The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
246
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structure length |
216
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Chain Sequence |
LITDQSREEFDILRYSTLNTNAYDYFGKTLYVYLDPAGTGVAAVGAYRHQFLIYGLEHFFLSESSEVAIAECAAHMIISVLSLHPYLDELRIAVEGNTNQAAAVRIACLIRQSVQSSTLIRVLFYHTPDQNHIEQPFYLMGRDKALAVEQFISRFNSGYIKASQELVSYTIKLSHDPIEYLLEQIQNLHRSDDLIIAVIMATYLCDDIHAIRFRVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| molecule keywords |
TERMINASE SUBUNIT UL89 PROTEIN
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| publication title |
Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Human herpesvirus 5
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| total genus |
70
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| structure length |
216
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| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3N4P A; 3N4Q A; 4IOX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BA1 A; 1YXQ A; 3KLG A; 1VQ6 N; 5AQZ A; 3D2F A; 2XRI A; 4FLZ A; 3O1B A; 4DCH A; 1EET A; 1RBV A; 4QS7 A; 4JYA K; 5KPT A; 1ZBU A; 2JWL A; 3ID8 A; 3AO3 A; 5HP1 A; 1J54 A; 1QZ5 A; 2QEX N; 3QNN A; 3ZET A; 1RT5 A; 4OGE A; 1TYQ B; 4R79 A; 3FE1 A; 4JKB A; 2HVH A; 1NNE A; 4OKE A; 1YF5 L; 3DRP A; 1C0M A; 1D9F A; 1D5A A; 2ZD1 A; 4AHU A; 3OY9 A; 4ZTF A; 4BWJ A; 1S5J A; 3Q7B A; 4KFB A; 3D0P A; 1KSP A; 1C1C A; 5AFU H; 1SL0 A; 3BP8 A; 1KQS M; 3K5M A; 4O44 A; 2WTU A; 3VMF B; 5JS2 A; 3DRR A; 5FPM A; 5AQJ A; 1U48 A; 3A0I X; 3G6E N; 4B1Z A; 4CHO A; 2YCH A; 1RT6 A; 4DQ8 A; 1OH8 A; 4QCL A; 2VCP A; 4QS8 A; 5LJV A; 4LH4 A; 4XIU A; 4LF9 K; 5AQI A; 4CFC A; 4BQZ A; 4CGH A; 3C6T A; 3NMU A; 3SBG A; 1YJW N; 3QIO A; 2BH1 A; 3OYK A; 3RRG A; 3QEI A; 2ZGZ A; 3L2U A; 1FW6 A; 1UOC A; 5AQM A; 2QWN A; 3CCS N; 1TK0 A; 1KLN A; 1HLU A; 3TWH A; 4WE1 A; 3U9Z A; 4A5A A; 4E19 A; 3WQT A; 4WFA L; 2XO7 A; 1RDA A; 2UUC K; 2YKM A; 3E9L A; 2NNW A; 4HVJ A; 2VG5 A; 2P9S A; 4U67 L; 1NK8 A; 3J7A P; 2BE2 A; 3C6H A; 4H4O A; 1HKC A; 3BF1 A; 2UU9 K; 4CHZ A; 3PX4 A; 1TAQ A; 4H4M A; 1VQO N; 2GWK A; 3KK7 A; 5SZT A; 1YVN A; 1SL2 A; 1FKP A; 1WLJ A; 3SUQ A; 3AVG A; 2V7Z A; 3PV8 A; 3ZT2 A; 3OYM A; 4OPK A; 2X6N A; 4OPH A; 3KK1 A; 1CZ9 A; 4FZX C; 2E2N A; 4KHS A; 3H46 O; 4Q5V A; 2IVN A; 1WSH A; 1XMO K; 1KXP A; 2O8B B; 3KKS A; 3HYF A; 2GX9 A; 3ZX0 A; 1EWQ A; 4BG9 A; 1TL3 A; 1X9M A; 3PLA A; 3EN9 A; 3QBW A; 3SZ2 A; 1W7A A; 1OH7 A; 4LSL A; 4E7L A; 3TTC A; 5JVH L; 1CZA N; 1OH5 A; 4A2A A; 1NBW A; 2OTJ N; 3P5J A; 4JKE A; 2PY5 A; 2IS3 A; 4DQI A; 3LL3 A; 5JLH A; 2OTL N; 4DSE A; 3NF7 A; 4E7I A; 4CD1 A; 3QIC A; 3EKS A; 4BVP A; 1EQY A; 4FVM A; 3OYC A; 3LPU A; 4FCY A; 4PUO A; 1NK5 A; 5KGW A; 1MWM A; 1VQM N; 3F5T A; 3NGY A; 1Q9X A; 4K8Z A; 1NMD A; 1TKD A; 5GAH P; 3FZH A; 3VQB A; 5BRH A; 2A1R A; 2ITM A; 3QNO A; 3K2P A; 4JRQ A; 3ZCM A; 2NRH A; 2NUB A; 1EXQ A; 4BE2 A; 1YIT N; 4V19 S; 1JLB A; 4FOI A; 1NJW A; 5DK5 A; 4CF1 A; 4Z4E A; 5JLF A; 4FM2 A; 2YHY A; 1RTD A; 4FOE A; 3JAM O; 3TAP A; 3CG7 A; 3S3O A; 4DV5 K; 3V9S A; 1RT2 A; 3LDO A; 4DLG A; 1S6Q A; 2FBY A; 4J2A A; 4FXD A; 4WYB A; 4Z94 A; 4NCB A; 4ILG B; 1VAZ A; 2ZQB A; 1S1V A; 3M8R A; 4M3T A; 3AA4 A; 4EIA A; 3LDN A; 4B3T K; 1KLM A; 4CEC A; 2YHW A; 1BL3 A; 4X64 K; 1U04 A; 4DFJ A; 3E01 A; 4FWK A; 2P5O A; 5A2Q O; 4BE0 A; 4B8A B; 4H5N A; 2O8C A; 4EZ6 A; 1QVG M; 3DLK A; 3QLH A; 2ETJ A; 4JN4 A; 5J2P A; 3VEN A; 1WB9 A; 1HJR A; 4MQ3 A; 1CLQ A; 2P9I B; 3O3G A; 1WSI A; 4LF6 K; 1DEJ A; 1JL2 A; 3FZL A; 3OJU A; 4CF0 A; 3CET A; 4Z4I A; 4JKG B; 5BPL A; 1IKX A; 1DTT A; 1KRP A; 4CBU A; 4CIE A; 4CEB A; 3MEC A; 3CF5 L; 1WN7 A; 3S3M A; 2KFN A; 5IT9 O; 3CCU N; 2PYJ A; 3GG4 A; 3WXI A; 2QWP A; 3TSQ A; 1NJZ A; 1WBD A; 2F8S A; 4FJX A; 1H1V A; 4N47 A; 4O5B A; 3QEV A; 4FJ5 A; 3QO9 A; 3DXK A; 5HLF A; 5BR8 K; 2HB5 A; 3K5L A; 1B9F A; 4W5R A; 3EYZ A; 4I6M A; 4FJH A; 5E41 A; 2BUP A; 2HHW A; 1DLO A; 4A2B A; 1VSJ A; 3UKU B; 1XC3 A; 4AHC A; 5EVZ A; 2CGK A; 3CME N; 3ENH A; 3VES A; 1KFS A; 5FRN A; 1MDU B; 4BR9 A; 2NRR A; 4FPA A; 1NGG A; 3O9S A; 4C1N K; 1RT4 A; 3O80 A; 4LY7 A; 3V4I A; 3BEX A; 3TPQ A; 1V4T A; 3WNF A; 3RWU A; 4CZE A; 4OX9 K; 1BCM A; 3TAQ A; 1A5W A; 3U9D A; 4Z0U A; 2ASM A; 1ZBS A; 1NK7 A; 4CJ7 A; 1SS6 A; 1HNI A; 3DLG A; 2Z1G A; 4W5T A; 3ZX2 A; 2PZS A; 1SZ2 A; 3R1X A; 2NRZ A; 3C0B A; 3ZSO A; 3L2R A; 4DR4 K; 3VEX A; 2EHG A; 3QER A; 1JCF A; 3GOI A; 3RR7 A; 4FZZ A; 1NK6 A; 5AZI B; 3G0Z A; 3DOK A; 2NLX A; 4FL9 A; 1VSK A; 4AM6 A; 4OO1 J; 1RBU A; 1C0U A; 1SL1 A; 3QES A; 3GDQ A; 3WNG A; 4IFY A; 2XY6 A; 3SQ1 A; 3HTV A; 3KLH A; 4DLE A; 1NK0 A; 4B3S K; 1N32 K; 5DM7 L; 3R3L A; 4Y1C A; 4DR3 K; 5FPN A; 1BOT O; 1Z26 A; 3L0Q A; 2HBK A; 2HW3 A; 4HCB A; 4LFC K; 3MAQ A; 1IKY A; 4H5R A; 1LV5 A; 3IDH A; 4KTZ A; 4CK2 A; 4DFK A; 4CCH A; 3UB5 A; 1VSE A; 4FO0 A; 3THW A; 3LAL A; 1GOC A; 4DQR A; 4NLC A; 5CY4 A; 2QWO A; 4MFB A; 3SAG A; 4FJK A; 3ALY A; 1J5O A; 4BRD A; 4DR2 K; 3TAF A; 4YNQ A; 4B1W B; 3FZF A; 5KTQ A; 3TAE A; 1SUQ A; 3FZK A; 3NBP A; 4JKC A; 3WUH A; 3KTQ A; 3RMD A; 4DSJ A; 5KQD A; 2E4L A; 3D6R A; 4CGI A; 1XNQ K; 3L3U A; 2P9L A; 3LWM A; 2RF2 A; 5SWM A; 3SJH A; 3AY9 A; 3QEP A; 2IDO A; 3VEY A; 5FRO A; 5H1S Q; 3BZC A; 4O5F A; 4CD3 A; 3HXM A; 1QE1 A; 4JLH A; 4JKF A; 4B1U B; 4CZK A; 3LM2 A; 4H8K A; 2P9U B; 2A1S A; 2R7Y A; 3M8Q A; 2NZT A; 2V7Y A; 3J8A A; 4YOY A; 3O3H A; 1QSY A; 1KCF A; 3CFO A; 1NJI O; 2J4R A; 1S1U A; 3LDS A; 1IJJ A; 4WCE L; 5F2R A; 4CJE A; 1YVU A; 2IOC A; 1TGO A; 2D0B A; 4KHN A; 3CJ9 A; 2D0C A; 3T3F A; 5CHI A; 4DQQ A; 4KRE A; 4XH4 A; 3CPE A; 5CR4 A; 4PA1 A; 5CE3 A; 1VQK N; 1B9D A; 3VET A; 3U3G A; 3K0S A; 1NGC A; 3A5M C; 4WQ4 A; 4M7X A; 1RDB A; 4BR4 A; 3NF8 A; 2UXB K; 4RW9 A; 4R5P A; 4CJ3 A; 4B3O A; 3NGI A; 2V51 B; 2E5L K; 3OHR A; 3D2F B; 1RT3 A; 4HTL A; 4MDB A; 4JI4 K; 3RRH A; 4Y0W A; 4X65 K; 3TAG A; 1C0G A; 4CHQ A; 3QBX A; 4I2P A; 4CHY A; 2VQE K; 3T19 A; 3O9R A; 2E6M A; 4FJM A; 3F2K A; 1P8Z A; 4DR6 K; 3AVI A; 4IG0 A; 3O3F A; 3M8S A; 3A2F A; 2D5R A; 4A61 A; 2W41 A; 2HHV A; 2DY4 A; 1RBT A; 5EU7 A; 4PKI A; 2DFH A; 4JAX A; 1KD1 O; 1LOT B; 4M3Y A; 1GOB A; 2E2O A; 3QFU A; 1Q82 O; 1OH6 A; 5AQQ A; 1BI4 A; 5JIC A; 3DLR A; 1HNZ K; 4F2R A; 3GE1 A; 3L4Q A; 4DKW A; 2G8H A; 4B9U A; 4FJI A; 1KVC A; 4FVU A; 1LW2 A; 4BC5 A; 1OVY A; 1HKB A; 1NJY A; 4JHD A; 3KLI A; 3CC7 N; 4FWR A; 1RT1 A; 5AQL A; 3D2E B; 1GLD G; 4BRQ A; 3T7Z A; 3WEE A; 4HUF A; 4CEA A; 1I3A A; 1ILY A; 4WFN L; 1YHQ N; 3LP0 A; 3ULE A; 1BIU A; 4CJU A; 3LP1 A; 3MWP A; 3I8D A; 3EL2 A; 4RCH A; 1C1B A; 3SV3 A; 4CIG A; 1RTH A; 2Q97 A; 2RN2 A; 3OS1 A; 4DV3 K; 5AQF A; 3CD6 N; 1ATN A; 5LY3 A; 3ZEU B; 1BG3 A; 4CZM A; 1XHZ A; 1L5U A; 3E9O A; 1W0H A; 1NGH A; 4O0J A; 4DTJ A; 4M3Z A; 3JS6 A; 2WFB A; 1K9M O; 4JK8 A; 3OVN A; 2W42 A; 4O4G A; 1IV0 A; 4BG8 A; 4A62 A; 2VWK A; 3EY1 A; 4FWN A; 1JLF A; 2B5J A; 4YHH K; 2YNI A; 3IKM A; 1FK9 A; 4PWD A; 3DYA A; 4DV7 K; 4ISF A; 3O4N A; 1SKW A; 4OLA A; 4WQ4 C; 1K6Y A; 4CEF A; 3G4S N; 2YJF A; 3A5L C; 3SLC A; 5HRO A; 4CE9 A; 3NH1 A; 3WNE A; 3H45 C; 4JI2 K; 4FJ9 A; 3HJF A; 1SAZ A; 3CJB A; 4E7H A; 1I94 K; 1IBL K; 4CJW A; 4H0O A; 3CQX A; 4O0I A; 1K8K A; 2A42 A; 3PSF A; 4JD2 A; 5TKY A; 3CCJ N; 5AQR A; 3OYB A; 2A40 A; 5C15 A; 2GEL A; 2EWS A; 2HBJ A; 5J1E A; 3LDP A; 3O5B A; 1SKS A; 4KHQ A; 2W6K A; 1E3M A; 2AP1 A; 1RBR A; 4ID5 A; 4FWS A; 2QM1 A; 4L3Q A; 4CGJ A; 4X66 K; 3H3O B; 3AA3 A; 4FLW A; 1GLL O; 2CH6 A; 3ISN C; 4BDP A; 2O8F A; 1I39 A; 1ITG A; 4BRM A; 2BDP A; 2PBD A; 4FSV A; 3K59 A; 4JRP A; 5JVG L; 1NK9 A; 2DTU A; 1JLQ A; 1XC9 A; 4B9Q A; 3DM2 A; 3H6E A; 4LF4 K; 5TKW A; 5C24 A; 3T1A A; 2GTD A; 3NFA A; 2Y1I A; 4LH5 A; 1RTI A; 1JJ2 M; 2ZM6 K; 1TAU A; 2VYP A; 1IH7 A; 2JLE A; 3AVK A; 4QAG A; 3C7N A; 5BN8 A; 4LC9 B; 4IOC L; 1N8R O; 1NKC A; 2YKN A; 4AM7 A; 4CEE A; 4CZG A; 3OYJ A; 3UKR A; 1IG9 A; 3ATV A; 4FW2 A; 2HHH K; 1QHA A; 2OPR A; 3H1V X; 3U4L A; 1HQU A; 3PO5 A; 3DAW A; 1HYV A; 1ATR A; 3KD1 E; 3GBT A; 4H0P A; 2QWM A; 1JLE A; 3V9W A; 3ASM A; 3BZK A; 2G8U A; 3A8Y A; 1QQO A; 3P31 A; 4PL7 A; 4CZJ A; 3PIO L; 5AZJ B; 2P9K B; 3F73 A; 2PFU A; 4DQS A; 4KTQ A; 4DR7 K; 4KBO A; 3FGU A; 3VGL A; 3J7Y P; 4IWV A; 4TSX A; 2O8C B; 4MLH A; 4IXC A; 1NG9 A; 4F9O A; 3QDK A; 1XMQ K; 5AQX A; 2ITG A; 1VSF A; 4B3M K; 3G71 N; 4OKJ A; 3AO1 A; 3KLF A; 1CXU A; 4CGD A; 4RWT A; 1A5X A; 3AVN A; 3MDQ A; 4OGC A; 4N76 A; 1RIL A; 4B08 A; 4CJK A; 4DSF A; 4CED A; 3V1Q A; 3V9U A; 1MWK A; 1WSF A; 1J6Z A; 3BDP A; 5KI6 A; 3J7Z O; 3L2W A; 3W0L A; 3VF6 A; 4ZTJ A; 4CHP A; 4IEI A; 3CCM N; 4DF8 A; 4KB1 A; 1N33 K; 5C42 A; 4B9S A; 3NF6 A; 3HOS A; 1GLJ O; 3P1G A; 1JLG A; 1HPZ A; 3VER A; 1QSL A; 3ZT0 A; 3CJC A; 3C6A A; 4M41 A; 3EEQ A; 2YNF A; 3B6P A; 3EZ5 A; 3QET A; 1M90 O; 5CZ2 A; 3Q7C A; 1KAZ A; 4F3O A; 2VG7 A; 5LMU K; 2F9T A; 4BY9 C; 3AAR A; 5C10 A; 3NE6 A; 3OA9 A; 3V9X A; 2KZZ A; 4BRH A; 2P9P B; 1ASU A; 4B9M A; 4B9L A; 2YX6 A; 4BVO A; 4DTU A; 4CF9 A; 3VQ7 A; 4CJR A; 4BRK A; 2NRX A; 3VQ9 A; 4WF9 L; 3I56 N; 1FKO A; 4FPB A; 4UY8 O; 2YI1 A; 3C65 A; 4FJ7 A; 4FM1 A; 1VSD A; 2D4W A; 4ISG A; 5AQY A; 4BWM A; 4CER A; 4E7K A; 1S9E A; 1JLC A; 3RMB A; 3N4P A; 3AVC A; 1JCG A; 4B9N A; 1RDC A; 3FZM A; 5AQG A; 1TYQ A; 5C2F A; 3C95 A; 3BGR A; 3WT0 A; 1RDW X; 3LDQ A; 4BRF A; 2ZJR L; 4BC3 A; 1U2V B; 1F21 A; 3R9P A; 1W2B M; 2HHT A; 3ULD A; 4DG1 A; 4NLB A; 4DV6 K; 3WXK A; 2P9N B; 1RBS A; 1YIJ N; 4FM0 A; 2FF3 B; 3IAY A; 5E26 A; 3MEG A; 3ZT4 A; 4DS5 A; 2WOM A; 3K9J A; 4IKF A; 2O4G A; 1VSL A; 3O8M A; 1L3V A; 1Z6R A; 3DLB A; 2YHA A; 1C0T A; 2HOE A; 2Z1H A; 4J2D A; 4WQ5 A; 4MLE A; 4DSK A; 4CF8 A; 3TAN A; 4LSN A; 4GV9 A; 1IKW A; 2OCE A; 2DFE A; 3P4I A; 3SPY A; 1IO2 A; 2A3Z A; 1LAV A; 1V4S A; 2B6A A; 2F7T A; 2X6S A; 2Q36 A; 4ZHR A; 3CCR N; 4CF2 A; 4FJJ A; 4LF5 K; 1WSE A; 4PY5 A; 4CZI A; 3AVM A; 1NU0 A; 2D0A A; 4CK3 A; 3R6M A; 4DR1 K; 3T1Y K; 1O13 A; 1XUP O; 2W40 A; 1W9H A; 3AGK A; 5GAE P; 3HM8 A; 4LF7 K; 3CCL N; 4BGB A; 4CFB A; 2HNY A; 3RSE B; 3THX B; 2QXL A; 1C6V A; 2LSN A; 3THY B; 1EP4 A; 3EE9 A; 1WOQ A; 1C0F A; 2DPN A; 5C25 A; 2GWJ A; 3AGR A; 3AVB A; 2QWQ A; 4K41 A; 3K5O A; 4IJN A; 3OYH A; 1U47 A; 4A57 A; 5F1X A; 1DKG D; 5AR0 A; 3OYI A; 1T6C A; 5AFU A; 5HRN A; 4DTM A; 4BDZ A; 2OZM A; 5AQT A; 1IKV A; 4ILJ A; 4DTX A; 1D9D A; 4KH6 A; 4FLU A; 1WAJ A; 2QI2 A; 1X1P A; 4CEZ A; 2O8B A; 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