3NDYA

The structure of the catalytic and carbohydrate binding domain of endoglucanase d from clostridium cellulovorans
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
STAFTGVRDVPAQQIVNEMKVGWNLGNTMDAIGGETNWGNPMTTHAMINKIKEAGFNTLRLPVTWDGHMGAAPEYTIDQTWMKRVEEIANYAFDNDMYVIINLHHENEWLKPFYANEAQVKAQLTKVWTQIANNFKKYGDHLIFETMNEPRPVGASLQWTGGSYENREVVNRYNLTAVNAIRATGGNNATRYIMVPTLAASAMSTTINDLVIPNNDSKVIVSLHMYSPYFFAMDINGTSSWGSDYDKSSLDSEFDAVYNKFVKNGRAVVIGEMGSINKNNTAARVTHAEYYAKSAKARGLTPIWWDNGYSVAGKAETFGIFNRSNLTWDAPEVMKAFIKGIGGSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endoglucanase D
publication title The structure of the catalytic and carbohydrate binding domain of endoglucanase D
rcsb
source organism Clostridium cellulovorans
total genus 147
structure length 345
sequence length 345
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ndyA00
3U7BA 5BXTA 1NWRA 4GO9A 1LJYA 5CQ1A 3W0KA 2DH3A 2WYSA 2FDMA 1KR0A 3SCQA 3TP4A 4M81A 3CZKA 2XSBA 4OUEA 3ARUA 1EOKA 3O2LA 1GORA 1OGBA 1GOQA 5DO8A 1MW1A 1CNVA 2A3HA 5HPOA 4CVWA 1W9DM 1TE1A 3F5JA 3ZT5A 3NSMA 3NIYA 2EPMX 1OBAA 3VIGA 5JUVA 3TA9A 1RP8A 2WVSA 4CN6A 4FLRA 4TVUA 2FH6A 1GOWA 3SEPA 3SURA 1V3LA 1K9EA 2PBGA 2YL9A 1XV8A 1C8XA 4PCTA 4BZYA 1ZBCA 3BAYA 2WMIA 5DT5A 1F4HA 3VDHA 4UQCA 4BF7A 1WNOA 1XRVA 1FOBA 1UUQA 3N9KA 4ZFMA 2G8ZA 1HJSA 2GDUA 1UD2A 3CUJA 2JIWA 4Z2JA 1NM9A 4P8WA 1NWSA 1SYTA 3LPPA 2DSKA 3CZ8A 1XYFA 2HISA 3QR3A 3NCOA 1ZU8A 2J74A 5I6SA 1NP2A 4LYQA 3WUFA 1GQIA 1FHLA 3GH4A 1F4AA 1V6YA 5AYIA 3U57A 2PBOA 4Z2HA 4CU8A 2EQDA 4PSPA 1E5JA 1C8QA 3M07A 3WQ8A 3GXFA 5GPRA 1DHKA 3VU2A 3ZM8A 3WF1A 4GIAA 3EDDA 3VD3A 4CD6A 3AS3A 1JNEA 4W88A 1V02A 1QI2A 2V3EA 1KXVA 1W2PA 4P7LA 3EDFA 2BY0A 1ISWA 2OYLA 2XSAA 2DT2A 3I3DA 1X6NA 1WCGA 3NSXA 3ARVA 5HPCA 2PF0A 2VNCA 4R5EA 4EKJA 3EMZA 2YBTA 1RP9A 1CECA 3WD1A 4AC1X 1Q6DA 2MANA 1CGXA 1G94A 4PTMA 4QP0A 3AS1A 2VX4A 3MUIA 3UERA 4CCEA 1XD0A 4M24A 3BH4A 4UTFA 4FLOA 1BLIA 1WZLA 1JYWA 4MJ4A 3PZOA 1QI5A 1GVYA 4WLCA 1I1WA 2UY5A 1C91A 2PWDA 4CD5A 1XYZA 2WHJA 3NYDA 4KWUA 1L8NA 3A3HA 2CBUA 3N13A 4K68A 4LXFA 4HU0A 1VFMA 2WM0A 1BFNA 4PMUA 4CD4A 4D1IA 3BAJA 4GO8A 4WJXA 2CNCA 3VVGA 1UZ4A 4B16A 3VINA 4HPGA 3KE0A 1E0WA 3J7HA 5M5DA 3L2MA 2CXGA 1UKQA 3EMQA 1KQYA 4YHEA 1CGVA 4DUVA 4C7FA 3VDAA 4B3KA 3CLWA 4YHGA 4W86A 3CZEA 3GH7A 4UQBA 1HKKA 2DH2A 3OLDA 1HVQA 2DGAA 2W5FA 4XV0A 1VIWA 3WFLA 4J27A 2WHLA 3L4XA 2JEQA 3L4WA 2QHAA 3W6MA 3TTOA 4AZ7A 3G6LA 4NF7A 2J7FA 1HF6A 2D24A 4XZWA 4TTGA 3MU7A 2Y5EA 3VIJA 1QHZA 1J11A 3SCTA 4XZBA 1ZB5A 2E4TA 3T2OA 4AZ5A 4IUGA 4BQ3A 4E2OA 4E8DA 2YLAA 5AYBA 3WSUA 2X1IA 2F8QA 3GBEA 4MJ2A 3ZT6A 6TAAA 4V28A 4EK7A 2O9RA 2E8ZA 3AZRA 4WKAA 3W25A 2VX7A 2V3FA 3GZAA 4HZ6A 3U7VA 3VMNA 1IV8A 2ZUTA 1UA7A 2A3AA 2WCSA 1OT2A 2XUCA 4GI8A 1HXJA 2XM1A 3K46A 2YA2A 3ZSTA 5E0CA 3W29A 5JIPA 1HJUA 3WN6A 4RE4A 1CTNA 3SCNA 3WD2A 2OSXA 1BYCA 1E43A 3WBEA 2WVUA 1UA3A 4PRWA 3AMKA 1JDDA 1VFFA 5E70A 1V3KA 2YL8A 1E6QM 3AIEA 1WDQA 3IANA 1JYXA 1EO7A 5KZ6A 2ZUWA 1UWQA 3WNLA 2DEPA 4ATWA 1QI0A 3SUUA 2C8NA 3L4TA 3NUKA 1M04A 4J7RA 2ZX9A 2Y8VA 1NOFA 4PUEA 1MW2A 5IHSA 3VUPA 2OWWA 1HKIA 1OD8A 1MQPA 4J3XA 7TAAA 1ISZA 1G1YA 3AMLA 1UQZA 2VRQA 3VD7A 3AIQA 1UQYA 3EDEA 1J0ZA 4D6FA 3PN8A 2AOSA 4UFJA 3W82A 1E1FA 1ZJAA 2DDXA 3I3EA 5TD4A 4PMNA 3WDIA 2WXDM 3OZPA 1TMQA 5EFDA 4JFVA 2E9LA 3VO0A 4D71A 3ARQA 4AD3A 5BXSA 1CEOA 1HJVA 1LL6A 1MYRA 1YQ2A 2CBJA 4ATLA 1W9XA 1H4PA 4QCFA 1QW9A 2ZXDA 1V6WA 2GFTA 2BY1A 4OBSA 3WQ6A 2D3NA 2CYGA 3BC9A 1DP0A 1J0KA 1KB3A 3SUSA 4JL2A 1X6LA 1TA3A 5CSUA 4J3SA 1B31A 4GQQA 5JBFA 1V0NA 4U5KA 3PZGA 3ZMRA 3RILA 3WQVA 4QCEA 5FCZA 1GCYA 3L4VA 2YL6A 2QMKA 1KXHA 1OM0A 1KWGA 1UD3A 3K1DA 3WH6A 3VNYA 1GW1A 4AD0A 3ARYA 1C8YA 1HJXA 1FH9A 3LPOA 3WEMA 2D0FA 3IAPA 2GJXA 2BNJA 3CUIA 1US2A 3NSNA 2BVDA 3RDKA 4PMXA 2OYMA 4AWEA 1RPKA 1CPUA 1DWFM 1EDTA 1EQCA 4MAZA 2D20A 1E40A 1HNYA 3SUWA 1W3LA 2QPSA 3VGFA 1OT1A 2J47A 1OD0A 4A4AA 4DM2A 1QVBA 5A6BD 5JIWA 1O6IA 2OSYA 1UD5A 5BROA 3W37A 3FNDA 4ZE4A 1PZ3A 1JXKA 1V6UA 1MW3A 3WUGA 2G3NA 4F79A 3ALGA 4V2XA 1XCWA 2ZX8A 3F5KA 2E0PA 1D2KA 1GOOA 4PTWA 4KGLA 3GXIA 3S2CA 3L4YA 4UZSA 4F9JA 4AZHA 3FHAA 4JKLA 3WD4A 1JGIA 1Q4NX 4CN4A 1DWHM 4PMYA 1JYVA 1UWUA 1UWRA 2XIBA 5LA0A 1MQRA 2IUZA 5M3WA 2VCBA 2YDQA 5CGTA 1RD6A 1KWKA 3VIKA 4J3WA 1VB9A 2J8GA 1M7XA 1LWJA 3A4AA 4U2YA 1HP4A 4ATDA 5A1AA 5ABFB 5A8OA 5ECUA 1E3ZA 3GDBA 1QI3A 3ZJ6A 5I79A 2J77A 5HBFA 4ZE5A 3BLPX 4P7OA 4W8BA 1G01A 2WC3A 1PJ9A 2BXYA 4P7NA 3W53A 3N17A 3VGBA 1FH7A 2JF7A 2NT0A 3AZTA 4AEEA 5AY7A 1UH2A 2AMGA 1HT6A 4W87A 3WKZA 4W7VA 1DWGM 1H11A 4WIWA 4UFIA 2WMKA 4M8UA 1BHGA 2G4FA 3IJ9A 1OSEA 3ZIZA 5M17A 1V3MA 2RGLA 3AROA 3AFBA 1GPFA 2XJ7A 2B31A 3SCUA 1B3WA 3WQ5A 1HL8A 1UHVA 1J12A 1XSKA 2EBNA 1XH2A 1UKPA 2V5DA 5E0FA 1UD4A 1LLOA 4ACZA 2CCRA 4H2CA 4NRRA 3WD3A 5IXEA 1AVAA 4PSRA 3DYOA 5A8PA 1KGWA 2G3MA 4GZJA 1BGGA 2WANA 2VCCA 3KWXA 4A3YA 4DUXA 1EO5A 2CPUA 4W5ZA 5DT7A 4WSKA 1E1EA 2D0HA 1UH4A 2PWEA 1ISYA 1Q6FA 2WWDA 1CXEA 3AIVA 4J3VA 4CCCA 1BTCA 2J25A 1G5AA 3GNPA 3ZJKA 3VD9A 1K9DA 3PZ9A 4H7VA 3WQ4A 5EFFA 2XVKA 3VGGA 4J3TA 3W6LA 5DF0A 2ZUSA 2VVSA 2J78A 3CH9A 4WK9A 3SCWA 3AYSA 1SR0A 3GXDA 4HU8A 1CLXA 2WZIA 2D2OA 3GNOA 2JIEA 3AHTA 5AC4A 4AMCA 3OA5A 4UCFA 2WAGA 3SCRA 1JZ2A 3T2PA 4IPNB 3K4AA 2UWFA 1SFSA 3CZJA 4JFWA 3WFZA 1GOIA 1DWIM 2ZUMA 4ACZB 3QHNA 2E8YA 3CZGA 3T2QA 4CD7A 3OLIA 3PTMA 2VRKA 2FHBA 1K6AA 2XTKA 1E6SM 1GQKA 1WZAA 2XFYA 1CWYA 1CXLA 1CZ1A 3GXMA 2PC8A 3WDHA 2PWGA 2ZIDA 1EGZA 3ZSSA 4OZOA 1MW0A 4A3HA 4AD5A 2DT1A 4OBRA 5A95A 2WPGA 3BMVA 3VGHA 1QNQA 1OGSA 4M56A 3K8LA 3ARTA 1FFQA 2XHYA 3ARXA 1RH9A 1WDSA 1H1NA 3OIHA 1ZBVA 1I75A 2WSPA 3MMDA 9CGTA 1JXJA 2WMHA 4OIFA 4KRUA 2XWDA 5I0DA 1UR8A 3AI0A 3OGVA 3K4DA 2VC9A 3SIMA 3A47A 3AIRA 1XGZA 1V0MA 1XSIA 3WF0A 2J7EA 4J3UA 4JFTA 1PZ2A 1KBBA 1VJZA 1JZ5A 3OGSA 1WDPA 2ESCA 3BGAA 2X0YA 1OB0A 3CBWA 4YN5A 4HMDA 2AAAA 4UFKA 4PMVA 2VR4A 4H04A 2Y24A 3SCVA 2VJXA 3KL0A 2WLZA 1CXHA 3UG5A 4PUDA 4WKHA 1J0YA 3OLEA 5BRPA 3B9EA 1ITXA 1L0PA 2DIEA 1MWOA 1DEDA 5M03A 3QHMA 4QLJA 1JAEA 2CKSA 4B3LA 2W91A 4MDPA 2QF8A 4S3JA 3AYRA 5IFPA 2WC7A 1W3KA 2G3JA 4UNIA 2WBKA 4HOXA 1ZBKA 1KQZA 5CXPA 1B3YA 4AW7A 3BAKA 4E4PA 4W7UA 3AXIA 2XG9A 4AD2A 2Y8KA 3WF4A 4CCDA 3POHA 1VEPA 1V3JA 2CBVA 4UOQA 3T0BA 1UR2A 4JAWA 4H8UA 1UH3A 2CBIA 2ZXQA 3VM7A 4AIEA 1KFWA 1C3FA 1KGUA 4KRTA 1V6VA 4GINA 3TOPA 5DEZA 2XPKA 3PZVA 3VDCA 3LPGA 1J18A 1UD6A 5BYWA 4PMQA 3VOCA 3ZR6A 2QMJA 3UR7A 5FL0A 2D22A 3N11A 1NH6A 3AISA 2J7DA 5LA2A 1FFRA 3AZSA 3EBVA 4H41A 3PZMA 1UWSA 2WVVA 3MO4A 2OWCA 3W81A 3EDKA 3CZLA 3W24A 3W4RA 3NDZA 5I24A 3WELA 1GVIA 1W9VA 3DECA 4JCLA 3VD4A 2O9TA 3VPLA 1E0VA 2VR5A 2VZTA 1VFUA 1NARA 5A6SA 1QNSA 5HOSA 2VUYA 3VIFA 1OGGA 2VX5A 2WSKA 3VKKA 2GDVA 2BV9A 5CPSA 2A3BA 3EYPA 5D8WA 1V03A 3WEZA 3VTRA 5HNNA 5IDIA 2EPKX 1QHOA 4ZEPA 1UZ1A 3L4ZA 3AHXA 2FHFA 3II1A 2VZUA 2CIPA 1GJUA 4MNMA 1TR1A 1H2JA 1GHSA 1QNRA 2J4GA 1EIBA 1MVYA 1UYQA 3DYMA 3FAXA 1DWJM 4TTUA 7CGTA 4W85A 3AXHA 2YBUA 4AZCB 2YOCA 2F2HA 2WKGA 1CXKA 5GNYA 4TX8A 5A94A 3MSDA 2X0HA 1BPLB 4JCMA 4AD1A 3W38A 1ZBWA 5I5RA 4PBGA 3B9AA 4P8UA 1GOMA 2J7CA 2DSWA 1WZMA 2WMFA 4GXPA 1OINA 5I23A 3OGRA 1WE5A 2XIIA 4URIA 1PIGA 1H09A 1UWIA 5LYRA 1ZS2A 3ARRA 1FH8A 3WNKA 4CUCA 3VD5A 3UG3A 1FP8A 2WVVB 6A3HA 1R87A 3POCA 3TTYA 1JNDA 2YA1A 1H0IA 2ZX7A 5D4YA 4X0VA 3T08A 1MXGA 4HZ8A 1ECEA 1MFUA 3ZJ7A 5C71A 2D3LA 3AOFA 3AIBA 1B2YA 1N82A 2DT0A 4GKLA 5IFTA 1E4NA 1BAGA 2VZOA 1CGYA 4HZ7A 1H0GA 4AISA 4AXNA 1TG7A 4XB3A 4X9YA 3BAIA 8A3HA 4ML4A 5CZKA 3FN9A 3M46A 4Z2KA 5I3DA 4UQEA 1Z32X 1BG9A 1Q6CA 1WO2A 1C7SA 3IK2A 3AMGA 3BSHA 3WDRA 1BSIA 3I3BA 1OCQA 5A6BA 5CLTA 1VAHA 1LL4A 1CENA 1XHGA 3BXWA 3UEQA 1XSJA 4RE3A 2EPNA 2YIHA 4PEEA 4WKFA 1U2YA 2BHYA 5CPTA 1JFXA 3QOMA 2D23A 1V0LA 3GM8A 3W27A 4OOZA 3MS8A 1US3A 5D9OA 2X09A 4HPHA 3F5LA 5E6ZA 1EXPA 2FHCA 3GBDA 4UFLA 1B1YA 4P8VA 4UQDA 1QI4A 3QGVA 3FY1A 3VGDA 2OLHA 1E9LA 1W1VA 5ABGA 3CMJA 3VIPA 5JBEA 3UR8A 4PTXA 3A6OA 2QLYA 4BQ5A 4UQAA 2XVPA 2HVMA 5DFAA 1JI2A 4HOWA 3PBGA 2UY2A 5ABFA 1C93A 4OJYA 2XVGA 2BHUA 4LPCA 2F61A 1W9UA 4W8LA 1A47A 4GI6A 2NT1A 5FIPA 1GZJA 5BRQA 3EMCA 3GH5A 5D8ZA 3VIIA 3K8KA 2A3EA 4YPJA 4FLQA 4LGXA 1W1PA 5A8MA 5CSYA 3WQWA 3FW6A 4MPKA 2BHZA 4N0RA 2YL5A 5ABEA 1BQCA 4UFHA 2Y2WA 4W7WA 1NOUA 4M1RA 3ARSA 4CD8A 1UG6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3U7B A;  5BXT A;  1NWR A;  4GO9 A;  1LJY A;  5CQ1 A;  3W0K A;  2DH3 A;  2WYS A;  2FDM A;  1KR0 A;  3SCQ A;  3TP4 A;  4M81 A;  3CZK A;  2XSB A;  4OUE A;  3ARU A;  1EOK A;  3O2L A;  1GOR A;  1OGB A;  1GOQ A;  5DO8 A;  1MW1 A;  1CNV A;  2A3H A;  5HPO A;  4CVW A;  1W9D M;  1TE1 A;  3F5J A;  3ZT5 A;  3NSM A;  3NIY A;  2EPM X;  1OBA A;  3VIG A;  5JUV A;  3TA9 A;  1RP8 A;  2WVS A;  4CN6 A;  4FLR A;  4TVU A;  2FH6 A;  1GOW A;  3SEP A;  3SUR A;  1V3L A;  1K9E A;  2PBG A;  2YL9 A;  1XV8 A;  1C8X A;  4PCT A;  4BZY A;  1ZBC A;  3BAY A;  2WMI A;  5DT5 A;  1F4H A;  3VDH A;  4UQC A;  4BF7 A;  1WNO A;  1XRV A;  1FOB A;  1UUQ A;  3N9K A;  4ZFM A;  2G8Z A;  1HJS A;  2GDU A;  1UD2 A;  3CUJ A;  2JIW A;  4Z2J A;  1NM9 A;  4P8W A;  1NWS A;  1SYT A;  3LPP A;  2DSK A;  3CZ8 A;  1XYF A;  2HIS A;  3QR3 A;  3NCO A;  1ZU8 A;  2J74 A;  5I6S A;  1NP2 A;  4LYQ A;  3WUF A;  1GQI A;  1FHL A;  3GH4 A;  1F4A A;  1V6Y A;  5AYI A;  3U57 A;  2PBO A;  4Z2H A;  4CU8 A;  2EQD A;  4PSP A;  1E5J A;  1C8Q A;  3M07 A;  3WQ8 A;  3GXF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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