3NPVA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
DLKASSLRALKLMHLATANDDDTDEKVIALCHQAKTPVGTTDAIYIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIWTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADGVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLSVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADHIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASSLLASLLKALGHG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 100
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3npvA00
4UUIA 3OBKA 5HULA 1F76A 2NX3A 1AL7A 4UTHA 1YTEA 1ZY9A 4A29A 2EAWA 4O17A 1OFPA 3BG5A 1ALDA 1G7UA 3BW4A 4LUJA 3GNNA 3WFAA 1G67A 3HF3A 3IIVA 2QJHA 1LOQA 1KFKA 4UTUA 3CPRA 2QCEA 1YXDA 2R91A 3O6CA 1K02A 5F4XA 4ZQNA 1YDVA 1GYLA 5AHMA 4UFIA 3HMJG 3E96A 1QPNA 3VE9A 4K8HA 1P5BA 3QPYA 1LBFA 1X6UA 4I7VA 4UTTA 3P81A 3C4UA 2AGKA 4XTIA 3A22A 4RZ6A 1N8FA 2X30A 4LS1A 5G2HA 2XN1A 5F4SA 5K4ZA 3SY5A 4RR4A 1H51A 1OFDA 2Y89A 1G4SA 3QMRA 4GUHA 3LTSA 4LTSA 1S3HA 2Y62A 1SQ7A 1JULA 4FHAA 3INPA 3T40A 4HNVA 1EPXA 5CKSA 3CHVA 3NQEA 1SFJA 1ADOA 1WDWA 4LC6A 5F2IA 1OFQA 3I7SA 3L9CA 5LHEA 3L5LA 2ZZ5A 3ATYA 4R34A 3IVUA 1KTBA 4XZ9A 3W1LA 4IPIA 6TIMA 3U6WA 4DBEA 2PE4A 3LRLA 3ZWSA 5TIMA 2A7RA 3LV6A 2P0OA 1HL2A 4Z1DA 3N2MA 3TV8A 3NEVA 4AHOA 3DI1A 2VFDA 4YL2A 1Q6QA 5LHFA 1T8XA 3LCGA 5C6MA 5D09A 3EWZA 3EKLA 5AHLA 1Z44A 1N7KA 1JQXA 1SFLA 4ALDA 1JCMP 3QQ1A 5F2MA 3G1HA 3GX9A 1TPWA 5HWJA 2FB3A 2YFOA 1RR2A 4JTLA 3OVQA 5EPDA 4GWEA 2O7SA 3STCA 1DKWA 3L67A 3Q37A 1FXQA 1ZFJA 3G22A 4MUZA 2G96A 4E38A 1KTNA 3A24A 4WXYA 3HIJA 1ZHAA 4O19A 4E2DA 2TPSA 3BW3A 3GVGA 2ABBA 4HNNA 3W7RA 3H54A 1RQEA 1SSDA 1OX5A 4UTTC 1Q45A 3R89A 2E6AA 4JIPA 5LNRA 1QDSA 5I3IA 1HO1A 1L6YA 5D2VA 4RLIA 2YW4A 3EX1A 3VKJA 2VENA 2ISWA 4WOZA 3BV4A 4GUIA 3S8HA 3C2OA 3S1VA 5HR6A 5K2ZA 4K38A 4BR1A 2ZBTA 4ZZ9A 3EX3A 4HSNA 4ADTA 3WK0A 5LGZA 1WV2A 5DXXA 4QIUA 2QEZA 1JRBA 4HNTA 3TFXA 1KM5A 3N2XA 3DKJA 3QF0A 2I9EA 1XBZA 4LY8A 5C54A 4JXCA 3W7IA 3P74A 4NJKA 4IMCA 1LRTA 3W7HA 3VE7A 3G1AA 3HGRA 3KXQA 1V5XA 4IPJA 1XKYA 2PRHA 4LVDA 4N6FA 4RXGA 5D30A 4AVFA 2QJIA 4XUGA 1ZNNA 5F2GA 5FF4A 1W5PA 2RHGA 4QSHA 4JR5A 5AHFA 2VEPA 2DZPA 1TREA 2B7NA 1GT8A 1VYRA 1KV8A 3LI0A 1BKSA 1DBTA 4ICNA 3PUOA 5I3FA 1FXPA 1BWKA 5K3VA 4Y6GA 4GXMA 4O28A 5GVJA 3BW2A 4RZ4A 1MEHA 3NL2A 4N4PA 4XKYB 2CLEA 3A9IA 2ZRZA 1KFJA 3UXDA 3S1UA 2B4GA 5HINA 1TRIA 4ZMGA 2ZRVA 5KITA 3LOTA 3TQVA 3W1QA 5LKYA 4NQ1A 4O14A 3DHDA 4JS3A 1H7NA 3W7JA 5F2LA 1W5QA 1TSIA 5F1UA 1AMKA 2Q8ZA 2FB2A 3A21A 1JUBA 3N73A 3BPWA 4OT7A 2ZTKA 3L0NA 3QM3A 4D2JA 5I3GA 3C52A 1W5NA 4WY0F 1W8SA 3UPWA 4JD4A 3WK3A 1WYIA 2Y63A 4NUWA 3OVPA 4BWLA 3R13A 4XQ6A 1X1ZA 2EGZA 4QITA 1NVMA 1SZEA 3IV3A 4N4QA 4O13A 3NQGA 3ANYA 2NWRA 3PB2A 2QCHA 1YXYA 1LOSA 3MW7A 2J9ZA 3NL5A 4ADUA 3TUUA 3QZEA 1V7YA 4RZ5A 3TK7A 1C29A 2V2DA 4IXXA 5LNSA 1F7BA 1XBXA 1B57A 3L0KA 1DQWA 3TC6A 1LORA 3NQCA 2YCEA 2WSRA 5D2WA 2CLHA 2C3ZA 4MYXA 4M7TA 3M44A 3P82A 1UUMA 1WQ5A 1K8ZA 4MLJA 2BWGA 3B0VC 5U7SA 1LM1A 2Y6ZA 1ME8A 2E1DA 3A23A 1TPFA 3QSTA 1KM3A 4Y96A 4DF2A 1WOAA 1TPH1 3THQA 3NYZA 1HG3A 4MZ8A 3TIMA 2R14A 3MJYA 2A7NA 1RQHA 4FX8A 1I2OA 4TO8A 3L21A 3LXBA 3NPVA 2QUUA 2WSYA 5DBUA 1XFBA 4XKYA 3PG8A 2GUUA 4O54A 5D2TA 4IUOA 4MFDA 1VGAA 3FJLA 3SI9A 2Z6JA 3WK2A 4DF0A 5SWUA 1FQ0A 4HT3A 1R30A 4MYAA 2BTMA 5LNUA 3TQ0A 1BWLA 5HMSA 4L4LA 3E49A 1R47A 1FWSA 1YDNA 3G1YA 3G0UA 1EIXA 3LHWA 3SJ3A 3UY7A 4BI7A 2I14A 3S5ZA 4WY0B 3G3MA 1SO4A 2YYUA 4HIBA 4U4MA 1FUYA 3TKFA 2JGYA 3DFQA 3MBDA 1EP2A 1T99A 3KRZA 4M19A 4ZQOA 3S0CA 4BI6A 1H60A 3W1XA 3UZ5A 3ABRA 4JTSA 1XI3A 4UIOA 3LLFA 5T26A 1QAPA 1VHNA 5AC7A 1JUKA 4O1BA 4FNQA 4OV9A 8TIMA 3CC1A 1D3HA 2C16A 3TX9A 3KRSA 3DKLA 1W5OA 5G2WA 5FEZA 3TAOA 4CQAA 3JR2A 2X1SA 3GNDA 4N6EA 1Y0EA 2A7PA 1YADA 4UFLA 3LBMA 3O63A 2H3BA 2BSLA 4HHPA 5AB3A 3EEGA 4WX2A 4DF1A 1ONRA 3NQVA 4Y8FA 1OFOA 2G95A 5HNRA 2DZXA 2G5WA 1H7RA 2V9DA 1M6JA 2NWSA 1TCDA 3L65A 4XBKA 4E0CA 3G18A 1OG0A 3TNOA 3M16A 4LVBA 4FNSA 5LNWA 1G4TA 1G69A 4UTIA 2VEIA 1RD5A 2ALDA 3NZ1A 1VYSX 4GBUA 2J9YA 3TU9A 4JX5A 1GOXA 1LYXA 2F7FA 1W3NA 5BOOA 3HBLA 2RH9A 4UFJA 3B0PA 1R2RA 3FIGA 3PS7A 1WXJA 3HG5A 5C55A 1DJNA 5EBUA 3HPSA 1MXSA 3TSDA 3GAKA 3PM6A 4GUFA 1UB3A 2QCFA 3LBCA 5KZMA 2H8ZA 5E1QA 3S1XA 2GQAA 1TPUA 3MHFA 1UCWA 4X2RA 2B7PA 1RZMA 3SGZA 1YTKA 4JN6A 2DZWA 3LCWA 3LRMA 4O4WA 5BNKA 4G1KA 1EP1A 3LX9A 5I3JA 2FDSA 2RDTA 1OFEA 4N9CA 1QPRA 3TC7A 5KINA 2AAMA 3TQKA 3PULA 4WY0A 1O60A 3S9YA 5DXYA 4Q4KA 4EF9A 3HB9A 5C2XA 4N9BA 1D9EA 3GKAA 2V2CA 3L2IA 1TTJA 1VQTA 1TPDA 2XFWA 5EYWA 4KFPA 2QKFA 3W1NA 4AF0B 1PCKA 1RVGA 4Z0SA 3W2MA 3WJSA 4W9TA 3O1NA 3V75A 2CFFA 5DN1A 2V2HA 3SFKA 3QPZA 4FNRA 5BMWA 3RK8A 5CPNA 5AHIA 1C9DA 3EWYA 4FX7A 2HS8A 4JTIA 1YXCA 3PUDA 4LVAA 3EXSA 3DFNA 4NVTA 5I3HA 5HQEA 3SR7A 4PA8A 3MI6A 2CZFA 1QCWA 4DO4A 4NXKA 1KW1A 2ZFAA 1R46A 2RDWA 5D37A 3RNDA 2V5BA 1CX9A 3PY2A 3C61A 1VJIA 4H4IA 2V5LA 5BRBA 3S6DA 1YDOA 3EWUA 3NPWA 1F5ZA 3MHUA 1OJXA 1HFBA 3B0UX 4UFKA 2GVGA 3MP3A 4O18A 1IIHA 4TU1A 5DCDA 4U28A 4LT9A 4EWND 3UWZA 4NXSA 4OGZA 4LWWA 1P0KA 1SZNA 1YTDA 2P10A 1BTMA 2VELA 3MBFA 2ZZ3A 1GQNA 3SZ8A 2JKEA 1A5AA 4AAJA 3P8IA 1J2WA 3QFEA 1LLWA 2EF9A 2I1OA 3I65A 5D32A 5G5IA 3NAVA 2ZA1A 3TSMA 2OX1A 2HSAA 3TCEA 4GFSA 4XWUA 1LTDA 1Q6OA 3HPZA 3DENA 3KHJA 5AHNA 2Q8LA 3W7CA 1TIMA 4UTLA 4A22A 4M7SA 1OFAA 1GVRA 3MP5A 4WJEA 2FLIA 5CZ0A 1QPOA 3B8DA 4WUIA 2FIQA 5F4WA 3GDLA 2DZUA 2J24A 1K7EA 1OF6A 5HUPA 1F73A 3W1MA 4TMBA 4AF0A 2YFNA 3LB0A 1KM0A 1DQXA 3FOKA 3W7KA 3EWWA 4MJMA 4OQVA 2ZYFA 3ZFHA 3HGSA 1OF8A 2J6XA 4IJBA 3TSBA 1LRQA 2TRSA 4UTWC 3MI3A 2YX0A 3N9RA 4X9SA 3CLMA 4Y9AA 3U2OA 5U4NA 1I2NA 3KFTA 3WJXA 3EWBX 2XN0A 3IIOA 4TMCA 4UTKA 4R7JA 4NT0A 5AC8A 1JUEA 3PG9A 1THFD 5CZSA 4JDYA 1ZAIA 1G7VA 1OABA 5DCBA 5KTLA 2QDHA 1EUAA 4QNEA 4S1FA 1VLIA 3IVTA 2FTPA 1DVJA 1LROA 3PF3A 4K7YA 3P60A 2WKJA 3N34A 1PVNA 3LHUA 4R53A 3VNDA 3M0ZA 4EOUA 4IMGA 1O94A 2A1YA 2YR1A 2H8XA 1F6PA 1OYBA 3C0JA 5EKYA 1HTIA 3Q58A 1I8JA 4Z1CA 5EL1A 3M1ZA 1QO2A 2Y7FA 1Z41A 3H55A 4UFHA 3UNDA 3G0XA 3GR8A 3M47A 4NZJA 5CZTA 4IMEA 4FXSA 1H1YA 4NJJA 3LTPA 1QPQA 2JKPA 4EF8A 1PS9A 2Z2UA 3Q94A 1AW5A 3EX4A 1GWJA 4S2BA 4RX0A 4WOQA 2DU2A 3NQAA 3P7YA 3W2LA 4FO4A 3W86A 3C2VA 4AXKA 2JBMA 1KLZA 1KM6A 1FDZA 4DBDA 5DLCA 3MHGA 3SIZA 1SO6A 1JCXA 5K9XA 5HWNA 1GVOA 4GRSA 3PBUA 3W6YA 3TMQA 2X16A 4JYFA 1L2UA 2VFFA 4AH7A 1LLZA 3LTYA 3RF9A 4NX5A 4AEOA 1VR6A 1NEYA 4LU0A 3DI0A 1JJKA 4A21A 2ZZ6A 3GAYA 1JCJA 3CU2A 4MZYA 1K3UA 4JTFA 1GVSA 4UR7A 5AYZA 3A5VA 4GUJA 3T55A 1TMHA 1H7WA 2X1TA 1H7XA 4LVFA 1JCYA 4UMBA 1LBMA 4Z1AA 2YXGA 4QJ1A 4PH6A 3W2KA 2ZZ7A 3ZR4A 3GKFA 3B06A 1GZGA 3R8RA 4NNCA 3B03A 5LNVA 3SECA 1XDMA 4K8EA 1D3GA 2WPBA 4BK9A 3W22A 2EKCA 3GB6A 1S5TA 4UNKA 5G1YA 1CW2A 2G97A 2HS6A 5AN7A 2V8ZA 2V81A 3OG3A 2Z0IA 1KBIA 5FEWA 5CZJA 2Y70A 1R2SA 1EEPA 1Q6LA 3FLUA 3LHYA 1W3IA 4JY9A 3UWWA 4K36A 2Y61A 1A5CA 4OWGA 4BFAA 1AW2A 1ZAJA 5HWMA 5D33A 1DJQA 3H53A 1P1XA 1AG1O 2GOUA 3T44A 1W54A 3FS2A 1ME9A 2DZSA 3VCRA 1W1ZA 3CIXA 2E6YA 4Q32A 4JICA 5TBOA 5FEXA 1I2QA 1PV8A 1IGSA 4OU1A 1YPFA 3RLUA 3I7QA 3W1RA 4NJGA 1NSJA 1MSSA 3NZRA 2CU0A 3GDMA 2UV8G 2FPYA 3W1TA 5FF3A 2QCLA 4JDBA 2VOMA 3LI1A 1OYAA 3W7GA 1FDJA 4Z08A 2E6DA 3LCFA 4ML9A 4MY9A 2F84A 4TIMA 3QRHA 2DORA 5K7JA 1Z42A 3BLIA 3IIXA 3W74A 4UCGA 1IXQA 1L6WA 2EPHA 3P67A 3R12A 4MY1A 2A4AA 1ZENA 2CLOA 5K9CA 3BG9A 4JGDA 2QCMA 1MZHA 1KLYA 3ABOA 3SGUA 2X2GA 1SW3A 4N9DA 1AK5A 1GTHA 3NQ6A 1H7PA 2XN2A 4I7WA 4LV9A 4O8RA 4HPJA 2FPTA 1F74A 4NNBA 1UUOA 2NUWA 1HUVA 1RQBA 4FIQA 4GUGA 3G1VA 3W23A 3P84A 1W37A 4O1DA 5IBXA 3TE9A 3PBWA 4JTJA 3ZWTA 1EWEA 1I2PA 3S42A 1TQJA 3I68A 2ZZ1A 4MFEA 2R8WA 3JS3A 1KFLA 2QJGA 2CZDA 3FKKA 4GJ1A 4JYEA 3QSRA 3AJXA 3TFCA 2W6RA 1FCVA 2ISSA 2DZVA 5AFDA 3W9ZA 1Z48A 2Y85A 2J88A 3TJLA 3HG2A 3G8EA 4HPXA 4JTKA 4I9AA 4RV8A 4Z0JA 4OHQA 1SR9A 2C6QA 3LV5A 5HJLA 3OVRA 1VCFA 2QAPA 2NXIA 3IGXA 2QR6A 2ZQ0A 4JYDA 3UWVA 4O11A 5D38A 1UBSA 2A6LA 1T96A 3NM3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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