3O3HA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and manganese ions
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 80
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3hA00
3AVNA 3BGRA 3D0PA 2XRIA 1ZBHA 1VSDA 2A1SA 4FYDA 4NYFA 4CJKA 3VQ4A 2DY4A 3HXMA 3THVA 4CF9A 1NK4A 3SQ4A 4CK1A 3C6UA 3AVJA 4DFKA 4PWDA 2KZMA 1NKEA 3WNGA 1BL3A 1QS4A 3AVFA 2HVHA 1A5WA 3EY1A 4BE2A 4FJXA 1RTDA 1BIUA 4I7FA 4CE9A 4RG8A 3TR8A 4N5SA 4KB0A 2HHTA 3K58A 4ZTFA 4GW6A 1QHTA 4M42A 5D3GA 4DTUA 1IKWA 4I9LA 4DTNA 3KLGA 3RR7A 1T05A 3TAPA 3KJVA 3T3FA 1KSPA 4ELUA 4ID5A 2D0CA 4E3SA 1JXEA 4CK3A 3V81A 3PX4A 2Y1JA 1A5VA 3MEGA 1RDDA 4AHUA 3MXIA 4CFAA 2BDPA 2KQ2A 1EETA 2VG5A 1WSIA 1RT4A 1JL1A 3QEIA 4J2AA 2BE2A 3OYIA 3TAQA 1ASWA 3OYBA 3LZIA 1ZYQA 1KVAA 1SV5A 1LW2A 4YNQA 3V9XA 3M8RA 4CGHA 4FM1A 1S6PA 1O1WA 1JLQA 3OYFA 3VA0A 4CEFA 4DSEA 3DLGA 5KI6A 4E19A 3SV3A 4Z4CA 3PO4A 3DM2A 3NF7A 1JLFA 3HSTB 3EYZA 4FJHA 3WNHA 4HCBA 4NCBA 4EZ9A 1JLCA 4FJJA 1F21A 2FC0A 3VQCA 1VSHA 4JLHA 3NF9A 4Z0UA 3ZSVA 3S3NA 2PZSA 1SKWA 4CHNA 4F2RA 3V9UA 1BHLA 3C6TA 2YNFA 2P1JA 1RT5A 1RTHA 3KLHA 4OGCA 3K5MA 4B9NA 1RILA 4CGFA 1T03A 3DRRA 2IAJA 4DFJA 3VQBA 4L8RB 1HJRA 1NJZA 3HYFA 4JRQA 4CJUA 2OZSA 1JKHA 2HHQA 2G8KA 1TL1A 2ZQBA 1TGOA 1S1XA 4CF1A 4ZHRA 1TKZA 5J2NA 4CEDA 4ZTJA 4DMNA 2YNHA 4FXDA 3OYEA 3EZ5A 4GMJB 1ITGA 3WNEA 3AVAA 1RBUA 1KRPA 3V9SA 1I39A 3VQPA 4DTOA 3RMDA 4O44A 1KTQA 2JGUA 4ELVA 4KHYA 1YTUA 4CHQA 3L2QA 1CLQA 1JLAA 1Q9YA 3VQDA 2OPPA 5C25A 3K57A 1T8EA 1SL1A 3JSMA 3RRGA 3AVKA 1BQNA 1X1PA 4F2SA 4KHQA 4E7LA 1W9HA 4IBNA 3PV8A 1Q8IA 3LWMA 4XIUA 2E6LA 1VK0A 3L2WA 4FLVA 4M3XA 1TL3A 1RBSA 3TAMA 3QESA 1S9GA 2I5JA 3HVTA 3UIQA 1JLEA 1ZBIA 1LAWA 3MXMA 4DSIA 3SZ2A 3OJSA 4MQ3A 1IKVA 1C6VA 3PX0A 1NK7A 1VRTA 4H4OA 4HCCA 2Y1IA 3TANA 3NFAA 1NJYA 3V1QA 3P1GA 3VQ7A 4FJ5A 3CFRA 4MFBA 5CZ2A 3VQAA 5KGWA 4OPJA 3SUOA 4B9MA 3AA3A 3AVHA 5CZ1A 4C8OA 1TAUA 1BISA 2YNGA 1SUQA 2E4LA 2D0AA 1UWBA 3E01A 3H08A 3QNOA 5J2QA 1L3UA 3DLHA 4DQPA 4M3WA 3L2UA 3OYKA 2GBZA 1G15A 3OVNA 3ZSYA 4Q0BA 1CXQA 5HP1A 5KRTA 3I0SA 1KCFA 1UA1A 4AH9A 4CJTA 5KTQA 1VRUA 3ZT3A 4FVMA 2A1RA 1U04A 1RT2A 3ITHA 2HMIA 3FFIA 2RPIA 4I2QA 4CFDA 4KPYA 1C0MA 4CECA 3AA2A 4PUOA 2F96A 2KW4A 4CHPA 2HNZA 1N5YA 2YHAA 1RDCA 3KK2A 4CJ3A 1NJWA 3ULDA 1TAQA 1BQMA 4HTUA 1QSYA 4AHSA 1D8YA 4DTPA 2OPQA 2HB5A 1S1WA 4FW1A 4CJSA 1YVUA 4BWMA 4G1QA 3QIPA 4CEQA 1GOAA 3CM6A 2ETJA 5CYQA 1RBTA 2YKMA 1B92A 3ZSOA 3MAQA 3HL8A 2B6AA 3SQ0A 4NYNA 4B9TA 4QAGA 3IS9A 4W5QA 4DFPA 1LV5A 4W5RA 4KO0A 4N47A 4BE1A 3ALYA 3HPGA 3V6DA 1WAJA 3DLKA 1HNIA 1VSLA 3F73A 4CJLA 3HPOA 3V1OA 4AHTA 1KLMA 1EXQA 4RW8A 2WOMA 1NJXA 3NCIA 3KLIA 2Z1HA 3QINA 4KTWA 5C42A 2X74A 1RT6A 3T1AA 3PO5A 2O4IA 2W42A 3K5NA 1ZBFA 3NHGA 4TSXA 2KTQA 4F3TA 5HRRA 3RR8A 3L3VA 1D9FA 4OLAA 1YTAA 1RCHA 3I0RA 4J2DA 3MECA 1K6YA 3U6FA 4FLTA 4OKKA 2AJQA 3L8BA 1UAXA 1KVCA 1KVBA 3O4NA 3OYJA 4FLZA 4CF2A 1EX4A 3LPTA 3ZSXA 4QOZB 1U4BA 4DLGA 1QE1A 4OVLA 2JLEA 3A2FA 4RW6A 3PX6A 3WNFA 1ASUA 4ICLA 1QSSA 3VQ8A 3DOLA 1ZBLA 4CJVA 3PY8A 2WONA 1SKRA 3DOKA 1LWFA 4FLXA 2RN2A 4FJMA 4B08A 4DFMA 4Z4GA 3VQ9A 4N41A 5I42A 4F3OA 1A5XA 4FJIA 4FLUA 4DQIA 4NCAA 2B4JA 1C1BA 1GOCA 1BCOA 3SJJA 4FJKA 1U47A 1NOYA 5T7BA 3V9WA 2IGIA 3AVLA 2X78A 1HMVA 4OPKA 3HM9A 4DQSA 3AVGA 5CY4A 1REVA 1FKPA 4CERA 3SPYA 3C95A 4FLYA 1CZBA 1UOCA 1WLJA 4C8NA 4JS4A 2Z1GA 1MU2A 3KKSA 3P5JA 3NGIA 2IS3A 2OPRA 3ASMA 3M8QA 4CEOA 1DLOA 5HRNA 4E7KA 3TAEA 3K5LA 5SWMA 4DLEA 4CJWA 3OYMA 4ID1A 3BDPA 5FRNA 2RKIA 5HRPA 1TV6A 4CJQA 4Z4IA 5J1EA 1U45A 5HBMA 3QO9A 3L3UA 4CFCA 1WSGA 4CJ4A 4Y1CA 4FK4A 4W5NA 4CK2A 4DTMA 1IKYA 4E1NA 1VSJA 1EKEA 3S3OA 2LSNA 2OYQA 3KD1E 4W5TA 2QK9A 4IFYA 4M45A 1JLGA 4Z4HA 3OYCA 3TWHA 1TK8A 4LSNA 3NAEA 2HVIA 3G0ZA 4BE0A 4AILC 3DLEA 3OYAA 1JL2A 4DS4A 4IKFA 2B5JA 3HVRA 4CGGA 5FRMA 1NK0A 4CJEA 4EZ6A 2FBXA 3CFOA 1LWCA 4IG3A 2OA8A 1NK8A 3SUNA 3B6PA 3HPHA 3V9ZA 1J9AA 1XC9A 1S1UA 2QKKA 1LW0A 3U3GA 4PA1A 1GOBA 1S1VA 3ZT1A 1QTMA 4GVMA 4BWJA 3OS1A 4DU3A 1J54A 3RWUA 4FK0A 3RMCA 3VQEA 2F8TA 4KAZA 4LSLA 5DMRA 4DTXA 4K8XA 2Z1JA 2XHBA 5HRSA 1IG9A 4FJ7A 2DTUA 3ISNC 1WSJA 3HT3A 3V1RA 3DI6A 1LAVA 4KKOA 4FJLA 5C24A 4KHUA 4LH5A 1D5AA 1LWEA 4LY7A 4AHRA 4CEBA 4CJRA 1SL2A 3QEWA 1N6QA 4M3UA 1U48A 1WSHA 1U49A 1WAFA 1XWLA 3OS0A 3QETA 3QEXA 1WSFA 4KHSA 2KFNA 4KHNA 2DFFA 3OYGA 4BDZA 2Z1IA 1HYSA 2ATQA 4M3YA 2QKBA 4DQRA 3TARA 2G8VA 4EP5A 4UQGA 2P5GA 2VWKA 1DTTA 3NBPA 4B9SA 3ZT4A 4R5PA 1BI4A 3KKRA 2VG7A 1SKSA 3AVMA 1RDAA 1VSKA 1WNSA 5KRSA 1RT3A 3TAGA 1WSEA 3QEPA 1RBRA 5E41A 3L2RA 1L5UA 4F8RA 2E6MA 3IG1A 2P51A 1ZBUA 2IDOA 4H4MA 4O5BA 4OJRA 3VQ6A 1SL0A 1B9DA 3AVBA 4KTZA 4DSJA 2HHWA 2FBTA 3NGZA 2G8HA 3OYNA 3MXJA 3CFPA 3RMBA 1RDBA 1L3TA 1BGXT 3AO5A 1KFSA 1DTQA 1JLBA 2D0BA 4CHZA 1B9FA 4Y1DA 4HUGA 2XY6A 1CXUA 1Z25A 2O4GA 4B8CA 1IKXA 3KIOA 3LWLA 1I3AA 3DRSA 4FJGA 4M3ZA 1X9WA 5SZTA 1NOZA 4CF8A 4KFBA 1NK5A 4CEAA 3V4IA 3LP3A 3VQQA 4E7IA 4FJNA 5HLFA 1Q9XA 4CJ5A 1HQEA 1HYZA 3LPUA 3VQ5A 4KHWA 3K2PA 3O3FA 3SUPA 4C8KA 2ITGA 4CGDA 3SQ2A 3TI0A 4CESA 4KI6A 3CYMA 3SNNA 3LALA 1BCMA 4HUFA 2BANA 5K14A 2FBYA 4E89A 3KTQA 1KLNA 4KREA 3O3HA 4B9UA 1HRHA 2FBVA 3VA3A 1S9EA 2X6NA 4M3RA 4O0JA 1Z26A 3AA5X 1UA0A 2DFHA 5FROA 1R0AA 1X9MA 4FM0A 4J2BA 4B3OA 4DTJA 2HHVA 3SI6A 3O4QA 3DYAA 3RRHA 3AO1A 3AA4A 3MEEA 3QLHA 4E1MA 4E7JA 1XI1A 3P83D 4E0DA 4OKJA 4KB1A 3DLBA 1RBVA 4KV8A 4CIEA 3ZCMA 4ELTA 4QCLA 1RT1A 5KGXA 2OPSA 1L3VA 4OGEA 3SYZA 2HHSA 2G8FA 1JXBA 3KK1A 4DS5A 1WN7A 1C1AA 5I3UA 1CZ9A 4C8LA 4O0IA 4CFBA 2VWJA 4I2PA 4FJ9A 1J5OA 2G8UA 3LAKA 3AVCA 3MEDA 4IFVA 1L3SA 2BGGA 3S9HA 4OLBA 2KZZA 2IC3A 3NGYA 4CJFA 4B9LA 4YFUA 1TVRA 5J2MA 3NH0A 3HO1A 1QQCA 1S5JA 4CEEA 3AO3A 4HHTA 4RW7A 1C0UA 3M8SA 2IOCA 3IRXA 2ZE2A 3HK2A 3ZT0A 1S6QA 3NH1A 4BACA 3SPZA 2D5RA 5JS1A 4CCHA 4CGIA 4DWIA 4PY5A 2Q3SA 4CJPA 4FCYA 2XY7A 2QXFA 1BI4B 1HPZA 4AHCA 1FKOA 1IO2A 1VSIA 2NUBA 3CM5A 3DLRA 3K5OA 4H8KA 2PY5A 3F9KA 4DU1A 1RNHA 3SV4A 4Q5VA 2RF2A 3ZT2A 3TAFA 2XY8A 1TKTA 2YV0X 4IDKA 2PYLA 3QEVA 2HNDA 3DRPA 3G10A 4KTQA 4RW4A 2HHXA 3I8DA 4IG0A 3LAMA 4M3TA 1C0TA 4JRPA 3OYDA 1HYVA 3LZJA 4FW2A 5DK5A 2EX3A 2GUIA 4N56A 1TK5A 4FZYA 4I9QA 4N76A 4WE1A 4CIFA 1IH7A 2F8SA 4FLWA 3HP9A 2KFZA 4E7HA 4FZZA 3D45A 3SQ1A 4HUEA 4FM2A 4KRFA 4DF8A 4CGJA 4CHYA 4EP4A 2EHGA 3VN5A 3QIOA 3PUFA 3AVIA 3T19A 3RMAA 3OJUA 4B9VA 2OZMA 1EP4A 3K59A 3KLFA 1RTJA 1XHZA 5EU7A 4C8MA 3KLEA 3QERA 3JYTA 1NKCA 4DSKA 1HNVA 2HNYA 4DQQA 3LP2A 3S3MA 2X6SA 3HJFA 4FZXC 1T7PA 2G8IA 4DTRA 4CIGA 1KFDA 1C1CA 3AV9A 4B8AB 4DU4A 3C94A 4W5OA 4M41A 1NK9A 1FXXA 3M8PA 3U3YA 1NK6A 1QSLA 3O3GA 4CEZA 4O4GA 4K8ZA 4BDYA 3NF6A 4AHVA 3B6OA 4DTSA 3NH2A 3SUQA 4RW9A 1XHXA 4KI4A 3CQ8A 3SCXA 2HHUA 3KK3A 2YNIA 5HROA 1TK0A 3CG7A 3QNNA 3AO4A 3LP0A 5FDLA 4J2EA 4DSLA 2ZD1A 4BDPA 2YHBA 4NCGA 2DFEA 3OY9A 3HP6A 3TABA 3NE6A 3DMJA 1D9DA 4JS5A 1J53A 1VSEA 3IAYA 1RTIA 4LD0A 2XY5A 3NF8A 4DG1A 3LDSA 4HVJA 4CF0A 3ZSRA 2XO7A 1VSMA 1TKDA 3ZSQA 4DF4A 4CHOA 2GV9A 1NKBA 4Z4FA 3OS2A 4FJ8A 4DSFA 4PQUA 2PYJA 2YKNA 3ZSWA 1YT3A 4O55A 3NDKA 5JS2A 4F4KA 2G8WA 1BIZA 4Z4EA 2P5OA 2VG6A 1Y97A 1VSFA 3LP1A 3L2VA 3RTVA 5J2PA 1S1TA 1X9SA 1RT7A 1FK9A 3ZSZA 2R7YA 3OYHA 3AO2A 3KD5E 5CYMA 4OKEA 4FK2A 1HQUA 1W0HA 4LH4A 1ASVA 2HW3A 3OYLA 3LANA 1TKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7YP 3P39A 3D0PA 1ZBHA 4IJNA 3VQ4A 3T1HK 1NK4A 4B1YB 4IZ9A 4PHTX 4CK1A 3C6UA 4DV2K 1NKEA 3WNGA 4BRMA 3AVFA 1A5WA 3LDNA 3EY1A 4FJXA 4I7FA 4RG8A 3SMPA 4X66K 4GW6A 1BDGA 4DTUA 5D3GA 3VGLA 4YOYA 3RR7A 4GKKK 3KJVA 4ELUA 3DXMA 4WYBA 2AA4A 3MEGA 2Y1JA 4CFAA 2KQ2A 1GLFO 4X62K 3OYIA 1ASWA 3OYBA 3LZIA 4MLHA 1LW2A 4FM1A 4CI6A 1JLQA 3VA0A 2A40A 4KH4A 4CEFA 5BPNA 4NB4A 4FJHA 2V51B 3NF9A 4Z0UA 3S3NA 4GV6A 4CHNA 4BREA 2OTJN 2YNFA 3KLHA 4OGCA 1V4SA 4B1ZA 1VQ7N 4B9NA 1RILA 4CGFA 4IEIA 1T03A 1N8RO 1M1KO 2IAJA 2OZSA 2ZQBA 1TGOA 5J2NA 2VWBA 1KRPA 1I39A 3CCVN 3RMDA 4CW7B 1C0GA 1KTQA 2JGUA 4ELVA 2OPPA 5C25A 2HHHK 1T8EA 3WT0A 1SL1A 4F2SA 5AQUA 4JKCA 4E7LA 3PSIA 1YIJN 1U2VA 3WUHA 1BUPA 2E2OA 2E6LA 4WQ4A 1YITN 4M3XA 1RBSA 2O8BB 1LAWA 3VGKA 3TSUA 3H6EA 2QM1A 4DSIA 2Y1IA 3TANA 3V1QA 4MFBA 4B9MA 3PIOL 5CZ1A 4BVPA 2WTUA 1SUQA 3E01A 3L2UA 4YOVA 5HP1A 1T44A 4IDHA 3H1QA 4I6MA 1XUPO 1BWFO 2P9LB 2QWQA 3ZX0A 2RPIA 4JI3K 3O80A 3CJCA 3BUZB 3G4SN 4GV9A 3D6RA 2KW4A 2HNZA 2ASMA 4CJ3A 4CZKA 1TAQA 4A5BA 3U9DA 1QSYA 4DTPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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