3NQGA

Crystal structure of the mutant v155d of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYDGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqgA00
3TCEA 1MEWA 2DZWA 3PBVA 2DJLA 1TREA 2V0TA 4PFMA 1HO1A 3P5YA 4S2CA 3CU2A 3O6DA 1G4PA 5F4SA 5G2IA 1IIGA 4K38A 4JEQA 4QNEA 4O15A 1IIHA 3DI0A 1OFAA 4O0ZA 1TTIA 1JCXA 2YSWA 2DZUA 4R53A 1KV5A 3SZ8A 1ZCOA 3B4UA 2ISWA 5D04C 1D3GA 3KRZA 4CQAA 1TPVA 3EX2A 4FO4A 1OX5A 1SO3A 1W5QA 3NZ1A 1KTCA 1TV7A 1OFEA 4A2RA 4MVAA 3KVKA 5CPNA 5L9FA 3O05A 4O8RA 2QUUA 3I7QA 3GDLA 1XFBA 4RXGA 3UYCA 4E2BA 5AHLA 3UWVA 3EKLA 5IBXC 3VCRA 4FNTA 4H3DA 1L9WA 1SFJA 4TR9A 2Y88A 1SO4A 4ICNA 1LM1A 1GVOA 1UUMA 4MZ8A 3DGRA 3THQA 3W1TA 3L66A 3C56A 5E0KA 1XI3A 3PBYA 1K7FA 3W7OA 3DAQA 4CCEA 3O07A 3WJWA 4GUHA 3S5ZA 1R2RA 2ZZ1A 3LCXA 2O7QA 3M0ZA 2I1OA 3P62A 5D2XA 1TPFA 3I6RA 2J6XA 3MHGA 1HUVA 4AEOA 5H91A 1KFJA 3W1AA 3M16A 4Z0SA 3I65A 2B7PA 5G5IA 3IGXA 4UC5A 2V81A 3DFSA 3W74A 1AW2A 2I9EA 3MO7A 5D02A 1MEHA 4OBTA 4KKXA 1ICSA 4NJGA 4ORIA 3KAOA 2VFEA 3T40A 4KWWA 5DELA 3ZS4A 3NM1A 3FS2A 3W6YA 4JTTA 3EX6A 4MPQA 4Q32A 1JCLA 1VPXA 2ALDA 3G1VA 1LBLA 3W84A 1VCVA 2HMCA 4OU1A 1O5XA 1QMLA 4LOCA 3M5YA 1FDZA 1V5XA 2X1SA 1EA0A 1BWLA 2YW4A 4KWVA 3ZR4A 4CNNA 4O1BA 2OX1A 4ZVJA 3VNDA 3OEXA 2E77A 2Y7EA 3QW3A 4WY0A 4JY8A 3TJLA 4UUIA 2H3DA 1Q6LA 4NZJA 4LTSA 3G1XA 3G1AA 2B0MA 5CZSA 1QO2A 3SSJA 3BLFA 3P80A 4LVDA 4BR1A 4UTKA 3G18A 4AF0B 1FX6A 1WOAA 2V30A 4MFDA 3S5OA 3MYOA 2CU0A 1DBTA 4HKPA 1GTHA 1FWWA 1E51A 4LNYA 2NX3A 4RR4A 1RQBA 3W7NA 5DXYA 3KHJA 1ZAIA 2V9DA 3Q2DA 4LS1A 3P84A 1TQXA 4O13A 3TU9A 4HSOA 4RXFA 3LBMA 5AHMA 3M5ZA 5AHNA 1YDNA 5L6UA 2NUYA 4UTHA 4FIRA 4IMCA 2DORA 2JBMA 1LP6A 3DBPA 5D2VA 4GXMA 1XDLA 3UZ5A 4JX6A 1OF8A 1SW7A 2ZRXA 3LHYA 1A5SA 4AWSA 3LB0A 4ZQMA 4DBDA 1JJKA 2C3ZA 3IGSA 2Y7GA 4WOQA 3UPWA 1H62A 1ME9A 4O53A 4KFOA 2WNZA 3W83A 1H1YA 4QQ3A 2Q3RA 5G2HA 1L2UA 4QNWA 5K7JA 2WSYA 3B0PA 1H7NA 1MO0A 1JRCA 1VS1A 4R33A 1YXDA 2CZFA 2B7OA 1O60A 4O28A 4RV8A 1OK4A 3LI1A 1H51A 3BPWA 3L0GA 3NQCA 4O54A 1PVNA 1GG0A 3LOTA 1JULA 4OT7A 3I7SA 2DZTA 3TJXA 1VYPX 1IF2A 4UR7A 3IIVA 5CZTA 2H8ZA 3FYPA 1H50A 1NFBA 4J9JA 5DY3A 1H7XA 4YXGA 4FNPA 3WK1A 3R2GA 5AYZA 4NNCA 5AHEA 3ABSA 3AJXA 5F4XA 2PE4A 1TO3A 3DI1A 4HPXA 2NXGA 2EAWA 1I45A 1ZENA 4XWUA 4YCPA 3L0KA 2BX7A 3LLDA 5F4WA 5BMXA 1JQVA 4LVBA 3QF0A 3M5XA 1UJPA 5G2WA 4M6QA 3W75A 2R14A 1SQ7A 3UNDA 3QYQA 4FF7A 3R89A 3N34A 2ZZ3A 2WNQA 2E6FA 3BO9A 1LZOA 4IPIA 4K8EA 3GXPA 1J2WA 2A85A 2ZZ7A 4JIQA 3B05A 1X1ZA 2X30A 3UWQA 3W7RA 5EA9A 2ABBA 4QM1A 5D2WA 3C2EA 4JS3A 3DENA 1P0NA 2A7NA 3GDMA 5FESA 3TSMA 2FIQA 2JGYA 3MI6A 1KLYA 4HHPA 5FEPA 4C1LA 3S5YA 5DBTA 5F1UA 4UCGA 3W2KA 4HN4A 3G22A 1M7OA 1W3IA 3UXDA 1D3HA 4WZHA 1G4EA 3LCWA 2YZRA 2CLIA 1QPQA 3E49A 1XL9A 2CLLA 5D05A 1ZY9A 2HTMA 1G4TA 2NXIA 3NQ2A 4EVZA 4LVGA 3LCIA 4JDYA 3GKFA 2YYTA 3BW4A 1BTMA 4R34A 4UNKA 5FF2A 5KSWA 1FCVA 4A3UA 1H7PA 2Y62A 4XTIA 4GC4A 5C2XA 4N9DA 4WXZA 4UFLA 5C6MA 4O50A 1H60A 3NQGA 3L5MA 1EUNA 3IRDA 4JN6A 3FEMA 4OQVA 3W7IA 1YPFA 1FCQA 3GK0A 1GYNA 4RZ4A 3HMJG 2HSAA 3TMQA 3MJYA 4NJHA 1L6WA 2YX0A 1OYBA 5CG7A 4OV4A 1HL2A 2OCZA 5CZJA 5EYWA 1EPXA 4JXCA 2X16A 2A6NA 5HJLA 3P82A 3OHIA 2A2IA 4FB7A 3IVUA 1QCWA 2FTPA 3C2VA 3TR2A 4GWEA 1R2TA 1TPEA 2DZXA 3A23A 1A5AA 2E1DA 1KM6A 3FJ6A 1RV8A 3LI0A 1L6SA 3W1PA 1RZMA 2NX1A 1TTJA 3OA3A 4N6EA 5HR7A 5IM51 5CKSA 3QEZA 1AW5A 3L21A 3W07A 1FWNA 3QFEA 4TIMA 3TMLA 3TUUA 1SU5A 3LERA 1S5WA 5BMWA 2QCDB 3B04A 4FEZA 1XDMA 2ZTKA 4NX5A 5I3GA 3IVSA 3W1LA 1VLWA 1Z41A 2RHGA 3KX6A 1LYXA 4DO5A 1NF7A 3RF9A 3TXVA 3T78A 2AGKA 3MP3A 4FX8A 1Z42A 2ABAA 1VHCA 2E6AA 5U7SA 2GPTA 1I8JA 3CWOX 3R8RA 3W73A 1KM0A 3SGZA 1TCDA 4HNVA 2VFIA 4WY0F 3WK0A 3UY7A 4UMBA 3O6CA 1I2NA 2YFNA 3S1UA 1WV2A 2A6LA 4LRTA 5FF3A 3MWAA 1MZHA 2XN2A 4WX2A 1HFBA 3G8EA 3K30A 4K8HA 4XUGA 3TE9A 5D2TA 5D09A 1LRTA 2Q3OA 2F84A 3DHDA 1KFEA 1AMKA 3BVJA 4RX0A 3G1YA 2ZRVA 1XBZA 4JYDA 5EBUA 3THAA 3S1XA 4MUZA 1B9BA 3MP4A 5AC6A 3UY8A 1I4NA 3C3NA 2ZA1A 1CW2A 2CLOA 1VC4A 1XBXA 3RFAA 3PSVA 4JICA 4ML9A 2J9XA 2G95A 4PC8A 1NAL1 1VCGA 3B03A 4TU1A 1EWEA 1WBJA 1A50A 3WJXA 8TIMA 1X7FA 3FIGA 3RLUA 2OT1A 6ALDA 4DO4A 3TAKA 3NQVA 2BXVA 4UMCA 3CIXA 3LTPA 1DOSA 5CSSA 3KVLA 2ZZ5A 1FCUA 2G96A 4TMCA 3IIPA 2FPVA 1G7VA 2V82A 2DP3A 1A5CA 4JGDA 4CLMA 2JK2A 1WXJA 1SSDA 3HGSA 3ELFA 4NQ1A 5I3KA 2Z2UA 3W7JA 3BGGA 3EKZA 1O5KA 2V8ZA 3CB8A 2UV8G 3W2NA 3EX1A 3G1SA 3CLMA 3W7LA 1K02A 3UPBA 4YCOA 4NVTA 4OWGA 1KM5A 3QPZA 3TA6A 4DF2A 3RK8A 3HB9A 3M47A 4LT9A 2J24A 1G6CA 1Q3NA 1GYLA 1FXPA 3W23A 1LOQA 1OG0A 3INPA 5K9XA 4ZQPA 1TMHA 1OYCA 1VCFA 1W37A 4S2BA 2E5CA 5F1VA 2WPBA 1OF6A 1K8YA 1KV8A 4Z1DA 3E0IA 3LXAA 2QJGA 4UTUA 1M7PA 3MI2A 1TPDA 2Y63A 1U5JA 2TPSA 4FX7A 3CQ0A 1Q45A 2QUVA 2J88A 3HBLA 1DV7A 1ZAJA 3CEPA 1D9EA 4IOTA 3HF3A 4AHQA 3P5ZA 3LV5A 1JUKA 3QH2A 1PIIA 3FOKA 2BLEA 1G69A 3M43A 2VKZG 3A5FA 3WK2A 2CW6A 4UFJA 2KZHA 2B7QA 1K8ZA 5BW6A 2GQAA 1G7UA 3GX9A 4H6KA 5FEZA 3CT7A 1H7RA 3G0XA 3P8JA 1YXCA 1F73A 4MY9A 4JR5A 3EX3A 5MHBA 3S5NA 1VRDA 3G0SA 3PS7A 3GVGA 4CNOA 4TO8A 5E93A 1JCMP 4ZQNA 5J5DA 2D73A 2B4GA 3MBDA 2QJHA 5HWNA 4MYXA 4MFEA 4GUGA 5KTLA 4XKYA 5DCDA 1FUYA 1RD5A 1NF0A 5D37A 2QCHA 4LWWA 3NAVA 1YDVA 3NQAA 3SW6A 5KINA 4QIUA 3M9YA 1IXOA 1UB3A 3SFKA 4BI6A 3C0JA 3L0NA 2C13A 3B8DA 4JD4A 4UIOA 3TV8A 3P8IA 3HG4A 2R91A 1LBMA 3IV3A 1QFEA 2GVLA 3QW4B 4HSNA 1BKSA 4O1CA 1WAUA 3TW6A 3L2IA 3EWBX 1I2OA 1FWRA 1PL9A 2R94A 3C2RA 4PODA 3O15A 4MJMA 1U83A 1KM1A 5HWMA 2NWRA 5BRBA 2CLEA 2ZRWA 3LX9A 1H1ZA 3LV6A 4M19A 1XC4A 2Z6IA 3LRLA 3NNTA 4U28A 3R12A 2DJXA 2E6YA 4OE7A 5LNWA 3LLFA 3E96A 1DJNA 3ANYA 5TQLA 3C2FA 1L6YA 1ICPA 3TSBA 3NVTA 2OZ0A 1F5ZA 5EPDA 2FPTA 4ONVA 1YTDA 1JQXA 2ATSA 4EF9A 1F74A 3S1WA 4YL2A 2CLHA 2CLKA 3NQ6A 4GJ1A 2E5DA 3GR7A 1KTBA 2QAPA 3PUDA 3WJSA 1O94A 1R2SA 3N73A 3MMTA 3BK0A 3BV4A 2RDUA 4DO6A 5LNVA 1IXPA 1XCFA 4Y9AA 4GUIA 3LHWA 1HO4A 1UUOA 3GB6A 2FB3A 3UWUA 2AQWA 1GPWA 1JCJA 1SZEA 4WY0B 1K7EA 3NO5A 3MI3A 3BG9A 3B06A 2G97A 1SZNA 5DLCA 4CQ8A 1UCWA 2E6DA 3QJAA 3ZFHA 3STEA 3KVJA 2YXGA 4IMDA 3S42A 4JTGA 3CHVA 2JKEA 3PC0A 3STGA 3W1QA 3EWXA 5D38A 5FF0A 3PUEA 2JGQA 3P81A 3A24A 4NZFA 4AWUA 3CEUA 1YADA 2EGZA 2H3BA 5AHFA 4N9CA 3NDOA 1RR2A 2QJIA 5FI8A 4ZL1A 1CI1A 3RLVA 1DQXA 5LGXA 5D32A 2C18A 2O7SA 3HGJA 1TJPA 4AB4A 4GNJA 2WKJA 3NPWA 3PM6A 5GVJA 4GRSA 3JR2A 1TV8A 1V7YA 1YTEA 1T8XA 2GQ8A 4JY9A 2OMAA 3CC1A 3LGEA 2J9YA 4UTLA 5LZLA 3LRKA 3HO8A 3M7WA 2WV8A 4O11A 2Z0IA 4TX9A 3O16A 3T44A 2Z1BA 2E5BA 4E2DA 1VQTA 1XUUA 2YPIA 1KM2A 5HINA 3PF3A 1K3UA 1W3TA 1QAPA 4Y90A 2GOUA 2NV2A 3C4UA 4WD0A 3YPIA 2NUXA 2V2HA 4UFHA 3GZ3A 3M41A 1LTDA 1EEPA 1XM3A 3EWWA 3H55A 5D30A 2DZVA 5AN7A 4GBUA 4Z08A 2A7PA 4IJBA 2CZ5A 2PRMA 3WFAA 1LCOA 1JUBA 3EB2A 1O4UA 4Y96A 2ZCGA 2RDWA 4O0KA 3VKJA 3LTSA 4FNQA 3USBA 1EP2A 4LS2A 3NA8A 1C9DA 3NQ8A 4XTDA 2P1FA 4DQWA 1DL3A 1UBSA 3QQ1A 1F7BA 3PWAA 2C14A 1G4SA 4JTKA 3N2XA 3KRSA 4NJKA 4HNUA 1R46A 4DBEA 4RZ6A 2QCEA 2WOQA 3W76A 4AVFA 4OHQA 3DFOA 3HGRA 2ZZ2A 6TIMA 2WSRA 5EKYA 5FEXA 1KBJA 2ZA2A 3W7PA 3WJYA 1ME8A 1H63A 3L67A 2ZQ0A 2DZSA 1KFLA 3RMJA 3UZJA 4CNPA 3UXAA 1W5MA 3PBWA 1XBYA 5LNUA 1Q6QA 4LUIA 2VEIA 1TYGA 1VR6A 1OFPA 5TBOA 2H90A 1KBIA 3TSDA 3QMRA 1ICQA 3W7KA 3GDRA 1PHWA 4JTEA 4LRSA 3GR8A 1TQJA 4DPPA 3P67A 1PV8A 4IMFA 4CQ9A 4L4MA 1M5WA 1SPQA 2X1RA 5KZDA 1H7WA 4UXDA 2ZRZA 1EB3A 2DU2A 3NGJA 2ZDRA 3TAOA 2ZZ4A 5F2LA 5E1QA 1AW1A 4EWND 3BLEA 1SO6A 3BLIA 3OVPA 4LS0A 4BWLA 1MEIA 4N4QA 1H5YA 2NUWA 3SI9A 3DXIA 3NXFA 3SECA 2CFFA 1I2PA 3W1XA 2A7RA 1FDYA 4YMZA 1OK6A 3TQVA 3QSTA 4UTJA 3ATYA 1J4EA 4AH7A 2E68A 3NL5A 4RLIA 5J5RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1AH4 A;  3TCE A;  2OZ3 A;  3PBV A;  3CZJ A;  2DJL A;  4KRT A;  1S1P A;  2OG9 A;  4GNK B;  4ZB2 A;  1G4P A;  2XIB A;  4AMC A;  4O15 A;  1IIH A;  1XLA A;  3SRD A;  1B9Z A;  3BMV A;  3TZN A;  1D3G A;  3KRZ A;  4CQA A;  1TPV A;  2VZS A;  4H9X A;  3CHF A;  1TV7 A;  4CD6 A;  3SY1 A;  1XFB A;  3CAW A;  3RHG A;  4E2B A;  3UWV A;  2VX5 A;  3TYE A;  3EKL A;  2ZXQ A;  2V3E A;  4C6E A;  1L9W A;  4MDO A;  3BAJ A;  1BG4 A;  4TR9 A;  1BVW A;  2MAN A;  4AY8 A;  2Y88 A;  1SO4 A;  1VPY A;  4MZ8 A;  1GZ1 A;  2UY4 A;  3THQ A;  3W1T A;  1SFS A;  5EGR A;  4CCE A;  1CLX A;  3AIQ A;  4GUH A;  3S5Z A;  2ZZ1 A;  4CVW A;  2P76 A;  3ARU A;  1WXY A;  5D2X A;  3BZJ A;  2J6X A;  3MHG A;  2NT0 A;  2DGA A;  5H91 A;  4DWS B;  3I65 A;  1S46 A;  4IP5 A;  3P2V A;  4C60 A;  1K8C A;  3DFS A;  4GGH A;  4C6B A;  2I9E A;  3H7R A;  5D02 A;  3MTW A;  3FAW A;  4B3Z A;  1KCK A;  4KKX A;  1E9L A;  3AHT A;  4AU0 A;  3HJE A;  2DQW A;  4H8N A;  1VPX A;  3WEM A;  1RBL A;  2ALD A;  4WK9 A;  3IUD A;  1UKP A;  3KL0 A;  4JBR A;  2DVU A;  3R94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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