3NAYA

Pdk1 in complex with inhibitor mp6
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
287
structure length
278
Chain Sequence
KKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSNFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLTAYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
publication title Selective inhibition of PDK1 using an allosteric kinase inhibitor and RNAi impairs cancer cell migration and anchorage-independent growth of primary tumor lines
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 278
sequence length 287
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3nayA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nayA01
4II5A 3ZXZA 4MNEB 2O2UA 3EN7A 4F99A 4GL9A 5ETIA 4JDJA 4TYGA 3UC3A 5EH0A 5AIRA 4EONA 3QX4A 4FICA 4Z7GA 4XMOA 5GIOE 4FEWA 1M7QA 3DNEA 4KA3A 1Q3DA 4HYUA 4ZSLA 5EDPA 1XKKA 4EJ7A 3WIKA 4GK3A 5CF4A 3OZ6A 2J9MA 2XNOA 5B7VA 2GSFA 2PK9A 4RVKA 3OUNB 3BYVA 4FSUA 3HAVA 3UPXA 3F5UA 3GC8A 3QRJA 2O65A 4WBOA 3ZOSA 2ZV9A 3FMJA 5J9ZA 2QD9A 4H3BA 4MYGA 2WB8A 3OW3A 2O3PA 4P7EA 2HOGA 3V51A 3FMHA 3Q4ZA 2EXEA 5FDXA 2Z2WA 4FVPA 5HBEA 4EWQA 3OG7A 3UP2A 2C1BA 2X4ZA 3NUNA 3EQHA 4BL1A 4PDPA 3CD8A 4O2PA 5CXHA 4D2PA 4BDBA 2W99B 4ACDA 5CAOA 1BL6A 5IQGA 2V55A 4D5KA 5IMEA 3FJQE 4I5MA 3DT1A 1PXPA 2XA4A 3GEQA 4GUEA 3BLRA 4MVFA 1PJKA 4O0WA 3TWJA 4JIAA 1SVHA 3RI1A 3OY1A 4R7HA 4EHEA 1UU8A 1ZXEA 3C4CA 3JPVA 3GFEA 3PG1A 4FNWA 2HENA 5CX9A 3N51A 2QCSA 4I4FA 4ASZA 3LCOA 3PSBA 4FTTA 4U80A 5A14A 3HP2A 4JDIA 3ZMMA 2GQGA 4UWBA 5AV4A 3C13A 4O21A 3P78A 2X8IA 3MY1A 4O96A 2QKRA 5M4CA 4K77A 4ZY4A 1SNXA 3VUTA 4WO5A 3EYGA 4KB8A 2CDZA 4MTAA 4UBAA 4EUTA 4JOAA 5EYKA 1DM2A 4IJ9A 4ACMA 2OO8X 3TUDA 4DEGA 4H05A 5K5XA 5KMNA 3UMWA 3VS6A 4X0MA 3VULA 4CMUA 4YC3A 5LVMA 3U8WA 4F9WA 4RIWB 2Y8OA 2OJGA 3C9WA 3DQWA 4ITJA 5HNBA 1NW1A 3HDNA 3PVUA 4M68A 3L8VA 2X8DA 5LMKA 4NWMA 5IG1A 4WD5A 3GOKA 3H9FA 1PMUA 2WELA 4OT5A 2PTKA 4ZY6A 1I44A 1VYWA 4JBOA 4QMQA 4H3QA 1J7IA 4UY9A 3VN9A 2IVTA 4I94A 2WTKC 5BQ0A 4F6UA 2LAVA 2WQNA 5L2SA 3HKOA 3ZFXA 2YFXA 2XH5A 4AGCA 4ZTHA 1SVGA 5HE0A 3NZ0A 3SRVA 3NYXA 5BNJA 3DXPA 5IQBA 4BCNA 2BROA 4X6QC 3W8LA 3AG9A 2YIXA 4YSMA 4D58A 2XNEA 5DHJA 2JLDA 4RGJA 1YXSA 3FEGA 3QZHA 3KVWA 2PWLA 4MD7E 4F4PA 1H00A 2WAJA 4QT1A 3QALE 4PMSA 4TWOA 3M2WA 4G31A 4QMVA 4M14A 2VWVA 3A2CA 4LL5A 4IMYA 4I93A 2GTMA 2R3LA 5CAVA 4C58A 1H8FA 3TEIA 3AC1A 3BQRA 3R9NA 2W1HA 2XNBA 1V0PA 5J8IA 3QCQA 3WILA 3D4QA 2WMBA 4DEBA 4I5PA 3MPAA 1OKWA 3IGGA 1K2PA 3QZFA 4D2VA 4PPBA 2O63A 4WBBB 4FKQA 3T3VA 4IXPA 4EJNA 2H9VA 4XG3A 4L9IA 4ZIMA 3V5QA 1JSVA 3ZZWA 4YHFA 3SG9A 5E8WA 1M14A 2VV9A 5AEPA 4KIKB 3FQSA 4WIHA 2E9UA 2V7AA 2NO3A 2E9VA 3Q04A 5A6OA 5D9HA 3NX8A 4NW6A 3RM7A 4U7ZA 1WBWA 1YHSA 3HL7A 3QRKA 5C8MA 5LOHA 3C51A 3LFBA 1H08A 1OL5A 3CPCA 4ZSJA 1QPEA 5FG8A 4WT6A 4CFXA 2J0KA 4FV6A 3AC2A 4FZDB 4PMMA 5AM7A 3OCBA 5EW3A 3PJ2A 3F3ZA 1YOJA 5DBXA 4HVDA 3K3IA 3LCDA 2CGXA 3D0EA 3RAKA 3R9RA 2UW4A 4ZZMA 5AV3A 4A9RA 2QOLA 3U6HA 5ICPA 3W32A 2GFSA 2F2CB 2XK6A 4ZLZA 4KSPA 3Q9WA 3ET7A 4FG7A 4IX6A 3QTXA 4NTTA 3UBDA 4CQEA 3MGYA 3C0IA 1O6KA 3E92A 3R21A 3UQFA 2CN8A 3EH9A 5CF6A 4X3JA 3VWAA 3DY7A 4I23A 3HV6A 4P5QA 5H3QA 2PULA 4L3LA 2YIWA 4B6LA 4DFLA 4EH5A 2R3JA 4D5HA 2J5EA 4D2WA 1I09A 5FEQA 3W55A 1YHVA 2BFXA 1KE8A 5ETFA 3AT3A 3A4OX 4X3FA 3FLZA 4ACHA 3DKGA 5M53A 4PNIA 4BZNA 3TKIA 3QTQA 5M07A 1OM1A 3FZOA 3RCJA 4RFMA 4C38A 4C4EA 3HX4A 4CT2A 3DNDA 2OZAA 3ITZA 4DAWA 4CRLA 4ERKA 4F7JA 4E6QA 3QRTA 3OT8A 5LCJA 2FVDA 3WZKA 4RA4A 4YZBA 4XV1A 4C57A 5AFVA 2OU7A 4FL1A 1JNKA 5HBHA 3MWUA 4JRNA 4FUYA 3HV5A 4BDKA 1J3HA 3DJ5A 2I6LA 3LJ2A 2GS7A 3RINA 3ORXA 5A3XA 4UX9A 4AW0A 3RPYA 4PPAA 4AN9A 1V0BA 3UDBA 3PIYA 2CGUA 4DN5A 2PZPA 3D7TB 4MXZA 3FQEA 4GG5A 1F0QA 1NVQA 3G15A 5HHWA 1Y91A 4A9SA 1CDKA 1M52A 2QONA 4BRXA 4DGLC 2B9JA 5HGIA 5AR3A 4HVSA 2UZOA 3WI6A 4HVIA 4YPSA 1LEZA 5CAQA 4FL2A 3MY5A 2XRUA 5CU6A 3GBZA 5CNOA 4FTAA 4YGAA 4BKYA 2W1EA 3LIJA 3UOLA 5DR9A 4O0TA 2BAQA 2R0IA 2PUPA 4J95A 3DLZA 5HEZA 4FF8A 3WIGA 2HZNA 5HG8A 4O1PA 3WZUA 4CTCA 1FVVA 3LMHA 3QLFA 4GT4A 3ZEPA 1OECA 2ERZE 2IW6A 4R5SA 2XK7A 5CVGA 4BDAA 3QGWA 3EFJA 3O8TA 3DTWA 5KMOA 4RQVA 5AAGA 3LFQA 5HG7A 4IAKA 4YC6A 2F7EE 4M0YA 3R8LA 5I3RA 2CLXA 2B9HA 5EI2A 3UQGA 1OL2A 5IA5A 3TL8A 3F2AA 2XRWA 3G9NA 1DAWA 3MFRA 4EUUA 3KF7A 4E5AX 1H0WA 4LGDA 3EQGA 4C33A 4O7RA 3QCSA 3ZBXA 2CNQA 4G3GA 1LR4A 2HZ4A 3MPMA 4BTMA 4RIXB 3O17A 4P4CA 5A4QA 2W0JA 4D0WA 1NVRA 5IH5A 3AOXA 4B4LA 2QQ7A 3IW5A 5AX3A 4PNKA 4FV1A 3LCTA 3BHYA 3RWQA 4MKCA 4YBJA 4PWNA 4O2ZA 5CNNA 3HUBA 5L2IA 3L9MA 1VZOA 3I79A 3R83A 3BE2A 4A9UA 3Q32A 2YLEA 4L68A 5EI8A 1XR1A 1YVJA 2J0IA 4IFGA 4X2JA 4QMYA 3LLAA 2HWOA 4ENXA 4ZTLA 3F66A 4R1VA 5JZNA 1Y6AA 4LOPA 4IM0A 4AZSA 4JI9A 2OIQA 2EB3A 2FSTX 2QR8A 4I1ZA 3VVHA 3NMUF 1YW2A 4ZLOA 5E90A 4QNAA 3WF8A 4G3CA 2YN8A 3HYHA 3QAME 3QFVA 1GY3A 4YTIA 3SVVA 3RK7A 2UVYA 2X6DA 2XKCA 3MFSA 5B2KA 2OSCA 3B2WA 4YZMA 4ZAUA 1A9UA 2YM8A 3VW8A 3GC0A 4NJDA 3R8ZA 1XH6A 5KMMA 1P4FA 1X8BA 3DA6A 4PY1A 3D94A 3R73A 1V1KA 2VTSA 4QYGA 4AGUA 5BUIA 4FEVA 1KE9A 2WQEA 4YJPA 3ZC6A 3WOWA 2CKPA 1ZYLA 1JKTA 3FXWA 5D7VA 3PWYA 3NSZA 4FOBA 4WKQA 5I9WA 4RPVA 3RWPA 3Q52A 3QTWA 3GCUA 2CN5A 3JS2A 3PY1A 3TKUA 4C2WA 5H8EA 4D9TA 1UU3A 4L3JA 1Q5KA 5F20A 3V5WA 4WRGA 3V8SA 2R3FA 3FMNA 4FOCA 4IEBA 3FSKA 3PZHA 2F7ZE 3K3JA 4X21A 4Z9LA 4CGAA 2X9FA 3RBWA 4ENYA 2ZYBA 4Z7HA 1S9JA 3SC1A 5CEOA 5IQAA 4L00A 3VW6A 4I5HA 3RZFA 2R7BA 4YBKA 4V0GA 3A7GA 2C6LA 1HCKA 2QI8A 4H36A 4QP6A 4XV9A 3WZDA 3ZLWA 4CTBA 3VS3A 2W5BA 5BMSA 2YDJA 4CFUA 1NT2A 1VEBA 3FKNA 3QQJA 1ZARA 2OIDA 4ZTNA 2FYSA 4K9YA 3PZEA 2IO6A 3EQIA 3R7IA 1UV5A 1ERKA 2V62A 3MBLA 1M2PA 5HICA 3EZVA 4E73A 1PY5A 5L2TA 4XNEA 2C6MA 2P3GX 4XG4A 3QGYA 2G1TA 1VR2A 5AR8A 3BRBA 3R28A 2F4JA 5FBOA 5EFQA 3NYNA 3IW7A 4D0XA 5JQ8A 4ID7A 1F5QA 3L9PA 4YTCA 4NW5A 1UVRA 1WVYA 2C5VA 3I0OA 2YA9A 3PXKA 4LV5A 5ACKA 5LVNA 3R8UA 3OWLA 3PYYA 3G33A 2XNPA 5AADA 4O7TA 2CGVA 1W7HA 4DEIA 5AUTA 4EKLA 2A19B 4QQTA 3S95A 4M12A 4CLJA 1P2AA 4OLIA 3I7CA 3KXXA 5HLNA 5A4TA 1DI9A 5EQYA 3DAJA 3RPVA 1YXVA 1PF8A 1YWVA 4IX4A 2P2IA 3PG3A 1P4OA 4B9DA 5EDRA 3PA3A 4FEXA 3HA6A 4GRBA 2Z7SA 2Z02A 2PPQA 4G5JA 4NM7A 4XRLA 4S30A 5HCYA 4C34A 4Z3VA 4ZLYA 5BVDA 1L8TA 3FAAA 4J53A 3D2KA 2HCKA 4ANOA 3E8EA 2YM4A 5AA9A 2XBAA 3COIA 4JR3A 4LFIA 3TNWA 4MQ1A 4EH9A 3AC8A 4K1BA 5BVOA 4PRJA 3LAUA 3DTCA 3QQGA 3AMAA 3GGFA 3Q9XA 3TT0A 3GQIA 3ID6C 3NIEA 1JAMA 5CENA 4FA2A 2G9XA 2UZLA 5IQDA 4C4JA 5AV1A 5FDPA 4KNBA 2R3QA 4NKSA 3W16A 3ORMA 3O51A 2PU8A 4WHZA 3OWPA 4IHPA 2FUMA 3ZUVA 4EBVA 2UVXA 5AUZA 3REPA 3BHTA 4BBMA 2ZB1A 2ITOA 3R6XA 2UZBA 5L6WL 4QTBA 5KUPA 3OCGA 3OWKA 4AAAA 2VNYA 2YERA 3ULZA 1R3CA 2JDOA 2I40A 3QC9A 5TT7A 3SXSA 1G8SA 1YKRA 4GVJA 3DBQA 3KRLA 2EXMA 1ZOGA 4M69A 2BR1A 4DGMA 3PIXA 3TIYA 5I0BA 2XNMA 5B2LA 5HKMA 3ZO4A 3VJOA 4HVHA 4NKAA 2OICA 4JBQA 5KMKA 3DZQA 3TZMA 2XIRA 2EU9A 4GIHA 2XKEA 3H10A 2G2HA 5JGBA 3UGCA 5L6PA 3GXLA 3PPKA 3BV2A 2VZ6A 4DLIA 3WE4A 4HCTA 1MP8A 2BDJA 5AAEA 5IA2A 3G6HA 1FPUA 3M1SA 5D12A 1S9IA 3DLSA 4NIFB 5HESA 3LXPA 4O7WA 2C6EA 4ZTQA 3ZUTA 1FGIA 2QLUA 4DYMA 5IPJA 1IAHA 4ZP5A 5AR5A 4AS0A 2WTJA 1GZ8A 4JNWA 1OBGA 4A06A 5D41A 3BYOA 4GMYA 5IEVA 4C2VA 3HUCA 1GIIA 2IN6A 3HMIA 4WNKA 3TM0A 4XG2A 3AD5A 3ZONA 4AN3A 3V5TA 4W4WA 3KRWA 4M84A 5F4NA 1SYKA 4LGGA 2QU6A 5DH3A 3V04A 4DG3E 3CTHA 2UW3A 2J5FA 1L3RE 3NNUA 3IOPA 4GT5A 4XLVA 2ZOQA 4GK4A 2J7TA 4WG5A 1BKXA 1H27A 4JXFA 4FZ6A 1BLXA 4PQNA 4BCOA 3QZIA 4KBCA 4PUZA 3UODA 3FZTA 2B4SB 4JDHA 4QP2A 5M4UA 3THBA 4CFMA 3ZLXA 4CZYB 1ZYCA 4M3QA 3KRRA 2OJ9A 3ZDIA 1EH4A 3ZU7A 4GFMA 1WAKA 5BVNA 3FHIA 3UG2A 3SG8A 3KN5A 5BYYA 5DE2A 5EYMA 3ULIA 2A27A 4XBUA 4RZVA 3PXQA 1OZ1A 5CAPA 1G8AA 4NT4A 4IFCA 4U45A 4AGDA 3G6GA 3S3IA 2GS2A 4BCQA 3FLWA 1KV1A 3BU6A 1FOTA 3H0ZA 3F3UA 4DGOA 1UU9A 5F95A 4XUFA 3NYOA 4CNHA 1JVPP 3ODZX 4LOQA 3M11A 3F7WA 4ALVA 3POOA 5DWRA 4J71A 1JQHA 2R4BA 4MXCA 4BCFA 4I3ZA 2O8YA 4EK5A 2BUJA 2RG5A 3TDWA 1W82A 3KREA 4A7CA 1LEWA 3QTZA 4IH8A 3UC4A 4L43A 4BF2A 5I9YA 5ANEA 3IONA 5CYIA 1Y57A 4DTBA 5E8SA 4I92A 1OITA 2BRGA 3CTQA 3E3PA 3MIYA 4IWDA 4FEQA 4LUDA 2ITYA 4FC0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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