3NJ3A

Crystal structure of xylanase 10b from thermotoga petrophila rku-1 in complex with xylobiose
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
GHMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
publication title Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga petrophila rku-1
total genus 136
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3nj3A00
1S46A 4P8UA 1NARA 1V08A 2VUYA 3MMUA 4Q7NA 1IZJA 3WD0A 4AEEA 3AROA 3N11A 2YLAA 4NRSA 2V3DA 1EDGA 2Y24A 5C71A 1GQJA 3AQUA 3O2LA 1BYAA 4X0VA 2WKLA 4UQCA 1GPFA 2XFYA 5CXPA 1E1FA 1SMAA 1CGTA 5A6MA 3AHYA 2V5CA 1B3XA 5ABFB 4AZHA 2E0PA 1CDGA 2Y8VA 5HNNA 4DM2A 3K4DA 2WM0A 1H09A 4LYRA 4BA0A 3VIMA 4AZBA 4CVWA 1E4NA 2EQDA 3ARYA 3SUWA 1UD3A 3F4VA 4HA1A 1V6YA 2RGLA 1UQYA 1PBGA 1F4HA 2YBTA 1U2YA 3BAXA 4L4PA 3AIQA 4MDPA 5FKYA 2WBKA 5FL1A 1CEOA 2BXZA 1VENA 1UQZA 4M82A 5EFDA 1HL9A 1RPKA 2DSZA 4HA4A 3VILA 3ARWA 1XD0A 2W66A 5D9NA 4OOZA 3IJ8A 1TR1A 3RO8A 5E0CA 4ACZB 2B31A 3N04A 1IT0A 3UG4A 1UD8A 4MB5A 1B2YA 3DC0A 3A4WA 3VM5A 1UR8A 3WQWA 3MUAA 3L4UA 4UOJA 5DMYA 1ZU8A 2XHYA 3W27A 3L4WA 1Q6EA 4AYSA 4YN5A 3NIYA 2X05A 3UR7A 2JIEA 4U2YA 3MSGA 5A6AA 1JXJA 3WNNA 4A3HA 4DWSB 5A6LA 4AIEA 1E0WA 1SYTA 2G3IA 4HMDA 4NRRA 4B15A 4PMXA 3AZRA 1AQ0A 2DQXA 3VNZA 1OD8A 3DYOA 4HU0A 1TG7A 1KQZA 1YQ2A 1RD6A 3OG2A 1B3WA 1JD9A 2EBNA 4FLQA 3AIWA 1OIMA 2UY4A 1W1VA 1CIUA 2ZX9A 3POCA 3AYSA 3L4VA 3A6OA 2YKKA 1KQYA 2Y4SA 2W91A 1LL6A 3MMDA 1KR1A 1QHPA 1CGWA 2Y8KA 3WH6A 2UY3A 3WQ6A 3BXWA 1AMYA 3VD9A 4MADA 1U30A 3T0AA 1HIZA 1E5NA 2ZXQA 4PTXA 3MUIA 2J7GA 4P7LA 3B9AA 4JKLA 1BGAA 3VNYA 1MQQA 3QHNA 3GXMA 1QI2A 4PBGA 3UG3A 3IANA 3SUSA 4AD4A 1NOUA 3ARQA 1UR2A 1C93A 1V0NA 4TTUA 4UCFA 4FK9A 1UZ1A 1E56A 1WZMA 2C7FA 2WLZA 3NCOA 4KGLA 3J7HA 3SCTA 1J01A 3PZVA 2JALA 3K1DA 4JFVA 4PCSA 3VIGA 5M3WA 3A4AA 3ZR5A 1NM9A 1EH9A 4BQ3A 1L0PA 3HN3A 2XIIA 4C7DA 3IAQA 1J0YA 2X0YA 1H2JA 4PSRA 1CXIA 3SEPA 1EQPA 2WMGA 1WKYA 2J7BA 1JZ8A 4YHGA 1ZBVA 2FGLA 2QF8A 2NW0A 3ALFA 1V3IA 4QCEA 3ZJ7A 3WQVA 3LPPA 1H5VA 3WDPP 3S2CA 2DDXA 3DHPA 4J3VA 5GQBA 4R27A 3PZUA 1K9TA 2GSJA 1C92A 3CZGA 1JL8A 1KXTA 1LG2A 3AIBA 3WQ8A 3CUIA 4D71A 3AFBA 3BH4A 1CXHA 2A3HA 3L4ZA 5BXRA 4GIAA 2VX5A 2XSAA 3FHQA 5HBFA 5LYRA 3DYMA 3WENA 2YA2A 4X9YA 2BY2A 5A6BA 1FH9A 1ECEA 2VZSA 2YA1A 5A8NA 1NOFA 3WDRA 4LYPA 2ZE0A 5CPSA 4M8UA 5A2AA 4MJ2A 2O9PA 4IPLA 3W81A 3SCSA 2VRJA 3FXYA 2DSKA 4D6EA 1HF6A 3WDQA 4GPNA 1OGSA 1SR0A 2PI6A 3QOKA 4GO8A 1JZ3A 1AVAA 3AHVA 2WLYA 1E0VA 3CMJA 2Z1KA 1WZLA 5A94A 5A1AA 2PWDA 3MKKA 5A8MA 2WAGA 1BYCA 2FDMA 1B30A 1NWSA 2PWGA 1JZ4A 2DPEA 1G0CA 2OSYA 1PIFA 4CCDA 2UY5A 3AMLA 5ABFA 2QMJA 1UH3A 4N42A 4WKAA 1JYVA 3LMYA 4MAVA 4EKJA 5JUVA 3N17A 4GZJA 4U5KA 2CESA 5JBDA 1MW1A 2J77A 3ARUA 2RGMA 4TX6A 1W2PA 2XM2A 3KL5A 4JCMA 1MQPA 2VX7A 3EYPA 1XCWA 1QNRA 3VIFA 3QGVA 5A6KA 3AHZA 3WD4A 1P6WA 4AZGA 1J0KA 2G3MA 4H8HA 2D1ZA 2XSBA 2VTFA 2Q8XA 4PTMA 2J62A 5GNXA 3WELA 2VCBA 3MSDA 1E43A 1VFOA 2WANA 3W24A 3F5KA 5E6YA 1V02E 4KRUA 1RP8A 2XGBA 3PBGA 2EJ1A 3WN6A 1OGBA 3UG5A 5KZ6A 3WD3A 1GHRA 3VD3A 2J7FA 1DWIM 1PX8A 4AIUA 3CUFA 5A6SA 1B9ZA 4P8WA 2JE8A 1V03A 2BHYA 4W88A 2WXDM 1WP6A 3FNDA 3PZIA 1HKJA 4IM4A 3VX1A 1LL7A 1GHSA 1GQIA 8A3HA 4HOXA 1D2KA 1HJWA 3WD1A 4DWSA 2CNCA 2ZUTA 1M04A 3PZNA 4JL2A 2ZUUA 2WK2A 5DF0A 4Z2GA 3GDBA 3T2PA 2WBGA 1R7OA 3WNMA 1JF5A 1E3XA 3MS8A 3O6AA 3GH7A 1K9FA 3WFZA 4W7UA 1UG6A 1ZBCA 3NSNA 4AMCA 3VIJA 2WMFA 1VEOA 2IXUA 7CGTA 3MUZ1 2D3LA 4ZFMA 4MB1A 5D8ZA 4D6FA 5BXPA 5BRQA 3WD2A 1XSIA 1QNSA 1KB3A 1CXEA 2GJXA 3CLWA 2QPUA 1VJZA 3OA5A 3VU2A 1JYNA 4PMDA 3CPUA 4Z2JA 1MQRA 3WMCA 6TAAA 2WPGA 1GUVA 3VM7A 3WL1A 3OLDA 2UWFA 3NJ3A 3ZOAA 1JXKA 3THDA 1FH7A 4W86A 4GQQA 1JF6A 1EIBA 2WZIA 1BVNP 3CHFA 4FF5A 1TUXA 1OWQA 4P7OA 5TD4A 2OWWA 5HPOA 2XGIA 1E4MM 5FL0A 3NSXA 3BC9A 3BSHA 3FAXA 3PHAA 2J4GA 3VMPA 1XRVA 1UKOA 4PRWA 4CN1A 1WB0A 1E1EA 1EXPA 4TVDA 2WVVA 5BWFA 3AS1A 1JI2A 1Q6DA 2GK1B 4W8AA 3SCQA 1E6XM 1PAMA 3ZT6A 4JFWA 1GOOA 2VURA 4M80A 1VIWA 2J7HA 1WO2A 2DSWA 4UFLA 3SUVA 2OYLA 4Z2LA 1GJWA 1C8YA 5LA0A 5A8QA 1ITCA 4BS0A 1CXKA 1HVXA 1VB9A 2J7CA 3I3EA 4PSPA 1WPCA 3UCQA 4LX4A 4WKFA 3BCFA 1JFXA 3WDJA 1U33A 4ML4A 2F2HA 3AISA 3N9KA 5ABEA 3EDDA 2WMIB 2ZUSA 4PMZA 3CZJA 1KXVA 1Q6CA 2XWDA 2WCGA 3KWXA 2XVKA 3WUGA 2X09A 1XYZA 4HPHA 1KCLA 1N82A 1DTUA 1ZBKA 1DWHM 1ITXA 4W85A 2ZX6A 3TP4A 1FHDA 1UR4A 1VAHA 4D6IA 5A95A 2V5DA 1V3KA 3AXIA 3WSUA 1JAKA 3CUJA 1UD2A 2Y5EA 4UQ9A 1JFHA 3AXXA 3U7VA 3OGSA 5CLWA 1BYDA 4C7FA 4RE2A 3MUY1 1R87A 1NOWA 2A3CA 1VBUA 1QI4A 3OZOA 2OWXA 1NH6A 2J75A 1H1NA 4FLRA 3QHOA 1L8NA 2EPKX 1NWTA 3WNOA 4V2XA 2CPUA 2QHAA 5IDIA 1ZJAA 1KWKA 5JBFA 1W3HA 2PWFA 1E40A 4AZCB 4KMQA 4JAWA 5CGTA 2GJPA 5LA2A 5CJ5A 1R85A 2WYSA 3I3BA 5AC4A 5A2CA 3QR3A 3TONA 2VZTA 2NT0A 4CU7A 4J3TA 2NSXA 3WNLA 1BLIA 2VR4A 1WE5A 4B9YA 1ZBWA 2W67A 3VMNA 5EBAA 3AHXA 3VIOA 1V02A 4QAWA 2OWCA 4S3KA 2OSWA 2FGZA 2VVSA 4GQRA 5IFPA 4AC1X 3W6LA 1HN1A 1WDPA 1I1XA 2BVYA 4UQDA 4DWSC 2DT1A 4P7QA 2VT0A 2O9OA 1LG1A 3KE0A 2BNJA 3B9EA 1KFWA 4CGTA 1G5AA 1ISZA 1QNPA 4P8XA 4JZ5A 3TTYA 1W1PA 2E4TA 3NUKA 1MVYA 2XFRA 2EEXA 2BS9A 2XUCA 5HPCA 3MV11 2PB1A 3ARZA 5CPTA 3PTKA 3PZOA 1QNQA 1PZ3A 1UWIA 4ZXLA 4F8XA 1FFQA 4QFUA 1HT6A 2J79A 2V38A 4W84A 1WDRA 5HXMA 1J18A 4BF7A 5IHRA 4PTVA 1C91A 4DUWA 3LPOA 2JEQA 1LWHA 4M56A 4W5UA 5I3DA 5A8OA 4OUEA 1BG4A 4Z2IA 4CCCA 3BAWA 3ZJ8A 2YIHA 2EO7A 3VO0A 4JCLA 1CECA 1QVBA 4JKMA 2VZOA 1NWRA 2ZX5A 4WIWA 4M81A 2XYLA 4E8DA 1Y7VA 3RJYA 4TUFA 3W26A 2YOCA 4H41A 3SCVA 2WWCA 1PX3A 1HJSA 4KRTA 5GPRA 4OKDA 2ZWYA 2TAAA 5BRPA 1E6NA 3E1F1 3K8KA 1W9XA 3ARPA 1Q4NX 2D2OA 4AXNA 5A2BA 1OM0A 2GJRA 1X1NA 4OIFA 4WF7A 3GXDA 3SCRA 2V3EA 3W6MA 2V3FA 5EFFA 3RCNA 3WH8A 2WZEA 2ZXDA 2D22A 2ZXBA 1G94A 3WKZA 3A3HA 3SUUA 3LPFA 1EOMA 2OSXA 1B1YA 1FA2A 1CLXA 1UD5A 4XZBA 3GBEA 2DT0A 4PCTA 3WQ4A 1UKPA 4OZOA 1V0KA 2CBUA 1JI1A 3VIKA 3BCDA 1E55A 2WHKA 4AZ6A 4EE9A 3RILA 1SMDA 1AQMA 4XX6A 2D0HA 3FY1A 1OT1A 1KCKA 3DYPA 1QHOA 1US2A 3WBAA 3CTTA 3WH5A 4RL3A 3WUBA 3L2MA 1NQ6A 1BPLB 3WUEA 2ZXAA 3MV01 1VFUA 5CZKA 5F7UA 4TOQA 5EB8A 1FH8A 5I24A 1W3JA 2DEPA 2DIEA 3EMCA 2WMIA 1W9DM 4W5ZA 4D1JA 4HMEA 2CITA 1B3VA 3VD4A 1OT2A 1VFFA 1MFVA 1JG9A 4U2ZA 4J3XA 2YDQA 3BAJA 2XIBA 2FHBA 4HZ8A 1QBBA 3BAKA 3WMBA 1E72M 4Y7EA 2YJQA 1J10A 2WVTA 3UEQA 3VGBA 3DHUA 4QLLA 1OBAA 2WSKA 1KWGA 3OGRA 1TZ7A 4F79A 1PIGA 3F5LA 3KZSA 3VIIA 3U5YA 1QOXA 2A3BA 3GTNA 4U5IA 1E6PA 2NT1A 4LPCA 2J78A 5ECUA 3SCUA 4AIOA 1M01A 2WHLA 5AY7A 4AZCA 3I3DA 1CGXA 3WMSA 4R5EA 3VGFA 3L4YA 2X8RA 2DIJA 2J7EA 5IHSA 4UFHA 1H4PA 3T08A 1CWYA 4K68A 3G6LA 2VX4A 3FHAA 1E9LA 1QBAA 5D9PA 1ZJBA 2G4FA 1J11A 3VDHA 3T2OA 1JZ7A 3AI0A 3VGHA 4PTWA 1V3HA 1EHNA 2WKGA 4V27A 2W61A 3SCNA 4CU8A 1R7AA 3MU7A 4ZENA 4TXEA 1V6UA 4AWEA 1GONA 2OYMA 2VCCA 4GI8A 4ACYA 3UERA 3WDIA 3VDBA 5AYIA 1JNEA 1J0ZA 2J47A 1X6LA 2VR5A 3UETA 1W2VA 3CZKA 3AIUA 3OLGA 3N12A 2F8QA 1E6SM 3CUGA 2VJXA 3AS3A 2O9TA 2E8YA 4NSBA 1E0XA 1UWUA 4ACZA 4A3YA 1Z32X 1E73M 1TFVA 5D8WA 3WNPA 4AD0A 2ZX7A 4XB3A 3KL3A 5DFAA 1EOKA 2CCRA 3WFLA 3APGA 4OJYA 1CGVA 4TTGA 1PZ2A 1XYFA 4LGXA 5D9OA 1M7XA 1GORA 2BVDA 4CD4A 4W7VA 5DO8A 8CGTA 4FLSA 3WUFA 1GVYA 4KGJA 5A8PA 5CPQA 4GXPA 2YL6A 2ZUMA 4W93A 4D1IA 1C7SA 4CKQA 3HJEA 1TCMA 3WF2A 4JFTA 3GZAA 2CBJA 4CD8A 2CHOA 3GNRA 2J7DA 4W8LA 2OYKA 4P7RA 4WJXA 3RDKA 4UZSA 4UFMA 2W62A 1W9PA 3EDJA 1BQCA 1UKTA 4QDMA 4URIA 4PUDA 1H11A 1PX4A 2WNWA 1NP0A 4PMUA 5I77A 4P7NA 2YBUA 1MFUA 2G8ZA 5CG0A 1KXHA 4P8VA 1HKKA 2CETA 2VOTA 4F9JA 1HP5A 1VEMA 4W87A 3AYRA 2EPMX 3M46A 3WQ5A 3ZT7A 2VQUA 3RMEA 5E0FA 2CHNA 4PMVA 2WMJA 4JIEA 1UR9A 4CVUA 3BLPX 1BTCA 3ALGA 3VGGA 3L4XA 1QW9A 2XG9A 1DEDA 2BFGA 1VF8A 1CPUA 1CNVA 5FCZA 1JZ5A 2IUZA 1TVNA 1EO5A 4HMCA 5GNZA 2O9RA 1TA3B 4F66A 3AIRA 3RJXA 1XD1A 2BVTA 1IZKA 3AOFA 3AS0A 1CLVA 3ARXA 1K9EA 3ARRA 1C8XA 3PZMA 4H8UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1S46 A;  4P8U A;  1NAR A;  1V08 A;  2VUY A;  3MMU A;  4Q7N A;  1IZJ A;  3WD0 A;  4AEE A;  3ARO A;  3N11 A;  2YLA A;  4NRS A;  2V3D A;  1EDG A;  2Y24 A;  5C71 A;  1GQJ A;  3AQU A;  3O2L A;  1BYA A;  4X0V A;  2WKL A;  4UQC A;  1GPF A;  2XFY A;  5CXP A;  1E1F A;  1SMA A;  1CGT A;  5A6M A;  3AHY A;  2V5C A;  1B3X A;  5ABF B;  4AZH A;  2E0P A;  1CDG A;  2Y8V A;  5HNN A;  4DM2 A;  3K4D A;  2WM0 A;  1H09 A;  4LYR A;  4BA0 A;  3VIM A;  4AZB A;  4CVW A;  1E4N A;  2EQD A;  3ARY A;  3SUW A;  1UD3 A;  3F4V A;  4HA1 A;  1V6Y A;  2RGL A;  1UQY A;  1PBG A;  1F4H A;  2YBT A;  1U2Y A;  3BAX A;  4L4P A;  3AIQ A;  4MDP A;  5FKY A;  2WBK A;  5FL1 A;  1CEO A;  2BXZ A;  1VEN A;  1UQZ A;  4M82 A;  5EFD A;  1HL9 A;  1RPK A;  2DSZ A;  4HA4 A;  3VIL A;  3ARW A;  1XD0 A;  2W66 A;  5D9N A;  4OOZ A;  3IJ8 A;  1TR1 A;  3RO8 A;  5E0C A;  4ACZ B;  2B31 A;  3N04 A;  1IT0 A;  3UG4 A;  1UD8 A;  4MB5 A;  1B2Y A;  3DC0 A;  3A4W A;  3VM5 A;  1UR8 A;  3WQW A;  3MUA A;  3L4U A;  4UOJ A;  5DMY A;  1ZU8 A;  2XHY A;  3W27 A;  3L4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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