3NQCA

Crystal structure of the mutant i96s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAISVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 87
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqcA00
4FNTA 3F4WA 1T99A 4WY0F 1Z44A 3PM6A 4MKNA 3C2RA 3BW2A 5K9XA 3O6CA 3WK0A 1W5NA 3DKLA 5AC8A 4HNTA 1JUBA 1W3TA 2I14A 2Y88A 3YPIA 2Z6JA 3SECA 1DVJA 4O4VA 1ONRA 3W2LA 1O5XA 3CWNA 5FI8A 3BW4A 3IVUA 1JCNA 3FJLA 2QCCA 1G7VA 2FIQA 4M7TA 4DQWA 2CLOA 4UTLA 1FDYA 4P61A 1Q6LA 5D30A 3A22A 3TUUA 2ISSA 1CI1A 1PIIA 1GTEA 3DFSA 3LHYA 4Y90A 5AHNA 3STFA 3HOJA 3IIZA 1NF0A 3LLFA 1N8FA 4EIVA 3TH6A 1G7UA 2NWSA 3WFAA 1PL9A 3I7RA 5FEWA 3ZWTA 3DAQA 3W7NA 5C6MA 2WO5A 1TTPA 3FS2A 2WV8A 1VRDA 3LCLA 4IMFA 3TJXA 3F1QA 4YL2A 3GLCA 5LNRA 1FX6A 4FEZA 3TIMA 2TYSA 1LOSA 1UCWA 3GAKA 4IXHA 4XBSA 5AC6A 3G0SA 4N02A 1KFJA 1J2WA 2QJGA 1QPNA 3SZ8A 2J27A 2C15A 4NZJA 5A8GA 4UTHA 1HL2A 5LSMA 3TFCA 1Z41A 4JDYA 3A24A 4ZZ9A 4UFKA 2E77A 4K36A 3S9YA 3QC3A 1H60A 2QF7A 4PH6A 3CTLA 3KRSA 1SW7A 2C3ZA 3PSVA 3TSBA 3PY2A 1N55A 1K8YA 3VE7A 4GUJA 1RZMA 3PSWA 1L2UA 1VLIA 2FB2A 3RU6A 3Q94A 4RZ4A 2QKFA 4JIPA 3W7DA 2ZZ5A 4IQLA 2FTPA 2R8WA 3G1HA 1DQXA 4K7VA 1SO6A 1XM3A 4LVGA 5EY5A 1KM2A 1UUMA 4MOZA 4E2DA 3TCEA 1WOBA 1KA9F 1ALDA 2ABAA 4OT7A 1UJPA 1KM3A 2GVLA 4LS2A 4X9SA 1SZEA 4N4PA 2NUYA 2YSWA 3W7HA 4M6QA 3LXAA 4EWND 1OX4B 2QDHA 2NUXA 3PG9A 3TX9A 5CG7A 4CNOA 1TB3A 3LX9A 5HMSA 3HO8A 2PRHA 3R13A 4O1AA 1R2RA 4IMGA 1YXYA 4N6EA 5EA9A 4RLIA 1I2PA 2WQPA 2WOQA 3NOEA 1VJIA 1SZGA 3GKAA 1EPXA 5IBXA 3CIXA 1EIXA 3QYQA 5BMXA 5F2MA 4JX6A 1TJRA 3QPYA 3CPRA 3OVPA 2G97A 1JCJA 3EWWA 1HO1A 3VFLA 4BWLA 2VEKA 4N9CA 1DHPA 3JR2A 1GVRA 2E6AA 3CT7A 3NPVA 2FPYA 4AHQA 5CPMA 1MSSA 3TFXA 3GNDA 2BTMA 3BG3A 3W1TA 2ZZ3A 3W7GA 2JGQA 3W87A 2ALDA 1YTDA 3E9AA 3B05A 3CHVA 5DCEA 2QAPA 2YCEA 5L6UA 1LTDA 1TPH1 1BWLA 3WJXA 3PC0A 3LBMA 1S5VA 3CWOX 3FLUA 4K8EA 3RLUA 3S6DA 3W84A 3NQCA 4AB4A 4EOUA 1TMHA 1QPQA 3ABOA 4ZQOA 3DENA 3C3NA 3W7LA 4EF8A 4QM1A 4ADSA 2P1FA 3TQ0A 5BOOA 2YFNA 4Z1CA 3RNDA 5FESA 2NV1A 4MYAA 2G95A 5D02A 4WJEA 3BK0A 2NX9A 3FFSA 1RVGA 2GQ9A 3HPXA 3EWBX 3MBDA 3TQKA 2E68A 4FNUA 2DZTA 3TDFA 3N34A 1QCWA 1YDOA 2OJPA 2V0TA 4ONVA 2BSLA 2QCDB 2OT1A 3IVSA 1YPIA 1U83A 3NQFA 2J6XA 2RFGA 4FHAA 4NJJA 3QSRA 2WKJA 1SQ7A 3S0CA 1GOXA 2CLMA 3A5FA 1H5YA 2DZXA 1KTNA 1M5WA 3QMSA 4UFHA 4WZHA 2NX1A 5EL1A 3PBVA 2BWGA 4RCXA 5G1YA 5HWMA 1Q3NA 3S1VA 4NJHA 2H3DA 1H7NA 2WNQA 1GT8A 4WY0A 5J5RA 2QR6A 1DKWA 1ICQA 3FKKA 3W7OA 4DBDA 3W6YA 4RKAA 4OHQA 1W56A 3NGJA 5I3FA 3QFEA 2VFEA 3IGXA 4UTTA 1K03A 5LZLA 2E6YA 1LORA 1IIHA 4ZQNA 2RH9A 1VHCA 4QNWA 3NQ8A 3W9ZA 1OF6A 4FB7A 5LKYA 2NWRA 1XKYA 3HBLA 1T8XA 5DLCA 1FDJA 1SU5A 3GK0A 1G6CA 1H7RA 3LM7A 2Z0IA 1EWDA 4I7VA 1HG3A 4MZ8A 1ZHAA 3QEZA 1YYAA 3L0NA 3KVMA 3B03A 3W86A 1SR9A 4MIMA 4N9BA 2ISWA 2P0OA 1KFLA 4P2VA 2QCGA 4MPQA 5FEZA 5I3JA 3SW6A 1PHQA 4KWVA 1BTMA 1G4TA 4N2YA 3STEA 4BR1A 4E0CA 5F4SA 3NO5A 4Q4KA 5DBUA 1Z48A 3NL5A 2J9ZA 2PC4A 1OFRA 1EP1A 2GQAA 2AAMA 4MYXA 1LOLA 1THFD 4MVAA 2JKAA 1L6SA 4WQ6A 5BMWA 2A6NA 2DP3A 2X30A 2D73A 3P8IA 1VZWA 2ZRYA 4JTEA 3QQ0A 4HIBA 1YPFA 4BF9A 3W85A 2W6RA 4O1CA 3GR8A 4Z08A 4NU7A 3OG3A 1NVMA 1X6UA 4MFEA 3G1DA 1WX0A 3G3DA 1SUXA 1JQVA 4BWLC 2FFCA 3NPWA 2VXNA 3EX2A 2CLKA 1WQ5A 4DEFA 2YYTA 3W23A 4IMEA 4M19A 4POCA 1OYCA 1XXXA 3NEVA 1G4PA 3M41A 1TPDA 3L5LA 1J5TA 3T40A 3DHDA 5LNWA 1YTKA 1KV5A 3NZ1A 2X16A 2E09A 2ABBA 4OQVA 5CSSA 1OYAA 3TW7A 4DO6A 2EAWA 4TMCA 3PBYA 4FXSA 2GUUA 5D05A 2ATMA 4PEKA 3OHIA 4O15A 2O7QA 3QMRA 1SFLA 2CZ5A 2EGZA 3H53A 1TPC1 2X1UA 3P67A 1H7OA 3BLEA 2J9YA 2DZWA 5KSWA 5AHIA 3ABQA 3PULA 3STCA 4CQ9A 2CWNA 4O14A 1NAL1 2TMDA 2E6FA 2A7RA 4GJ1A 1DL3A 1BWKA 1I4NA 5F1UA 5CPLA 4LTSA 5C55A 1TSIA 4ORMA 5TBOA 4O57A 4O8RA 1ZY9A 1RQBA 3JRKA 3IIPA 1SFJA 3GNNA 1ZENA 4JTSA 4O50A 3W75A 4C1KA 1T0OA 4PL2A 2Q3RA 3DFNA 1XUZA 3LV6A 1QNVA 1BEUA 2PE4A 3L2IA 4A22A 3P5YA 5KMYA 2CLFA 1TPFA 3E0IA 1EP2A 4GUFA 1QOPA 4O53A 3LTPA 4XZ9A 4R53A 4H3DA 3THQA 7TIMA 3MMTA 2C16A 2A85A 1IXOA 1ZAHA 3LRKA 4HT3A 1XDMA 4MLJA 4QITA 3MUXA 5D03A 4I9AA 3SR7A 3W7RA 2JKEA 1OX5A 3P62A 3EXRA 3HG3A 2UV8G 4OWGA 1W37A 4K39A 3W7CA 3KAOA 1OX6A 1JCXA 3HIJA 5K9CA 2H90A 1P0NA 1FCQA 1X7FA 1K8XA 5EMUA 1SSGA 1ICSA 3N2XA 3WJYA 4AWTA 2Z1BA 3HMJG 3EWZA 1YLVA 3FEMA 3S5ZA 3W83A 1ZCOA 5HUPA 4FX8A 2AQWA 3G1XA 3S1WA 3G8RA 4LT9A 5HULA 1LBFA 4FNQA 3FA5A 1KFEA 5FF0A 1ME8A 4KKXA 5IM51 2ISVA 1ICPA 2EPHA 3SSJA 3QMTA 4NVTA 2KZHA 2WJZA 3IGSA 3HGJA 1A5SA 1JUKA 2LLEA 4GWEA 4GXMA 5DCDA 5TQLA 1YDNA 4CCDA 1IIGA 3VE9A 3WK3A 3G3MA 1VQTA 3LERA 1H51A 3N2MA 2ZZ2A 1IXQA 1H63A 3M44A 3W7EA 4QQ3A 1EX5A 4PTNA 1B57A 4E2BA 3RLVA 2C0AA 3CB8A 3DFOA 5BRBA 3G1FA 2C19A 1FDZA 1DBTA 4JYFA 5D2TA 1ADOA 2ZQ0A 3B4UA 4JTIA 3EX3A 3M9YA 5CZTA 1A5CA 2BZNA 3W22A 5H2ZA 3ZWSA 4YCOA 4IOTA 3WJWA 1VLWA 3O16A 4XTDA 3QSTA 3UD6A 4LUIA 5AHMA 5I3HA 4ADTA 4BFAA 1JRCA 2ZA3A 3W76A 1P0KA 1KM5A 1K3UA 3IVTA 3TAKA 2JK2A 1JULA 1VPXA 2HTMA 4HSOA 4NXKA 4QAIA 3M43A 3C4UA 1FWRA 1KLYA 1NSJA 4FNPA 2CLIA 3TR2A 3LCFA 2JBMA 2HSAA 2BX7A 3NM1A 3USBA 2DJLA 1F6KA 2E6DA 1DQWA 2XN1A 3R8RA 3A5VA 3V1PA 1QOQA 2VC6A 1QDSA 1TO3A 1S5WA 4MY1A 2V82A 3O06A 1I2QA 5HWNA 5ABTA 1WXJA 2QCDA 3LTYA 1HO4A 4O10A 2JKPA 3LTSA 3PUEA 5DXXA 1L6YA 4FX6M 1GJPA 5K4ZA 1M7OA 4Y9AA 3L0KA 4UFMA 1WBJA 4LWWA 1VS1A 3AJXA 3TSMA 4L4MA 1FWNA 1S3HA 1VYSX 4A2SA 3W72A 4UFLA 1Q6RA 3W2UA 4MFDA 4ALDA 3DFPA 2ZRUA 3G1AA 4PL1A 3E02A 1E51A 3W1RA 3NQ7A 3M5XA 2NX3A 3C52A 3LB0A 5J5DA 3B0VC 4FX7A 3Q58A 1H7XA 1ZAJA 2ZRWA 3W1LA 2DU2A 4Z1DA 1FCBA 2WNZA 4TX9A 3M5ZA 1G4EA 2VELA 4DO4A 2VFFA 4MZ1A 3G18A 3HGRA 1YXCA 2A2IA 2ZBTA 3FJ6A 3C2FA 4DXVA 2QUUA 4HKPA 3UYCA 4LY8A 4MY9A 4IJBA 5F2GA 1SO5A 4JTHA 2X1TA 1TPWA 1W5OA 5HNRA 2I9EA 3HPSA 3B8DA 3NYZA 3KVKA 2DZSA 3DI1A 2EKCA 3CIWA 4FNSA 3RMJA 1KFCA 2J24A 3C0JA 3T78A 1WAUA 4RXGA 2VEPA 1OK4A 3H54A 1R30A 3DHFA 3NL6A 2W79A 5CPNA 1QFEA 3HG2A 4K37A 1XCFA 1GQNA 4JDBA 3P61A 5D33A 1K02A 1I2RA 2QCHA 3M1ZA 3LCIA 3TJLA 4N6FA 4O11A 5CSRA 4GE8A 2GVGA 3LHWA 3PBWA 4JTUA 3T7VA 3W1XA 4CLMA 2Z2UA 5DBTA 4GRSA 3KRUA 3TC6A 4UMCA 5CPOA 5C5YA 2ZZ7A 4JTKA 1TQXA 3GVGA 3RF9A 1Q45A 1ZFJA 3W2KA 1AK5A 4RJEA 6ALDA 2G5WA 2YW4A 3I7SA 2B7NA 5MHBA 5DCBA 2B7QA 4UMAA 4GC4A 1LZOA 4UNLA 4Q33A 4NX0A 5D32A 2WPBA 2YDAA 4LC8A 3MP4A 1TPVA 2A7NA 1IXPA 1KM6A 2Y7EA 3GXNA 3STGA 3SY5A 3O05A 4NQ1A 3GX9A 4U28A 1LRTA 4Y96A 3N9RA 1P1XA 3EX4A 3RFAA 3N19B 2QCFA 4R7JA 4O0KA 5F4WA 3HGSA 2RKXA 4M6PA 1UUOA 3GDRA 4JXCA 4DF1A 3KRZA 2CLHA 3PBUA 3F03K 4BI7A 1U5JA 1KW1A 1MO0A 2YYUA 4X22A 4O52A 3GAYA 4I7UA 5FF7A 2QJHA 4ORIA 4CQ8A 2H3BA 2XFWA 3C2OA 4E38A 4FNRA 5K2ZA 5C2XA 1XL9A 4S1FA 5U7SA 3TNOA 1ML1A 5FF4A 1EP3A 3W70A 3MHGA 3M0ZA 1ME7A 3LHVA 1AL7A 1TTIA 3BPWA 3EXSA 1TIMA 1WBHA 2NXGA 3LGEA 1A53A 2R91A 3A9IA 3EEGA 3FKRA 1TYGA 2GPTA 1I2OA 2QCEA 3NQAA 4GBUA 2GQ8A 4OU1A 4IGHA 3EKLA 4OGZA 3LV5A 3FIGA 3TA6A 1FWWA 5HWJA 1LRNA 3N9SA 2X2GA 3P80A 5D2XA 1UASA 2Y7GA 4XQ6A 4LS0A 3W73A 2A1YA 2YW3A 3QM3A 5HINA 1FCUA 1LYXA 2NXHA 4KFPA 1QR7A 4CCEA 1GVFA 1RPXA 3T55A 4FIQA 2TPSA 1G67A 4O0ZA 1PE1A 3CEUA 4L4LA 2V9DA 4H4IA 2A6LA 2Q3OA 2FLIA 2V2DA 1TPEA 4BK9A 4A2RA 3NQEA 1F5ZA 3W1PA 2Y63A 4JIQA 3NQDA 1KM0A 2ZRXA 3LLDA 1FWSA 3PF3A 3PWAA 4UCGA 3WJZA 3M6YA 4NT0A 3UXDA 1G69A 5DXYA 3LRMA 1PCKA 1RD5A 4K7YA 1X1OA 1ZJIA 4FIRA 3IV3A 4IUOA 1H1ZA 3DFTA 4R33A 5U4NA 6TIMA 3U6WA 4NJKA 3DFQA 1OG0A 3LRLA 4LVBA 3OEXA 4YCPA 1QO2A 4Q32A 4DF0A 2BXVA 4JR5A 2G96A 4AWSA 1TRDA 1HUVA 3WK1A 3GXTA 3PAJA 3CEPA 1TV8A 4ZQPA 4PFMA 5HR7A 3BV4A 3VCRA 3DXIA 4LUJA 5EYWA 4TO8A 1YTEA 4O17A 4RZ5A 5D37A 1GYLA 2CW6A 4AF0A 3GZ3A 5HR6A 5IBXC 3NZRA 2HS6A 4QNEA 1SO4A 2C13A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FNT A;  3F4W A;  1T99 A;  4V28 A;  3BGA A;  3D6N A;  3RRA A;  2CCR A;  3P0W A;  4HNT A;  1JUB A;  1QI5 A;  3M0J A;  3SEC A;  1T5A A;  3W2L A;  5FJP A;  6A3H A;  3IVU A;  1PB0 A;  5EMJ A;  3DFH A;  3RX2 A;  8CGT A;  1MQR A;  3L4X A;  3A9B A;  1UKO A;  1XX1 A;  1LUC A;  4Y90 A;  3UJS A;  5AHN A;  3STF A;  1J9Y A;  2PD5 A;  4IQD A;  1TWZ A;  4CQC A;  3TH6 A;  1GOO A;  3JVA A;  5FEW A;  1XH2 A;  3ZWT A;  3L4Y A;  3LCL A;  4I6K A;  3TJX A;  3VIP A;  1R7O A;  3GG1 A;  4E4F A;  2PWE A;  1F4H A;  1AH3 A;  1W9P A;  3ERP A;  2BGQ A;  3EB3 A;  4DO7 A;  4PMJ A;  3TIM A;  5CQ1 A;  4Q4R A;  4J3W A;  5FSD C;  5HME A;  3S83 A;  3GAK A;  3S5S A;  4N02 A;  1KFJ A;  1SJC A;  3GC4 A;  5DT7 A;  2C15 A;  4UTH A;  2BV9 A;  1Q7Z A;  4ECL A;  5LSM A;  3TFC A;  4U31 A;  4ZZ9 A;  2E77 A;  1J12 A;  3P93 A;  1A5O C;  2QF7 A;  4PH6 A;  4ACZ B;  1C7T A;  1M3U A;  1V08 A;  3MVT A;  2PDJ A;  1K8Y A;  1PX8 A;  2ACS A;  2VD8 A;  3VDH A;  3VE7 A;  4GUJ A;  2V3D A;  3PSW A;  1FWG C;  5CC5 A;  3I10 A;  3UU0 A;  1V8E A;  2FTP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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