3NE6A

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ne6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ne6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ne6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ne6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ne6A03
1IH7A 1LWFA 4KHYA 4M3UA 3VA3A 3RR7A 1LW2A 4CF8A 4M42A 1U47A 1BIZA 2IOCA 4ZHRA 3SUQA 1K6YA 2HHWA 2KFNA 2PYLA 2KZMA 2QKBA 1C1CA 2FBXA 4HTUA 4DTMA 4M3YA 1CZBA 4N56A 4B8AB 4XIUA 1D8YA 2Y1JA 4CFBA 3L2WA 3RMCA 4RG8A 2I5JA 3O4QA 3U3GA 1ZBHA 3RMBA 5FRNA 3C6TA 3C6UA 3K5LA 3TAGA 1WLJA 3ZT3A 5I42A 3C94A 1WSHA 3AO4A 1RT4A 4M3TA 3V9XA 3OJSA 4M41A 3KLGA 3HVRA 3V81A 1U48A 1TV6A 4J2EA 4Q5VA 3QEPA 4LD0A 3SUOA 3V1RA 4JS4A 3DMJA 3F73A 1RBVA 4FLXA 1QTMA 2G8WA 3SZ2A 1U04A 4KI4A 1RTJA 4E89A 4IFVA 4OLAA 4FLTA 1Z26A 1S5JA 3B6PA 1NKCA 1VSIA 3KKSA 1EP4A 3TARA 4I9QA 3V9UA 2X78A 3HP9A 4AHVA 2X74A 3ISNC 1ZBLA 1TK5A 3VQ6A 2HB5A 4Z4EA 4ID1A 3MECA 4CFAA 2HHUA 3ALYA 1VSJA 3DRPA 2D5RA 5DK5A 5K14A 3VA0A 1S1WA 3L2UA 2X6NA 1R0AA 4PQUA 3OYKA 4FK2A 5CYQA 3ZSXA 3SQ4A 4DTXA 4MQ3A 4DTOA 3O3FA 2NUBA 4C8OA 3I0RA 1BIUA 1TAUA 2P5OA 1S1TA 3NBPA 3NF8A 4E19A 4EP4A 4N41A 2VG7A 3NF7A 4YFUA 3NCIA 2VWKA 2JLEA 3B6OA 4OJRA 3CFPA 3CFRA 2IC3A 4DFMA 3NFAA 1XHZA 1IO2A 3ZSZA 4DTPA 3MXMA 3P5JA 4CGIA 4CJVA 4CFCA 3HPGA 4CERA 3TWHA 1BCMA 3OYFA 3V9ZA 2GBZA 3RRHA 4CCHA 2BANA 1NK0A 4FZYA 4CJQA 5KRTA 3CFOA 2BE2A 3NDKA 3ITHA 2O4GA 1RTDA 3ZSVA 4KO0A 3O3GA 3I8DA 4Z4IA 4DS4A 2IDOA 1C1BA 3AVBA 4CK1A 4W5NA 1RDDA 3MEGA 1KTQA 4OKJA 3KLEA 2D0CA 4QOZB 4AHCA 2IS3A 1JXBA 2YNHA 5C42A 1SKWA 4CK2A 4G1QA 5JS2A 3OYAA 5CY4A 4B8CA 4DWIA 4Q0BA 4W5OA 2ZE2A 1HJRA 4KV8A 5KRSA 2HW3A 1QS4A 4M3RA 4CJRA 2RF2A 3S3OA 1B9DA 1TAQA 3TAMA 3EZ5A 3AVFA 4CF9A 3KK3A 4F2SA 4Z4HA 4KREA 4NCAA 3TAEA 1WN7A 1U45A 1S9EA 2ATQA 1S9GA 3DOLA 4BDPA 3PX6A 4DTSA 1J54A 5KGWA 1ITGA 2B5JA 2XRIA 3M8SA 1I3AA 1JLAA 1RT5A 4DFJA 3IG1A 4CGGA 4NCBA 5CZ2A 1DTTA 1IKYA 1VRTA 1FKOA 4O0IA 1XC9A 2E6MA 1RDAA 3BDPA 1WNSA 2XY5A 4FJXA 1J9AA 4AH9A 1RNHA 4M3WA 3ASMA 3P83D 4MFBA 3RMAA 4RW6A 1CXUA 3VN5A 4CEOA 3ZT4A 4CJTA 4AHRA 4R5PA 2FBYA 4E7KA 1L3UA 3SQ1A 2Z1HA 3LP1A 4O5BA 3PY8A 4B9SA 1ZBIA 3KTQA 4B08A 4M45A 3VQAA 1RTHA 3K5OA 4AHSA 3K59A 4FJLA 3WNFA 1GOCA 1X9WA 3RR8A 3KIOA 1TGOA 3NAEA 3LDSA 4KHWA 4KI6A 4DMNA 3SQ0A 1B92A 2WOMA 5J2PA 5C24A 1NK7A 1NK5A 1D9DA 4OPKA 2E4LA 1A5WA 3KLFA 4HUGA 4EZ6A 2F8TA 2XO7A 4OGEA 1Y97A 4NCGA 1RDCA 3SV3A 5D3GA 3QLHA 4IKFA 3JSMA 4I7FA 4ICLA 1QSYA 2OYQA 2P51A 2PY5A 2HHVA 3AA3A 2DFHA 1LAWA 2ZQBA 2GUIA 1T7PA 3LZIA 4NYNA 2IGIA 4C8LA 2KW4A 3QIOA 1SL0A 1JLGA 4FK0A 1RT6A 4O4GA 2WONA 1ZBFA 1YTUA 3QESA 4Z4CA 3K5NA 1S1XA 4CJLA 2ITGA 3G10A 1TKTA 1TK0A 4FJHA 3F9KA 3OYNA 4O44A 4FYDA 1KLMA 1W0HA 4F8RA 2Z1IA 3TAFA 4DQPA 4FLZA 1TKXA 3KD5E 1NOYA 1NK4A 3DLGA 3G0ZA 4KHNA 1QHTA 3AO5A 3L8BA 1RT1A 1NK6A 4DSLA 2QK9A 1KVAA 1LWEA 3DRRA 3SUNA 1A5XA 2BDPA 3PO5A 4FZXC 3LALA 2VWJA 4LSLA 3NH2A 1RT7A 4PA1A 4EP5A 3L2RA 1KVBA 5CYMA 4Z4FA 4RW7A 3ZSOA 3AVLA 4FZZA 1VSHA 5SWMA 2F96A 4H4MA 2DTUA 3VQPA 4CJFA 3L2QA 1LWCA 2KTQA 3IS9A 1VSFA 4FJMA 4IG0A 3VQCA 4CEFA 1UA1A 4W5RA 1NJWA 4CHPA 1HNVA 1BI4A 3QEWA 4CE9A 4DLEA 4W5TA 4CGDA 4UQGA 2AJQA 4FCYA 3TAPA 5KI6A 3I0SA 3AVMA 1CLQA 4CJ5A 3TR8A 1JL1A 2DFEA 3VQ8A 1U49A 1SL1A 2FBTA 3VQEA 1EXQA 3LWMA 3DLKA 3O4NA 3DLEA 1ZBUA 4BACA 3L3VA 1G15A 2G8FA 4FM1A 2PYJA 4OLBA 1RCHA 1X1PA 3NF6A 3K5MA 4JRQA 2G8VA 3VQ7A 1NKBA 4IDKA 3OYMA 2DY4A 3HYFA 1RBUA 1C6VA 3AO3A 4DLGA 1NKEA 4C8NA 1LW0A 3CYMA 3KK1A 5J2NA 4BE2A 1SKSA 3ZSRA 4OGCA 2RPIA 3NHGA 1FXXA 1VSMA 1L5UA 2HVHA 3DM2A 4LH4A 1HYSA 1TVRA 4OVLA 4LY7A 1GOAA 3SNNA 3AVHA 4DSJA 3NGZA 3SV4A 1RT3A 2A1SA 3OYIA 2W42A 4E7IA 4KTQA 5KTQA 3IAYA 4FVMA 3CG7A 1Q9XA 3VQ5A 2RN2A 4DSFA 1EX4A 5C25A 2HHQA 3SQ2A 2OPPA 4NYFA 2EHGA 3NE6A 4BDZA 4KPYA 1O1WA 3V1QA 4YNQA 4FJ8A 2HNZA 2YV0X 3M8PA 4BWMA 3OS1A 3OYHA 3MEDA 3D0PA 3KK2A 1X9MA 1J5OA 4CHOA 1KVCA 2OPSA 4FLUA 1UOCA 5HRRA 1FK9A 2B4JA 1WSGA 4KKOA 4CEAA 3ZSYA 4CEDA 4DS5A 4DTJA 3NH0A 1N5YA 2F8SA 3HXMA 1RILA 3AO1A 3AA5X 3HT3A 4FJ7A 1YT3A 5FDLA 4CJUA 4CGFA 1EKEA 4CHYA 3S3NA 1QE1A 4EZ9A 3AVGA 3AA4A 3ZT1A 4B9LA 2HHXA 4O55A 1W9HA 3OYDA 1JLQA 3VQ9A 4FW1A 4CEEA 1HYZA 4FJKA 1JLFA 3OYBA 3TI0A 2D0AA 3VQDA 2HHSA 3LAMA 1WAFA 1JXEA 2KQ2A 2YHBA 4I2PA 4ZTJA 4CEQA 4DSIA 3A2FA 1C0TA 1HRHA 3SPZA 3OVNA 1ASUA 4BWJA 5HRPA 1MU2A 4DQQA 2QKKA 3HVTA 3VQBA 1TL3A 1LV5A 4E0DA 3MXIA 3ULDA 1TKZA 1VSKA 3NGIA 4M3XA 4FM2A 2ETJA 2RKIA 5EU7A 4DU3A 1L3VA 5JS1A 1T8EA 1VSDA 4N5SA 3HJFA 4QCLA 3HM9A 4B9TA 4FJ5A 1HPZA 4CF2A 1UWBA 5I3UA 1GOBA 2O4IA 3QERA 1NK8A 3LPUA 1BISA 4ELVA 4DG1A 1KLNA 2YNGA 3LP0A 4KTZA 3T1AA 4JLHA 1KFDA 3VQQA 4CJWA 4PUOA 3OYEA 1TK8A 4CJSA 4CHQA 4CIFA 5CZ1A 3ZSQA 3NGYA 4B3OA 4AHUA 1Z25A 4FJ9A 2YKNA 3PV8A 1UA0A 3C95A 3HL8A 3DLBA 3KLIA 1HNIA 4B9UA 3QO9A 1D5AA 5SZTA 1C1AA 4Y1DA 1BQMA 4N47A 3EYZA 4JS5A 2HVIA 4FLWA 3E01A 1SUQA 1S1VA 4HVJA 1S6QA 2E6LA 4JRPA 3SCXA 3CM5A 1TKDA 3D45A 4CF1A 4E1MA 3MEEA 2XY6A 4Z4GA 4DQSA 2R7YA 4KTWA 1IKWA 3OS2A 3HPOA 2OZSA 4FJIA 3H08A 4CF0A 1BL3A 3DLRA 2GV9A 3K57A 1YTAA 2Z1GA 3WNGA 1BCOA 3HPHA 4GVMA 3MAQA 1FKPA 3AO2A 4E7LA 4I2QA 3LZJA 4B9VA 4Z0UA 2BGGA 1WSFA 3OYJA 4B9NA 1T03A 4RW4A 3S9HA 5HLFA 4FXDA 1QQCA 1HYVA 3K2PA 1X9SA 4E1NA 3M8RA 2JGUA 4L8RB 1WAJA 4CHZA 4HCCA 4KB0A 4N76A 3FFIA 2KZZA 3LAKA 3SJJA 1C0MA 4K8ZA 1UAXA 1RT2A 2D0BA 1D9FA 2YNFA 3EY1A 3PO4A 1RBRA 2A1RA 4C8MA 5HRSA 1NK9A 4CECA 5J2MA 3TABA 1CXQA 5FRMA 4OKKA 1A5VA 4DTNA 3ZCMA 2YHAA 3AVNA 4FLYA 3KD1E 1JLCA 3OYGA 3RTVA 1NJZA 2KFZA 3TAQA 3TANA 3QNOA 1ZYQA 3ZT0A 4E3SA 1F21A 4RW8A 5FROA 4IBNA 3T3FA 4F4KA 3QEVA 4TSXA 3OJUA 2G8KA 4FJNA 3OS0A 3HO1A 4CK3A 4KRFA 3V6DA 5J1EA 1SL2A 3OYCA 3PUFA 4DSEA 4ELUA 4I9LA 2YKMA 2OA8A 1JL2A 1RBTA 3OYLA 1ASWA 4O0JA 4CJ3A 1LAVA 4CGHA 1IKVA 1ASVA 4GW6A 4HUFA 4F3OA 2G8IA 3HSTB 1IKXA 1S1UA 2VG5A 4W5QA 4F3TA 3DI6A 1RTIA 4FJJA 3PX0A 1JLBA 1J53A 2FC0A 2X6SA 3IRXA 4DU1A 2Z1JA 3CQ8A 3DRSA 4HUEA 4J2DA 3T19A 4OPJA 4KB1A 4KHSA 1RBSA 3LWLA 3LP3A 3DYAA 4DFKA 2Q3SA 3AA2A 4CGJA 3V9WA 3M8QA 3QETA 4KFBA 4E7JA 1KFSA 3SUPA 4DF8A 4DU4A 3AVKA 3LP2A 4CFDA 4ID5A 2LSNA 1IG9A 4E7HA 2PZSA 2G8HA 1L3TA 1BI4B 1JLEA 1VK0A 1WSJA 1Q8IA 4J2BA 1BHLA 2IAJA 3L3UA 5KGXA 5HP1A 3SYZA 1U4BA 4LH5A 1N6QA 1NJYA 1QSSA 3AVJA 4CJ4A 4DQIA 3AV9A 4AILC 3BGRA 2QXFA 4FW2A 3SI6A 1WSIA 4DSKA 4FK4A 4CJEA 1QSLA 4DTUA 3K58A 3WNEA 1VSLA 4DF4A 3LANA 2ZD1A 3DLHA 3V9SA 1JKHA 4FJGA 3U6FA 4C8KA 1NOZA 5DMRA 4PWDA 2XHBA 3PX4A 4HCBA 3WNHA 4KHUA 2G8UA 4IFYA 1HQEA 3QEIA 4CJKA 3MXJA 1DLOA 1DTQA 4DFPA 1XI1A 1SV5A 2EX3A 1I39A 1HMVA 1S6PA 4IG3A 4HHTA 4BE0A 2HMIA 1B9FA 3KJVA 2XY7A 3O3HA 2OPQA 3HP6A 4DQRA 3AVAA 3THVA 4B9MA 4J2AA 4FM0A 4F2RA 4H8KA 2P1JA 1C0UA 2P5GA 1VRUA 4K8XA 1REVA 3L2VA 3HK2A 4CIEA 1RDBA 3QIPA 5HRNA 4BDYA 3JYTA 2HNDA 4CHNA 1YVUA 3V1OA 2OPRA 3AVCA 3QEXA 1T05A 5HROA 5T7BA 1TL1A 3RMDA 2DFFA 5J2QA 5E41A 1WSEA 2Y1IA 1EETA 5HBMA 4KAZA 4PY5A 4BE1A 3KKRA 4OKEA 2OZMA 3SPYA 1XWLA 4CIGA 3RRGA 2FBVA 3UIQA 3ZSWA 1BGXT 4CJPA 3U3YA 1KCFA 1BQNA 4ZTFA 3DOKA 4ELTA 3NH1A 3OY9A 1VSEA 1KRPA 4GMJB 1Q9YA 1SKRA 4AHTA 4H4OA 4CEBA 3NF9A 4WE1A 4QAGA 2YNIA 4FLVA 2HNYA 2B6AA 4DTRA 1NJXA 3P1GA 4Y1CA 3S3MA 3ZT2A 4CEZA 4KHQA 1HQUA 1CZ9A 3QINA 3V4IA 2VG6A 3KLHA 4CESA 3VQ4A 4M3ZA 1L3SA 4RW9A 2XY8A 4LSNA 3CM6A 3AVIA 1XHXA 3RWUA 3QNNA 2HHTA 1KSPA 3LPTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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