3O9QA

Effector domain of ns1 from a/pr/8/34 containing a w187a mutation
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding
molecule keywords Nonstructural protein 1
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus
total genus 34
structure length 121
sequence length 121
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9qA00
3KWGA 2RHKA 3O9RA 3D6RA 3RVCA 3O9UA 3P38A 3O9SA 3KWIA 3P39A 3P31A 3M5RA 4OPAA 2KKZA 3OA9A 3O9QA 2GX9A 3EE8A 3L4QA 3O9TA 3F5TA 4OPHA 3EE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JYTA 5I3UA 3OYNA 5EX5A 2IVOA 2A5XA 2KTQA 4IBNA 1EWRA 3HK2A 1NU0A 3TAPA 5C2FA 2Z1JA 3C6UA 4XIUA 2A42A 3FFIA 4JI7K 3H3OB 1KD1O 2PBDA 3G71N 3HL8A 1T6DA 3MCPA 3V81A 1HLUA 1IH7A 3DJCA 3NCIA 1EWQA 2GEMA 3M3ZA 1TL1A 4H0XB 3VTHA 1BI4B 3DI6A 4HHTA 3NMUA 4KBOA 2VCPA 4C8KA 4KHWA 2HF4A 3UKUA 1QSSA 2UUAK 1HQUA 4O44A 4CF8A 3P4IA 3DLLL 1N36K 2E8AA 3AA5X 3SPZA 1GOAA 3C95A 3VQ4A 3L2UA 3K5MA 2H3GX 4DU3A 3ASMA 1W7AA 5CZ1A 3LDQA 4FJ8A 4CI6A 3AVKA 4JKBA 4BR0A 3ULDA 1NLVA 3FZLA 3PIPL 3THVA 3VEWA 1IBKK 4KTWA 3QMLA 4OKEA 1HKBA 2F8SA 5DMRA 4DSLA 4PY5A 4BRFA 3SUPA 4E1NA 4HVJA 4NYFA 1RFQA 2ZD1A 1NGHA 2W6LA 4PA1A 3LP1A 3DWLA 2V7ZA 1ZBFA 5AJ3K 4JK9A 1GOCA 1HR0K 1ITGA 5C15A 1B9FA 4MDAA 4KAZA 3F9MA 4BRPA 3CQ8A 3FZKA 2A6AA 4RWTA 3RVCA 1HKCA 4QS8A 3O5BA 2QWLA 4DS5A 1RNHA 3A5NC 4QS9A 1NKCA 5KPTA 4KB1A 4LF7K 1BIZA 3OYLA 4AHCA 3FZHA 1HX1A 4CJ3A 1WBBA 4BRKA 4FJHA 2HHWA 1JLFA 2CGJA 2DTUA 4DTNA 4BC2A 3OYMA 3DXKA 3TR8A 2HNDA 1EXQA 1RDAA 3CCVN 3AVBA 4E7IA 2YV0X 1JLAA 5J1EA 2HHVA 2E2OA 3UB5A 1RDWX 4NXNK 3RMCA 4JI2K 5KTQA 3GOIA 1QHAA 3QBWA 3NVKA 2BE2A 3S3NA 3A5LC 2O8FA 4CEFA 4KHYA 5F2RA 1XHXA 4PL8A 2Z1IA 3W3DA 3CD6N 1Z6RA 4IO9L 3R8EA 4OVLA 1NJIO 4LC9B 4AHVA 2G8HA 3LP2A 3MDQA 3U6FA 4X62K 3THYA 1NGCA 3CPWM 4BQZA 4E7LA 5BREA 4DSKA 5GADP 4DUYK 1U2VB 4JK7A 4DMNA 4FJGA 4JV5K 4YOXA 2E4LA 2F4VK 4AHSA 3IS9A 3HPOA 4K43A 2P9KB 4K41A 3SBTA 2O8EA 4OPKA 1L3VA 1TV6A 3NH1A 2P9IA 3L8BA 4LH4A 4F9OA 1HUXA 1ESVA 4ISFA 3MECA 3E9OA 3HPHA 3EN9A 1RT4A 2ZGYA 4JD2B 3KZBA 2NUBA 4GVEA 3OJSA 3HVRA 4M3RA 5CE3A 1VQ7N 3O6WA 2F9TA 1K9MO 1FKOA 3CJBA 3DOLA 1J9AA 3MN9A 4WYBA 1VQNN 1QQMA 1XC9A 2YHAA 4O0IA 3SQ4A 1U6ZA 5BN9A 1NNEA 3VEVA 2RHKA 3VETA 1KLMA 3GG4A 3V9SA 3VQ6A 1Q18A 3FFKB 3CXCM 2HBJA 2P9LB 4O5BA 1RTHA 2EX3A 1VSLA 4UY8O 2KFZA 1KFDA 3NFAA 2ZJRL 2D1KA 2DFFA 4DQPA 1ATSA 4CJQA 4ILHA 4OPHA 4JKAA 1SV5A 3RMAA 4DQQA 4PKIA 2XY6A 3SMSA 2QTDA 3H45C 1HNIA 1UAXA 1OH6A 3DLKA 4IKFA 4CF9A 4ELVA 5KI6A 1LAWA 1BA1A 4DV2K 3LWLA 3PO4A 1LAVA 3TAQA 2D5RA 5CYMA 1S1WA 2KKZA 4FLWA 5CZ2A 3ZT1A 2RKIA 4NCBA 3DRPA 3BZCA 1OVYA 3A2FA 4FOIA 3QETA 2NRZA 3AO4A 2UYTA 3LL3A 1HRHA 3OHRA 5FRMA 4KHSA 4LF8K 1T05A 4FJMA 4CCHA 3H3NO 4IEEA 4X65K 1N33K 2NRHA 4HUGA 1XQSC 4Z4HA 1NGDA 4ZTJA 3C7NA 4CK3A 3D2FA 2DPNA 1RDUA 4DV1K 1HNZK 5FPDA 1DLOA 4A5BA 4DCHA 1IBMK 4ZHRA 1NGGA 3AV9A 1T7PA 5BRFA 1GLEG 3KLFA 3J7YP 4JI5K 1X1PA 1U47A 5AZJA 3TWHA 4CHNA 4CJKA 1VQPN 4N5SA 3SI6A 1TK8A 2QKKA 4CBWA 4WQ4A 3V9WA 3SZ2A 5C42A 3CCRN 1YHQN 4DTRA 1HYZA 3T1YK 3M8QA 3F9KA 3M8SA 4AM7A 3CC2N 3HOTA 5AQNA 1YJ9N 2Q0UA 3SCXA 1C1AA 2YKNA 3K9JA 4C8NA 5EOYA 4OPJA 4CVNE 5JMVA 3V1QA 4BRAA 4M45A 3ZT2A 3C6AA 3BUZB 3ZETB 4RW6A 1X3NA 4DTUA 3S41A 3LPTA 5AR0A 1VSEA 2A41A 4FM2A 2P51A 4PKGA 1S22A 4JHDB 4KI4A 1FKPA 3U3YA 4CFAA 2ATQA 1KCFA 2QWRA 3HO1A 1TK0A 4YDUA 5GAHP 3KWGA 1A5XA 2YHWA 4BGAA 4IOAL 1J5OA 1E4FT 4M3YA 3KK2A 3AA2A 4O0JA 4CGDA 3MMVA 4LFCK 4BREA 3ITHA 3OVNA 1GOBA 2RE2A 4DTOA 3WXJA 4KHNA 3OYHA 1IO2A 2B6AA 4L8RB 4B1YB 4CFBA 4K25A 1S6QA 1QZ5A 4FM0A 4CHZA 3LDNA 4I2QA 1LW2A 3A8YA 3A0IX 3WXMB 2VYPA 3THYB 4EHUA 3PSIA 4JKGA 4E7HA 4B3TK 1KVAA 3BEXA 3O9SA 1VSKA 5FPMA 4CZHA 5A2QO 3CCQN 4U67L 4CK1A 5JVGL 5LMUK 4IOCL 2QWQA 3M5RA 3IG1A 4YOUA 4QS7A 2O8DA 3NH2A 4KI6A 1HQEA 4XEIA 4Z4FA 1Z25A 4BG9A 4BDZA 2YJEA 1GLAG 2YI1A 4KV8A 1D4XA 2P9IB 4CJFA 4CBXA 3OYJA 5AQPA 3CCLN 1KC8O 3TABA 4FK2A 3IKMA 3VQDA 4GKJK 4BR4A 3Q7BA 4CGIA 4UQGA 3VN5A 3T7ZA 3VQQA 4K0KK 1QQNA 3AGRA 3MXIA 1YJNN 4DU4A 4OKJA 3E66A 3SNNA 5JVHL 3ZSWA 3E9LA 5GAEP 4N47A 3OYIA 3O9RA 1SKSA 2P9PB 3NHGA 1VSHA 4CJ4A 1DKGD 2D0AA 5JS1A 1HNXK 4BVPA 3PIOL 3A5OC 4E0DA 2Z1GA 3R9PA 3DMJA 3CQXA 4AHRA 4OX9K 4B8AB 1S9EA 2F8TA 5AQVA 3DAWA 4JS4A 1J6ZA 4Z4IA 1CZBA 4BQLA 3VMFB 3G0ZA 4FWKA 4IDHA 1RT6A 5LY3A 3NGZA 5KRTA 4ID1A 1KAZA 4KFBA 1HMVA 3BZKA 4OGCA 5JICA 1UA1A 4BC4A 2W40A 3O9QA 3VOVA 1IG8A 2NRWA 3AA3A 4M42A 3SUQA 4C8MA 4JKFA 4JNEA 1C0TA 4KRFA 2O8CB 4BR2A 4BACA 2ZQBA 2YNGA 3H08A 1N34K 3VGKA 2JGUA 2UUCK 3GL1A 4PHTX 2E1YA 4KH5A 1WUAA 1GLJO 2HF3A 3AVJA 4FSVA 1BU6O 4J2BA 4CERA 4FLZA 3T69A 1DGKN 2KZZA 4PWDA 3ULEA 1BCMA 4AQYK 5J2PA 4E1MA 3I0SA 2GWKA 3C7NB 2OZSA 3QINA 1KAYA 1LOTB 2YHXA 4G9ZA 4JLHA 5EXWA 1VQ4N 1VSJA 2HMPA 1IKWA 3CFOA 3IRXA 2FC0A 4H5NA 4H0TB 3HT3A 4JI0K 3G10A 4DV4K 3FZMA 1XMOK 2JWLA 5AQGA 5AZJB 1Q86O 3CPEA 4CGHA 3SMPA 4K8ZA 2OANA 4M3UA 4GNIA 1QS4A 1W97L 1HNWK 2P9UA 1I94K 4B3RK 3H1VX 1RBTA 3TANA 1LCUA 4BGBA 1BDGA 5HRSA 1XMQK 3K5LA 2I5JA 4PUOA 4DKWA 4CJUA 4JKHA 5AQTA 3CMAN 3R1XA 3AVGA 4FJXA 3AARA 4HUEA 3LALA 1YJWN 1ATRA 3O4NA 3KKRA 4CZFA 5FPEA 3D6RA 2NRRA 2DFEA 3F2KA 3L2RA 1JLBA 1TVRA 3MK6A 2HOEA 4BR5A 2E1ZA 2HW3A 1ZBSA 4B9TA 4DV7K 1BQMA 4LSLA 2X78A 3ID6A 1TKTA 5KGXA 5AQUA 3WT0A 3LAKA 4B9SA 1GLLO 2QWOA 3ZEUB 1Q82O 4B9VA 2OCEA 4TSXA 2WOMA 3VF6A 1QTMA 4DR7K 3P39A 3WQUA 4CFCA 1LWCA 3S3MA 1RDBA 1NKBA 3IDHA 4B1WB 4I6MB 1BCOA 5I42A 3V9ZA 4CFDA 4DFMA 3J7AP 3KLIA 2PY5A 3ALYA 3DLHA 2RPIA 3AA4A 4MDBA 5I9EB 3AVCA 4CEAA 3J7ZO 1UA0A 2D0BA 1Z05A 4BRIA 4DSJA 4CK2A 1WBDA 1OKJA 5BRHA 4DU1A 4B1XB 3CG7A 3I8DA 1S1UA 3ZX3A 4EAHD 2JWKA 2ZF5O 4N41A 3S3OA 5F0XA 2O8DB 1BIUA 2P9NB 3F5TA 4IO8A 3FLCO 4FZYA 4FLTA 2YNIA 2Z1HA 2NLXA 4OLAA 5DK5A 4BRHA 1WSHA 2D0PA 4CJTA 5AQIA 2LSNA 5FLXO 1R0AA 1DTQA 2Y1JA 4DV0K 3THXA 2YKMA 3QFPA 2BUPA 4CJEA 5AZIA 1S3XA 1BUPA 3EE9A 3EKSA 5C24A 3VQ5A 4B9QA 3SAFA 3ZSRA 3QICA 1NOYA 4GKKK 1S72N 4FWQA 3FR0A 4WF9L 3J8AA 4DHYA 2P9SA 4CJVA 3AVLA 5HROA 1O13A 3SK3A 1M90O 4WQ4C 2RF2A 1HYSA 2FBXA 4FJ7A 4FJKA 4EP5A 3AO3A 3VEXA 2VQFK 3OYBA 1BGXT 1SS6A 3DRRA 1BISA 4B9LA 2O8BA 3LDOA 1ASUA 1VSIA 4DSFA 4FWOA 4BC5A 3PX4A 3KK3A 1WAJA 3MN7A 4DV3K 4JK8A 2QKBA 4MLEA 2XY8A 4BRGA 3ATVA 5D3GA 4FJ5A 3I33A 3EEQA 3G6EN 3THWB 3C6HA 1RT3A 4OGEA 4JYAK 4B9NA 2YNFA 2CH6A 4DTMA 5E84A 3WXIA 1FK9A 3CFPA 5C0YA 3K9KA 4YDUC 4FM1A 3SJJA 3QIPA 5B8HA 2GTDA 2F96A 4N76A 3RSEB 1TYQA 1NJWA 3CIPA 1RILA 3C0BA 3VQ7A 3CJCA 4E19A 3NBPA 4KTQA 4XH4A 4WQ5C 1LV5A 1QSLA 1XWLA 5AQRA 1XNQK 4H03B 2FF3B 2PFUA 3R3LA 3FGUA 1RBSA 1NK7A 4DV5K 2Q1NA 2KHOA 3QFUA 4WFNL 3AAQA 2I7PA 3VA0A 1JXEA 4WE1A 2XHBA 3DXMB 3MEDA 4CJSA 2ASOA 1RTJA 4CJ5A 3E01A 4LSNA 2EWSA 3U9ZA 5KRSA 4CE9A 3PUFA 3H6EA 1CLQA 1A5WA 2QXLA 1JXBA 3WEEA 5M1QA 4FVUA 4FOEA 1KRPA 1JCEA 3CCJN 2YJFA 1D8YA 5M1NA 4KPYA 2G8WA 4GV3A 2UXDK 4PQUA 3OS0A 3SUOA 1K73O 3AO5A 1QVFM 3ENOA 4CZJA 5BPLA 3AVAA 3MEEA 2XRIA 1DT9A 3KK7A 1FW6A 1MWMA 4J2AA 3TARA 4DR2K 1JLEA 4IFVA 1RGIA 1ZBIA 2OPRA 3AO1A 4ICLA 5GIOA 3ATUA 4W5OA 4FWMA 1BQNA 4LY7A 2GWJA 3TAMA 1NJYA 3QNNA 2OA8A 1NGAA 1SL0A 2AJQA 2FF6A 4B1VA 4BDYA 1YITN 3DRSA 4AHTA 1U49A 4EP4A 4B9MA 4C8LA 1JLGA 4CESA 4FJJA 1E4GT 3FZFA 4BE1A 1BL3A 1KTQA 4ISGA 1K8KB 4LF6K 3C6TA 4ILJA 4GY2B 3D2EA 2HNYA 1ZXOA 2D0CA 1RBVA 1WN7A 3RTVA 4F2RA 4CD3A 4KH6A 2D4WA 3UE5A 3MWPA 4DV6K 4DQ8A 1WSJA 3L4IA 3EZWA 4M7YA 3RR8A 4DFJA 2HHSA 1VQLN 4CD1A 3NVMA 3LZIA 4K42A 2CGKA 1I3AA 4JKCA 2WBNA 3QERA 4KREA 1NKEA 4F8RA 2E88A 3O08A 3B6PA 3LP3A 3UKUB 4JS5A 2E2PA 3D0PA 2X6SA 5AQYA 4M41A 5M1FA 4CZLA 3CFRA 1HJOA 4O4GA 1MWKA 1C0GA 2YHBA 5KPZA 5HP1A 3K58A 4DR1K 2Q97A 1H1VA 4FLXA 4H5WA 3MN5A 4H0PA 3NF8A 5J2MA 2E5LK 2FBYA 2IAJA 1VQON 2YNHA 4DTSA 3QO9A 3O4WA 3PLAA 2IVPA 4YNQA 2HHHK 1SUQA 1U45A 3IUCA 3V1RA 1NWKA 1KSPA 2G8FA 1WSIA 2HBLA 4ILGB 4LF5K 3JS6A 2QEXN 4KKOA 5CYQA 4FK0A 1E3MA 3TSQA 4OKKA 4LD0A 4DQIA 4IG3A 1ASWA 1HYVA 2J4RA 3EY1A 3CM6A 3OYCA 1ATNA 4JI8K 3I0RA 4DR4K 2XY5A 4R5PA 3M1FA 1X9MA 4DWIA 3DLEA 1TKXA 1VRTA 1T8EA 1XC3A 4CJRA 4BR9A 2HVIA 2Q3SA 4CEZA 3DXKB 2YCHA 1VQ6N 3QEVA 3O3GA 5LJWA 3O9UA 1IG9A 1RTDA 4FZXC 1VRUA 2FSKA 3VF2A 3CCEN 4DLEA 1EO1A 3S9HA 3TI0A 4CZEA 3MAQA 3VA3A 1GLDG 2BGGA 1VQ5N 4YORA 3L2QA 1X9JA 3LM9A 2YHYA 4C23A 4E7KA 1RTIA 1YVNA 2O8FB 4A59A 1VSFA 3OW2M 2B5JA 1RT1A 4B3MK 1D9FA 3QB0A 4B1UB 2HHXA 3D45A 3SUNA 3HRGA 1CZ9A 4M3TA 1TKZA 1L3TA 4CHYA 4CJWA 2NRXA 3HM8A 1ZYQA 1BG3A 4FLUA 3CHWA 3U4LA 3AVMA 4FWSA 3SV3A 5AQSA 2F9WA 1QHTA 1EKEA 4R79A 3MXMA 2O8EB 3L0QA 1ZBHA 4B3SK 1TL3A 3WXLA 1VHXA 1LW0A 3O80A 1B9DA 3QDKA 1K6YA 5JS2A 1VQKN 4AM6A 1DTTA 3HI0A 4IOXA 4EFHA 4QOZB 1BI4A 4J2DA 1YUWA 2GBZA 1SKRA 1NK6A 1XNRK 2E6MA 4FWNA 5AQXA 4JEPA 3MX5A 2CH5A 3KWIA 3TPQA 4CF2A 5AQJA 4IJNA 5C2DA 2A1SA 2G8IA 1BO5O 4O55A 3RMDA 4BY9C 4Z0UA 4KO0A 4JI3K 2FXUA 1UOCA 5LL6Z 5BPMA 4I9QA 4F2SA 1M1KO 4BE0A 3AVHA 4CECA 3WQTA 1SL1A 3ZLJA 3ZT4A 5SWMA 1U48A 1REVA 4IZ9A 4B8CA 3OTOK 2VGNA 4B08A 3SJHA 1EX4A 4DTJA 1HKGA 3U8XA 2HNZA 3MEGA 5GINA 3OS2A 5IT9O 3HZ6A 4Y0WA 4M3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3JYT A;  5I3U A;  3OYN A;  5EX5 A;  2IVO A;  2A5X A;  2KTQ A;  4IBN A;  1EWR A;  3HK2 A;  1NU0 A;  3TAP A;  5C2F A;  2Z1J A;  3C6U A;  4XIU A;  2A42 A;  3FFI A;  4JI7 K;  3H3O B;  1KD1 O;  2PBD A;  3G71 N;  3HL8 A;  1T6D A;  3MCP A;  3V81 A;  1HLU A;  1IH7 A;  3DJC A;  3NCI A;  1EWQ A;  2GEM A;  3M3Z A;  1TL1 A;  4H0X B;  3VTH A;  1BI4 B;  3DI6 A;  4HHT A;  3NMU A;  4KBO A;  2VCP A;  4C8K A;  4KHW A;  2HF4 A;  3UKU A;  1QSS A;  2UUA K;  1HQU A;  4O44 A;  4CF8 A;  3P4I A;  3DLL L;  1N36 K;  2E8A A;  3AA5 X;  3SPZ A;  1GOA A;  3C95 A;  3VQ4 A;  3L2U A;  3K5M A;  2H3G X;  4DU3 A;  3ASM A;  1W7A A;  5CZ1 A;  3LDQ A;  4FJ8 A;  4CI6 A;  3AVK A;  4JKB A;  4BR0 A;  3ULD A;  1NLV A;  3FZL A;  3PIP L;  3THV A;  3VEW A;  1IBK K;  4KTW A;  3QML A;  4OKE A;  1HKB A;  2F8S A;  5DMR A;  4DSL A;  4PY5 A;  4BRF A;  3SUP A;  4E1N A;  4HVJ A;  4NYF A;  1RFQ A;  2ZD1 A;  1NGH A;  2W6L A;  4PA1 A;  3LP1 A;  3DWL A;  2V7Z A;  1ZBF A;  5AJ3 K;  4JK9 A;  1GOC A;  1HR0 K;  1ITG A;  5C15 A;  1B9F A;  4MDA A;  4KAZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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