3NGYA

Crystal structure of rnase t (e92g mutant)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 60
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngyA00
4CE9A 3L8BA 2F8TA 4ID5A 4CJPA 1UAXA 4OKEA 3OY9A 4CCHA 2VWJA 1MU2A 3QIOA 3ZT3A 4KHUA 4BACA 2HHUA 2QKKA 2RPIA 1K6YA 3C6UA 5T7BA 1N5YA 1BI4A 4CF9A 3NGZA 2LSNA 1KSPA 2QKBA 4CGDA 3S3OA 1NOZA 1KVBA 3HT3A 1ZBLA 3PO5A 1JL1A 2NUBA 2R7YA 5D3GA 3ZCMA 4E89A 3DLHA 1XHXA 2DFHA 4DSJA 4R5PA 3NE6A 5HLFA 1JLBA 2X78A 3AO2A 4Z4CA 3AV9A 4DU3A 3MXMA 3K59A 4FM1A 3K57A 4M3XA 1NJZA 1RILA 3NF7A 4CGGA 2ITGA 4E3SA 1S9EA 1RBRA 3VQEA 4B3OA 3VN5A 3EY1A 3LP0A 4OLAA 4FW2A 3BDPA 2IDOA 4KHYA 1QS4A 4DTJA 2YNHA 4O0JA 4DTRA 2X6SA 1VSEA 1VSHA 2YHAA 3MEDA 4K8ZA 3I0SA 4DFJA 3I8DA 1B9DA 1VSKA 2F96A 4HTUA 4PY5A 3OYMA 3OYIA 1T05A 4CHQA 1RTHA 3ZSVA 1NK0A 3AVMA 4IDKA 3OYKA 2WOMA 3QNNA 3AVJA 3L2UA 1TK0A 1SL2A 2E4LA 1JLQA 1WSEA 2RKIA 4KV8A 4AHTA 3TAEA 1BGXT 1RT7A 2IC3A 2YNGA 1L5UA 4ELVA 2DTUA 3CM5A 4KHQA 5J2QA 1ASVA 5EU7A 2JLEA 1BCMA 4W5OA 1S6PA 3PY8A 4J2DA 1HYSA 3RWUA 1T03A 3HL8A 2JGUA 4CJLA 5J2NA 4OPKA 2P5OA 1I39A 4FK2A 3KKSA 1TL1A 3QESA 3O4NA 1Y97A 1C1CA 5FDLA 4H4MA 1HPZA 4FJNA 1RBVA 4HUEA 4CJSA 2OYQA 4CJWA 4ID1A 2XRIA 2DY4A 3MXJA 3LANA 1TGOA 3K5MA 3V81A 4GVMA 1BI4B 3CFRA 4ELTA 4OKJA 1UWBA 2BANA 4OJRA 5C42A 3NDKA 1RT3A 4PQUA 1S9GA 1RNHA 1RBUA 1ZYQA 1KLMA 4GMJB 4DSIA 2AJQA 5DK5A 4DSFA 4FJ5A 3EYZA 4DSKA 4DG1A 3SJJA 4M3RA 4FJ7A 2YKNA 4HUGA 1TK8A 4PWDA 4Z4HA 2I5JA 4CHZA 1WAFA 1RT1A 1HNVA 3HK2A 1EXQA 3AO4A 3IAYA 1FXXA 3PX0A 4O4GA 4LH4A 4JLHA 4CERA 3O3FA 1HQEA 1DTQA 1EKEA 1LWFA 4I2PA 1NKBA 1J5OA 2BDPA 4K8XA 4Z0UA 3PV8A 4BDYA 3QERA 4F4KA 4FZYA 1TVRA 1NJXA 4QCLA 2O4IA 2EHGA 5HBMA 4HUFA 5KRTA 4CJQA 2HNDA 4J2BA 1YTUA 2YKMA 3LPTA 1RBSA 4E1NA 3OYJA 5J2PA 1NK8A 4J2AA 3K5NA 3DI6A 4CJVA 4M42A 1FKOA 4KFBA 4CK2A 3DLKA 1HMVA 4B08A 3U3YA 4Y1DA 3AO1A 4FJKA 3OS2A 3OS1A 2Z1JA 1U04A 4YFUA 4CIGA 4KHSA 1HYZA 1Q8IA 1QTMA 3DRSA 1NKCA 4CEBA 1RDAA 2Z1GA 2ZQBA 4DTOA 1NK9A 1QSYA 3DLBA 3O3GA 3RMAA 1DTTA 1YT3A 3AVCA 4M3ZA 4CGIA 2KW4A 1J54A 4NCAA 4AHVA 2G8KA 5J2MA 3NH2A 3OVNA 2F8SA 1IG9A 3KLFA 4DLGA 4FLZA 3IG1A 2PYLA 1TAQA 1WNSA 3AVLA 4FZXC 4QOZB 2G8UA 4KTWA 3ZT0A 5KTQA 3KD5E 2D5RA 3SPYA 4KAZA 1ASUA 4FJGA 1X9WA 2Z1IA 3AVKA 4LSLA 4CJKA 2W42A 3DOLA 1QHTA 2PY5A 1X1PA 2OPPA 4E7KA 3TAFA 4FM2A 2OZSA 4JS5A 4KI4A 1JXEA 4MFBA 1SL1A 4FVMA 4RG8A 3LDSA 3KK2A 3SZ2A 2XY6A 3TI0A 4B8AB 2FBVA 1L3SA 2FBXA 4KPYA 1IKWA 2HNYA 1Z25A 1C6VA 3HO1A 3A2FA 5KRSA 1SKRA 4DFMA 4DMNA 2HHSA 1X9MA 3WNGA 3PUFA 4N5SA 1J53A 1VSFA 4FJ8A 4KHWA 3KIOA 4CGHA 1ITGA 3OYBA 4RW6A 1QSSA 4N76A 3K5LA 4ZTJA 3ASMA 3SYZA 3P1GA 5K14A 1XHZA 4RW4A 4DFPA 1RTDA 4CK3A 4B9UA 4KKOA 4CF2A 4Z4GA 1F21A 3VQAA 3AVAA 3RMBA 3TARA 4E0DA 3HYFA 4KRFA 5DMRA 3HVRA 3NGIA 1NK6A 1Q9XA 3JSMA 1JLGA 2O4GA 3NH1A 3QEIA 2G8VA 4JS4A 4HVJA 4O55A 4WE1A 5SWMA 3QEXA 3HM9A 2Y1IA 4PUOA 1VRUA 1EP4A 1LWEA 2IAJA 4YNQA 4CJUA 4CEOA 4XIUA 2OPQA 3C95A 4F2SA 3F9KA 4E7IA 3QEWA 1JLCA 2RN2A 3AO5A 3LP3A 4CHOA 5HRSA 3KLHA 5I42A 3S3MA 3BGRA 1T7PA 1WSIA 4CJRA 4CK1A 1JXBA 4L8RB 3AVHA 3K2PA 4LY7A 4CEQA 3V9UA 3KTQA 4OLBA 3ZSZA 1JKHA 4QAGA 3V1QA 3V4IA 1RTJA 1BL3A 2XHBA 1KRPA 4DTMA 2OZMA 2G8IA 4W5RA 4JRQA 3C94A 1TK5A 3DLEA 1WSGA 1L3UA 4FJLA 1S5JA 1U4BA 1NOYA 3D0PA 2DFEA 3TWHA 3VQ5A 3ZSRA 2BGGA 4DQPA 2KZZA 3VQPA 3FFIA 4O5BA 4FK4A 2B4JA 4FLYA 3HSTB 2B5JA 3EZ5A 4DS4A 4KTQA 3VQCA 3K5OA 5JS2A 3WNEA 2HHXA 3ZT1A 1NKEA 1FKPA 3ZT2A 4FJ9A 4H8KA 4Z4IA 4KHNA 3DRPA 1G15A 4I7FA 5C25A 3OYFA 1NK4A 4DTPA 4Q0BA 1S1VA 2IGIA 4LSNA 3ULDA 2D0CA 1SL0A 2FC0A 1GOBA 3D45A 3VQ4A 4DSEA 1JLAA 1HRHA 5CZ2A 4CF8A 4E7HA 3SV3A 4CJ4A 1VRTA 1BHLA 2G8FA 1CLQA 3THVA 1IKXA 3QLHA 4IKFA 1BQMA 2VG7A 1RT5A 4CECA 1IH7A 3G10A 4EZ6A 1NK7A 3VQ6A 3AO3A 3CYMA 3I0RA 3NCIA 3TAPA 2KQ2A 4I9LA 2HVHA 3LAMA 1L3VA 5HRNA 3LP2A 2ZE2A 4KTZA 5KI6A 4M3TA 1D5AA 4CEAA 2RF2A 3QINA 5E41A 3CM6A 3HP9A 4NCGA 4CESA 3L2VA 1LW0A 3ZSXA 3OJUA 3LZIA 3VA3A 1XC9A 1U49A 3P5JA 5HROA 1RBTA 3LZJA 1A5VA 1KTQA 4NYFA 5I3UA 3HJFA 2Q3SA 3ZSWA 3RMCA 3SUOA 4C8KA 4KI6A 3VQ8A 2P1JA 4AHCA 4AHUA 3QEPA 1X9SA 1FK9A 4DQIA 4B8CA 1QE1A 4TSXA 2X6NA 1T8EA 4IG3A 4N56A 1JLFA 3V9SA 3T3FA 3C6TA 5CYMA 4E19A 4DWIA 1RT4A 3T1AA 2QXFA 1S6QA 2BE2A 3WNHA 2X74A 4CHNA 1RCHA 4FM0A 3OJSA 1C1BA 1QSLA 4I2QA 3S9HA 2D0AA 1C0TA 3B6PA 3AVBA 2HMIA 2A1SA 4Z4EA 4IBNA 4W5NA 3JYTA 4CFCA 4DU1A 3SV4A 1VSLA 3SUPA 4OVLA 4B9TA 3L3VA 3AVGA 4ZHRA 3TAQA 3KD1E 3KK1A 4B9NA 4BDZA 2KFZA 2GUIA 3AA3A 1YVUA 4CHPA 4NCBA 4ZTFA 4O0IA 2ATQA 1KLNA 2XY7A 4CGJA 4AH9A 4BE1A 4FLXA 4FZZA 4FLUA 2HHTA 5CY4A 1D9FA 4I9QA 3RR7A 3QEVA 1JL2A 2IS3A 4DTUA 3KKRA 3RR8A 4CGFA 1VK0A 4CFAA 4FW1A 2P51A 2Y1JA 3OYGA 3HP6A 1W9HA 3HPOA 3TAGA 2OA8A 4JRPA 3LWMA 4HCBA 1RTIA 1WLJA 4EP5A 4FLVA 3ZSQA 3F73A 1NJWA 3IRXA 1EX4A 4FJJA 4F3OA 3K58A 1IKVA 5SZTA 3OYHA 3HXMA 3ZSOA 3V9XA 2XO7A 4EP4A 4AHSA 1S1UA 3AA5X 4E7LA 1SKSA 5KGXA 4Y1CA 4CJEA 3RRGA 3DOKA 3LWLA 3ALYA 1HQUA 3NBPA 4CFBA 3NGYA 2FBYA 4MQ3A 3L2RA 5HP1A 3HPHA 3OYDA 1BISA 5CZ1A 3QIPA 3NF6A 1L3TA 4M41A 4E7JA 3SNNA 2WONA 1D8YA 3NFAA 1U48A 2G8WA 3P83D 4OGEA 3VQBA 2ETJA 1RDDA 3DYAA 1TV6A 4C8MA 1ASWA 3G0ZA 4O44A 4N47A 2HB5A 4DTSA 1TL3A 2PYJA 4FXDA 1ZBUA 3MXIA 1SV5A 1LWCA 1KVAA 4CEEA 1BQNA 1WSHA 2OPRA 3T19A 1LAWA 4RW8A 3MAQA 1UA0A 5FRMA 2G8HA 1IKYA 1VSIA 4RW9A 4BWJA 4ELUA 1WSJA 3HPGA 3SQ4A 1B9FA 4DF4A 3M8QA 4LD0A 1TKTA 3NHGA 1CXQA 3HVTA 4ICLA 4B9VA 1BIUA 3DMJA 3LPUA 4FLTA 4DF8A 1QQCA 4DQRA 3V1RA 4CF1A 4FJMA 4CJ5A 3CG7A 3VQ7A 1XI1A 1KFSA 3ZT4A 1RDCA 3L3UA 2OPSA 3L2WA 2FBTA 1O1WA 3V9ZA 4IG0A 3U6FA 4DSLA 4FJHA 1WN7A 4M3YA 1LW2A 1KFDA 4W5QA 3OYNA 4DS5A 3WNFA 3PX4A 2ZD1A 3KLIA 1UA1A 1TKZA 2GV9A 3DLGA 4DLEA 1Q9YA 3V9WA 4H4OA 4CEFA 4OPJA 2HW3A 1GOCA 2IOCA 4FK0A 4KREA 2YNIA 4IFYA 1WSFA 2XY5A 3LAKA 3VQQA 3B6OA 4AHRA 3M8SA 1U47A 1C0UA 3OS0A 1REVA 3S3NA 4BE0A 2KTQA 2E6MA 3O4QA 3QETA 1VSMA 4B9SA 3V1OA 1RDBA 5FRNA 3DRRA 1BIZA 4C8LA 4F8RA 2E6LA 2KFNA 4BDPA 1B92A 4CF0A 3AVFA 3SQ1A 2EX3A 1HJRA 1S1WA 3OYAA 1A5XA 4J2EA 4M3WA 1ZBIA 2QK9A 1HNIA 4CJ3A 1WAJA 1CXUA 2HNZA 3OYLA 1I3AA 1VSDA 4FCYA 4DU4A 2GBZA 3NAEA 4KB0A 4G1QA 3H08A 3TR8A 3LP1A 4Q5VA 1RT6A 4DTXA 3SCXA 3SQ0A 3AVIA 3KJVA 1CZBA 1BCOA 5FROA 1VSJA 3M8RA 3SQ2A 4B9LA 1LV5A 4OGCA 2XY8A 3CQ8A 1EETA 3UIQA 4FJIA 4DQQA 2VWKA 4F3TA 3DLRA 4OKKA 1IO2A 3AA4A 3CFPA 4RW7A 3NH0A 5CYQA 1R0AA 3SPZA 4W5TA 4CHYA 2YV0X 3SI6A 3NF9A 1S1XA 5J1EA 1D9DA 2P5GA 1U45A 1LAVA 3TABA 3PX6A 3U3GA 4B9MA 4EZ9A 1J9AA 4BWMA 2YHBA 4GW6A 2B6AA 4HHTA 4NYNA 1HYVA 4IFVA 3O3HA 4CJFA 3KLEA 4UQGA 4N41A 1Z26A 3M8PA 4CEZA 3KLGA 4DQSA 2HHQA 2A1RA 3PO4A 2VG6A 1TAUA 1TKDA 1C1AA 3TANA 1JLEA 3MECA 4CFDA 1GOAA 1DLOA 4BE2A 1RT2A 1XWLA 4CIEA 3QO9A 3TAMA 3L2QA 2VG5A 4AILC 3V6DA 4E1MA 2Z1HA 4KO0A 3RRHA 1A5WA 3ISNC 4CJTA 4DFKA 4M3UA 3OYEA 1S1TA 3AA2A 3VQDA 5HRRA 2YNFA 2HVIA 2HHWA 3VQ9A 3KK3A 1CZ9A 5JS1A 5HRPA 3NF8A 5C24A 4M45A 2HHVA 4CIFA 3RTVA 3SUNA 3RMDA 2DFFA 2PZSA 1TKXA 1YTAA 3E01A 1C0MA 3ITHA 3MEEA 4FLWA 4DTNA 3SUQA 1NJYA 1SKWA 3LALA 1W0HA 4KB1A 1ZBHA 1NK5A 3AVNA 4Z4FA 1KCFA 4FJXA 1KVCA 3MEGA 3VA0A 4C8NA 4PA1A 1ZBFA 3ZSYA 5KGWA 4CEDA 4F2RA 4HCCA 3OYCA 4C8OA 1UOCA 4LH5A 3CFOA 2D0BA 3IS9A 2KZMA 4FYDA 3DM2A 1SUQA 3QNOA 1N6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CE9A 4CJPA 1UAXA 3UKRB 5AZJA 4YOVA 1QQMA 1T6CA 3IFRA 1NOZA 3OBWA 3DLHA 4DSJA 4H0TB 1X3NA 2X78A 2JWKA 3GE1A 1NJZA 2O8CB 4CGGA 1S9EA 4JK8A 3VQEA 3BY5A 4BRAA 2UUBK 4H0OA 3CCSN 4ILJA 1OVYA 4BRHA 1VSEA 3I8DA 5BPNA 4CZJA 4MLHA 2HBKA 1NK0A 3CCJN 2WOMA 1VQON 3TAEA 1WSEA 2ASMA 4JKFA 3MDQA 1L5UA 2IC3A 2YNGA 4ELVA 3IMXA 3CM5A 1MWKA 1BCMA 4YDUC 1P8ZA 2I7PA 1YITN 4CJLA 3AAPA 4OPKA 1YJWN 4FK2A 3QESA 1Y97A 2E2NA 2QM1A 3FR0A 4ISFA 1XNQK 2W6LA 4HUEA 4ID1A 2XRIA 3MXJA 2ZJQL 1BUPA 1TGOA 3K5MA 4CZHA 3DAWA 2J4RA 4ELTA 1WBBA 5C42A 2QWMA 3NDKA 4PQUA 1RNHA 2P9SB 4B1ZA 4FJ5A 3T1YK 3CCQN 4BRIA 2YKNA 1TK8A 4Z4HA 4CHZA 3CMAN 3IAYA 1FXXA 4LH4A 4JLHA 1HQEA 1DTQA 3DLLL 1O13A 3PV8A 4JHDA 1K8KB 4FZYA 1NJXA 4QS8A 4KBOA 4M7XA 1XC3A 1NGBA 2HNDA 4H03B 4IZ9A 1YTUA 4J2AA 1VQ7N 4KFBA 4CK2A 3J7YP 4FJKA 2Z1JA 4CIGA 1T3VA 4KHSA 1Q8IA 3DRSA 1RDAA 4DTOA 1YT3A 3M6GA 2F4VK 1QVGM 4XH5A 3IG1A 4YORA 1VQLN 1WNSA 3AVLA 3BUZB 4YOXA 2G8UA 4AQYK 2Q2RA 4KTWA 1QQOA 2D5RA 1X9WA 3AVKA 4LSLA 3UKUB 4CJKA 2RHKA 2PY5A 4H0XB 5BN9A 3ENHA 3B8AX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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