A 3NVMB 2JDRA 3ORTA 3KXXA 4BY9E 4ITJA 5E8XA 3FE3A 3L1SA 1G8SA 3DBEA 3NNXA 3QQFA 3GENA 3I81A 4D1ZA 4OR5A 4S31A 4S33A 4EOLA 5ACKA 3G33A 4HJOA 2R0IA 3ERKA 1P14A 4I6FA 2UW9A 4LUDA 5DYJA 4RVLA 2IVTA 4IWOA 3QWKA 4F6SA 1WVYA 3VJOA 3RPRA 1WBSA 1LEZA 4E73A 5BPYA 2EU9A 4YJVA 5K5NA 4YLKA 2CCHA 3DTCA 5HESA 4A9RA 4RIWB 2FSMX 2H34A 1FGIA 3P78A 3FPQA 4C58A 4IH8A 5IH6A 5KMJA 3RMFA 2WTWA 3EQPA 2C3IB 2R0UA 2B53A 1XH5A 5K9IA 2QU5A 2QKWB 2R7BA 4NCTC 3I0OA 4KNBA 5TT7A 2Z7SA 3ZHPC 5DT4A 4QMWA 1CSNA 3LXLA 3RGFA 2HK5A 4BDBA 4FE2A 2C5NA 4OT6A 4FV8A 4FTCA 5F4NA 3UNKA 4G9CA 4GCJA 3ZYAA 2XH5A 4G6OA 5DBXA 4IZ5A 3HLLA 1F3MC 3HYHA 3KXZA 4IM3A 4MBIA 4YUQA 4KRCA 3RJCA 4JG8A 2JKOA 1A48A 4IB0A 5CT7A 5AP1A 1OKZA 5KZIA 3WZEA 1RE8A 3F2RA 4HVDA 3UC3A 3ZFXA 3PJ2A 2E9PA 5C8NA 3W8QA 3QCSA 4R3PA 5D12A 5EK7A 3NLBA 2JDTA 3EZVA 4YZCA 5JFVA 1VZOA 4QMVA 4ZZNA 4JQEA 2YIXA 2J7TA 1PYXA 4XX9A 1B6CB 2ERKA 4ENXA 2VWZA 3OROA 4LRJA 4UWCA 4I21A 2VV9A 1GZKA 3PJ1A 5JFWA 1OBGA 3C4ZA 2PVHA 3Q9ZA 4FX3A 3FSKA 4GVAA 4K9YA 5HG7A 4FT9A 3W32A 4BIEA 5E9EA 4GT3A 4O0YA 3UIBA 4XP2A 3FL5A 2QCSA 1GY3A 4FYOA 5K5XA 2C6LA 2ESMA 5ITAA 3RI1A 3QU0A 3EFKA 4WRSA 4C61A 3ORPA 2GQRA 4MBJA 4R1VA 3MFSA 1KOBA 3LFBA 3EQHA 5IUIA 1YXSA 2Y4IC 4LRMA 1F5QA 5CALA 1XO2B 3ENMA 4IAZA 3NCGA 4FIFA 3F82A 1KE9A 1R39A 2XVDA 2VO3A 1BYGA 2O2UA 3CR0A 3ET7A 1H0VA 2CPKE 3TZMA 1U46A 3NSZA 4YZ9A 1VEBA 2I0YA 4E5WA 5GZAA 2GNIA 3IGOA 4B7TA 3KU2A 3GI3A 2XBAA 4FV3A 3QUEA 3MDYA 3ROCA 3AMYA 5BUEA 2P0CA 3L9LA 2UZWE 2OJGA 2VTPA 2OZAB 4PX6A 1Y57A 4EZ5A 5M44A 3E92A 5EKNA 2YERA 1ZY4A 1W7HA 3E7VA 3QC4A 4W4XA 4RJ5A 3D5XA 1H1PA 2R5TA 3DT1A 3QA0A 3D7ZA 4RLLA 2BKZA 3NIEA 3MB7A 3GFEA 3LVPA 1PF8A 4U3YA 4EK5A 5I3OA 2ACXA 1LUFA 3C4CA 2W0JA 4AZSA 2GS2A 4XV3A 1VR2A 1PXIA 2EB3A 3RBWA 4AS0A 5H8GA 5KE0A 3GUBA 3PZEA 2FSTX 5FD2A 5KMLA 2IVUA 3M11A 4JIKA 5CYIA 3UVRA 1V0OA 3F5PA 4BGGA 4O6EA 3LPBA 4N70A 3EQFA 3FMHA 1JSUA 4I3ZA 5IQCA 4N4SA 4FG7A 4R5YA 4E6AA 3NIZA 4OT5A 3DJ7A 3VBTA 5JT2A 4KIKB 4O6LA 5BYYA 3V5LA 4PV0A 2CNUA 2IZTA 4YTFA 2G2HA 2BZIB 4HVSA 5HORA 4FT3A 3LQ5A 3EH9A 2ZAZA 5AEPA 3RPOA 3KC3A 4GU9A 4ACMA 3AT4A 1XJDA 2PVFA 3AD5A 4C7TA 3CC6A 4W8DA 3EQDA 3ZSHA 5C1QB 3R7EA 4FNXA 2YFXA 4OTRA 4R8QA 1BLXA 3RZFA 3P9JA 3E7OA 3EN7A 2V22A 4YPSA 3GCPA 5EG3A 4BKJA 5HU9A 4ANQA 1TQPA 5HEZA 1NY3A 4TRLA 4TXCA 3AD4A 3OCTA 2YABA 2UZDA 5CEMA 5AM7A 3VWAA 2C6MA 2XIKA 3B8RA 3VRYA 1OIUA 3FAAA 3MN3A 3BLQA 5D41A 3NMUF 2Z7LA 2ITQA 2VAGA 3L9PA 4FIEA 1YWNA 1U5RA 2OWBA 2ZVAA 4IB5A 2WMSA 4U8ZA 2NNWB 2PVKA 1V0PA 1U4DA 3UOHA 5KHXA 3KK8A 3LE6A 2XNPA 4GK3A 2EXMA 4R3CA 4ZTLA 2CGUA 3TT0A 2ZB0A 4I5CA 3PA4A 4YO6A 5DOSA 4ACGA 2A2AA 4BWXA 3RAHA 3DLSA 4NJ3A 3UIXA 3VBYA 3FEGA 4IW0A 1KSWA 2GU8A 3G90X 4EZ3A 3ZO1A 4ACDA 3TNPC 3ZXZA 3R8LA 3VHEA 3AC4A 4EHZA 4LGDA 4D0WA 3HMPA 4YLLA 5AUUA 4BCNA 5IDNA 3NVKI 1YXVA 4D1SA 4KABA 5HD7A 2GFCA 1YXXA 3TZ9A 1YQJA 5A6OA 2QLUA 3MVJA 5CY3A 3RP9A 3GQLA 3VVHA 3W2QA 4EONA 3BZ3A 3MTLA 4OTWA 4G3GA 3T9IA 4FV7A 5EI8A 3HV7A 4JBOA 4FT7A 3UO5A 3HGKA 4AGWA 5J5SA 4FSNA 5CXZA 3MH3A 4JBVA 4QYEA 4WO5A 4H58A 3EYHA 2R3LA 3JS2A 3R2YA 4BZOA 4LUEA 4CQEA 1ZOHA 4DH8A 3DTWA 4Z55A 1OB3A 1XHAA 3PY1A 3F3UA 4FK6A 4PTGA 5TOZA 3VW6A 3E8EA 3P23A 4QYFA 4RZWA 2ETKA 3PVWA 1GZOA 4YU2A 5EYMA 4FTOA 3EQGA 1YI4A 4AQCA 2XB7A 4BGHA 3R7UA 1OKWA 4ORKA 2X4FA 2CGXA 3I5NA 3ROYA 1UU7A 2Y9QA 4IWDA 4D2VA 2WMBA 5HBJA 2WXVA 5JSMA 2B7AA 4HGEA 3ORNA 4AW1A 2A4LA 5E90A 2WAJA 3PY0A 3QHRA 3SC1A 4CYJA 1UKHA 5IQGA 2PMOX 4TWNA 4DAWA 3BHTA 1MRYA 5AR3A 3HL7A 5HBEA 1LEWA 4I5MA 3BYOA 1PXKA 4BCFA 3TNIA 4CYIA 4CLIA 3OS3A 3AT2A 3WZUA 3A61A 4BCGA 5CWZA 2ZMCA 3QD3A 3UP7A 3VUIA 2YIRA 4C37A 2YM6A 3BHUA 4CFWA 1H24A 1WVXA 5AUZA 3CD8A 3CE3A 3P7CA 4F63A 3DXPA 2RFDA 4L43A 3K5VA 3MY0A 1NVSA 3V5TA 2JKKA 3Q9WA 5BVNA 4GFOA 3I79A 2Y7JA 5L8LA 3Q52A 3FQHA 3KKVA 4RVKA 4BDEA 4FZAB 4BYIA 4U81A 2IZSA 2UZBA 5I9WA 3WYXA 4EH5A 3F7WA 4C4HA 4UMTA 4X21A 3PPKA 5TR6A 1Q62A 2YCRA 3MIAA 4DH5A 3ID6C 1A9UA 4AT4A 2C0TA 2QLQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OLI A;  3F9N A;  3QKL A;  4R3R A;  3N4V A;  5CT0 A;  2C30 A;  3DGK A;  2OXY A;  4D2P A;  2NPQ A;  4EH6 A;  4Y85 A;  3EFL A;  3NEW A;  3OBG A;  1HCK A;  5FEE A;  4C62 A;  3PA5 A;  2WQB A;  4X0M A;  2VZ6 A;  3DBQ A;  2H6D A;  4UYN A;  4C4G A;  5C8K A;  3Q60 A;  3LIJ A;  1TKI A;  2YIT A;  4O4D A;  3NAX A;  3ZEW A;  1H1R A;  3HX4 A;  4XG2 A;  3FZO A;  5IQH A;  2QOF A;  2IG7 A;  5KBR A;  2HXQ A;  2OIQ A;  5L2Q A;  3BKB A;  1FBN A;  1Q3D A;  1WBT A;  3EOC A;  1ND4 A;  2BAQ A;  5EDQ A;  4IDV A;  5AP0 A;  5AR4 A;  3E64 A;  5HGI A;  3A7H A;  3WF8 A;  3ANR A;  2JDS A;  4ACC A;  4IWQ A;  3NUN A;  4C59 A;  3RWQ A;  2WTC A;  3E8D A;  2XRU A;  4M68 A;  3TKH A;  4ALW A;  1XBB A;  3VBX A;  1PXM A;  3UQG A;  3GU8 A;  3QBN A;  3H3C A;  2PL0 A;  4MAO A;  3O71 A;  1PXL A;  4RIY A;  4EJ7 A;  1YHV A;  2ITO A;  4YTI A;  3LFQ A;  4FVP A;  4RJ7 A;  3IDB A;  1FMO E;  4KKE A;  4ZLY A;  3OXZ A;  2R3O A;  3VS2 A;  3L8V A;  2C5X A;  1FVV A;  4JX7 A;  4E5B A;  4ZLZ A;  3QXP A;  2B54 A;  4YJT A;  2CN5 A;  5AMN A;  1OPL A; 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