3NGZA

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (gc) with one mg in the active site
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngzA00
4O44A 1X1PA 5KRTA 4OKEA 3MEDA 4ZHRA 1N5YA 1RT3A 1XI1A 4EZ9A 4CJLA 3M8PA 4E1NA 3HP9A 3ZSOA 2FC0A 3OYFA 3OYHA 4DSFA 4DMNA 1U47A 4ZTFA 3OS1A 3TAEA 4FW2A 1WSHA 3VQ4A 3IS9A 4OLAA 3MXIA 3ZSRA 4CIFA 3ZSZA 2PYLA 2F8SA 3CFPA 4CESA 2G8VA 2DFEA 5DK5A 4IKFA 3U3YA 4N47A 5JS2A 4CEZA 1LWFA 3JYTA 1GOCA 2HNDA 1WAFA 1U04A 1J5OA 4LH5A 3PO4A 5FRMA 3OYAA 3AA4A 1A5VA 4CEAA 4CEBA 1RDCA 2O4GA 3ZSWA 4FCYA 2P1JA 4DU3A 2OYQA 2FBYA 2WONA 3ZSYA 3O3GA 3T3FA 4E89A 1QTMA 4CJ3A 3DLEA 1B9DA 3OYDA 1L3TA 3NHGA 1WSIA 3I0SA 2KZMA 1VSIA 1D9FA 3LAKA 2IOCA 3TAPA 1TL3A 1LWCA 1RDBA 4CEOA 1U4BA 4Z4IA 4HUEA 4FXDA 3EY1A 3VN5A 2O4IA 1I39A 4HCBA 1B9FA 4CHYA 3HT3A 4RW4A 3ITHA 1KRPA 1IO2A 4F3OA 4HUFA 3AVFA 4M3RA 3CFRA 4CECA 1U48A 4KI4A 1B92A 4WE1A 4CK2A 3PX0A 3OVNA 2QKBA 4BE2A 3THVA 4DTRA 1TVRA 1BCOA 3QEVA 5CYMA 4ID1A 3ZT2A 4M3TA 2HMIA 1RT6A 2G8KA 3L3UA 1ZBHA 3H08A 3WNHA 4CHPA 3EYZA 2B4JA 1XWLA 4C8KA 3RR8A 4M45A 3DMJA 4NCGA 3LWMA 3NDKA 3ZSXA 3V9ZA 4IG3A 4C8OA 4I9LA 3U6FA 1VSEA 1IKXA 1YT3A 3DOKA 4FLWA 3SZ2A 4DSEA 1IG9A 3SJJA 4B9SA 3OJSA 1TKDA 1HRHA 1RTIA 3CYMA 4BDYA 2YNFA 4LSNA 2B5JA 4N41A 4H8KA 3VQBA 4DTOA 2D0AA 2P51A 4AHRA 3L3VA 1CLQA 4I7FA 2Z1HA 4DFKA 1HYZA 4RG8A 1WNSA 5KTQA 3VA0A 5J2MA 1NJZA 4MQ3A 1JLGA 1HNIA 4CJQA 4ELVA 3SUPA 2ZD1A 2G8FA 4FJ8A 3NH0A 4FJKA 4E7IA 3OJUA 4DS4A 4ELTA 1NKBA 1K6YA 2Y1JA 4CGHA 1S9GA 4Q5VA 3TI0A 1XC9A 4CIGA 5SWMA 4DSIA 4CEQA 2YNIA 1QHTA 1QSLA 3S3MA 4F2RA 3AO2A 1RCHA 4B9UA 1VRTA 1TV6A 1X9SA 2XHBA 4M41A 4CJSA 4CK1A 4KHNA 1RBSA 1A5WA 4KTQA 1HYSA 1L3SA 2D5RA 5T7BA 4DTNA 1RT2A 4DTXA 4FK0A 3AVCA 3ZSVA 4YFUA 1DTTA 4FJ5A 4CFDA 4NCBA 3L8BA 4M42A 4F3TA 4RW9A 2DTUA 3VQPA 3LPTA 3ZT3A 3LANA 1D9DA 4I2QA 3KLHA 4FJJA 3KJVA 3QLHA 4H4OA 3V1QA 3RRGA 4BWMA 5C25A 3AO1A 1U49A 4K8ZA 1ZBLA 1L3VA 1D8YA 4AHVA 2RF2A 2VWKA 2HW3A 4CHZA 4Z4EA 2Z1IA 3NGIA 4J2BA 3VQAA 3VQ5A 1QE1A 4CHQA 4OLBA 5KRSA 1TKZA 1RT7A 1EXQA 1QSSA 5I3UA 2HHSA 3OYMA 4DTMA 4Z0UA 1SV5A 4JLHA 3NF9A 1CZBA 2OPQA 3SQ1A 1SL0A 2XY8A 3CQ8A 3SUQA 1TL1A 3D0PA 1ASVA 4LSLA 4OJRA 4QAGA 3RRHA 4OVLA 3RWUA 3E01A 3AO3A 2WOMA 3O3FA 1BQMA 4ICLA 3HJFA 1RBRA 2YHAA 3QEPA 4CJVA 3HPOA 2KZZA 3AVHA 3B6PA 4O5BA 1RDDA 1JLFA 4E19A 4KHSA 3BGRA 2HB5A 1BI4A 3O3HA 4N5SA 4QCLA 4RW7A 4N56A 4B8CA 3RMCA 4OKJA 3TAQA 5E41A 2ETJA 2BE2A 3KKRA 2EX3A 2KFZA 4CE9A 1S1UA 3TABA 4RW8A 4DFPA 1JLEA 3PO5A 1HJRA 3OYIA 3NF6A 4CGIA 1NK9A 3IG1A 1C6VA 3OYJA 1R0AA 4M3XA 3DLKA 2PZSA 2XY6A 4OPJA 4ID5A 2OZSA 2E6LA 4AILC 4UQGA 3TWHA 4IDKA 4FJMA 3HL8A 1S5JA 3NGZA 1MU2A 4DQQA 4OGCA 1WSFA 1IKYA 2XRIA 3KIOA 5HROA 3AO4A 1TK0A 1C1CA 2DFHA 1KSPA 4O0JA 2OA8A 3AA2A 1BL3A 1RTHA 2HHXA 4XIUA 3SV3A 3KK2A 1BQNA 3OYNA 3OS0A 3AVLA 3AVNA 3WNFA 2X6SA 1IKVA 4BE0A 4CEFA 4BACA 4ZTJA 3KD1E 1KFSA 4DLEA 3OYCA 4IFVA 4E7KA 4H4MA 3QIPA 3ZSQA 4CHNA 3LP1A 5D3GA 1WSGA 3NGYA 3K5LA 4DQIA 3DRPA 3G0ZA 4KTZA 3KK1A 4AHTA 3VQCA 3BDPA 1RILA 3HYFA 3K5OA 3HPGA 2XO7A 4KREA 1UOCA 2Q3SA 3VQ9A 4FM0A 3KLFA 2XY5A 4EP5A 4DFMA 4J2AA 4FLTA 1NKEA 2HHQA 4O55A 3ZT0A 1IH7A 3LP3A 3V1OA 3OYLA 3DRSA 2IDOA 2DY4A 3LP0A 3VQQA 3V9UA 4EZ6A 2AJQA 4Y1DA 1BHLA 1VSJA 2IGIA 2DFFA 5HRRA 3KTQA 1HMVA 2YNGA 1Y97A 4DTUA 1LW2A 3QEWA 5FDLA 1TGOA 4JRPA 3ULDA 1UWBA 4FM2A 1T8EA 3CM6A 4DSKA 1XHXA 2IC3A 3QINA 4CEEA 1SL1A 1LWEA 4W5OA 1SKRA 4CJKA 3L2VA 2HVHA 5KGWA 1J9AA 2D0BA 3F9KA 1RBVA 3VQ6A 1EETA 5C42A 3C6UA 4B08A 4JS5A 3SI6A 1Q9YA 4LD0A 3K57A 1RBUA 2HHVA 1NK5A 1S6QA 4CHOA 1YTAA 5J2QA 3OYEA 1RDAA 3VQDA 4Q0BA 1TAQA 1LAWA 2PY5A 1NK4A 4CGJA 2QXFA 3OY9A 3SQ0A 1L5UA 1RBTA 4PQUA 3AVMA 5SZTA 4FLUA 1WAJA 3RTVA 2ZE2A 1HPZA 2QK9A 2HHTA 4AHCA 4M3UA 4KRFA 4FJXA 4B9TA 3K59A 1RTJA 3C6TA 4M3ZA 1VSFA 3V9XA 3HP6A 2VG7A 1YVUA 1TKTA 4FJGA 4IBNA 1CXQA 4W5RA 1WLJA 4DS5A 1JLCA 3DLBA 1NOZA 3JSMA 1DTQA 4CJ5A 1JL1A 4Y1CA 1W0HA 4C8LA 4FJ9A 4FZYA 4BDPA 2G8IA 3KKSA 1TK8A 1REVA 2D0CA 2RN2A 3AO5A 4O4GA 4B3OA 4FYDA 1NK7A 3ZT1A 4DFJA 1GOAA 3ASMA 3CG7A 3M8SA 3L2WA 1NK8A 1FK9A 2EHGA 4DSLA 5CZ1A 3VQ7A 4JS4A 2KFNA 4NCAA 1HQEA 3M8QA 4FLXA 1LAVA 3K2PA 3QEXA 5J2NA 3SPYA 1G15A 3MAQA 3QERA 3SCXA 1C1BA 3S9HA 1WSEA 4CGDA 4J2DA 2F96A 1FKOA 3V4IA 2IS3A 2VG5A 4DLGA 2X6NA 4AHUA 1JL2A 4B9LA 4E7JA 3SQ2A 2YV0X 1TKXA 2BANA 3AVKA 1N6QA 2KQ2A 4KHWA 3SNNA 3UIQA 4C8MA 3SV4A 1NK6A 4DWIA 2A1RA 3KK3A 4KHUA 3QIOA 1A5XA 4W5NA 2KW4A 3NF8A 2QKKA 2GV9A 1UAXA 4F4KA 3HVTA 1HYVA 3DI6A 5KGXA 4FLZA 1LW0A 1QS4A 1VSDA 4DTJA 1O1WA 3I8DA 1RNHA 3QETA 2PYJA 2P5OA 2JLEA 4BWJA 3AA5X 4M3WA 4FK4A 3QNNA 1JXEA 3K5NA 3QO9A 3NCIA 2HNYA 2YHBA 2KTQA 3NBPA 3NH1A 1L3UA 2GUIA 5HLFA 1SKWA 3TAFA 1NOYA 4KO0A 3KLEA 3RMAA 3MEEA 5CY4A 4DQRA 4FLYA 4W5QA 4E3SA 4OGEA 2G8WA 1ZBFA 4PA1A 1VSHA 3V9WA 5CYQA 3NAEA 1NKCA 3VQ8A 4JRQA 2BGGA 4GW6A 3VQEA 3P83D 3LZJA 4FK2A 1EX4A 4G1QA 1KCFA 3O4NA 2FBTA 4CGGA 4KKOA 3L2QA 3F73A 3PV8A 4DG1A 4KI6A 4QOZB 3AVIA 1BIUA 1VSKA 2ITGA 3TR8A 4FM1A 2X78A 2YKNA 5I42A 2F8TA 3RMDA 5HBMA 4CEDA 1UA1A 3KD5E 2Z1GA 2E4LA 3SQ4A 3TANA 2RKIA 1J53A 4N76A 2LSNA 1C0TA 2OZMA 4IG0A 1UA0A 3LZIA 2HNZA 4FJNA 3AV9A 2OPPA 4Z4HA 4CK3A 2XY7A 1U45A 2OPSA 4PY5A 4CJRA 5HRPA 3VA3A 4CGFA 4PUOA 4I9QA 3IRXA 1NK0A 4CJWA 3V81A 1S1WA 4B9VA 1RT4A 3DM2A 3KLGA 1BIZA 3ZT4A 1FKPA 2HHUA 1ASWA 3OYGA 4CF1A 2G8UA 3V9SA 1JLAA 3LPUA 3LALA 4K8XA 4RW6A 3SUNA 4L8RB 4F2SA 4E0DA 3T1AA 1JLQA 2Y1IA 3PY8A 4E7HA 4CJTA 4AH9A 4B9MA 4CCHA 4Z4FA 1JXBA 1CXUA 1S1TA 4OKKA 3TAMA 5HRNA 3DYAA 3NH2A 2GBZA 1NJYA 1X9MA 3AVBA 2I5JA 2NUBA 3CFOA 1TAUA 3OYKA 1S6PA 1C0UA 4KFBA 4CJUA 4CERA 1Z25A 1SKSA 1ZYQA 1WN7A 4FVMA 4EP4A 1SUQA 3OYBA 4BE1A 1KVAA 2RPIA 2OPRA 4MFBA 4CJPA 2VWJA 4BDZA 4J2EA 3MXJA 5DMRA 2HVIA 4ELUA 1HNVA 4Z4CA 4CFCA 4NYNA 3K5MA 1EP4A 4FJHA 4LH4A 3G10A 1T03A 1NJXA 2FBVA 4DQSA 4CJFA 1ASUA 1KVBA 1BGXT 5K14A 4GMJB 4CF8A 2IAJA 5KI6A 4I2PA 3AVAA 1HQUA 3LP2A 1YTUA 3S3NA 3ALYA 3OS2A 3QNOA 3HM9A 4W5TA 3HVRA 4KAZA 1T05A 3HK2A 1Z26A 5FROA 5HP1A 4AHSA 1SL2A 2ATQA 2VG6A 1XHZA 1ITGA 1BISA 1EKEA 3MXMA 1QQCA 2Z1JA 3RR7A 3P5JA 4IFYA 4CFBA 3HSTB 3I0RA 4FJLA 1Q9XA 4F8RA 3HXMA 1ZBIA 1ZBUA 1VSLA 2P5GA 3C95A 3RMBA 3SUOA 4CJ4A 2YNHA 4FJ7A 5EU7A 2A1SA 1S1XA 3WNGA 3K58A 4DTSA 1C0MA 2E6MA 4HVJA 3U3GA 4CJEA 4KHQA 4GVMA 4B8AB 2B6AA 2G8HA 4M3YA 3DLHA 5CZ2A 3HO1A 3DRRA 3P1GA 3PUFA 4E7LA 1I3AA 1J54A 2X74A 4FW1A 4DQPA 3EZ5A 2R7YA 5J2PA 3L2RA 1BI4B 4CF0A 4HCCA 1C1AA 3T19A 3WNEA 4O0IA 4DTPA 4HUGA 4C8NA 3LAMA 3V6DA 4FLVA 3SPZA 1RT1A 3S3OA 1QSYA 5JS1A 3PX6A 4TSXA 4CF9A 3KLIA 5J1EA 1KVCA 1RT5A 4KHYA 4PWDA 4R5PA 3FFIA 2ZQBA 1D5AA 3LWLA 1KLNA 1T7PA 2BDPA 1DLOA 3IAYA 2FBXA 4HTUA 1KTQA 3CM5A 4LY7A 4DF4A 3O4QA 2W42A 1VK0A 1CZ9A 3ISNC 3NE6A 3QEIA 2JGUA 1TK5A 3B6OA 4KTWA 1S9EA 4B9NA 3D45A 4CFAA 4DSJA 3AVGA 1IKWA 4OPKA 1X9WA 3DLRA 5FRNA 1RTDA 4NYFA 1JLBA 4DU4A 4KB0A 4FZXC 1KLMA 3NF7A 3NFAA 3V1RA 1NJWA 1W9HA 4Z4GA 1FXXA 3DLGA 4DF8A 4HHTA 4FJIA 3MECA 3MEGA 5C24A 4CF2A 3ZCMA 4DU1A 3TARA 2YKMA 1Q8IA 1KFDA 4YNQA 3HPHA 3AA3A 1GOBA 4E1MA 4KV8A 1VRUA 3AVJA 3L2UA 3PX4A 1BCMA 3SYZA 4FZZA 1S1VA 3A2FA 4KB1A 1F21A 3LDSA 5HRSA 1JKHA 3C94A 1VSMA 2HHWA 1LV5A 4CIEA 3M8RA 4KPYA 1WSJA 3DOLA 3TAGA 3QESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X1PA 1TYQB 1N5YA 3M8PA 3QFPA 2KHOA 4E1NA 4DSFA 4CZIA 4ZTFA 4FW2A 3VQ4A 3IS9A 3P38A 4CBUA 1LWFA 3BP8A 2HNDA 2W41A 1U04A 4NLCA 1J5OA 4B3TK 4DR7K 1A5VA 4DU3A 3VOVA 3FZKA 2OYQA 2FBYA 3O3GA 2HBKA 1B9DA 1ATNA 4GV6A 4NLBA 3MCAB 1WOQA 3TTFA 3TAPA 1WUAA 3CCMN 1U4BA 3GOIA 4Z4IA 3EY1A 1I39A 1B9FA 5BPLA 1KRPA 3AVFA 3W0LA 3CFRA 4DB3A 1U48A 2QWNA 2YJEA 3THVA 3QEVA 1BCOA 2F9TA 5AQTA 5C2DA 2E1YA 3ZT2A 4BRKA 1WBBA 4M3TA 2HMIA 1NGCA 3C6HA 3L3UA 5AZIA 3EYZA 1XWLA 2ITMA 1I94K 4NCGA 3LWMA 3NDKA 3ZSXA 1VSEA 5F1XA 4FLWA 2E2NA 1IG9A 3OJSA 4LF7K 1RTIA 3CYMA 1DGKN 4DCHA 3THYB 4H8KA 3VQBA 4DFKA 2VGNA 1WNSA 3T1YK 5AQVA 4BR4A 4CJQA 3N4QA 3C7NA 3NH0A 3E9OA 4ELTA 3AGKA 2Y1JA 4CGHA 1S9GA 3G6EN 3CPEA 4CEQA 2E8AA 1QSLA 4F2RA 3AO2A 5AQJA 1X9SA 2WC9A 3OTOK 4ISFA 4K0KK 1A5WA 1L3SA 2D5RA 2Q97A 1RT2A 5EVZA 4DTXA 4AM7A 4YOUA 3AVCA 3HSCA 4FWNA 1DTTA 3ZSVA 3PIOL 1JCFA 1SZ2A 3VQPA 1D9DA 5TKYA 4J8FA 3KJVA 4BWMA 4K8ZA 4AHVA 4Z4EA 2Z1IA 4H0PA 4U67L 5AQZA 1TKZA 1RT7A 1EXQA 3UKRA 1QZ5A 1MWMA 4H0XB 1X9JA 3NF9A 1SL0A 4FWRA 1HR0K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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