3NH1A

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tagg) with two mg in the active site
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 59
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh1A00
3AA3A 1J5OA 1VRUA 3S3OA 3EY1A 4KHYA 2Z1IA 4CGGA 1ITGA 4DQRA 4Z4EA 3SQ1A 3NAEA 1ZBUA 4FVMA 4CEBA 3AO3A 3OYFA 3NDKA 3L3VA 3ZT3A 4B9MA 2OYQA 4FLYA 2GV9A 1T05A 1NK9A 4CCHA 1K6YA 4PUOA 3NF7A 1HQUA 4NYNA 3SV4A 5I3UA 2G8FA 4FZXC 3VQ5A 4KV8A 4FJMA 1VSFA 3TARA 4KREA 3TAQA 4Y1CA 3FFIA 4CJRA 5CZ1A 1BQNA 1D8YA 1NK0A 2EHGA 4CHOA 1ZBIA 3PUFA 3QIPA 3E01A 3ZSOA 4M41A 4CIEA 1C6VA 1W9HA 1YTAA 3I0SA 5JS1A 5EU7A 4PWDA 1U49A 3DLRA 4FJKA 4F3TA 1KVBA 2G8IA 1QTMA 5KGWA 4EZ6A 4KI6A 1CLQA 1LWFA 2IC3A 4FLUA 1UAXA 4JS5A 3QNNA 2PZSA 2I5JA 1A5WA 2E6MA 3O3GA 3OY9A 4DS5A 2HHVA 1A5XA 3QLHA 2HHTA 1WSIA 4I9QA 3D0PA 4K8XA 1BHLA 1S1WA 3ZSQA 3HXMA 2X6SA 1JL1A 4CJ4A 1EXQA 4KAZA 4QAGA 4FJNA 1C1BA 4M3TA 4B9NA 4CEOA 3SQ2A 3TANA 4ID5A 2FBYA 1RNHA 4PA1A 4H4MA 4AHSA 4CJTA 2RF2A 1S9EA 3QESA 1L3SA 4CEZA 1XHXA 5K14A 1WLJA 4O4GA 1IO2A 1FKPA 5E41A 4E7LA 1SKWA 4KB0A 1KTQA 1S6PA 4LD0A 2F96A 4CFBA 4BDZA 1B9FA 4DG1A 1RT3A 3A2FA 3KLHA 4LY7A 1KRPA 4OKJA 4F3OA 4NCBA 4B9TA 4OLBA 4I9LA 5T7BA 2B4JA 4CJKA 3NH0A 4CHZA 1LWCA 1RDDA 4FM1A 3PO5A 4E89A 3DOLA 4CK3A 1KFSA 4EP5A 4HHTA 4J2EA 4B08A 3V4IA 1F21A 3ZCMA 3RRHA 2D0BA 4GVMA 3LWLA 1G15A 3L2RA 2KFZA 1BI4A 3TAMA 1VSHA 5KGXA 4CHPA 3ZSYA 3NCIA 3NH1A 3LPTA 3LANA 3TAFA 1JKHA 3G0ZA 1SL0A 5CY4A 4W5OA 1D9DA 4CGDA 4KO0A 1RT4A 3TR8A 3VQDA 4F8RA 1S1UA 3TAEA 3RR7A 4IFYA 1LWEA 3LP2A 3IS9A 4CJLA 4KRFA 4CHNA 3OS2A 4CJSA 1N6QA 3KTQA 2KQ2A 3DYAA 1U47A 3OYCA 1IG9A 4DLEA 1WN7A 3HVRA 3V1RA 3HP9A 3DLBA 1C1CA 1NOYA 2X74A 3OYEA 1RT2A 4FLTA 4DTPA 1J9AA 4RW7A 3TAGA 3TABA 3OYAA 4AHRA 4FK0A 3AVFA 3V9SA 3NE6A 3KD1E 2B6AA 1BIZA 1JLFA 2VG5A 3OYGA 3P1GA 3T19A 3LZJA 4AHUA 2HB5A 2RKIA 4CF8A 4N76A 3AO5A 3LAKA 4GW6A 3C94A 3DLEA 4DTMA 1JLAA 4M42A 4CK1A 1XHZA 1RCHA 1FKOA 4KI4A 1ASUA 2ZQBA 1EP4A 3ZSRA 3CM5A 3ZSVA 2ZD1A 1FK9A 4CF2A 4BACA 4C8OA 4CJQA 3RTVA 4BDPA 3V6DA 4DSFA 1WSEA 1REVA 3K58A 1J54A 3AVGA 3VQ4A 2G8UA 3PX6A 4DSLA 3HYFA 1L3VA 4F4KA 2HHWA 3PX4A 3M8SA 1WAJA 1JLBA 3WNFA 4N56A 3TWHA 3ZT4A 5HLFA 4DFJA 3KD5E 1S6QA 3QNOA 1JL2A 5HRRA 1TK0A 1S1TA 4DSJA 3VQ6A 1KCFA 4N5SA 3OS0A 4KB1A 5KRTA 1NJXA 1IKVA 3LPUA 2YKNA 3U3YA 4DS4A 3VN5A 4CIFA 3VQBA 4K8ZA 3ZSXA 3L2VA 4DQQA 2GUIA 2RN2A 2HHQA 2LSNA 3KJVA 1JLGA 2G8WA 2BE2A 1Y97A 2ITGA 3CFOA 1DTTA 3JSMA 3VQEA 2JLEA 5C24A 3AVHA 3CQ8A 5DMRA 2F8SA 4DFKA 1QSSA 1HQEA 4CF0A 1RDAA 1DTQA 4DF8A 3O4QA 4KTQA 1SKSA 4M3RA 4FZYA 3MECA 3KKSA 3AO4A 3NBPA 2IS3A 3U3GA 4AHCA 2VG7A 1U48A 4HTUA 1X9MA 1SV5A 1LW0A 1TK8A 3OJSA 1UA0A 3DLHA 1LW2A 3K5MA 3VQ8A 2IDOA 3K5NA 1IKXA 1HYSA 3LP1A 4DLGA 3CG7A 4E7IA 2KZZA 3F9KA 4OVLA 1NK6A 4CERA 3P83D 4C8MA 1GOBA 2HNZA 1NJZA 2HHXA 1I3AA 5J1EA 2DFFA 3EYZA 3RMAA 4DTXA 4DTOA 1UA1A 3KKRA 3NF9A 1ZBHA 3HJFA 4DU4A 1DLOA 3K57A 3AO2A 2X78A 4Q5VA 3DOKA 4DF4A 3IG1A 1HYZA 1U45A 4Z4GA 3OYKA 1WAFA 3HO1A 1JLCA 4WE1A 2HW3A 4AILC 1QHTA 4KHQA 2G8HA 1EKEA 1JLEA 3ALYA 3L2QA 3VA3A 2HHUA 3L2WA 3CYMA 5C42A 4E7JA 1RT1A 3AVNA 1C0UA 1TKZA 3K59A 5J2NA 5FRNA 4ICLA 2F8TA 1BQMA 3ISNC 3OYHA 2IOCA 4IG3A 3HP6A 3LDSA 2RPIA 4LSLA 3I0RA 4KHWA 1TAUA 3SI6A 2FBVA 3AO1A 4FLZA 4C8NA 4FJ8A 1BI4B 1B92A 4RW9A 4IKFA 4NYFA 1X9WA 3NGZA 3OYNA 4IFVA 3IAYA 4CFDA 3T1AA 2FBTA 1ZBLA 5CYQA 4AHVA 3OVNA 3QERA 4CJVA 4FJGA 2XY6A 1RDCA 4OJRA 3PO4A 1WSGA 4IBNA 4TSXA 1CZBA 2XRIA 4H8KA 3WNGA 1CXQA 1RTHA 5C25A 3VQ9A 3OYMA 4FM2A 5FROA 3DRRA 4QCLA 3MAQA 3THVA 5SZTA 2VG6A 1YTUA 2KFNA 4KFBA 3F73A 3MEEA 2QXFA 3ASMA 1SKRA 4KKOA 4O55A 3SJJA 3L3UA 4M3ZA 3AVAA 2Q3SA 4M3WA 3M8PA 3ITHA 4DTJA 3M8RA 3VQPA 4Z4HA 1A5VA 3OYLA 1NK8A 2BANA 3C95A 3KLEA 1Q9YA 2ATQA 2BGGA 1RT5A 4DFPA 5HBMA 4E7KA 2OPQA 3NHGA 1QS4A 2W42A 3VQAA 1S9GA 4OGEA 4ELTA 3HPGA 3QEPA 3K5OA 3HM9A 3OYBA 3PX0A 4YFUA 2QK9A 3SUNA 4FJJA 4CJUA 3AVLA 2XY5A 1KLNA 3DRPA 2HVIA 4Q0BA 3MXJA 2E4LA 2KZMA 3ZT0A 1VSMA 4FW2A 2FBXA 2Z1HA 4OPJA 3DLKA 4B8CA 3RWUA 4M3XA 1RBRA 3WNHA 4FLVA 3KK1A 1UOCA 4DU3A 4AH9A 3G10A 3O4NA 3K5LA 3LALA 3NF6A 1CXUA 1GOAA 4BDYA 2YKMA 4E1NA 1X1PA 4EP4A 4XIUA 5HRNA 3RR8A 2ETJA 3VQCA 3L2UA 3AVBA 4O44A 3AV9A 1S1XA 4MQ3A 4BE2A 3NF8A 1RBSA 1VRTA 4RG8A 3KLIA 3QINA 1FXXA 1ZBFA 1GOCA 3KK2A 1VSDA 4W5NA 1D5AA 3DI6A 5KRSA 1IH7A 4B9SA 1BGXT 3U6FA 4LSNA 1L3TA 2VWKA 4DSEA 2XO7A 1U4BA 3LWMA 3SQ0A 3KIOA 3ZSZA 3V1OA 2XY8A 1T03A 2YNIA 1WSFA 4DQSA 3JYTA 4FCYA 4DSKA 4FJ5A 4H4OA 2DY4A 3BDPA 1NJYA 1NKCA 4N47A 1RILA 4R5PA 1RTIA 3VQQA 4ELUA 4C8LA 3S3MA 1YVUA 3LAMA 2D5RA 1B9DA 3CFRA 4FLXA 1L5UA 4FLWA 4FYDA 3B6OA 1JLQA 3RMDA 4B8AB 1LAVA 1SL1A 4KHUA 4KHNA 4KTWA 3T3FA 3QEWA 4CGJA 1IKWA 1BISA 4CF9A 5CYMA 1KSPA 3NH2A 3SUOA 4BWJA 3ZT1A 3QEIA 3O3FA 4B9LA 1W0HA 3SUQA 1HRHA 1CZ9A 1WNSA 4CJEA 3B6PA 1WSJA 2OZMA 4RW8A 3QETA 5KI6A 1JXEA 4CJPA 3QEXA 1C0MA 5JS2A 2X6NA 4OKEA 2OPSA 3V1QA 4UQGA 4CHYA 1NKBA 1D9FA 2Y1IA 4BE1A 1Z26A 2FC0A 1RBVA 4CGFA 3SPYA 4DTSA 3AVJA 3I8DA 2QKBA 2WOMA 1NKEA 2YHBA 3CM6A 4B9UA 3QEVA 4HUGA 4W5QA 3OYIA 4BWMA 3HVTA 3V81A 2D0CA 2IGIA 3H08A 4KTZA 1EETA 2Z1JA 5CZ2A 1VSKA 4CEEA 2KW4A 4HUFA 1TK5A 5J2MA 4CEFA 4FJLA 1HJRA 4J2AA 3WNEA 3KK3A 4LH4A 4AHTA 4DMNA 2DFHA 3UIQA 3C6TA 3ZT2A 3OJUA 3V9WA 4FK2A 4PQUA 4EZ9A 2JGUA 2OZSA 1VSLA 4Y1DA 1C1AA 5J2PA 3TI0A 1X9SA 2OPPA 4HCCA 2PY5A 4BE0A 4F2RA 3NGYA 3AA2A 3BGRA 1VSIA 3HPOA 4OKKA 4CGIA 1RBTA 1TV6A 1LV5A 4FJHA 4OLAA 1NK5A 3CFPA 4E7HA 1KVCA 3SCXA 3OS1A 4E19A 2YV0X 2EX3A 2P51A 2A1RA 1XWLA 4DQPA 2E6LA 4CGHA 3LP3A 4O0IA 4FJ7A 3NFAA 4IG0A 1QSLA 4FM0A 1Q8IA 2DFEA 4CK2A 3SZ2A 4F2SA 1TL1A 4FJXA 2PYLA 3QIOA 3KLFA 3HPHA 4O0JA 2VWJA 3SYZA 3K2PA 1QSYA 3QO9A 4HCBA 1TVRA 4CEAA 2P1JA 4CJ5A 4W5TA 3V9ZA 1T7PA 5FDLA 1TKTA 2A1SA 1HYVA 3MEGA 3V9XA 2HNDA 3RRGA 4DQIA 3MXMA 3IRXA 3P5JA 2OA8A 4CHQA 3LZIA 4DSIA 4CF1A 1SUQA 4FK4A 4Z4IA 2HVHA 1RTDA 1S1VA 1RT7A 3RMBA 3AVIA 3VA0A 1VSEA 3HT3A 1JXBA 3DMJA 3SV3A 2IAJA 1XI1A 3PV8A 2HMIA 3AVCA 1RDBA 4ID1A 1VK0A 2GBZA 4DFMA 1UWBA 3D45A 4CJWA 3V9UA 4OGCA 1LAWA 4KHSA 4I2QA 4HUEA 4W5RA 3ULDA 4FZZA 4G1QA 2XY7A 1HPZA 3OYJA 1QE1A 4JRQA 1BCOA 4IDKA 2G8KA 1TL3A 1R0AA 1L3UA 3AVKA 4M3UA 1EX4A 4ELVA 2KTQA 3O3HA 2WONA 3AVMA 1KVAA 4JS4A 3RMCA 4OPKA 3DRSA 2ZE2A 2YNGA 3DM2A 4E1MA 2QKKA 4CIGA 4CFCA 1WSHA 1TGOA 3M8QA 5DK5A 2R7YA 3LP0A 4DTNA 2NUBA 4J2BA 4RW4A 5SWMA 4Z4FA 1ASVA 4N41A 1QQCA 5D3GA 3HK2A 5FRMA 1Q9XA 4FW1A 2YNFA 2PYJA 4O5BA 4MFBA 3SPZA 4FJIA 1IKYA 3AA5X 4DTRA 3L8BA 4Z0UA 2G8VA 4KPYA 4ZTJA 1S5JA 4CJ3A 3SQ4A 1TKDA 4CEDA 3S9HA 4I7FA 1O1WA 5J2QA 5HP1A 1BIUA 1MU2A 2HNYA 4DWIA 4YNQA 4ZTFA 1RTJA 1NOZA 1TKXA 3OYDA 4DTUA 3MXIA 1HNVA 1BCMA 4FXDA 3SUPA 1RT6A 3SNNA 4M3YA 4RW6A 1XC9A 4B9VA 1RBUA 3AA4A 2YHAA 4DU1A 4CESA 2BDPA 4JLHA 2Z1GA 1J53A 1YT3A 3HSTB 1NJWA 4PY5A 4CE9A 4B3OA 2D0AA 4NCAA 2HHSA 1NK7A 3PY8A 1BL3A 4M45A 1I39A 2YNHA 5HROA 1N5YA 2O4IA 3HL8A 4J2DA 4FJ9A 4NCGA 5HRPA 4I2PA 4E0DA 1TAQA 1C0TA 4QOZB 2OPRA 1KLMA 4CJFA 2Y1JA 1SL2A 2P5GA 1KFDA 3ZSWA 1T8EA 5I42A 4GMJB 1HMVA 2AJQA 5HRSA 4CECA 3VQ7A 2P5OA 5KTQA 3EZ5A 1VSJA 2DTUA 4L8RB 3S3NA 4ZHRA 4JRPA 1HNIA 2B5JA 4HVJA 4C8KA 3MEDA 4CFAA 2O4GA 3NGIA 1NK4A 3C6UA 4LH5A 4CEQA 4Z4CA 3TAPA 1U04A 3KLGA 4E3SA 2XHBA 1ZYQA 3DLGA 1Z25A 1ASWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA3A 5LMUK 1J5OA 4I6MB 3EY1A 3S3OA 4Z4EA 3AARA 3TPQA 1VAZA 3OYFA 3NDKA 4FWRA 1EO1A 2OYQA 4FLYA 2ZM6K 2G8FA 5CHIA 4FJMA 1M90O 5C10A 4CJRA 1D8YA 1C6VA 1KQSM 4NXMK 3D2EA 3FR0A 4K42A 3JS6A 3CJCA 2IVOA 4PWDA 2J4RA 1SS6A 1QTMA 3L4IA 1CLQA 2IC3A 4FLUA 2I5JA 4DS5A 1WSIA 3BF1A 3D0PA 2ZJQL 1GLDG 2X6SA 1EXQA 2P9UA 3QICA 4A57A 3O9RA 1XNRK 3J7ZO 3FFKB 5AZJB 2FBYA 4CEZA 3F2KA 1XHXA 1EQYA 5K14A 2P9PB 5GAHP 5HL7L 2KHOA 4IOAL 2P9IA 3FLCO 3KLHA 1ZXOA 3H3NO 4NCBA 4OLBA 3QBXA 4BRNA 3NH0A 3THXA 1X3MA 1RDDA 3AY9A 3PO5A 4E89A 4EP5A 3ZCMA 1HJOA 1EWRA 4GVMA 4BRHA 5BPNA 3L2RA 1VQKN 2CH6A 4OPHA 1VSHA 4CHPA 3ZSYA 3LPTA 4NXNK 3G0ZA 1SL0A 5GAGP 5AQWA 1LWEA 3FZFA 4CJLA 2F4VK 3WXIA 4KRFA 5CR4A 1N6QA 2IIRA 1VHXA 3CF5L 3HVRA 3V1RA 1ATNA 3PLAA 4IO9L 1C1CA 4U67L 1NOYA 3MK6A 3WQUA 2Q36A 1J9AA 3TABA 1KD1O 4FK0A 3AVFA 3LZJA 3T19A 4AHUA 2RKIA 5F2RA 3C94A 3DLEA 1C0GA 4ILJA 4WFBL 4KI4A 4A2BA 1EP4A 3ZSRA 1FK9A 3RTVA 4BDPA 3V6DA 1OH7A 4DSFA 1J54A 1NGIA 1L3VA 2FF6A 2P9SA 3J7YP 3ZT4A 2HHHK 3TSUA 4N5SA 3OS0A 2YKNA 2UYTA 4DQQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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