3NQEA

Crystal structure of the mutant l123n of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLNTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqeA00
1EIXA 1QR7A 3B04A 3DZ1A 2QEZA 4AF0B 1A5AA 3SGUA 3B4UA 1S5VA 4RKAA 4MY1A 3QJAA 3CIXA 3I7QA 1FUYA 3P84A 4MUZA 4UTHA 4FXRA 2V9DA 4X2RA 4IXXA 2A4AA 3WJSA 4OQVA 3W7MA 2FPTA 4WXYA 1W3TA 3FIGA 3L0GA 3NQVA 5D04C 1H62A 1F5ZA 2E6FA 5AYXA 2Y61A 4WOZA 3VCRA 1FWNA 1OFDA 2NXIA 1XFBA 4HIBA 3ZS4A 1WBHA 4KWVA 4UTLA 1W37A 3ELFA 4JGDA 6ALDA 3S8HA 3F1QA 2BLEA 3C61A 3S5YA 3QF0A 2VEPA 4ZQMA 3W7RA 4DPPA 3G1FA 1T8XA 1TPDA 4KFPA 1W5PA 5LNSA 4CQAA 5AHEA 1FDJA 3RK8A 5DY2A 1Q6QA 1S5TA 2I14A 1QPRA 1ZNNA 1TSIA 3LRMA 3O06A 1Z44A 3NVTA 3P67A 4M7TA 4O1BA 4BF9A 2A85A 2WO5A 1HG3A 3IGSA 1JCMP 3BV4A 2H6RA 3FYOA 3L67A 2JK2A 3DFPA 2J88A 3M9YA 2YX0A 3W7IA 4O14A 2AAMA 5BMXA 5G1TA 3P82A 4MFDA 1SFLA 3WFAA 4S1FA 5I3FA 3RF9A 4IMFA 2Z6JA 1OABA 2GQ8A 3C52A 4FB7A 1SSDA 1ICQA 1LZOA 2ZYFA 2IQTA 2ZA1A 3BGGA 4Y6GA 5EKYA 4IQLA 1TTQA 3BARA 5F4WA 2E5CA 4PEKA 2CLMA 3L5MA 4O10A 3UZJA 4LRTA 3NQ2A 3EX2A 3W73A 3PM6A 1F6PA 4TMCA 4OU1A 1DBTA 4IOTA 4GRSA 4N02A 5FESA 1GJPA 3EWBX 4H3DA 3SIZA 3P80A 3RFAA 5FEPA 2A2IA 1D9EA 2DZXA 3DENA 4R33A 2YFNA 1OFQA 3EXTA 2PC4A 3PS7A 3O1NA 1RQBA 4A2RA 3M6YA 5KTLA 2Z6IA 4JICA 1KBIA 3GXPA 2QAPA 2RDTA 3PAJA 3W74A 1H7WA 4YL2A 1GVSA 3LBMA 3THAA 3HG5A 3R13A 2UV8G 5FEZA 1O5XA 3M5ZA 2QDHA 3NOEA 5T26A 3DFSA 4DXVA 3R5EA 3GAKA 2QCLA 4PA8A 1U83A 3L0NA 2DZSA 3GDLA 2BXVA 3VFLA 3Q94A 4WXZA 1SFJA 3PSVA 3DI1A 1SU5A 3DFTA 1Z41A 4MY8A 4P61A 4AAJA 5BRBA 4K7VA 3R2GA 1UASA 1F74A 3BW2A 4RJEA 3D0CA 4UUIA 2YSWA 3LTSA 3DKLA 3BPWA 1ZCOA 2TPSA 3M44A 4DPQA 1OG0A 2C16A 2FFCA 4FNTA 2A7PA 1C8VA 5HINA 1QO2A 2BTMA 1XL9A 2YPIA 2I9EA 5AHFA 1P4CA 1XDMA 1ZAHA 1XBYA 4JTFA 1LP6A 4RX0A 1J5TA 2ISWA 5KZDA 1XUZA 5GVJA 4AWTA 1VLWA 4GUGA 4WJEA 1UUOA 1P5BA 1W3IA 3H54A 4X3ZA 5AOUA 2DZTA 2YYTA 3BW4A 1H63A 4BI5A 4CNNA 3RMJA 2A6NA 1H7OA 2ZRVA 1W1ZA 2XFWA 4LVDA 1VPXA 4IMGA 1XBXA 1OX4A 7TIMA 4S2CA 4O53A 3TROA 4O19A 2YR1A 2JKAA 3N34A 3N3MA 1R2RA 3QC3A 3TIMA 4CQ8A 3KRZA 2CU0A 5CZ0A 1RQEA 4X9SA 1YXCA 2Y89A 3UNDA 1R30A 3QZEA 1QOPA 3NEVA 4R53A 1Z42A 3PBYA 4K8HA 2NV2A 1YPFA 2JKPA 3W7EA 1U5JA 4PL2A 1QPQA 4I7UA 3O6YX 1ML1A 2W0UA 3M47A 4FX7A 4WD0A 2YXGA 3W7LA 4NX5A 3V1PA 3R12A 1CW2A 3HGRA 4LC8A 2I1OA 1KTBA 3C6CA 4UMAA 1TRIA 3W88A 4RZ5A 2OMAA 1OHLA 3GDRA 3VKJA 2Y6ZA 1TJRA 5FF0A 3NNTA 1SR9A 1LRTA 3WK0A 3DI0A 3GR8A 4M6VA 4ADTA 3F03K 3EKZA 1Z48A 2G95A 5D09A 3DFOA 2CZ5A 3VNDA 1BWLA 2QCCA 4YCPA 3TKFA 3L65A 2OT0A 5U4NA 2HS8A 3HG2A 3FEMA 3HO8A 4XWUA 5FEWA 3HMJG 4YLWA 1EEPA 4QNWA 1A5SA 1SUXA 1OX4B 3IRDA 2WV8A 1JRCA 1X6UA 4O57A 3P74A 3H55A 5AHMA 1VQTA 4I7WA 3USBA 4LNYA 4LWWA 1H61A 1LLWA 4L4MA 3GDTA 1PHWA 3IEBA 5K9DA 3G8RA 1T99A 1GPWA 1OK4A 1DV7A 1TV7A 4IUOA 2AQWA 4R7JA 3LHYA 3PG8A 2ZRXA 2PCQA 1K7EA 1MZHA 4U4MA 1CX9A 5LSMA 4MLRA 5L6UA 4UNLA 3W2UA 1I2QA 3T40A 3LCIA 3C2FA 5DELA 3KVLA 3GVGA 3TMLA 4QQ3A 3S6DA 3L68A 2CFFA 2HSAA 5DXYA 3UZ5A 1AW1A 2GQ9A 2RKXA 4AXKA 1ZHAA 3M1ZA 3NL2A 1WYIA 4OV9A 3OG3A 1ME8A 1EB3A 1Q45A 1R2TA 5D03A 4IGHA 4HNUA 1AMKA 4JTKA 3W85A 3TK7A 2VFIA 4ZQOA 4JDYA 3QSRA 2WNNA 4N4PA 2C14A 1KBJA 1TPFA 3A23A 4PODA 1QAPA 2ATSA 3W83A 2DZWA 3U8GA 3NO5A 3GB6A 4DF2A 1JUKA 3LLFA 3N73A 1VCGA 1N7KA 3NQ7A 4O8RA 4OV4A 4K39A 1IF2A 3KHJA 1LOLA 2DORA 1V7YA 2LLEA 3Q2DA 4K37A 3CWNA 1QOQA 1HL2A 3THQA 2V5BA 3P8JA 3S5OA 4DBDA 1K8XA 5HJLA 3MMTA 5LNWA 5G4EA 3B8DA 2QCMA 3MP5A 3EWXA 3OHIA 3HB9A 4QSHA 1VZWA 3QW3A 3G1VA 3UD6A 2NUXA 5FEXA 4RXFA 4Z0JA 1H50A 2E5BA 1FWTA 2ZZ1A 3UPBA 1FWSA 5AHNA 3M0ZA 8TIMA 3A24A 5KITA 3OBKA 5FF2A 2QCHA 1IXNA 4Y8FA 1LRNA 3OIXA 3JRKA 4K36A 1H5YA 1BEUA 5SWUA 5I3KA 1H7RA 3DU0A 4UTIA 3RU6A 4JIPA 4FNRA 3LI1A 4K6AA 3WK1A 2CLHA 1SZFA 3T78A 3MJYA 3TDFA 2VKZG 4LS2A 1L9WA 1A5CA 1JUEA 1EUAA 5TQLA 2JBMA 3LXCA 1DVJA 2RFGA 2Y88A 3IIXA 1DJQA 3LV6A 2YZRA 2BX7A 1KM3A 4TU1A 3MP3A 4JTJA 2CLEA 4ADSA 3DHFA 1EX5A 1PL9A 3HG3A 4ICNA 3QMSA 4JYDA 4MZ1A 1PE1A 4C1KA 3DAQA 1OF8A 1EP3A 2Y85A 3IVSA 2AGKA 4BI7A 2W79A 1JULA 4K38A 2V2HA 1YTKA 2NXHA 1DQXA 3LCLA 3MYOA 5LNUA 1XCFA 1MSSA 3L66A 4O54A 4Q33A 5LGZA 1W3NA 3P5YA 1TYGA 1J2WA 4QNEA 2G96A 2QUVA 4H4IA 3PULA 1EP2A 3FKKA 1C29A 3NGJA 4O4VA 2GJNA 1YPIA 1I2PA 4O12A 5A5WA 2V2CA 3FA5A 4NJGA 4DBEA 3CQ0A 1F2JA 1O94A 1I2RA 4FNPA 3LX9A 1YXDA 2C1HA 5HUPA 4O11A 1MO0A 4UFHA 2ZFAA 3NPUA 3GNNA 3LGEA 2QCDA 5BMWA 1V5XA 1ZAJA 2ZTJA 3LM7A 2ZZ6A 1OFRA 1RVGA 1EWDA 3RLUA 3LOTA 3HOJA 3W2MA 3KFTA 3TE9A 3O16A 4MZ8A 2NLIA 4JTGA 3F4NA 3SW6A 5J5RA 4JYFA 4AEOA 2YDAA 4I9AA 4UFIA 4MPQA 3G18A 5L9FA 2RH9A 4M6QA 3PC0A 4UTUA 2CLLA 1BWKA 2WNZA 4XUGA 3G1XA 4U28A 2X1RA 5F2GA 4NZFA 3PVFA 1P1XA 1NVMA 4CNPA 5HNRA 3DGRA 1AW5A 3A22A 3TH6A 2P0OA 1XKYA 4IX0A 4AMAA 4KFNA 4DQWA 1JQVA 4GUFA 5E93A 4CLMA 3C56A 3GDMA 3NQDA 3BLEA 3SECA 4N2YA 4WY0F 5AN7A 3W72A 4MYXA 1JRBA 2J9XA 4IX2A 4Q32A 4DELA 3BVJA 3S1WA 2NUYA 1VC4A 3GKFA 4JX4A 3W1RA 4OWGA 1M7PA 2PRHA 2B7QA 2QCDB 3P7YA 2FJKA 1YYAA 3ZR4A 4JTEA 3NA8A 3G0UA 4K7YA 3S5NA 2ZRUA 3W71A 3LBCA 3W2KA 2QCNA 4E2BA 1ADOA 3LXAA 5EBUA 2CZFA 2A0NA 1GTEA 1SW0A 2OCZA 1IGSA 3MW7A 2VFGA 1WQ5A 3EWWA 1QDSA 4AVFA 2R14A 4UTJA 3CB8A 3ABRA 4GE8A 5DXXA 1KM6A 5CZSA 1VYPX 2C3ZA 1RQHA 4XKYA 4O50A 1PV8A 4LV9A 1O5KA 4AHQA 2WPBA 3LHWA 3TFCA 1LORA 4O15A 1H7XA 3CTLA 4DEFA 1LYXA 3HPSA 2YCEA 4LC6A 2G97A 2H3DA 5D02A 1K3UA 2NX3A 3NL6A 4DO4A 1GVQA 1IIHA 3E49A 1GQNA 2QCGA 3TAOA 3NZRA 2X2GA 1XBVA 3PBUA 4IMEA 1OFEA 1THFD 5AFDA 3EX3A 2VELA 4O17A 5CKSA 3DBPA 3WK3A 5AC6A 4BI6A 4ALDA 3CPRA 3M5XA 4ORMA 3DFQA 2NX1A 4UFLA 1KFCA 2QJGA 1JJKA 1VCVA 1W5NA 4HSOA 2EKCA 2QDGA 1M7OA 4QM1A 3LCFA 1KTCA 3G1DA 1TJPA 1TQJA 5CPMA 1AK5A 4NJIA 2GUUA 2H3BA 1KFKA 2NWSA 4C1LA 3O6CA 1TTJA 1F05A 2GOUA 4FNSA 2QUTA 3MHGA 3O6DA 3LB0A 3B06A 1A53A 2R91A 3NPXA 1QNVA 5LKYA 3L21A 1FCUA 1JUBA 5F4XA 2QAFA 5C55A 3ZWTA 1JCXA 1ZFJA 2TYSA 3W23A 4RV8A 2J9ZA 4XKYB 2DJXA 2FTPA 4M19A 1KLZA 2GVGA 1ZY9A 3W86A 3C3NA 5A8GA 4G1KA 1HFBA 4EF8A 3T44A 4NXSA 3E9AA 4MKNA 3G22A 4Y90A 1FDYA 2VEIA 1PVNA 5LZLA 2O7SA 4QJ1A 3STGA 5EA9A 3GZ3A 3QPYA 3TW7A 3N19B 2VXNA 1F7BA 3QH2A 4UMBA 3S9YA 3I68A 3AO0A 4XQ6A 5F1VA 3SZ8A 1W8SA 4NU7A 2ZA2A 2X1UA 4WX2A 4FF7A 1P0NA 1HO1A 4HKPA 5D2XA 5K9CA 5H2ZA 4A29A 5HR6A 2DU2A 4IXHA 3GX9A 5AHIA 3UWUA 2YW3A 3TQ0A 4NX0A 4Z1CA 2WSQA 2NV1A 2HS6A 3EX1A 3MBFA 1T0OA 1H1YA 3N9SA 3W2LA 4RZ4A 1ZAIA 2QJIA 3OVQA 4A21A 2Q3OA 4P2VA 2GVJA 4LS0A 4FX8A 3W7JA 1GG0A 4LUIA 3G0XA 3NQCA 3S42A 1AL7A 3WJZA 4NT0A 1DOSA 1L2UA 2WQPA 4IPJA 3SFKA 4Q4KA 1MEHA 1BTMA 4XZ9A 4NJKA 1YDOA 2EF9A 3CM4A 4UCGA 3G0SA 2VFEA 3HF3A 2W6RA 1EUNA 1X1OA 5DLCA 4DF1A 1MXSA 4EOUA 4N9BA 4NJHA 1LROA 2GVLA 3NL5A 4GXMA 1GYNA 3WJWA 2E6DA 5FF7A 4QISA 2CLFA 3SGZA 2ZZ4A 1KM4A 3TX9A 4JTTA 2V0TA 3UWVA 2NZLA 2F7FA 1ZJIA 4JTLA 2J27A 4JR5A 3O15A 4N6EA 5BNKA 2ATMA 3L0KA 5FI8A 5CG7A 3QSTA 1IIGA 1UCWA 3UWYA 3L2IA 2EGZA 1O95A 5G2HA 2DZPA 1X1ZA 2CZEA 1KV8A 3OVRA 3OVPA 4GNJA 1QPOA 4FO4A 2J9YA 4AH7A 4RLIA 1TV5A 5D2WA 3E02A 4J9JA 3C8FA 4Z1AA 3W1TA 3W1UA 5TIMA 1FXPA 4Z08A 3HGSA 2QF7A 1GYLA 3QQ1A 5DCEA 1VCFA 3MBDA 1OF6A 1N8FA 1HUVA 3VE9A 4FNQA 3G24A 4JYEA 2J24A 3FJ6A 1VLIA 2X30A 4YXGA 5HULA 2X16A 3NG3A 4IMCA 3F4WA 4KFOA 2H8XA 4JY8A 4O0ZA 5HUOA 4JTUA 4HHPA 4AHPA 2GJLA 4OT7A 1RPXA 1F73A 2FQIA 2V81A 1W54A 2FIQA 2V5LA 1NEYA 4M7SA 3HQ1A 4JTHA 3R8RA 1QWGA 3W07A 3GR7A 5HR7A 2XN1A 3LHZA 1NFBA 1VS1A 1ICSA 3PB0A 4RR4A 4A2SA 3PWAA 1XC4A 3L9CA 4NJJA 1K03A 3NM1A 5HWMA 4E38A 4JY9A 3W7HA 1YADA 3S1UA 2E68A 3SI9A 1EP1A 3KXQA 2B4GA 4IJBA 2Q8LA 4JXCA 1TCDA 3W84A 1WV2A 3TSDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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